Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE5614
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5614, 531 aa
1>>>pF1KE5614 531 - 531 aa - 531 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5798+/-0.000949; mu= 17.2784+/- 0.058
mean_var=71.7061+/-13.944, 0's: 0 Z-trim(105.1): 24 B-trim: 0 in 0/47
Lambda= 0.151459
statistics sampled from 8216 (8233) to 8216 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.629), E-opt: 0.2 (0.253), width: 16
Scan time: 2.390
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS14503.1 NXF3 gene_id:56000|Hs108|chrX ( 531) 3629 802.5 0
CCDS14497.1 NXF2 gene_id:56001|Hs108|chrX ( 626) 1181 267.6 3e-71
CCDS43979.1 NXF2B gene_id:728343|Hs108|chrX ( 626) 1181 267.6 3e-71
CCDS8037.1 NXF1 gene_id:10482|Hs108|chr11 ( 619) 1004 228.9 1.3e-59
CCDS14491.2 NXF5 gene_id:55998|Hs108|chrX ( 365) 807 185.7 7.7e-47
CCDS44629.1 NXF1 gene_id:10482|Hs108|chr11 ( 356) 758 175.0 1.3e-43
>>CCDS14503.1 NXF3 gene_id:56000|Hs108|chrX (531 aa)
initn: 3629 init1: 3629 opt: 3629 Z-score: 4284.5 bits: 802.5 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3629; 100.0% identity (100.0% similar) in 531 aa overlap (1-531:1-531)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MSLPSGHTTGHTDQVVQRRARCWDIYQRRFSSRSEPVNPGMHSSSHQQQDGDAAMHGAHM
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CCDS14 MSLPSGHTTGHTDQVVQRRARCWDIYQRRFSSRSEPVNPGMHSSSHQQQDGDAAMHGAHM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 DSPVRYTPYTISPYNRKGSFRKQDQTHVNMEREQKPPERRMEGNMPDGTLGSWFKITVPF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 DSPVRYTPYTISPYNRKGSFRKQDQTHVNMEREQKPPERRMEGNMPDGTLGSWFKITVPF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 GIKYNEKWLLNLIQNECSVPFVPVEFHYENMHASFFVENASIAYALKNVSGKIWDEDNEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 GIKYNEKWLLNLIQNECSVPFVPVEFHYENMHASFFVENASIAYALKNVSGKIWDEDNEK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 ISIFVNPAGIPHFVHRELKSEKVEQIKLAMNQQCDVSQEALDIQRLPFYPDMVNRDTKMA
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CCDS14 ISIFVNPAGIPHFVHRELKSEKVEQIKLAMNQQCDVSQEALDIQRLPFYPDMVNRDTKMA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 SNPRKCMAASLDVHEENIPTVMSAGEMDKWKGIEPGEKCADRSPVCTTFSDTSSNINSIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 SNPRKCMAASLDVHEENIPTVMSAGEMDKWKGIEPGEKCADRSPVCTTFSDTSSNINSIL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 ELFPKLLCLDGQQSPRATLCGTEAHKRLPTCKGSFFGSEMLKNLVLQFLQQYYLIYDSGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ELFPKLLCLDGQQSPRATLCGTEAHKRLPTCKGSFFGSEMLKNLVLQFLQQYYLIYDSGD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 RQGLLSAYHDEACFSLSIPFNPEDSAPSSFCKFFKDSRNIKILKDPYLRGELLKHTKLDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 RQGLLSAYHDEACFSLSIPFNPEDSAPSSFCKFFKDSRNIKILKDPYLRGELLKHTKLDI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 VDSLSALPKTQHDLSSFLVDMWYQTEWMLCFSVNGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPG
