Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE5588
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5588, 377 aa
1>>>pF1KE5588 377 - 377 aa - 377 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4904+/-0.000822; mu= 15.9647+/- 0.049
mean_var=68.2965+/-13.766, 0's: 0 Z-trim(107.3): 36 B-trim: 2 in 1/50
Lambda= 0.155194
statistics sampled from 9438 (9474) to 9438 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.678), E-opt: 0.2 (0.291), width: 16
Scan time: 2.700
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS45.1 ACTRT2 gene_id:140625|Hs108|chr1 ( 377) 2531 575.5 2.6e-164
CCDS14611.1 ACTRT1 gene_id:139741|Hs108|chrX ( 376) 1923 439.4 2.4e-123
CCDS5341.1 ACTB gene_id:60|Hs108|chr7 ( 375) 1241 286.7 2.2e-77
CCDS11782.1 ACTG1 gene_id:71|Hs108|chr17 ( 375) 1238 286.0 3.6e-77
CCDS7392.1 ACTA2 gene_id:59|Hs108|chr10 ( 377) 1235 285.4 5.7e-77
CCDS1930.1 ACTG2 gene_id:72|Hs108|chr2 ( 376) 1226 283.4 2.3e-76
CCDS1578.1 ACTA1 gene_id:58|Hs108|chr1 ( 377) 1215 280.9 1.3e-75
CCDS10041.1 ACTC1 gene_id:70|Hs108|chr15 ( 377) 1214 280.7 1.5e-75
CCDS34163.1 ACTBL2 gene_id:345651|Hs108|chr5 ( 376) 1213 280.5 1.7e-75
CCDS3206.1 ACTRT3 gene_id:84517|Hs108|chr3 ( 372) 1182 273.5 2.1e-73
CCDS59431.1 POTEI gene_id:653269|Hs108|chr2 (1075) 1171 271.3 2.9e-72
CCDS46409.1 POTEF gene_id:728378|Hs108|chr2 (1075) 1168 270.6 4.6e-72
CCDS46414.1 POTEE gene_id:445582|Hs108|chr2 (1075) 1164 269.7 8.5e-72
CCDS59432.1 POTEJ gene_id:653781|Hs108|chr2 (1038) 1160 268.8 1.5e-71
CCDS2033.1 ACTR1B gene_id:10120|Hs108|chr2 ( 376) 1046 243.1 3.1e-64
CCDS7536.1 ACTR1A gene_id:10121|Hs108|chr10 ( 376) 1036 240.8 1.5e-63
CCDS56124.1 ACTG2 gene_id:72|Hs108|chr2 ( 333) 984 229.2 4.3e-60
CCDS6771.1 ACTL7B gene_id:10880|Hs108|chr9 ( 415) 943 220.0 3e-57
CCDS12207.1 ACTL9 gene_id:284382|Hs108|chr19 ( 416) 943 220.0 3e-57
CCDS6772.1 ACTL7A gene_id:10881|Hs108|chr9 ( 435) 913 213.3 3.3e-55
CCDS1881.1 ACTR2 gene_id:10097|Hs108|chr2 ( 394) 806 189.3 4.9e-48
CCDS46307.1 ACTR2 gene_id:10097|Hs108|chr2 ( 399) 797 187.3 2e-47
CCDS183.1 ACTL8 gene_id:81569|Hs108|chr1 ( 366) 618 147.2 2.2e-35
CCDS34782.1 ACTR3B gene_id:57180|Hs108|chr7 ( 348) 470 114.1 1.9e-25
CCDS5934.1 ACTR3B gene_id:57180|Hs108|chr7 ( 418) 470 114.1 2.3e-25
CCDS33277.1 ACTR3 gene_id:10096|Hs108|chr2 ( 418) 453 110.3 3.2e-24
CCDS33463.1 ACTL10 gene_id:170487|Hs108|chr20 ( 245) 394 97.0 1.9e-20
CCDS63000.1 ACTR3 gene_id:10096|Hs108|chr2 ( 367) 392 96.6 3.7e-20
CCDS5702.1 ACTL6B gene_id:51412|Hs108|chr7 ( 426) 345 86.1 6.2e-17
CCDS43174.1 ACTL6A gene_id:86|Hs108|chr3 ( 387) 315 79.4 6e-15
CCDS3231.1 ACTL6A gene_id:86|Hs108|chr3 ( 429) 315 79.4 6.5e-15
CCDS47744.1 ACTR3C gene_id:653857|Hs108|chr7 ( 210) 272 69.6 2.8e-12
>>CCDS45.1 ACTRT2 gene_id:140625|Hs108|chr1 (377 aa)
initn: 2531 init1: 2531 opt: 2531 Z-score: 3063.5 bits: 575.5 E(32554): 2.6e-164
