Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE5729
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5729, 640 aa
1>>>pF1KE5729 640 - 640 aa - 640 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7251+/-0.000975; mu= 13.4928+/- 0.059
mean_var=110.6693+/-21.852, 0's: 0 Z-trim(108.3): 17 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.121916
statistics sampled from 10082 (10098) to 10082 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.664), E-opt: 0.2 (0.31), width: 16
Scan time: 2.730
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS10609.1 SCNN1B gene_id:6338|Hs108|chr16 ( 640) 4436 791.4 0
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CCDS53738.1 SCNN1A gene_id:6337|Hs108|chr12 ( 728) 1207 223.5 8.1e-58
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CCDS5916.1 ASIC3 gene_id:9311|Hs108|chr7 ( 531) 366 75.5 2.1e-13
>>CCDS10609.1 SCNN1B gene_id:6338|Hs108|chr16 (640 aa)
initn: 4436 init1: 4436 opt: 4436 Z-score: 4221.7 bits: 791.4 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4436; 99.8% identity (99.8% similar) in 640 aa overlap (1-640:1-640)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MHVKKYLLKGLHRLQKGPGYTYKELLVWYCDNTNTHGPKRTICEGPKKKAMWFLLTLLFA
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CCDS10 MHVKKYLLKGLHRLQKGPGYTYKELLVWYCDNTNTHGPKRIICEGPKKKAMWFLLTLLFA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
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CCDS10 ALVCWQWGIFIRTYLSWEVSVSLSVGFKTMDFPAVTICNASPFKYSKIKHLLKDLDELME
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 AVLERILAPELSHANATRNLNFSIWNHTPLVLIDERNPHHPMVLDLFGDNHNGLTSSSAS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 EKICNAHGCKMAMRLCSLNRTQCTFRNFTSATQALTEWYILQATNIFAQVPQQELVEMSY
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PGEQMILACLFGAEPCNYRNFTSIFYPHYGNCYIFNWGMTEKALPSANPGTEFGLKLILD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 IGQEDYVPFLASTAGVRLMLHEQRSYPFIRDEGIYAMSGTETSIGVLVDKLQRMGEPYSP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 CTVNGSEVPVQNFYSDYNTTYSIQACLRSCFQDHMIRNCNCGHYLYPLPRGEKYCNNRDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 CTVNGSEVPVQNFYSDYNTTYSIQACLRSCFQDHMIRNCNCGHYLYPLPRGEKYCNNRDF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PDWAHCYSDLQMSVAQRETCIGMCKESCNDTQYKMTISMADWPSEASEDWIFHVLSQERD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE5 QSTNITLSRKGIVKLNIYFQEFNYRTIEESAANNIVWLLSNLGGQFGFWMGGSVLCLIEF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 QSTNITLSRKGIVKLNIYFQEFNYRTIEESAANNIVWLLSNLGGQFGFWMGGSVLCLIEF
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE5 GEIIIDFVWITIIKLVALAKSLRQRRAQASYAGPPPTVAELVEAHTNFGFQPDTAPRSPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GEIIIDFVWITIIKLVALAKSLRQRRAQASYAGPPPTVAELVEAHTNFGFQPDTAPRSPN
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640
pF1KE5 TGPYPSEQALPIPGTPPPNYDSLRLQPLDVIESDSEGDAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TGPYPSEQALPIPGTPPPNYDSLRLQPLDVIESDSEGDAI
610 620 630 640
>>CCDS10608.1 SCNN1G gene_id:6340|Hs108|chr16 (649 aa)
initn: 1191 init1: 546 opt: 1301 Z-score: 1241.6 bits: 240.0 E(32554): 7.7e-63
Smith-Waterman score: 1467; 36.5% identity (69.4% similar) in 627 aa overlap (17-626:19-633)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MHVKKYLLKGLHRLQKGP-GYTYKELLVWYCDNTNTHGPKR-TICEGPKKKAMWFLLT
