FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6326, 430 aa
1>>>pF1KE6326 430 - 430 aa - 430 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4643+/-0.000962; mu= 16.1082+/- 0.058
mean_var=62.0175+/-12.264, 0's: 0 Z-trim(104.3): 27 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.162861
statistics sampled from 7784 (7809) to 7784 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.608), E-opt: 0.2 (0.24), width: 16
Scan time: 1.990
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2389.1 ACADL gene_id:33|Hs108|chr2 ( 430) 2867 682.4 2.2e-196
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CCDS65562.1 ACADM gene_id:34|Hs108|chr1 ( 385) 723 178.7 8.8e-45
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CCDS3053.1 ACAD9 gene_id:28976|Hs108|chr3 ( 621) 575 144.0 4e-34
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CCDS11090.1 ACADVL gene_id:37|Hs108|chr17 ( 655) 565 141.6 2.1e-33
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CCDS12286.1 GCDH gene_id:2639|Hs108|chr19 ( 438) 451 114.8 1.7e-25
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CCDS3074.1 ACAD11 gene_id:84129|Hs108|chr3 ( 780) 284 75.6 1.9e-13
>>CCDS2389.1 ACADL gene_id:33|Hs108|chr2 (430 aa)
initn: 2867 init1: 2867 opt: 2867 Z-score: 3639.2 bits: 682.4 E(32554): 2.2e-196
Smith-Waterman score: 2867; 100.0% identity (100.0% similar) in 430 aa overlap (1-430:1-430)
10 20 30 40 50 60
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CCDS23 MAARLLRGSLRVLGGHRAPRQLPAARCSHSGGEERLETPSAKKLTDIGIRRIFSPEHDIF
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 RKSVRKFFQEEVIPHHSEWEKAGEVSREVWEKAGKQGLLGVNIAEHLGGIGGDLYSAAIV
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 WEEQAYSNCSGPGFSIHSGIVMSYITNHGSEEQIKHFIPQMTAGKCIGAIAMTEPGAGSD
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190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 LQGIKTNAKKDGSDWILNGSKVFISNGSLSDVVIVVAVTNHEAPSPAHGISLFLVENGMK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 GFIKGRKLHKMGLKAQDTAELFFEDIRLPASALLGEENKGFYYIMKELPQERLLIADVAI
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310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 SASEFMFEETRNYVKQRKAFGKTVAHLQTVQHKLAELKTHICVTRAFVDNCLQLHEAKRL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE6 DSATACMAKYWASELQNSVAYDCVQLHGGWGYMWEYPIAKAYVDARVQPIYGGTNEIMKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS23 DSATACMAKYWASELQNSVAYDCVQLHGGWGYMWEYPIAKAYVDARVQPIYGGTNEIMKE
370 380 390 400 410 420
430
pF1KE6 LIAREIVFDK
::::::::::
CCDS23 LIAREIVFDK
430
>>CCDS10057.2 IVD gene_id:3712|Hs108|chr15 (426 aa)
initn: 787 init1: 680 opt: 814 Z-score: 1032.3 bits: 200.1 E(32554): 3.5e-51
Smith-Waterman score: 814; 34.9% identity (69.5% similar) in 384 aa overlap (53-429:45-424)
30 40 50 60 70 80
pF1KE6 PAARCSHSGGEERLETPSAKKLTDIGIRRIFSPEHDIFRKSVRKFFQEEVIPHHSEWEKA
.: :. .:... ::.::.. :. .: ...
