Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE6321
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6321, 337 aa
1>>>pF1KE6321 337 - 337 aa - 337 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5966+/-0.000832; mu= 15.6127+/- 0.050
mean_var=80.1435+/-15.929, 0's: 0 Z-trim(108.3): 26 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.143265
statistics sampled from 10092 (10115) to 10092 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.685), E-opt: 0.2 (0.311), width: 16
Scan time: 1.770
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS43014.1 APOL2 gene_id:23780|Hs108|chr22 ( 337) 2163 456.4 1.5e-128
CCDS46702.1 APOL1 gene_id:8542|Hs108|chr22 ( 380) 1262 270.2 1.9e-72
CCDS13926.1 APOL1 gene_id:8542|Hs108|chr22 ( 398) 1262 270.2 1.9e-72
CCDS13925.1 APOL1 gene_id:8542|Hs108|chr22 ( 414) 1262 270.3 2e-72
CCDS13922.1 APOL3 gene_id:80833|Hs108|chr22 ( 402) 1033 222.9 3.5e-58
CCDS74851.1 APOL4 gene_id:80832|Hs108|chr22 ( 348) 653 144.3 1.4e-34
CCDS74852.1 APOL4 gene_id:80832|Hs108|chr22 ( 351) 653 144.3 1.4e-34
CCDS13924.1 APOL3 gene_id:80833|Hs108|chr22 ( 202) 583 129.7 2e-30
CCDS13919.1 APOL6 gene_id:80830|Hs108|chr22 ( 343) 502 113.1 3.3e-25
CCDS13920.1 APOL5 gene_id:80831|Hs108|chr22 ( 433) 460 104.5 1.7e-22
>>CCDS43014.1 APOL2 gene_id:23780|Hs108|chr22 (337 aa)
initn: 2163 init1: 2163 opt: 2163 Z-score: 2421.4 bits: 456.4 E(32554): 1.5e-128
Smith-Waterman score: 2163; 100.0% identity (100.0% similar) in 337 aa overlap (1-337:1-337)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MNPESSIFIEDYLKYFQDQVSRENLLQLLTDDEAWNGFVAAAELPRDEADELRKALNKLA
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CCDS43 MNPESSIFIEDYLKYFQDQVSRENLLQLLTDDEAWNGFVAAAELPRDEADELRKALNKLA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 SHMVMKDKNRHDKDQQHRQWFLKEFPRLKRELEDHIRKLRALAEEVEQVHRGTTIANVVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 SHMVMKDKNRHDKDQQHRQWFLKEFPRLKRELEDHIRKLRALAEEVEQVHRGTTIANVVS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 NSVGTTSGILTLLGLGLAPFTEGISFVLLDTGMGLGAAAAVAGITCSVVELVNKLRARAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 NSVGTTSGILTLLGLGLAPFTEGISFVLLDTGMGLGAAAAVAGITCSVVELVNKLRARAQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 ARNLDQSGTNVAKVMKEFVGGNTPNVLTLVDNWYQVTQGIGRNIRAIRRARANPQLGAYA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 ARNLDQSGTNVAKVMKEFVGGNTPNVLTLVDNWYQVTQGIGRNIRAIRRARANPQLGAYA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 PPPHVIGRISAEGGEQVERVVEGPAQAMSRGTMIVGAATGGILLLLDVVSLAYESKHLLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 PPPHVIGRISAEGGEQVERVVEGPAQAMSRGTMIVGAATGGILLLLDVVSLAYESKHLLE
250 260 270 280 290 300
310 320 330
pF1KE6 GAKSESAEELKKRAQELEGKLNFLTKIHEMLQPGQDQ
