Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE5684
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5684, 575 aa
1>>>pF1KE5684 575 - 575 aa - 575 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.3616+/-0.000871; mu= 0.9857+/- 0.052
mean_var=223.9199+/-46.509, 0's: 0 Z-trim(114.4): 23 B-trim: 305 in 2/48
Lambda= 0.085709
statistics sampled from 14962 (14976) to 14962 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.781), E-opt: 0.2 (0.46), width: 16
Scan time: 3.560
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12110.1 APBA3 gene_id:9546|Hs108|chr19 ( 575) 3901 495.2 9.3e-140
CCDS6630.1 APBA1 gene_id:320|Hs108|chr9 ( 837) 1160 156.4 1.3e-37
CCDS45197.1 APBA2 gene_id:321|Hs108|chr15 ( 737) 1131 152.7 1.5e-36
CCDS10022.1 APBA2 gene_id:321|Hs108|chr15 ( 749) 1131 152.7 1.5e-36
>>CCDS12110.1 APBA3 gene_id:9546|Hs108|chr19 (575 aa)
initn: 3901 init1: 3901 opt: 3901 Z-score: 2622.6 bits: 495.2 E(32554): 9.3e-140
Smith-Waterman score: 3901; 100.0% identity (100.0% similar) in 575 aa overlap (1-575:1-575)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MDFPTISRSPSGPPAMDLEGPRDILVPSEDLTPDSQWDPMPGGPGSLSRMELDESSLQEL
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CCDS12 MDFPTISRSPSGPPAMDLEGPRDILVPSEDLTPDSQWDPMPGGPGSLSRMELDESSLQEL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 VQQFEALPGDLVGPSPGGAPCPLHIATGHGLASQEIADAHGLLSAEAGRDDLLGLLHCEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 VQQFEALPGDLVGPSPGGAPCPLHIATGHGLASQEIADAHGLLSAEAGRDDLLGLLHCEE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 CPPSQTGPEEPLEPAPRLLQPPEDPDEDSDSPEWVEGASAEQEGSRSSSSSPEPWLETVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 CPPSQTGPEEPLEPAPRLLQPPEDPDEDSDSPEWVEGASAEQEGSRSSSSSPEPWLETVP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 LVTPEEPPAGAQSPETLASYPAPQEVPGPCDHEDLLDGVIFGARYLGSTQLVSERNPPTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LVTPEEPPAGAQSPETLASYPAPQEVPGPCDHEDLLDGVIFGARYLGSTQLVSERNPPTS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 TRMAQAREAMDRVKAPDGETQPMTEVDLFVSTKRIKVLTADSQEAMMDHALHTISYTADI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 TRMAQAREAMDRVKAPDGETQPMTEVDLFVSTKRIKVLTADSQEAMMDHALHTISYTADI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 GCVLVLMARRRLARRPAPQDHGRRLYKMLCHVFYAEDAQLIAQAIGQAFAAAYSQFLRES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GCVLVLMARRRLARRPAPQDHGRRLYKMLCHVFYAEDAQLIAQAIGQAFAAAYSQFLRES
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 GIDPSQVGVHPSPGACHLHNGDLDHFSNSDNCREVHLEKRRGEGLGVALVESGWGSLLPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GIDPSQVGVHPSPGACHLHNGDLDHFSNSDNCREVHLEKRRGEGLGVALVESGWGSLLPT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 AVIANLLHGGPAERSGALSIGDRLTAINGTSLVGLPLAACQAAVRETKSQTSVTLSIVHC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 AVIANLLHGGPAERSGALSIGDRLTAINGTSLVGLPLAACQAAVRETKSQTSVTLSIVHC
