Result of FASTA (omim) for
pFN21AE5588
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5588, 377 aa
1>>>pF1KE5588 377 - 377 aa - 377 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2134+/-0.000341; mu= 17.3520+/- 0.021
mean_var=69.2104+/-14.314, 0's: 0 Z-trim(114.5): 33 B-trim: 32 in 1/53
Lambda= 0.154166
statistics sampled from 24339 (24372) to 24339 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.664), E-opt: 0.2 (0.286), width: 16
Scan time: 7.650
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_536356 (OMIM: 608535) actin-related protein T2 ( 377) 2531 571.9 8.1e-163
NP_612146 (OMIM: 300487) actin-related protein T1 ( 376) 1923 436.7 4.1e-122
NP_001092 (OMIM: 102630,243310,607371,608578) acti ( 375) 1241 285.0 1.9e-76
NP_001605 (OMIM: 102560,604717,614583) actin, cyto ( 375) 1238 284.4 3e-76
NP_001186883 (OMIM: 102560,604717,614583) actin, c ( 375) 1238 284.4 3e-76
NP_001604 (OMIM: 102620,611788,613834,614042) acti ( 377) 1235 283.7 4.8e-76
NP_001307784 (OMIM: 102620,611788,613834,614042) a ( 377) 1235 283.7 4.8e-76
NP_001135417 (OMIM: 102620,611788,613834,614042) a ( 377) 1235 283.7 4.8e-76
NP_001606 (OMIM: 102545) actin, gamma-enteric smoo ( 376) 1226 281.7 1.9e-75
NP_001091 (OMIM: 102610,161800,255310,616852) acti ( 377) 1215 279.3 1e-74
NP_005150 (OMIM: 102540,612098,612794,613424) acti ( 377) 1214 279.0 1.2e-74
NP_001017992 (OMIM: 614835) beta-actin-like protei ( 376) 1213 278.8 1.4e-74
NP_115876 (OMIM: 608534) actin-related protein T3 ( 372) 1182 271.9 1.7e-72
XP_016859649 (OMIM: 608914) PREDICTED: POTE ankyri ( 657) 1164 268.1 4.3e-71
XP_011509518 (OMIM: 608914) PREDICTED: POTE ankyri ( 957) 1164 268.2 5.8e-71
XP_016859648 (OMIM: 608914) PREDICTED: POTE ankyri ( 967) 1164 268.2 5.8e-71
NP_001077007 (OMIM: 608914) POTE ankyrin domain fa (1075) 1164 268.2 6.3e-71
XP_016859650 (OMIM: 608914) PREDICTED: POTE ankyri (1075) 1164 268.2 6.3e-71
NP_005726 (OMIM: 605144) beta-centractin [Homo sap ( 376) 1046 241.7 2.2e-63
NP_005727 (OMIM: 605143) alpha-centractin [Homo sa ( 376) 1036 239.4 1e-62
NP_001186822 (OMIM: 102545) actin, gamma-enteric s ( 333) 984 227.8 2.8e-59
XP_016858605 (OMIM: 605144) PREDICTED: beta-centra ( 332) 962 222.9 8.2e-58
NP_006677 (OMIM: 604304) actin-like protein 7B [Ho ( 415) 943 218.8 1.8e-56
XP_005263911 (OMIM: 605144) PREDICTED: beta-centra ( 302) 931 216.0 9.1e-56
NP_006678 (OMIM: 604303) actin-like protein 7A [Ho ( 435) 913 212.1 2e-54
NP_005713 (OMIM: 604221) actin-related protein 2 i ( 394) 806 188.3 2.6e-47
NP_001005386 (OMIM: 604221) actin-related protein ( 399) 797 186.3 1.1e-46
NP_005712 (OMIM: 604222) actin-related protein 3 i ( 418) 453 109.8 1.2e-23
NP_001264069 (OMIM: 604222) actin-related protein ( 367) 392 96.2 1.3e-19
NP_057272 (OMIM: 612458) actin-like protein 6B [Ho ( 426) 345 85.8 2.1e-16
NP_829888 (OMIM: 604958) actin-like protein 6A iso ( 387) 315 79.1 1.9e-14
NP_817126 (OMIM: 604958) actin-like protein 6A iso ( 387) 315 79.1 1.9e-14
NP_004292 (OMIM: 604958) actin-like protein 6A iso ( 429) 315 79.1 2.1e-14
