Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE5577
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5577, 447 aa
1>>>pF1KE5577 447 - 447 aa - 447 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5164+/-0.00087; mu= 17.1853+/- 0.052
mean_var=85.5427+/-17.300, 0's: 0 Z-trim(108.4): 75 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.138670
statistics sampled from 10137 (10212) to 10137 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.684), E-opt: 0.2 (0.314), width: 16
Scan time: 2.160
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3250.1 HTR3C gene_id:170572|Hs108|chr3 ( 447) 3020 614.1 8.8e-176
CCDS58868.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 456) 2147 439.5 3.4e-123
CCDS3251.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 471) 2115 433.1 2.9e-121
CCDS58869.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 441) 1782 366.4 3.1e-101
CCDS58870.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 456) 1782 366.5 3.2e-101
CCDS58871.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 482) 1549 319.9 3.6e-87
CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 463) 929 195.8 7.7e-50
CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 484) 929 195.8 7.9e-50
CCDS54685.1 HTR3D gene_id:200909|Hs108|chr3 ( 454) 912 192.4 8e-49
CCDS8366.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 516) 785 167.0 3.9e-41
CCDS8364.1 HTR3B gene_id:9177|Hs108|chr11 ( 441) 708 151.6 1.5e-36
CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4 ( 479) 570 124.0 3.3e-28
CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 494) 553 120.6 3.6e-27
CCDS7745.1 CHRNA10 gene_id:57053|Hs108|chr11 ( 450) 545 119.0 1e-26
CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8 ( 458) 543 118.6 1.3e-26
CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 529) 539 117.8 2.6e-26
CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 489) 537 117.4 3.2e-26
CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 505) 537 117.4 3.3e-26
CCDS3249.1 HTR3D gene_id:200909|Hs108|chr3 ( 279) 530 115.8 5.6e-26
CCDS10027.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 ( 502) 533 116.6 5.8e-26
CCDS53924.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 ( 531) 533 116.6 6e-26
CCDS46966.1 HTR3D gene_id:200909|Hs108|chr3 ( 404) 530 115.9 7.4e-26
CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20 ( 627) 530 116.1 1e-25
CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1 ( 502) 519 113.8 4e-25
CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 514) 510 112.0 1.4e-24
CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 ( 498) 496 109.2 9.7e-24
CCDS10304.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15 ( 468) 484 106.8 4.9e-23
CCDS56536.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 479) 480 106.0 8.6e-23
CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 457) 441 98.2 1.9e-20
CCDS33400.1 CHRNG gene_id:1146|Hs108|chr2 ( 517) 409 91.8 1.7e-18
CCDS33331.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 482) 402 90.4 4.3e-18
CCDS32184.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15 ( 412) 383 86.5 5.3e-17
CCDS59029.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 462) 340 78.0 2.3e-14
CCDS59028.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 392) 339 77.7 2.3e-14
CCDS5019.2 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 479) 340 78.0 2.3e-14
CCDS11058.1 CHRNE gene_id:1145|Hs108|chr17 ( 493) 336 77.2 4.2e-14
CCDS5020.3 GABRR2 gene_id:2570|Hs108|chr6 ( 465) 335 77.0 4.6e-14
CCDS11106.1 CHRNB1 gene_id:1140|Hs108|chr17 ( 501) 324 74.8 2.2e-13
CCDS14707.1 GABRQ gene_id:55879|Hs108|chrX ( 632) 322 74.5 3.5e-13
CCDS3796.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 497) 287 67.4 3.7e-11
CCDS36.1 GABRD gene_id:2563|Hs108|chr1 ( 452) 285 67.0 4.6e-11
>>CCDS3250.1 HTR3C gene_id:170572|Hs108|chr3 (447 aa)
initn: 3020 init1: 3020 opt: 3020 Z-score: 3269.3 bits: 614.1 E(32554): 8.8e-176
