Result of FASTA (omim) for
pFN21AE5821
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5821, 1041 aa
1>>>pF1KE5821 1041 - 1041 aa - 1041 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3025+/-0.000645; mu= 16.8698+/- 0.040
mean_var=141.1000+/-30.059, 0's: 0 Z-trim(108.1): 330 B-trim: 1463 in 2/50
Lambda= 0.107972
statistics sampled from 15731 (16192) to 15731 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.508), E-opt: 0.2 (0.19), width: 16
Scan time: 12.540
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_619542 (OMIM: 300366) toll-like receptor 8 isof (1041) 6857 1081.9 0
XP_011543831 (OMIM: 300366) PREDICTED: toll-like r (1059) 6850 1080.9 0
NP_057694 (OMIM: 300366) toll-like receptor 8 isof (1059) 6850 1080.9 0
XP_011543832 (OMIM: 300366) PREDICTED: toll-like r (1059) 6850 1080.9 0
NP_057646 (OMIM: 300365) toll-like receptor 7 prec (1049) 2469 398.4 1.1e-109
NP_059138 (OMIM: 605474) toll-like receptor 9 prec (1032) 1935 315.2 1.2e-84
XP_006711569 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 650 115.0 1.8e-24
XP_006711568 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 650 115.0 1.8e-24
XP_016857697 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 650 115.0 1.8e-24
NP_003259 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) toll ( 858) 650 115.0 1.8e-24
XP_011508239 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 650 115.0 1.8e-24
XP_005273298 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 650 115.0 1.8e-24
XP_006711567 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 650 115.0 1.8e-24
XP_005273300 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 650 115.0 1.8e-24
XP_005273299 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 650 115.0 1.8e-24
NP_003256 (OMIM: 603029,609423) toll-like receptor ( 904) 637 113.0 7.8e-24
XP_016864066 (OMIM: 603029,609423) PREDICTED: toll ( 627) 612 108.9 9e-23
XP_016864063 (OMIM: 246300,603028,607948) PREDICTE ( 784) 530 96.3 7.4e-19
NP_001305718 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-lik ( 784) 530 96.3 7.4e-19
XP_011530518 (OMIM: 246300,603028,607948) PREDICTE ( 784) 530 96.3 7.4e-19
XP_011530517 (OMIM: 246300,603028,607948) PREDICTE ( 784) 530 96.3 7.4e-19
NP_001305719 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-lik ( 784) 530 96.3 7.4e-19
NP_001305720 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-lik ( 784) 530 96.3 7.4e-19
XP_016864064 (OMIM: 246300,603028,607948) PREDICTE ( 784) 530 96.3 7.4e-19
XP_016864062 (OMIM: 246300,603028,607948) PREDICTE ( 784) 530 96.3 7.4e-19
NP_001305722 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-lik ( 784) 530 96.3 7.4e-19
NP_001305724 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-lik ( 784) 530 96.3 7.4e-19
NP_001305725 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-lik ( 784) 530 96.3 7.4e-19
XP_016864065 (OMIM: 246300,603028,607948) PREDICTE ( 784) 530 96.3 7.4e-19
NP_003255 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-like r ( 784) 530 96.3 7.4e-19
NP_001305716 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-lik ( 784) 530 96.3 7.4e-19
XP_016864061 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 514 93.8 4.1e-18
XP_011512046 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 514 93.8 4.1e-18
NP_003254 (OMIM: 601194,613223) toll-like receptor ( 786) 514 93.8 4.1e-18
XP_005262719 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 514 93.8 4.1e-18
XP_011512045 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 514 93.8 4.1e-18
XP_011512047 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 514 93.8 4.1e-18