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CCDS14 VDSLSALPKTQHDLSSFLVDMWYQTEWMLCFSVNGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530
pF1KE5 SSSSLCIVNDKLFVRDTSHQGTQSALFTLVPTAFSSSVPAFSQEQQKMLPS
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CCDS14 SSSSLCIVNDKLFVRDTSHQGTQSALFTLVPTAFSSSVPAFSQEQQKMLPS
490 500 510 520 530
>>CCDS14497.1 NXF2 gene_id:56001|Hs108|chrX (626 aa)
initn: 1852 init1: 1181 opt: 1181 Z-score: 1392.6 bits: 267.6 E(32554): 3e-71
Smith-Waterman score: 1800; 52.1% identity (73.1% similar) in 562 aa overlap (7-529:19-576)
10 20 30 40
pF1KE5 MSLPSGHTTGHTDQVVQRRARCWDIYQRRFSSRSEPVNPGMHSS--SH
: : : : : . . .. :..:: . : . ::
CCDS14 MCSTLKKCGTYRTEVAECHDHGST---FQGRKKGGSSFRDNFDKRSCHYEHGGYERPPSH
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KE5 -QQQDGDAAMHGAHMDSPVRYTPYTISPYNRKGSFRKQDQTHVNMEREQKPPERRMEGNM
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CCDS14 CQENDGSVEMRDVHKDQQLRHTPYSIR-CERRMKWHSEDEIRITTWRNRKPPERKMSQNT
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE5 PDGTLGSWFKITVPFGIKYNEKWLLNLIQNECSVPFVPVEFHYENMHASFFVENASIAYA
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CCDS14 QDGYTRNWFKVTIPYGIKYDKAWLMNSIQSHCSDRFTPVDFHYVRNRACFFVQDASAASA
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE5 LKNVSGKIWDEDNEKISIFVNPAGIPHFVHRELKSEKVEQIKLAMNQQCDVSQEALDIQR
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CCDS14 LKDVSYKIYDDENQKICIFVNHSTAPYSVKNKLKPGQMEMLKLTMNKRYNVSQQALDLQN
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260
pF1KE5 LPFYPDMVNRDTKMASNPRKCMAASLDVHEENIPTVMS----------------------
: : ::...:: . : :.::::.: . :.:.: ..:
CCDS14 LRFDPDLMGRDIDIILNRRNCMAATLKIIERNFPELLSLNLCNNKLYQLDGLSDITEKAP
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300
pF1KE5 --------------AGEMDKWKGIEPGEKCADRSPVCTTFSDTSSNINSILELFPKLLCL
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CCDS14 KVKTLNLSKNKLESAWELGKVKGLKLEELWLEGNPLCSTFSDQSAYVSAIRDCFPKLLRL
300 310 320 330 340 350
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 DGQQSPRATLCGTEAHKRLPTCKGSFFGSEMLKNLVLQFLQQYYLIYDSGDRQGLLSAYH
::.. .. .. . . :: .: ::: ::.:::::::::: :::::::::::.:::
CCDS14 DGRELSAPVIVDIDSSETMKPCKENFTGSETLKHLVLQFLQQYYSIYDSGDRQGLLGAYH
360 370 380 390 400 410
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 DEACFSLSIPFNPEDSAPSSFCKFFKDSRNIKILKDPYLRGELLKHTKLDIVDSLSALPK
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CCDS14 DEACFSLAIPFDPKDSAPSSLCKYFEDSRNMKTLKDPYLKGELLRRTKRDIVDSLSALPK
420 430 440 450 460 470
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 TQHDLSSFLVDMWYQTEWMLCFSVNGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPGSSSSLCIVN
:::::::.:::.: ::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TQHDLSSILVDVWCQTERMLCFSVNGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPGSSSSLCIVN
480 490 500 510 520 530
490 500 510 520 530
pF1KE5 DKLFVRDTSHQGTQSALFTLVPTAFSSSVPAFSQEQQKMLPS
:.:::::.: : ::::. : : ::: :..:::::.:.
