Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE6313
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6313, 415 aa
1>>>pF1KE6313 415 - 415 aa - 415 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5266+/-0.000952; mu= 15.6206+/- 0.057
mean_var=62.2870+/-12.467, 0's: 0 Z-trim(104.5): 26 B-trim: 435 in 1/50
Lambda= 0.162508
statistics sampled from 7918 (7942) to 7918 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.616), E-opt: 0.2 (0.244), width: 16
Scan time: 2.140
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8498.1 ACAD8 gene_id:27034|Hs108|chr11 ( 415) 2770 658.2 4e-189
CCDS9207.1 ACADS gene_id:35|Hs108|chr12 ( 412) 871 213.0 4.2e-55
CCDS668.1 ACADM gene_id:34|Hs108|chr1 ( 421) 783 192.4 7e-49
CCDS44165.1 ACADM gene_id:34|Hs108|chr1 ( 425) 783 192.4 7.1e-49
CCDS65562.1 ACADM gene_id:34|Hs108|chr1 ( 385) 777 190.9 1.7e-48
CCDS7634.1 ACADSB gene_id:36|Hs108|chr10 ( 432) 753 185.3 9.4e-47
CCDS10057.2 IVD gene_id:3712|Hs108|chr15 ( 426) 743 183.0 4.7e-46
CCDS76610.1 ACADS gene_id:35|Hs108|chr12 ( 408) 709 175.0 1.1e-43
CCDS81518.1 ACADSB gene_id:36|Hs108|chr10 ( 330) 705 174.0 1.8e-43
CCDS2389.1 ACADL gene_id:33|Hs108|chr2 ( 430) 684 169.2 7e-42
CCDS53930.1 IVD gene_id:3712|Hs108|chr15 ( 396) 677 167.5 2e-41
CCDS72807.1 ACADM gene_id:34|Hs108|chr1 ( 454) 647 160.5 3e-39
CCDS3053.1 ACAD9 gene_id:28976|Hs108|chr3 ( 621) 624 155.1 1.7e-37
CCDS42249.1 ACADVL gene_id:37|Hs108|chr17 ( 633) 576 143.9 4.1e-34
CCDS11090.1 ACADVL gene_id:37|Hs108|chr17 ( 655) 576 143.9 4.3e-34
CCDS58509.1 ACADVL gene_id:37|Hs108|chr17 ( 678) 576 143.9 4.4e-34
CCDS12286.1 GCDH gene_id:2639|Hs108|chr19 ( 438) 424 108.2 1.6e-23
CCDS31903.1 ACAD10 gene_id:80724|Hs108|chr12 (1059) 333 87.0 9.3e-17
CCDS44973.1 ACAD10 gene_id:80724|Hs108|chr12 (1090) 333 87.0 9.5e-17
CCDS3074.1 ACAD11 gene_id:84129|Hs108|chr3 ( 780) 250 67.5 5.1e-11
>>CCDS8498.1 ACAD8 gene_id:27034|Hs108|chr11 (415 aa)
initn: 2770 init1: 2770 opt: 2770 Z-score: 3508.8 bits: 658.2 E(32554): 4e-189
Smith-Waterman score: 2770; 99.8% identity (99.8% similar) in 415 aa overlap (1-415:1-415)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MLWSGCRRFGARLGCLPGGLRVLVQTGHRSLTSCIDPSMGLNEEQKEFQKVAFDFAAREM
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CCDS84 MLWSGCRRFGARLGCLPGGLRVLVQTGHRSLTSCIDPSMGLNEEQKEFQKVAFDFAAREM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 APNMAEWDQKELFPVDVMRKAAQLGFGGVYIQTDVGGSGLSRLDTSVIFEALATGCTSTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 APNMAEWDQKELFPVDVMRKAAQLGFGGVYIQTDVGGSGLSRLDTSVIFEALATGCTSTT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 AYISIHNMCAWMIDSFGNEEQRHKFCPPLCTMEKFASYCLTEPGSGSDAASLLTSAKKQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS84 AYISIHNMCAWMIDSFGNEEQRHKFCPPLCTMEKFASYCLTEPGSGSDAASLLTSAKKQG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 DHYILNGSKAFISGAGESDIYVVMCRTGGLGPKGISCIVVEKGTPGLSFGKKEKKVGWNS
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CCDS84 DHYILNGSKAFISGAGESDIYVVMCRTGGPGPKGISCIVVEKGTPGLSFGKKEKKVGWNS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 QPTRAVIFEDCAVPVANRIGSEGQGFLIAVRGLNGGRINIASCSLGAAHASVILTRDHLN
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CCDS84 QPTRAVIFEDCAVPVANRIGSEGQGFLIAVRGLNGGRINIASCSLGAAHASVILTRDHLN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE6 VRKQFGEPLASNQYLQFTLADMATRLVAARLMVRNAAVALQEERKDAVALCSMAKLFATD