Smith-Waterman score: 3020; 100.0% identity (100.0% similar) in 447 aa overlap (1-447:1-447)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MEGGWPARQSALLCLTVSLLLQGRGDAFTINCSGFDQHGVDPAVFQAVFDRKAFRPFTNY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MEGGWPARQSALLCLTVSLLLQGRGDAFTINCSGFDQHGVDPAVFQAVFDRKAFRPFTNY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 SIPTRVNISFTLSAILGVDAQLQLLTSFLWMDLVWDNPFINWNPKECVGINKLTVLAENL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SIPTRVNISFTLSAILGVDAQLQLLTSFLWMDLVWDNPFINWNPKECVGINKLTVLAENL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 WLPDIFIVESMDVDQTPSGLTAYISSEGRIKYDKPMRVTSICNLDIFYFPFDQQNCTFTF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 WLPDIFIVESMDVDQTPSGLTAYISSEGRIKYDKPMRVTSICNLDIFYFPFDQQNCTFTF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 SSFLYTVDSMLLGMDKEVWEITDTSRKVIQTQGEWELLGINKATPKMSMGNNLYDQIMFY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SSFLYTVDSMLLGMDKEVWEITDTSRKVIQTQGEWELLGINKATPKMSMGNNLYDQIMFY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 VAIRRRPSLYIINLLVPSSFLVAIDALSFYLPAESENRAPFKITLLLGYNVFLLMMNDLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VAIRRRPSLYIINLLVPSSFLVAIDALSFYLPAESENRAPFKITLLLGYNVFLLMMNDLL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 PASGTPLISVYFALCLSLMVVSLLETVFITYLLHVATTQPPPMPRWLHSLLLHCTSPGRC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 PASGTPLISVYFALCLSLMVVSLLETVFITYLLHVATTQPPPMPRWLHSLLLHCTSPGRC
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 CPTAPQKGNKGLGLTLTHLPGPKEPGELAGKKLGPRETEPDGGSGWTKTQLMELWVQFSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 CPTAPQKGNKGLGLTLTHLPGPKEPGELAGKKLGPRETEPDGGSGWTKTQLMELWVQFSH
370 380 390 400 410 420
430 440
pF1KE5 AMDTLLFRLYLLFMASSILTVIVLWNT
:::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 AMDTLLFRLYLLFMASSILTVIVLWNT
430 440
>>CCDS58868.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 (456 aa)
initn: 2361 init1: 2142 opt: 2147 Z-score: 2325.3 bits: 439.5 E(32554): 3.4e-123
Smith-Waterman score: 2318; 73.9% identity (89.5% similar) in 456 aa overlap (1-447:1-456)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MEGGWPARQSALLCLTVSLLLQGRGDAFTINCSGFDQHGVDPAVFQAVFDRKAFRPFTNY
:::.: :. . : ...:::::: .:::::::: :::.::.....::.:: ::: ::
CCDS58 MEGSWFHRKRFSFYLLLGFLLQGRGVTFTINCSGFGQHGADPTALNSVFNRKPFRPVTNI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 SIPTRVNISFTLSAILGVDAQLQLLTSFLWMDLVWDNPFINWNPKECVGINKLTVLAENL
:.::.:::::..:::: :. ::.::.::::...:::::::.:::.:: ::.:... :.::
CCDS58 SVPTQVNISFAMSAILDVNEQLHLLSSFLWLEMVWDNPFISWNPEECEGITKMSMAAKNL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 WLPDIFIVESMDVDQTPSGLTAYISSEGRIKYDKPMRVTSICNLDIFYFPFDQQNCTFTF
:::::::.: ::::.::.:::::.:.::::.: :::.: ::::::::::::::::::.::
CCDS58 WLPDIFIIELMDVDKTPKGLTAYVSNEGRIRYKKPMKVDSICNLDIFYFPFDQQNCTLTF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 SSFLYTVDSMLLGMDKEVWEITDTSRKVIQTQGEWELLGINKATPKMSMGNNLYDQIMFY
:::::::::::: :.::::::::.::...::.:::::::..::: :.: :.::::::.::
CCDS58 SSFLYTVDSMLLDMEKEVWEITDASRNILQTHGEWELLGLSKATAKLSRGGNLYDQIVFY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 VAIRRRPSLYIINLLVPSSFLVAIDALSFYLPAESENRAPFKITLLLGYNVFLLMMNDLL
::::::::::.:::::::.:::::::::::::..: ::.:::::::::::::::::.:::
CCDS58 VAIRRRPSLYVINLLVPSGFLVAIDALSFYLPVKSGNRVPFKITLLLGYNVFLLMMSDLL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 PASGTPLISVYFALCLSLMVVSLLETVFITYLLHVATTQPPPMPRWLHSLLLHCTSPGRC
:.::::::.::::::::::: :::::.:::.:::::::::::.:::::::::::.:::::
CCDS58 PTSGTPLIGVYFALCLSLMVGSLLETIFITHLLHVATTQPPPLPRWLHSLLLHCNSPGRC
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KE5 CPTAPQKGNKGLGLTLTHLPGPKEPGELAGKKLGPRETEPDGGSGWTKTQL---------
::::::: ::: ::: ::::: ::: ::. :: :.: ::: ::..:
CCDS58 CPTAPQKENKGPGLTPTHLPGVKEPEVSAGQMPGPAEAELTGGSEWTRAQREHEAQKQHS
370 380 390 400 410 420
420 430 440
pF1KE5 MELWVQFSHAMDTLLFRLYLLFMASSILTVIVLWNT
.:::.:::::::..:::::::::::::.::: ::::
CCDS58 VELWLQFSHAMDAMLFRLYLLFMASSIITVICLWNT
430 440 450
>>CCDS3251.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 (471 aa)
initn: 2306 init1: 2110 opt: 2115 Z-score: 2290.5 bits: 433.1 E(32554): 2.9e-121
Smith-Waterman score: 2286; 74.9% identity (89.7% similar) in 446 aa overlap (11-447:26-471)
10 20 30 40
pF1KE5 MEGGWPARQSALLCLTVSLLLQGRGDAFTINCSGFDQHGVDPAVF
::: :: :. ::: .:::::::: :::.::...
