Result of FASTA (omim) for
pFN21AE5745
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5745, 640 aa
1>>>pF1KE5745 640 - 640 aa - 640 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.6187+/-0.000388; mu= 9.1065+/- 0.024
mean_var=164.4726+/-34.491, 0's: 0 Z-trim(117.4): 139 B-trim: 727 in 2/52
Lambda= 0.100006
statistics sampled from 29260 (29411) to 29260 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.702), E-opt: 0.2 (0.345), width: 16
Scan time: 10.550
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_016875499 (OMIM: 610993) PREDICTED: ubiquitin c ( 712) 1796 271.8 6.1e-72
NP_001265322 (OMIM: 610993) ubiquitin carboxyl-ter ( 712) 1796 271.8 6.1e-72
XP_016875500 (OMIM: 610993) PREDICTED: ubiquitin c ( 712) 1796 271.8 6.1e-72
NP_115523 (OMIM: 610993) ubiquitin carboxyl-termin ( 712) 1796 271.8 6.1e-72
NP_001035862 (OMIM: 610993) ubiquitin carboxyl-ter ( 712) 1796 271.8 6.1e-72
XP_016875498 (OMIM: 610993) PREDICTED: ubiquitin c ( 712) 1796 271.8 6.1e-72
XP_011537104 (OMIM: 610993) PREDICTED: ubiquitin c ( 743) 1381 211.9 6.6e-54
XP_011537106 (OMIM: 610993) PREDICTED: ubiquitin c ( 743) 1381 211.9 6.6e-54
XP_011537107 (OMIM: 610993) PREDICTED: ubiquitin c ( 743) 1381 211.9 6.6e-54
XP_011537105 (OMIM: 610993) PREDICTED: ubiquitin c ( 743) 1381 211.9 6.6e-54
XP_005269229 (OMIM: 610993) PREDICTED: ubiquitin c ( 743) 1381 211.9 6.6e-54
XP_011537102 (OMIM: 610993) PREDICTED: ubiquitin c ( 743) 1381 211.9 6.6e-54
XP_005269230 (OMIM: 610993) PREDICTED: ubiquitin c ( 743) 1381 211.9 6.6e-54
XP_005269231 (OMIM: 610993) PREDICTED: ubiquitin c ( 743) 1381 211.9 6.6e-54
XP_011537103 (OMIM: 610993) PREDICTED: ubiquitin c ( 743) 1381 211.9 6.6e-54
XP_016875501 (OMIM: 610993) PREDICTED: ubiquitin c ( 561) 1210 187.1 1.4e-46
XP_011537108 (OMIM: 610993) PREDICTED: ubiquitin c ( 505) 852 135.4 4.7e-31
XP_016878257 (OMIM: 604728) PREDICTED: ubiquitin c ( 351) 535 89.6 2.1e-17
XP_016878256 (OMIM: 604728) PREDICTED: ubiquitin c ( 435) 535 89.7 2.4e-17
XP_016878255 (OMIM: 604728) PREDICTED: ubiquitin c ( 435) 535 89.7 2.4e-17
NP_001243631 (OMIM: 604728) ubiquitin carboxyl-ter ( 476) 535 89.7 2.6e-17
XP_016878253 (OMIM: 604728) PREDICTED: ubiquitin c ( 498) 535 89.7 2.7e-17
XP_016878252 (OMIM: 604728) PREDICTED: ubiquitin c ( 498) 535 89.7 2.7e-17
XP_016878254 (OMIM: 604728) PREDICTED: ubiquitin c ( 498) 535 89.7 2.7e-17
XP_005256632 (OMIM: 612116) PREDICTED: ubiquitin c ( 420) 335 60.8 1.2e-08
NP_056091 (OMIM: 612116) ubiquitin carboxyl-termin ( 525) 335 60.9 1.4e-08
NP_001138545 (OMIM: 300975,300984) ubiquitin carbo ( 438) 326 59.5 2.9e-08
XP_016883749 (OMIM: 604735) PREDICTED: ubiquitin c ( 513) 268 51.2 1.1e-05
XP_016883750 (OMIM: 604735) PREDICTED: ubiquitin c ( 513) 268 51.2 1.1e-05
NP_001001992 (OMIM: 604735) ubiquitin carboxyl-ter ( 822) 268 51.3 1.6e-05
XP_016883748 (OMIM: 604735) PREDICTED: ubiquitin c ( 822) 268 51.3 1.6e-05
XP_016883747 (OMIM: 604735) PREDICTED: ubiquitin c ( 822) 268 51.3 1.6e-05
NP_001027582 (OMIM: 604735) ubiquitin carboxyl-ter ( 823) 268 51.3 1.6e-05
XP_016883746 (OMIM: 604735) PREDICTED: ubiquitin c ( 823) 268 51.3 1.6e-05
NP_006438 (OMIM: 604735) ubiquitin carboxyl-termin ( 823) 268 51.3 1.6e-05
XP_011537091 (OMIM: 604986) PREDICTED: BRCA1-assoc ( 305) 225 44.8 0.00054
XP_016875484 (OMIM: 604986) PREDICTED: BRCA1-assoc ( 443) 225 44.9 0.00072
