Result of FASTA (omim) for
pFN21AE5749
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5749, 673 aa
1>>>pF1KE5749 673 - 673 aa - 673 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.4463+/-0.000359; mu= 3.3474+/- 0.023
mean_var=283.2351+/-59.797, 0's: 0 Z-trim(122.3): 19 B-trim: 492 in 1/57
Lambda= 0.076208
statistics sampled from 40166 (40185) to 40166 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.763), E-opt: 0.2 (0.471), width: 16
Scan time: 10.880
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_004851 (OMIM: 605339) fragile X mental retardat ( 673) 4489 507.1 8.5e-143
XP_005247870 (OMIM: 600819) PREDICTED: fragile X m ( 677) 2719 312.5 3.3e-84
XP_005247871 (OMIM: 600819) PREDICTED: fragile X m ( 650) 2518 290.4 1.4e-77
XP_005247873 (OMIM: 600819) PREDICTED: fragile X m ( 568) 2511 289.6 2.2e-77
XP_006713838 (OMIM: 600819) PREDICTED: fragile X m ( 592) 2218 257.4 1.1e-67
XP_016862787 (OMIM: 600819) PREDICTED: fragile X m ( 565) 2017 235.3 4.9e-61
XP_016862789 (OMIM: 600819) PREDICTED: fragile X m ( 483) 2010 234.4 7.4e-61
NP_001013456 (OMIM: 600819) fragile X mental retar ( 539) 2010 234.5 8.1e-61
NP_005078 (OMIM: 600819) fragile X mental retardat ( 621) 2010 234.5 8.9e-61
XP_005247872 (OMIM: 600819) PREDICTED: fragile X m ( 648) 2010 234.6 9.2e-61
NP_001172010 (OMIM: 300623,300624,309550,311360) s ( 516) 1604 189.8 2.1e-47
NP_001172004 (OMIM: 300623,300624,309550,311360) s ( 537) 1604 189.8 2.2e-47
NP_001172011 (OMIM: 300623,300624,309550,311360) s ( 586) 1604 189.9 2.3e-47
NP_001172005 (OMIM: 300623,300624,309550,311360) s ( 611) 1604 189.9 2.4e-47
NP_002015 (OMIM: 300623,300624,309550,311360) syna ( 632) 1604 189.9 2.5e-47
XP_016862790 (OMIM: 600819) PREDICTED: fragile X m ( 454) 1509 179.3 2.7e-44
NP_001013457 (OMIM: 600819) fragile X mental retar ( 536) 1509 179.4 3.1e-44
XP_016862788 (OMIM: 600819) PREDICTED: fragile X m ( 563) 1509 179.4 3.2e-44
>>NP_004851 (OMIM: 605339) fragile X mental retardation (673 aa)
initn: 4489 init1: 4489 opt: 4489 Z-score: 2684.7 bits: 507.1 E(85289): 8.5e-143
Smith-Waterman score: 4489; 100.0% identity (100.0% similar) in 673 aa overlap (1-673:1-673)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MGGLASGGDVEPGLPVEVRGSNGAFYKGFVKDVHEDSVTIFFENNWQSERQIPFGDVRLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 MGGLASGGDVEPGLPVEVRGSNGAFYKGFVKDVHEDSVTIFFENNWQSERQIPFGDVRLP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 PPADYNKEITEGDEVEVYSRANEQEPCGWWLARVRMMKGDFYVIEYAACDATYNEIVTLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PPADYNKEITEGDEVEVYSRANEQEPCGWWLARVRMMKGDFYVIEYAACDATYNEIVTLE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 RLRPVNPNPLATKGSFFKVTMAVPEDLREACSNENVHKEFKKALGANCIFLNITNSELFI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 RLRPVNPNPLATKGSFFKVTMAVPEDLREACSNENVHKEFKKALGANCIFLNITNSELFI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 LSTTEAPVKRASLLGDMHFRSLRTKLLLMSRNEEATKHLETSKQLAAAFQEEFTVREDLM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LSTTEAPVKRASLLGDMHFRSLRTKLLLMSRNEEATKHLETSKQLAAAFQEEFTVREDLM
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 GLAIGTHGANIQQARKVPGVTAIELGEETCTFRIYGETPEACRQARSYLEFSEDSVQVPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 GLAIGTHGANIQQARKVPGVTAIELGEETCTFRIYGETPEACRQARSYLEFSEDSVQVPR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 NLVGKVIGKNGKVIQEIVDKSGVVRVRVEGDNDKKNPREEGMVPFIFVGTRENISNAQAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 NLVGKVIGKNGKVIQEIVDKSGVVRVRVEGDNDKKNPREEGMVPFIFVGTRENISNAQAL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 LEYHLSYLQEVEQLRLERLQIDEQLRQIGLGFRPPGSGRGSGGSDKAGYSTDESSSSSLH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LEYHLSYLQEVEQLRLERLQIDEQLRQIGLGFRPPGSGRGSGGSDKAGYSTDESSSSSLH