CCDS32 MLAFILSRATPRPALGPLSYREHRVALLHLTHSMSTTGRGVTFTINCSGFGQHGADPTAL
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE5 QAVFDRKAFRPFTNYSIPTRVNISFTLSAILGVDAQLQLLTSFLWMDLVWDNPFINWNPK
..::.:: ::: :: :.::.:::::..:::: :. ::.::.::::...:::::::.:::.
CCDS32 NSVFNRKPFRPVTNISVPTQVNISFAMSAILDVNEQLHLLSSFLWLEMVWDNPFISWNPE
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE5 ECVGINKLTVLAENLWLPDIFIVESMDVDQTPSGLTAYISSEGRIKYDKPMRVTSICNLD
:: ::.:... :.:::::::::.: ::::.::.:::::.:.::::.: :::.: ::::::
CCDS32 ECEGITKMSMAAKNLWLPDIFIIELMDVDKTPKGLTAYVSNEGRIRYKKPMKVDSICNLD
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE5 IFYFPFDQQNCTFTFSSFLYTVDSMLLGMDKEVWEITDTSRKVIQTQGEWELLGINKATP
::::::::::::.:::::::::::::: :.::::::::.::...::.:::::::..:::
CCDS32 IFYFPFDQQNCTLTFSSFLYTVDSMLLDMEKEVWEITDASRNILQTHGEWELLGLSKATA
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KE5 KMSMGNNLYDQIMFYVAIRRRPSLYIINLLVPSSFLVAIDALSFYLPAESENRAPFKITL
:.: :.::::::.::::::::::::.:::::::.:::::::::::::..: ::.::::::
CCDS32 KLSRGGNLYDQIVFYVAIRRRPSLYVINLLVPSGFLVAIDALSFYLPVKSGNRVPFKITL
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KE5 LLGYNVFLLMMNDLLPASGTPLISVYFALCLSLMVVSLLETVFITYLLHVATTQPPPMPR
:::::::::::.::::.::::::.::::::::::: :::::.:::.:::::::::::.::
CCDS32 LLGYNVFLLMMSDLLPTSGTPLIGVYFALCLSLMVGSLLETIFITHLLHVATTQPPPLPR
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KE5 WLHSLLLHCTSPGRCCPTAPQKGNKGLGLTLTHLPGPKEPGELAGKKLGPRETEPDGGSG
:::::::::.:::::::::::: ::: ::: ::::: ::: ::. :: :.: :::
CCDS32 WLHSLLLHCNSPGRCCPTAPQKENKGPGLTPTHLPGVKEPEVSAGQMPGPAEAELTGGSE
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440
pF1KE5 WTKTQL---------MELWVQFSHAMDTLLFRLYLLFMASSILTVIVLWNT
::..: .:::.:::::::..:::::::::::::.::: ::::
CCDS32 WTRAQREHEAQKQHSVELWLQFSHAMDAMLFRLYLLFMASSIITVICLWNT
430 440 450 460 470
>>CCDS58869.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 (441 aa)
initn: 2257 init1: 1756 opt: 1782 Z-score: 1930.9 bits: 366.4 E(32554): 3.1e-101
Smith-Waterman score: 2216; 72.1% identity (86.6% similar) in 456 aa overlap (1-447:1-441)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MEGGWPARQSALLCLTVSLLLQGRGDAFTINCSGFDQHGVDPAVFQAVFDRKAFRPFTNY
:::.: :. . : ...:::::: .:::::::: :::.::.....::.:: ::: ::
CCDS58 MEGSWFHRKRFSFYLLLGFLLQGRGVTFTINCSGFGQHGADPTALNSVFNRKPFRPVTNI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 SIPTRVNISFTLSAILGVDAQLQLLTSFLWMDLVWDNPFINWNPKECVGINKLTVLAENL
:.::.:::::..:::: :.:::::::.:::.:: ::.:... :.::
CCDS58 SVPTQVNISFAMSAIL---------------DVVWDNPFISWNPEECEGITKMSMAAKNL
70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 WLPDIFIVESMDVDQTPSGLTAYISSEGRIKYDKPMRVTSICNLDIFYFPFDQQNCTFTF
:::::::.: ::::.::.:::::.:.::::.: :::.: ::::::::::::::::::.::
CCDS58 WLPDIFIIELMDVDKTPKGLTAYVSNEGRIRYKKPMKVDSICNLDIFYFPFDQQNCTLTF
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 SSFLYTVDSMLLGMDKEVWEITDTSRKVIQTQGEWELLGINKATPKMSMGNNLYDQIMFY
:::::::::::: :.::::::::.::...::.:::::::..::: :.: :.::::::.::
CCDS58 SSFLYTVDSMLLDMEKEVWEITDASRNILQTHGEWELLGLSKATAKLSRGGNLYDQIVFY
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 VAIRRRPSLYIINLLVPSSFLVAIDALSFYLPAESENRAPFKITLLLGYNVFLLMMNDLL
