Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE5736
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5736, 832 aa
1>>>pF1KE5736 832 - 832 aa - 832 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0034+/-0.00121; mu= 16.8869+/- 0.073
mean_var=80.0150+/-16.107, 0's: 0 Z-trim(102.0): 189 B-trim: 0 in 0/49
Lambda= 0.143380
statistics sampled from 6552 (6742) to 6552 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.558), E-opt: 0.2 (0.207), width: 16
Scan time: 3.240
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6260.1 CDH17 gene_id:1015|Hs108|chr8 ( 832) 5468 1141.7 0
CCDS10823.1 CDH16 gene_id:1014|Hs108|chr16 ( 829) 1288 277.1 8.7e-74
CCDS58471.1 CDH16 gene_id:1014|Hs108|chr16 ( 790) 1030 223.7 9.7e-58
CCDS56002.1 CDH16 gene_id:1014|Hs108|chr16 ( 807) 1030 223.7 9.9e-58
CCDS58472.1 CDH16 gene_id:1014|Hs108|chr16 ( 732) 938 204.7 4.9e-52
CCDS32810.1 DSC3 gene_id:1825|Hs108|chr18 ( 896) 903 197.5 8.7e-50
CCDS58486.1 CDH13 gene_id:1012|Hs108|chr16 ( 713) 833 182.9 1.6e-45
CCDS58485.1 CDH13 gene_id:1012|Hs108|chr16 ( 760) 833 183.0 1.7e-45
CCDS58487.1 CDH13 gene_id:1012|Hs108|chr16 ( 674) 824 181.1 5.7e-45
CCDS3889.1 CDH18 gene_id:1016|Hs108|chr5 ( 790) 791 174.3 7.4e-43
CCDS9586.1 CDH24 gene_id:64403|Hs108|chr14 ( 781) 730 161.7 4.6e-39
CCDS11895.1 DSC1 gene_id:1823|Hs108|chr18 ( 840) 724 160.4 1.2e-38
CCDS11894.1 DSC1 gene_id:1823|Hs108|chr18 ( 894) 724 160.4 1.2e-38
CCDS58784.1 CDH4 gene_id:1002|Hs108|chr20 ( 842) 698 155.0 4.8e-37
CCDS13488.1 CDH4 gene_id:1002|Hs108|chr20 ( 916) 698 155.1 5.2e-37
CCDS54835.1 CDH18 gene_id:1016|Hs108|chr5 ( 574) 673 149.8 1.3e-35
CCDS75229.1 CDH18 gene_id:1016|Hs108|chr5 ( 575) 673 149.8 1.3e-35
CCDS13485.1 CDH26 gene_id:60437|Hs108|chr20 ( 832) 655 146.2 2.3e-34
CCDS82991.1 CDH12 gene_id:1010|Hs108|chr5 ( 754) 539 122.1 3.5e-27
CCDS11898.1 DSG3 gene_id:1830|Hs108|chr18 ( 999) 540 122.4 3.9e-27
CCDS9585.1 CDH24 gene_id:64403|Hs108|chr14 ( 819) 537 121.7 5e-27
CCDS81472.1 CDH23 gene_id:64072|Hs108|chr10 (1381) 531 120.6 1.9e-26
CCDS3732.3 FAT4 gene_id:79633|Hs108|chr4 (4981) 533 121.3 4.2e-26
CCDS11897.1 DSG4 gene_id:147409|Hs108|chr18 (1040) 490 112.1 5.2e-24
CCDS45845.1 DSG4 gene_id:147409|Hs108|chr18 (1059) 490 112.1 5.3e-24
CCDS11896.1 DSG1 gene_id:1828|Hs108|chr18 (1049) 488 111.7 7e-24
CCDS81993.1 CDH11 gene_id:1009|Hs108|chr16 ( 693) 480 109.9 1.5e-23
CCDS10803.1 CDH11 gene_id:1009|Hs108|chr16 ( 796) 480 109.9 1.7e-23
CCDS796.1 CELSR2 gene_id:1952|Hs108|chr1 (2923) 485 111.2 2.6e-23
CCDS82259.1 CDH7 gene_id:1005|Hs108|chr18 ( 630) 460 105.8 2.5e-22
CCDS11993.1 CDH7 gene_id:1005|Hs108|chr18 ( 785) 460 105.8 3e-22
