Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE5731
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5731, 593 aa
1>>>pF1KE5731 593 - 593 aa - 593 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7331+/-0.00114; mu= 10.1971+/- 0.069
mean_var=231.4905+/-50.738, 0's: 0 Z-trim(110.6): 60 B-trim: 452 in 1/49
Lambda= 0.084296
statistics sampled from 11693 (11743) to 11693 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.688), E-opt: 0.2 (0.361), width: 16
Scan time: 3.780
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS43223.1 RBM47 gene_id:54502|Hs108|chr4 ( 593) 3965 495.7 7e-140
CCDS3460.1 RBM47 gene_id:54502|Hs108|chr4 ( 524) 2551 323.7 3.8e-88
CCDS7241.1 A1CF gene_id:29974|Hs108|chr10 ( 586) 1711 221.6 2.3e-57
CCDS7242.1 A1CF gene_id:29974|Hs108|chr10 ( 594) 1642 213.2 7.7e-55
CCDS7243.1 A1CF gene_id:29974|Hs108|chr10 ( 594) 1614 209.8 8.2e-54
CCDS3790.1 RBM46 gene_id:166863|Hs108|chr4 ( 533) 1553 202.3 1.3e-51
CCDS73133.1 A1CF gene_id:29974|Hs108|chr10 ( 602) 1545 201.4 2.8e-51
CCDS64086.1 RBM46 gene_id:166863|Hs108|chr4 ( 470) 1543 201.0 2.8e-51
CCDS64085.1 RBM46 gene_id:166863|Hs108|chr4 ( 485) 1543 201.0 2.9e-51
CCDS232.1 HNRNPR gene_id:10236|Hs108|chr1 ( 633) 1178 156.8 7.8e-38
CCDS75491.1 SYNCRIP gene_id:10492|Hs108|chr6 ( 464) 1161 154.6 2.7e-37
CCDS60020.1 HNRNPR gene_id:10236|Hs108|chr1 ( 535) 1162 154.7 2.7e-37
CCDS44085.1 HNRNPR gene_id:10236|Hs108|chr1 ( 636) 1162 154.8 3e-37
CCDS55041.1 SYNCRIP gene_id:10492|Hs108|chr6 ( 562) 1161 154.6 3e-37
CCDS5005.1 SYNCRIP gene_id:10492|Hs108|chr6 ( 623) 1161 154.7 3.2e-37
CCDS72727.1 HNRNPR gene_id:10236|Hs108|chr1 ( 595) 1018 137.3 5.4e-32
CCDS72726.1 HNRNPR gene_id:10236|Hs108|chr1 ( 494) 1016 137.0 5.7e-32
CCDS4236.1 DND1 gene_id:373863|Hs108|chr5 ( 353) 610 87.4 3.3e-17
>>CCDS43223.1 RBM47 gene_id:54502|Hs108|chr4 (593 aa)
initn: 3965 init1: 3965 opt: 3965 Z-score: 2624.8 bits: 495.7 E(32554): 7e-140
Smith-Waterman score: 3965; 99.8% identity (100.0% similar) in 593 aa overlap (1-593:1-593)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MTAEDSTAAMSSDSAAGSSAKVPEGVAGAPNEAALLALMERTGYSMVQENGQRKYGGPPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MTAEDSTAAMSSDSAAGSSAKVPEGVAGAPNEAALLALMERTGYSMVQENGQRKYGGPPP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 GWEGPHPQRGCEVFVGKIPRDVYEDELVPVFEAVGRIYELRLMMDFDGKNRGYAFVMYCH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 GWEGPHPQRGCEVFVGKIPRDVYEDELVPVFEAVGRIYELRLMMDFDGKNRGYAFVMYCH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 KHEAKRAVRELNNYEIRPGRLLGVCCSVDNCRLFIGGIPKMKKREEILEEIAKVTEGVLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 KHEAKRAVRELNNYEIRPGRLLGVCCSVDNCRLFIGGIPKMKKREEILEEIAKVTEGVLD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 VIVYASAADKMKNRGFAFVEYESHRAAAMARRKLMPGRIQLWGHQIAVDWAEPEIDVDED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 VIVYASAADKMKNRGFAFVEYESHRAAAMARRKLMPGRIQLWGHQIAVDWAEPEIDVDED
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 VMETVKILYVRNLMIETTEDTIKKSFGQFNPGCVERVKKIRDYAFVHFTSREDAVHAMNN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 VMETVKILYVRNLMIETTEDTIKKSFGQFNPGCVERVKKIRDYAFVHFTSREDAVHAMNN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 LNGTELEGSCLEVTLAKPVDKEQYSRYQKAARGGGAAEAAQQPSYVYSCDPYTLAYYGYP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 LNGTELEGSCLEVTLAKPVDKEQYSRYQKAARGGGAAEAAQQPSYVYSCDPYTLAYYGYP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 YNALIGPNRDYFVKAGSIRGRGRGAAGNRAPGPRGSYLGGYSAGRGIYSRYHEGKGKQQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 YNALIGPNRDYFVKAGSIRGRGRGAAGNRAPGPRGSYLGGYSAGRGIYSRYHEGKGKQQE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 KGYELVPNLEIPTVNPVAIKPGTVAIPAIGAQYSMFPAAPAPKMIEDGKIHTVEHMISPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 KGYELVPNLEIPTVNPVAIKPGTVAIPAIGAQYSMFPAAPAPKMIEDGKIHTVEHMISPI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE5 AVQPDPASAAAAAAAAAAAAAAVIPTVSTPPPFQGRPITPVYTVAPNVQRIPTAGIYGAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 AVQPDPASAAAAAAAAAAAAAAVIPTVSTPPPFQGRPITPVYTVAPNVQRIPTAGIYGAS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590