::::::::::.:::::::.:::::::::::::..: ::.:::::::::::::::::.:::
CCDS58 VAIRRRPSLYVINLLVPSGFLVAIDALSFYLPVKSGNRVPFKITLLLGYNVFLLMMSDLL
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 PASGTPLISVYFALCLSLMVVSLLETVFITYLLHVATTQPPPMPRWLHSLLLHCTSPGRC
:.::::::.::::::::::: :::::.:::.:::::::::::.:::::::::::.:::::
CCDS58 PTSGTPLIGVYFALCLSLMVGSLLETIFITHLLHVATTQPPPLPRWLHSLLLHCNSPGRC
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410
pF1KE5 CPTAPQKGNKGLGLTLTHLPGPKEPGELAGKKLGPRETEPDGGSGWTKTQL---------
::::::: ::: ::: ::::: ::: ::. :: :.: ::: ::..:
CCDS58 CPTAPQKENKGPGLTPTHLPGVKEPEVSAGQMPGPAEAELTGGSEWTRAQREHEAQKQHS
350 360 370 380 390 400
420 430 440
pF1KE5 MELWVQFSHAMDTLLFRLYLLFMASSILTVIVLWNT
.:::.:::::::..:::::::::::::.::: ::::
CCDS58 VELWLQFSHAMDAMLFRLYLLFMASSIITVICLWNT
410 420 430 440
>>CCDS58870.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 (456 aa)
initn: 2225 init1: 1756 opt: 1782 Z-score: 1930.7 bits: 366.5 E(32554): 3.2e-101
Smith-Waterman score: 2184; 73.1% identity (86.8% similar) in 446 aa overlap (11-447:26-456)
10 20 30 40
pF1KE5 MEGGWPARQSALLCLTVSLLLQGRGDAFTINCSGFDQHGVDPAVF
::: :: :. ::: .:::::::: :::.::...
CCDS58 MLAFILSRATPRPALGPLSYREHRVALLHLTHSMSTTGRGVTFTINCSGFGQHGADPTAL
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE5 QAVFDRKAFRPFTNYSIPTRVNISFTLSAILGVDAQLQLLTSFLWMDLVWDNPFINWNPK
..::.:: ::: :: :.::.:::::..:::: :.:::::::.:::.
CCDS58 NSVFNRKPFRPVTNISVPTQVNISFAMSAIL---------------DVVWDNPFISWNPE
70 80 90 100
110 120 130 140 150 160
pF1KE5 ECVGINKLTVLAENLWLPDIFIVESMDVDQTPSGLTAYISSEGRIKYDKPMRVTSICNLD
:: ::.:... :.:::::::::.: ::::.::.:::::.:.::::.: :::.: ::::::
CCDS58 ECEGITKMSMAAKNLWLPDIFIIELMDVDKTPKGLTAYVSNEGRIRYKKPMKVDSICNLD
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KE5 IFYFPFDQQNCTFTFSSFLYTVDSMLLGMDKEVWEITDTSRKVIQTQGEWELLGINKATP
::::::::::::.:::::::::::::: :.::::::::.::...::.:::::::..:::
CCDS58 IFYFPFDQQNCTLTFSSFLYTVDSMLLDMEKEVWEITDASRNILQTHGEWELLGLSKATA
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KE5 KMSMGNNLYDQIMFYVAIRRRPSLYIINLLVPSSFLVAIDALSFYLPAESENRAPFKITL
:.: :.::::::.::::::::::::.:::::::.:::::::::::::..: ::.::::::
CCDS58 KLSRGGNLYDQIVFYVAIRRRPSLYVINLLVPSGFLVAIDALSFYLPVKSGNRVPFKITL
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KE5 LLGYNVFLLMMNDLLPASGTPLISVYFALCLSLMVVSLLETVFITYLLHVATTQPPPMPR
:::::::::::.::::.::::::.::::::::::: :::::.:::.:::::::::::.::
CCDS58 LLGYNVFLLMMSDLLPTSGTPLIGVYFALCLSLMVGSLLETIFITHLLHVATTQPPPLPR
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KE5 WLHSLLLHCTSPGRCCPTAPQKGNKGLGLTLTHLPGPKEPGELAGKKLGPRETEPDGGSG
:::::::::.:::::::::::: ::: ::: ::::: ::: ::. :: :.: :::
CCDS58 WLHSLLLHCNSPGRCCPTAPQKENKGPGLTPTHLPGVKEPEVSAGQMPGPAEAELTGGSE
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440
pF1KE5 WTKTQL---------MELWVQFSHAMDTLLFRLYLLFMASSILTVIVLWNT
::..: .:::.:::::::..:::::::::::::.::: ::::
CCDS58 WTRAQREHEAQKQHSVELWLQFSHAMDAMLFRLYLLFMASSIITVICLWNT
410 420 430 440 450
>>CCDS58871.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 (482 aa)
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10 20 30 40
pF1KE5 MEGGWPARQSALLCLTVSLLLQGRGDAFTINCSGFDQHGVDPAVF
::: :: :. ::: .:::::::: :::.::...