Smith-Waterman score: 2531; 100.0% identity (100.0% similar) in 377 aa overlap (1-377:1-377)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MFNPHALDSPAVIFDNGSGFCKAGLSGEFGPRHMVSSIVGHLKFQAPSAEANQKKYFVGE
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CCDS45 MFNPHALDSPAVIFDNGSGFCKAGLSGEFGPRHMVSSIVGHLKFQAPSAEANQKKYFVGE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 EALYKQEALQLHSPFERGLITGWDDVERLWKHLFEWELGVKPSDQPLLATEPSLNPRENR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 EALYKQEALQLHSPFERGLITGWDDVERLWKHLFEWELGVKPSDQPLLATEPSLNPRENR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 EKMAEVMFENFGVPAFYLSDQAVLALYASACVTGLVVDSGDAVTCTVPIFEGYSLPHAVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 EKMAEVMFENFGVPAFYLSDQAVLALYASACVTGLVVDSGDAVTCTVPIFEGYSLPHAVT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 KLHVAGRDITELLMQLLLASGHTFPCQLDKGLVDDIKKKLCYVALEPEKELSRRPEEVLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 KLHVAGRDITELLMQLLLASGHTFPCQLDKGLVDDIKKKLCYVALEPEKELSRRPEEVLR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 EYKLPDGNIISLGDPLHQAPEALFVPQQLGSQSPGLSNMVSSSITKCDTDIQKILFGEIV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 EYKLPDGNIISLGDPLHQAPEALFVPQQLGSQSPGLSNMVSSSITKCDTDIQKILFGEIV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 LSGGTTLFHGLDDRLLKELEQLASKDTPIKITAPPDRWFSTWIGASIVTSLSSFKQMWVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LSGGTTLFHGLDDRLLKELEQLASKDTPIKITAPPDRWFSTWIGASIVTSLSSFKQMWVT
310 320 330 340 350 360
370
pF1KE5 AADFKEFGTSVVQRRCF
:::::::::::::::::
CCDS45 AADFKEFGTSVVQRRCF
370
>>CCDS14611.1 ACTRT1 gene_id:139741|Hs108|chrX (376 aa)
initn: 1644 init1: 1644 opt: 1923 Z-score: 2327.8 bits: 439.4 E(32554): 2.4e-123
Smith-Waterman score: 1923; 75.3% identity (91.8% similar) in 377 aa overlap (1-377:1-376)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MFNPHALDSPAVIFDNGSGFCKAGLSGEFGPRHMVSSIVGHLKFQAPSAEANQKKYFVGE
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CCDS14 MFNPHALDVPAVIFDNGSGLCKAGLSGEIGPRHVISSVLGHCKFNVPLARLNQK-YFVGQ
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 EALYKQEALQLHSPFERGLITGWDDVERLWKHLFEWELGVKPSDQPLLATEPSLNPRENR
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CCDS14 EALYKYEALHLHYPIERGLVTGWDDMEKLWKHLFERELGVKPSQQPVLMTEPSLNPREIR
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 EKMAEVMFENFGVPAFYLSDQAVLALYASACVTGLVVDSGDAVTCTVPIFEGYSLPHAVT
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CCDS14 EKLAEMMFETFSVPGFYLSNHAVAALYASACVTGLVVDSGDGVTCTVPIFEGYSLPHAVT
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 KLHVAGRDITELLMQLLLASGHTFPCQLDKGLVDDIKKKLCYVALEPEKELSRRPEEVLR
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CCDS14 KLCMAGRDITEHLTRLLFASGFNFPCILNKAVVNNIKEKLCYIALEPEKELRKSRGEVLG
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 EYKLPDGNIISLGDPLHQAPEALFVPQQLGSQSPGLSNMVSSSITKCDTDIQKILFGEIV
:.::::..: .:: :.:.::.::.:.::: .:::::.:::::: :::::::. :...::
CCDS14 AYRLPDGHVIHFGDELYQVPEVLFAPDQLGIHSPGLSKMVSSSIMKCDTDIQNKLYADIV