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 ATRTYGGSYGGRGRGRRTGGPAYGPSSDVSTASETESEKREEPNRAGPGDRDPPTRGEES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 ATRTYGGSYGGRGRGRRTGGPAYGPSSDVSTASETESEKREEPNRAGPGDRDPPTRGEES
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE5 RRRPTGGRGRGPPPAPRPTSRYNSSSISSVLKDPDSNPYSLLDTSEPEPPVDSEPGEPPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 RRRPTGGRGRGPPPAPRPTSRYNSSSISSVLKDPDSNPYSLLDTSEPEPPVDSEPGEPPP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE5 ASARRRRSRRRRTDEDRTVMDGGLESDGPNMTENGLEDESRPQRRNRSRRRRNRGNRTDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 ASARRRRSRRRRTDEDRTVMDGGLESDGPNMTENGLEDESRPQRRNRSRRRRNRGNRTDG
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE5 SISGDRQPVTVADYISRAESQSRQRPPLERTKPSEDSLSGQKGDSVSKLPKGPSENGELS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SISGDRQPVTVADYISRAESQSRQRPPLERTKPSEDSLSGQKGDSVSKLPKGPSENGELS
610 620 630 640 650 660
670
pF1KE5 APLELGSMVNGVS
:::::::::::::
NP_004 APLELGSMVNGVS
670
>>XP_005247870 (OMIM: 600819) PREDICTED: fragile X menta (677 aa)
initn: 2514 init1: 2020 opt: 2719 Z-score: 1632.9 bits: 312.5 E(85289): 3.3e-84
Smith-Waterman score: 2754; 64.5% identity (81.9% similar) in 691 aa overlap (14-673:4-677)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MGGLASGGDVEPGLPVEVRGSNGAFYKGFVKDVHEDSVTIFFENNWQSERQIPFGDVRLP
: ::::::::::::::.:::::::.:. :::::: :::.::..::::
XP_005 MAELTVEVRGSNGAFYKGFIKDVHEDSLTVVFENNWQPERQVPFNEVRLP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 PPADYNKEITEGDEVEVYSRANEQEPCGWWLARVRMMKGDFYVIEYAACDATYNEIVTLE
:: : .:::.::::::::::::.:::::::::.::::::.::::::::::::::::::.:
XP_005 PPPDIKKEISEGDEVEVYSRANDQEPCGWWLAKVRMMKGEFYVIEYAACDATYNEIVTFE
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 RLRPVNPNPLATKGSFFKVTMAVPEDLREACSNENVHKEFKKALGANCIFLNITNSELFI
:::::: : . :..::: :. :::::::::.:::.::.::::.:: :: . ...:.:
XP_005 RLRPVNQNKTVKKNTFFKCTVDVPEDLREACANENAHKDFKKAVGACRIFYHPETTQLMI
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 LSTTEAPVKRASLLGDMHFRSLRTKLLLMSRNEEATKHLETSKQLAAAFQEEFTVREDLM
::..:: :::...:.:::.::.::::.::::::::::::: .:::::::.:::.::::::
XP_005 LSASEATVKRVNILSDMHLRSIRTKLMLMSRNEEATKHLECTKQLAAAFHEEFVVREDLM
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 GLAIGTHGANIQQARKVPGVTAIELGEETCTFRIYGETPEACRQARSYLEFSEDSVQVPR
::::::::.:::::::::::::::: :.: :::::::. .: ..::..::: :: .::::
XP_005 GLAIGTHGSNIQQARKVPGVTAIELDEDTGTFRIYGESADAVKKARGFLEFVEDFIQVPR
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 NLVGKVIGKNGKVIQEIVDKSGVVRVRVEGDNDKKNPREEGMVPFIFVGTRENISNAQAL
:::::::::::::::::::::::::::.::::..: :::.:::::.::::.:.:.:.:.:
XP_005 NLVGKVIGKNGKVIQEIVDKSGVVRVRIEGDNENKLPREDGMVPFVFVGTKESIGNVQVL
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 LEYHLSYLQEVEQLRLERLQIDEQLRQIGLGFRPPGSGRGSGGSDKAGYSTDESSSSSLH
::::..::.::::::.:::::::::::::.:::: .: :: . ::.::::. ::..
XP_005 LEYHIAYLKEVEQLRMERLQIDEQLRQIGMGFRP-SSTRGP--EKEKGYATDESTVSSVQ
360 370 380 390 400
430 440 450 460 470
pF1KE5 ATRTYGGSYGGRGRGRRTGGP----AYGPSSDVSTASETESEKREEPNR---AGPGDRDP
..: ::.::::::: :: .:: .:..:. ::::::...: . :: :::
XP_005 GSR----SYSGRGRGRR--GPNYTSGYGTNSELSNPSETESERKDELSDWSLAGEDDRDS
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KE5 PTRGEESRRRPTGGRGRGPPPA-PRPTSRYNSSSISSVLKDPDSNPYSLLDTSEPEPPVD
. ..::::: :::::. . : : ..:::::::::::::::::::..: . .:
XP_005 -RHQRDSRRRP-GGRGRSVSGGRGRGGPRGGKSSISSVLKDPDSNPYSLLDNTESDQTAD
470 480 490 500 510
540 550 560 570 580 590
pF1KE5 SEPGEPPPASARRRRSRRRRTDEDRTVMDGGLESDGPNMTENGLED-ESRPQRRNRSRRR
.. .: .. ::::::::::::: ..::: ::: ...::::.: :..::::::::::
XP_005 TDASESHHSTNRRRRSRRRRTDEDAVLMDGMTESDTASVNENGLDDSEKKPQRRNRSRRR
520 530 540 550 560 570
600 610 620 630