pF1KE5 YVPFAAPATATIATLQKNAAAAAAVYGGYAGYIPQAFPAAAIQVPIPDVYQTY
::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 YVPFAAPATATIATLQKNAAAAAAMYGGYAGYIPQAFPAAAIQVPIPDVYQTY
550 560 570 580 590
>>CCDS3460.1 RBM47 gene_id:54502|Hs108|chr4 (524 aa)
initn: 2606 init1: 2528 opt: 2551 Z-score: 1696.1 bits: 323.7 E(32554): 3.8e-88
Smith-Waterman score: 3345; 88.2% identity (88.4% similar) in 593 aa overlap (1-593:1-524)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MTAEDSTAAMSSDSAAGSSAKVPEGVAGAPNEAALLALMERTGYSMVQENGQRKYGGPPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MTAEDSTAAMSSDSAAGSSAKVPEGVAGAPNEAALLALMERTGYSMVQENGQRKYGGPPP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 GWEGPHPQRGCEVFVGKIPRDVYEDELVPVFEAVGRIYELRLMMDFDGKNRGYAFVMYCH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GWEGPHPQRGCEVFVGKIPRDVYEDELVPVFEAVGRIYELRLMMDFDGKNRGYAFVMYCH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 KHEAKRAVRELNNYEIRPGRLLGVCCSVDNCRLFIGGIPKMKKREEILEEIAKVTEGVLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 KHEAKRAVRELNNYEIRPGRLLGVCCSVDNCRLFIGGIPKMKKREEILEEIAKVTEGVLD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 VIVYASAADKMKNRGFAFVEYESHRAAAMARRKLMPGRIQLWGHQIAVDWAEPEIDVDED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 VIVYASAADKMKNRGFAFVEYESHRAAAMARRKLMPGRIQLWGHQIAVDWAEPEIDVDED
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 VMETVKILYVRNLMIETTEDTIKKSFGQFNPGCVERVKKIRDYAFVHFTSREDAVHAMNN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 VMETVKILYVRNLMIETTEDTIKKSFGQFNPGCVERVKKIRDYAFVHFTSREDAVHAMNN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 LNGTELEGSCLEVTLAKPVDKEQYSRYQKAARGGGAAEAAQQPSYVYSCDPYTLAYYGYP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LNGTELEGSCLEVTLAKPVDKEQYSRYQKAARGGGAAEAAQQPSYVYSCDPYTLAYYGYP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 YNALIGPNRDYFVKAGSIRGRGRGAAGNRAPGPRGSYLGGYSAGRGIYSRYHEGKGKQQE
::::::::::::::
CCDS34 YNALIGPNRDYFVK----------------------------------------------
370
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 KGYELVPNLEIPTVNPVAIKPGTVAIPAIGAQYSMFPAAPAPKMIEDGKIHTVEHMISPI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 -----------------------VAIPAIGAQYSMFPAAPAPKMIEDGKIHTVEHMISPI
380 390 400 410
490 500 510 520 530 540
pF1KE5 AVQPDPASAAAAAAAAAAAAAAVIPTVSTPPPFQGRPITPVYTVAPNVQRIPTAGIYGAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 AVQPDPASAAAAAAAAAAAAAAVIPTVSTPPPFQGRPITPVYTVAPNVQRIPTAGIYGAS
420 430 440 450 460 470
550 560 570 580 590
pF1KE5 YVPFAAPATATIATLQKNAAAAAAVYGGYAGYIPQAFPAAAIQVPIPDVYQTY
::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 YVPFAAPATATIATLQKNAAAAAAMYGGYAGYIPQAFPAAAIQVPIPDVYQTY
480 490 500 510 520
>>CCDS7241.1 A1CF gene_id:29974|Hs108|chr10 (586 aa)
initn: 1733 init1: 1597 opt: 1711 Z-score: 1143.4 bits: 221.6 E(32554): 2.3e-57
Smith-Waterman score: 1757; 51.1% identity (71.8% similar) in 589 aa overlap (18-584:3-552)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MTAEDSTAAMSSDSAAGSSAKVPEGVAGAPNEAALLALMERTGYSMVQENGQRKYGGPPP
:. : .:..:. .:::: ::..:::::.::::::::::::::
CCDS72 MESNHKSGDGLSGTQKEAALRALVQRTGYSLVQENGQRKYGGPPP
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 GWEGPHPQRGCEVFVGKIPRDVYEDELVPVFEAVGRIYELRLMMDFDGKNRGYAFVMYCH
::.. :.::::.:.::.:::..::::.:. : .:.:::.:.::::.:.::::::: . .