XP_016875482 (OMIM: 604986) PREDICTED: BRCA1-assoc ( 443) 225 44.9 0.00072
XP_016875483 (OMIM: 604986) PREDICTED: BRCA1-assoc ( 443) 225 44.9 0.00072
XP_016875481 (OMIM: 604986) PREDICTED: BRCA1-assoc ( 538) 225 45.0 0.00084
NP_006759 (OMIM: 604986) BRCA1-associated protein ( 592) 225 45.0 0.0009
XP_005254001 (OMIM: 604986) PREDICTED: BRCA1-assoc ( 633) 225 45.1 0.00095
NP_001308157 (OMIM: 300272,300863) histone deacety (1215) 226 45.4 0.0014
NP_006035 (OMIM: 300272,300863) histone deacetylas (1215) 226 45.4 0.0014
NP_001308156 (OMIM: 300272,300863) histone deacety (1215) 226 45.4 0.0014
NP_001308158 (OMIM: 300272,300863) histone deacety (1215) 226 45.4 0.0014
NP_001308155 (OMIM: 300272,300863) histone deacety (1215) 226 45.4 0.0014
NP_001308154 (OMIM: 300272,300863) histone deacety (1229) 226 45.4 0.0014
NP_006528 (OMIM: 604728) ubiquitin carboxyl-termin ( 520) 212 43.1 0.003
XP_011539358 (OMIM: 615146) PREDICTED: ubiquitin c ( 600) 203 41.9 0.0082
>>XP_016875499 (OMIM: 610993) PREDICTED: ubiquitin carbo (712 aa)
initn: 2554 init1: 803 opt: 1796 Z-score: 1412.6 bits: 271.8 E(85289): 6.1e-72
Smith-Waterman score: 2582; 59.9% identity (79.1% similar) in 654 aa overlap (1-626:4-647)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MDRCKHVGRLRLAQDHSILNPQKWCCLECATTESVWACLKCSHVACGRYIEDHALKH
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XP_016 MLAMDTCKHVGQLQLAQDHSSLNPQKWHCVDCNTTESIWACLSCSHVACGRYIEEHALKH
10 20 30 40 50 60
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pF1KE5 FEETGHPLAMEVRDLYVFCYLCKDYVLNDNPEGDLKLLRSSLLAVRGQKQDTPVRRGRTL
:.:..::.:.:: ..::::::: ::::::: ::::::: .: :...:. .: :: :
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120 130 140 150 160 170
pF1KE5 RSMASGEDVVL----PQRAPQGQPQMLTALWYRRQRLLARTLRLWFEKSSRGQAKLEQRR
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pF1KE5 FRECFLNLDPSKTEHLFPKATNGKTQLSGKP--TNSSATELS--LRNDRAEACEREGFC-
::.:::.:: .. . ... ::. .: :.. . ... ..: . .: :..
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:::::: :::::::::::: :.:.:::. ::. ::: ::::: ::::.:::.::::::
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>>NP_001265322 (OMIM: 610993) ubiquitin carboxyl-termina (712 aa)
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Smith-Waterman score: 2582; 59.9% identity (79.1% similar) in 654 aa overlap (1-626:4-647)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MDRCKHVGRLRLAQDHSILNPQKWCCLECATTESVWACLKCSHVACGRYIEDHALKH
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::::::..:. :::::::::::::::::::.: : . . ::.:::::::::::::
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::.::.:::::::::. . ::.::.::.::::: .::::::::::::::::::.::::::
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:.:..::.:.:: ..::::::: ::::::: ::::::: .: :...:. .: :: :
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:::..:.: . : :.. :. ::::.::. :... .: :::.: :. : :.
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::. . :.:...::.:.. .. :: : ::::: :: ...: ..
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. .. .: :: ..: ...: :.: ..:::::::::::::::::.:::::::
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::::::..:. :::::::::::::::::::.: : . . ::.:::::::::::::
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::. . :.:...::.:.. .. :: : ::::: :: ...: ..