pF1KE5 RNRGNRTDGSISGDRQPVTVADYISRAESQSRQR--P--PLERTK------------PSE
: ::. . ::::::::::::::::::::: : : ..: :::
XP_005 RFRGQ------AEDRQPVTVADYISRAESQSRQRNLPRETLAKNKKEMAKDVIEEHGPSE
580 590 600 610 620 630
640 650 660 670
pF1KE5 DSLSGQ---KGDSVSKLPKGPSE---NGELSAPLELGSMVNGVS
...: .::..::: . :.: : . ....::::
XP_005 KAINGPTSASGDDISKLQRTPGEEKINTLKEENTQEAAVLNGVS
640 650 660 670
>>XP_005247871 (OMIM: 600819) PREDICTED: fragile X menta (650 aa)
initn: 2491 init1: 2020 opt: 2518 Z-score: 1513.7 bits: 290.4 E(85289): 1.4e-77
Smith-Waterman score: 2576; 61.9% identity (78.6% similar) in 690 aa overlap (14-673:4-650)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MGGLASGGDVEPGLPVEVRGSNGAFYKGFVKDVHEDSVTIFFENNWQSERQIPFGDVRLP
: ::::::::::::::.:::::::.:. :::::: :::.::..::::
XP_005 MAELTVEVRGSNGAFYKGFIKDVHEDSLTVVFENNWQPERQVPFNEVRLP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 PPADYNKEITEGDEVEVYSRANEQEPCGWWLARVRMMKGDFYVIEYAACDATYNEIVTLE
:: : .:::.::::::::::::.:::::::::.::::::.::::::::::::::::::.:
XP_005 PPPDIKKEISEGDEVEVYSRANDQEPCGWWLAKVRMMKGEFYVIEYAACDATYNEIVTFE
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 RLRPVNPNPLATKGSFFKVTMAVPEDLREACSNENVHKEFKKALGANCIFLNITNSELFI
:::::: : . :..::: :. :::::::::.:::.::.::::.:: :: . ...:.:
XP_005 RLRPVNQNKTVKKNTFFKCTVDVPEDLREACANENAHKDFKKAVGACRIFYHPETTQLMI
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 LSTTEAPVKRASLLGDMHFRSLRTKLLLMSRNEEATKHLETSKQLAAAFQEEFTVREDLM
::..:: :::...:.:::.::.::::.::::::::::::: .:::::::.:::.::::::
XP_005 LSASEATVKRVNILSDMHLRSIRTKLMLMSRNEEATKHLECTKQLAAAFHEEFVVREDLM
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 GLAIGTHGANIQQARKVPGVTAIELGEETCTFRIYGETPEACRQARSYLEFSEDSVQVPR
::::::::.:::::::::::::::: :.: :::::::. .: ..::..::: :: .::::
XP_005 GLAIGTHGSNIQQARKVPGVTAIELDEDTGTFRIYGESADAVKKARGFLEFVEDFIQVPR
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 NLVGKVIGKNGKVIQEIVDKSGVVRVRVEGDNDKKNPREEGMVPFIFVGTRENISNAQAL
:::::::::::::::::::::::::::.::::..: :::.:::::.::::.:.:.:.:.:
XP_005 NLVGKVIGKNGKVIQEIVDKSGVVRVRIEGDNENKLPREDGMVPFVFVGTKESIGNVQVL
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 LEYHLSYLQEVEQLRLERLQIDEQLRQIGLGFRPPGSGRGSGGSDKAGYSTDESSSSSLH
::::..::.::::::.:::::::::::::.:::: .: :: . ::.::::. ::..
XP_005 LEYHIAYLKEVEQLRMERLQIDEQLRQIGMGFRP-SSTRGP--EKEKGYATDESTVSSVQ
360 370 380 390 400
430 440 450 460 470
pF1KE5 ATRTYGGSYGGRGRGRRTGGP----AYGPSSDVSTASETESEKREEPNR---AGPGDRDP
..: ::.::::::: :: .:: .:..:. ::::::...: . :: :::
XP_005 GSR----SYSGRGRGRR--GPNYTSGYGTNSELSNPSETESERKDELSDWSLAGEDDRDS
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KE5 PTRGEESRRRPTGGRGRGPPPA-PRPTSRYNSSSISSVLKDPDSNPYSLLDTSEPEPPVD
. ..::::: :::::. . : : ..:::::::::::::::::::..: . .:
XP_005 -RHQRDSRRRP-GGRGRSVSGGRGRGGPRGGKSSISSVLKDPDSNPYSLLDNTESDQTAD
470 480 490 500 510
540 550 560 570 580 590
pF1KE5 SEPGEPPPASARRRRSRRRRTDEDRTVMDGGLESDGPNMTENGLEDESRPQRRNRSRRRR
.. .: .. ::::::::::::: ..::: ::: ...::::
XP_005 TDASESHHSTNRRRRSRRRRTDEDAVLMDGMTESDTASVNENGL----------------
520 530 540 550 560
600 610 620 630
pF1KE5 NRGNRTDGSISGDRQPVTVADYISRAESQSRQR--P--PLERTK------------PSED
::::::::::::::::: : : ..: :::
XP_005 ----------------VTVADYISRAESQSRQRNLPRETLAKNKKEMAKDVIEEHGPSEK
570 580 590 600
640 650 660 670
pF1KE5 SLSGQ---KGDSVSKLPKGPSE---NGELSAPLELGSMVNGVS
...: .::..::: . :.: : . ....::::
XP_005 AINGPTSASGDDISKLQRTPGEEKINTLKEENTQEAAVLNGVS
610 620 630 640 650
>>XP_005247873 (OMIM: 600819) PREDICTED: fragile X menta (568 aa)
initn: 2403 init1: 2020 opt: 2511 Z-score: 1510.3 bits: 289.6 E(85289): 2.2e-77
Smith-Waterman score: 2516; 68.5% identity (86.0% similar) in 571 aa overlap (14-576:4-563)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MGGLASGGDVEPGLPVEVRGSNGAFYKGFVKDVHEDSVTIFFENNWQSERQIPFGDVRLP
: ::::::::::::::.:::::::.:. :::::: :::.::..::::
