Result of FASTA (omim) for
pFN21AE5680
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5680, 519 aa
1>>>pF1KE5680 519 - 519 aa - 519 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6243+/-0.000369; mu= 17.0418+/- 0.023
mean_var=79.7856+/-15.763, 0's: 0 Z-trim(114.7): 170 B-trim: 600 in 1/55
Lambda= 0.143586
statistics sampled from 24448 (24633) to 24448 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.672), E-opt: 0.2 (0.289), width: 16
Scan time: 9.640
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_758857 (OMIM: 607603) potassium voltage-gated c ( 519) 3464 727.4 2.4e-209
XP_011527107 (OMIM: 603788) PREDICTED: potassium v ( 513) 1879 399.1 1.7e-110
XP_011527106 (OMIM: 603788) PREDICTED: potassium v ( 513) 1879 399.1 1.7e-110
XP_006723848 (OMIM: 603788) PREDICTED: potassium v ( 513) 1879 399.1 1.7e-110
XP_011527103 (OMIM: 603788) PREDICTED: potassium v ( 513) 1879 399.1 1.7e-110
XP_011527104 (OMIM: 603788) PREDICTED: potassium v ( 513) 1879 399.1 1.7e-110
XP_011527108 (OMIM: 603788) PREDICTED: potassium v ( 513) 1879 399.1 1.7e-110
XP_011527102 (OMIM: 603788) PREDICTED: potassium v ( 513) 1879 399.1 1.7e-110
NP_002228 (OMIM: 603788) potassium voltage-gated c ( 513) 1879 399.1 1.7e-110
XP_011527105 (OMIM: 603788) PREDICTED: potassium v ( 513) 1879 399.1 1.7e-110
XP_011524220 (OMIM: 605696) PREDICTED: potassium v ( 466) 1674 356.6 9.3e-98
XP_011524222 (OMIM: 605696) PREDICTED: potassium v ( 466) 1674 356.6 9.3e-98
NP_036415 (OMIM: 605696) potassium voltage-gated c ( 466) 1674 356.6 9.3e-98
XP_016881194 (OMIM: 605696) PREDICTED: potassium v ( 466) 1674 356.6 9.3e-98
XP_016881193 (OMIM: 605696) PREDICTED: potassium v ( 509) 1674 356.6 1e-97
NP_065748 (OMIM: 602906) potassium voltage-gated c ( 477) 1004 217.8 5.7e-56
NP_001269357 (OMIM: 603888) potassium voltage-gate ( 491) 966 209.9 1.4e-53
NP_002243 (OMIM: 603888) potassium voltage-gated c ( 491) 966 209.9 1.4e-53
XP_016859548 (OMIM: 603888) PREDICTED: potassium v ( 491) 966 209.9 1.4e-53
XP_011531127 (OMIM: 603888) PREDICTED: potassium v ( 491) 966 209.9 1.4e-53
NP_758847 (OMIM: 606767) potassium voltage-gated c ( 425) 962 209.1 2.2e-53
NP_579875 (OMIM: 606767) potassium voltage-gated c ( 436) 921 200.6 8e-51
NP_598004 (OMIM: 607604,610356) potassium voltage- ( 545) 904 197.1 1.1e-49
NP_004761 (OMIM: 607738) potassium voltage-gated c ( 911) 742 163.7 2.1e-39
XP_011527101 (OMIM: 600397,616056) PREDICTED: pota ( 858) 716 158.3 8.4e-38
XP_006723847 (OMIM: 600397,616056) PREDICTED: pota ( 858) 716 158.3 8.4e-38
NP_004966 (OMIM: 600397,616056) potassium voltage- ( 858) 716 158.3 8.4e-38
NP_000208 (OMIM: 160120,176260) potassium voltage- ( 495) 665 147.6 8.1e-35
XP_011539701 (OMIM: 176262,616366) PREDICTED: pota ( 499) 603 134.8 6e-31
XP_011539700 (OMIM: 176262,616366) PREDICTED: pota ( 499) 603 134.8 6e-31
XP_011539698 (OMIM: 176262,616366) PREDICTED: pota ( 499) 603 134.8 6e-31
XP_011539699 (OMIM: 176262,616366) PREDICTED: pota ( 499) 603 134.8 6e-31
XP_016856702 (OMIM: 176262,616366) PREDICTED: pota ( 499) 603 134.8 6e-31
NP_004965 (OMIM: 176262,616366) potassium voltage- ( 499) 603 134.8 6e-31
XP_011539702 (OMIM: 176262,616366) PREDICTED: pota ( 499) 603 134.8 6e-31
XP_016869470 (OMIM: 607738) PREDICTED: potassium v ( 666) 593 132.8 3.2e-30
XP_016869471 (OMIM: 607738) PREDICTED: potassium v ( 666) 593 132.8 3.2e-30
NP_002224 (OMIM: 176266) potassium voltage-gated c ( 653) 583 130.7 1.3e-29
XP_016874759 (OMIM: 176257) PREDICTED: potassium v ( 529) 577 129.4 2.6e-29