CCDS14 DELFVRDASPQETQSAFSIPVSTLSSSSEPSLSQEQQEMVQAFSAQSGMKLEWSQKCLQD
540 550 560 570 580 590
CCDS14 NEWNYTRAGQAFTMLQTEGKIPAEAFKQIS
600 610 620
>>CCDS43979.1 NXF2B gene_id:728343|Hs108|chrX (626 aa)
initn: 1852 init1: 1181 opt: 1181 Z-score: 1392.6 bits: 267.6 E(32554): 3e-71
Smith-Waterman score: 1800; 52.1% identity (73.1% similar) in 562 aa overlap (7-529:19-576)
10 20 30 40
pF1KE5 MSLPSGHTTGHTDQVVQRRARCWDIYQRRFSSRSEPVNPGMHSS--SH
: : : : : . . .. :..:: . : . ::
CCDS43 MCSTLKKCGTYRTEVAECHDHGST---FQGRKKGGSSFRDNFDKRSCHYEHGGYERPPSH
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KE5 -QQQDGDAAMHGAHMDSPVRYTPYTISPYNRKGSFRKQDQTHVNMEREQKPPERRMEGNM
:..::.. :. .: :. .:.:::.: .:. .....:. ... :..:::::.: :
CCDS43 CQENDGSVEMRDVHKDQQLRHTPYSIR-CERRMKWHSEDEIRITTWRNRKPPERKMSQNT
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE5 PDGTLGSWFKITVPFGIKYNEKWLLNLIQNECSVPFVPVEFHYENMHASFFVENASIAYA
:: .:::.:.:.::::.. ::.: ::..:: :.::.::: .: :::..:: : :
CCDS43 QDGYTRNWFKVTIPYGIKYDKAWLMNSIQSHCSDRFTPVDFHYVRNRACFFVQDASAASA
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE5 LKNVSGKIWDEDNEKISIFVNPAGIPHFVHRELKSEKVEQIKLAMNQQCDVSQEALDIQR
::.:: ::.:..:.:: :::: . :. :. .:: ..:..::.::.. .:::.:::.:
CCDS43 LKDVSYKIYDDENQKICIFVNHSTAPYSVKNKLKPGQMEMLKLTMNKRYNVSQQALDLQN
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260
pF1KE5 LPFYPDMVNRDTKMASNPRKCMAASLDVHEENIPTVMS----------------------
: : ::...:: . : :.::::.: . :.:.: ..:
CCDS43 LRFDPDLMGRDIDIILNRRNCMAATLKIIERNFPELLSLNLCNNKLYQLDGLSDITEKAP
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300
pF1KE5 --------------AGEMDKWKGIEPGEKCADRSPVCTTFSDTSSNINSILELFPKLLCL
: :. : ::.. : . .:.:.:::: :. ...: . ::::: :
CCDS43 KVKTLNLSKNKLESAWELGKVKGLKLEELWLEGNPLCSTFSDQSAYVSAIRDCFPKLLRL
300 310 320 330 340 350
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 DGQQSPRATLCGTEAHKRLPTCKGSFFGSEMLKNLVLQFLQQYYLIYDSGDRQGLLSAYH
::.. .. .. . . :: .: ::: ::.:::::::::: :::::::::::.:::
CCDS43 DGRELSAPVIVDIDSSETMKPCKENFTGSETLKHLVLQFLQQYYSIYDSGDRQGLLGAYH
360 370 380 390 400 410
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 DEACFSLSIPFNPEDSAPSSFCKFFKDSRNIKILKDPYLRGELLKHTKLDIVDSLSALPK
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CCDS43 DEACFSLAIPFDPKDSAPSSLCKYFEDSRNMKTLKDPYLKGELLRRTKRDIVDSLSALPK
420 430 440 450 460 470
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 TQHDLSSFLVDMWYQTEWMLCFSVNGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPGSSSSLCIVN
:::::::.:::.: ::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 TQHDLSSILVDVWCQTERMLCFSVNGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPGSSSSLCIVN
480 490 500 510 520 530
490 500 510 520 530
pF1KE5 DKLFVRDTSHQGTQSALFTLVPTAFSSSVPAFSQEQQKMLPS
:.:::::.: : ::::. : : ::: :..:::::.:.