CCDS72 GWDAAPPERGCEIFIGKLPRDLFEDELIPLCEKIGKIYEMRMMMDFNGNNRGYAFVTFSN
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 KHEAKRAVRELNNYEIRPGRLLGVCCSVDNCRLFIGGIPKMKKREEILEEIAKVTEGVLD
: ::: :...::::::: ::::::: ::::::::.::::: ::::::: :. ::::::.:
CCDS72 KVEAKNAIKQLNNYEIRNGRLLGVCASVDNCRLFVGGIPKTKKREEILSEMKKVTEGVVD
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 VIVYASAADKMKNRGFAFVEYESHRAAAMARRKLMPGRIQLWGHQIAVDWAEPEIDVDED
:::: ::::: :::::::::::::::::::::::.::::::::: :::::::::..::::
CCDS72 VIVYPSAADKTKNRGFAFVEYESHRAAAMARRKLLPGRIQLWGHGIAVDWAEPEVEVDED
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 VMETVKILYVRNLMIETTEDTIKKSFGQFNPGCVERVKKIRDYAFVHFTSREDAVHAMNN
.: .::::::::::. :.:. :.: :....:: :::::::::::::::..:::::.::.
CCDS72 TMSSVKILYVRNLMLSTSEEMIEKEFNNIKPGAVERVKKIRDYAFVHFSNREDAVEAMKA
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350
pF1KE5 LNGTELEGSCLEVTLAKPVDKEQYSRYQKAARGGGAAEAAQQPSYVYSC----DPYTLAY
::: :.:: .::::::::::..: :: .:: :. . : :.:: :: : .:
CCDS72 LNGKVLDGSPIEVTLAKPVDKDSYVRY---TRGTGGRGTMLQGEYTYSLGQVYDP-TTTY
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400
pF1KE5 YGYP-------YNALIGPNRDYFVKAGSIRGRG-------RGAAGNRAPGPRGSYLGGYS
: : : :. :. . . : . .:. ::::: :. : :: ::. .
CCDS72 LGAPVFYAPQTYAAI--PSLHFPATKGHLSNRAIIRAPSVRGAAGVRGLGGRG-YLAYTG
350 360 370 380 390
410 420 430 440 450 460
pF1KE5 AGRGIYSRYHEGKGKQQEKGYELVPNLEIPTVNPVAIKPGTVAIPAIGAQYSMFPAAPAP
::: :. :...: :...:..:. .:::..:: . . ::
CCDS72 LGRG----YQVKGDKREDKLYDILPGMELTPMNPVTLKPQGIKL--------------AP
400 410 420 430 440
470 480 490 500 510 520
pF1KE5 KMIEDGKIHTVEHMISPIAVQPDPASAAAAAAAAAAAAAAVIPTVSTPPPFQGRPITPVY
...:. : .. .:. . :: . .::.... : .:.::
CCDS72 QILEE--ICQKNNWGQPVY---QLHSAIGQDQRQLFLYKITIPALASQNP-AIHPFTP--
450 460 470 480 490
530 540 550 560 570
pF1KE5 TVAPNVQR-IPTAGIYGASYV--PFAAPATATIATLQKNAAAAAAVYGGYAGYIPQAF-P
:... . : :.: :. .. :. . .:. .:::::... ::: .:.: :
CCDS72 ---PKLSAFVDEAKTYAAEYTLQTLGIPTDGGDGTMA-TAAAAATAFPGYA--VPNATAP
500 510 520 530 540
580 590
pF1KE5 AAAIQVPIPDVYQTY
..: :.
CCDS72 VSAAQLKQAVTLGQDLAAYTTYEVYPTFAVTARGDGYGTF
550 560 570 580
>>CCDS7242.1 A1CF gene_id:29974|Hs108|chr10 (594 aa)
initn: 1733 init1: 1597 opt: 1642 Z-score: 1098.0 bits: 213.2 E(32554): 7.7e-55
Smith-Waterman score: 1735; 50.8% identity (71.3% similar) in 596 aa overlap (18-584:3-560)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MTAEDSTAAMSSDSAAGSSAKVPEGVAGAPNEAALLALMERTGYSMVQENGQRKYGGPPP
:. : .:..:. .:::: ::..:::::.::::::::::::::
CCDS72 MESNHKSGDGLSGTQKEAALRALVQRTGYSLVQENGQRKYGGPPP
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 GWEGPHPQRGCEVFVGKIPRDVYEDELVPVFEAVGRIYELRLMMDFDGKNRGYAFVMYCH
::.. :.::::.:.::.:::..::::.:. : .:.:::.:.::::.:.::::::: . .
CCDS72 GWDAAPPERGCEIFIGKLPRDLFEDELIPLCEKIGKIYEMRMMMDFNGNNRGYAFVTFSN
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 KHEAKRAVRELNNYEIRPGRLLGVCCSVDNCRLFIGGIPKMKKREEILEEIAKVTEGVLD
: ::: :...::::::: ::::::: ::::::::.::::: ::::::: :. ::::::.:
CCDS72 KVEAKNAIKQLNNYEIRNGRLLGVCASVDNCRLFVGGIPKTKKREEILSEMKKVTEGVVD
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 VIVYASAADKMKNRGFAFVEYESHRAAAMARRKLMPGRIQLWGHQIAVDWAEPEIDVDED
:::: ::::: :::::::::::::::::::::::.::::::::: :::::::::..::::
CCDS72 VIVYPSAADKTKNRGFAFVEYESHRAAAMARRKLLPGRIQLWGHGIAVDWAEPEVEVDED
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 VMETVKILYVRNLMIETTEDTIKKSFGQFNPGCVERVKKIRDYAFVHFTSREDAVHAMNN
.: .::::::::::. :.:. :.: :....:: :::::::::::::::..:::::.::.