XP_011519257 (OMIM: 176257) PREDICTED: potassium v ( 529) 577 129.4 2.6e-29
XP_016874760 (OMIM: 176257) PREDICTED: potassium v ( 529) 577 129.4 2.6e-29
XP_005253743 (OMIM: 176257) PREDICTED: potassium v ( 529) 577 129.4 2.6e-29
NP_002226 (OMIM: 176257) potassium voltage-gated c ( 529) 577 129.4 2.6e-29
XP_016874761 (OMIM: 176257) PREDICTED: potassium v ( 529) 577 129.4 2.6e-29
NP_114092 (OMIM: 176268) potassium voltage-gated c ( 456) 572 128.3 4.8e-29
NP_002227 (OMIM: 603787) potassium voltage-gated c ( 494) 571 128.1 5.9e-29
NP_002225 (OMIM: 176267,612240) potassium voltage- ( 613) 563 126.5 2.2e-28
NP_005540 (OMIM: 602420) potassium voltage-gated c ( 511) 550 123.8 1.2e-27
NP_002223 (OMIM: 176263) potassium voltage-gated c ( 575) 540 121.7 5.7e-27
XP_006719446 (OMIM: 176256) PREDICTED: potassium v ( 612) 501 113.7 1.6e-24
>>NP_758857 (OMIM: 607603) potassium voltage-gated chann (519 aa)
initn: 3464 init1: 3464 opt: 3464 Z-score: 3879.3 bits: 727.4 E(85289): 2.4e-209
Smith-Waterman score: 3464; 99.6% identity (100.0% similar) in 519 aa overlap (1-519:1-519)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MPMPSRDGGLHPRHHHYGSHSPWSQLLSSPMETPSIKGLYYRRVRKVGALDASPVDLKKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_758 MPMPSRDGGLHPRHHHYGSHSPWSQLLSSPMETPSIKGLYYRRVRKVGALDASPVDLKKE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 ILINVGGRRYLLPWSTLDRFPLSRLSKLRLCRSYEEIVQLCDDYDEDSQEFFFDRSPSAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_758 ILINVGGRRYLLPWSTLDRFPLSRLSKLRLCRSYEEIVQLCDDYDEDSQEFFFDRSPSAF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 GVIVSFLAAGKLVLLQEMCALSFQEELAYWGIEEAHLERCCLRKLLRKLEELEELAKLHR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_758 GVIVSFLAAGKLVLLQEMCALSFQEELAYWGIEEAHLERCCLRKLLRKLEELEELAKLHR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 EDVLRQQRETRRPASHSSRWGLCMNRLREMVENPQSGLPGKVFACLSILFVATTAVSLCV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_758 EDVLRQQRETRRPASHSSRWGLCMNRLREMVENPQSGLPGKVFACLSILFVATTAVSLCV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 STMPDLRAEEDQGECSRKCYYIFIVETICVAWFSLEFCLRFVQAQDKCQFFQGPLNIIDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_758 STMPDLRAEEDQGECSRKCYYIFIVETICVAWFSLEFCLRFVQAQDKCQFFQGPLNIIDI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 LAISPYYVSLAVSEEPPEDGKRPSGSSYLEKVGLVLRVLRALRILYVMRLARHSLGLQTL
::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_758 LAISPYYVSLAVSEEPPEDGERPSGSSYLEKVGLVLRVLRALRILYVMRLARHSLGLQTL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 GLTVRRCTREFGLLLLFLAVAITLFSPLVYVAEKESGRVLEFTSIPASYWWAIISMTTVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_758 GLTVRRCTREFGLLLLFLAVAITLFSPLVYVAEKESGRVLEFTSIPASYWWAIISMTTVG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 YGDMVPHSVPGQMVALSSILSGILIMAFPATSIFHTFSHSYLELKKEQEQLQARLRHLQN
::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_758 YGDMVPRSVPGQMVALSSILSGILIMAFPATSIFHTFSHSYLELKKEQEQLQARLRHLQN
430 440 450 460 470 480
490 500 510
pF1KE5 TGPASECELLDPHVASEHELMNDVNDLILEGPALPIMHM
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_758 TGPASECELLDPHVASEHELMNDVNDLILEGPALPIMHM
490 500 510
>>XP_011527107 (OMIM: 603788) PREDICTED: potassium volta (513 aa)
initn: 1907 init1: 1303 opt: 1879 Z-score: 2104.9 bits: 399.1 E(85289): 1.7e-110
Smith-Waterman score: 1879; 62.6% identity (84.6% similar) in 447 aa overlap (35-474:34-480)
10 20 30 40 50
pF1KE5 SRDGGLHPRHHHYGSHSPWSQLLSSPMETPSIKGLYYRRVRKVGALDA-----SPVDLKK
.::: .:::.... : .: : ..