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CCDS10 MAPGEKIKAKIKKNLPVTGPQAPTIKELMRWYCLNTNTHGCRRIVVSRGRLRRLLWIGFT
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 LLFAALVCWQWGIFIRTYLSWEVSVSLSVGFKTMDFPAVTICNASPFKYSKIKHLLKDLD
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CCDS10 LTAVALILWQCALLVFSF--YTVSVSIKVHFRKLDFPAVTICNINPYKYSTVRHLLADLE
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KE5 ELMEAVLERILA-PELSHANATRNLNFSI-------WNHT-PLVLIDERNPHHPMVLDLF
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CCDS10 QETREALKSLYGFPESRKRREAESWN-SVSEGKQPRFSHRIPLLIFDQ--DEKGKARDFF
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE5 GDNHNGLTSS---SASEKICNAHGCKMAMRLCSLNRTQCTFRNFTSATQALTEWYILQAT
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CCDS10 TGRKRKVGGSIIHKASNVMHIESKQVVGFQLCSNDTSDCATYTFSSGINAIQEWYKLHYM
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE5 NIFAQVPQQELVEMSYPGEQMILACLFGAEPCNYRNFTSIFYPHYGNCYIFNWGMTEKAL
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CCDS10 NIMAQVPLEKKINMSYSAEELLVTCFFDGVSCDARNFTLFHHPMHGNCYTFNNRENETIL
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE5 PSANPGTEFGLKLILDIGQEDYVPFLASTAGVRLMLHEQRSYPFIRDEGIYAMSGTETSI
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CCDS10 STSMGGSEYGLQVILYINEEEYNPFLVSSTGAKVIIHRQDEYPFVEDVGTEIETAMVTSI
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KE5 GVLVDKLQRMGEPYSPCTVNGSEVPVQNFYSDYNTTYSIQACLRSCFQDHMIRNCNCGHY
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CCDS10 GMHLTESFKLSEPYSQCTEDGSDVPIRNIY---NAAYSLQICLHSCFQTKMVEKCGCAQY
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KE5 LYPLPRGEKYCNNRDFPDWAHCYSDLQMSVAQRET-CIGMCKESCNDTQYKMTISMADWP
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CCDS10 SQPLPPAANYCNYQQHPNWMYCYYQLHRAFVQEELGCQSVCKEACSFKEWTLTTSLAQWP
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KE5 SEASEDWIFHVLSQERDQSTNITLSRKGIVKLNIYFQEFNYRTIEESAANNIVWLLSNLG
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CCDS10 SVVSEKWLLPVLTWDQGRQVNKKLNKTDLAKLLIFYKDLNQRSIMESPANSIEMLLSNFG
480 490 500 510 520 530
530 540 550 560 570 580
pF1KE5 GQFGFWMGGSVLCLIEFGEIIIDFVWITIIKLVALAKSLRQRRAQASYAGPP-PTVAELV
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CCDS10 GQLGLWMSCSVVCVIE----IIEVFFIDFFSIIARRQWQKAKEWWAWKQAPPCPEAPRSP
540 550 560 570 580
590 600 610 620 630 640
pF1KE5 EAHTNFGFQ-PDTAPRSPNTGPYPSEQALPIPGTPPPNYDSLRLQPLDVIESDSEGDAI
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CCDS10 QGQDNPALDIDDDLPTFNSALHLPPALGTQVPGTPPPKYNTLRLERAFSNQLTDTQMLDE
590 600 610 620 630 640
CCDS10 L
>>CCDS8543.1 SCNN1A gene_id:6337|Hs108|chr12 (669 aa)
initn: 1123 init1: 448 opt: 1207 Z-score: 1152.1 bits: 223.5 E(32554): 7.5e-58
Smith-Waterman score: 1227; 32.4% identity (65.6% similar) in 620 aa overlap (21-627:54-651)
10 20 30 40
pF1KE5 MHVKKYLLKGLHRLQKGPGYTYKELLVWYCDNTNTHGPKRTICEGPK--K
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50 60 70 80 90 100
pF1KE5 KAMWFLLTLLFAALVCWQWGIFIRTYLSWEVSVSLSVGFKTMDFPAVTICNASPFKYSKI
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CCDS85 TAFWAVLWLCTFGMMYWQFGLLFGEYFSYPVSLNINLNSDKLVFPAVTICTLNPYRYPEI
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110 120 130 140 150 160