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 GAKSESAEELKKRAQELEGKLNFLTKIHEMLQPGQDQ
310 320 330
>>CCDS46702.1 APOL1 gene_id:8542|Hs108|chr22 (380 aa)
initn: 1267 init1: 973 opt: 1262 Z-score: 1414.2 bits: 270.2 E(32554): 1.9e-72
Smith-Waterman score: 1262; 61.8% identity (82.8% similar) in 338 aa overlap (1-336:42-379)
10 20 30
pF1KE6 MNPESSIFIEDYLKYFQDQVSRENLLQLLT
:.::::::::: .:::...:: .::: :::
CCDS46 LCIWVQQNVPSGTDTGDPQSKPLGDWAAGTMDPESSIFIEDAIKYFKEKVSTQNLLLLLT
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80 90
pF1KE6 DDEAWNGFVAAAELPRDEADELRKALNKLASHMVMKDKNRHDKDQQHRQWFLKEFPRLKR
:.::::::::::::::.:::::::::..:: .:.::::: ::: ::.:.::::::::::
CCDS46 DNEAWNGFVAAAELPRNEADELRKALDNLARQMIMKDKNWHDKGQQYRNWFLKEFPRLKS
80 90 100 110 120 130
100 110 120 130 140 150
pF1KE6 ELEDHIRKLRALAEEVEQVHRGTTIANVVSNSVGTTSGILTLLGLGLAPFTEGISFVLLD
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CCDS46 ELEDNIRRLRALADGVQKVHKGTTIANVVSGSLSISSGILTLVGMGLAPFTEGGSLVLLE
140 150 160 170 180 190
160 170 180 190 200 210
pF1KE6 TGMGLGAAAAVAGITCSVVELVNKLRARAQARNLDQSGTNVAKVMKEFVGGNTPNVLTLV
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CCDS46 PGMELGITAALTGITSSTMDYGKKWWTQAQAHDLVIKSLDKLKEVREFLGENISNFLSLA
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260
pF1KE6 DNWYQVTQGIGRNIRAIRRARANPQL--GAYAPPPHVIGRISAEGGEQVERVVEGPAQAM
: ::.:.:::..:::.:::::: : : : :.: ::::.::::::: : :
CCDS46 GNTYQLTRGIGKDIRALRRARANLQSVPHASASRPRVTEPISAESGEQVERVNEPSILEM
260 270 280 290 300 310
270 280 290 300 310 320
pF1KE6 SRGTMIVGAATGGILLLLDVVSLAYESKHLLEGAKSESAEELKKRAQELEGKLNFLTKIH
:::. .. .: ...:.:::: :.:::::: ::::::.:::::: ::::: :::.:.. .
CCDS46 SRGVKLTDVAPVSFFLVLDVVYLVYESKHLHEGAKSETAEELKKVAQELEEKLNILNNNY
320 330 340 350 360 370
330
pF1KE6 EMLQPGQDQ
..:: :.
CCDS46 KILQADQEL
380
>>CCDS13926.1 APOL1 gene_id:8542|Hs108|chr22 (398 aa)
initn: 1267 init1: 973 opt: 1262 Z-score: 1413.9 bits: 270.2 E(32554): 1.9e-72
Smith-Waterman score: 1262; 61.8% identity (82.8% similar) in 338 aa overlap (1-336:60-397)
10 20 30
pF1KE6 MNPESSIFIEDYLKYFQDQVSRENLLQLLT
:.::::::::: .:::...:: .::: :::
CCDS13 AGARVQQNVPSGTDTGDPQSKPLGDWAAGTMDPESSIFIEDAIKYFKEKVSTQNLLLLLT
30 40 50 60 70 80
40 50 60 70 80 90
pF1KE6 DDEAWNGFVAAAELPRDEADELRKALNKLASHMVMKDKNRHDKDQQHRQWFLKEFPRLKR
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CCDS13 DNEAWNGFVAAAELPRNEADELRKALDNLARQMIMKDKNWHDKGQQYRNWFLKEFPRLKS
90 100 110 120 130 140
100 110 120 130 140 150
pF1KE6 ELEDHIRKLRALAEEVEQVHRGTTIANVVSNSVGTTSGILTLLGLGLAPFTEGISFVLLD
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CCDS13 ELEDNIRRLRALADGVQKVHKGTTIANVVSGSLSISSGILTLVGMGLAPFTEGGSLVLLE
150 160 170 180 190 200
160 170 180 190 200 210
pF1KE6 TGMGLGAAAAVAGITCSVVELVNKLRARAQARNLDQSGTNVAKVMKEFVGGNTPNVLTLV
:: :: .::..::: :... .: ..:::..: .. . : ..::.: : : :.:.