XP_011 LPGDNSDYDYSALSCTSDASFHPAFLPQRQAIKGAFYRRAQRLRPQDEPRQGCQPEDRRR
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 EILINVGGRRYLLPWSTLDRFPLSRLSKLRLCRSYEEIVQLCDDYDEDSQEFFFDRSPSA
.:.::::: .: :::.:::.:::.::..:. : ....:...::::: .::::::.:.:
XP_011 RIIINVGGIKYSLPWTTLDEFPLTRLGQLKACTNFDDILNVCDDYDVTCNEFFFDRNPGA
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 FGVIVSFLAAGKLVLLQEMCALSFQEELAYWGIEEAHLERCCLRKLLRKLEELEELAKLH
::.:..:: :::: ::.::::::::::: :::: : ::. :: :. :.:.::. :... .
XP_011 FGTILTFLRAGKLRLLREMCALSFQEELLYWGIAEDHLDGCCKRRYLQKIEEFAEMVERE
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 RED--VLRQQRETRRPASHSSRWGLCMNRLREMVENPQSGLPGKVFACLSILFVATTAVS
.:: . . :... :: .: : :: :::.::: :.::::::::::::.:::..:::.
XP_011 EEDDALDSEGRDSEGPAEGEGRLGRCMRRLRDMVERPHSGLPGKVFACLSVLFVTVTAVN
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 LCVSTMPDLRAEEDQGECSRKCYYIFIVETICVAWFSLEFCLRFVQAQDKCQFFQGPLNI
: :::.:.:: ::.::.::. :. .::::..::.:::::: ::..:: .: :...::..
XP_011 LSVSTLPSLREEEEQGHCSQMCHNVFIVESVCVGWFSLEFLLRLIQAPSKFAFLRSPLTL
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 IDILAISPYYVSLAVSEEPPEDGKRPSGSSYLEKVGLVLRVLRALRILYVMRLARHSLGL
::..:: :::..: :. : .:.:::.:::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IDLVAILPYYITLLVDGAAAGRRKPGAGNSYLDKVGLVLRVLRALRILYVMRLARHSLGL
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 QTLGLTVRRCTREFGLLLLFLAVAITLFSPLVYVAEKESGRVLEFTSIPASYWWAIISMT
::::::.:::::::::::::: :::.::.::.:: :.: . ::::::: ::::.:.::
XP_011 QTLGLTARRCTREFGLLLLFLCVAIALFAPLLYVIENEMADSPEFTSIPACYWWAVITMT
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KE5 TVGYGDMVPHSVPGQMVALSSILSGILIMAFPATSIFHTFSHSYLELKKEQEQLQARLRH
:::::::::.:.:::.:::::::::::.::::.::::::::.::::::.:::... :
XP_011 TVGYGDMVPRSTPGQVVALSSILSGILLMAFPVTSIFHTFSRSYLELKQEQERVMFRRAQ
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510
pF1KE5 LQNTGPASECELLDPHVASEHELMNDVNDLILEGPALPIMHM
XP_011 FLIKTKSQLSVSQDSDILFGSASSDTRDNN
490 500 510
>>XP_011527106 (OMIM: 603788) PREDICTED: potassium volta (513 aa)
initn: 1907 init1: 1303 opt: 1879 Z-score: 2104.9 bits: 399.1 E(85289): 1.7e-110
Smith-Waterman score: 1879; 62.6% identity (84.6% similar) in 447 aa overlap (35-474:34-480)
10 20 30 40 50
pF1KE5 SRDGGLHPRHHHYGSHSPWSQLLSSPMETPSIKGLYYRRVRKVGALDA-----SPVDLKK
.::: .:::.... : .: : ..
