Result of FASTA (omim) for
pFN21AE5614
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5614, 531 aa
1>>>pF1KE5614 531 - 531 aa - 531 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4653+/-0.000402; mu= 18.0064+/- 0.025
mean_var=70.6816+/-14.446, 0's: 0 Z-trim(112.3): 51 B-trim: 1104 in 2/52
Lambda= 0.152553
statistics sampled from 21075 (21123) to 21075 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.626), E-opt: 0.2 (0.248), width: 16
Scan time: 9.380
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_071335 (OMIM: 300316) nuclear RNA export factor ( 531) 3629 808.1 0
NP_071336 (OMIM: 300315) nuclear RNA export factor ( 626) 1181 269.4 2.3e-71
NP_006353 (OMIM: 602647) nuclear RNA export factor ( 619) 1004 230.4 1.2e-59
NP_116564 (OMIM: 300319) nuclear RNA export factor ( 365) 807 187.0 8.7e-47
NP_001074960 (OMIM: 602647) nuclear RNA export fac ( 356) 758 176.2 1.5e-43
>>NP_071335 (OMIM: 300316) nuclear RNA export factor 3 [ (531 aa)
initn: 3629 init1: 3629 opt: 3629 Z-score: 4315.2 bits: 808.1 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 3629; 100.0% identity (100.0% similar) in 531 aa overlap (1-531:1-531)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MSLPSGHTTGHTDQVVQRRARCWDIYQRRFSSRSEPVNPGMHSSSHQQQDGDAAMHGAHM
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NP_071 MSLPSGHTTGHTDQVVQRRARCWDIYQRRFSSRSEPVNPGMHSSSHQQQDGDAAMHGAHM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 DSPVRYTPYTISPYNRKGSFRKQDQTHVNMEREQKPPERRMEGNMPDGTLGSWFKITVPF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 DSPVRYTPYTISPYNRKGSFRKQDQTHVNMEREQKPPERRMEGNMPDGTLGSWFKITVPF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 GIKYNEKWLLNLIQNECSVPFVPVEFHYENMHASFFVENASIAYALKNVSGKIWDEDNEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 GIKYNEKWLLNLIQNECSVPFVPVEFHYENMHASFFVENASIAYALKNVSGKIWDEDNEK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 ISIFVNPAGIPHFVHRELKSEKVEQIKLAMNQQCDVSQEALDIQRLPFYPDMVNRDTKMA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 ISIFVNPAGIPHFVHRELKSEKVEQIKLAMNQQCDVSQEALDIQRLPFYPDMVNRDTKMA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 SNPRKCMAASLDVHEENIPTVMSAGEMDKWKGIEPGEKCADRSPVCTTFSDTSSNINSIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 SNPRKCMAASLDVHEENIPTVMSAGEMDKWKGIEPGEKCADRSPVCTTFSDTSSNINSIL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 ELFPKLLCLDGQQSPRATLCGTEAHKRLPTCKGSFFGSEMLKNLVLQFLQQYYLIYDSGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 ELFPKLLCLDGQQSPRATLCGTEAHKRLPTCKGSFFGSEMLKNLVLQFLQQYYLIYDSGD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 RQGLLSAYHDEACFSLSIPFNPEDSAPSSFCKFFKDSRNIKILKDPYLRGELLKHTKLDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 RQGLLSAYHDEACFSLSIPFNPEDSAPSSFCKFFKDSRNIKILKDPYLRGELLKHTKLDI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 VDSLSALPKTQHDLSSFLVDMWYQTEWMLCFSVNGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 VDSLSALPKTQHDLSSFLVDMWYQTEWMLCFSVNGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530
pF1KE5 SSSSLCIVNDKLFVRDTSHQGTQSALFTLVPTAFSSSVPAFSQEQQKMLPS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 SSSSLCIVNDKLFVRDTSHQGTQSALFTLVPTAFSSSVPAFSQEQQKMLPS
490 500 510 520 530
>>NP_071336 (OMIM: 300315) nuclear RNA export factor 2 [ (626 aa)
initn: 1852 init1: 1181 opt: 1181 Z-score: 1402.3 bits: 269.4 E(85289): 2.3e-71
Smith-Waterman score: 1800; 52.1% identity (73.1% similar) in 562 aa overlap (7-529:19-576)
10 20 30 40
pF1KE5 MSLPSGHTTGHTDQVVQRRARCWDIYQRRFSSRSEPVNPGMHSS--SH
: : : : : . . .. :..:: . : . ::
