Result of FASTA (omim) for
pFN21AE5643
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5643, 472 aa
1>>>pF1KE5643 472 - 472 aa - 472 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0386+/-0.000783; mu= 11.8216+/- 0.048
mean_var=333.3324+/-66.434, 0's: 0 Z-trim(113.2): 2038 B-trim: 70 in 1/50
Lambda= 0.070248
statistics sampled from 20007 (22371) to 20007 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.605), E-opt: 0.2 (0.262), width: 16
Scan time: 6.700
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_003437 (OMIM: 300024) zinc finger protein 157 [ ( 506) 1415 158.4 4.2e-38
NP_001284553 (OMIM: 613910) zinc finger protein 48 ( 492) 1367 153.5 1.2e-36
NP_001070663 (OMIM: 611703) zinc finger protein 43 ( 470) 1314 148.1 4.9e-35
NP_085137 (OMIM: 611703) zinc finger protein 436 [ ( 470) 1314 148.1 4.9e-35
XP_016881886 (OMIM: 606427) PREDICTED: zinc finger ( 509) 1306 147.4 9e-35
XP_016881883 (OMIM: 606427) PREDICTED: zinc finger ( 509) 1306 147.4 9e-35
XP_016881885 (OMIM: 606427) PREDICTED: zinc finger ( 509) 1306 147.4 9e-35
XP_016881882 (OMIM: 606427) PREDICTED: zinc finger ( 509) 1306 147.4 9e-35
XP_016881884 (OMIM: 606427) PREDICTED: zinc finger ( 509) 1306 147.4 9e-35
XP_016881887 (OMIM: 606427) PREDICTED: zinc finger ( 509) 1306 147.4 9e-35
XP_006723122 (OMIM: 606427) PREDICTED: zinc finger ( 509) 1306 147.4 9e-35
XP_016881889 (OMIM: 606427) PREDICTED: zinc finger ( 509) 1306 147.4 9e-35
NP_997216 (OMIM: 606427) zinc finger protein 320 [ ( 509) 1306 147.4 9e-35
XP_016881888 (OMIM: 606427) PREDICTED: zinc finger ( 509) 1306 147.4 9e-35
NP_001166303 (OMIM: 612429) zinc finger protein 30 ( 568) 1301 146.9 1.3e-34
NP_443092 (OMIM: 612429) zinc finger protein 300 i ( 604) 1301 147.0 1.4e-34
XP_011536004 (OMIM: 612429) PREDICTED: zinc finger ( 609) 1301 147.0 1.4e-34
NP_001166302 (OMIM: 612429) zinc finger protein 30 ( 620) 1301 147.0 1.4e-34
NP_001273625 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 1291 145.8 2.5e-34
NP_001273626 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 1291 145.8 2.5e-34
NP_001309189 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 ( 474) 1291 145.8 2.5e-34
XP_006717342 (OMIM: 194552) PREDICTED: zinc finger ( 474) 1291 145.8 2.5e-34
NP_009066 (OMIM: 194552) zinc finger protein 79 is ( 498) 1291 145.8 2.6e-34
XP_016881867 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 650) 1277 144.6 7.8e-34
NP_689697 (OMIM: 613904) zinc finger protein 569 i ( 686) 1277 144.6 8e-34
XP_011524841 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1277 144.6 8e-34
XP_016881865 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1277 144.6 8e-34
XP_016881866 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1277 144.6 8e-34
XP_006723109 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1277 144.7 8.1e-34
XP_011524840 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1277 144.7 8.1e-34
XP_006723110 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1277 144.7 8.1e-34
XP_006723111 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1277 144.7 8.1e-34
XP_011540503 (OMIM: 611703) PREDICTED: zinc finger ( 452) 1267 143.3 1.3e-33
NP_001311078 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1265 143.4 1.9e-33
NP_001311072 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1265 143.4 1.9e-33