XP_005 MAELTVEVRGSNGAFYKGFIKDVHEDSLTVVFENNWQPERQVPFNEVRLP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 PPADYNKEITEGDEVEVYSRANEQEPCGWWLARVRMMKGDFYVIEYAACDATYNEIVTLE
:: : .:::.::::::::::::.:::::::::.::::::.::::::::::::::::::.:
XP_005 PPPDIKKEISEGDEVEVYSRANDQEPCGWWLAKVRMMKGEFYVIEYAACDATYNEIVTFE
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 RLRPVNPNPLATKGSFFKVTMAVPEDLREACSNENVHKEFKKALGANCIFLNITNSELFI
:::::: : . :..::: :. :::::::::.:::.::.::::.:: :: . ...:.:
XP_005 RLRPVNQNKTVKKNTFFKCTVDVPEDLREACANENAHKDFKKAVGACRIFYHPETTQLMI
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 LSTTEAPVKRASLLGDMHFRSLRTKLLLMSRNEEATKHLETSKQLAAAFQEEFTVREDLM
::..:: :::...:.:::.::.::::.::::::::::::: .:::::::.:::.::::::
XP_005 LSASEATVKRVNILSDMHLRSIRTKLMLMSRNEEATKHLECTKQLAAAFHEEFVVREDLM
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 GLAIGTHGANIQQARKVPGVTAIELGEETCTFRIYGETPEACRQARSYLEFSEDSVQVPR
::::::::.:::::::::::::::: :.: :::::::. .: ..::..::: :: .::::
XP_005 GLAIGTHGSNIQQARKVPGVTAIELDEDTGTFRIYGESADAVKKARGFLEFVEDFIQVPR
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 NLVGKVIGKNGKVIQEIVDKSGVVRVRVEGDNDKKNPREEGMVPFIFVGTRENISNAQAL
:::::::::::::::::::::::::::.::::..: :::.:::::.::::.:.:.:.:.:
XP_005 NLVGKVIGKNGKVIQEIVDKSGVVRVRIEGDNENKLPREDGMVPFVFVGTKESIGNVQVL
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 LEYHLSYLQEVEQLRLERLQIDEQLRQIGLGFRPPGSGRGSGGSDKAGYSTDESSSSSLH
::::..::.::::::.:::::::::::::.:::: .: :: . ::.::::. ::..
XP_005 LEYHIAYLKEVEQLRMERLQIDEQLRQIGMGFRP-SSTRGP--EKEKGYATDESTVSSVQ
360 370 380 390 400
430 440 450 460 470
pF1KE5 ATRTYGGSYGGRGRGRRTGGP----AYGPSSDVSTASETESEKREEPNR---AGPGDRDP
..: ::.::::::: :: .:: .:..:. ::::::...: . :: :::
XP_005 GSR----SYSGRGRGRR--GPNYTSGYGTNSELSNPSETESERKDELSDWSLAGEDDRDS
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KE5 PTRGEESRRRPTGGRGRGPPPA-PRPTSRYNSSSISSVLKDPDSNPYSLLDTSEPEPPVD
. ..::::: :::::. . : : ..:::::::::::::::::::..: . .:
XP_005 -RHQRDSRRRP-GGRGRSVSGGRGRGGPRGGKSSISSVLKDPDSNPYSLLDNTESDQTAD
470 480 490 500 510
540 550 560 570 580 590
pF1KE5 SEPGEPPPASARRRRSRRRRTDEDRTVMDGGLESDGPNMTENGLEDESRPQRRNRSRRRR
.. .: .. ::::::::::::: ..::: ::: ...::::
XP_005 TDASESHHSTNRRRRSRRRRTDEDAVLMDGMTESDTASVNENGLGKRCD
520 530 540 550 560
600 610 620 630 640 650
pF1KE5 NRGNRTDGSISGDRQPVTVADYISRAESQSRQRPPLERTKPSEDSLSGQKGDSVSKLPKG
>>XP_006713838 (OMIM: 600819) PREDICTED: fragile X menta (592 aa)
initn: 2013 init1: 1519 opt: 2218 Z-score: 1336.0 bits: 257.4 E(85289): 1.1e-67
Smith-Waterman score: 2253; 62.2% identity (80.3% similar) in 609 aa overlap (96-673:1-592)
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 NKEITEGDEVEVYSRANEQEPCGWWLARVRMMKGDFYVIEYAACDATYNEIVTLERLRPV
::::.::::::::::::::::::.::::::
XP_006 MMKGEFYVIEYAACDATYNEIVTFERLRPV
10 20 30
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 NPNPLATKGSFFKVTMAVPEDLREACSNENVHKEFKKALGANCIFLNITNSELFILSTTE
: : . :..::: :. :::::::::.:::.::.::::.:: :: . ...:.:::..:
XP_006 NQNKTVKKNTFFKCTVDVPEDLREACANENAHKDFKKAVGACRIFYHPETTQLMILSASE
40 50 60 70 80 90
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 APVKRASLLGDMHFRSLRTKLLLMSRNEEATKHLETSKQLAAAFQEEFTVREDLMGLAIG
: :::...:.:::.::.::::.::::::::::::: .:::::::.:::.:::::::::::
XP_006 ATVKRVNILSDMHLRSIRTKLMLMSRNEEATKHLECTKQLAAAFHEEFVVREDLMGLAIG
100 110 120 130 140 150
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 THGANIQQARKVPGVTAIELGEETCTFRIYGETPEACRQARSYLEFSEDSVQVPRNLVGK
:::.:::::::::::::::: :.: :::::::. .: ..::..::: :: .:::::::::
XP_006 THGSNIQQARKVPGVTAIELDEDTGTFRIYGESADAVKKARGFLEFVEDFIQVPRNLVGK
160 170 180 190 200 210
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 VIGKNGKVIQEIVDKSGVVRVRVEGDNDKKNPREEGMVPFIFVGTRENISNAQALLEYHL
::::::::::::::::::::::.::::..: :::.:::::.::::.:.:.:.:.:::::.