CCDS43 DELFVRDASPQETQSAFSIPVSTLSSSSEPSLSQEQQEMVQAFSAQSGMKLEWSQKCLQD
540 550 560 570 580 590
CCDS43 NEWNYTRAGQAFTMLQTEGKIPAEAFKQIS
600 610 620
>>CCDS8037.1 NXF1 gene_id:10482|Hs108|chr11 (619 aa)
initn: 1003 init1: 1003 opt: 1004 Z-score: 1183.6 bits: 228.9 E(32554): 1.3e-59
Smith-Waterman score: 1677; 49.7% identity (71.4% similar) in 563 aa overlap (11-529:11-571)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MSLPSGHTTGHTDQVV---QRRARCWDIYQRRF---SSRSEPVNPGMHSSSHQQQDGDAA
: :. : ::. . .. .. . :: . :..:: ...:::.:
CCDS80 MADEGKSYSEHDDERVNFPQRKKKGRGPFRWKYGEGNRRSGRGGSGIRSSRLEEDDGDVA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 MHGAHMDSP-VRYTPYTISPYNRKG-SFRKQDQTHVNMEREQKPPERRMEGNMPDGTLGS
: :. :.: :::.::: : ::.: ... .:. ::...:.. :::: :. ::: .
CCDS80 MSDAQ-DGPRVRYNPYTTRP-NRRGDTWHDRDRIHVTVRRDRAPPERGGAGTSQDGTSKN
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 WFKITVPFGIKYNEKWLLNLIQNECSVPFVPVEFHYENMHASFFVENASIAYALKNVSGK
:::::.:.: ::.. :::..::..:::::.:.:::::: .:.::::.:: : ::: :. :
CCDS80 WFKITIPYGRKYDKAWLLSMIQSKCSVPFTPIEFHYENTRAQFFVEDASTASALKAVNYK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 IWDEDNEKISIFVNPAGIPHFVHRELKSEKVEQIKLAMNQQCDVSQEALDIQRLPFYPDM
: :..:..:::..: .. :: . ::: :.:::.:: :... : ::.:::.. : ::.
CCDS80 ILDRENRRISIIINSSAPPHTILNELKPEQVEQLKLIMSKRYDGSQQALDLKGLRSDPDL
180 190 200 210 220 230
240 250 260
pF1KE5 VNRDTKMASNPRKCMAASLDVHEENIPTVMS-----------------------------
: .. .. : :.::::.: . ::::: ..:
CCDS80 VAQNIDVVLNRRSCMAATLRIIEENIPELLSLNLSNNRLYRLDDMSSIVQKAPNLKILNL
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310
pF1KE5 AG-------EMDKWKGIEPGEKCADRSPVCTTFSDTSSNINSILELFPKLLCLDGQQSPR
.: :.:: ::.. : : . .: :: : :. :..: : ::::: :::.. :
CCDS80 SGNELKSERELDKIKGLKLEELWLDGNSLCDTFRDQSTYISAIRERFPKLLRLDGHELPP
300 310 320 330 340 350
320 330 340 350 360 370
pF1KE5 ATLCGTEAHKRLPTCKGSFFGSEMLKNLVLQFLQQYYLIYDSGDRQGLLSAYHDEACFSL
.:: :: ::::.::.: ::.:::.:::::: :::::::::::.:::: :: ::
CCDS80 PIAFDVEAPTTLPPCKGSYFGTENLKSLVLHFLQQYYAIYDSGDRQGLLDAYHDGACCSL
360 370 380 390 400 410
380 390 400 410 420 430
pF1KE5 SIPFNPEDSAPSSFCKFFKDSRNIKILKDPYLRGELLKHTKLDIVDSLSALPKTQHDLSS
:::: :.. : ::. ..::::::.: :::: :: .:::::.:..: :. :::::::..:
CCDS80 SIPFIPQNPARSSLAEYFKDSRNVKKLKDPTLRFRLLKHTRLNVVAFLNELPKTQHDVNS
420 430 440 450 460 470
440 450 460 470 480 490
pF1KE5 FLVDMWYQTEWMLCFSVNGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPGSSSSLCIVNDKLFVRD
:.::. :: .::::::::::::.:.:. :. ::::::::.:.:.:.::::::.::::.