NP_001311074 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1265 143.4 1.9e-33
NP_001311068 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1265 143.4 1.9e-33
NP_001311070 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1265 143.4 1.9e-33
NP_001311081 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 693) 1265 143.4 1.9e-33
NP_001311086 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 743) 1265 143.5 1.9e-33
NP_001311085 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 745) 1265 143.5 1.9e-33
NP_001311076 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 1265 143.5 2e-33
NP_009061 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 is ( 779) 1265 143.5 2e-33
NP_700359 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 is ( 779) 1265 143.5 2e-33
NP_001311073 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 1265 143.5 2e-33
XP_016885306 (OMIM: 314995) PREDICTED: zinc finger ( 779) 1265 143.5 2e-33
NP_001311079 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 1265 143.5 2e-33
NP_001311069 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 779) 1265 143.5 2e-33
NP_001311077 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 781) 1265 143.5 2e-33
NP_001311071 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 781) 1265 143.5 2e-33
>>NP_003437 (OMIM: 300024) zinc finger protein 157 [Homo (506 aa)
initn: 6768 init1: 1184 opt: 1415 Z-score: 805.0 bits: 158.4 E(85289): 4.2e-38
Smith-Waterman score: 1415; 42.2% identity (71.8% similar) in 479 aa overlap (5-470:24-492)
10 20 30 40
pF1KE5 MNNSQGRVTFEDVTVNFTQGEWQRLNPEQRNLYRDVMLENY
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NP_003 MPANGTSPQRFPALIPGEPGRSFEGSVSFEDVAVDFTRQEWHRLDPAQRTMHKDVMLETY
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90
pF1KE5 SNLVSVGQGETTKPDVILRLEQGKEPWLEEEEVLGSGRAEK------NGDIGGQIWKPKD
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NP_003 SNLASVGLC-VAKPEMIFKLERGEELWILEEESSGHGYSGSLSLLCGNGSVGDNALRHDN
70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KE5 VKESLAREVPSINKETLTTQKGVECDGSKKIL--PLGIDDVSSLQHYVQNNSHDDNGYRK
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NP_003 ---DLLH-----HQKIQTLDQNVEYNGCRKAFHEKTGFVRRKRTPRGDKNFECHECGKAY
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200
pF1KE5 LVGNNPSKFV----GQQ-LKCNACRKLFSSKSRLQSHLRRHACQKPFECHSCGRAFGEKW
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NP_003 CRKSNLVEHLRIHTGERPYECGECAKTFSARSYLIAHQKTHTGERPFECNECGKSFGRKS
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KE5 KLDKHQKTHAEERPYKCENCGNAYKQKSNLFQHQKMHTKEKPYQCKTCGKAFSWKSSCIN
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NP_003 QLILHTRTHTGERPYECTECGKTFSEKATLTIHQRTHTGEKPYECSECGKTFRVKISLTQ
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KE5 HEKIHNAKKSYQCNECEKSFRQNSTLIQHKKVHTGQKPFQCTDCGKAFIYKSDLVKHQRI
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NP_003 HHRTHTGEKPYECGECGKNFRAKKSLNQHQRIHTGEKPYECGECGKFFRMKMTLNNHQRT
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370 380
pF1KE5 HTGEKPYKCSICEKAFSQKSNVIDHEKIHTGKRAYECDLCGNTFIQKKNLIQHKKIHTGE
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NP_003 HTGEKPYQCNECGKSFRVHSSLGIHQRIHTGEKPYECNECGNAFYVKARLIEHQRMHSGE
360 370 380 390 400 410
390 400 410 420 430 440
pF1KE5 KPYECNRCGKAFFQKSNLHSHQKTHSGERTYRCSECGKTFIRKLNLSLHKKTHTGQKPYG