pF1KE5 KHLLKDLDELMEAVLERI-----LAPELSHANATRNLNFSIWNHTPLVLIDERNPHHPMV
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CCDS85 KEELEELDRITEQTLFDLYKYSSFTTLVAGSRSRRDLRGTL----PHPLQRLRVPPPP--
150 160 170 180 190
170 180 190 200 210 220
pF1KE5 LDLFGDNHNGLTSSSASEKI--CNAHGCKMAMRLCSLNRTQCTFRNFTSATQALTEWYIL
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CCDS85 ---HGARRARSVASSLRDNNPQVDWKDWKIGFQLCNQNKSDCFYQTYSSGVDAVREWYRF
200 210 220 230 240 250
230 240 250 260 270 280
pF1KE5 QATNIFAQVPQQ-ELVEMSYPGEQMILACLFGAEPCNYRNFTSIFYPHYGNCYIFNWGMT
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CCDS85 HYINILSRLPETLPSLEEDTLGN-FIFACRFNQVSCNQANYSHFHHPMYGNCYTFNDKNN
260 270 280 290 300 310
290 300 310 320 330 340
pF1KE5 EKALPSANPGTEFGLKLILDIGQEDYVPFLASTAGVRLMLHEQRSYPFIRDEGIYAMSGT
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350 360 370 380 390 400
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460 470 480 490 500 510
pF1KE5 ADWPSEASEDWIFHVLSQERDQSTNITLSRKGIVKLNIYFQEFNYRTIEESAANNIVWLL
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520 530 540 550 560 570
pF1KE5 SNLGGQFGFWMGGSVLCLIEFGEIIIDFVWITIIKLVALAKSLRQRRAQASYAG-PPPTV
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580 590 600 610 620 630
pF1KE5 AELVEAHTNFGFQPDTAPRS-PNTGPYPSEQALPIPGTPPPNYDSLRLQPLDVIESDSEG
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CCDS85 ASTLASSPPSHFCPHPMSLSLSQPGPAPS----PALTAPPPAYATLGPRPSPGGSAGASS
610 620 630 640 650 660
640
pF1KE5 DAI
CCDS85 STCPLGGP
>>CCDS53739.1 SCNN1A gene_id:6337|Hs108|chr12 (692 aa)
initn: 1123 init1: 448 opt: 1207 Z-score: 1151.8 bits: 223.5 E(32554): 7.7e-58
Smith-Waterman score: 1227; 32.4% identity (65.6% similar) in 620 aa overlap (21-627:77-674)
10 20 30 40
pF1KE5 MHVKKYLLKGLHRLQKGPGYTYKELLVWYCDNTNTHGPKRTICEGPK--K
.:.::. ..:.::. :: : .: . :
CCDS53 NKREEQGLGPEPAAPQQPTAEEEALIEFHRSYRELFEFFCNNTTIHGAIRLVCSQHNRMK
50 60 70 80 90 100
50 60 70 80 90 100
pF1KE5 KAMWFLLTLLFAALVCWQWGIFIRTYLSWEVSVSLSVGFKTMDFPAVTICNASPFKYSKI
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CCDS53 TAFWAVLWLCTFGMMYWQFGLLFGEYFSYPVSLNINLNSDKLVFPAVTICTLNPYRYPEI
110 120 130 140 150 160
110 120 130 140 150 160
pF1KE5 KHLLKDLDELMEAVLERI-----LAPELSHANATRNLNFSIWNHTPLVLIDERNPHHPMV
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CCDS53 KEELEELDRITEQTLFDLYKYSSFTTLVAGSRSRRDLRGTL----PHPLQRLRVPPPP--
170 180 190 200 210 220
170 180 190 200 210 220
pF1KE5 LDLFGDNHNGLTSSSASEKI--CNAHGCKMAMRLCSLNRTQCTFRNFTSATQALTEWYIL
: . ..:: .. . . :....::. :...: .....:...:. ::: .
CCDS53 ---HGARRARSVASSLRDNNPQVDWKDWKIGFQLCNQNKSDCFYQTYSSGVDAVREWYRF
230 240 250 260 270
230 240 250 260 270 280
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. ::....:. .: . :. .:.:: :. :: :.. . .: ::::: :: .
CCDS53 HYINILSRLPETLPSLEEDTLGN-FIFACRFNQVSCNQANYSHFHHPMYGNCYTFNDKNN
280 290 300 310 320 330
290 300 310 320 330 340
pF1KE5 EKALPSANPGTEFGLKLILDIGQEDYVPFLASTAGVRLMLHEQRSYPFIRDEGIYAMSGT
. :. :: . ::.:.: :.:..:.:....:.:.:.: : :. : :. :.
CCDS53 SNLWMSSMPGINNGLSLMLRAEQNDFIPLLSTVTGARVMVHGQDEPAFMDDGGFNLRPGV
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350 360 370 380 390 400
pF1KE5 ETSIGVLVDKLQRMGEPYSPCTVNGSEVPVQNFYSDYNTTYSIQACLRSCFQDHMIRNCN
::::.. . :.:.: :. :: :::.:::.:.: . :. :.:..::::. ::..:.