CCDS13 PGMELGITAALTGITSSTMDYGKKWWTQAQAHDLVIKSLDKLKEVREFLGENISNFLSLA
210 220 230 240 250 260
220 230 240 250 260
pF1KE6 DNWYQVTQGIGRNIRAIRRARANPQL--GAYAPPPHVIGRISAEGGEQVERVVEGPAQAM
: ::.:.:::..:::.:::::: : : : :.: ::::.::::::: : :
CCDS13 GNTYQLTRGIGKDIRALRRARANLQSVPHASASRPRVTEPISAESGEQVERVNEPSILEM
270 280 290 300 310 320
270 280 290 300 310 320
pF1KE6 SRGTMIVGAATGGILLLLDVVSLAYESKHLLEGAKSESAEELKKRAQELEGKLNFLTKIH
:::. .. .: ...:.:::: :.:::::: ::::::.:::::: ::::: :::.:.. .
CCDS13 SRGVKLTDVAPVSFFLVLDVVYLVYESKHLHEGAKSETAEELKKVAQELEEKLNILNNNY
330 340 350 360 370 380
330
pF1KE6 EMLQPGQDQ
..:: :.
CCDS13 KILQADQEL
390
>>CCDS13925.1 APOL1 gene_id:8542|Hs108|chr22 (414 aa)
initn: 1267 init1: 973 opt: 1262 Z-score: 1413.7 bits: 270.3 E(32554): 2e-72
Smith-Waterman score: 1262; 61.8% identity (82.8% similar) in 338 aa overlap (1-336:76-413)
10 20 30
pF1KE6 MNPESSIFIEDYLKYFQDQVSRENLLQLLT
:.::::::::: .:::...:: .::: :::
CCDS13 AGARVQQNVPSGTDTGDPQSKPLGDWAAGTMDPESSIFIEDAIKYFKEKVSTQNLLLLLT
50 60 70 80 90 100
40 50 60 70 80 90
pF1KE6 DDEAWNGFVAAAELPRDEADELRKALNKLASHMVMKDKNRHDKDQQHRQWFLKEFPRLKR
:.::::::::::::::.:::::::::..:: .:.::::: ::: ::.:.::::::::::
CCDS13 DNEAWNGFVAAAELPRNEADELRKALDNLARQMIMKDKNWHDKGQQYRNWFLKEFPRLKS
110 120 130 140 150 160
100 110 120 130 140 150
pF1KE6 ELEDHIRKLRALAEEVEQVHRGTTIANVVSNSVGTTSGILTLLGLGLAPFTEGISFVLLD
::::.::.:::::. :..::.:::::::::.:.. .::::::.:.:::::::: :.:::.
CCDS13 ELEDNIRRLRALADGVQKVHKGTTIANVVSGSLSISSGILTLVGMGLAPFTEGGSLVLLE
170 180 190 200 210 220
160 170 180 190 200 210
pF1KE6 TGMGLGAAAAVAGITCSVVELVNKLRARAQARNLDQSGTNVAKVMKEFVGGNTPNVLTLV
:: :: .::..::: :... .: ..:::..: .. . : ..::.: : : :.:.
CCDS13 PGMELGITAALTGITSSTMDYGKKWWTQAQAHDLVIKSLDKLKEVREFLGENISNFLSLA
230 240 250 260 270 280
220 230 240 250 260
pF1KE6 DNWYQVTQGIGRNIRAIRRARANPQL--GAYAPPPHVIGRISAEGGEQVERVVEGPAQAM
: ::.:.:::..:::.:::::: : : : :.: ::::.::::::: : :
CCDS13 GNTYQLTRGIGKDIRALRRARANLQSVPHASASRPRVTEPISAESGEQVERVNEPSILEM
290 300 310 320 330 340
270 280 290 300 310 320
pF1KE6 SRGTMIVGAATGGILLLLDVVSLAYESKHLLEGAKSESAEELKKRAQELEGKLNFLTKIH
:::. .. .: ...:.:::: :.:::::: ::::::.:::::: ::::: :::.:.. .
CCDS13 SRGVKLTDVAPVSFFLVLDVVYLVYESKHLHEGAKSETAEELKKVAQELEEKLNILNNNY
350 360 370 380 390 400
330
pF1KE6 EMLQPGQDQ
..:: :.