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NP_003 KPYECSECGKIFSMKKSLCQHRRTHTGEKPYECSECGNAFYVKVRLIEHQRIHTGERPFE
420 430 440 450 460 470
450 460 470
pF1KE5 CSECGKAFADRSYLVRHQKRIHSR
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NP_003 CQECGKAFCRKAHLTEHQ-RTHIGWSWRCTMKKASH
480 490 500
>>NP_001284553 (OMIM: 613910) zinc finger protein 480 is (492 aa)
initn: 3959 init1: 1213 opt: 1367 Z-score: 778.8 bits: 153.5 E(85289): 1.2e-36
Smith-Waterman score: 1367; 42.7% identity (72.8% similar) in 478 aa overlap (1-470:20-490)
10 20 30 40
pF1KE5 MNNSQGRVTFEDVTVNFTQGEWQRLNPEQRNLYRDVMLENY
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NP_001 MLCDEKAQKRRKRKAKESGMALPQGHLTFRDVAIEFSQAEWKCLDPAQRALYKDVMLENY
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90
pF1KE5 SNLVSVGQGE---TTKPDVILRLEQGKEPWLE--EEEVLGSGRAEKNGDIGGQIWKPKDV
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NP_001 RNLVSLGSSYALGSNAEDKPIKKQLGVSFHLHLSELELFPDERV-INGCNQVENFINHSS
70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KE5 KESLAREVPSINKETLTTQKGVECDGSKKILPLGIDDVSSLQHYVQNNSHDDNGYR---K
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NP_001 SVSCLQEMSSSVKTPIFNRNDFD-DSS--FLPQE-QKVHLREKPYECNEHSKV-FRVSSS
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KE5 LVGNNPSKFVGQQLKCNACRKLFSSKSRLQSHLRRHACQKPFECHSCGRAFGEKWKLDKH
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NP_001 LTKHQVIHTVEKPYKCNSCGKVFSRNSHLAEHCRIHTGEKPYKCNVCGKVFSYNSNFARH
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KE5 QKTHAEERPYKCENCGNAYKQKSNLFQHQKMHTKEKPYQCKTCGKAFSWKSSCINHEKIH
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NP_001 QRIHTREKPYECNECGKVFSNNSYLARHQRIHAEEKPYKCNECGKGFSHKSSLANHWRIY
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KE5 NAKKSYQCNECEKSFRQNSTLIQHKKVHTGQKPFQCTDCGKAFIYKSDLVKHQRIHTGEK
...: :.:.:: :.: . . :..:.:.:::.::..:..:::.:: .: :..: :::::::
NP_001 TGEKPYKCDECGKAFYRIALLVRHQKIHTGEKPYKCNECGKVFIQNSHLAQHWRIHTGEK
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KE5 PYKCSICEKAFSQKSNVIDHEKIHTGKRAYECDLCGNTFIQKKNLIQHKKIHTGEKPYEC
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NP_001 PYKCNECGKVFNQLSNLARHRRIHTGEKPYKCNECGKAFSEYSGLSAHLVIHTGEKPYKC
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KE5 NRCGKAFFQKSNLHSHQKTHSGERTYRCSECGKTFIRKLNLSLHKKTHTGQKPYGCSECG
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NP_001 SECGKAFRHKLSLTNHQRIHTGERPYKCNECGKVFNRIAHLARHRKIHTGEKPYKCNECG
420 430 440 450 460 470
460 470
pF1KE5 KAFADRSYLVRHQKRIHSR
:::. :::..: ::
NP_001 KAFSRISYLAQHWT-IHMG
480 490
>>NP_001070663 (OMIM: 611703) zinc finger protein 436 [H (470 aa)
initn: 3446 init1: 1187 opt: 1314 Z-score: 749.9 bits: 148.1 E(85289): 4.9e-35
Smith-Waterman score: 1329; 40.8% identity (68.9% similar) in 488 aa overlap (1-471:7-469)
10 20 30 40
pF1KE5 MNNSQGRVTFEDVTVNFTQGEWQRLNPEQRNLYRDVMLENYSNLVS--------
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NP_001 MAATLLMAGSQAPVTFEDMAMYLTREEWRPLDAAQRDLYRDVMQENYGNVVSLDFEIRSE
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90
pF1KE5 --VGQGETTKPDVIL-----RLEQGKEPWLEEEEVLGSG-RAEKN-GDIGGQIWKPKDVK
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NP_001 NEVNPKQEISEDVQFGTTSERPAENAEENPESEEGFESGDRSERQWGDLTAEEWVSYPLQ
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE5 ESLAREVPSINKETLTTQKGVECDGSKKILPLGIDDVSSLQHYVQNNSHDDNGYRKLVGN
: .::. : . :. : . ...:.: : :. . .:.