CCDS53 ETSISMRKETLDRLGGDYGDCTKNGSDVPVENLYP---SKYTQQVCIHSCFQESMIKECG
400 410 420 430 440 450
410 420 430 440 450
pF1KE5 CGHYLYPLPRGEKYCNNRDFPDWAHCYSDLQMSVAQRET-CIGMCKESCNDTQYKMTISM
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CCDS53 CAYIFYPRPQNVEYCDYRKHSSWGYCYYKLQVDFSSDHLGCFTKCRKPCSVTSYQLSAGY
460 470 480 490 500 510
460 470 480 490 500 510
pF1KE5 ADWPSEASEDWIFHVLSQERDQSTNITLSRKGIVKLNIYFQEFNYRTIEESAANNIVWLL
. ::: .:..:.:..::.. . ..: .:.:..:.::.:.:.::.: :: . ..: ::
CCDS53 SRWPSVTSQEWVFQMLSRQNNYTVNN--KRNGVAKVNIFFKELNYKTNSESPSVTMVTLL
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520 530 540 550 560 570
pF1KE5 SNLGGQFGFWMGGSVLCLIEFGEIIIDFVWITIIKLVALAKSLRQRRAQASYAG-PPPTV
::::.:...:.:.::: ..:..:...:.. .: .. : . .:.: . . .: :
CCDS53 SNLGSQWSLWFGSSVLSVVEMAELVFDLL---VIMFLMLLRRFRSRYWSPGRGGRGAQEV
580 590 600 610 620
580 590 600 610 620 630
pF1KE5 AELVEAHTNFGFQPDTAPRS-PNTGPYPSEQALPIPGTPPPNYDSLRLQPLDVIESDSEG
: . . : : : . :: :: : .::: : .: .:
CCDS53 ASTLASSPPSHFCPHPMSLSLSQPGPAPS----PALTAPPPAYATLGPRPSPGGSAGASS
630 640 650 660 670 680
640
pF1KE5 DAI
CCDS53 STCPLGGP
690
>>CCDS53738.1 SCNN1A gene_id:6337|Hs108|chr12 (728 aa)
initn: 1123 init1: 448 opt: 1207 Z-score: 1151.5 bits: 223.5 E(32554): 8.1e-58
Smith-Waterman score: 1227; 32.4% identity (65.6% similar) in 620 aa overlap (21-627:113-710)
10 20 30 40
pF1KE5 MHVKKYLLKGLHRLQKGPGYTYKELLVWYCDNTNTHGPKRTICEGPK--K
.:.::. ..:.::. :: : .: . :
CCDS53 NKREEQGLGPEPAAPQQPTAEEEALIEFHRSYRELFEFFCNNTTIHGAIRLVCSQHNRMK
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pF1KE5 KAMWFLLTLLFAALVCWQWGIFIRTYLSWEVSVSLSVGFKTMDFPAVTICNASPFKYSKI
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pF1KE5 KHLLKDLDELMEAVLERI-----LAPELSHANATRNLNFSIWNHTPLVLIDERNPHHPMV
:. :..::.. : .: . .. .. . . :.: .. : : : : :
CCDS53 KEELEELDRITEQTLFDLYKYSSFTTLVAGSRSRRDLRGTL----PHPLQRLRVPPPP--
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: . ..:: .. . . :....::. :...: .....:...:. ::: .
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pF1KE5 QATNIFAQVPQQ-ELVEMSYPGEQMILACLFGAEPCNYRNFTSIFYPHYGNCYIFNWGMT
. ::....:. .: . :. .:.:: :. :: :.. . .: ::::: :: .
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. :. :: . ::.:.: :.:..:.:....:.:.:.: : :. : :. :.
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pF1KE5 ETSIGVLVDKLQRMGEPYSPCTVNGSEVPVQNFYSDYNTTYSIQACLRSCFQDHMIRNCN
::::.. . :.:.: :. :: :::.:::.:.: . :. :.:..::::. ::..:.
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. ::: .:..:.:..::.. . ..: .:.:..:.::.:.:.::.: :: . ..: ::
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::::.:...:.:.::: ..:..:...:.. .: .. : . .:.: . . .: :
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: . . : : : . :: :: : .::: : .: .:
CCDS53 ASTLASSPPSHFCPHPMSLSLSQPGPAPS----PALTAPPPAYATLGPRPSPGGSAGASS
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640
pF1KE5 DAI
CCDS53 STCPLGGP
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CCDS44 ASSIKPEASQMPPPAGGTSDDPEPSGPHLPRVMLPGVLAGVSAEESWAGPQPLETLDT
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pF1KE5 AI
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CCDS87 EQKKAYEIAGLLGELLMTPVPFSCHGHGVAPYHPKAGCSLLSHEGPPPQRPFPKPCCLGD
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.:. .::.:.:.. : .. ::...:::.:...:.:.: ..: : . .. . :
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CCDS59 PATLSHSSRPAVCVLGAPP
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CCDS59 FFEALNYETVEQKKAYEMSELLGDIGGQMGLFIGASLLTILEILDYLCEVFRDKVLGYFW
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CCDS59 SLH-VAFPSSPQIKS
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CCDS59 PPIIDQLGLGVSPGYQTFVSCQQQQLSFLPPPWGDCSSASLNPNYEPEPSDPLGSPSPSP
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CCDS59 FFEALNYETVEQKKAYEMSELLGDIGGQMGLFIGASLLTILEILDYLCEVFRDKVLGYF-
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CCDS59 WNRQHSQRHSSTNLLQEGLGSHRTQVPHLSLGPRPPTPPCAVTKTLSASHRTCYLVTQL
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640 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]