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CCDS84 VRKQFGEPLASNQYLQFTLADMATRLVAARLMVRNAAVALQEERKDAVALCSMAKLFATD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KE6 ECFAICNQALQMHGGYGYLKDYAVQQYVRDSRVHQILEGSNEVMRILISRSLLQE
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CCDS84 ECFAICNQALQMHGGYGYLKDYAVQQYVRDSRVHQILEGSNEVMRILISRSLLQE
370 380 390 400 410
>>CCDS9207.1 ACADS gene_id:35|Hs108|chr12 (412 aa)
initn: 749 init1: 332 opt: 871 Z-score: 1102.7 bits: 213.0 E(32554): 4.2e-55
Smith-Waterman score: 871; 37.4% identity (70.2% similar) in 396 aa overlap (21-414:15-408)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MLWSGCRRFGARLGCLPGGLRVLVQTGHRSLTSCIDPSMGLNEEQKEFQKVAFDFAAREM
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CCDS92 MAAALLARASGPARRALCPRAWRQLHT-IYQSVELPETHQMLLQTCRDFAEKEL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 APNMAEWDQKELFPVDVMRKAAQLGFGGVYIQTDVGGSGLSRLDTSVIFEALATGCTSTT
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CCDS92 FPIAAQVDKEHLFPAAQVKKMGGLGLLAMDVPEELGGAGLDYLAYAIAMEEISRGCASTG
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KE6 AYISIHN-MCAWMIDSFGNEEQRHKFCPPLCTMEKFASYCLTEPGSGSDAASLLTSAKKQ
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CCDS92 VIMSVNNSLYLGPILKFGSKEQKQAWVTPFTSGDKIGCFALSEPGNGSDAGAASTTARAE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 GDHYILNGSKAFISGAGESDIYVVMCRTG-GLGPKGISCIVVEKGTPGLSFGKKEKKVGW
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CCDS92 GDSWVLNGTKAWITNAWEASAAVVFASTDRALQNKGISAFLVPMPTPGLTLGKKEDKLGI
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE6 NSQPTRAVIFEDCAVPVANRIGSEGQGFLIAVRGLNGGRINIASCSLGAAHASVILTRDH
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CCDS92 RGSSTANLIFEDCRIPKDSILGEPGMGFKIAMQTLDMGRIGIASQALGIAQTALDCAVNY
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE6 LNVRKQFGEPLASNQYLQFTLADMATRLVAARLMVRNAAVALQEERKDAVALCSMAKLFA
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CCDS92 AENRMAFGAPLTKLQVIQFKLADMALALESARLLTWRAAM-LKDNKKPFIKEAAMAKLAA
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE6 TDECFAICNQALQMHGGYGYLKDYAVQQYVRDSRVHQILEGSNEVMRILISRSLLQE
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CCDS92 SEAATAISHQAIQILGGMGYVTEMPAERHYRDARITEIYEGTSEIQRLVIAGHLLRSYRS
360 370 380 390 400 410
>>CCDS668.1 ACADM gene_id:34|Hs108|chr1 (421 aa)
initn: 767 init1: 400 opt: 783 Z-score: 991.0 bits: 192.4 E(32554): 7e-49
Smith-Waterman score: 783; 33.7% identity (68.1% similar) in 383 aa overlap (36-410:32-413)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 CRRFGARLGCLPGGLRVLVQTGHRSLTSCIDPSMGLN----EEQKEFQKVAFDFAAREMA
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CCDS66 AAGFGRCCRVLRSISRFHWRSQHTKANRQREPGLGFSFEFTEQQKEFQATARKFAREEII
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 PNMAEWDQKELFPVDVMRKAAQLGFGGVYIQTDVGGSGLSRLDTSVIFEALATGCTSTTA
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CCDS66 PVAAEYDKTGEYPVPLIRRAWELGLMNTHIPENCGGLGLGTFDACLISEELAYGCTGVQT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 YISIHNMCAWMIDSFGNEEQRHKFCPPLCTMEKFASYCLTEPGSGSDAASLLTSAKKQGD
: ... : ::..:..:. . . .::.::::.:::.:.. :.:.:.::