CCDS48141.1 PCDH19 gene_id:57526|Hs108|chrX (1100) 462 106.3 3e-22
CCDS43976.1 PCDH19 gene_id:57526|Hs108|chrX (1101) 462 106.3 3e-22
CCDS55462.1 PCDH19 gene_id:57526|Hs108|chrX (1148) 462 106.3 3.1e-22
CCDS54930.1 PCDHGA11 gene_id:56105|Hs108|chr5 ( 750) 447 103.1 1.9e-21
CCDS75345.1 PCDHGA11 gene_id:56105|Hs108|chr5 ( 837) 447 103.1 2e-21
CCDS47294.1 PCDHGA11 gene_id:56105|Hs108|chr5 ( 935) 447 103.1 2.3e-21
CCDS3892.1 CDH10 gene_id:1008|Hs108|chr5 ( 788) 439 101.5 6.1e-21
CCDS42423.1 DSG2 gene_id:1829|Hs108|chr18 (1118) 441 101.9 6.2e-21
CCDS75331.1 PCDHGA4 gene_id:56111|Hs108|chr5 ( 851) 437 101.1 8.7e-21
CCDS4242.1 PCDHAC2 gene_id:56134|Hs108|chr5 (1007) 438 101.3 8.7e-21
CCDS73146.1 CDH23 gene_id:64072|Hs108|chr10 (1079) 438 101.3 9.3e-21
CCDS53540.1 CDH23 gene_id:64072|Hs108|chr10 (1114) 438 101.3 9.5e-21
CCDS58979.2 PCDHGA4 gene_id:56111|Hs108|chr5 ( 962) 437 101.1 9.7e-21
CCDS75338.1 PCDHGA8 gene_id:9708|Hs108|chr5 ( 820) 433 100.2 1.5e-20
CCDS47291.1 PCDHGA8 gene_id:9708|Hs108|chr5 ( 932) 433 100.3 1.7e-20
CCDS4317.1 FAT2 gene_id:2196|Hs108|chr5 (4349) 440 102.0 2.3e-20
CCDS47177.1 FAT1 gene_id:2195|Hs108|chr4 (4588) 440 102.0 2.4e-20
CCDS75330.1 PCDHGB1 gene_id:56104|Hs108|chr5 ( 810) 429 99.4 2.6e-20
CCDS54923.1 PCDHGB1 gene_id:56104|Hs108|chr5 ( 927) 429 99.4 3e-20
>>CCDS6260.1 CDH17 gene_id:1015|Hs108|chr8 (832 aa)
initn: 5468 init1: 5468 opt: 5468 Z-score: 6111.1 bits: 1141.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5468; 99.8% identity (100.0% similar) in 832 aa overlap (1-832:1-832)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MILQAHLHSLCLLMLYLATGYGQEGKFSGPLKPMTFSIYEGQEPSQIIFQFKANPPAVTF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 MILQAHLHSLCLLMLYLATGYGQEGKFSGPLKPMTFSIYEGQEPSQIIFQFKANPPAVTF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 ELTGETDNIFVIEREGLLYYNRALDRETRSTHNLQVAALDANGIIVEGPVPITIEVKDIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::
CCDS62 ELTGETDNIFVIEREGLLYYNRALDRETRSTHNLQVAALDANGIIVEGPVPITIKVKDIN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 DNRPTFLQSKYEGSVRQNSRPGKPFLYVNATDLDDPATPNGQLYYQIVIQLPMINNVMYF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 DNRPTFLQSKYEGSVRQNSRPGKPFLYVNATDLDDPATPNGQLYYQIVIQLPMINNVMYF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 QINNKTGAISLTREGSQELNPAKNPSYNLVISVKDMGGQSENSFSDTTSVDIIVTENIWK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 QINNKTGAISLTREGSQELNPAKNPSYNLVISVKDMGGQSENSFSDTTSVDIIVTENIWK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 APKPVEMVENSTDPHPIKITQVRWNDPGAQYSLVDKEKLPRFPFSIDQEGDIYVTQPLDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 