NP_001 PVTDLLV---HKEVHTGIRYHICSHCGKAF----SQISDL------NRHQ----KTHTGD
130 140 150 160
160 170 180 190 200 210
pF1KE5 NPSKFVGQQLKCNACRKLFSSKSRLQSHLRRHACQKPFECHSCGRAFGEKWKLDKHQKTH
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NP_001 RP-------YKCYECGKGFSRSSHLIQHQRTHTGERPYDCNECGKSFGRSSHLIQHQTIH
170 180 190 200 210
220 230 240 250 260 270
pF1KE5 AEERPYKCENCGNAYKQKSNLFQHQKMHTKEKPYQCKTCGKAFSWKSSCINHEKIHNAKK
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NP_001 TGEKPHKCNECGKSFCRLSHLIQHQRTHSGEKPYECEECGKSFSRSSHLAQHQRTHTGEK
220 230 240 250 260 270
280 290 300 310 320 330
pF1KE5 SYQCNECEKSFRQNSTLIQHKKVHTGQKPFQCTDCGKAFIYKSDLVKHQRIHTGEKPYKC
:.:::: ..: . : ::.: .::::..:..: .::: : .::::.:.: :::::::.:
NP_001 PYECNECGRGFSERSDLIKHYRVHTGERPYKCDECGKNFSQNSDLVRHRRAHTGEKPYHC
280 290 300 310 320 330
340 350 360 370 380 390
pF1KE5 SICEKAFSQKSNVIDHEKIHTGKRAYECDLCGNTFIQKKNLIQHKKIHTGEKPYECNRCG
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NP_001 NECGENFSRISHLVQHQRTHTGEKPYECNACGKSFSRSSHLITHQKIHTGEKPYECNECW
340 350 360 370 380 390
400 410 420 430 440 450
pF1KE5 KAFFQKSNLHSHQKTHSGERTYRCSECGKTFIRKLNLSLHKKTHTGQKPYGCSECGKAFA
..: ..:.: .::.::.::. :.: .::: : .. :: :...:::.::: :.:: :.:.
NP_001 RSFGERSDLIKHQRTHTGEKPYECVQCGKGFTQSSNLITHQRVHTGEKPYECTECEKSFS
400 410 420 430 440 450
460 470
pF1KE5 DRSYLVRHQKRIHSR
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NP_001 RSSALIKH-KRVHTD
460 470
>>NP_085137 (OMIM: 611703) zinc finger protein 436 [Homo (470 aa)
initn: 3446 init1: 1187 opt: 1314 Z-score: 749.9 bits: 148.1 E(85289): 4.9e-35
Smith-Waterman score: 1329; 40.8% identity (68.9% similar) in 488 aa overlap (1-471:7-469)
10 20 30 40
pF1KE5 MNNSQGRVTFEDVTVNFTQGEWQRLNPEQRNLYRDVMLENYSNLVS--------
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NP_085 MAATLLMAGSQAPVTFEDMAMYLTREEWRPLDAAQRDLYRDVMQENYGNVVSLDFEIRSE
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90
pF1KE5 --VGQGETTKPDVIL-----RLEQGKEPWLEEEEVLGSG-RAEKN-GDIGGQIWKPKDVK
:. . . :: . : .. : : :: . :: :.:.. ::. .. : ..
NP_085 NEVNPKQEISEDVQFGTTSERPAENAEENPESEEGFESGDRSERQWGDLTAEEWVSYPLQ
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE5 ESLAREVPSINKETLTTQKGVECDGSKKILPLGIDDVSSLQHYVQNNSHDDNGYRKLVGN
: .::. : . :. : . ...:.: : :. . .:.
NP_085 PVTDLLV---HKEVHTGIRYHICSHCGKAF----SQISDL------NRHQ----KTHTGD
130 140 150 160
160 170 180 190 200 210
pF1KE5 NPSKFVGQQLKCNACRKLFSSKSRLQSHLRRHACQKPFECHSCGRAFGEKWKLDKHQKTH
: :: : : :: .:.: .: : :. ..:..:. ::..::.. .: .:: :
NP_085 RP-------YKCYECGKGFSRSSHLIQHQRTHTGERPYDCNECGKSFGRSSHLIQHQTIH
170 180 190 200 210
220 230 240 250 260 270
pF1KE5 AEERPYKCENCGNAYKQKSNLFQHQKMHTKEKPYQCKTCGKAFSWKSSCINHEKIHNAKK
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NP_085 TGEKPHKCNECGKSFCRLSHLIQHQRTHSGEKPYECEECGKSFSRSSHLAQHQRTHTGEK
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