XP_011 LPGDNSDYDYSALSCTSDASFHPAFLPQRQAIKGAFYRRAQRLRPQDEPRQGCQPEDRRR
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 EILINVGGRRYLLPWSTLDRFPLSRLSKLRLCRSYEEIVQLCDDYDEDSQEFFFDRSPSA
.:.::::: .: :::.:::.:::.::..:. : ....:...::::: .::::::.:.:
XP_011 RIIINVGGIKYSLPWTTLDEFPLTRLGQLKACTNFDDILNVCDDYDVTCNEFFFDRNPGA
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 FGVIVSFLAAGKLVLLQEMCALSFQEELAYWGIEEAHLERCCLRKLLRKLEELEELAKLH
::.:..:: :::: ::.::::::::::: :::: : ::. :: :. :.:.::. :... .
XP_011 FGTILTFLRAGKLRLLREMCALSFQEELLYWGIAEDHLDGCCKRRYLQKIEEFAEMVERE
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 RED--VLRQQRETRRPASHSSRWGLCMNRLREMVENPQSGLPGKVFACLSILFVATTAVS
.:: . . :... :: .: : :: :::.::: :.::::::::::::.:::..:::.
XP_011 EEDDALDSEGRDSEGPAEGEGRLGRCMRRLRDMVERPHSGLPGKVFACLSVLFVTVTAVN
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 LCVSTMPDLRAEEDQGECSRKCYYIFIVETICVAWFSLEFCLRFVQAQDKCQFFQGPLNI
: :::.:.:: ::.::.::. :. .::::..::.:::::: ::..:: .: :...::..
XP_011 LSVSTLPSLREEEEQGHCSQMCHNVFIVESVCVGWFSLEFLLRLIQAPSKFAFLRSPLTL
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 IDILAISPYYVSLAVSEEPPEDGKRPSGSSYLEKVGLVLRVLRALRILYVMRLARHSLGL
::..:: :::..: :. : .:.:::.:::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IDLVAILPYYITLLVDGAAAGRRKPGAGNSYLDKVGLVLRVLRALRILYVMRLARHSLGL
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 QTLGLTVRRCTREFGLLLLFLAVAITLFSPLVYVAEKESGRVLEFTSIPASYWWAIISMT
::::::.:::::::::::::: :::.::.::.:: :.: . ::::::: ::::.:.::
XP_011 QTLGLTARRCTREFGLLLLFLCVAIALFAPLLYVIENEMADSPEFTSIPACYWWAVITMT
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KE5 TVGYGDMVPHSVPGQMVALSSILSGILIMAFPATSIFHTFSHSYLELKKEQEQLQARLRH
:::::::::.:.:::.:::::::::::.::::.::::::::.::::::.:::... :
XP_011 TVGYGDMVPRSTPGQVVALSSILSGILLMAFPVTSIFHTFSRSYLELKQEQERVMFRRAQ
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510
pF1KE5 LQNTGPASECELLDPHVASEHELMNDVNDLILEGPALPIMHM
XP_011 FLIKTKSQLSVSQDSDILFGSASSDTRDNN
490 500 510
>>XP_006723848 (OMIM: 603788) PREDICTED: potassium volta (513 aa)
initn: 1907 init1: 1303 opt: 1879 Z-score: 2104.9 bits: 399.1 E(85289): 1.7e-110
Smith-Waterman score: 1879; 62.6% identity (84.6% similar) in 447 aa overlap (35-474:34-480)
10 20 30 40 50
pF1KE5 SRDGGLHPRHHHYGSHSPWSQLLSSPMETPSIKGLYYRRVRKVGALDA-----SPVDLKK
.::: .:::.... : .: : ..
XP_006 LPGDNSDYDYSALSCTSDASFHPAFLPQRQAIKGAFYRRAQRLRPQDEPRQGCQPEDRRR
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 EILINVGGRRYLLPWSTLDRFPLSRLSKLRLCRSYEEIVQLCDDYDEDSQEFFFDRSPSA
.:.::::: .: :::.:::.:::.::..:. : ....:...::::: .::::::.:.:
XP_006 RIIINVGGIKYSLPWTTLDEFPLTRLGQLKACTNFDDILNVCDDYDVTCNEFFFDRNPGA
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 FGVIVSFLAAGKLVLLQEMCALSFQEELAYWGIEEAHLERCCLRKLLRKLEELEELAKLH
::.:..:: :::: ::.::::::::::: :::: : ::. :: :. :.:.::. :... .