CCDS72 TMSSVKILYVRNLMLSTSEEMIEKEFNNIKPGAVERVKKIRDYAFVHFSNREDAVEAMKA
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350
pF1KE5 LNGTELEGSCLEVTLAKPVDKEQYSRYQKAARGGGAAEAAQQPSYVYSC----DPYTLAY
::: :.:: .::::::::::..: :: .:: :. . : :.:: :: : .:
CCDS72 LNGKVLDGSPIEVTLAKPVDKDSYVRY---TRGTGGRGTMLQGEYTYSLGQVYDP-TTTY
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390
pF1KE5 YGYP-------YNALIG---P-------NRDYFVKAGSIR----GRGRGAAGNRAPGPRG
: : : :. . : :: ...: :.: . :::: :. : ::
CCDS72 LGAPVFYAPQTYAAIPSLHFPATKGHLSNRA-IIRAPSVREIYMNVPVGAAGVRGLGGRG
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440 450
pF1KE5 SYLGGYSAGRGIYSRYHEGKGKQQEKGYELVPNLEIPTVNPVAIKPGTVAIPAIGAQYSM
::. . ::: :. :...: :...:..:. .:::..:: . .
CCDS72 -YLAYTGLGRG----YQVKGDKREDKLYDILPGMELTPMNPVTLKPQGIKL---------
410 420 430 440
460 470 480 490 500 510
pF1KE5 FPAAPAPKMIEDGKIHTVEHMISPIAVQPDPASAAAAAAAAAAAAAAVIPTVSTPPPFQG
::...:. : .. .:. . :: . .::.... :
CCDS72 -----APQILEE--ICQKNNWGQPVY---QLHSAIGQDQRQLFLYKITIPALASQNP-AI
450 460 470 480 490
520 530 540 550 560 570
pF1KE5 RPITPVYTVAPNVQR-IPTAGIYGASYV--PFAAPATATIATLQKNAAAAAAVYGGYAGY
.:.:: :... . : :.: :. .. :. . .:. .:::::... :::
CCDS72 HPFTP-----PKLSAFVDEAKTYAAEYTLQTLGIPTDGGDGTMA-TAAAAATAFPGYA--
500 510 520 530 540
580 590
pF1KE5 IPQAF-PAAAIQVPIPDVYQTY
.:.: :..: :.
CCDS72 VPNATAPVSAAQLKQAVTLGQDLAAYTTYEVYPTFAVTARGDGYGTF
550 560 570 580 590
>>CCDS7243.1 A1CF gene_id:29974|Hs108|chr10 (594 aa)
initn: 1631 init1: 1495 opt: 1614 Z-score: 1079.6 bits: 209.8 E(32554): 8.2e-54
Smith-Waterman score: 1660; 49.4% identity (70.4% similar) in 591 aa overlap (16-584:14-560)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MTAEDSTAAMSSDSAAGSSAKVPEGVAGAPNEAALLALMERTGYSMVQENGQRKYGGPPP
:. :. .: :. . : :: ... .: . .::::::::::::
CCDS72 MEAVCLGTCPEPEASMSTAIP-GLKKGNN--ALQSIILQT--LLEKENGQRKYGGPPP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 GWEGPHPQRGCEVFVGKIPRDVYEDELVPVFEAVGRIYELRLMMDFDGKNRGYAFVMYCH
::.. :.::::.:.::.:::..::::.:. : .:.:::.:.::::.:.::::::: . .
CCDS72 GWDAAPPERGCEIFIGKLPRDLFEDELIPLCEKIGKIYEMRMMMDFNGNNRGYAFVTFSN
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 KHEAKRAVRELNNYEIRPGRLLGVCCSVDNCRLFIGGIPKMKKREEILEEIAKVTEGVLD
: ::: :...::::::: ::::::: ::::::::.::::: ::::::: :. ::::::.:
CCDS72 KVEAKNAIKQLNNYEIRNGRLLGVCASVDNCRLFVGGIPKTKKREEILSEMKKVTEGVVD
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 VIVYASAADKMKNRGFAFVEYESHRAAAMARRKLMPGRIQLWGHQIAVDWAEPEIDVDED
:::: ::::: :::::::::::::::::::::::.::::::::: :::::::::..::::
CCDS72 VIVYPSAADKTKNRGFAFVEYESHRAAAMARRKLLPGRIQLWGHGIAVDWAEPEVEVDED
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 VMETVKILYVRNLMIETTEDTIKKSFGQFNPGCVERVKKIRDYAFVHFTSREDAVHAMNN
.: .::::::::::. :.:. :.: :....:: :::::::::::::::..:::::.::.