XP_016864060 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 514 93.8 4.1e-18
XP_011512044 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 514 93.8 4.1e-18
NP_001182037 (OMIM: 606270) toll-like receptor 10 ( 797) 510 93.1 6.4e-18
XP_011512062 (OMIM: 606270) PREDICTED: toll-like r ( 797) 510 93.1 6.4e-18
NP_001017388 (OMIM: 606270) toll-like receptor 10 ( 811) 510 93.2 6.5e-18
XP_011512064 (OMIM: 606270) PREDICTED: toll-like r ( 811) 510 93.2 6.5e-18
NP_001182036 (OMIM: 606270) toll-like receptor 10 ( 811) 510 93.2 6.5e-18
NP_112218 (OMIM: 606270) toll-like receptor 10 iso ( 811) 510 93.2 6.5e-18
XP_011512063 (OMIM: 606270) PREDICTED: toll-like r ( 811) 510 93.2 6.5e-18
NP_001182035 (OMIM: 606270) toll-like receptor 10 ( 811) 510 93.2 6.5e-18
XP_005262694 (OMIM: 605403) PREDICTED: toll-like r ( 796) 486 89.4 8.6e-17
XP_011511915 (OMIM: 605403) PREDICTED: toll-like r ( 796) 486 89.4 8.6e-17
XP_011511916 (OMIM: 605403) PREDICTED: toll-like r ( 796) 486 89.4 8.6e-17
>>NP_619542 (OMIM: 300366) toll-like receptor 8 isoform (1041 aa)
initn: 6857 init1: 6857 opt: 6857 Z-score: 5784.5 bits: 1081.9 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6857; 99.9% identity (100.0% similar) in 1041 aa overlap (1-1041:1-1041)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MENMFLQSSMLTCIFLLISGSCELCAEENFSRSYPCDEKKQNDSVIAECSNRRLQEVPQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_619 MENMFLQSSMLTCIFLLISGSCELCAEENFSRSYPCDEKKQNDSVIAECSNRRLQEVPQT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 VGKYVTELDLSDNFITHITNESFQGLQNLTKINLNHNPNVQHQNGNPGIQSNGLNITDGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_619 VGKYVTELDLSDNFITHITNESFQGLQNLTKINLNHNPNVQHQNGNPGIQSNGLNITDGA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 FLNLKNLRELLLEDNQLPQIPSGLPESLTELSLIQNNIYNITKEGISRLINLKNLYLAWN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_619 FLNLKNLRELLLEDNQLPQIPSGLPESLTELSLIQNNIYNITKEGISRLINLKNLYLAWN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 CYFNKVCEKTNIEDGVFETLTNLELLSLSFNSLSHVPPKLPSSLRKLFLSNTQIKYISEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_619 CYFNKVCEKTNIEDGVFETLTNLELLSLSFNSLSHVPPKLPSSLRKLFLSNTQIKYISEE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 DFKGLINLTLLDLSGNCPRCFNAPFPCVPCDGGASINIDRFAFQNLTQLRYLNLSSTSLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_619 DFKGLINLTLLDLSGNCPRCFNAPFPCVPCDGGASINIDRFAFQNLTQLRYLNLSSTSLR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 KINAAWFKNMPHLKVLDLEFNYLVGEIASGAFLTMLPRLEILDLSFNYIKGSYPQHINIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_619 KINAAWFKNMPHLKVLDLEFNYLVGEIASGAFLTMLPRLEILDLSFNYIKGSYPQHINIS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 RNFSKLLSLRALHLRGYVFQELREDDFQPLMQLPNLSTINLGINFIKQIDFKLFQNFSNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_619 RNFSKLLSLRALHLRGYVFQELREDDFQPLMQLPNLSTINLGINFIKQIDFKLFQNFSNL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 EIIYLSENRISPLVKDTRQSYANSSSFQRHIRKRRSTDFEFDPHSNFYHFTRPLIKPQCA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_619 EIIYLSENRISPLVKDTRQSYANSSSFQRHIRKRRSTDFEFDPHSNFYHFTRPLIKPQCA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE5 AYGKALDLSLNSIFFIGPNQFENLPDIACLNLSANSNAQVLSGTEFSAIPHVKYLDLTNN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_619 AYGKALDLSLNSIFFIGPNQFENLPDIACLNLSANSNAQVLSGTEFSAIPHVKYLDLTNN
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE5 RLDFDNASALTELSDLEVLDLSYNSHYFRIAGVTHHLEFIQNFTNLKVLNLSHNNIYTLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_619 RLDFDNASALTELSDLEVLDLSYNSHYFRIAGVTHHLEFIQNFTNLKVLNLSHNNIYTLT