XP_006 FGTILTFLRAGKLRLLREMCALSFQEELLYWGIAEDHLDGCCKRRYLQKIEEFAEMVERE
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 RED--VLRQQRETRRPASHSSRWGLCMNRLREMVENPQSGLPGKVFACLSILFVATTAVS
.:: . . :... :: .: : :: :::.::: :.::::::::::::.:::..:::.
XP_006 EEDDALDSEGRDSEGPAEGEGRLGRCMRRLRDMVERPHSGLPGKVFACLSVLFVTVTAVN
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 LCVSTMPDLRAEEDQGECSRKCYYIFIVETICVAWFSLEFCLRFVQAQDKCQFFQGPLNI
: :::.:.:: ::.::.::. :. .::::..::.:::::: ::..:: .: :...::..
XP_006 LSVSTLPSLREEEEQGHCSQMCHNVFIVESVCVGWFSLEFLLRLIQAPSKFAFLRSPLTL
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XP_011 FLIKTKSQLSVSQDSDILFGSASSDTRDNN
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>>XP_011527108 (OMIM: 603788) PREDICTED: potassium volta (513 aa)
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10 20 30 40 50
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XP_011 FLIKTKSQLSVSQDSDILFGSASSDTRDNN
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>>XP_011527102 (OMIM: 603788) PREDICTED: potassium volta (513 aa)
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pF1KE5 IDILAISPYYVSLAVSEEPPEDGKRPSGSSYLEKVGLVLRVLRALRILYVMRLARHSLGL
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pF1KE5 QTLGLTVRRCTREFGLLLLFLAVAITLFSPLVYVAEKESGRVLEFTSIPASYWWAIISMT
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pF1KE5 RED--VLRQQRETRRPASHSSRWGLCMNRLREMVENPQSGLPGKVFACLSILFVATTAVS
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NP_002 IDLVAILPYYITLLVDGAAAGRRKPGAGNSYLDKVGLVLRVLRALRILYVMRLARHSLGL
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pF1KE5 QTLGLTVRRCTREFGLLLLFLAVAITLFSPLVYVAEKESGRVLEFTSIPASYWWAIISMT
::::::.:::::::::::::: :::.::.::.:: :.: . ::::::: ::::.:.::
NP_002 QTLGLTARRCTREFGLLLLFLCVAIALFAPLLYVIENEMADSPEFTSIPACYWWAVITMT
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pF1KE5 TVGYGDMVPHSVPGQMVALSSILSGILIMAFPATSIFHTFSHSYLELKKEQEQLQARLRH
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NP_002 TVGYGDMVPRSTPGQVVALSSILSGILLMAFPVTSIFHTFSRSYLELKQEQERVMFRRAQ
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510
pF1KE5 LQNTGPASECELLDPHVASEHELMNDVNDLILEGPALPIMHM
NP_002 FLIKTKSQLSVSQDSDILFGSASSDTRDNN
490 500 510
>>XP_011527105 (OMIM: 603788) PREDICTED: potassium volta (513 aa)
initn: 1907 init1: 1303 opt: 1879 Z-score: 2104.9 bits: 399.1 E(85289): 1.7e-110
Smith-Waterman score: 1879; 62.6% identity (84.6% similar) in 447 aa overlap (35-474:34-480)
10 20 30 40 50
pF1KE5 SRDGGLHPRHHHYGSHSPWSQLLSSPMETPSIKGLYYRRVRKVGALDA-----SPVDLKK
.::: .:::.... : .: : ..
XP_011 LPGDNSDYDYSALSCTSDASFHPAFLPQRQAIKGAFYRRAQRLRPQDEPRQGCQPEDRRR
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pF1KE5 EILINVGGRRYLLPWSTLDRFPLSRLSKLRLCRSYEEIVQLCDDYDEDSQEFFFDRSPSA
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XP_011 RIIINVGGIKYSLPWTTLDEFPLTRLGQLKACTNFDDILNVCDDYDVTCNEFFFDRNPGA
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pF1KE5 FGVIVSFLAAGKLVLLQEMCALSFQEELAYWGIEEAHLERCCLRKLLRKLEELEELAKLH
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XP_011 FGTILTFLRAGKLRLLREMCALSFQEELLYWGIAEDHLDGCCKRRYLQKIEEFAEMVERE
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