CCDS13 KILQADQEL
410
>>CCDS13922.1 APOL3 gene_id:80833|Hs108|chr22 (402 aa)
initn: 1051 init1: 752 opt: 1033 Z-score: 1158.1 bits: 222.9 E(32554): 3.5e-58
Smith-Waterman score: 1033; 52.7% identity (79.4% similar) in 330 aa overlap (4-333:75-398)
10 20 30
pF1KE6 MNPESSIFIEDYLKYFQDQVSRENLLQLLTDDE
:.. : :. :::...:: .: :::..:
CCDS13 GYYADARLEVGSTQLRTAGSCSHSFKRSFLEKKRFTEEATKYFRERVSPVHLQILLTNNE
50 60 70 80 90 100
40 50 60 70 80 90
pF1KE6 AWNGFVAAAELPRDEADELRKALNKLASHMVMKDKNRHDKDQQHRQWFLKEFPRLKRELE
::. ::.:::::::::: : .::.:: .. ...:. ..::.: :.:::::::..::...
CCDS13 AWKRFVTAAELPRDEADALYEALKKLRTYAAIEDEYVQQKDEQFREWFLKEFPQVKRKIQ
110 120 130 140 150 160
100 110 120 130 140 150
pF1KE6 DHIRKLRALAEEVEQVHRGTTIANVVSNSVGTTSGILTLLGLGLAPFTEGISFVLLDTGM
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CCDS13 ESIEKLRALANGIEEVHRGCTISNVVSSSTGAASGIMSLAGLVLAPFTAGTSLALTAAGV
170 180 190 200 210 220
160 170 180 190 200 210
pF1KE6 GLGAAAAVAGITCSVVELVNKLRARAQARNLDQSGTNVAKVMKEFVGGNTPNVLTLVDNW
:::::.::.::: :.:: :.:.: : .. . ::.:: . :::.:.:..:.
CCDS13 GLGAASAVTGITTSIVEHSYTSSAEAEASRLTATSIDRLKVFKEVMRDITPNLLSLLNNY
230 240 250 260 270 280
220 230 240 250 260 270
pF1KE6 YQVTQGIGRNIRAIRRARANPQLGAYAPPPHVIGRISAEGGEQVERVVEGPAQAMSRGTM
:..:: :: .:::::.::: .: : . :::: .: :.::.. : ..:.:::.
CCDS13 YEATQTIGSEIRAIRQARARARL------PVTTWRISAGSGGQAERTIAGTTRAVSRGAR
290 300 310 320 330
280 290 300 310 320 330
pF1KE6 IVGAATGGILLLLDVVSLAYESKHLLEGAKSESAEELKKRAQELEGKLNFLTKIHEMLQP
:..:.:.::.: ::::.:.:::::: ::::: :::::...::::: .: ::.:.. :.:
CCDS13 ILSATTSGIFLALDVVNLVYESKHLHEGAKSASAEELRRQAQELEENLMELTQIYQRLNP
340 350 360 370 380 390
pF1KE6 GQDQ
CCDS13 CHTH
400
>>CCDS74851.1 APOL4 gene_id:80832|Hs108|chr22 (348 aa)
initn: 819 init1: 431 opt: 653 Z-score: 734.5 bits: 144.3 E(32554): 1.4e-34
Smith-Waterman score: 798; 41.3% identity (74.3% similar) in 334 aa overlap (4-334:28-348)
10 20 30
pF1KE6 MNPESSIFIEDYLKYFQDQVSRENLLQLLTDDEAWN
:.. : :. ..::: .:: .: :::.::::.
CCDS74 MGSWVQLITSVGVQQNHPGWTVAGQFQEKKRFTEEVIEYFQKKVSPVHLKILLTSDEAWK
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KE6 GFVAAAELPRDEADELRKALNKLASHMVMKDKNRHDKDQQHRQWFLKEFPRLKRELEDHI
:: .:::::.::: : .::..:. .....::. ..:.:: :.:::::::... .... :
CCDS74 RFVRVAELPREEADALYEALKNLTPYVAIEDKDMQQKEQQFREWFLKEFPQIRWKIQESI
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE6 RKLRALAEEVEQVHRGTTIANVVSNSVGTTSGILTLLGLGLAPFTEGISFVLLDTGMGLG
..::..:.:.:.:::: .::::::.: .:::...:. ::::: :.:. . .:.:::
CCDS74 ERLRVIANEIEKVHRGCVIANVVSGS----TGILSVIGVMLAPFTAGLSLSITAAGVGLG
130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KE6 AAAAVAGITCSVVELVNKLRARAQARNLDQSGTNVAKVMKEFVGGNTPNVLTLVDNWYQV
:.:.:::. :.:: . :. : : ..:. ....... :::::... .. ..