NP_071 MCSTLKKCGTYRTEVAECHDHGST---FQGRKKGGSSFRDNFDKRSCHYEHGGYERPPSH
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KE5 -QQQDGDAAMHGAHMDSPVRYTPYTISPYNRKGSFRKQDQTHVNMEREQKPPERRMEGNM
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NP_071 CQENDGSVEMRDVHKDQQLRHTPYSIR-CERRMKWHSEDEIRITTWRNRKPPERKMSQNT
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE5 PDGTLGSWFKITVPFGIKYNEKWLLNLIQNECSVPFVPVEFHYENMHASFFVENASIAYA
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NP_071 QDGYTRNWFKVTIPYGIKYDKAWLMNSIQSHCSDRFTPVDFHYVRNRACFFVQDASAASA
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE5 LKNVSGKIWDEDNEKISIFVNPAGIPHFVHRELKSEKVEQIKLAMNQQCDVSQEALDIQR
::.:: ::.:..:.:: :::: . :. :. .:: ..:..::.::.. .:::.:::.:
NP_071 LKDVSYKIYDDENQKICIFVNHSTAPYSVKNKLKPGQMEMLKLTMNKRYNVSQQALDLQN
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260
pF1KE5 LPFYPDMVNRDTKMASNPRKCMAASLDVHEENIPTVMS----------------------
: : ::...:: . : :.::::.: . :.:.: ..:
NP_071 LRFDPDLMGRDIDIILNRRNCMAATLKIIERNFPELLSLNLCNNKLYQLDGLSDITEKAP
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300
pF1KE5 --------------AGEMDKWKGIEPGEKCADRSPVCTTFSDTSSNINSILELFPKLLCL
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NP_071 KVKTLNLSKNKLESAWELGKVKGLKLEELWLEGNPLCSTFSDQSAYVSAIRDCFPKLLRL
300 310 320 330 340 350
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 DGQQSPRATLCGTEAHKRLPTCKGSFFGSEMLKNLVLQFLQQYYLIYDSGDRQGLLSAYH
::.. .. .. . . :: .: ::: ::.:::::::::: :::::::::::.:::
NP_071 DGRELSAPVIVDIDSSETMKPCKENFTGSETLKHLVLQFLQQYYSIYDSGDRQGLLGAYH
360 370 380 390 400 410
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 DEACFSLSIPFNPEDSAPSSFCKFFKDSRNIKILKDPYLRGELLKHTKLDIVDSLSALPK
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NP_071 DEACFSLAIPFDPKDSAPSSLCKYFEDSRNMKTLKDPYLKGELLRRTKRDIVDSLSALPK
420 430 440 450 460 470
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 TQHDLSSFLVDMWYQTEWMLCFSVNGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPGSSSSLCIVN
:::::::.:::.: ::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 TQHDLSSILVDVWCQTERMLCFSVNGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPGSSSSLCIVN
480 490 500 510 520 530
490 500 510 520 530
pF1KE5 DKLFVRDTSHQGTQSALFTLVPTAFSSSVPAFSQEQQKMLPS
:.:::::.: : ::::. : : ::: :..:::::.:.
NP_071 DELFVRDASPQETQSAFSIPVSTLSSSSEPSLSQEQQEMVQAFSAQSGMKLEWSQKCLQD
540 550 560 570 580 590
NP_071 NEWNYTRAGQAFTMLQTEGKIPAEAFKQIS
600 610 620
>>NP_006353 (OMIM: 602647) nuclear RNA export factor 1 i (619 aa)
initn: 1003 init1: 1003 opt: 1004 Z-score: 1191.9 bits: 230.4 E(85289): 1.2e-59
Smith-Waterman score: 1677; 49.7% identity (71.4% similar) in 563 aa overlap (11-529:11-571)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MSLPSGHTTGHTDQVV---QRRARCWDIYQRRF---SSRSEPVNPGMHSSSHQQQDGDAA
: :. : ::. . .. .. . :: . :..:: ...:::.:
NP_006 MADEGKSYSEHDDERVNFPQRKKKGRGPFRWKYGEGNRRSGRGGSGIRSSRLEEDDGDVA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 MHGAHMDSP-VRYTPYTISPYNRKG-SFRKQDQTHVNMEREQKPPERRMEGNMPDGTLGS
: :. :.: :::.::: : ::.: ... .:. ::...:.. :::: :. ::: .
NP_006 MSDAQ-DGPRVRYNPYTTRP-NRRGDTWHDRDRIHVTVRRDRAPPERGGAGTSQDGTSKN
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 WFKITVPFGIKYNEKWLLNLIQNECSVPFVPVEFHYENMHASFFVENASIAYALKNVSGK
:::::.:.: ::.. :::..::..:::::.:.:::::: .:.::::.:: : ::: :. :
NP_006 WFKITIPYGRKYDKAWLLSMIQSKCSVPFTPIEFHYENTRAQFFVEDASTASALKAVNYK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 IWDEDNEKISIFVNPAGIPHFVHRELKSEKVEQIKLAMNQQCDVSQEALDIQRLPFYPDM
: :..:..:::..: .. :: . ::: :.:::.:: :... : ::.:::.. : ::.