CCDS72 TMSSVKILYVRNLMLSTSEEMIEKEFNNIKPGAVERVKKIRDYAFVHFSNREDAVEAMKA
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350
pF1KE5 LNGTELEGSCLEVTLAKPVDKEQYSRYQKAARGGGAAEAAQQPSYVYSC----DPYTLAY
::: :.:: .::::::::::..: :: .:: :. . : :.:: :: : .:
CCDS72 LNGKVLDGSPIEVTLAKPVDKDSYVRY---TRGTGGRGTMLQGEYTYSLGQVYDP-TTTY
300 310 320 330 340
360 370 380 390 400
pF1KE5 YGYP-------YNALIGPNRDYFVKAGSIRGRG-------RGAAGNRAPGPRGSYLGGYS
: : : :. :. . . : . .:. ::::: :. : :: ::. .
CCDS72 LGAPVFYAPQTYAAI--PSLHFPATKGHLSNRAIIRAPSVRGAAGVRGLGGRG-YLAYTG
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KE5 AGRGIYSRYHEGKGKQQEKGYELVPNLEIPTVNPVAIKPGTVAIPAIGAQYSMFPAAPAP
::: :. :...: :...:..:. .:::..:: . . ::
CCDS72 LGRG----YQVKGDKREDKLYDILPGMELTPMNPVTLKPQGIKL--------------AP
410 420 430 440
470 480 490 500 510 520
pF1KE5 KMIEDGKIHTVEHMISPIAVQPDPASAAAAAAAAAAAAAAVIPTVSTPPPFQGRPITPVY
...:. : .. .:. . :: . .::.... : .:.::
CCDS72 QILEE--ICQKNNWGQPVY---QLHSAIGQDQRQLFLYKITIPALASQNP-AIHPFTP--
450 460 470 480 490 500
530 540 550 560 570
pF1KE5 TVAPNVQR-IPTAGIYGASYV--PFAAPATATIATLQKNAAAAAAVYGGYAGYIPQAF-P
:... . : :.: :. .. :. . .:. .:::::... ::: .:.: :
CCDS72 ---PKLSAFVDEAKTYAAEYTLQTLGIPTDGGDGTMA-TAAAAATAFPGYA--VPNATAP
510 520 530 540 550
580 590
pF1KE5 AAAIQVPIPDVYQTY
..: :.
CCDS72 VSAAQLKQAVTLGQDLAAYTTYEVYPTFAVTARGDGYGTF
560 570 580 590
>>CCDS3790.1 RBM46 gene_id:166863|Hs108|chr4 (533 aa)
initn: 1567 init1: 1540 opt: 1553 Z-score: 1040.1 bits: 202.3 E(32554): 1.3e-51
Smith-Waterman score: 1553; 50.9% identity (70.9% similar) in 519 aa overlap (13-525:7-515)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MTAEDSTAAMSSDSAAGSSAKVPEGVAGAPNEAALLALMERTGYSMVQENGQRKYGGPPP
:.. : : :: :. ::::::::::.:::.:::::::::.:::::
CCDS37 MNEENIDGTNGCS-KVRTGIQ---NEAALLALMEKTGYNMVQENGQRKFGGPPP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 GWEGPHPQRGCEVFVGKIPRDVYEDELVPVFEAVGRIYELRLMMDFDGKNRGYAFVMYCH
::::: : :::::::::::::.:::::::::: .:.:::.::::.:.:.:::::::::
CCDS37 GWEGPPPPRGCEVFVGKIPRDMYEDELVPVFERAGKIYEFRLMMEFSGENRGYAFVMYTT
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 KHEAKRAVRELNNYEIRPGRLLGVCCSVDNCRLFIGGIPKMKKREEILEEIAKVTEGVLD
:.::. :.: :::::::::...::: :.::::::::.::: ::.::::.:. ::::::.:
CCDS37 KEEAQLAIRILNNYEIRPGKFIGVCVSLDNCRLFIGAIPKEKKKEEILDEMKKVTEGVVD
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 VIVYASAADKMKNRGFAFVEYESHRAAAMARRKLMPGRIQLWGHQIAVDWAEPEIDVDED
:::: ::.:: :::::::::::::::::::::::.:: .::::: : ::::.:: .:::.
CCDS37 VIVYPSATDKTKNRGFAFVEYESHRAAAMARRKLIPGTFQLWGHTIQVDWADPEKEVDEE
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 VMETVKILYVRNLMIETTEDTIKKSFGQFNPGCVERVKKIRDYAFVHFTSREDAVHAMNN
.:. ::.:::::::: :::.::: :..:.:: ::::::.:::::::: .::::: ::.
CCDS37 TMQRVKVLYVRNLMISTTEETIKAEFNKFKPGAVERVKKLRDYAFVHFFNREDAVAAMSV
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 LNGTELEGSCLEVTLAKPVDKEQYSRYQKAARGGGAAEAAQQPSYVYSCDPYTLAYYGYP
.:: ..:. .::::::::.::. : . .. . .: . : ::.
CCDS37 MNGKCIDGASIEVTLAKPVNKENTWRQHLNGQISPNSENLIVFANKEESHPKTLGKLPTL
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410
pF1KE5 YNALIGPNRDYFVKAGSIRGRGRGAAGNR-APGPRGSYLGGYSAGRGIYSRYHEGKGKQQ
: : . .. : :.. .: : ... . .. :. .:..
