Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE5571
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5571, 453 aa
1>>>pF1KE5571 453 - 453 aa - 453 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1070+/-0.000958; mu= 13.7772+/- 0.058
mean_var=75.4092+/-14.984, 0's: 0 Z-trim(105.8): 71 B-trim: 46 in 1/49
Lambda= 0.147694
statistics sampled from 8525 (8596) to 8525 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.625), E-opt: 0.2 (0.264), width: 16
Scan time: 2.360
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4356.1 GABRA6 gene_id:2559|Hs108|chr5 ( 453) 2968 641.9 3.9e-184
CCDS3473.1 GABRA4 gene_id:2557|Hs108|chr4 ( 554) 1901 414.6 1.3e-115
CCDS14706.1 GABRA3 gene_id:2556|Hs108|chrX ( 492) 1704 372.6 5e-103
CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5 ( 456) 1660 363.2 3.1e-100
CCDS45194.1 GABRA5 gene_id:2558|Hs108|chr15 ( 462) 1575 345.1 8.8e-95
CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 451) 1532 335.9 5e-92
CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 511) 1532 336.0 5.5e-92
CCDS4359.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 475) 1312 289.1 6.7e-78
CCDS4358.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 467) 1260 278.0 1.4e-74
CCDS3470.1 GABRG1 gene_id:2565|Hs108|chr4 ( 465) 1219 269.3 6.1e-72
CCDS45195.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 ( 467) 1186 262.2 8e-70
CCDS14703.1 GABRE gene_id:2564|Hs108|chrX ( 506) 1039 230.9 2.3e-60
CCDS3822.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4 ( 464) 978 217.9 1.7e-56
CCDS54942.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5 ( 457) 975 217.3 2.7e-56
CCDS43283.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4 ( 449) 894 200.0 4.1e-51
CCDS14160.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 452) 894 200.0 4.2e-51
CCDS48085.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 452) 892 199.6 5.6e-51
CCDS4320.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5 ( 449) 872 195.3 1.1e-49
CCDS59029.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 462) 868 194.5 2e-49
CCDS5019.2 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 479) 868 194.5 2e-49
CCDS43980.2 GLRA4 gene_id:441509|Hs108|chrX ( 417) 864 193.6 3.2e-49
CCDS5020.3 GABRR2 gene_id:2570|Hs108|chr6 ( 465) 861 193.0 5.6e-49
CCDS59028.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 392) 858 192.3 7.4e-49
CCDS10018.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 858 192.3 8.8e-49
CCDS36.1 GABRD gene_id:2563|Hs108|chr1 ( 452) 851 190.8 2.4e-48
CCDS10019.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 844 189.3 7e-48
CCDS3474.1 GABRB1 gene_id:2560|Hs108|chr4 ( 474) 837 187.9 2e-47
CCDS4354.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 474) 828 185.9 7.4e-47
CCDS4355.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 512) 828 186.0 8e-47
CCDS54617.1 GABRR3 gene_id:200959|Hs108|chr3 ( 467) 825 185.3 1.1e-46
CCDS4375.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5 ( 440) 821 184.4 2e-46
CCDS14707.1 GABRQ gene_id:55879|Hs108|chrX ( 632) 790 177.9 2.6e-44
CCDS55371.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 363) 782 176.1 5.2e-44
CCDS53921.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 402) 723 163.5 3.5e-40
CCDS3796.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 497) 724 163.8 3.6e-40
CCDS53920.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 388) 702 159.1 7.5e-39
CCDS59251.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 ( 253) 693 157.1 1.9e-38
CCDS47333.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 515) 622 142.1 1.3e-33
CCDS75368.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5 ( 289) 592 135.6 6.5e-32