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE5 DKYNLESKSLVELVFSGNRLDILWNDDDNRYISIFKGLKNLTRLDLSLNRLKHIPNEAFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_619 DKYNLESKSLVELVFSGNRLDILWNDDDNRYISIFKGLKNLTRLDLSLNRLKHIPNEAFL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE5 NLPASLTELHINDNMLKFFNWTLLQQFPRLELLDLRGNKLLFLTDSLSDFTSSLRTLLLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_619 NLPASLTELHINDNMLKFFNWTLLQQFPRLELLDLRGNKLLFLTDSLSDFTSSLRTLLLS
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE5 HNRISHLPSGFLSEVSSLKHLDLSSNLLKTINKSALETKTTTKLSMLELHGNPFECTCDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_619 HNRISHLPSGFLSEVSSLKHLDLSSNLLKTINKSALETKTTTKLSMLELHGNPFECTCDI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE5 GDFRRWMDEHLNVKIPRLVDVICASPGDQRGKSIVSLELTTCVSDVTAVILFFFTFFITT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_619 GDFRRWMDEHLNVKIPRLVDVICASPGDQRGKSIVSLELTTCVSDVTAVILFFFTFFITT
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE5 MVMLAALAHHLFYWDVWFIYNVCLAKVKGYRSLSTSQTFYDAYVSYDTKDASVTDWVINE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::
NP_619 MVMLAALAHHLFYWDVWFIYNVCLAKVKGYRSLSTSQTFYDAYISYDTKDASVTDWVINE
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KE5 LRYHLEESRDKNVLLCLEERDWDPGLAIIDNLMQSINQSKKTVFVLTKKYAKSWNFKTAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_619 LRYHLEESRDKNVLLCLEERDWDPGLAIIDNLMQSINQSKKTVFVLTKKYAKSWNFKTAF
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KE5 YLALQRLMDENMDVIIFILLEPVLQHSQYLRLRQRICKSSILQWPDNPKAEGLFWQTLRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_619 YLALQRLMDENMDVIIFILLEPVLQHSQYLRLRQRICKSSILQWPDNPKAEGLFWQTLRN
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040
pF1KE5 VVLTENDSRYNNMYVDSIKQY
:::::::::::::::::::::
NP_619 VVLTENDSRYNNMYVDSIKQY
1030 1040
>>XP_011543831 (OMIM: 300366) PREDICTED: toll-like recep (1059 aa)
initn: 6850 init1: 6850 opt: 6850 Z-score: 5778.5 bits: 1080.9 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6850; 99.9% identity (100.0% similar) in 1040 aa overlap (2-1041:20-1059)
10 20 30 40
pF1KE5 MENMFLQSSMLTCIFLLISGSCELCAEENFSRSYPCDEKKQN
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MKESSLQNSSCSLGKETKKENMFLQSSMLTCIFLLISGSCELCAEENFSRSYPCDEKKQN
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE5 DSVIAECSNRRLQEVPQTVGKYVTELDLSDNFITHITNESFQGLQNLTKINLNHNPNVQH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DSVIAECSNRRLQEVPQTVGKYVTELDLSDNFITHITNESFQGLQNLTKINLNHNPNVQH
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE5 QNGNPGIQSNGLNITDGAFLNLKNLRELLLEDNQLPQIPSGLPESLTELSLIQNNIYNIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QNGNPGIQSNGLNITDGAFLNLKNLRELLLEDNQLPQIPSGLPESLTELSLIQNNIYNIT
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE5 KEGISRLINLKNLYLAWNCYFNKVCEKTNIEDGVFETLTNLELLSLSFNSLSHVPPKLPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KEGISRLINLKNLYLAWNCYFNKVCEKTNIEDGVFETLTNLELLSLSFNSLSHVPPKLPS
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KE5 SLRKLFLSNTQIKYISEEDFKGLINLTLLDLSGNCPRCFNAPFPCVPCDGGASINIDRFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SLRKLFLSNTQIKYISEEDFKGLINLTLLDLSGNCPRCFNAPFPCVPCDGGASINIDRFA
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KE5 FQNLTQLRYLNLSSTSLRKINAAWFKNMPHLKVLDLEFNYLVGEIASGAFLTMLPRLEIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FQNLTQLRYLNLSSTSLRKINAAWFKNMPHLKVLDLEFNYLVGEIASGAFLTMLPRLEIL
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KE5 DLSFNYIKGSYPQHINISRNFSKLLSLRALHLRGYVFQELREDDFQPLMQLPNLSTINLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DLSFNYIKGSYPQHINISRNFSKLLSLRALHLRGYVFQELREDDFQPLMQLPNLSTINLG
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KE5 INFIKQIDFKLFQNFSNLEIIYLSENRISPLVKDTRQSYANSSSFQRHIRKRRSTDFEFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 INFIKQIDFKLFQNFSNLEIIYLSENRISPLVKDTRQSYANSSSFQRHIRKRRSTDFEFD
