Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE5834
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5834, 459 aa
1>>>pF1KE5834 459 - 459 aa - 459 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.9823+/-0.00102; mu= 7.7477+/- 0.061
mean_var=258.2366+/-56.101, 0's: 0 Z-trim(112.8): 126 B-trim: 816 in 1/50
Lambda= 0.079811
statistics sampled from 13348 (13485) to 13348 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.737), E-opt: 0.2 (0.414), width: 16
Scan time: 3.400
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS83521.1 RBMY1D gene_id:378949|Hs108|chrY ( 459) 3221 384.1 1.6e-106
CCDS14796.1 RBMY1A1 gene_id:5940|Hs108|chrY ( 496) 2331 281.7 1.2e-75
CCDS35480.1 RBMY1D gene_id:378949|Hs108|chrY ( 496) 2322 280.7 2.4e-75
CCDS35479.1 RBMY1B gene_id:378948|Hs108|chrY ( 496) 2322 280.7 2.4e-75
CCDS35481.1 RBMY1E gene_id:378950|Hs108|chrY ( 496) 2321 280.6 2.6e-75
CCDS35484.1 RBMY1J gene_id:378951|Hs108|chrY ( 496) 2309 279.2 6.8e-75
CCDS35483.1 RBMY1F gene_id:159163|Hs108|chrY ( 496) 2309 279.2 6.8e-75
CCDS14661.1 RBMX gene_id:27316|Hs108|chrX ( 391) 1201 151.5 1.5e-36
CCDS716.1 RBMXL1 gene_id:494115|Hs108|chr1 ( 390) 1182 149.3 6.7e-36
CCDS7777.1 RBMXL2 gene_id:27288|Hs108|chr11 ( 392) 902 117.0 3.4e-26
CCDS55478.1 RBMXL3 gene_id:139804|Hs108|chrX (1067) 612 84.2 7.3e-16
>>CCDS83521.1 RBMY1D gene_id:378949|Hs108|chrY (459 aa)
initn: 3221 init1: 3221 opt: 3221 Z-score: 2026.0 bits: 384.1 E(32554): 1.6e-106
Smith-Waterman score: 3221; 99.8% identity (100.0% similar) in 459 aa overlap (1-459:1-459)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDRTSKSRGFAFITFENPAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDRTSKSRGFAFITFENPAD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 AKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 AKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGTR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 GWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMGS
:::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 GWLPSQEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMGS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 QGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 QGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYAY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 RDNGHSNRDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNRRSSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 RDNGHSNRDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNRRSSR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 ETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 ETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 GTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHAYSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 GTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHAYSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNP
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KE5 PSLGRVLPDPREACGSSSYVASIVDGGESRSEKGDSSRY
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 PSLGRVLPDPREACGSSSYVASIVDGGESRSEKGDSSRY
430 440 450
>>CCDS14796.1 RBMY1A1 gene_id:5940|Hs108|chrY (496 aa)
initn: 2309 init1: 2309 opt: 2331 Z-score: 1471.8 bits: 281.7 E(32554): 1.2e-75
Smith-Waterman score: 3113; 92.5% identity (92.5% similar) in 491 aa overlap (1-454:1-491)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDRTSKSRGFAFITFENPAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDRTSKSRGFAFITFENPAD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 AKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 AKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGTR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 GWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 GWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMGS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 QGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 QGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYAY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 RDNGHSNRDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNRRSSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 RDNGHSNRDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNRRSSR
250 260 270 280 290 300
310 320 330
pF1KE5 ETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGY------------------------------
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGYRNHPSSRETRDYAPPHRDYAYRDYGHSSWD
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380
pF1KE5 -------SYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 EHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHA
370 380 390 400 410 420
390 400 410 420 430 440
pF1KE5 YSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLGRVLPDPREACGSSSYVASI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 YSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLGRVLPDPREACGSSSYVASI
430 440 450 460 470 480
450
pF1KE5 VDGGESRSEKGDSSRY
:::::::::::
CCDS14 VDGGESRSEKGDSSRY
490
>>CCDS35480.1 RBMY1D gene_id:378949|Hs108|chrY (496 aa)
initn: 2300 init1: 2300 opt: 2322 Z-score: 1466.2 bits: 280.7 E(32554): 2.4e-75
Smith-Waterman score: 3104; 92.3% identity (92.5% similar) in 491 aa overlap (1-454:1-491)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDRTSKSRGFAFITFENPAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDRTSKSRGFAFITFENPAD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 AKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 AKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGTR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 GWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMGS
:::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 GWLPSQEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMGS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 QGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 QGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYAY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 RDNGHSNRDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNRRSSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 RDNGHSNRDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNRRSSR
250 260 270 280 290 300
310 320 330
pF1KE5 ETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGY------------------------------
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 ETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGYRNHPSSRETRDYAPPHRDYAYRDYGHSSWD
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380
pF1KE5 -------SYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 EHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHA
370 380 390 400 410 420
390 400 410 420 430 440
pF1KE5 YSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLGRVLPDPREACGSSSYVASI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 YSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLGRVLPDPREACGSSSYVASI
430 440 450 460 470 480
450
pF1KE5 VDGGESRSEKGDSSRY
:::::::::::
CCDS35 VDGGESRSEKGDSSRY
490
>>CCDS35479.1 RBMY1B gene_id:378948|Hs108|chrY (496 aa)
initn: 2300 init1: 2300 opt: 2322 Z-score: 1466.2 bits: 280.7 E(32554): 2.4e-75
Smith-Waterman score: 3088; 92.1% identity (92.3% similar) in 491 aa overlap (1-454:1-491)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDRTSKSRGFAFITFENPAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDRTSKSRGFAFITFENPAD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 AKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 AKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGTR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 GWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMGS
:::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 GWLPSQEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMGS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 QGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 QGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYAY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 RDNGHSNRDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNRRSSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 RDNGHSNRDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNRRSSR
250 260 270 280 290 300
310 320 330
pF1KE5 ETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGY------------------------------
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 ETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGYRNHPSSRETRDYAPPHRDYAYRDYGHSSWD
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380
pF1KE5 -------SYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 EHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHA
370 380 390 400 410 420
390 400 410 420 430 440
pF1KE5 YSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLGRVLPDPREACGSSSYVASI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::
CCDS35 YSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLGRVLPDPREAYGSSSYVASI
430 440 450 460 470 480
450
pF1KE5 VDGGESRSEKGDSSRY
:::::::::::
CCDS35 VDGGESRSEKGDSSRY
490
>>CCDS35481.1 RBMY1E gene_id:378950|Hs108|chrY (496 aa)
initn: 2300 init1: 2300 opt: 2321 Z-score: 1465.6 bits: 280.6 E(32554): 2.6e-75
Smith-Waterman score: 3100; 92.1% identity (92.5% similar) in 491 aa overlap (1-454:1-491)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDRTSKSRGFAFITFENPAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDRTSKSRGFAFITFENPAD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 AKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 AKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGTR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 GWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMGS
:::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 GWLPSQEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMGS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 QGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 QGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYAY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 RDNGHSNRDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNRRSSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 RDNGHSNRDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNRRSSR
250 260 270 280 290 300
310 320 330
pF1KE5 ETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGY------------------------------
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 ETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGYRNHPSSRETRDYAPPHRDYAYRDYGHSSWD
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380
pF1KE5 -------SYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHA
::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::
CCDS35 EHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTAHGAPPARGPRMSYGGSTCHA
370 380 390 400 410 420
390 400 410 420 430 440
pF1KE5 YSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLGRVLPDPREACGSSSYVASI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 YSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLGRVLPDPREACGSSSYVASI
430 440 450 460 470 480
450
pF1KE5 VDGGESRSEKGDSSRY
:::::::::::
CCDS35 VDGGESRSEKGDSSRY
490