CCDS66 AIEGNSLGQMPIIIAGNDQQKKKYLGRMTEEPLMCAYCVTEPGAGSDVAGIKTKAEKKGD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230
pF1KE6 HYILNGSKAFISGAGESDIYVVMCRTGG--LGP--KGISCIVVEKGTPGLSFGKKEKKVG
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CCDS66 EYIINGQKMWITNGGKANWYFLLARSDPDPKAPANKAFTGFIVEADTPGIQIGRKELNMG
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE6 WNSQPTRAVIFEDCAVPVANRIGSEGQGFLIAVRGLNGGRINIASCSLGAAHASVILTRD
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CCDS66 QRCSDTRGIVFEDVKVPKENVLIGDGAGFKVAMGAFDKTRPVVAAGAVGLAQRALDEATK
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE6 HLNVRKQFGEPLASNQYLQFTLADMATRLVAARLMVRNAAVALQEERKDAVALCSMAKLF
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CCDS66 YALERKTFGKLLVEHQAISFMLAEMAMKVELARMSYQRAAWEVDSGRRNTY-YASIAKAF
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE6 ATDECFAICNQALQMHGGYGYLKDYAVQQYVRDSRVHQILEGSNEVMRILISRSLLQE
: : . ..:.:. :: :. .: :.. .::....:: ::.....:....:
CCDS66 AGDIANQLATDAVQILGGNGFNTEYPVEKLMRDAKIYQIYEGTSQIQRLIVAREHIDKYK
370 380 390 400 410 420
CCDS66 N
>>CCDS44165.1 ACADM gene_id:34|Hs108|chr1 (425 aa)
initn: 767 init1: 400 opt: 783 Z-score: 990.9 bits: 192.4 E(32554): 7.1e-49
Smith-Waterman score: 783; 33.7% identity (68.1% similar) in 383 aa overlap (36-410:36-417)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 CRRFGARLGCLPGGLRVLVQTGHRSLTSCIDPSMGLN----EEQKEFQKVAFDFAAREMA
.:..:.. :.::::: .: :: .:.
CCDS44 GRCCRCSLQVLRSISRFHWRSQHTKANRQREPGLGFSFEFTEQQKEFQATARKFAREEII
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 PNMAEWDQKELFPVDVMRKAAQLGFGGVYIQTDVGGSGLSRLDTSVIFEALATGCTSTTA
: ::.:. .:: ..:.: .::. ...: . :: ::. .:. .: : :: :::.. .
CCDS44 PVAAEYDKTGEYPVPLIRRAWELGLMNTHIPENCGGLGLGTFDACLISEELAYGCTGVQT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 YISIHNMCAWMIDSFGNEEQRHKFCPPLCTMEKFASYCLTEPGSGSDAASLLTSAKKQGD
: ... : ::..:..:. . . .::.::::.:::.:.. :.:.:.::
CCDS44 AIEGNSLGQMPIIIAGNDQQKKKYLGRMTEEPLMCAYCVTEPGAGSDVAGIKTKAEKKGD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230
pF1KE6 HYILNGSKAFISGAGESDIYVVMCRTGG--LGP--KGISCIVVEKGTPGLSFGKKEKKVG
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CCDS44 EYIINGQKMWITNGGKANWYFLLARSDPDPKAPANKAFTGFIVEADTPGIQIGRKELNMG
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE6 WNSQPTRAVIFEDCAVPVANRIGSEGQGFLIAVRGLNGGRINIASCSLGAAHASVILTRD
. ::...::: :: : . ..: :: .:. ... : .:. ..: :. .. .
CCDS44 QRCSDTRGIVFEDVKVPKENVLIGDGAGFKVAMGAFDKTRPVVAAGAVGLAQRALDEATK
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE6 HLNVRKQFGEPLASNQYLQFTLADMATRLVAARLMVRNAAVALQEERKDAVALCSMAKLF
. :: ::. :. .: ..: ::.:: .. ::. . :: .. :... :.:: :
CCDS44 YALERKTFGKLLVEHQAISFMLAEMAMKVELARMSYQRAAWEVDSGRRNTY-YASIAKAF
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE6 ATDECFAICNQALQMHGGYGYLKDYAVQQYVRDSRVHQILEGSNEVMRILISRSLLQE
: : . ..:.:. :: :. .: :.. .::....:: ::.....:....:
CCDS44 AGDIANQLATDAVQILGGNGFNTEYPVEKLMRDAKIYQIYEGTSQIQRLIVAREHIDKYK
370 380 390 400 410 420
CCDS44 N
>>CCDS65562.1 ACADM gene_id:34|Hs108|chr1 (385 aa)
initn: 767 init1: 400 opt: 777 Z-score: 984.0 bits: 190.9 E(32554): 1.7e-48
Smith-Waterman score: 777; 34.0% identity (68.4% similar) in 374 aa overlap (41-410:5-377)
20 30 40 50 60 70
pF1KE6 ARLGCLPGGLRVLVQTGHRSLTSCIDPSMGLNEEQKEFQKVAFDFAAREMAPNMAEWDQK
..:.::::: .: :: .:. : ::.:.