>>NP_536356 (OMIM: 608535) actin-related protein T2 [Hom (377 aa)
initn: 2531 init1: 2531 opt: 2531 Z-score: 3044.1 bits: 571.9 E(85289): 8.1e-163
Smith-Waterman score: 2531; 100.0% identity (100.0% similar) in 377 aa overlap (1-377:1-377)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MFNPHALDSPAVIFDNGSGFCKAGLSGEFGPRHMVSSIVGHLKFQAPSAEANQKKYFVGE
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NP_536 MFNPHALDSPAVIFDNGSGFCKAGLSGEFGPRHMVSSIVGHLKFQAPSAEANQKKYFVGE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 EALYKQEALQLHSPFERGLITGWDDVERLWKHLFEWELGVKPSDQPLLATEPSLNPRENR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_536 EALYKQEALQLHSPFERGLITGWDDVERLWKHLFEWELGVKPSDQPLLATEPSLNPRENR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 EKMAEVMFENFGVPAFYLSDQAVLALYASACVTGLVVDSGDAVTCTVPIFEGYSLPHAVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_536 EKMAEVMFENFGVPAFYLSDQAVLALYASACVTGLVVDSGDAVTCTVPIFEGYSLPHAVT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 KLHVAGRDITELLMQLLLASGHTFPCQLDKGLVDDIKKKLCYVALEPEKELSRRPEEVLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_536 KLHVAGRDITELLMQLLLASGHTFPCQLDKGLVDDIKKKLCYVALEPEKELSRRPEEVLR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 EYKLPDGNIISLGDPLHQAPEALFVPQQLGSQSPGLSNMVSSSITKCDTDIQKILFGEIV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_536 EYKLPDGNIISLGDPLHQAPEALFVPQQLGSQSPGLSNMVSSSITKCDTDIQKILFGEIV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 LSGGTTLFHGLDDRLLKELEQLASKDTPIKITAPPDRWFSTWIGASIVTSLSSFKQMWVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_536 LSGGTTLFHGLDDRLLKELEQLASKDTPIKITAPPDRWFSTWIGASIVTSLSSFKQMWVT
310 320 330 340 350 360
370
pF1KE5 AADFKEFGTSVVQRRCF
:::::::::::::::::
NP_536 AADFKEFGTSVVQRRCF
370
>>NP_612146 (OMIM: 300487) actin-related protein T1 [Hom (376 aa)
initn: 1644 init1: 1644 opt: 1923 Z-score: 2313.2 bits: 436.7 E(85289): 4.1e-122
Smith-Waterman score: 1923; 75.3% identity (91.8% similar) in 377 aa overlap (1-377:1-376)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MFNPHALDSPAVIFDNGSGFCKAGLSGEFGPRHMVSSIVGHLKFQAPSAEANQKKYFVGE
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NP_612 MFNPHALDVPAVIFDNGSGLCKAGLSGEIGPRHVISSVLGHCKFNVPLARLNQK-YFVGQ
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 EALYKQEALQLHSPFERGLITGWDDVERLWKHLFEWELGVKPSDQPLLATEPSLNPRENR
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NP_612 EALYKYEALHLHYPIERGLVTGWDDMEKLWKHLFERELGVKPSQQPVLMTEPSLNPREIR
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 EKMAEVMFENFGVPAFYLSDQAVLALYASACVTGLVVDSGDAVTCTVPIFEGYSLPHAVT
::.::.:::.:.::.::::..:: :::::::::::::::::.::::::::::::::::::
NP_612 EKLAEMMFETFSVPGFYLSNHAVAALYASACVTGLVVDSGDGVTCTVPIFEGYSLPHAVT
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 KLHVAGRDITELLMQLLLASGHTFPCQLDKGLVDDIKKKLCYVALEPEKELSRRPEEVLR
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NP_612 KLCMAGRDITEHLTRLLFASGFNFPCILNKAVVNNIKEKLCYIALEPEKELRKSRGEVLG
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 EYKLPDGNIISLGDPLHQAPEALFVPQQLGSQSPGLSNMVSSSITKCDTDIQKILFGEIV