CCDS37 PARLNGQHSPSPPEVE--RCTYPFYPGTKLTPISMYSLKSNHFNSAVMHLDYYCNKNNWA
360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KE5 EKGYELVPNLEIPTVNPVAIKPGTVAIPAI--GAQYSMFPAAPAPKMIEDGKIHTVEHMI
: : . .. : ..:::: :.: :.: .::.: ... .
CCDS37 PPEYYLYSTTSQDGKVLLVYK---IVIPAIANGSQ-SYFMPDKLCTTLEDAKELAAQFTL
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KE5 SPIAV---QPDPASAAAAAAAAAAAAAAVIPTVSTPPPFQGRPITPVYTVAPNVQRIPTA
. . . : . ..:. .... .:.: .: : . : :..:. ..:
CCDS37 LHLDYNFHRSSINSLSPVSATLSSGTPSVLPYTSRPYSYPGYPLSPTISLANGSHVGQRL
470 480 490 500 510 520
540 550 560 570 580 590
pF1KE5 GIYGASYVPFAAPATATIATLQKNAAAAAAVYGGYAGYIPQAFPAAAIQVPIPDVYQTY
CCDS37 CISNQASFF
530
>>CCDS73133.1 A1CF gene_id:29974|Hs108|chr10 (602 aa)
initn: 1631 init1: 1495 opt: 1545 Z-score: 1034.2 bits: 201.4 E(32554): 2.8e-51
Smith-Waterman score: 1638; 49.2% identity (69.9% similar) in 598 aa overlap (16-584:14-568)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MTAEDSTAAMSSDSAAGSSAKVPEGVAGAPNEAALLALMERTGYSMVQENGQRKYGGPPP
:. :. .: :. . : :: ... .: . .::::::::::::
CCDS73 MEAVCLGTCPEPEASMSTAIP-GLKKGNN--ALQSIILQT--LLEKENGQRKYGGPPP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 GWEGPHPQRGCEVFVGKIPRDVYEDELVPVFEAVGRIYELRLMMDFDGKNRGYAFVMYCH
::.. :.::::.:.::.:::..::::.:. : .:.:::.:.::::.:.::::::: . .
CCDS73 GWDAAPPERGCEIFIGKLPRDLFEDELIPLCEKIGKIYEMRMMMDFNGNNRGYAFVTFSN
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 KHEAKRAVRELNNYEIRPGRLLGVCCSVDNCRLFIGGIPKMKKREEILEEIAKVTEGVLD
: ::: :...::::::: ::::::: ::::::::.::::: ::::::: :. ::::::.:
CCDS73 KVEAKNAIKQLNNYEIRNGRLLGVCASVDNCRLFVGGIPKTKKREEILSEMKKVTEGVVD
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 VIVYASAADKMKNRGFAFVEYESHRAAAMARRKLMPGRIQLWGHQIAVDWAEPEIDVDED
:::: ::::: :::::::::::::::::::::::.::::::::: :::::::::..::::
CCDS73 VIVYPSAADKTKNRGFAFVEYESHRAAAMARRKLLPGRIQLWGHGIAVDWAEPEVEVDED
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 VMETVKILYVRNLMIETTEDTIKKSFGQFNPGCVERVKKIRDYAFVHFTSREDAVHAMNN
.: .::::::::::. :.:. :.: :....:: :::::::::::::::..:::::.::.
CCDS73 TMSSVKILYVRNLMLSTSEEMIEKEFNNIKPGAVERVKKIRDYAFVHFSNREDAVEAMKA
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350
pF1KE5 LNGTELEGSCLEVTLAKPVDKEQYSRYQKAARGGGAAEAAQQPSYVYSC----DPYTLAY
::: :.:: .::::::::::..: :: .:: :. . : :.:: :: : .:
CCDS73 LNGKVLDGSPIEVTLAKPVDKDSYVRY---TRGTGGRGTMLQGEYTYSLGQVYDP-TTTY
300 310 320 330 340
360 370 380 390
pF1KE5 YGYP-------YNALIG---P-------NRDYFVKAGSIR----GRGRGAAGNRAPGPRG
: : : :. . : :: ...: :.: . :::: :. : ::
CCDS73 LGAPVFYAPQTYAAIPSLHFPATKGHLSNRA-IIRAPSVREIYMNVPVGAAGVRGLGGRG
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440 450
pF1KE5 SYLGGYSAGRGIYSRYHEGKGKQQEKGYELVPNLEIPTVNPVAIKPGTVAIPAIGAQYSM
::. . ::: :. :...: :...:..:. .:::..:: . .
CCDS73 -YLAYTGLGRG----YQVKGDKREDKLYDILPGMELTPMNPVTLKPQGIKL---------
410 420 430 440 450
460 470 480 490 500 510
pF1KE5 FPAAPAPKMIEDGKIHTVEHMISPIAVQPDPASAAAAAAAAAAAAAAVIPTVSTPPPFQG
::...:. : .. .:. . :: . .::.... :
CCDS73 -----APQILEE--ICQKNNWGQPVY---QLHSAIGQDQRQLFLYKITIPALASQNP-AI
460 470 480 490 500
520 530 540 550 560 570
pF1KE5 RPITPVYTVAPNVQR-IPTAGIYGASYV--PFAAPATATIATLQKNAAAAAAVYGGYAGY
.:.:: :... . : :.: :. .. :. . .:. .:::::... :::
CCDS73 HPFTP-----PKLSAFVDEAKTYAAEYTLQTLGIPTDGGDGTMA-TAAAAATAFPGYA--
510 520 530 540 550
580 590
pF1KE5 IPQAF-PAAAIQVPIPDVYQTY
.:.: :..: :.