XP_006 VIGKNGKVIQEIVDKSGVVRVRIEGDNENKLPREDGMVPFVFVGTKESIGNVQVLLEYHI
220 230 240 250 260 270
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 SYLQEVEQLRLERLQIDEQLRQIGLGFRPPGSGRGSGGSDKAGYSTDESSSSSLHATRTY
.::.::::::.:::::::::::::.:::: .: :: . ::.::::. ::....:
XP_006 AYLKEVEQLRMERLQIDEQLRQIGMGFRP-SSTRGP--EKEKGYATDESTVSSVQGSR--
280 290 300 310 320
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pF1KE5 GGSYGGRGRGRRTGGP----AYGPSSDVSTASETESEKREEPNR---AGPGDRDPPTRGE
::.::::::: :: .:: .:..:. ::::::...: . :: ::: . .
XP_006 --SYSGRGRGRR--GPNYTSGYGTNSELSNPSETESERKDELSDWSLAGEDDRDS-RHQR
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pF1KE5 ESRRRPTGGRGRGPPPA-PRPTSRYNSSSISSVLKDPDSNPYSLLDTSEPEPPVDSEPGE
.::::: :::::. . : : ..:::::::::::::::::::..: . .:.. .:
XP_006 DSRRRP-GGRGRSVSGGRGRGGPRGGKSSISSVLKDPDSNPYSLLDNTESDQTADTDASE
390 400 410 420 430
540 550 560 570 580 590
pF1KE5 PPPASARRRRSRRRRTDEDRTVMDGGLESDGPNMTENGLED-ESRPQRRNRSRRRRNRGN
.. ::::::::::::: ..::: ::: ...::::.: :..::::::::::: ::.
XP_006 SHHSTNRRRRSRRRRTDEDAVLMDGMTESDTASVNENGLDDSEKKPQRRNRSRRRRFRGQ
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pF1KE5 RTDGSISGDRQPVTVADYISRAESQSRQR--P--PLERTK------------PSEDSLSG
. ::::::::::::::::::::: : : ..: ::: ...:
XP_006 ------AEDRQPVTVADYISRAESQSRQRNLPRETLAKNKKEMAKDVIEEHGPSEKAING
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650 660 670
pF1KE5 Q---KGDSVSKLPKGPSE---NGELSAPLELGSMVNGVS
.::..::: . :.: : . ....::::
XP_006 PTSASGDDISKLQRTPGEEKINTLKEENTQEAAVLNGVS
560 570 580 590
>>XP_016862787 (OMIM: 600819) PREDICTED: fragile X menta (565 aa)
initn: 1990 init1: 1519 opt: 2017 Z-score: 1216.8 bits: 235.3 E(85289): 4.9e-61
Smith-Waterman score: 2075; 59.2% identity (76.5% similar) in 608 aa overlap (96-673:1-565)
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 NKEITEGDEVEVYSRANEQEPCGWWLARVRMMKGDFYVIEYAACDATYNEIVTLERLRPV
::::.::::::::::::::::::.::::::
XP_016 MMKGEFYVIEYAACDATYNEIVTFERLRPV
10 20 30
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 NPNPLATKGSFFKVTMAVPEDLREACSNENVHKEFKKALGANCIFLNITNSELFILSTTE
: : . :..::: :. :::::::::.:::.::.::::.:: :: . ...:.:::..:
XP_016 NQNKTVKKNTFFKCTVDVPEDLREACANENAHKDFKKAVGACRIFYHPETTQLMILSASE
40 50 60 70 80 90
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 APVKRASLLGDMHFRSLRTKLLLMSRNEEATKHLETSKQLAAAFQEEFTVREDLMGLAIG
: :::...:.:::.::.::::.::::::::::::: .:::::::.:::.:::::::::::
XP_016 ATVKRVNILSDMHLRSIRTKLMLMSRNEEATKHLECTKQLAAAFHEEFVVREDLMGLAIG
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pF1KE5 THGANIQQARKVPGVTAIELGEETCTFRIYGETPEACRQARSYLEFSEDSVQVPRNLVGK
:::.:::::::::::::::: :.: :::::::. .: ..::..::: :: .:::::::::
XP_016 THGSNIQQARKVPGVTAIELDEDTGTFRIYGESADAVKKARGFLEFVEDFIQVPRNLVGK
160 170 180 190 200 210
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pF1KE5 VIGKNGKVIQEIVDKSGVVRVRVEGDNDKKNPREEGMVPFIFVGTRENISNAQALLEYHL
::::::::::::::::::::::.::::..: :::.:::::.::::.:.:.:.:.:::::.