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NP_612 AYRLPDGHVIHFGDELYQVPEVLFAPDQLGIHSPGLSKMVSSSIMKCDTDIQNKLYADIV
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 LSGGTTLFHGLDDRLLKELEQLASKDTPIKITAPPDRWFSTWIGASIVTSLSSFKQMWVT
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NP_612 LSGGTTLLPGLEERLMKEVEQLASKGTPIKITASPDRCFSAWIGASIMTSMSSFKQMWVT
300 310 320 330 340 350
370
pF1KE5 AADFKEFGTSVVQRRCF
.:::::.::::::::::
NP_612 SADFKEYGTSVVQRRCF
360 370
>>NP_001092 (OMIM: 102630,243310,607371,608578) actin, c (375 aa)
initn: 1248 init1: 782 opt: 1241 Z-score: 1493.5 bits: 285.0 E(85289): 1.9e-76
Smith-Waterman score: 1241; 48.7% identity (76.9% similar) in 372 aa overlap (8-377:4-375)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MFNPHALDSPAVIFDNGSGFCKAGLSGEFGPRHMVSSIVGHLKFQAPSAEANQKKYFVGE
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NP_001 MDDDIAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGD
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 EALYKQEALQLHSPFERGLITGWDDVERLWKHLFEWELGVKPSDQPLLATEPSLNPRENR
:: :. : :. :.:.:..:.:::.:..:.: : :: : : ..:.: :: :::. ::
NP_001 EAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANR
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 EKMAEVMFENFGVPAFYLSDQAVLALYASACVTGLVVDSGDAVTCTVPIFEGYSLPHAVT
:::...:::.:..::.:.. ::::.::::. .::.:.::::.:: ::::.:::.::::.
NP_001 EKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVTHTVPIYEGYALPHAIL
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KE5 KLHVAGRDITELLMQLLLASGHTFPCQLDKGLVDDIKKKLCYVALEPEKELSR--RPEEV
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NP_001 RLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 LREYKLPDGNIISLGDPLHQAPEALFVPQQLGSQSPGLSNMVSSSITKCDTDIQKILFGE
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NP_001 EKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETTFNSIMKCDVDIRKDLYAN
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 IVLSGGTTLFHGLDDRLLKELEQLASKDTPIKITAPPDRWFSTWIGASIVTSLSSFKQMW
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NP_001 TVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMW
300 310 320 330 340 350
360 370
pF1KE5 VTAADFKEFGTSVVQRRCF
.. .. : : :.:.:.::
NP_001 ISKQEYDESGPSIVHRKCF
360 370
>>NP_001605 (OMIM: 102560,604717,614583) actin, cytoplas (375 aa)
initn: 1245 init1: 779 opt: 1238 Z-score: 1489.9 bits: 284.4 E(85289): 3e-76
Smith-Waterman score: 1238; 48.8% identity (77.5% similar) in 369 aa overlap (11-377:7-375)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MFNPHALDSPAVIFDNGSGFCKAGLSGEFGPRHMVSSIVGHLKFQAPSAEANQKKYFVGE
:...:::::.::::..:. .:: . ::::. . :. . .:: .::.
NP_001 MEEEIAALVIDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGD
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 EALYKQEALQLHSPFERGLITGWDDVERLWKHLFEWELGVKPSDQPLLATEPSLNPRENR
:: :. : :. :.:.:..:.:::.:..:.: : :: : : ..:.: :: :::. ::
NP_001 EAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANR
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 EKMAEVMFENFGVPAFYLSDQAVLALYASACVTGLVVDSGDAVTCTVPIFEGYSLPHAVT
:::...:::.:..::.:.. ::::.::::. .::.:.::::.:: ::::.:::.::::.