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pF1KE5 LLCGVGDTERG
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XP_011 RSMGTGDDSYFLHDGAQSLLQSEDQLYTALWHRRRILMGKIFRTWFEQSPIGRKKQEEPF
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XP_011 SPAKDKVLSTSENEISQKVSDSSVK--RRPIVTPGVTGLRNLGNTCYMNSVLQVLSHLLI
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pF1KE5 FRECFLNLDPSKTEHLFPKATNGKTQLSGKP--TNSSATELS--LRNDRAEACEREGFC-
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XP_011 FRQCFLKLD---LNQWLAMTASEKTRSCKHPPVTDTVVYQMNECQEKDTGFVCSRQSSLS
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XP_011 PAFRGYAQQDAQEFLCELLDKIQRELETTGTSLPALIPTSQRKLIKQVLNVVNNIFHGQL
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XP_011 LSQVTCLACDNKSNTIEPFWDLSLEFPERYQCSGKD---IASQPCLVTEMLAKFTETEAL
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pF1KE5 EGRIYACDQCNSKRRKSNPKPLVLSEARKQLMIYRLPQVLRLHLKRFR------------
::.::.:::::::::. . ::.::.::.::::: .::::::::::::
XP_011 EGKIYVCDQCNSKRRRFSSKPVVLTEAQKQLMICHLPQVLRLHLKRFSTNSLCILINTLL
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pF1KE5 -------------------WSGRNHREKIGVHVVFDQVLTMEPYCCRDMLSSLDKETFAY
:::::.:::::::: :...:.:::::::. :.:: : : :
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600 610 620 630 640
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::::::::::::::::::::::::.:::
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>>XP_011537106 (OMIM: 610993) PREDICTED: ubiquitin carbo (743 aa)
initn: 2533 init1: 803 opt: 1381 Z-score: 1088.8 bits: 211.9 E(85289): 6.6e-54
Smith-Waterman score: 2502; 57.1% identity (75.3% similar) in 685 aa overlap (1-626:4-678)
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pF1KE5 MDRCKHVGRLRLAQDHSILNPQKWCCLECATTESVWACLKCSHVACGRYIEDHALKH
:: :::::.:.:::::: :::::: :..: ::::.::::.:::::::::::.:::::
XP_011 MLAMDTCKHVGQLQLAQDHSSLNPQKWHCVDCNTTESIWACLSCSHVACGRYIEEHALKH
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pF1KE5 FEETGHPLAMEVRDLYVFCYLCKDYVLNDNPEGDLKLLRSSLLAVRGQKQDTPVRRGRTL
:.:..::.:.:: ..::::::: ::::::: ::::::: .: :...:. .: :: :
XP_011 FQESSHPVALEVNEMYVFCYLCDDYVLNDNTTGDLKLLRRTLSAIKSQNYHCTTRSGRFL
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pF1KE5 RSMASGEDVVL----PQRAPQGQPQMLTALWYRRQRLLARTLRLWFEKSSRGQAKLEQRR
:::..:.: . : :.. :. ::::.::. :... .: :::.: :. : :.
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180 190 200 210 220
pF1KE5 QEEALERKKEEARRRRREVKRRLLEELASTPPRKSARLL------------LHTPRDAGP
::. . :.:...::.:.. .. :: : ::::: :: ...: ..
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. .. .: :: ..: ...: :.: ..:::::::::::::::::.:::::::
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::.:::.:: .. . ... ::. .: :.. . ... ..: . .: :..
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340 350 360 370 380
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.: :: .:..:::: :::.:..::::.::::::.:::::::::::::::::::: ::
XP_011 SGLSGGASKGRKMELIQPKEPTSQYISLCHELHTLFQVMWSGKWALVSPFAMLHSVWRLI
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:::::: :::::::::::: :.:.:::. ::. ::: ::::: ::::.:::.::::::
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::::::..:. :::::::::::::::::::.: : . . ::.:::::::::::::
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pF1KE5 EGRIYACDQCNSKRRKSNPKPLVLSEARKQLMIYRLPQVLRLHLKRFR------------
::.::.:::::::::. . ::.::.::.::::: .::::::::::::
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560 570 580 590
pF1KE5 -------------------WSGRNHREKIGVHVVFDQVLTMEPYCCRDMLSSLDKETFAY
:::::.:::::::: :...:.:::::::. :.:: : : :
XP_011 AMLRSSNGKYDQQTEKITGWSGRNNREKIGVHVGFEEILNMEPYCCRETLKSLRPECFIY
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600 610 620 630 640
pF1KE5 DLSAVVMHHGKGFGSGHYTAYCYNTEGGACALLCGVGDTERG
::::::::::::::::::::::::.:::
XP_011 DLSAVVMHHGKGFGSGHYTAYCYNSEGGFWVHCNDSKLSMCTMDEVCKAQAYILFYTQRV
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pF1KE5 MDRCKHVGRLRLAQDHSILNPQKWCCLECATTESVWACLKCSHVACGRYIEDHALKH
:: :::::.:.:::::: :::::: :..: ::::.::::.:::::::::::.:::::
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:.:..::.:.:: ..::::::: ::::::: ::::::: .: :...:. .: :: :
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:::..:.: . : :.. :. ::::.::. :... .: :::.: :. : :.
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::. . :.:...::.:.. .. :: : ::::: :: ...: ..
XP_011 QEKIV--VKREVKKRRQELEYQVKAELESMPPRKSLRLQGLAQSTIIEIVSVQVPAQTPA
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pF1KE5 AASRPAALPTS-----RRVPAATLKLRRQPAMAPGVTGLRNLGNTCYMNSILQVLSHLQK
. .. .: :: ..: ...: :.: ..:::::::::::::::::.:::::::
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pF1KE5 FRECFLNLDPSKTEHLFPKATNGKTQLSGKP--TNSSATELS--LRNDRAEACEREGFC-
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.: :: .:..:::: :::.:..::::.::::::.:::::::::::::::::::: ::
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:::::.:::::::: :...:.:::::::. :.:: : : :
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]