CCDS65 MLQEFTEQQKEFQATARKFAREEIIPVAAEYDKT
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KE6 ELFPVDVMRKAAQLGFGGVYIQTDVGGSGLSRLDTSVIFEALATGCTSTTAYISIHNMCA
.:: ..:.: .::. ...: . :: ::. .:. .: : :: :::.. . : ...
CCDS65 GEYPVPLIRRAWELGLMNTHIPENCGGLGLGTFDACLISEELAYGCTGVQTAIEGNSLGQ
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KE6 WMIDSFGNEEQRHKFCPPLCTMEKFASYCLTEPGSGSDAASLLTSAKKQGDHYILNGSKA
: ::..:..:. . . .::.::::.:::.:.. :.:.:.::.::.::.:
CCDS65 MPIIIAGNDQQKKKYLGRMTEEPLMCAYCVTEPGAGSDVAGIKTKAEKKGDEYIINGQKM
100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240
pF1KE6 FISGAGESDIYVVMCRTGG--LGP--KGISCIVVEKGTPGLSFGKKEKKVGWNSQPTRAV
.:...:... : .. :. .: :... ..:: :::...:.:: ..: . ::..
CCDS65 WITNGGKANWYFLLARSDPDPKAPANKAFTGFIVEADTPGIQIGRKELNMGQRCSDTRGI
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 IFEDCAVPVANRIGSEGQGFLIAVRGLNGGRINIASCSLGAAHASVILTRDHLNVRKQFG
.::: :: : . ..: :: .:. ... : .:. ..: :. .. . . :: ::
CCDS65 VFEDVKVPKENVLIGDGAGFKVAMGAFDKTRPVVAAGAVGLAQRALDEATKYALERKTFG
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KE6 EPLASNQYLQFTLADMATRLVAARLMVRNAAVALQEERKDAVALCSMAKLFATDECFAIC
. :. .: ..: ::.:: .. ::. . :: .. :... :.:: :: : .
CCDS65 KLLVEHQAISFMLAEMAMKVELARMSYQRAAWEVDSGRRNTY-YASIAKAFAGDIANQLA
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410
pF1KE6 NQALQMHGGYGYLKDYAVQQYVRDSRVHQILEGSNEVMRILISRSLLQE
..:.:. :: :. .: :.. .::....:: ::.....:....:
CCDS65 TDAVQILGGNGFNTEYPVEKLMRDAKIYQIYEGTSQIQRLIVAREHIDKYKN
340 350 360 370 380
>>CCDS7634.1 ACADSB gene_id:36|Hs108|chr10 (432 aa)
initn: 582 init1: 303 opt: 753 Z-score: 952.8 bits: 185.3 E(32554): 9.4e-47
Smith-Waterman score: 753; 36.0% identity (65.6% similar) in 381 aa overlap (37-415:53-431)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 RRFGARLGCLPGGLRVLVQTGHRSLTSCIDPSMGLNEEQKEFQKVAFDFAAREMAPNMAE
: . ...:. ... . :: ...:: ..
CCDS76 LSSWKIPPHVSKSSQSEALLNITNNGIHFAPLQTFTDEEMMIKSSVKKFAQEQIAPLVST
30 40 50 60 70 80
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 WDQKELFPVDVMRKAAQLGFGGVYIQTDVGGSGLSRLDTSVIFEALATGCTSTTAYISIH
:.. . .:.. : :. :. .. . ::.: : :.: ...: :: .:.... :.