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE5 PPVTTAIIHRPHAREQLGFCVEDGIICSLLRGGIAERGGIRVGHRIIEINGQSVVATPHA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 PPVTTAIIHRPHAREQLGFCVEDGIICSLLRGGIAERGGIRVGHRIIEINGQSVVATPHA
490 500 510 520 530 540
550 560 570
pF1KE5 RIIELLTEAYGEVHIKTMPAATYRLLTGQEQPVYL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 RIIELLTEAYGEVHIKTMPAATYRLLTGQEQPVYL
550 560 570
>>CCDS6630.1 APBA1 gene_id:320|Hs108|chr9 (837 aa)
initn: 1486 init1: 958 opt: 1160 Z-score: 788.5 bits: 156.4 E(32554): 1.3e-37
Smith-Waterman score: 1746; 51.8% identity (73.8% similar) in 568 aa overlap (46-575:280-837)
20 30 40 50 60 70
pF1KE5 MDLEGPRDILVPSEDLTPDSQWDPMPGGPGSLSRMELDESS--LQELVQQFEALPGDLVG
:.: . ::... . : :..: : :
CCDS66 EKEAEFAPYPRMDSYEQEEDIDQIVAEVKQSMSSQSLDKAAEDMPEAEQDLERPPTPAGG
250 260 270 280 290 300
80 90 100 110 120
pF1KE5 -P-SPG-GAPCPLHIATGH---GLASQEIADAHGLLSAEAGRDDLLGLLHCE-ECPPSQT
: ::: :: . :.: : :.:. . . . : .: .. . . . :
CCDS66 RPDSPGLQAPAGQQRAVGPAGGGEAGQRYSKEKRDAISLAIKDIKEAIEEVKTRTIRSPY
310 320 330 340 350 360
130 140 150 160 170
pF1KE5 GPEEPLEPAPRLLQ---PPEDPDE----DSDSPEWVEGASAEQEGSRSSSSSPEPWLETV
:.:: :: . : : .: :. :.::: :.:. :..:::.: .:
CCDS66 TPDEPKEPIWVMRQDISPTRDCDDQRPMDGDSPS--PGSSSPL-GAESSSTSLHP-----
370 380 390 400 410 420
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 PLVTPEEPPAGAQSPETLASYPAPQEVPGPCDHEDLLDGVIFGARYLGSTQLVSERNPPT
: : .. .: ..:::.:. ::::::: :::.::.::.: :::::::.:...:
CCDS66 --SDPVEASTNKESRKSLASFPTYVEVPGPCDPEDLIDGIIFAANYLGSTQLLSDKTPSK
430 440 450 460 470
240 250 260 270 280
pF1KE5 STRMAQAREAMDRVK-----------APDGETQPMTEVDLFVSTKRIKVLTADSQEAMMD
..:: ::.::..:.: ::.::.:::::::::.::.:::::.::.::.:::
CCDS66 NVRMMQAQEAVSRIKMAQKLAKSRKKAPEGESQPMTEVDLFISTQRIKVLNADTQETMMD
480 490 500 510 520 530
290 300 310 320 330 340
pF1KE5 HALHTISYTADIGCVLVLMARRRLARRPA--------PQDHGRRLYKMLCHVFYAEDAQL
: :.:::: :::: ..:::::::. : . :.. :.: :::.:::: .:::::
CCDS66 HPLRTISYIADIGNIVVLMARRRMPRSNSQENVEASHPSQDGKRQYKMICHVFESEDAQL
540 550 560 570 580 590
350 360 370 380 390
pF1KE5 IAQAIGQAFAAAYSQFLRESGIDP---SQVGVHPSPGACHLHNGDLDHFSNSDNCREVHL
:::.:::::..::..::: .::.: :: .. ..: :: :::.:.::..: .
CCDS66 IAQSIGQAFSVAYQEFLRANGINPEDLSQKEYSDLLNTQDMYNDDLIHFSKSENCKDVFI
600 610 620 630 640 650
400 410 420 430 440 450
pF1KE5 EKRRGEGLGVALVESGWGSLLPTAVIANLLHGGPAERSGALSIGDRLTAINGTSLVGLPL
::..:: :::..:::::::.:::..:::..::::::.:: :.:::.. .:::::::::::
CCDS66 EKQKGEILGVVIVESGWGSILPTVIIANMMHGGPAEKSGKLNIGDQIMSINGTSLVGLPL
660 670 680 690 700 710
460 470 480 490 500 510
pF1KE5 AACQAAVRETKSQTSVTLSIVHCPPVTTAIIHRPHAREQLGFCVEDGIICSLLRGGIAER
..::. .. :.:. : :.::.::::::..:.:: : :::: :..::::::.:::::::
CCDS66 STCQSIIKGLKNQSRVKLNIVRCPPVTTVLIRRPDLRYQLGFSVQNGIICSLMRGGIAER
720 730 740 750 760 770
520 530 540 550 560 570
pF1KE5 GGIRVGHRIIEINGQSVVATPHARIIELLTEAYGEVHIKTMPAATYRLLTGQEQPVYL
::.::::::::::::::::::: .:...:..: ::.:.:::::: :::::.::::::.