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 LSGGTTLFHGLDDRLLKELEQLASKDTPIKITAPPDRWFSTWIGASIVTSLSSFKQMWVT
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CCDS14 LSGGTTLLPGLEERLMKEVEQLASKGTPIKITASPDRCFSAWIGASIMTSMSSFKQMWVT
300 310 320 330 340 350
370
pF1KE5 AADFKEFGTSVVQRRCF
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CCDS14 SADFKEYGTSVVQRRCF
360 370
>>CCDS5341.1 ACTB gene_id:60|Hs108|chr7 (375 aa)
initn: 1248 init1: 782 opt: 1241 Z-score: 1502.6 bits: 286.7 E(32554): 2.2e-77
Smith-Waterman score: 1241; 48.7% identity (76.9% similar) in 372 aa overlap (8-377:4-375)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MFNPHALDSPAVIFDNGSGFCKAGLSGEFGPRHMVSSIVGHLKFQAPSAEANQKKYFVGE
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CCDS53 MDDDIAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGD
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 EALYKQEALQLHSPFERGLITGWDDVERLWKHLFEWELGVKPSDQPLLATEPSLNPRENR
:: :. : :. :.:.:..:.:::.:..:.: : :: : : ..:.: :: :::. ::
CCDS53 EAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANR
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 EKMAEVMFENFGVPAFYLSDQAVLALYASACVTGLVVDSGDAVTCTVPIFEGYSLPHAVT
:::...:::.:..::.:.. ::::.::::. .::.:.::::.:: ::::.:::.::::.
CCDS53 EKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVTHTVPIYEGYALPHAIL
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KE5 KLHVAGRDITELLMQLLLASGHTFPCQLDKGLVDDIKKKLCYVALEPEKELSR--RPEEV
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CCDS53 RLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 LREYKLPDGNIISLGDPLHQAPEALFVPQQLGSQSPGLSNMVSSSITKCDTDIQKILFGE
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CCDS53 EKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETTFNSIMKCDVDIRKDLYAN
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 IVLSGGTTLFHGLDDRLLKELEQLASKDTPIKITAPPDRWFSTWIGASIVTSLSSFKQMW
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CCDS53 TVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMW
300 310 320 330 340 350
360 370
pF1KE5 VTAADFKEFGTSVVQRRCF
.. .. : : :.:.:.::
CCDS53 ISKQEYDESGPSIVHRKCF
360 370
>>CCDS11782.1 ACTG1 gene_id:71|Hs108|chr17 (375 aa)
initn: 1245 init1: 779 opt: 1238 Z-score: 1499.0 bits: 286.0 E(32554): 3.6e-77
Smith-Waterman score: 1238; 48.8% identity (77.5% similar) in 369 aa overlap (11-377:7-375)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MFNPHALDSPAVIFDNGSGFCKAGLSGEFGPRHMVSSIVGHLKFQAPSAEANQKKYFVGE
:...:::::.::::..:. .:: . ::::. . :. . .:: .::.
CCDS11 MEEEIAALVIDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGD
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 EALYKQEALQLHSPFERGLITGWDDVERLWKHLFEWELGVKPSDQPLLATEPSLNPRENR
:: :. : :. :.:.:..:.:::.:..:.: : :: : : ..:.: :: :::. ::
CCDS11 EAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANR
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 EKMAEVMFENFGVPAFYLSDQAVLALYASACVTGLVVDSGDAVTCTVPIFEGYSLPHAVT
:::...:::.:..::.:.. ::::.::::. .::.:.::::.:: ::::.:::.::::.