APKPVEMVENSTDPHPIKITQVRWNDPGAQYSLVDKEKLPRFPFSIDQEGDIYVTQPLDR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 EEKDAYVFYAVAKDEYGKPLSYPLEIHVKVKDINDNPPTCPSPVTVFEVQENERLGNSIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 EEKDAYVFYAVAKDEYGKPLSYPLEIHVKVKDINDNPPTCPSPVTVFEVQENERLGNSIG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 TLTAHDRDEENTANSFLNYRIVEQTPKLPMDGLFLIQTYAGMLQLAKQSLKKQDTPQYNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 TLTAHDRDEENTANSFLNYRIVEQTPKLPMDGLFLIQTYAGMLQLAKQSLKKQDTPQYNL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 TIEVSDKDFKTLCFVQINVIDINDQIPIFEKSDYGNLTLAEDTNIGSTILTIQATDADEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 TIEVSDKDFKTLCFVQINVIDINDQIPIFEKSDYGNLTLAEDTNIGSTILTIQATDADEP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE5 FTGSSKILYHIIKGDSEGRLGVDTDPHTNTGYVIIKKPLDFETAAVSNIVFKAENPEPLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 FTGSSKILYHIIKGDSEGRLGVDTDPHTNTGYVIIKKPLDFETAAVSNIVFKAENPEPLV
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE5 FGVKYNASSFAKFTLIVTDVNEAPQFSQHVFQAKVSEDVAIGTKVGNVTAKDPEGLDISY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 FGVKYNASSFAKFTLIVTDVNEAPQFSQHVFQAKVSEDVAIGTKVGNVTAKDPEGLDISY
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE5 SLRGDTRGWLKIDHVTGEIFSVAPLDREAGSPYRVQVVATEVGGSSLSSVSEFHLILMDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 SLRGDTRGWLKIDHVTGEIFSVAPLDREAGSPYRVQVVATEVGGSSLSSVSEFHLILMDV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE5 NDNPPRLAKDYTGLFFCHPLSAPGSLIFEATDDDQHLFRGPHFTFSLGSGSLQNDWEVSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 NDNPPRLAKDYTGLFFCHPLSAPGSLIFEATDDDQHLFRGPHFTFSLGSGSLQNDWEVSK
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE5 INGTHARLSTRHTDFEEREYVVLIRINDGGRPPLEGIVSLPVTFCSCVEGSCFRPAGHQT
:::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 INGTHARLSTRHTEFEEREYVVLIRINDGGRPPLEGIVSLPVTFCSCVEGSCFRPAGHQT
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830
pF1KE5 GIPTVGMAVGILLTTLLVIGIILAVVFIRIKKDKGKDNVESAQASEVKPLRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS62 GIPTVGMAVGILLTTLLVIGIILAVVFIRIKKDKGKDNVESAQASEVKPLRS
790 800 810 820 830
>>CCDS10823.1 CDH16 gene_id:1014|Hs108|chr16 (829 aa)
initn: 810 init1: 376 opt: 1288 Z-score: 1438.2 bits: 277.1 E(32554): 8.7e-74
Smith-Waterman score: 1288; 30.4% identity (63.0% similar) in 776 aa overlap (66-828:65-826)
40 50 60 70 80 90
pF1KE5 FSIYEGQEPSQIIFQFKANPPAVTFELTGETDNIFVIERE-GLLYYNRALDRETRSTHNL
:.. :... . :.: .:::::: .. ..:
CCDS10 GNFPLYLTKLPLPREGAEGQIVLSGDSGKATEGPFAMDPDSGFLLVTRALDREEQAEYQL
40 50 60 70 80 90
100 110 120 130 140 150
pF1KE5 QVAALDANGIIVEGPVPITIEVKDINDNRPTFLQSKYEGSVRQNSRPGKPFLYVNATDLD