CCDS66 GGVRVGHRIIEINGQSVVATPHEKIVHILSNAVGEIHMKTMPAAMYRLLTAQEQPVYI
780 790 800 810 820 830
>>CCDS45197.1 APBA2 gene_id:321|Hs108|chr15 (737 aa)
initn: 1668 init1: 934 opt: 1131 Z-score: 769.9 bits: 152.7 E(32554): 1.5e-36
Smith-Waterman score: 1666; 47.7% identity (69.4% similar) in 614 aa overlap (5-575:142-737)
10 20 30
pF1KE5 MDFPTISRSPSGPPAMDLEGPRDILVPSEDLTPD
: : .: : . . :: .: ::
CCDS45 EGMDCNGEEYLAHSAHPVDTDECQEAVEEWTDSAGPH-PHGHEAEGSQDY--------PD
120 130 140 150 160
40 50 60 70 80
pF1KE5 SQWDPMPGG-PGSLSRMELDES----SLQELVQQFEALPGDLVGPSPGGAPCPLHIATGH
.: :.: :. : . .:. . .: :.. : . : . :: : .. :
CCDS45 GQL-PIPEDEPSVLEAHDQEEDGHYCASKEGYQDY--YPEEANGNT--GAS-PYRLRRGD
170 180 190 200 210
90 100 110 120 130 140
pF1KE5 G-LASQEIADAHGLLSAEAGRDDLLGLLHCEECPPS---QTGPEEPLEPAPRLLQPPEDP
: : .:: : ... .. .. : : . :::. .: : . . .:
CCDS45 GDLEDQE-EDIDQIVAEIKMSLSMTSITSASEASPEHGPEPGPEDSVEACPPI-KASCSP
220 230 240 250 260 270
150 160 170 180
pF1KE5 DEDSDSPEWV------EGASAEQEGSRSSSSSPEPWL----ETV--PLVTPEE-------
.. :. . . . :.: . .. .:: : : : : :..
CCDS45 SRHEARPKSLNLLPEAKHPGDPQRGFKPKTRTPEERLKWPHEQVCNGLEQPRKQQRSDLN
280 290 300 310 320 330
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 -PPAGAQSPET--LASYPAPQEVPGPCDHEDLLDGVIFGARYLGSTQLVSERNPPTSTRM
: . . ::: .::.:. :::::. :::.::.::.: :::::::.::::: . ::
CCDS45 GPVDNNNIPETKKVASFPSFVAVPGPCEPEDLIDGIIFAANYLGSTQLLSERNPSKNIRM
340 350 360 370 380 390
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 AQAREAMDRVKAPDGETQPMTEVDLFVSTKRIKVLTADSQEAMMDHALHTISYTADIGCV
::.::..::: .:..: .::::::.::.:::::.::.::.::::::.:::: :::: .
CCDS45 MQAQEAVSRVKNSEGDAQTLTEVDLFISTQRIKVLNADTQETMMDHALRTISYIADIGNI
400 410 420 430 440 450
310 320 330 340 350
pF1KE5 LVLMARRRLARRPAPQD---------HGRRLYKMLCHVFYAEDAQLIAQAIGQAFAAAYS
.:::::::. : : :: .:.. :::.:::: .::::::::.:::::..::.
CCDS45 VVLMARRRMPRS-ASQDCIETTPGAQEGKKQYKMICHVFESEDAQLIAQSIGQAFSVAYQ
460 470 480 490 500 510
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 QFLRESGIDP---SQVGVHPSPGACHLHNGDLDHFSNSDNCREVHLEKRRGEGLGVALVE
.::: .::.: :: .. ...: :: :::::.::.:..:::..:: :::..::
CCDS45 EFLRANGINPEDLSQKEYSDIINTQEMYNDDLIHFSNSENCKELQLEKHKGEILGVVVVE
520 530 540 550 560 570
420 430 440 450 460 470
pF1KE5 SGWGSLLPTAVIANLLHGGPAERSGALSIGDRLTAINGTSLVGLPLAACQAAVRETKSQT
:::::.:::...::...:::: ::: :::::.. .::::::::::::.::. .. :.::
CCDS45 SGWGSILPTVILANMMNGGPAARSGKLSIGDQIMSINGTSLVGLPLATCQGIIKGLKNQT
580 590 600 610 620 630
480 490 500 510 520 530
pF1KE5 SVTLSIVHCPPVTTAIIHRPHAREQLGFCVEDGIICSLLRGGIAERGGIRVGHRIIEING
.: :.:: ::::::..:.:: . :::: :..::::::.:::::::::.:::::::::::
CCDS45 QVKLNIVSCPPVTTVLIKRPDLKYQLGFSVQNGIICSLMRGGIAERGGVRVGHRIIEING
640 650 660 670 680 690
540 550 560 570
pF1KE5 QSVVATPHARIIELLTEAYGEVHIKTMPAATYRLLTGQEQPVYL
:::::: : .:.. :... ::.:.:::::: .::::::: :.:.
CCDS45 QSVVATAHEKIVQALSNSVGEIHMKTMPAAMFRLLTGQETPLYI
700 710 720 730
>>CCDS10022.1 APBA2 gene_id:321|Hs108|chr15 (749 aa)
initn: 1602 init1: 934 opt: 1131 Z-score: 769.8 bits: 152.7 E(32554): 1.5e-36
Smith-Waterman score: 1631; 47.8% identity (69.3% similar) in 603 aa overlap (28-575:157-749)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MDFPTISRSPSGPPAMDLEGPRDILVPSEDLTPDSQWDPMPGG-PGSLSRMELDES-
:.: ::.: :.: :. : . .:.
