Result of FASTA (omim) for
pFN21AE5723
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5723, 814 aa
1>>>pF1KE5723 814 - 814 aa - 814 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9516+/-0.000452; mu= 12.9521+/- 0.028
mean_var=115.6079+/-23.964, 0's: 0 Z-trim(112.2): 122 B-trim: 585 in 1/50
Lambda= 0.119284
statistics sampled from 20935 (21071) to 20935 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.603), E-opt: 0.2 (0.247), width: 16
Scan time: 10.790
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_016883747 (OMIM: 604735) PREDICTED: ubiquitin c ( 822) 1479 266.5 3.5e-70
NP_001001992 (OMIM: 604735) ubiquitin carboxyl-ter ( 822) 1479 266.5 3.5e-70
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XP_016883746 (OMIM: 604735) PREDICTED: ubiquitin c ( 823) 1479 266.5 3.5e-70
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NP_001027582 (OMIM: 604735) ubiquitin carboxyl-ter ( 823) 1479 266.5 3.5e-70
XP_016883750 (OMIM: 604735) PREDICTED: ubiquitin c ( 513) 1042 191.1 1e-47
XP_016883749 (OMIM: 604735) PREDICTED: ubiquitin c ( 513) 1042 191.1 1e-47
XP_016874028 (OMIM: 604725) PREDICTED: ubiquitin c ( 352) 236 52.3 4.3e-06
NP_001230688 (OMIM: 604725) ubiquitin carboxyl-ter ( 362) 236 52.4 4.4e-06
NP_741994 (OMIM: 604725) ubiquitin carboxyl-termin ( 396) 236 52.4 4.7e-06
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XP_005271779 (OMIM: 604725) PREDICTED: ubiquitin c ( 605) 236 52.5 6.7e-06
NP_004196 (OMIM: 604725) ubiquitin carboxyl-termin ( 605) 236 52.5 6.7e-06
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NP_955475 (OMIM: 603486) ubiquitin carboxyl-termin ( 916) 216 49.1 0.0001
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XP_016875773 (OMIM: 604731) PREDICTED: ubiquitin c ( 860) 215 49.0 0.00011
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XP_011522361 (OMIM: 604334) PREDICTED: ubiquitin c ( 786) 204 47.0 0.00038
XP_011522360 (OMIM: 604334) PREDICTED: ubiquitin c (1031) 201 46.6 0.00068
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XP_011522355 (OMIM: 604334) PREDICTED: ubiquitin c (1406) 201 46.7 0.00087
NP_001291213 (OMIM: 604334) ubiquitin carboxyl-ter (1406) 201 46.7 0.00087
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NP_004496 (OMIM: 604334) ubiquitin carboxyl-termin (1406) 201 46.7 0.00087
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XP_011523674 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1620) 201 46.7 0.00098
XP_011523673 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1634) 201 46.7 0.00099
XP_016878210 (OMIM: 603158) PREDICTED: ubiquitin c ( 928) 196 45.7 0.0011
XP_016878211 (OMIM: 603158) PREDICTED: ubiquitin c ( 928) 196 45.7 0.0011
NP_001269978 (OMIM: 603158) ubiquitin carboxyl-ter (1012) 196 45.7 0.0012
XP_016878208 (OMIM: 603158) PREDICTED: ubiquitin c (1089) 196 45.7 0.0013
>>XP_016883747 (OMIM: 604735) PREDICTED: ubiquitin carbo (822 aa)
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810
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::::::::.:
XP_016 AYLLFYERIL
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pF1KE5 AYLLFYERVL
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NP_001 AYLLFYERIL
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>>XP_016883748 (OMIM: 604735) PREDICTED: ubiquitin carbo (822 aa)
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pF1KE5 MRVKDPTKALPEKAKRSKRPTVPHDEDSSDDIAVGLTCQHVSHAISVNHVKRAIAENLWS
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: .:. . ... : .. :. ..:.:..:::::::::::::::.:: .: .:..
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:.: :.: .:: : . . .:: ..: ::::: :. ::. :.::.:: ..:: ::.:.
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: :. .:.:::: ::::: .::..: ..: :.. :.:.:::..... .: . . :
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..... :.: . . . : : ...:: ..: :.: .. : :. .. :.
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.. . ... :: . . :. ....: . . :.. . :.: : : ... .
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::.. . . . .... :. : :... : : ..:. ........: :.
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810
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810
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XP_016 QAYLLFYERIL
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..:..: .::: ::.... .:... :.:.::...:.:: : ... .
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pF1KE5 QAYLLFYERVL
:::::::::.:
NP_006 QAYLLFYERIL
820
>>NP_001027582 (OMIM: 604735) ubiquitin carboxyl-termina (823 aa)
initn: 1711 init1: 507 opt: 1479 Z-score: 1381.0 bits: 266.5 E(85289): 3.5e-70
Smith-Waterman score: 1904; 38.6% identity (69.3% similar) in 837 aa overlap (15-814:4-823)
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pF1KE5 MRVKDPTKALPEKAKRSKRPTVPHDEDSSDDIAVGLTCQHVSHAISVNHVKRAIAENLWS
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pF1KE5 INLSTWIIWCYECDEKLSTHCNKKVLAQIVDFLQKHASKT--------------QTSAFS
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NP_001 LSLDNWSVWCYVCDNEVQ-YCSSNQLGQVVDYVRKQASITTPKPAEKDNGNIELENKKLE
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pF1KE5 RIMKLCEEKCETDEIQK-----GGKCRNLSVRGITNLGNTCFFNAVMQNLAQTYTLTDLM
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NP_001 KESKNEQEREKKENMAKENPPMNSPCQ-ITVKGLSNLGNTCFFNAVMQNLSQTPVLRELL
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pF1KE5 NEIKESSTKLKIFPSSDSQLDPLVVELSRPGPLTSALFLFLHSMKETEKGPLSPKVLFNQ
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NP_001 KEVKMSGTIVKIEPPDLALTEPLEINLEPPGPLTLAMSQFLNEMQETKKGVVTPKELFSQ
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.... :. . . :: :.. . .. . .:..:: ::.. . .. ::::: ::
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pF1KE5 EGHYTAYVKVRTPSRKLSEHNTKKKNVPGLKAADNESAGQWVHVSDTYLQVVPESRALSA
::::::.:.:: . .:: . . . ..: . . :: ::: :.:::..:.:: ...:..