>>CCDS35484.1 RBMY1J gene_id:378951|Hs108|chrY (496 aa)
initn: 2287 init1: 2287 opt: 2309 Z-score: 1458.1 bits: 279.2 E(32554): 6.8e-75
Smith-Waterman score: 3075; 91.6% identity (91.9% similar) in 491 aa overlap (1-454:1-491)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDRTSKSRGFAFITFENPAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDRTSKSRGFAFITFENPAD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 AKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGTR
:::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::
CCDS35 AKNAAKDMNGTSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSSGGTR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 GWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 GWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMGS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 QGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 QGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYAY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 RDNGHSNRDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNRRSSR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::
CCDS35 RDNGHSNRDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNHRSSR
250 260 270 280 290 300
310 320 330
pF1KE5 ETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGY------------------------------
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 ETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGYRNHPSSRETRDYAPPHRDYAYRDYGHSSWD
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380
pF1KE5 -------SYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 EHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHA
370 380 390 400 410 420
390 400 410 420 430 440
pF1KE5 YSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLGRVLPDPREACGSSSYVASI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::
CCDS35 YSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLGRVLPDPREAYGSSSYVASI
430 440 450 460 470 480
450
pF1KE5 VDGGESRSEKGDSSRY
:::::::::::
CCDS35 VDGGESRSEKGDSSRY
490
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10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDRTSKSRGFAFITFENPAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDRTSKSRGFAFITFENPAD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 AKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGTR
:::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::
CCDS35 AKNAAKDMNGTSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSSGGTR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 GWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 GWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMGS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 QGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 QGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYAY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 RDNGHSNRDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNRRSSR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::
CCDS35 RDNGHSNRDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNHRSSR
250 260 270 280 290 300
310 320 330
pF1KE5 ETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGY------------------------------
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 ETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGYRNHPSSRETRDYAPPHRDYAYRDYGHSSWD
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380
pF1KE5 -------SYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 EHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHA
370 380 390 400 410 420
390 400 410 420 430 440
pF1KE5 YSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLGRVLPDPREACGSSSYVASI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::
CCDS35 YSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLGRVLPDPREAYGSSSYVASI
430 440 450 460 470 480
450
pF1KE5 VDGGESRSEKGDSSRY
:::::::::::
CCDS35 VDGGESRSEKGDSSRY
490
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10 20 30 40 50
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:::::.:::::::::: ::::: :.:::::.: : ::::.::: :.:::::::.:::.::
CCDS14 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
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:::.::.::::::: ::::::::: ::::.:: :: :: :.:.: .::..::. :::
CCDS14 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFESG-RRGPPPPPRSRGPPRGLRGGRGGSGGT
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120 130 140 150 160 170
pF1KE5 RGWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
:: ::. ::.:::::. ...:: ::: .:::::: ::::::::.::::. .::.: ::
CCDS14 RGP-PSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPPPKRSAPSGPVRSSSGMG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 SQGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYA
...:.:. :..:: :::: . : :. .: : :::.:
CCDS14 GRAPVSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYST----------------------
180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 YRDNGHSNRDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNRRSS
.: .::: : :::.::::::: : ..::::::: ::
CCDS14 --------KDSYSSRDYP---SSRDTRDYAPPPRDYTYRDYGHS--------------SS
220 230 240 250
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 RETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQR
:. :: ::::: .::::. ::.:.: ::.::::. .
CCDS14 RD--------------DYP--------SRGYSDRDGYGR--DRDYSDHPSGGSYRDSYES
260 270 280
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 YGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHA-YSNTRDRYGRSWESYSSC-GDFHYCDREHVCRKDQ
::.:..:::.::: :::::. . ::..:: :: : .:::: .:.. :..: :...
CCDS14 YGNSRSAPPTRGPPPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSGRDRVGRQER
290 300 310 320 330 340
420 430 440 450
pF1KE5 RNPPSLGRVLPDPREACGSSSYVASIVDG-GESRSEKGDS-SRY
:::. : : ::.. .::: : : : :::..: . :::
CCDS14 GLPPSMERGYPPPRDSYSSSSRGAPRGGGRGGSRSDRGGGRSRY
350 360 370 380 390
>>CCDS716.1 RBMXL1 gene_id:494115|Hs108|chr1 (390 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KE5 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
:::::.:::::::::: ::::: :..::::.: : :::::::: :.:::::::.:::.::
CCDS71 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALETVFGKYGRIVEVLLIKDRETNKSRGFAFVTFESPA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT
:::.::.::::::: ::::::::: ::::. : :. :: :.:.: .. ..::. :::
CCDS71 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFERG-RHGPPPPPRSRGPPRGFGAGRGGSGGT
70 80 90 100 110
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pF1KE5 RGWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
:: ::. ::.:::::. ...:: ::: .:::::: ::::: ::.::::...::.: ::
CCDS71 RGP-PSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPSPKRSAPSGLVRSSSGMG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 SQGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYA
...:.:. :..:: :::: . : :. .: : :::.:
CCDS71 GRAPLSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYST----------------------
180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 YRDNGHSNRDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNRRSS
.: .::: : :::.::::::: : ..::::::: ::
CCDS71 --------KDSYSSRDYP---SSRDTRDYAPPPRDYTYRDYGHS--------------SS
220 230 240 250
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pF1KE5 RETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQR
:. .: ::::.: :: :::. ::.:.: ::.::::. .
CCDS71 RD--DY--PSRGYGDRD------------------GYGR--DRDYSDHPSGGSYRDSYES
260 270 280
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pF1KE5 YGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHA-YSNTRDRYGRSWESYSSC-GDFHY-CDREHVCRKD
::.:..:: .::: :::::. . ::..:: :: : .:::: .:.. ::: : :..
CCDS71 YGNSRSAPLTRGPPPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSCDR--VGRQE
290 300 310 320 330 340
420 430 440 450
pF1KE5 QRNPPSLGRVLPDPREACGSSSYVASIVDG-GESRSEKGDS-SRY
. :::. : :. :.. .::: : : : :::..: . :::
CCDS71 RGLPPSVERGYPSSRDSYSSSSRGAPRGAGPGGSRSDRGGGRSRY
350 360 370 380 390
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10 20 30 40 50
pF1KE5 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
:::::.:::::::::: ::.:: :.: :::.: : ::::.::: :.:::::::.:::.::
CCDS77 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT
::: ::.::::::: :::::: :: ::.:.:. : :: ::.: : ::..::. ::
CCDS77 DAKAAARDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPPRSRGR-PR-FLRGTRGGGGGP
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 RGWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
: ::. : :::::: :. . ::. .:.:::: : :::::..:::. ::: : :
CCDS77 RR-SPSRGGPDDDGGYTADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARS-SGGG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 SQG-PMSQR-RENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG-NHPSCQETRDYAPPSR
.: .. : :..:. :::: . :. .. : .::.. :: . . .: : .::
CCDS77 MRGRALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDYREPRGFAPSPG
180 190 200 210 220 230
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pF1KE5 GYAYRDNGHSN-RDEHSSRGY--RNHRSSRETRDYAPP-SRGHAYRDYGHSRRDESYSRG
:..:: :::. ::. ::: :. ..:. :::. ::: .: . :::..
CCDS77 EYTHRDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRD-RDYGDHLSRG------SHREPFESYGE-
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340
pF1KE5 YRNRRSSRETREYAPPSRGHG--YRDY-GHSRRHESYSRGY-SYHDGYGEALGRDHSEHL
:. .: : ::: : : :..: :.: ..:: : :: ..::.. ....:
CCDS77 LRGAAPGRGT----PPSYGGGGRYEEYRGYS--PDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGRHR
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KE5 SGSSYRDALQRYGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHAYSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCD
: : . .: :: : ::. : :
CCDS77 VGRPDRG--LSLSMERGCPPQRD---SYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY
350 360 370 380 390
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]