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pF1KE6 GEVS--REVWEKAGKQGLLGVNIAEHLGGIGGDLYSAAIVWEEQAY-SNCSGPGFSIHSG
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140 150 160 170 180 190
pF1KE6 IVMSYITNHGSEEQIKHFIPQMTAGKCIGAIAMTEPGAGSDLQGIKTNAKKDGSDWILNG
. .. .. .:.: : ....:.. .:. :::.::.::.::::. ..: .:.: :. .::::
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140 150 160 170 180 190
200 210 220 230 240 250
pF1KE6 SKVFISNGSLSDVVIVVAVTNHEAPSPAHGISLFLVENGMKGFIKGRKLHKMGLKAQDTA
.: .:.:: .::.:: : :. : ..::. :.::.:: :: ..:: :.:.....:
CCDS10 NKFWITNGPDADVLIVYAKTDLAAVPASRGITAFIVEKGMPGFSTSKKLDKLGMRGSNTC
200 210 220 230 240 250
260 270 280 290 300 310
pF1KE6 ELFFEDIRLPASALLGEENKGFYYIMKELPQERLLIADVAISASEFMFEETRNYVKQRKA
::.::: ..::. .::.:::: : .:. : :::..: .. . ....: :.. :.:
CCDS10 ELIFEDCKIPAANILGHENKGVYVLMSGLDLERLVLAGGPLGLMQAVLDHTIPYLHVREA
260 270 280 290 300 310
320 330 340 350 360 370
pF1KE6 FGKTVAHLQTVQHKLAELKTHICVTRAFVDN----CLQLHEAKRLDSATACMAKYWASEL
::. ..:.: .: :.:.. :.. . : .: : : . : . . : : . . ...:
CCDS10 FGQKIGHFQLMQGKMADMYTRLMACRQYVYNVAKACDEGHCTAK-DCAGVIL---YSAEC
320 330 340 350 360 370
380 390 400 410 420 430
pF1KE6 QNSVAYDCVQLHGGWGYMWEYPIAKAYVDARVQPIYGGTNEIMKELIAREIVFDK
..:: : .: :: ::. ..:... ::.. : .::.:. . .:.: . :
CCDS10 ATQVALDGIQCFGGNGYINDFPMGRFLRDAKLYEIGAGTSEVRRLVIGRAFNADFH
380 390 400 410 420
>>CCDS53930.1 IVD gene_id:3712|Hs108|chr15 (396 aa)
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Smith-Waterman score: 756; 35.3% identity (68.9% similar) in 351 aa overlap (84-429:48-394)
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 SPEHDIFRKSVRKFFQEEVIPHHSEWEKAGEVSREVWEKAGKQGLLGVNIAEHLGGIGGD
: .: :.. :. :.::.. . :: :
CCDS53 WRLRPPLAGFVSQRAHSLLPVDDAINGLSEEQRQEFWKQLGNLGVLGITAPVQYGGSGLG
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120 130 140 150 160 170
pF1KE6 LYSAAIVWEEQAY-SNCSGPGFSIHSGIVMSYITNHGSEEQIKHFIPQMTAGKCIGAIAM
..: :: . :. : ... ::.. .. .. .:.: : ....:.. .:. :::.::
CCDS53 YLEHVLVMEEISRASGAVGLSYGAHSNLCINQLVRNGNEAQKEKYLPKLISGEYIGALAM
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180 190 200 210 220 230
pF1KE6 TEPGAGSDLQGIKTNAKKDGSDWILNGSKVFISNGSLSDVVIVVAVTNHEAPSPAHGISL
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CCDS53 SEPNAGSDVVSMKLKAEKKGNHYILNGNKFWITNGPDADVLIVYAKTDLAAVPASRGITA
140 150 160 170 180 190
240 250 260 270 280 290
pF1KE6 FLVENGMKGFIKGRKLHKMGLKAQDTAELFFEDIRLPASALLGEENKGFYYIMKELPQER
:.::.:: :: ..:: :.:.....: ::.::: ..::. .::.:::: : .:. : ::
CCDS53 FIVEKGMPGFSTSKKLDKLGMRGSNTCELIFEDCKIPAANILGHENKGVYVLMSGLDLER
200 210 220 230 240 250
300 310 320 330 340 350
pF1KE6 LLIADVAISASEFMFEETRNYVKQRKAFGKTVAHLQTVQHKLAELKTHICVTRAFVDN--
:..: .. . ....: :.. :.:::. ..:.: .: :.:.. :.. . : .: :
CCDS53 LVLAGGPLGLMQAVLDHTIPYLHVREAFGQKIGHFQLMQGKMADMYTRLMACRQYVYNVA
260 270 280 290 300 310
360 370 380 390 400
pF1KE6 --CLQLHEAKRLDSATACMAKYWASELQNSVAYDCVQLHGGWGYMWEYPIAKAYVDARVQ
: . : . . : : . . ...: ..:: : .: :: ::. ..:... ::..