::. .: .. :: :. ..::: ::. : : :. :.. . ...::: :::...:.: :
CCDS10 QVTLEMQDGHVLWGPQPVLVHVKDENDQVPHFSQAIYRARLSRGTRPGIPFLFLEASDRD
100 110 120 130 140 150
160 170 180 190 200 210
pF1KE5 DPATPNGQLYYQIVIQLPMINNVMYFQINNKTGAISLTREGSQELNPAKNPSYNLVISVK
.:.: :..: ..:. : : . .::.. . ::..:. .:: :. : . .:.:...::
CCDS10 EPGTANSDLRFHILSQAPAQPSPDMFQLEPRLGALALSPKGSTSLDHALERTYQLLVQVK
160 170 180 190 200 210
220 230 240 250 260 270
pF1KE5 DMGGQSENSFSDTTSVDIIVTENIWKAPKPVEMVENSTDPHPIKITQVRWNDPGAQYSLV
::: :. .. . :..:.. . :. : . .:....:: .: ...::.:. ..: :
CCDS10 DMGDQA-SGHQATATVEVSIIESTWVSLEPIHLAENLKVLYPHHMAQVHWSGGDVHYHL-
220 230 240 250 260 270
280 290 300 310 320 330
pF1KE5 DKEKLPRFPFSIDQEGDIYVTQPLDREEKDAYVFYAVAKDEYGKPLSYPLEIHVKVKDIN
:. : :: .. ::..:::. :::: . :.. . :.. .:. . :::.:: : : :
CCDS10 --ESHPPGPFEVNAEGNLYVTRELDREAQAEYLLQVRAQNSHGEDYAAPLELHVLVMDEN
280 290 300 310 320 330
340 350 360 370 380 390
pF1KE5 DNPPTCPSPVTVFEVQENERLGNSIGTLTAHDRDEENTANSFLNYRIVEQTPKLPMDG-L
:: : :: . . : :. . :.:.: : .. :: . :... :. ..:
CCDS10 DNVPICPPRDPTVSIPELSPPGTEVTRLSAEDADAPGSPNSHVVYQLLSPEPEDGVEGRA
340 350 360 370 380 390
400 410 420 430 440 450
pF1KE5 FLIQTYAGMLQLAKQSLKK-QDTPQYNLTIEVSDKD--FKTLCFVQINVIDINDQIPIFE
: .. .: . :. :. :. :..... . :.. : :.. : ::::. : :
CCDS10 FQVDPTSGSVTLGVLPLRAGQNILLLVLAMDLAGAEGGFSSTCEVEVAVTDINDHAPEFI
400 410 420 430 440 450
460 470 480 490 500
pF1KE5 KSDYGNLTLAEDTNIGSTILTIQATDAD-EPFTGSSKIL-YHIIKGDSEGRLGVDTDPHT
:. : ..: ::.. :. . . : ::: :: . ... . : .::.:: .:.: .:
CCDS10 TSQIGPISLPEDVEPGTLVAMLTAIDADLEP---AFRLMDFAIERGDTEGTFGLDWEP--
460 470 480 490 500
510 520 530 540 550 560
pF1KE5 NTGYVIIK--KPLDFETAAVSNIVFKAENPEPLVFGVKYNASSFAKFTLIVTDVNEAPQF
..:.: .. : :..:.: ..: ... :: : . .. : :..: : :..
CCDS10 DSGHVRLRLCKNLSYEAAPSHEVVVVVQSVAKLV-GPGPGPGATATVTVLVERVMPPPKL
510 520 530 540 550 560
570 580 590 600 610 620
pF1KE5 SQHVFQAKVSEDVAIGTKVGNVTAKDPEGLDISYSLRGDTRGWLKIDHVTGEIFSVAPLD
.:. ..:.: .. :. . .. .:: . . .:: .:..::: :.. .::. .. :.
CCDS10 DQESYEASVPISAPAGSFLLTIQPSDPISRTLRFSLVNDSEGWLCIEKFSGEVHTAQSLQ
570 580 590 600 610 620
630 640 650 660 670 680
pF1KE5 -REAGSPYRVQVVATEVGGSSLSSVSEFHLILMDVNDNPPRLAKDYTGLFFCHPLSAPGS
. :. : : : : .. ::. . . . .. . : . ..: : . :
CCDS10 GAQPGDTYTVLVEAQDTDEPRLSASAPLVIHFLKAPPAPALTLAPVPSQYLCTPRQDHGL
630 640 650 660 670 680
690 700 710 720 730 740
pF1KE5 LIF-EATDDDQHLFRGPHFTFSLGSG-SLQNDWEVSKINGTHARLSTRHTDFEEREYVVL
.. . : : .:: ..:.:: . ..: ::... .::.:: :. : ::...
CCDS10 IVSGPSKDPDLASGHGP-YSFTLGPNPTVQRDWRLQTLNGSHAYLTLALHWVEPREHIIP
690 700 710 720 730 740
750 760 770 780 790 800
pF1KE5 IRINDGGRPPLEGIVSLPVTFCSC-VEGSCFRPAGHQTGIPTVGMAVGILLTTLLVIGII
. .. ... . .. . : : : :::.:.: .:.. :.:: :::::. ::..:::.