CCDS76 MDENSKMEKSVIQGLFQQGLMGIEVDPEYGGTGASFLSTVLVIEELAKVDASVAVFCEIQ
90 100 110 120 130 140
130 140 150 160 170 180
pF1KE6 N-MCAWMIDSFGNEEQRHKFCPPLCTMEKFASYCLTEPGSGSDAASLLTSAKKQGDHYIL
: . .: . :.:::. . : : : :: .:.::.: :.:::. .: : : :.::.:.:
CCDS76 NTLINTLIRKHGTEEQKATYLPQL-TTEKVGSFCLSEAGAGSDSFALKTRADKEGDYYVL
150 160 170 180 190 200
190 200 210 220 230 240
pF1KE6 NGSKAFISGAGESDIYVVMCRTGG-LGPKGISCIVVEKGTPGLSFGKKEKKVGWNSQPTR
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CCDS76 NGSKMWISSAEHAGLFLVMANVDPTIGYKGITSFLVDRDTPGLHIGKPENKLGLRASSTC
210 220 230 240 250 260
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 AVIFEDCAVPVANRIGSEGQGFLIAVRGLNGGRINIASCSLGAAHASVILTRDHLNVRKQ
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CCDS76 PLTFENVKVPEANILGQIGHGYKYAIGSLNEGRIGIAAQMLGLAQGCFDYTIPYIKERIQ
270 280 290 300 310 320
310 320 330 340 350 360
pF1KE6 FGEPLASNQYLQFTLADMATRLVAARLMVRNAAVALQEERKDAVALCSMAKLFATDECFA
::. : . : :: .: .::.: ::::.. ::: : : : . :::: .:..
CCDS76 FGKRLFDFQGLQHQVAHVATQLEAARLLTYNAA-RLLEAGKPFIKEASMAKYYASEIAGQ
330 340 350 360 370 380
370 380 390 400 410
pF1KE6 ICNQALQMHGGYGYLKDYAVQQYVRDSRVHQILEGSNEVMRILISRSLLQE
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...::. : :... : . .. ..:: :. .. :::::. :. ...: .
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120 130 140 150 160 170
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CCDS10 TSKKLDKLGMRGSNTCELIFEDCKIPAANILGHENKGVYVLMSGLDLERLVLAGGPLGLM
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CCDS10 KDCAGVILYSAECATQVALDGIQCFGGNGYINDFPMGRFLRDAKLYEIGAGTSEVRRLVI
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410
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.:..
CCDS10 GRAFNADFH
420
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CCDS76 VIMSVNNSLYLGPILKFGSKEQKQAWVTPFTSGDKIGCFALSEPGP-----SLLGPT---
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CCDS76 DKLGIRGSSTANLIFEDCRIPKDSILGEPGMGFKIAMQTLDMGRIGIASQALGIAQTALD
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CCDS76 CAVNYAENRMAFGAPLTKLQVIQFKLADMALALESARLLTWRAAM-LKDNKKPFIKEAAM
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CCDS76 AKLAASEAATAISHQAIQILGGMGYVTEMPAERHYRDARITEIYEGTSEIQRLVIAGHLL
350 360 370 380 390 400
pF1KE6 QE
.
CCDS76 RSYRS
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CCDS81 MGIEVDPEYGGTGASFLSTVLVIEELAKVDA
10 20 30
120 130 140 150 160 170
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CCDS81 SVAVFCEIQNTLINTLIRKHGTEEQKATYLPQL-TTEKVGSFCLSEAGAGSDSFALKTRA
40 50 60 70 80 90
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CCDS81 DKEGDYYVLNGSKMWISSAEHAGLFLVMANVDPTIGYKGITSFLVDRDTPGLHIGKPENK
100 110 120 130 140 150
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CCDS81 LGLRASSTCPLTFENVKVPEANILGQIGHGYKYAIGSLNEGRIGIAAQMLGLAQGCFDYT
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CCDS81 IPYIKERIQFGKRLFDFQGLQHQVAHVATQLEAARLLTYNAA-RLLEAGKPFIKEASMAK
220 230 240 250 260
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CCDS81 Y
330
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10 20 30 40
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CCDS23 MAARLLRGSLRVLGGHRAPRQLPAARCSHSGGEERLETPSAKKLTD-IGIRRIFSPEHDI
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
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CCDS23 FRKSVRKFFQEEVIPHHSEWEKAGEVSREVWEKAGKQGLLGVNIAEHLGGIGGDLYSAAI
60 70 80 90 100 110
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CCDS23 VWEEQAYSNCSGPGF-SIHSGIVMSYITNHGSEEQIKHFIPQMTAGKCIGAIAMTEPGAG
120 130 140 150 160 170
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CCDS23 MKGFIKGRKLHKMGLKAQDTAELFFEDIRLPASALLGEENKGFYYIMKELPQERLLIADV
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