CCDS53 KACDEGHCTAK-DCAGVIL---YSAECATQVALDGIQCFGGNGYINDFPMGRFLRDAKLY
320 330 340 350 360 370
410 420 430
pF1KE6 PIYGGTNEIMKELIAREIVFDK
: .::.:. . .:.: . :
CCDS53 EIGAGTSEVRRLVIGRAFNADFH
380 390
>>CCDS7634.1 ACADSB gene_id:36|Hs108|chr10 (432 aa)
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Smith-Waterman score: 744; 32.3% identity (64.9% similar) in 436 aa overlap (1-426:4-428)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MAARLLRGSLRVLGGHR----APRQLPAARCSHSGGEERLETPSAKKLTDIGIR---
.:.:::::: :.: . . ..: . : .: :. .:. ::.
CCDS76 MEGLAVRLLRGS-RLLRRNFLTCLSSWKIPPHVSKSSQSEALLN------ITNNGIHFAP
10 20 30 40 50
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pF1KE6 -RIFSPEHDIFRKSVRKFFQEEVIPHHSEWEKAGEVSREVWEKAGKQGLLGVNIAEHLGG
. :. :. ....::.:: ::.. : : .. ... . : . .:::.:... . ::
CCDS76 LQTFTDEEMMIKSSVKKFAQEQIAPLVSTMDENSKMEKSVIQGLFQQGLMGIEVDPEYGG
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110 120 130 140 150 160
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:... :...: :: : . : : :.. .. . : .::.::: ..::.:. : .:
CCDS76 TGASFLSTVLVIEELAKVDASVAVFCEIQNTLINTLIRKHGTEEQKATYLPQLTTEK-VG
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170 180 190 200 210 220
pF1KE6 AIAMTEPGAGSDLQGIKTNAKKDGSDWILNGSKVFISNGSLSDVVIVVAVTNHEAPSPAH
.. ..: ::::: ..:: : :.:. ..:::::..::.. . . .:.: .. :. ..
CCDS76 SFCLSEAGAGSDSFALKTRADKEGDYYVLNGSKMWISSAEHAGLFLVMANVD---PTIGY
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pF1KE6 -GISLFLVENGMKGFIKGRKLHKMGLKAQDTAELFFEDIRLPASALLGEENKGFYYIMKE
::. :::. :. :. .:.::.:..: : ::....: . .::. ..:. : .
CCDS76 KGITSFLVDRDTPGLHIGKPENKLGLRASSTCPLTFENVKVPEANILGQIGHGYKYAIGS
230 240 250 260 270 280
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pF1KE6 LPQERLLIADVAISASEFMFEETRNYVKQRKAFGKTVAHLQTVQHKLAELKTHICVTRAF
: . :. :: .. .. :. : :.:.: ::: . .: .::..:.. :.. ..: .
CCDS76 LNEGRIGIAAQMLGLAQGCFDYTIPYIKERIQFGKRLFDFQGLQHQVAHVATQLEAARLL
290 300 310 320 330 340
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pF1KE6 VDNCLQLHEAKRLDSATACMAKYWASELQNSVAYDCVQLHGGWGYMWEYPIAKAYVDARV
. : .: :: . : ::::.:::. .... :.. :: :: .::. : . ::..
CCDS76 TYNAARLLEAGKPFIKEASMAKYYASEIAGQTTSKCIEWMGGVGYTKDYPVEKYFRDAKI
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pF1KE6 QPIYGGTNEIMKELIAREIVFDK
:: :...:. . ::..:
CCDS76 GTIYEGASNIQLNTIAKHIDAEY
410 420 430
>>CCDS9207.1 ACADS gene_id:35|Hs108|chr12 (412 aa)
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Smith-Waterman score: 735; 33.0% identity (65.2% similar) in 397 aa overlap (30-423:10-403)
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pF1KE6 MAARLLRGSLRVLGGHRAPRQLPAARCSHSGGEERLETPSAKKLTDIGIRRIFSPE-HDI
:: .: : : . . . :: :..