CCDS58 MLAFILSRATPRPALGPLSYREHRVALLHLTHSMSTTGRGVTFTINCSGFGQHGADPTAL
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE5 QAVFDRKAFRPFTNYSIPTRVNISFTLSAILGVDAQLQLLTSFLWMDLVWDNPFINWNPK
..::.:: ::: :: :.::.:::::..:::: :.:::::::.:::.
CCDS58 NSVFNRKPFRPVTNISVPTQVNISFAMSAIL---------------DVVWDNPFISWNPE
70 80 90 100
110 120 130
pF1KE5 ECVGINKLTVLAENLWLPDIFIVES--------------------------MDVDQTPSG
:: ::.:... :.:::::::::.: ::::.::.:
CCDS58 ECEGITKMSMAAKNLWLPDIFIIELCVSRAGQREVPSPGSHRDHSLPLGPLMDVDKTPKG
110 120 130 140 150 160
140 150 160 170 180 190
pF1KE5 LTAYISSEGRIKYDKPMRVTSICNLDIFYFPFDQQNCTFTFSSFLYTVDSMLLGMDKEVW
::::.:.::::.: :::.: ::::::::::::::::::.:::::::::::::: :.::::
CCDS58 LTAYVSNEGRIRYKKPMKVDSICNLDIFYFPFDQQNCTLTFSSFLYTVDSMLLDMEKEVW
170 180 190 200 210 220
200 210 220 230 240 250
pF1KE5 EITDTSRKVIQTQGEWELLGINKATPKMSMGNNLYDQIMFYVAIRRRPSLYIINLLVPSS
::::.::...::.:::::::..::: :.: :.::::::.::::::::::::.:::::::.
CCDS58 EITDASRNILQTHGEWELLGLSKATAKLSRGGNLYDQIVFYVAIRRRPSLYVINLLVPSG
230 240 250 260 270 280
260 270 280 290 300 310
pF1KE5 FLVAIDALSFYLPAESENRAPFKITLLLGYNVFLLMMNDLLPASGTPLISVYFALCLSLM
:::::::::::::..: ::.:::::::::::::::::.::::.::::::.::::::::::
CCDS58 FLVAIDALSFYLPVKSGNRVPFKITLLLGYNVFLLMMSDLLPTSGTPLIGVYFALCLSLM
290 300 310 320 330 340
320 330 340 350 360 370
pF1KE5 VVSLLETVFITYLLHVATTQPPPMPRWLHSLLLHCTSPGRCCPTAPQKGNKGLGLTLTHL
: :::::.:::.:::::::::::.:::::::::::.:::::::::::: ::: ::: :::
CCDS58 VGSLLETIFITHLLHVATTQPPPLPRWLHSLLLHCNSPGRCCPTAPQKENKGPGLTPTHL
350 360 370 380 390 400
380 390 400 410 420 430
pF1KE5 PGPKEPGELAGKKLGPRETEPDGGSGWTKTQL---------MELWVQFSHAMDTLLFRLY
:: ::: ::. :: :.: ::: ::..: .:::.:::::::..:::::
CCDS58 PGVKEPEVSAGQMPGPAEAELTGGSEWTRAQREHEAQKQHSVELWLQFSHAMDAMLFRLY
410 420 430 440 450 460
440
pF1KE5 LLFMASSILTVIVLWNT
::::::::.::: ::::
CCDS58 LLFMASSIITVICLWNT
470 480
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Smith-Waterman score: 978; 37.6% identity (68.9% similar) in 431 aa overlap (51-446:31-458)
30 40 50 60 70 80
pF1KE5 LQGRGDAFTINCSGFDQHGVDPAVFQAVFDRKAFRPFTNYSIPTRVNISFTLSAILGVDA
::. :: .. :: :.:. . :::.::
CCDS53 MHRSFLQARRSRNTTRPALLRLSDYLLTNYRKGVRPVRDWRKPTTVSIDVIVYAILNVDE
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90 100 110 120 130 140
pF1KE5 QLQLLTSFLWMDLVWDNPFINWNPKECVGINKLTVLAENLWLPDIFIVESMDVDQTPSGL
. :.::...:. : . :..:::.. .:.::.. ....:.:::.: : .:: ..:.