CCDS54813.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 303) 589 135.0 1.1e-31
CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 494) 313 76.2 8.3e-14
CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 ( 498) 305 74.5 2.7e-13
CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 484) 287 70.7 3.8e-12
CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 463) 285 70.2 4.9e-12
CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 457) 280 69.2 1e-11
CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 529) 277 68.6 1.8e-11
CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20 ( 627) 273 67.7 3.8e-11
CCDS8366.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 516) 267 66.4 7.7e-11
>>CCDS4356.1 GABRA6 gene_id:2559|Hs108|chr5 (453 aa)
initn: 2968 init1: 2968 opt: 2968 Z-score: 3419.3 bits: 641.9 E(32554): 3.9e-184
Smith-Waterman score: 2968; 100.0% identity (100.0% similar) in 453 aa overlap (1-453:1-453)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MASSLPWLCIILWLENALGKLEVEGNFYSENVSRILDNLLEGYDNRLRPGFGGAVTEVKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MASSLPWLCIILWLENALGKLEVEGNFYSENVSRILDNLLEGYDNRLRPGFGGAVTEVKT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 DIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWTDERLKFGGPTEILSLNNLMVSKIWTPDTFFRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 DIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWTDERLKFGGPTEILSLNNLMVSKIWTPDTFFRN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 GKKSIAHNMTTPNKLFRIMQNGTILYTMRLTINADCPMRLVNFPMDGHACPLKFGSYAYP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 GKKSIAHNMTTPNKLFRIMQNGTILYTMRLTINADCPMRLVNFPMDGHACPLKFGSYAYP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 KSEIIYTWKKGPLYSVEVPEESSSLLQYDLIGQTVSSETIKSNTGEYVIMTVYFHLQRKM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 KSEIIYTWKKGPLYSVEVPEESSSLLQYDLIGQTVSSETIKSNTGEYVIMTVYFHLQRKM
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 GYFMIQIYTPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMTTLSISARHSLPKVSYA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 GYFMIQIYTPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMTTLSISARHSLPKVSYA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 TAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNLQTQKAKRKAQFAAPPTVTISKATEPLEAEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 TAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNLQTQKAKRKAQFAAPPTVTISKATEPLEAEI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 VLHPDSKYHLKKRITSLSLPIVSSSEANKVLTRAPILQSTPVTPPPLSPAFGGTSKIDQY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 VLHPDSKYHLKKRITSLSLPIVSSSEANKVLTRAPILQSTPVTPPPLSPAFGGTSKIDQY
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KE5 SRILFPVAFAGFNLVYWVVYLSKDTMEVSSSVE
:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 SRILFPVAFAGFNLVYWVVYLSKDTMEVSSSVE
430 440 450
>>CCDS3473.1 GABRA4 gene_id:2557|Hs108|chr4 (554 aa)
initn: 2112 init1: 1888 opt: 1901 Z-score: 2189.2 bits: 414.6 E(32554): 1.3e-115
Smith-Waterman score: 1901; 76.3% identity (90.2% similar) in 376 aa overlap (5-377:21-393)
10 20 30 40
pF1KE5 MASSLPWLCIILWLENALGKLEVEGNFYSENVSRILDNLLEGYD
: .::. . :... :. . : .. .:: .::::.::.:::
CCDS34 MVSAKKVPAIALSAGVSFALLRFLCLAVCLNESPGQNQKEEKLCTENFTRILDSLLDGYD
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE5 NRLRPGFGGAVTEVKTDIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWTDERLKFGGPTEILSLN
::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::: :.:::. :: ::: ::
CCDS34 NRLRPGFGGPVTEVKTDIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWIDKRLKYDGPIEILRLN
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE5 NLMVSKIWTPDTFFRNGKKSIAHNMTTPNKLFRIMQNGTILYTMRLTINADCPMRLVNFP