CCDS92 MAAALLARASGPARRALCPRAWRQLHTIYQSVELPETHQM
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. .. : : ..:..: .. .: .: : :::.... :.::: : : . ::
CCDS92 LLQTCRDFAEKELFPIAAQVDKEHLFPAAQVKKMGGLGLLAMDVPEELGGAGLDYLAYAI
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. :: . . :.. : .:..... .. : . ::.:: . .. .:.: :: .:..:::
CCDS92 AMEEISRG-CASTGVIMSVNNSLYLGPILKFGSKEQKQAWVTPFTSGDKIGCFALSEPGN
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::: . .:.:. .:..:.:::.:..:.:. .....: : :.. . .::: :::
CCDS92 GSDAGAASTTARAEGDSWVLNGTKAWITNAWEASAAVVFASTDRALQN--KGISAFLVPM
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pF1KE6 GMKGFIKGRKLHKMGLKAQDTAELFFEDIRLPASALLGEENKGFYYIMKELPQERLLIAD
:. :.: :.:.....::.:.::: :.: ...::: . :: :. : . :. ::.
CCDS92 PTPGLTLGKKEDKLGIRGSSTANLIFEDCRIPKDSILGEPGMGFKIAMQTLDMGRIGIAS
220 230 240 250 260 270
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:.. .. .. . ::...: ::: ...::..: :::.. . .: .. .:..
CCDS92 QALGIAQTALDCAVNYAENRMAFGAPLTKLQVIQFKLADMALALESARLLTWRAAMLKDN
280 290 300 310 320 330
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pF1KE6 KRLDSATACMAKYWASELQNSVAYDCVQLHGGWGYMWEYPIAKAYVDARVQPIYGGTNEI
:. : ::: ::: ...... .:. :: ::. :.: . : :::. :: ::.::
CCDS92 KKPFIKEAAMAKLAASEAATAISHQAIQILGGMGYVTEMPAERHYRDARITEIYEGTSEI
340 350 360 370 380 390
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pF1KE6 MKELIAREIVFDK
.. .::
CCDS92 QRLVIAGHLLRSYRS
400 410
>>CCDS668.1 ACADM gene_id:34|Hs108|chr1 (421 aa)
initn: 693 init1: 367 opt: 725 Z-score: 919.4 bits: 179.2 E(32554): 6.9e-45
Smith-Waterman score: 725; 32.4% identity (67.1% similar) in 386 aa overlap (47-430:35-418)
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pF1KE6 RAPRQLPAARCSHSGGEERLETPSAKKLTDIGIRRIFSPEHDIFRKSVRKFFQEEVIPHH
.:. :. .. :. ..::: .::.::
CCDS66 FGRCCRVLRSISRFHWRSQHTKANRQREPGLGFSFEFTEQQKEFQATARKFAREEIIPVA
10 20 30 40 50 60
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pF1KE6 SEWEKAGEVSREVWEKAGKQGLLGVNIAEHLGGIGGDLYSAAIVWEEQAYSNCSGPGFSI
.:..:.:: . ..: . ::....: :. ::.: ..: .. :: ::. :.: .:
CCDS66 AEYDKTGEYPVPLIRRAWELGLMNTHIPENCGGLGLGTFDACLISEELAYG-CTGVQTAI
70 80 90 100 110 120
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pF1KE6 HSGIVMSY-ITNHGSEEQIKHFIPQMTAGKCIGAIAMTEPGAGSDLQGIKTNAKKDGSDW
... . .. : :...: :... .:: . : .::::::::. ::::.:.: :...