CCDS53 KNQVLTTYIWYRQYWTDEFLQWNPEDFDNITKLSIPTDSIWVPDILINEFVDVGKSPNIP
70 80 90 100 110 120
150 160 170 180 190 200
pF1KE5 TAYISSEGRIKYDKPMRVTSICNLDIFYFPFDQQNCTFTFSSFLYTVDSMLLGMDKEVWE
.:: .:... ::..:.. :.:::. :::: :::..::.:.:.:.... ... . . :
CCDS53 YVYIRHQGEVQNYKPLQVVTACSLDIYNFPFDVQNCSLTFTSWLHTIQDINISLWR-LPE
130 140 150 160 170
210 220 230 240 250
pF1KE5 ITDTSRKVIQTQGEWELLGINKATPKMSM-GNNLYDQIMFYVAIRRRPSLYIINLLVPSS
. ..:.:...::::::::. ..:: ..: : .. :::.::::: .:...::.::
CCDS53 KVKSDRSVFMNQGEWELLGVLPYFREFSMESSNYYAEMKFYVVIRRRPLFYVVSLLLPSI
180 190 200 210 220 230
260 270 280 290 300 310
pF1KE5 FLVAIDALSFYLPAESENRAPFKITLLLGYNVFLLMMNDLLPAS--GTPLISVYFALCLS
::...: ..:::: .: .:. :::::::::.:::....: :::. :::::.:::..:..
CCDS53 FLMVMDIVGFYLPPNSGERVSFKITLLLGYSVFLIIVSDTLPATAIGTPLIGVYFVVCMA
240 250 260 270 280 290
320 330 340 350 360
pF1KE5 LMVVSLLETVFITYLLHVATTQPPPMPRWLHSLLLHCTSPGRCC--------PTAPQKGN
:.:.:: ::.::. :.: : : .: ::. :.:. . : : : ....
CCDS53 LLVISLAETIFIVRLVHKQDLQQP-VPAWLRHLVLERIAWLLCLREQSTSQRPPATSQAT
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410
pF1KE5 K-----GLGLTLTHLPGP----KEPGELAGKKLGPRETEPDGGSGWTKT-----QLMEL-
: ..: .:. :: : : . . :::. . : . :..:
CCDS53 KTDDCSAMGNHCSHMGGPQDFEKSPRDRCSPPPPPREASL-AVCGLLQELSSIRQFLEKR
360 370 380 390 400 410
420 430 440
pF1KE5 ---------WVQFSHAMDTLLFRLYLLFMASSILTVIVLWNT
:.. . ..: :::..::: . . .:...::.
CCDS53 DEIREVARDWLRVGSVLDKLLFHIYLLAVLAYSITLVMLWSIWQYA
420 430 440 450 460
>>CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 (484 aa)
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Smith-Waterman score: 978; 37.6% identity (68.9% similar) in 431 aa overlap (51-446:52-479)
30 40 50 60 70 80
pF1KE5 LQGRGDAFTINCSGFDQHGVDPAVFQAVFDRKAFRPFTNYSIPTRVNISFTLSAILGVDA
::. :: .. :: :.:. . :::.::
CCDS83 TLLAQGEARRSRNTTRPALLRLSDYLLTNYRKGVRPVRDWRKPTTVSIDVIVYAILNVDE
30 40 50 60 70 80
90 100 110 120 130 140
pF1KE5 QLQLLTSFLWMDLVWDNPFINWNPKECVGINKLTVLAENLWLPDIFIVESMDVDQTPSGL
. :.::...:. : . :..:::.. .:.::.. ....:.:::.: : .:: ..:.