:.::.:.:::::::::::::..::::.::::::::.::::::::::::.:.::::::.::
CCDS34 NMMVTKVWTPDTFFRNGKKSVSHNMTAPNKLFRIMRNGTILYTMRLTISAECPMRLVDFP
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE5 MDGHACPLKFGSYAYPKSEIIYTWKKGPLYSVEVPEESSSLLQYDLIGQTVSSETIKSNT
:::::::::::::::::::.:::: ::: :::::.:::::.:::::::::::::::: :
CCDS34 MDGHACPLKFGSYAYPKSEMIYTWTKGPEKSVEVPKESSSLVQYDLIGQTVSSETIKSIT
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KE5 GEYVIMTVYFHLQRKMGYFMIQIYTPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMT
:::..:::::::.::::::::: : :::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GEYIVMTVYFHLRRKMGYFMIQTYIPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMT
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KE5 TLSISARHSLPKVSYATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNLQTQKAKRKAQFAAP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.: .:::::.. :
CCDS34 TLSISARHSLPKVSYATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNIQMEKAKRKTS-KPP
310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KE5 ---PTVTISKATEPLEAEIVLHPDSKYHLKKRITSLSLPIVSSSEANKVLTRAPILQSTP
:.. ... .: :: . . ... ...:: ..:
CCDS34 QEVPAAPVQREKHP-EAPL-QNTNANLNMRKRTNALVHSESDVGNRTEVGNHSSKSSTVV
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450
pF1KE5 VTPPPLSPAFGGTSKIDQYSRILFPVAFAGFNLVYWVVYLSKDTMEVSSSVE
CCDS34 QESSKGTPRSYLASSPNPFSRANAAETISAARALPSASPTSIRTGYMPRKASVGSASTRH
420 430 440 450 460 470
>>CCDS14706.1 GABRA3 gene_id:2556|Hs108|chrX (492 aa)
initn: 1699 init1: 1575 opt: 1704 Z-score: 1963.2 bits: 372.6 E(32554): 5e-103
Smith-Waterman score: 1706; 61.2% identity (83.0% similar) in 423 aa overlap (33-445:68-483)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 SSLPWLCIILWLENALGKLEVEGNFYSENVSRILDNLLEGYDNRLRPGFGGAVTEVKTDI
.:::: ::.:::::::::.: :::::::::
CCDS14 GDFVKQDIGGLSPKHAPDIPDDSTDNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGDAVTEVKTDI
40 50 60 70 80 90
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 YVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWTDERLKFGGPTEILSLNNLMVSKIWTPDTFFRNGK
::::::::::..::::.:::::::: :::::: :: .:: ::::..::::::::::.:::
CCDS14 YVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQTWHDERLKFDGPMKILPLNNLLASKIWTPDTFFHNGK
100 110 120 130 140 150
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 KSIAHNMTTPNKLFRIMQNGTILYTMRLTINADCPMRLVNFPMDGHACPLKFGSYAYPKS
::.::::::::::.:...:::.::::::::.:.:::.: .:::: :::::::::::: .
CCDS14 KSVAHNMTTPNKLLRLVDNGTLLYTMRLTIHAECPMHLEDFPMDVHACPLKFGSYAYTTA
160 170 180 190 200 210
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 EIIYTWKKGPLYSVEVPEESSSLLQYDLIGQTVSSETIKSNTGEYVIMTVYFHLQRKMGY
:..:.: : :::: ...: : ::::.:..:..: :.:.:::::.::..:::.::.::
CCDS14 EVVYSWTLGKNKSVEVAQDGSRLNQYDLLGHVVGTEIIRSSTGEYVVMTTHFHLKRKIGY
220 230 240 250 260 270
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 FMIQIYTPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMTTLSISARHSLPKVSYATA
:.:: : ::::::::::::::.:.::::::::::.::::::::::::::.:::::.::::
CCDS14 FVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYATA
280 290 300 310 320 330
310 320 330 340 350
pF1KE5 MDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNLQTQKAKRKAQFA-----APPTVTISKATEPLE
::::::::.:::::::::::.:::::. . .:. : :.. .:.. ..
CCDS14 MDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRSWAWEGKKVPEALEMKKKTPAAPAKKTSTTFN
340 350 360 370 380 390
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 AEIVLHP-----DSKYHLKKRITSLSLPIVSSSEANKVLTRAPILQSTPVTPPPLSPAFG
. .: :... . :.. . : .::. . . .: .:..:. . ...
CCDS14 IVGTTYPINLAKDTEF---STISKGAAPSASSTPTIIASPKATYVQDSPTE----TKTYN
400 410 420 430 440 450
420 430 440 450
pF1KE5 GTSKIDQYSRILFPVAFAGFNLVYWVVYLSKDTMEVSSSVE
..::.:. :::.::: :: ::::::..:.....