XP_016 VIGKNGKVIQEIVDKSGVVRVRIEGDNENKLPREDGMVPFVFVGTKESIGNVQVLLEYHI
220 230 240 250 260 270
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 SYLQEVEQLRLERLQIDEQLRQIGLGFRPPGSGRGSGGSDKAGYSTDESSSSSLHATRTY
.::.::::::.:::::::::::::.:::: .: :: . ::.::::. ::....:
XP_016 AYLKEVEQLRMERLQIDEQLRQIGMGFRP-SSTRGP--EKEKGYATDESTVSSVQGSR--
280 290 300 310 320
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pF1KE5 GGSYGGRGRGRRTGGP----AYGPSSDVSTASETESEKREEPNR---AGPGDRDPPTRGE
::.::::::: :: .:: .:..:. ::::::...: . :: ::: . .
XP_016 --SYSGRGRGRR--GPNYTSGYGTNSELSNPSETESERKDELSDWSLAGEDDRDS-RHQR
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pF1KE5 ESRRRPTGGRGRGPPPA-PRPTSRYNSSSISSVLKDPDSNPYSLLDTSEPEPPVDSEPGE
.::::: :::::. . : : ..:::::::::::::::::::..: . .:.. .:
XP_016 DSRRRP-GGRGRSVSGGRGRGGPRGGKSSISSVLKDPDSNPYSLLDNTESDQTADTDASE
390 400 410 420 430
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pF1KE5 PPPASARRRRSRRRRTDEDRTVMDGGLESDGPNMTENGLEDESRPQRRNRSRRRRNRGNR
.. ::::::::::::: ..::: ::: ...::::
XP_016 SHHSTNRRRRSRRRRTDEDAVLMDGMTESDTASVNENGL---------------------
440 450 460 470
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pF1KE5 TDGSISGDRQPVTVADYISRAESQSRQR--P--PLERTK------------PSEDSLSGQ
::::::::::::::::: : : ..: ::: ...:
XP_016 -----------VTVADYISRAESQSRQRNLPRETLAKNKKEMAKDVIEEHGPSEKAINGP
480 490 500 510 520
650 660 670
pF1KE5 ---KGDSVSKLPKGPSE---NGELSAPLELGSMVNGVS
.::..::: . :.: : . ....::::
XP_016 TSASGDDISKLQRTPGEEKINTLKEENTQEAAVLNGVS
530 540 550 560
>>XP_016862789 (OMIM: 600819) PREDICTED: fragile X menta (483 aa)
initn: 1902 init1: 1519 opt: 2010 Z-score: 1213.5 bits: 234.4 E(85289): 7.4e-61
Smith-Waterman score: 2015; 66.3% identity (84.7% similar) in 489 aa overlap (96-576:1-478)
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 NKEITEGDEVEVYSRANEQEPCGWWLARVRMMKGDFYVIEYAACDATYNEIVTLERLRPV
::::.::::::::::::::::::.::::::
XP_016 MMKGEFYVIEYAACDATYNEIVTFERLRPV
10 20 30
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 NPNPLATKGSFFKVTMAVPEDLREACSNENVHKEFKKALGANCIFLNITNSELFILSTTE
: : . :..::: :. :::::::::.:::.::.::::.:: :: . ...:.:::..:
XP_016 NQNKTVKKNTFFKCTVDVPEDLREACANENAHKDFKKAVGACRIFYHPETTQLMILSASE
40 50 60 70 80 90
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 APVKRASLLGDMHFRSLRTKLLLMSRNEEATKHLETSKQLAAAFQEEFTVREDLMGLAIG
: :::...:.:::.::.::::.::::::::::::: .:::::::.:::.:::::::::::
XP_016 ATVKRVNILSDMHLRSIRTKLMLMSRNEEATKHLECTKQLAAAFHEEFVVREDLMGLAIG
100 110 120 130 140 150
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 THGANIQQARKVPGVTAIELGEETCTFRIYGETPEACRQARSYLEFSEDSVQVPRNLVGK
:::.:::::::::::::::: :.: :::::::. .: ..::..::: :: .:::::::::
XP_016 THGSNIQQARKVPGVTAIELDEDTGTFRIYGESADAVKKARGFLEFVEDFIQVPRNLVGK
160 170 180 190 200 210
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 VIGKNGKVIQEIVDKSGVVRVRVEGDNDKKNPREEGMVPFIFVGTRENISNAQALLEYHL
::::::::::::::::::::::.::::..: :::.:::::.::::.:.:.:.:.:::::.
XP_016 VIGKNGKVIQEIVDKSGVVRVRIEGDNENKLPREDGMVPFVFVGTKESIGNVQVLLEYHI
220 230 240 250 260 270
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pF1KE5 SYLQEVEQLRLERLQIDEQLRQIGLGFRPPGSGRGSGGSDKAGYSTDESSSSSLHATRTY
.::.::::::.:::::::::::::.:::: .: :: . ::.::::. ::....:
XP_016 AYLKEVEQLRMERLQIDEQLRQIGMGFRP-SSTRGP--EKEKGYATDESTVSSVQGSR--
280 290 300 310 320
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pF1KE5 GGSYGGRGRGRRTGGP----AYGPSSDVSTASETESEKREEPNR---AGPGDRDPPTRGE
::.::::::: :: .:: .:..:. ::::::...: . :: ::: . .