CCDS83 KNQVLTTYIWYRQYWTDEFLQWNPEDFDNITKLSIPTDSIWVPDILINEFVDVGKSPNIP
90 100 110 120 130 140
150 160 170 180 190 200
pF1KE5 TAYISSEGRIKYDKPMRVTSICNLDIFYFPFDQQNCTFTFSSFLYTVDSMLLGMDKEVWE
.:: .:... ::..:.. :.:::. :::: :::..::.:.:.:.... ... . . :
CCDS83 YVYIRHQGEVQNYKPLQVVTACSLDIYNFPFDVQNCSLTFTSWLHTIQDINISLWR-LPE
150 160 170 180 190 200
210 220 230 240 250
pF1KE5 ITDTSRKVIQTQGEWELLGINKATPKMSM-GNNLYDQIMFYVAIRRRPSLYIINLLVPSS
. ..:.:...::::::::. ..:: ..: : .. :::.::::: .:...::.::
CCDS83 KVKSDRSVFMNQGEWELLGVLPYFREFSMESSNYYAEMKFYVVIRRRPLFYVVSLLLPSI
210 220 230 240 250 260
260 270 280 290 300 310
pF1KE5 FLVAIDALSFYLPAESENRAPFKITLLLGYNVFLLMMNDLLPAS--GTPLISVYFALCLS
::...: ..:::: .: .:. :::::::::.:::....: :::. :::::.:::..:..
CCDS83 FLMVMDIVGFYLPPNSGERVSFKITLLLGYSVFLIIVSDTLPATAIGTPLIGVYFVVCMA
270 280 290 300 310 320
320 330 340 350 360
pF1KE5 LMVVSLLETVFITYLLHVATTQPPPMPRWLHSLLLHCTSPGRCC--------PTAPQKGN
:.:.:: ::.::. :.: : : .: ::. :.:. . : : : ....
CCDS83 LLVISLAETIFIVRLVHKQDLQQP-VPAWLRHLVLERIAWLLCLREQSTSQRPPATSQAT
330 340 350 360 370
370 380 390 400 410
pF1KE5 K-----GLGLTLTHLPGP----KEPGELAGKKLGPRETEPDGGSGWTKT-----QLMEL-
: ..: .:. :: : : . . :::. . : . :..:
CCDS83 KTDDCSAMGNHCSHMGGPQDFEKSPRDRCSPPPPPREASL-AVCGLLQELSSIRQFLEKR
380 390 400 410 420 430
420 430 440
pF1KE5 ---------WVQFSHAMDTLLFRLYLLFMASSILTVIVLWNT
:.. . ..: :::..::: . . .:...::.
CCDS83 DEIREVARDWLRVGSVLDKLLFHIYLLAVLAYSITLVMLWSIWQYA
440 450 460 470 480
>>CCDS54685.1 HTR3D gene_id:200909|Hs108|chr3 (454 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MEGGWPARQSALLCLTVSLLLQGRGDAFTINCSGFDQHGVDPAVFQAVFDRKAFRPFTNY
:: :. ::: : ::.. ::: :: :: ::::.:::::::::. : :::
CCDS54 MQKHSPGPPALALLSQSLLTTGNGDTLIINCPGFGQHRVDPAAFQAVFDRKAIGPVTNY
10 20 30 40 50
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pF1KE5 SIPTRVNISFTLSAILGVDAQLQLLTSFLWMDLVWDNPFINWNPKECVGINKLTVLAENL
:. :.:::::::::: . .... .. : : :..::: :: ::.: . .:::
CCDS54 SVATHVNISFTLSAIWNCYSRIHTFNCH--HARPWHNQFVQWNPDECGGIKKSGMATENL
60 70 80 90 100 110
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pF1KE5 WLPDIFIVESMDVDQTPSGLTAYISSEGRIKYDKPMRVTSICNLDIFYFPFDQQNCTFTF
:: :.:: :: :::::.:: : .: ...:: ..: : ..