NP_006 ILDRENRRISIIINSSAPPHTILNELKPEQVEQLKLIMSKRYDGSQQALDLKGLRSDPDL
180 190 200 210 220 230
240 250 260
pF1KE5 VNRDTKMASNPRKCMAASLDVHEENIPTVMS-----------------------------
: .. .. : :.::::.: . ::::: ..:
NP_006 VAQNIDVVLNRRSCMAATLRIIEENIPELLSLNLSNNRLYRLDDMSSIVQKAPNLKILNL
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310
pF1KE5 AG-------EMDKWKGIEPGEKCADRSPVCTTFSDTSSNINSILELFPKLLCLDGQQSPR
.: :.:: ::.. : : . .: :: : :. :..: : ::::: :::.. :
NP_006 SGNELKSERELDKIKGLKLEELWLDGNSLCDTFRDQSTYISAIRERFPKLLRLDGHELPP
300 310 320 330 340 350
320 330 340 350 360 370
pF1KE5 ATLCGTEAHKRLPTCKGSFFGSEMLKNLVLQFLQQYYLIYDSGDRQGLLSAYHDEACFSL
.:: :: ::::.::.: ::.:::.:::::: :::::::::::.:::: :: ::
NP_006 PIAFDVEAPTTLPPCKGSYFGTENLKSLVLHFLQQYYAIYDSGDRQGLLDAYHDGACCSL
360 370 380 390 400 410
380 390 400 410 420 430
pF1KE5 SIPFNPEDSAPSSFCKFFKDSRNIKILKDPYLRGELLKHTKLDIVDSLSALPKTQHDLSS
:::: :.. : ::. ..::::::.: :::: :: .:::::.:..: :. :::::::..:
NP_006 SIPFIPQNPARSSLAEYFKDSRNVKKLKDPTLRFRLLKHTRLNVVAFLNELPKTQHDVNS
420 430 440 450 460 470
440 450 460 470 480 490
pF1KE5 FLVDMWYQTEWMLCFSVNGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPGSSSSLCIVNDKLFVRD
:.::. :: .::::::::::::.:.:. :. ::::::::.:.:.:.::::::.::::.
NP_006 FVVDISAQTSTLLCFSVNGVFKEVDGKSRDSLRAFTRTFIAVPASNSGLCIVNDELFVRN
480 490 500 510 520 530
500 510 520 530
pF1KE5 TSHQGTQSALFTLVPTAFSSSVPAFSQEQQKMLPS
.: . : :. .:: :: ::..: :::.::
NP_006 ASSEEIQRAFAMPAPTPSSSPVPTLSPEQQEMLQAFSTQSGMNLEWSQKCLQDNNWDYTR
540 550 560 570 580 590
NP_006 SAQAFTHLKAKGEIPEVAFMK
600 610
>>NP_116564 (OMIM: 300319) nuclear RNA export factor 5 [ (365 aa)
initn: 710 init1: 577 opt: 807 Z-score: 961.0 bits: 187.0 E(85289): 8.7e-47
Smith-Waterman score: 922; 42.8% identity (62.6% similar) in 388 aa overlap (101-451:1-351)
80 90 100 110 120 130
pF1KE5 ISPYNRKGSFRKQDQTHVNMEREQKPPERRMEGNMPDGTLGSWFKITVPFGIKYNEKWLL
:. : : .. .:::.:.:.::::.. ::.
NP_116 MRRNTQDENMRKWFKVTIPYGIKYDKAWLM
10 20 30
140 150 160 170 180 190
pF1KE5 NLIQNECSVPFVPVEFHYENMHASFFVENASIAYALKNVSGKIWDEDNEKISIFVNPAGI
: ::..:::::.::.::: .: :::. :: : :::.:: ::.:..:.:: :::.
NP_116 NSIQSNCSVPFTPVDFHYIRNRACFFVQVASAASALKDVSYKIYDDENQKICIFVSHFTA
40 50 60 70 80 90
200 210 220 230 240 250
pF1KE5 PHFVHRELKSEKVEQIKLAMNQQCDVSQEALDIQRLPFYPDMVNRDTKMASNPRKCMAAS
:. :. .:: ..:..::.::.. .:::.:::.: : : ::...:: . : :.::::.