CCDS73 VPNATAPVSAAQLKQAVTLGQDLAAYTTYEVYPTFAVTARGDGYGTF
560 570 580 590 600
>>CCDS64086.1 RBM46 gene_id:166863|Hs108|chr4 (470 aa)
initn: 1540 init1: 1540 opt: 1543 Z-score: 1034.1 bits: 201.0 E(32554): 2.8e-51
Smith-Waterman score: 1543; 72.6% identity (87.9% similar) in 314 aa overlap (13-326:7-316)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MTAEDSTAAMSSDSAAGSSAKVPEGVAGAPNEAALLALMERTGYSMVQENGQRKYGGPPP
:.. : : :: :. ::::::::::.:::.:::::::::.:::::
CCDS64 MNEENIDGTNGCS-KVRTGIQ---NEAALLALMEKTGYNMVQENGQRKFGGPPP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 GWEGPHPQRGCEVFVGKIPRDVYEDELVPVFEAVGRIYELRLMMDFDGKNRGYAFVMYCH
::::: : :::::::::::::.:::::::::: .:.:::.::::.:.:.:::::::::
CCDS64 GWEGPPPPRGCEVFVGKIPRDMYEDELVPVFERAGKIYEFRLMMEFSGENRGYAFVMYTT
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 KHEAKRAVRELNNYEIRPGRLLGVCCSVDNCRLFIGGIPKMKKREEILEEIAKVTEGVLD
:.::. :.: :::::::::...::: :.::::::::.::: ::.::::.:. ::::::.:
CCDS64 KEEAQLAIRILNNYEIRPGKFIGVCVSLDNCRLFIGAIPKEKKKEEILDEMKKVTEGVVD
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 VIVYASAADKMKNRGFAFVEYESHRAAAMARRKLMPGRIQLWGHQIAVDWAEPEIDVDED
:::: ::.:: :::::::::::::::::::::::.:: .::::: : ::::.:: .:::.
CCDS64 VIVYPSATDKTKNRGFAFVEYESHRAAAMARRKLIPGTFQLWGHTIQVDWADPEKEVDEE
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 VMETVKILYVRNLMIETTEDTIKKSFGQFNPGCVERVKKIRDYAFVHFTSREDAVHAMNN
.:. ::.:::::::: :::.::: :..:.:: ::::::.:::::::: .::::: ::.
CCDS64 TMQRVKVLYVRNLMISTTEETIKAEFNKFKPGAVERVKKLRDYAFVHFFNREDAVAAMSV
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 LNGTELEGSCLEVTLAKPVDKEQYSRYQKAARGGGAAEAAQQPSYVYSCDPYTLAYYGYP
.:: ..:. .::::::::.::. :
CCDS64 MNGKCIDGASIEVTLAKPVNKENTWRQHLNGQISPNSENLIVFANKEESHPKTLGKLPTL
300 310 320 330 340 350
>>CCDS64085.1 RBM46 gene_id:166863|Hs108|chr4 (485 aa)
initn: 1540 init1: 1540 opt: 1543 Z-score: 1034.0 bits: 201.0 E(32554): 2.9e-51
Smith-Waterman score: 1543; 72.6% identity (87.9% similar) in 314 aa overlap (13-326:7-316)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MTAEDSTAAMSSDSAAGSSAKVPEGVAGAPNEAALLALMERTGYSMVQENGQRKYGGPPP
:.. : : :: :. ::::::::::.:::.:::::::::.:::::
CCDS64 MNEENIDGTNGCS-KVRTGIQ---NEAALLALMEKTGYNMVQENGQRKFGGPPP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 GWEGPHPQRGCEVFVGKIPRDVYEDELVPVFEAVGRIYELRLMMDFDGKNRGYAFVMYCH
::::: : :::::::::::::.:::::::::: .:.:::.::::.:.:.:::::::::
CCDS64 GWEGPPPPRGCEVFVGKIPRDMYEDELVPVFERAGKIYEFRLMMEFSGENRGYAFVMYTT
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 KHEAKRAVRELNNYEIRPGRLLGVCCSVDNCRLFIGGIPKMKKREEILEEIAKVTEGVLD
:.::. :.: :::::::::...::: :.::::::::.::: ::.::::.:. ::::::.:
CCDS64 KEEAQLAIRILNNYEIRPGKFIGVCVSLDNCRLFIGAIPKEKKKEEILDEMKKVTEGVVD
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 VIVYASAADKMKNRGFAFVEYESHRAAAMARRKLMPGRIQLWGHQIAVDWAEPEIDVDED
:::: ::.:: :::::::::::::::::::::::.:: .::::: : ::::.:: .:::.