CCDS14 SVSKVDKISRIIFPVLFAIFNLVYWATYVNRESAIKGMIRKQ
460 470 480 490
>>CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5 (456 aa)
initn: 1692 init1: 1557 opt: 1660 Z-score: 1913.1 bits: 363.2 E(32554): 3.1e-100
Smith-Waterman score: 1664; 61.3% identity (80.8% similar) in 416 aa overlap (33-444:43-446)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 SSLPWLCIILWLENALGKLEVEGNFYSENVSRILDNLLEGYDNRLRPGFGGAVTEVKTDI
.:::: ::.:::::::::.: ::::::::
CCDS43 AWILLLSTLTGRSYGQPSLQDELKDNTTVFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGERVTEVKTDI
20 30 40 50 60 70
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 YVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWTDERLKFGGPTEILSLNNLMVSKIWTPDTFFRNGK
.::::::::: .::::.::::::.: :::::: :: .: :::::.::::::::::.:::
CCDS43 FVTSFGPVSDHDMEYTIDVFFRQSWKDERLKFKGPMTVLRLNNLMASKIWTPDTFFHNGK
80 90 100 110 120 130
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 KSIAHNMTTPNKLFRIMQNGTILYTMRLTINADCPMRLVNFPMDGHACPLKFGSYAYPKS
::.::::: ::::.:: ..::.:::::::. :.:::.: .::::.:::::::::::: ..
CCDS43 KSVAHNMTMPNKLLRITEDGTLLYTMRLTVRAECPMHLEDFPMDAHACPLKFGSYAYTRA
140 150 160 170 180 190
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 EIIYTWKKGPLYSVEVPEESSSLLQYDLIGQTVSSETIKSNTGEYVIMTVYFHLQRKMGY
:..: : . : :: : :..: : ::::.::::.: ..:.:::::.::..:::.::.::
CCDS43 EVVYEWTREPARSVVVAEDGSRLNQYDLLGQTVDSGIVQSSTGEYVVMTTHFHLKRKIGY
200 210 220 230 240 250
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 FMIQIYTPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMTTLSISARHSLPKVSYATA
:.:: : ::::::::::::::.:.::::::::::.::::::::::::::.:::::.::::
CCDS43 FVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYATA
260 270 280 290 300 310
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 MDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNLQTQKAKRKAQFAAPPTVTISKATEPLEAEIVL
::::::::.:::::::::::.:::::. . :. : .:. .:: .
CCDS43 MDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTK-RGYAWDGKSVVPEKP----KKVKDPL-----I
320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KE5 HPDSKYHLKKRITSLSLPIVSSSEANKVLTRAPILQSTPVTP---PPL-SPAFGGTSKID
. .. : :: . .. .. . ..... .. : : :: . .:...::::
CCDS43 KKNNTY--APTATSYTPNLARGDPGLATIAKSATIEPKEVKPETKPPEPKKTFNSVSKID
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450
pF1KE5 QYSRILFPVAFAGFNLVYWVVYLSKDTMEVSSSVE
. ::: ::. :. ::::::..::...
CCDS43 RLSRIAFPLLFGIFNLVYWATYLNREPQLKAPTPHQ
430 440 450
>>CCDS45194.1 GABRA5 gene_id:2558|Hs108|chr15 (462 aa)
initn: 1682 init1: 1558 opt: 1575 Z-score: 1815.1 bits: 345.1 E(32554): 8.8e-95
Smith-Waterman score: 1680; 57.8% identity (80.4% similar) in 455 aa overlap (1-444:11-452)
10 20 30 40
pF1KE5 MASSLPWLCIILWLENALGKLEVEGNFY----SENVS---RILDNLLEGY
: ..: .:: . : . .: .. . ..:.. ::::.::.::
CCDS45 MDNGMFSGFIMIKNLLLFCISMNLSSHFGFSQMPTSSVKDETNDNITIFTRILDGLLDGY
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE5 DNRLRPGFGGAVTEVKTDIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWTDERLKFGGPTEILSL
:::::::.: .:.:.:::::::::::::.:::::.::::::.: ::::.: :: . : :
CCDS45 DNRLRPGLGERITQVRTDIYVTSFGPVSDTEMEYTIDVFFRQSWKDERLRFKGPMQRLPL
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE5 NNLMVSKIWTPDTFFRNGKKSIAHNMTTPNKLFRIMQNGTILYTMRLTINADCPMRLVNF
:::..::::::::::.::::::::::::::::.:. ..::.::::::::.:.:::.: .:
CCDS45 NNLLASKIWTPDTFFHNGKKSIAHNMTTPNKLLRLEDDGTLLYTMRLTISAECPMQLEDF
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE5 PMDGHACPLKFGSYAYPKSEIIYTWKKGPLYSVEVPEESSSLLQYDLIGQTVSSETIKSN
:::.:::::::::::::.::..:.: .: :: : :..: : :: :.::::..:.:...