CCDS11 EKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVTHTVPIYEGYALPHAIL
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KE5 KLHVAGRDITELLMQLLLASGHTFPCQLDKGLVDDIKKKLCYVALEPEKELSR--RPEEV
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CCDS11 RLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 LREYKLPDGNIISLGDPLHQAPEALFVPQQLGSQSPGLSNMVSSSITKCDTDIQKILFGE
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CCDS11 EKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETTFNSIMKCDVDIRKDLYAN
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 IVLSGGTTLFHGLDDRLLKELEQLASKDTPIKITAPPDRWFSTWIGASIVTSLSSFKQMW
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CCDS11 TVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMW
300 310 320 330 340 350
360 370
pF1KE5 VTAADFKEFGTSVVQRRCF
.. .. : : :.:.:.::
CCDS11 ISKQEYDESGPSIVHRKCF
360 370
>>CCDS7392.1 ACTA2 gene_id:59|Hs108|chr10 (377 aa)
initn: 1242 init1: 783 opt: 1235 Z-score: 1495.3 bits: 285.4 E(32554): 5.7e-77
Smith-Waterman score: 1235; 48.7% identity (76.6% similar) in 372 aa overlap (8-377:6-377)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MFNPHALDSPAVIFDNGSGFCKAGLSGEFGPRHMVSSIVGHLKFQAPSAEANQKKYFVGE
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CCDS73 MCEEEDSTALVCDNGSGLCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGD
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 EALYKQEALQLHSPFERGLITGWDDVERLWKHLFEWELGVKPSDQPLLATEPSLNPRENR
:: :. : :. :.:.:.::.:::.:..:.: : :: : : ..: : :: :::. ::
CCDS73 EAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHSFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANR
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 EKMAEVMFENFGVPAFYLSDQAVLALYASACVTGLVVDSGDAVTCTVPIFEGYSLPHAVT
:::...:::.:.:::.:.. ::::.::::. .::.:.::::.:: .:::.:::.::::.
CCDS73 EKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIM
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KE5 KLHVAGRDITELLMQLLLASGHTFPCQLDKGLVDDIKKKLCYVALEPEKELSR--RPEEV
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CCDS73 RLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 LREYKLPDGNIISLGDPLHQAPEALFVPQQLGSQSPGLSNMVSSSITKCDTDIQKILFGE
. :.::::..:..:. . ::.:: :. .: .: :. . . .:: ::: ::.: :...
CCDS73 EKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYAN
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 IVLSGGTTLFHGLDDRLLKELEQLASKDTPIKITAPPDRWFSTWIGASIVTSLSSFKQMW
:::::::.. :. ::. ::. :: . ::: :::.: .:.:::.::..:::.:.:::
CCDS73 NVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMW
300 310 320 330 340 350
360 370
pF1KE5 VTAADFKEFGTSVVQRRCF
.. .. : : :.:.:.::
CCDS73 ISKQEYDEAGPSIVHRKCF
360 370
>>CCDS1930.1 ACTG2 gene_id:72|Hs108|chr2 (376 aa)
initn: 1233 init1: 774 opt: 1226 Z-score: 1484.4 bits: 283.4 E(32554): 2.3e-76
Smith-Waterman score: 1226; 48.1% identity (76.6% similar) in 372 aa overlap (8-377:5-376)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MFNPHALDSPAVIFDNGSGFCKAGLSGEFGPRHMVSSIVGHLKFQAPSAEANQKKYFVGE
.. :.. :::::.::::..:. .:: . ::::. . :. . .:: .::.
CCDS19 MCEEETTALVCDNGSGLCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGD
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 EALYKQEALQLHSPFERGLITGWDDVERLWKHLFEWELGVKPSDQPLLATEPSLNPRENR
:: :. : :. :.:.:.::.:::.:..:.: : :: : : ..: : :: :::. ::
CCDS19 EAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHSFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANR
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 EKMAEVMFENFGVPAFYLSDQAVLALYASACVTGLVVDSGDAVTCTVPIFEGYSLPHAVT
:::...:::.:.:::.:.. ::::.::::. .::.:.::::.:: .:::.:::.::::.
CCDS19 EKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIM
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KE5 KLHVAGRDITELLMQLLLASGHTFPCQLDKGLVDDIKKKLCYVALEPEKELSR--RPEEV
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CCDS19 RLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSL
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CCDS10 ISKQEYDEAGPSIVHRKCF
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]