CCDS10 HPVDTDECQEAVEEWTDSAGPHPHGHEAEGSQDY-PDGQL-PIPEDEPSVLEAHDQEEDG
130 140 150 160 170 180
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 ---SLQELVQQFEALPGDLVGPSPGGAPCPLHIATGHG-LASQEIADAHGLLSAEAGRDD
. .: :.. : . : . :: : .. : : : .:: : ... .
CCDS10 HYCASKEGYQDY--YPEEANGNT--GAS-PYRLRRGDGDLEDQE-EDIDQIVAEIKMSLS
190 200 210 220 230
120 130 140 150 160
pF1KE5 LLGLLHCEECPPS---QTGPEEPLEPAPRLLQPPEDPDEDSDSPEWV------EGASAEQ
. .. : : . :::. .: : . . .:.. :. . . . :
CCDS10 MTSITSASEASPEHGPEPGPEDSVEACPPI-KASCSPSRHEARPKSLNLLPEAKHPGDPQ
240 250 260 270 280 290
170 180 190 200
pF1KE5 EGSRSSSSSPEPWL----ETV--PLVTPEE--------PPAGAQSPET--LASYPAPQEV
.: . .. .:: : : : : :.. : . . ::: .::.:. :
CCDS10 RGFKPKTRTPEERLKWPHEQVCNGLEQPRKQQRSDLNGPVDNNNIPETKKVASFPSFVAV
300 310 320 330 340 350
210 220 230 240 250
pF1KE5 PGPCDHEDLLDGVIFGARYLGSTQLVSERNPPTSTRMAQAREAMDRVK------------
::::. :::.::.::.: :::::::.::::: . :: ::.::..:::
CCDS10 PGPCEPEDLIDGIIFAANYLGSTQLLSERNPSKNIRMMQAQEAVSRVKRMQKAAKIKKKA
360 370 380 390 400 410
260 270 280 290 300 310
pF1KE5 APDGETQPMTEVDLFVSTKRIKVLTADSQEAMMDHALHTISYTADIGCVLVLMARRRLAR
.:..: .::::::.::.:::::.::.::.::::::.:::: :::: ..:::::::. :
CCDS10 NSEGDAQTLTEVDLFISTQRIKVLNADTQETMMDHALRTISYIADIGNIVVLMARRRMPR
420 430 440 450 460 470
320 330 340 350 360
pF1KE5 RPAPQD---------HGRRLYKMLCHVFYAEDAQLIAQAIGQAFAAAYSQFLRESGIDP-
: :: .:.. :::.:::: .::::::::.:::::..::..::: .::.:
CCDS10 S-ASQDCIETTPGAQEGKKQYKMICHVFESEDAQLIAQSIGQAFSVAYQEFLRANGINPE
480 490 500 510 520 530
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 --SQVGVHPSPGACHLHNGDLDHFSNSDNCREVHLEKRRGEGLGVALVESGWGSLLPTAV
:: .. ...: :: :::::.::.:..:::..:: :::..:::::::.:::..
CCDS10 DLSQKEYSDIINTQEMYNDDLIHFSNSENCKELQLEKHKGEILGVVVVESGWGSILPTVI
540 550 560 570 580 590
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 IANLLHGGPAERSGALSIGDRLTAINGTSLVGLPLAACQAAVRETKSQTSVTLSIVHCPP
.::...:::: ::: :::::.. .::::::::::::.::. .. :.::.: :.:: :::
CCDS10 LANMMNGGPAARSGKLSIGDQIMSINGTSLVGLPLATCQGIIKGLKNQTQVKLNIVSCPP
600 610 620 630 640 650
490 500 510 520 530 540
pF1KE5 VTTAIIHRPHAREQLGFCVEDGIICSLLRGGIAERGGIRVGHRIIEINGQSVVATPHARI
:::..:.:: . :::: :..::::::.:::::::::.::::::::::::::::: : .:
CCDS10 VTTVLIKRPDLKYQLGFSVQNGIICSLMRGGIAERGGVRVGHRIIEINGQSVVATAHEKI
660 670 680 690 700 710
550 560 570
pF1KE5 IELLTEAYGEVHIKTMPAATYRLLTGQEQPVYL
.. :... ::.:.:::::: .::::::: :.:.
CCDS10 VQALSNSVGEIHMKTMPAAMFRLLTGQETPLYI
720 730 740
575 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Tue Nov 8 05:50:06 2016 done: Tue Nov 8 05:50:06 2016
Total Scan time: 3.560 Total Display time: 0.010
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]