CCDS10 VVVSHNAQ--MWQLL-VRVIVCRCNVEGQCMRKVGRMKGMPTKLSAVGILVGTLVAIGIF
750 760 770 780 790 800
810 820 830
pF1KE5 LAVVFIRIKKDKGKDNVESAQASEVKPLRS
: ..: . .. :: . :.. .:
CCDS10 LILIFTHWTMSRKKDPDQPADSVPLKATV
810 820
>>CCDS58471.1 CDH16 gene_id:1014|Hs108|chr16 (790 aa)
initn: 916 init1: 376 opt: 1030 Z-score: 1150.1 bits: 223.7 E(32554): 9.7e-58
Smith-Waterman score: 1206; 30.2% identity (62.9% similar) in 774 aa overlap (66-828:65-787)
40 50 60 70 80 90
pF1KE5 FSIYEGQEPSQIIFQFKANPPAVTFELTGETDNIFVIERE-GLLYYNRALDRETRSTHNL
:.. :... . :.: .:::::: .. ..:
CCDS58 GNFPLYLTKLPLPREGAEGQIVLSGDSGKATEGPFAMDPDSGFLLVTRALDREEQAEYQL
40 50 60 70 80 90
100 110 120 130 140 150
pF1KE5 QVAALDANGIIVEGPVPITIEVKDINDNRPTFLQSKYEGSVRQNSRPGKPFLYVNATDLD
::. .: .. :: :. ..::: ::. : : :. :.. . ...::: :::...:.: :
CCDS58 QVTLEMQDGHVLWGPQPVLVHVKDENDQVPHFSQAIYRARLSRGTRPGIPFLFLEASDRD
100 110 120 130 140 150
160 170 180 190 200 210
pF1KE5 DPATPNGQLYYQIVIQLPMINNVMYFQINNKTGAISLTREGSQELNPAKNPSYNLVISVK
.:.: :..: ..:. : : . .::.. . ::..:. .:: :. : . .:.:...::
CCDS58 EPGTANSDLRFHILSQAPAQPSPDMFQLEPRLGALALSPKGSTSLDHALERTYQLLVQVK
160 170 180 190 200 210
220 230 240 250 260 270
pF1KE5 DMGGQSENSFSDTTSVDIIVTENIWKAPKPVEMVENSTDPHPIKITQVRWNDPGAQYSLV
::: :. .. . :..:.. . :. : . .:....:: .: ...::.:. ..: :
CCDS58 DMGDQA-SGHQATATVEVSIIESTWVSLEPIHLAENLKVLYPHHMAQVHWSGGDVHYHL-
220 230 240 250 260 270
280 290 300 310 320 330
pF1KE5 DKEKLPRFPFSIDQEGDIYVTQPLDREEKDAYVFYAVAKDEYGKPLSYPLEIHVKVKDIN
:. : :: .. ::..:::. :::: . :.. . :.. .:. . :::.:: : : :
CCDS58 --ESHPPGPFEVNAEGNLYVTRELDREAQAEYLLQVRAQNSHGEDYAAPLELHVLVMDEN
280 290 300 310 320 330
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CCDS32 GKWAILAILLGIALLFSVLLTLVCGVFGATKGKRFPEDLAQQNLIISNTEAPGDDRVCSA
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CCDS58 AEFIEDQSILNLTFSDCKGNDKLRYEVSSPYFKVNSDGGLVALRNITAVGKTLFVHARTP
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CCDS58 HAEDMAELVIVGGKDIQGSLQDIFK-FARTSPVPRQKRSIVVSPILIPENQRQPFPRDVG
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CCDS58 KVVDSDRPERSKFRLTGKGVDQEPKGIFRINENTGSVSVTRTLDREVIAVYQLFVETTDV
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CCDS58 NGKTLEGPVPLEVIVIDQNDNRPIFREGPYIGHVMEGSPTGTTVMRMTAFDADDPATDNA
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:: : . : ::::.: : ... .::...:. . .:.: ::..:. : ::.
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: :::.:. ..: . ..: ::::. .: : . .: . :. .... . . : :
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:::: : . . . : . . .:. :.: : : : : : . . .. . :..
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CCDS58 LLRYNIRQQTPDKPSPNMFYIDPEKGDIVTVVSPALLDRETLENPKYELIIEAQDMAGLD
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CCDS58 KDPAGWLNINPINGTVDTTAVLDRESPFVDNSVYTALFLAIDSGNPPATGTGTLLITLED
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pF1KE5 SKINGTHARLSTRHTDFEEREYVVLIRINDGGRPPLEGIVSLPVTFCSCVEGS--CFRPA
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pF1KE5 GHQTGIPTVGMAVGILLTTLLVIGIILAVVFIRIKKDKGKDNVESAQASEVKPLRS
. . ..:.:
CCDS58 ALRFSLPSVLLLSLFSLACL
750 760
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CCDS38 --YFSVDPKTGVIRTALHNMDREAREHYSVVIQAKDMAGQVGGLSGSTTVNITLTDVNDN
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CCDS38 EPPLFSMPSYLMEVYENAKIGTVVGTVLAQDPDSTNSLVRYFINYNVEDDR--FFNIDAN
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832 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]