NP_116 PYSVKNKLKPGQMEMLKLTMNKRYNVSQQALDLQNLRFDPDLMGRDIDIILNRRNCMAAT
100 110 120 130 140 150
260 270
pF1KE5 LDVHEENIPTVMS------------------------------------AGEMDKWKGIE
: . :.:.: ..: : :. : ::..
NP_116 LKITERNFPELLSLNLCNNKLYQLDGLSDITEKAPKVKTLNLSKNKLESAWELGKVKGLK
160 170 180 190 200 210
280 290 300 310 320 330
pF1KE5 PGEKCADRSPVCTTFSDTSSNINSILELFPKLLCLDGQQSPRATLCGTEAHKRLPTCKGS
: . .:.:.:::: :. ...: . ::::: :::.. .. .. . . :: .
NP_116 LEELWLEGNPLCSTFSDQSAYVSAIRDCFPKLLRLDGRELSAPVIVDIDSSETMKPCKEN
220 230 240 250 260 270
340 350 360 370 380 390
pF1KE5 FFGSEMLKNLVLQFLQQYYLIYDSGDRQGLLSAYHDEACFSLSIPFNPEDSAPSSFCKFF
: ::: ::.:::::::: :..::.:
NP_116 FTGSETLKHLVLQFLQQ------------------------------------SNLCKYF
280 290
400 410 420 430 440 450
pF1KE5 KDSRNIKILKDPYLRGELLKHTKLD-IVDSLSALPKTQHDLSSFLVDMWYQTEWMLCFSV
::::::::::::::. .:::::: ::::::::.::::..:.:::::::: ::
NP_116 KDSRNIKILKDPYLQRKLLKHTKCPRNVDSLSALPETQHDFTSILVDMWYQTV-NTCFLP
300 310 320 330 340 350
460 470 480 490 500 510
pF1KE5 NGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPGSSSSLCIVNDKLFVRDTSHQGTQSALFTLVPTA
NP_116 RAGPESQSLRPL
360
>>NP_001074960 (OMIM: 602647) nuclear RNA export factor (356 aa)
initn: 807 init1: 748 opt: 758 Z-score: 902.9 bits: 176.2 E(85289): 1.5e-43
Smith-Waterman score: 758; 46.4% identity (73.9% similar) in 261 aa overlap (11-263:11-269)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MSLPSGHTTGHTDQVV---QRRARCWDIYQRRF---SSRSEPVNPGMHSSSHQQQDGDAA
: :. : ::. . .. .. . :: . :..:: ...:::.:
NP_001 MADEGKSYSEHDDERVNFPQRKKKGRGPFRWKYGEGNRRSGRGGSGIRSSRLEEDDGDVA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 MHGAHMDSP-VRYTPYTISPYNRKG-SFRKQDQTHVNMEREQKPPERRMEGNMPDGTLGS
: :. :.: :::.::: : ::.: ... .:. ::...:.. :::: :. ::: .
NP_001 MSDAQ-DGPRVRYNPYTTRP-NRRGDTWHDRDRIHVTVRRDRAPPERGGAGTSQDGTSKN
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 WFKITVPFGIKYNEKWLLNLIQNECSVPFVPVEFHYENMHASFFVENASIAYALKNVSGK
:::::.:.: ::.. :::..::..:::::.:.:::::: .:.::::.:: : ::: :. :
NP_001 WFKITIPYGRKYDKAWLLSMIQSKCSVPFTPIEFHYENTRAQFFVEDASTASALKAVNYK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 IWDEDNEKISIFVNPAGIPHFVHRELKSEKVEQIKLAMNQQCDVSQEALDIQRLPFYPDM
: :..:..:::..: .. :: . ::: :.:::.:: :... : ::.:::.. : ::.
NP_001 ILDRENRRISIIINSSAPPHTILNELKPEQVEQLKLIMSKRYDGSQQALDLKGLRSDPDL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 VNRDTKMASNPRKCMAASLDVHEENIPTVMSAGEMDKWKGIEPGEKCADRSPVCTTFSDT
: .. .. : :.::::.: . ::::: ..:
NP_001 VAQNIDVVLNRRSCMAATLRIIEENIPELLSLNLSNNRLYRLDDMSSIVQKAPNLKILNL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 SSNINSILELFPKLLCLDGQQSPRATLCGTEAHKRLPTCKGSFFGSEMLKNLVLQFLQQY
NP_001 SGNELKSERELDKIKGLKLEELWLDGNSLCDTFRDQSTYIRSVVACVSPPGDLHPLGG
300 310 320 330 340 350
531 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Tue Nov 8 05:10:05 2016 done: Tue Nov 8 05:10:07 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]