CCDS64 VIVYPSATDKTKNRGFAFVEYESHRAAAMARRKLIPGTFQLWGHTIQVDWADPEKEVDEE
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 VMETVKILYVRNLMIETTEDTIKKSFGQFNPGCVERVKKIRDYAFVHFTSREDAVHAMNN
.:. ::.:::::::: :::.::: :..:.:: ::::::.:::::::: .::::: ::.
CCDS64 TMQRVKVLYVRNLMISTTEETIKAEFNKFKPGAVERVKKLRDYAFVHFFNREDAVAAMSV
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 LNGTELEGSCLEVTLAKPVDKEQYSRYQKAARGGGAAEAAQQPSYVYSCDPYTLAYYGYP
.:: ..:. .::::::::.::. :
CCDS64 MNGKCIDGASIEVTLAKPVNKENTWRQHLNGQISPNSENLIVFANKEESHPKTLGKLPTL
300 310 320 330 340 350
>>CCDS232.1 HNRNPR gene_id:10236|Hs108|chr1 (633 aa)
initn: 1259 init1: 638 opt: 1178 Z-score: 792.7 bits: 156.8 E(32554): 7.8e-38
Smith-Waterman score: 1246; 47.0% identity (68.6% similar) in 455 aa overlap (20-422:113-563)
10 20 30 40
pF1KE5 MTAEDSTAAMSSDSAAGSSAKVPEGVAGAPNEAALLALMERTGYSMVQE
.:: :.. : :.:: . ::.:::::..
CCDS23 FKESDLSHVQNKSAFLCGVMKTYRQREKQGSKVQESTKG-PDEAKIKALLERTGYTLDVT
90 100 110 120 130 140
50 60 70 80 90 100
pF1KE5 NGQRKYGGPPPG--WEGPHPQRGCEVFVGKIPRDVYEDELVPVFEAVGRIYELRLMMD-F
.:::::::::: . : .: : ::::::::::.:::::::.:: .: :..:::::: .
CCDS23 TGQRKYGGPPPDSVYSGVQPGIGTEVFVGKIPRDLYEDELVPLFEKAGPIWDLRLMMDPL
150 160 170 180 190 200
110 120 130 140 150 160
pF1KE5 DGKNRGYAFVMYCHKHEAKRAVRELNNYEIRPGRLLGVCCSVDNCRLFIGGIPKMKKREE
.:.::::::. .: :. :..::. ..::::::. :::: :: : :::.:.::: : .:.
CCDS23 SGQNRGYAFITFCGKEAAQEAVKLCDSYEIRPGKHLGVCISVANNRLFVGSIPKNKTKEN
210 220 230 240 250 260
170 180 190 200 210 220
pF1KE5 ILEEIAKVTEGVLDVIVYASAADKMKNRGFAFVEYESHRAAAMARRKLMPGRIQLWGHQI
::::..:::::..:::.: . :: ::::: :.:::.:..::.:::.:: :....::. .
CCDS23 ILEEFSKVTEGLVDVILYHQPDDKKKNRGFCFLEYEDHKSAAQARRRLMSGKVKVWGNVV
270 280 290 300 310 320
230 240 250 260 270 280
pF1KE5 AVDWAEPEIDVDEDVMETVKILYVRNLMIETTEDTIKKSFGQFNPGCVERVKKIRDYAFV
.:.::.: . : .:: ::.:.:::: .::. ..:::..: : .:::::..:::::
CCDS23 TVEWADPVEEPDPEVMAKVKVLFVRNLATTVTEEILEKSFSEF--GKLERVKKLKDYAFV
330 340 350 360 370
290 300 310 320 330
pF1KE5 HFTSREDAVHAMNNLNGTELEGSCLEVTLAKPVDKE--------QYSR---YQKA-----
:: .: ::.::...:: :.:: .:..:::: ::. : :: :.
CCDS23 HFEDRGAAVKAMDEMNGKEIEGEEIEIVLAKPPDKKRKERQAARQASRSTAYEDYYYHPP
380 390 400 410 420 430
340 350 360 370
pF1KE5 ----------ARGGGAAEAAQQPSYVYSCDPYTLAYYGYPYNALIGPNRD--YFVKAG-S
.:::: . . :.: :. . : :::: :. : .: : : .
CCDS23 PRMPPPIRGRGRGGGRGGYGYPPDY-YGYEDYYDDYYGYDYHDYRGGYEDPYYGYDDGYA
440 450 460 470 480 490
380 390 400 410
pF1KE5 IRGRGRGAAGNRAPGP-----------------RGSYLG---GYSAGRGIYSRYHEGKGK
.:::: : .: :: : ::. :: : .::: .. ..:.:.
CCDS23 VRGRGGGRGGRGAPPPPRGRGAPPPRGRAGYSQRGAPLGPPRGSRGGRGGPAQQQRGRGS
500 510 520 530 540 550
420 430 440 450 460 470
pF1KE5 QQEKGYELVPNLEIPTVNPVAIKPGTVAIPAIGAQYSMFPAAPAPKMIEDGKIHTVEHMI
. .:
CCDS23 RGSRGNRGGNVGGKRKADGYNQPDSKRRQTNNQQNWGSQPIAQQPLQQGGDYSGNYGYNN
560 570 580 590 600 610
593 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Tue Nov 8 06:10:05 2016 done: Tue Nov 8 06:10:05 2016
Total Scan time: 3.780 Total Display time: 0.130
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]