NP_001 SGHYTAYAKARTANSHLS-NLVLHGDIP--QDFEMESKGQWFHISDTHVQAVPTTKVLNS
760 770 780 790 800 810
810
pF1KE5 QAYLLFYERVL
:::::::::.:
NP_001 QAYLLFYERIL
820
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.:.:: .:.. .:::::.: : : :.: .
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.::: : :. .:.:::: ::::: .::..: ..: :.. :.:.:::..... .: .
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. : ..... :.: . . . : : ...:: ..: :.: .. : :. .
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. :... . ... :: . . :. ....: . . :.. . :.: : : ..
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. . ::.. . . . .... :. : :... : : ..:. .......
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.: :.... : . . . :: :.. . .. . .:..:: ::.. . .. ::::
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:: ::::::.:::..:::::.:. :: .:::::::. ::: : . .:::.:::.::::
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>>XP_016883749 (OMIM: 604735) PREDICTED: ubiquitin carbo (513 aa)
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pF1KE5 LFNQLCQKAPRFKDFQQQDSQELLHYLLDAVRTEETKRIQASILKAFNNPTTKTADDETR
.:.:: .:.. .:::::.: : : :.: .
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pF1KE5 KKVKAYGKEGVKMNFIDRIFIGELTSTVMCEECANISTVKDPFIDISLPIIEERVSKPLL
.::: : :. .:.:::: ::::: .::..: ..: :.. :.:.:::..... .: .
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pF1KE5 WGRMNKYRSLRETDHD----RYSGNVTIENIHQPRAAKKHSSSKDKSQLIHDRKCIRKLS
. : ..... :.: . . . : : ...:: ..: :.: .. : :. .
XP_016 NDK-NLKKTVEDEDQDSEEEKDNDSYIKERSDIPSGTSKHLQKKAKKQAKKQAKNQRRQQ
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pF1KE5 S--GETVTYQKNENLEMNGDSLMFASLMNSESRLNESPTDDSEKEASHSESNV---DADS
. :... . ... :: . . :. ....: . . :.. . :.: : : ..
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pF1KE5 EPSESESASKQTGLFRSSSGSGVQPDGPLYPLSAGKL-----LYTKETDSGDKEMAEAIS
. . ::.. . . . .... :. : :... : : ..:. .......
XP_016 QAKMIESVTDNQKSTEEVDMKNINMDNDLEVLTSSPTRNLNGAYLTEGSNGEVDISNGFK
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pF1KE5 ELRLSSTVTGDQDFDRENQPLNISNNLCFLEGKHLRSYSPQNAFQTLSQSYITTSKECSI
.: :.... : . . . :: :.. . .. . .:..:: ::.. . .. ::::
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XP_016 QHCLYQFTRNEKLRDANKLLCEVCTRRQCNGPKANIKGERK--HVYTNAKKQMLISLAPP
330 340 350 360 370 380
690 700 710 720 730
pF1KE5 VLILHLKRFHQAGLSLRKVNRHVDFPLMLDLAPFCSATCKN-ASVGDKVLYGLYGIVEHS
:: ::::::.:::..:::::.:. :: .:::::::. ::: : . .:::.:::.::::
XP_016 VLTLHLKRFQQAGFNLRKVNKHIKFPEILDLAPFCTLKCKNVAEENTRVLYSLYGVVEHS
390 400 410 420 430 440
740 750 760 770 780 790
pF1KE5 GSMREGHYTAYVKVRTPSRKLSEHNTKKKNVPGLKAADNESAGQWVHVSDTYLQVVPESR
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XP_016 GTMRSGHYTAYAKARTANSHLS-NLVLHGDIP--QDFEMESKGQWFHISDTHVQAVPTTK
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pF1KE5 ALSAQAYLLFYERVL
.:..:::::::::.:
XP_016 VLNSQAYLLFYERIL
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pF1KE5 AFSRIMKLCEEKCETDEIQKGGKCRNLSVRGITNLGNTCFFNAVMQNLAQTYTLTDLMNE
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pF1KE5 IKESSTKLKIFPSSDSQLDPLVVELSRPGPLTSALFLFLHSMKETEKGPLSPKVLFNQLC
.. . ... :: :... :. . . .::. . .:.
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. :::: ..:::.::.:..:::....: ..:. :. .:: . . ::: ...
XP_016 RYAPRFVGYNQQDAQEFLRFLLDGLHNE-VNRV---TLRPKSNPENLDHLPDDEKGRQMW
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pF1KE5 -KAYGKEGVKMNFIDRIFIGELTSTVMCEECANISTVKDPFIDISLPIIEERVSKPLLWG
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XP_016 RKYLEREDSR---IGDLFVGQLKSSLTCTDCGYCSTVFDPFWDLSLPIAKRGYPEVTLMD
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: . . : :
XP_016 CMRLFTKEDVLDGDEKPTCCRCRGRKRCIKKFSIQRFPKILVLHLKRFSESRIRTSKLTT
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Smith-Waterman score: 289; 29.5% identity (56.7% similar) in 224 aa overlap (191-410:25-228)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]