XP_016 --SYSGRGRGRR--GPNYTSGYGTNSELSNPSETESERKDELSDWSLAGEDDRDS-RHQR
330 340 350 360 370 380
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pF1KE5 ESRRRPTGGRGRGPPPA-PRPTSRYNSSSISSVLKDPDSNPYSLLDTSEPEPPVDSEPGE
.::::: :::::. . : : ..:::::::::::::::::::..: . .:.. .:
XP_016 DSRRRP-GGRGRSVSGGRGRGGPRGGKSSISSVLKDPDSNPYSLLDNTESDQTADTDASE
390 400 410 420 430
540 550 560 570 580 590
pF1KE5 PPPASARRRRSRRRRTDEDRTVMDGGLESDGPNMTENGLEDESRPQRRNRSRRRRNRGNR
.. ::::::::::::: ..::: ::: ...::::
XP_016 SHHSTNRRRRSRRRRTDEDAVLMDGMTESDTASVNENGLGKRCD
440 450 460 470 480
600 610 620 630 640 650
pF1KE5 TDGSISGDRQPVTVADYISRAESQSRQRPPLERTKPSEDSLSGQKGDSVSKLPKGPSENG
>>NP_001013456 (OMIM: 600819) fragile X mental retardati (539 aa)
initn: 2289 init1: 1985 opt: 2010 Z-score: 1212.9 bits: 234.5 E(85289): 8.1e-61
Smith-Waterman score: 2364; 65.8% identity (82.0% similar) in 571 aa overlap (14-576:4-534)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MGGLASGGDVEPGLPVEVRGSNGAFYKGFVKDVHEDSVTIFFENNWQSERQIPFGDVRLP
: ::::::::::::::.:::::::.:. :::::: :::.::..::::
NP_001 MAELTVEVRGSNGAFYKGFIKDVHEDSLTVVFENNWQPERQVPFNEVRLP
10 20 30 40 50
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pF1KE5 PPADYNKEITEGDEVEVYSRANEQEPCGWWLARVRMMKGDFYVIEYAACDATYNEIVTLE
:: : .:::.::::::::::::.:::::::::.::::::.::::::::::::::::::.:
NP_001 PPPDIKKEISEGDEVEVYSRANDQEPCGWWLAKVRMMKGEFYVIEYAACDATYNEIVTFE
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pF1KE5 RLRPVNPNPLATKGSFFKVTMAVPEDLREACSNENVHKEFKKALGANCIFLNITNSELFI
:::::: : . :..::: :. :::::::::.:::.::.::::.:: :: . ...:.:
NP_001 RLRPVNQNKTVKKNTFFKCTVDVPEDLREACANENAHKDFKKAVGACRIFYHPETTQLMI
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 LSTTEAPVKRASLLGDMHFRSLRTKLLLMSRNEEATKHLETSKQLAAAFQEEFTVREDLM
::..:: :::...:.:::.::.::::.::::::::::::: .:::::::.:::.::::::
NP_001 LSASEATVKRVNILSDMHLRSIRTKLMLMSRNEEATKHLECTKQLAAAFHEEFVVREDLM
180 190 200 210 220 230
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pF1KE5 GLAIGTHGANIQQARKVPGVTAIELGEETCTFRIYGETPEACRQARSYLEFSEDSVQVPR
::::::::.:::::::::::::::: :.: :::::::. .: ..::..::: :: .::::
NP_001 GLAIGTHGSNIQQARKVPGVTAIELDEDTGTFRIYGESADAVKKARGFLEFVEDFIQVPR
240 250 260 270 280 290
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pF1KE5 NLVGKVIGKNGKVIQEIVDKSGVVRVRVEGDNDKKNPREEGMVPFIFVGTRENISNAQAL
:::::::::::::::::::::::::::.::::..: :::.:::::.::::.:.:.:.:.:
NP_001 NLVGKVIGKNGKVIQEIVDKSGVVRVRIEGDNENKLPREDGMVPFVFVGTKESIGNVQVL
300 310 320 330 340 350
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pF1KE5 LEYHLSYLQEVEQLRLERLQIDEQLRQIGLGFRPPGSGRGSGGSDKAGYSTDESSSSSLH
::::..::.::::::.:::::::::::::
NP_001 LEYHIAYLKEVEQLRMERLQIDEQLRQIG-------------------------------
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pF1KE5 ATRTYGGSYGGRGRGRRTGGP----AYGPSSDVSTASETESEKREEPNR---AGPGDRDP
.: ::.::::::: :: .:: .:..:. ::::::...: . :: :::
NP_001 -SR----SYSGRGRGRR--GPNYTSGYGTNSELSNPSETESERKDELSDWSLAGEDDRDS
380 390 400 410 420 430
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pF1KE5 PTRGEESRRRPTGGRGRGPPPA-PRPTSRYNSSSISSVLKDPDSNPYSLLDTSEPEPPVD
. ..::::: :::::. . : : ..:::::::::::::::::::..: . .:
NP_001 -RHQRDSRRRP-GGRGRSVSGGRGRGGPRGGKSSISSVLKDPDSNPYSLLDNTESDQTAD
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pF1KE5 SEPGEPPPASARRRRSRRRRTDEDRTVMDGGLESDGPNMTENGLEDESRPQRRNRSRRRR