CCDS74 IASATAGIASSIVENTYTRSAELTASRLTATSTDQLEALRDILRDITPNVLSFALDFDEA
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KE6 TQGIGRNIRAIRRARAN---PQLGAYAPPPHVIGRISAEGGEQVERVVEGPAQAMSRGTM
:. :. .....::..:. : .. : .:. . ..:. :.:. :. .
CCDS74 TKMIANDVHTLRRSKATVGRPLIAWRYVPINVVETLRTRGAP--TRIVRKVARNL-----
240 250 260 270 280
280 290 300 310 320 330
pF1KE6 IVGAATGGILLLLDVVSLAYESKHLLEGAKSESAEELKKRAQELEGKLNFLTKIHEMLQP
: ::.:.:..::::.:. .: : .:::::::: :.. ::::: .:: ::.::. :.
CCDS74 --GKATSGVLVVLDVVNLVQDSLDLHKGAKSESAESLRQWAQELEENLNELTHIHQSLKA
290 300 310 320 330 340
pF1KE6 GQDQ
:
CCDS74 G
>>CCDS74852.1 APOL4 gene_id:80832|Hs108|chr22 (351 aa)
initn: 819 init1: 431 opt: 653 Z-score: 734.5 bits: 144.3 E(32554): 1.4e-34
Smith-Waterman score: 798; 41.3% identity (74.3% similar) in 334 aa overlap (4-334:31-351)
10 20 30
pF1KE6 MNPESSIFIEDYLKYFQDQVSRENLLQLLTDDE
:.. : :. ..::: .:: .: :::.::
CCDS74 MEGAALLKIFVVCIWVQQNHPGWTVAGQFQEKKRFTEEVIEYFQKKVSPVHLKILLTSDE
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KE6 AWNGFVAAAELPRDEADELRKALNKLASHMVMKDKNRHDKDQQHRQWFLKEFPRLKRELE
::. :: .:::::.::: : .::..:. .....::. ..:.:: :.:::::::... ...
CCDS74 AWKRFVRVAELPREEADALYEALKNLTPYVAIEDKDMQQKEQQFREWFLKEFPQIRWKIQ
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE6 DHIRKLRALAEEVEQVHRGTTIANVVSNSVGTTSGILTLLGLGLAPFTEGISFVLLDTGM
. :..::..:.:.:.:::: .::::::.: .:::...:. ::::: :.:. . .:.
CCDS74 ESIERLRVIANEIEKVHRGCVIANVVSGS----TGILSVIGVMLAPFTAGLSLSITAAGV
130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KE6 GLGAAAAVAGITCSVVELVNKLRARAQARNLDQSGTNVAKVMKEFVGGNTPNVLTLVDNW
::: :.:.:::. :.:: . :. : : ..:. ....... :::::... ..
CCDS74 GLGIASATAGIASSIVENTYTRSAELTASRLTATSTDQLEALRDILRDITPNVLSFALDF
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KE6 YQVTQGIGRNIRAIRRARAN---PQLGAYAPPPHVIGRISAEGGEQVERVVEGPAQAMSR
..:. :. .....::..:. : .. : .:. . ..:. :.:. :. .
CCDS74 DEATKMIANDVHTLRRSKATVGRPLIAWRYVPINVVETLRTRGAP--TRIVRKVARNL--
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KE6 GTMIVGAATGGILLLLDVVSLAYESKHLLEGAKSESAEELKKRAQELEGKLNFLTKIHEM
: ::.:.:..::::.:. .: : .:::::::: :.. ::::: .:: ::.::.
CCDS74 -----GKATSGVLVVLDVVNLVQDSLDLHKGAKSESAESLRQWAQELEENLNELTHIHQS
300 310 320 330 340
pF1KE6 LQPGQDQ
:. :
CCDS74 LKAG
350
>>CCDS13924.1 APOL3 gene_id:80833|Hs108|chr22 (202 aa)
initn: 601 init1: 313 opt: 583 Z-score: 659.7 bits: 129.7 E(32554): 2e-30
Smith-Waterman score: 583; 51.5% identity (76.0% similar) in 204 aa overlap (130-333:1-198)
100 110 120 130 140 150
pF1KE6 RALAEEVEQVHRGTTIANVVSNSVGTTSGILTLLGLGLAPFTEGISFVLLDTGMGLGAAA
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