CCDS45 PMDAHACPLKFGSYAYPNSEVVYVWTNGSTKSVVVAEDGSRLNQYHLMGQTVGTENISTS
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KE5 TGEYVIMTVYFHLQRKMGYFMIQIYTPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTM
::::.:::..:::.::.:::.:: : ::::::::::::::.:.::::::::::.::::::
CCDS45 TGEYTIMTAHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTM
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330
pF1KE5 TTLSISARHSLPKVSYATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTN----LQTQKAKRKA
::::::::.:::::.::::::::::::.:::::::::::.:::::. . .:: . :
CCDS45 TTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKKALEAA
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KE5 QFAAPPTVTISKATEPLEAEIVLHPDSKYHLKKRITSLSLPIVSSSEANKVLTRAPILQS
.. : ..:.:. . . . :: . : . . : .:. .. .. : ..
CCDS45 KIKKKREVILNKSTNAFTTGKMSHPPN-------IPKEQTPAGTSNTTS--VSVKPSEEK
370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KE5 TPVTPPPLSPAFGGTSKIDQYSRILFPVAFAGFNLVYWVVYLSKDTMEVSSSVE
: . . .... ::::..:::.::: :. ::::::..::...
CCDS45 TSES----KKTYNSISKIDKMSRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVIKGAASPK
420 430 440 450 460
>>CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 (451 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KE5 MASSLPWLCIILWLENALGKLEVEGNFYSENVS---RILDNLLEGYDNRLRPG
..: : ... . ..:.. :::: ::.:::::::::
CCDS34 MKTKLNIYNMQFLLFVFLVWDPARLVLANIQEDEAKNNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPG
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 FGGAVTEVKTDIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWTDERLKFGGPTEILSLNNLMVSK
.: ..::: :.:::::::::::..::::.:::::: : :::::: :: .:: :::::.::
CCDS34 LGDSITEVFTNIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQKWKDERLKFKGPMNILRLNNLMASK
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 IWTPDTFFRNGKKSIAHNMTTPNKLFRIMQNGTILYTMRLTINADCPMRLVNFPMDGHAC
::::::::.:::::.::::: ::::.::...::.:::::::..:.:::.: .::::.:.:
CCDS34 IWTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRIQDDGTLLYTMRLTVQAECPMHLEDFPMDAHSC
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 PLKFGSYAYPKSEIIYTWKKGPLYSVEVPEESSSLLQYDLIGQTVSSETIKSNTGEYVIM
::::::::: ::. : : . ::.: ..: : ::::.::....:::::.::::..:
CCDS34 PLKFGSYAYTTSEVTYIWTYNASDSVQVAPDGSRLNQYDLLGQSIGKETIKSSTGEYTVM
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 TVYFHLQRKMGYFMIQIYTPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMTTLSISA
:..:::.::.:::.:: : ::::::::::::::.:.::::::::::.:::::::::::::
CCDS34 TAHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISA
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 RHSLPKVSYATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNLQTQKAKRKAQFAAPPTVTIS
:.:::::.::::::::::::.:::::::::::.::::: :: . . .:. .
CCDS34 RNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFT-------KRGWAWDGKSVVNDK
310 320 330 340 350
360 370 380 390 400
pF1KE5 KATEPLEAEIVLHPDS-KYHLKKRITSLSLPIVSSSEANKVLTRAPILQSTPVTPPPLSP
: . : .... .. . . .:: : :. .... : : .. : .