.. .: .. ::::::::::::: ..::: ::: ...::::
NP_001 TDASESHHSTNRRRRSRRRRTDEDAVLMDGMTESDTASVNENGLGKRCD
500 510 520 530
600 610 620 630 640 650
pF1KE5 NRGNRTDGSISGDRQPVTVADYISRAESQSRQRPPLERTKPSEDSLSGQKGDSVSKLPKG
>>NP_005078 (OMIM: 600819) fragile X mental retardation (621 aa)
initn: 2377 init1: 1985 opt: 2010 Z-score: 1212.1 bits: 234.5 E(85289): 8.9e-61
Smith-Waterman score: 2424; 59.7% identity (75.2% similar) in 690 aa overlap (14-673:4-621)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MGGLASGGDVEPGLPVEVRGSNGAFYKGFVKDVHEDSVTIFFENNWQSERQIPFGDVRLP
: ::::::::::::::.:::::::.:. :::::: :::.::..::::
NP_005 MAELTVEVRGSNGAFYKGFIKDVHEDSLTVVFENNWQPERQVPFNEVRLP
10 20 30 40 50
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pF1KE5 PPADYNKEITEGDEVEVYSRANEQEPCGWWLARVRMMKGDFYVIEYAACDATYNEIVTLE
:: : .:::.::::::::::::.:::::::::.::::::.::::::::::::::::::.:
NP_005 PPPDIKKEISEGDEVEVYSRANDQEPCGWWLAKVRMMKGEFYVIEYAACDATYNEIVTFE
60 70 80 90 100 110
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pF1KE5 RLRPVNPNPLATKGSFFKVTMAVPEDLREACSNENVHKEFKKALGANCIFLNITNSELFI
:::::: : . :..::: :. :::::::::.:::.::.::::.:: :: . ...:.:
NP_005 RLRPVNQNKTVKKNTFFKCTVDVPEDLREACANENAHKDFKKAVGACRIFYHPETTQLMI
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 LSTTEAPVKRASLLGDMHFRSLRTKLLLMSRNEEATKHLETSKQLAAAFQEEFTVREDLM
::..:: :::...:.:::.::.::::.::::::::::::: .:::::::.:::.::::::
NP_005 LSASEATVKRVNILSDMHLRSIRTKLMLMSRNEEATKHLECTKQLAAAFHEEFVVREDLM
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 GLAIGTHGANIQQARKVPGVTAIELGEETCTFRIYGETPEACRQARSYLEFSEDSVQVPR
::::::::.:::::::::::::::: :.: :::::::. .: ..::..::: :: .::::
NP_005 GLAIGTHGSNIQQARKVPGVTAIELDEDTGTFRIYGESADAVKKARGFLEFVEDFIQVPR
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 NLVGKVIGKNGKVIQEIVDKSGVVRVRVEGDNDKKNPREEGMVPFIFVGTRENISNAQAL
:::::::::::::::::::::::::::.::::..: :::.:::::.::::.:.:.:.:.:
NP_005 NLVGKVIGKNGKVIQEIVDKSGVVRVRIEGDNENKLPREDGMVPFVFVGTKESIGNVQVL
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 LEYHLSYLQEVEQLRLERLQIDEQLRQIGLGFRPPGSGRGSGGSDKAGYSTDESSSSSLH
::::..::.::::::.:::::::::::::
NP_005 LEYHIAYLKEVEQLRMERLQIDEQLRQIG-------------------------------
360 370
430 440 450 460 470
pF1KE5 ATRTYGGSYGGRGRGRRTGGP----AYGPSSDVSTASETESEKREEPNR---AGPGDRDP
.: ::.::::::: :: .:: .:..:. ::::::...: . :: :::
NP_005 -SR----SYSGRGRGRR--GPNYTSGYGTNSELSNPSETESERKDELSDWSLAGEDDRDS
380 390 400 410 420 430
480 490 500 510 520 530
pF1KE5 PTRGEESRRRPTGGRGRGPPPA-PRPTSRYNSSSISSVLKDPDSNPYSLLDTSEPEPPVD
. ..::::: :::::. . : : ..:::::::::::::::::::..: . .:
NP_005 -RHQRDSRRRP-GGRGRSVSGGRGRGGPRGGKSSISSVLKDPDSNPYSLLDNTESDQTAD
440 450 460 470 480 490
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pF1KE5 SEPGEPPPASARRRRSRRRRTDEDRTVMDGGLESDGPNMTENGLEDESRPQRRNRSRRRR
.. .: .. ::::::::::::: ..::: ::: ...::::
NP_005 TDASESHHSTNRRRRSRRRRTDEDAVLMDGMTESDTASVNENGL----------------
500 510 520 530
600 610 620 630
pF1KE5 NRGNRTDGSISGDRQPVTVADYISRAESQSRQR--P--PLERTK------------PSED
::::::::::::::::: : : ..: :::
NP_005 ----------------VTVADYISRAESQSRQRNLPRETLAKNKKEMAKDVIEEHGPSEK
540 550 560 570
640 650 660 670
pF1KE5 SLSGQ---KGDSVSKLPKGPSE---NGELSAPLELGSMVNGVS
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NP_005 AINGPTSASGDDISKLQRTPGEEKINTLKEENTQEAAVLNGVS
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]