NP_001 EKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVTHTVPIYEGYALPHAIL
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KE5 KLHVAGRDITELLMQLLLASGHTFPCQLDKGLVDDIKKKLCYVALEPEKELSR--RPEEV
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NP_001 RLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 LREYKLPDGNIISLGDPLHQAPEALFVPQQLGSQSPGLSNMVSSSITKCDTDIQKILFGE
. :.::::..:..:. . ::::: :. :: .: :. . . .:: :::.::.: :...
NP_001 EKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETTFNSIMKCDVDIRKDLYAN
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 IVLSGGTTLFHGLDDRLLKELEQLASKDTPIKITAPPDRWFSTWIGASIVTSLSSFKQMW
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NP_001 TVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMW
300 310 320 330 340 350
360 370
pF1KE5 VTAADFKEFGTSVVQRRCF
.. .. : : :.:.:.::
NP_001 ISKQEYDESGPSIVHRKCF
360 370
>>NP_001186883 (OMIM: 102560,604717,614583) actin, cytop (375 aa)
initn: 1245 init1: 779 opt: 1238 Z-score: 1489.9 bits: 284.4 E(85289): 3e-76
Smith-Waterman score: 1238; 48.8% identity (77.5% similar) in 369 aa overlap (11-377:7-375)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MFNPHALDSPAVIFDNGSGFCKAGLSGEFGPRHMVSSIVGHLKFQAPSAEANQKKYFVGE
:...:::::.::::..:. .:: . ::::. . :. . .:: .::.
NP_001 MEEEIAALVIDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGD
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 EALYKQEALQLHSPFERGLITGWDDVERLWKHLFEWELGVKPSDQPLLATEPSLNPRENR
:: :. : :. :.:.:..:.:::.:..:.: : :: : : ..:.: :: :::. ::
NP_001 EAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANR
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 EKMAEVMFENFGVPAFYLSDQAVLALYASACVTGLVVDSGDAVTCTVPIFEGYSLPHAVT
:::...:::.:..::.:.. ::::.::::. .::.:.::::.:: ::::.:::.::::.
NP_001 EKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVTHTVPIYEGYALPHAIL
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KE5 KLHVAGRDITELLMQLLLASGHTFPCQLDKGLVDDIKKKLCYVALEPEKELSR--RPEEV
.: .::::.:. ::..: :..: .. .: :::.:::::::. :.:.. .
NP_001 RLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 LREYKLPDGNIISLGDPLHQAPEALFVPQQLGSQSPGLSNMVSSSITKCDTDIQKILFGE
. :.::::..:..:. . ::::: :. :: .: :. . . .:: :::.::.: :...
NP_001 EKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETTFNSIMKCDVDIRKDLYAN
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 IVLSGGTTLFHGLDDRLLKELEQLASKDTPIKITAPPDRWFSTWIGASIVTSLSSFKQMW
:::::::.. :. ::. ::. :: . ::: :::.: .:.:::.::..:::.:.:::
NP_001 TVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMW
300 310 320 330 340 350
360 370
pF1KE5 VTAADFKEFGTSVVQRRCF
.. .. : : :.:.:.::
NP_001 ISKQEYDESGPSIVHRKCF
360 370
>>NP_001604 (OMIM: 102620,611788,613834,614042) actin, a (377 aa)
initn: 1242 init1: 783 opt: 1235 Z-score: 1486.2 bits: 283.7 E(85289): 4.8e-76
Smith-Waterman score: 1235; 48.7% identity (76.6% similar) in 372 aa overlap (8-377:6-377)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MFNPHALDSPAVIFDNGSGFCKAGLSGEFGPRHMVSSIVGHLKFQAPSAEANQKKYFVGE
:: :.. :::::.::::..:. .:: . ::::. . :. . .:: .::.
NP_001 MCEEEDSTALVCDNGSGLCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGD
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 EALYKQEALQLHSPFERGLITGWDDVERLWKHLFEWELGVKPSDQPLLATEPSLNPRENR
:: :. : :. :.:.:.::.:::.:..:.: : :: : : ..: : :: :::. ::
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>>NP_001091 (OMIM: 102610,161800,255310,616852) actin, a (377 aa)
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NP_001 ITKQEYDEAGPSIVHRKCF
360 370
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]