CCDS54 WLSDVFIEES--VDQTPAGLMASMSI---------VKATSNT--------ISQ--CGWSA
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pF1KE5 SSFLYTVDSMLLGMDK-EVWEITDTS-----RKVIQTQGEWELLGINKATPKMSMGNNLY
:. . :. .::. ..:. . : : ..:. :: ::::.: : :.....: :
CCDS54 SA--NWTPSISPSMDRARAWRRMSRSFQIHHRTSFRTRREWVLLGIQKRTIKVTVATNQY
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 DQIMFYVAIRRR--PSLYIINLLVPSSFLVAIDALSFYLPAESENRAPFKITLLLGYNVF
.: .:.:::::: :: :..:.::::..:.:::::::::: :: : ::::.:.::::.::
CCDS54 EQAIFHVAIRRRCRPSPYVVNFLVPSGILIAIDALSFYLPLESGNCAPFKMTVLLGYSVF
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330
pF1KE5 LLMMNDLLPASGT--------PLI--------SVYFALCLSLMVVSLLETVFITYLLHVA
::::::::::..: :: .::::::::::: :::::.:::.:::::
CCDS54 LLMMNDLLPATSTSSHASLVAPLALMQTPLPAGVYFALCLSLMVGSLLETIFITHLLHVA
280 290 300 310 320 330
340 350 360 370 380 390
pF1KE5 TTQPPPMPRWLHSLLLHCTSPGRCCPTAPQKGNKGLGLTLTHLPGPKEPGELAGKKLGPR
:::: :.::::::::::::. :::::::::::::: ::: ::::: ::: ::. ::
CCDS54 TTQPLPLPRWLHSLLLHCTGQGRCCPTAPQKGNKGPGLTPTHLPGVKEPEVSAGQMPGPG
340 350 360 370 380 390
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pF1KE5 ETEPDGGSGWTKTQL---------MELWVQFSHAMDTLLFRLYLLFMASSILTVIVLWNT
:.: ::: ::..: .:::::::::::.::::::::::::::.::: ::::
CCDS54 EAELTGGSEWTRAQREHEAQKQHSVELWVQFSHAMDALLFRLYLLFMASSIITVICLWNT
400 410 420 430 440 450
>>CCDS8366.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 (516 aa)
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Smith-Waterman score: 867; 37.1% identity (66.2% similar) in 399 aa overlap (51-397:52-448)
30 40 50 60 70 80
pF1KE5 LQGRGDAFTINCSGFDQHGVDPAVFQAVFDRKAFRPFTNYSIPTRVNISFTLSAILGVDA
::. :: .. :: :.:. . :::.::
CCDS83 TLLAQGEARRSRNTTRPALLRLSDYLLTNYRKGVRPVRDWRKPTTVSIDVIVYAILNVDE
30 40 50 60 70 80
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pF1KE5 QLQLLTSFLWMDLVWDNPFINWNPKECVGINKLTVLAENLWLPDIFIVESMDVDQTPSGL
. :.::...:. : . :..:::.. .:.::.. ....:.:::.: : .:: ..:.
CCDS83 KNQVLTTYIWYRQYWTDEFLQWNPEDFDNITKLSIPTDSIWVPDILINEFVDVGKSPNIP
90 100 110 120 130 140
150 160 170 180 190 200
pF1KE5 TAYISSEGRIKYDKPMRVTSICNLDIFYFPFDQQNCTFTFSSFLYTVDSMLLGMDKEVWE
.:: .:... ::..:.. :.:::. :::: :::..::.:.:.:.... ... . . :
CCDS83 YVYIRHQGEVQNYKPLQVVTACSLDIYNFPFDVQNCSLTFTSWLHTIQDINISLWR-LPE
150 160 170 180 190 200
210 220 230 240 250
pF1KE5 ITDTSRKVIQTQGEWELLGINKATPKMSM-GNNLYDQIMFYVAIRRRPSLYIINLLVPSS
. ..:.:...::::::::. ..:: ..: : .. :::.::::: .:...::.::
CCDS83 KVKSDRSVFMNQGEWELLGVLPYFREFSMESSNYYAEMKFYVVIRRRPLFYVVSLLLPSI
210 220 230 240 250 260
260 270 280 290 300
pF1KE5 FLVAIDALSFYLPAESENRAPFKITLLLGYNVFLLMMNDLLPAS--GTPLIS--------
::...: ..:::: .: .:. :::::::::.:::....: :::. :::::.
CCDS83 FLMVMDIVGFYLPPNSGERVSFKITLLLGYSVFLIIVSDTLPATAIGTPLIGKAPPGSRA
270 280 290 300 310 320
310 320 330 340
pF1KE5 ------------------------VYFALCLSLMVVSLLETVFITYLLHVATTQPPPMPR
:::..:..:.:.:: ::.::. :.: : : .:
CCDS83 QSGEKPAPSHLLHVSLASALGCTGVYFVVCMALLVISLAETIFIVRLVHKQDLQQP-VPA
330 340 350 360 370
350 360 370 380
pF1KE5 WLHSLLLHCTSPGRCC--------PTAPQKGNK-----GLGLTLTHLPGP----KEPGEL
::. :.:. . : : : ....: ..: .:. :: : : .
CCDS83 WLRHLVLERIAWLLCLREQSTSQRPPATSQATKTDDCSAMGNHCSHMGGPQDFEKSPRDR
380 390 400 410 420 430
390 400 410 420 430 440
pF1KE5 AGKKLGPRETEPDGGSGWTKTQLMELWVQFSHAMDTLLFRLYLLFMASSILTVIVLWNT
. :::
CCDS83 CSPPPPPREASLAVCGLLQELSSIRQFLEKRDEIREVARDWLRVGSVLDKLLFHIYLLAV
440 450 460 470 480 490
447 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Tue Nov 8 02:00:50 2016 done: Tue Nov 8 02:00:51 2016
Total Scan time: 2.160 Total Display time: 0.070
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]