CCDS66 EGNSLGQMPIIIAGNDQQKKKYLGRMTEEPLMCAYCVTEPGAGSDVAGIKTKAEKKGDEY
130 140 150 160 170 180
200 210 220 230 240 250
pF1KE6 ILNGSKVFISNGSLSDVVIVVAVTNHEAPSPAH-GISLFLVENGMKGFIKGRKLHKMGLK
:.::.:..:.::. .. ...: .. . .::. ... :.:: :. ::: .:: .
CCDS66 IINGQKMWITNGGKANWYFLLARSDPDPKAPANKAFTGFIVEADTPGIQIGRKELNMGQR
190 200 210 220 230 240
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pF1KE6 AQDTAELFFEDIRLPASALLGEENKGFYYIMKELPQERLLIADVAISASEFMFEETRNYV
.:: . :::...: .: .. :: : . . : ..: :.. .. ..:. .:.
CCDS66 CSDTRGIVFEDVKVPKENVLIGDGAGFKVAMGAFDKTRPVVAAGAVGLAQRALDEATKYA
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CCDS66 IANQLATDAVQILGGNGFNTEYPVEKLMRDAKIYQIYEGTSQIQRLIVAREHI-DKYKN
370 380 390 400 410 420
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CCDS44 AEYDKTGEYPVPLIRRAWELGLMNTHIPENCGGLGLGTFDACLISEELAYG-CTGVQTAI
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CCDS44 LERKTFGKLLVEHQAISFMLAEMAMKVELARMSYQRAAWEVDSGRRNTYYASIAKAFAGD
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CCDS44 IANQLATDAVQILGGNGFNTEYPVEKLMRDAKIYQIYEGTSQIQRLIVAREHI-DKYKN
370 380 390 400 410 420
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CCDS65 GEYPVPLIRRAWELGLMNTHIPENCGGLGLGTFDACLISEELAYG-CTGVQTAIEGNSLG
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CCDS65 QMPIIIAGNDQQKKKYLGRMTEEPLMCAYCVTEPGAGSDVAGIKTKAEKKGDEYIINGQK
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CCDS65 MWITNGGKANWYFLLARSDPDPKAPANKAFTGFIVEADTPGIQIGRKELNMGQRCSDTRG
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CCDS65 IVFEDVKVPKENVLIGDGAGFKVAMGAFDKTRPVVAAGAVGLAQRALDEATKYALERKTF
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CCDS65 GKLLVEHQAISFMLAEMAMKVELARMSYQRAAWEVDSGRRNTYYASIAKAFAGDIANQLA
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CCDS65 TDAVQILGGNGFNTEYPVEKLMRDAKIYQIYEGTSQIQRLIVAREHI-DKYKN
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10 20 30 40
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CCDS84 IFEALATGCTSTTAYISIHN-MCAWMIDSFGNEEQRHKFCPPLCTMEKFASYCLTEPGSG
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CCDS84 SDAASLLTSAKKQGDHYILNGSKAFISGAGESDIYVVMCRTG--GPGP-KGISCIVVEKG
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CCDS84 TPGLSFGKKEKKVGWNSQPTRAVIFEDCAVPVANRIGSEGQGFLIAVRGLNGGRINIASC
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CCDS84 SLGAAHASVILTRDHLNVRKQFGEPLASNQYLQFTLADMATRLVAARLMVRNAAVALQEE
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CCDS84 RKDAVALCSMAKLFATDECFAICNQALQMHGGYGYLKDYAVQQYVRDSRVHQILEGSNEV
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CCDS84 MRILISRSLLQE
410
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CCDS81 MGIEVDPEYGGTGASFLSTVLVIEELAKVD
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CCDS81 ASVAVFCEIQNTLINTLIRKHGTEEQKATYLPQLTTEK-VGSFCLSEAGAGSDSFALKTR
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pF1KE6 AKKDGSDWILNGSKVFISNGSLSDVVIVVAVTNHEAPSPAHGISLFLVENGMKGFIKGRK
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CCDS81 ADKEGDYYVLNGSKMWISSAEHAGLFLVMA--NVDPTIGYKGITSFLVDRDTPGLHIGKP
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]