CCDS34 KKEK---ASVMIQNNAYAVAVANYAPNLSKDPVLSTISKSATTPEPN-KKPENKPAEAKK
360 370 380 390 400
410 420 430 440 450
pF1KE5 AFGGTSKIDQYSRILFPVAFAGFNLVYWVVYLSKDTMEVSSSVE
.:...::::..:::.::: :. ::::::..::...
CCDS34 TFNSVSKIDRMSRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVLGVSP
410 420 430 440 450
>>CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 (511 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KE5 MASSLPWLCIILWLENALGKLEVEGNFYSENVS---RILDNLLEGYDNRLRPG
..: : ... . ..:.. :::: ::.:::::::::
CCDS82 MKTKLNIYNMQFLLFVFLVWDPARLVLANIQEDEAKNNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPG
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 FGGAVTEVKTDIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWTDERLKFGGPTEILSLNNLMVSK
.: ..::: :.:::::::::::..::::.:::::: : :::::: :: .:: :::::.::
CCDS82 LGDSITEVFTNIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQKWKDERLKFKGPMNILRLNNLMASK
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 IWTPDTFFRNGKKSIAHNMTTPNKLFRIMQNGTILYTMRLTINADCPMRLVNFPMDGHAC
::::::::.:::::.::::: ::::.::...::.:::::::..:.:::.: .::::.:.:
CCDS82 IWTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRIQDDGTLLYTMRLTVQAECPMHLEDFPMDAHSC
130 140 150 160 170 180
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pF1KE5 PLKFGSYAYPKSEIIYTWKKGPLYSVEVPEESSSLLQYDLIGQTVSSETIKSNTGEYVIM
::::::::: ::. : : . ::.: ..: : ::::.::....:::::.::::..:
CCDS82 PLKFGSYAYTTSEVTYIWTYNASDSVQVAPDGSRLNQYDLLGQSIGKETIKSSTGEYTVM
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 TVYFHLQRKMGYFMIQIYTPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMTTLSISA
:..:::.::.:::.:: : ::::::::::::::.:.::::::::::.:::::::::::::
CCDS82 TAHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISA
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 RHSLPKVSYATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNLQTQKAKRKAQFAAPPTVTIS
:.:::::.::::::::::::.:::::::::::.:::::. ... :..
CCDS82 RNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKSVVNDKSPSIKAE
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390
pF1KE5 KATEPLEA-EIVLHPD----SKY---------------HLKKRITSLSLPIVSSSEANKV
: .. . .:. ::: .:.: . :.. :..: .:
CCDS82 GITLTYNSVKAILQGAKLIWSKYIAFSWPSLFQEKTLEYLEKWMDCLTFKQSSKKEKASV
370 380 390 400 410 420
400 410 420
pF1KE5 LTR-----------APILQSTPV---------TPPPLS-----PA-----FGGTSKIDQY
. . :: :.. :: :: : . :: :...::::..
CCDS82 MIQNNAYAVAVANYAPNLSKDPVLSTISKSATTPEPNKKPENKPAEAKKTFNSVSKIDRM
430 440 450 460 470 480
430 440 450
pF1KE5 SRILFPVAFAGFNLVYWVVYLSKDTMEVSSSVE
:::.::: :. ::::
CCDS82 SRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVLGVSP
490 500 510
>>CCDS4359.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 (475 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MASSLPWLCIILWLENALGKLEVEGNFYSENVSRILDNLLEGYDNRLRPGFGGAVTEVKT
.:. ::.::::::::.::: .: : ..:
CCDS43 PGFTSQKSDDDYEDYASNKTWVLTPKVPEGDVTVILNNLLEGYDNKLRPDIGVKPTLIHT
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70 80 90 100 110 120
pF1KE5 DIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWTDERLKFGGPTEILSLNNLMVSKIWTPDTFFRN
:.::.:.:::. ..::::.:.:: ::: :.::::.. ..: ::. ::.::: :::::::
CCDS43 DMYVNSIGPVNAINMEYTIDIFFAQTWYDRRLKFNSTIKVLRLNSNMVGKIWIPDTFFRN
100 110 120 130 140 150
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 GKKSIAHNMTTPNKLFRIMQNGTILYTMRLTINADCPMRLVNFPMDGHACPLKFGSYAYP
.::. :: .::::...:: ..: .:::.::::.:.: ..: ::::: :.:::.:.::.::
CCDS43 SKKADAHWITTPNRMLRIWNDGRVLYTLRLTIDAECQLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYP
160 170 180 190 200 210
190 200 210 220 230
pF1KE5 KSEIIYTWKKGPLYSVEVPEESS-SLLQYDLIGQTVSSETIKSNTGEYVIMTVYFHLQRK
. ::.: ::.. :::: . : : :....: ..:..:...:.::.:.::: :.:.