430 440 450 460 470 480
470 480 490 500 510 520
pF1KE5 PHSNFYHFTRPLIKPQCAAYGKALDLSLNSIFFIGPNQFENLPDIACLNLSANSNAQVLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PHSNFYHFTRPLIKPQCAAYGKALDLSLNSIFFIGPNQFENLPDIACLNLSANSNAQVLS
490 500 510 520 530 540
530 540 550 560 570 580
pF1KE5 GTEFSAIPHVKYLDLTNNRLDFDNASALTELSDLEVLDLSYNSHYFRIAGVTHHLEFIQN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GTEFSAIPHVKYLDLTNNRLDFDNASALTELSDLEVLDLSYNSHYFRIAGVTHHLEFIQN
550 560 570 580 590 600
590 600 610 620 630 640
pF1KE5 FTNLKVLNLSHNNIYTLTDKYNLESKSLVELVFSGNRLDILWNDDDNRYISIFKGLKNLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FTNLKVLNLSHNNIYTLTDKYNLESKSLVELVFSGNRLDILWNDDDNRYISIFKGLKNLT
610 620 630 640 650 660
650 660 670 680 690 700
pF1KE5 RLDLSLNRLKHIPNEAFLNLPASLTELHINDNMLKFFNWTLLQQFPRLELLDLRGNKLLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RLDLSLNRLKHIPNEAFLNLPASLTELHINDNMLKFFNWTLLQQFPRLELLDLRGNKLLF
670 680 690 700 710 720
710 720 730 740 750 760
pF1KE5 LTDSLSDFTSSLRTLLLSHNRISHLPSGFLSEVSSLKHLDLSSNLLKTINKSALETKTTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LTDSLSDFTSSLRTLLLSHNRISHLPSGFLSEVSSLKHLDLSSNLLKTINKSALETKTTT
730 740 750 760 770 780
770 780 790 800 810 820
pF1KE5 KLSMLELHGNPFECTCDIGDFRRWMDEHLNVKIPRLVDVICASPGDQRGKSIVSLELTTC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KLSMLELHGNPFECTCDIGDFRRWMDEHLNVKIPRLVDVICASPGDQRGKSIVSLELTTC
790 800 810 820 830 840
830 840 850 860 870 880
pF1KE5 VSDVTAVILFFFTFFITTMVMLAALAHHLFYWDVWFIYNVCLAKVKGYRSLSTSQTFYDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VSDVTAVILFFFTFFITTMVMLAALAHHLFYWDVWFIYNVCLAKVKGYRSLSTSQTFYDA
850 860 870 880 890 900
890 900 910 920 930 940
pF1KE5 YVSYDTKDASVTDWVINELRYHLEESRDKNVLLCLEERDWDPGLAIIDNLMQSINQSKKT
:.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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: .: .: :. : :. ::: .::.::: :: ::: :::..: ::....: :.. :
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::. :::. . : . .:: .: .::.:..:::. :... :: :::.: .:.: :..:
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.:.:. ::.: ::. :..:::::.::. ...:: .: :: ...:: :::: ....:
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..:. :..: :: :.::: :. . : : .: :.. .. .. :..: ..
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.: .. .: ::..:::: :::::. ..:..: . :::::.: .:.:.:
NP_057 RFKNKEASFMSVNESCYKYGQTLDLSKNSIFFVKSSDFQHLSFLKCLNLSGNLISQTLNG
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pF1KE5 TEFSAIPHVKYLDLTNNRLDFDNASALTELSDLEVLDLSYNSHYFRIAGVTHHLEFIQNF
.::. . ...:::..:::::. ...:. :: :::::.: :::::. :.:: :.: .:.
NP_057 SEFQPLAELRYLDFSNNRLDLLHSTAFEELHKLEVLDISSNSHYFQSEGITHMLNFTKNL
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:. : .. :.: . :.. ..::.:: : : ::.::.:: . ::::...::.: .: .
NP_057 KVLQKLMMNDNDISSSTSR-TMESESLRTLEFRGNHLDVLWREGDNRYLQLFKNLLKLEE
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pF1KE5 LDLSLNRLKHIPNEAFLNLPASLTELHINDNMLKFFNWTLLQQFPRLELLDLRGNKLLFL
::.: : :. .:. .: ..: .: .: . : :: :.: :: . :: ::: :.: .
NP_057 LDISKNSLSFLPSGVFDGMPPNLKNLSLAKNGLKSFSWKKLQCLKNLETLDLSHNQLTTV
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. ::. . ::..:.:..:.: : . ::... .:..:::::: .. :.:... .. ..
NP_057 PERLSNCSRSLKNLILKNNQIRSLTKYFLQDAFQLRYLDLSSNKIQMIQKTSFPENVLNN
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:.:: :: : : :::: : :.. : .: :: :. :: :..:: ..:.:..::.: ::
NP_057 LKMLLLHHNRFLCTCDAVWFVWWVN-HTEVTIPYLATDVTCVGPGAHKGQSVISLDLYTC
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NP_057 ELDLTNLILFSLSISVSLFLMVMMTASHLYFWDVWYIYHFCKAKIKGYQRLISPDCCYDA
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