CCDS80 FVVDISAQTSTLLCFSVNGVFKEVDGKSRDSLRAFTRTFIAVPASNSGLCIVNDELFVRN
480 490 500 510 520 530
500 510 520 530
pF1KE5 TSHQGTQSALFTLVPTAFSSSVPAFSQEQQKMLPS
.: . : :. .:: :: ::..: :::.::
CCDS80 ASSEEIQRAFAMPAPTPSSSPVPTLSPEQQEMLQAFSTQSGMNLEWSQKCLQDNNWDYTR
540 550 560 570 580 590
CCDS80 SAQAFTHLKAKGEIPEVAFMK
600 610
>>CCDS14491.2 NXF5 gene_id:55998|Hs108|chrX (365 aa)
initn: 710 init1: 577 opt: 807 Z-score: 954.4 bits: 185.7 E(32554): 7.7e-47
Smith-Waterman score: 922; 42.8% identity (62.6% similar) in 388 aa overlap (101-451:1-351)
80 90 100 110 120 130
pF1KE5 ISPYNRKGSFRKQDQTHVNMEREQKPPERRMEGNMPDGTLGSWFKITVPFGIKYNEKWLL
:. : : .. .:::.:.:.::::.. ::.
CCDS14 MRRNTQDENMRKWFKVTIPYGIKYDKAWLM
10 20 30
140 150 160 170 180 190
pF1KE5 NLIQNECSVPFVPVEFHYENMHASFFVENASIAYALKNVSGKIWDEDNEKISIFVNPAGI
: ::..:::::.::.::: .: :::. :: : :::.:: ::.:..:.:: :::.
CCDS14 NSIQSNCSVPFTPVDFHYIRNRACFFVQVASAASALKDVSYKIYDDENQKICIFVSHFTA
40 50 60 70 80 90
200 210 220 230 240 250
pF1KE5 PHFVHRELKSEKVEQIKLAMNQQCDVSQEALDIQRLPFYPDMVNRDTKMASNPRKCMAAS
:. :. .:: ..:..::.::.. .:::.:::.: : : ::...:: . : :.::::.
CCDS14 PYSVKNKLKPGQMEMLKLTMNKRYNVSQQALDLQNLRFDPDLMGRDIDIILNRRNCMAAT
100 110 120 130 140 150
260 270
pF1KE5 LDVHEENIPTVMS------------------------------------AGEMDKWKGIE
: . :.:.: ..: : :. : ::..
CCDS14 LKITERNFPELLSLNLCNNKLYQLDGLSDITEKAPKVKTLNLSKNKLESAWELGKVKGLK
160 170 180 190 200 210
280 290 300 310 320 330
pF1KE5 PGEKCADRSPVCTTFSDTSSNINSILELFPKLLCLDGQQSPRATLCGTEAHKRLPTCKGS
: . .:.:.:::: :. ...: . ::::: :::.. .. .. . . :: .
CCDS14 LEELWLEGNPLCSTFSDQSAYVSAIRDCFPKLLRLDGRELSAPVIVDIDSSETMKPCKEN
220 230 240 250 260 270
340 350 360 370 380 390
pF1KE5 FFGSEMLKNLVLQFLQQYYLIYDSGDRQGLLSAYHDEACFSLSIPFNPEDSAPSSFCKFF
: ::: ::.:::::::: :..::.:
CCDS14 FTGSETLKHLVLQFLQQ------------------------------------SNLCKYF
280 290
400 410 420 430 440 450
pF1KE5 KDSRNIKILKDPYLRGELLKHTKLD-IVDSLSALPKTQHDLSSFLVDMWYQTEWMLCFSV
::::::::::::::. .:::::: ::::::::.::::..:.:::::::: ::
CCDS14 KDSRNIKILKDPYLQRKLLKHTKCPRNVDSLSALPETQHDFTSILVDMWYQTV-NTCFLP
300 310 320 330 340 350
460 470 480 490 500 510
pF1KE5 NGVFKEVEGQSQGSVLAFTRTFIATPGSSSSLCIVNDKLFVRDTSHQGTQSALFTLVPTA
CCDS14 RAGPESQSLRPL
360
>>CCDS44629.1 NXF1 gene_id:10482|Hs108|chr11 (356 aa)
initn: 807 init1: 748 opt: 758 Z-score: 896.7 bits: 175.0 E(32554): 1.3e-43
Smith-Waterman score: 758; 46.4% identity (73.9% similar) in 261 aa overlap (11-263:11-269)
10 20 30 40 50
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