CCDS43 REEIVYQWKRS---SVEVGDTRSWRLYQFSFVGLRNTTEVVKTTSGDYVVMSVYFDLSRR
220 230 240 250 260 270
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 MGYFMIQIYTPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMTTLSISARHSLPKVSY
:::: :: : :: . :.:: :::::::..::::: .:::::::::::: ::.:::::::
CCDS43 MGYFTIQTYIPCTLIVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSY
280 290 300 310 320 330
300 310 320 330 340
pF1KE5 ATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYF-TNLQTQKAKRKAQ---------FAAPPTVTI
.:::: :..::: ::::::.:.....:: .: . .: : : . : :: :. :
CCDS43 VTAMDLFVSVCFIFVFSALVEYGTLHYFVSNRKPSKDKDKKKKNPLLRMFSFKAP-TIDI
340 350 360 370 380 390
350 360 370 380 390 400
pF1KE5 SKATEPLEAEIVLHPDSKYHLKKRITSLSLPIVSSSEANKVLTRAPILQSTPVTPPPLSP
.: : : . .. ::..: . ..... . . ... . .
CCDS43 ----RPRSATIQM--NNATHLQERDEEYGYECLDGKDCASFFC---CFEDCRTGAWRHGR
400 410 420 430 440
410 420 430 440 450
pF1KE5 AFGGTSKIDQYSRILFPVAFAGFNLVYWVVYLSKDTMEVSSSVE
.:.:.:.::.::.:: ::::::: ::
CCDS43 IHIRIAKMDSYARIFFPTAFCLFNLVYWVSYLYL
450 460 470
>>CCDS4358.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 (467 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MASSLPWLCIILWLENALGKLEVEGNFYSENVSRILDNLLEGYDNRLRPGFGGAVTEVKT
.:. ::.::::::::.::: .: : ..:
CCDS43 PGFTSQKSDDDYEDYASNKTWVLTPKVPEGDVTVILNNLLEGYDNKLRPDIGVKPTLIHT
40 50 60 70 80 90
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 DIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWTDERLKFGGPTEILSLNNLMVSKIWTPDTFFRN
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CCDS43 DMYVNSIGPVNAINMEYTIDIFFAQTWYDRRLKFNSTIKVLRLNSNMVGKIWIPDTFFRN
100 110 120 130 140 150
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 GKKSIAHNMTTPNKLFRIMQNGTILYTMRLTINADCPMRLVNFPMDGHACPLKFGSYAYP
.::. :: .::::...:: ..: .:::.::::.:.: ..: ::::: :.:::.:.::.::
CCDS43 SKKADAHWITTPNRMLRIWNDGRVLYTLRLTIDAECQLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYP
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190 200 210 220 230
pF1KE5 KSEIIYTWKKGPLYSVEVPEESS-SLLQYDLIGQTVSSETIKSNTGEYVIMTVYFHLQRK
. ::.: ::.. :::: . : : :....: ..:..:...:.::.:.::: :.:.
CCDS43 REEIVYQWKRS---SVEVGDTRSWRLYQFSFVGLRNTTEVVKTTSGDYVVMSVYFDLSRR
220 230 240 250 260 270
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 MGYFMIQIYTPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMTTLSISARHSLPKVSY
:::: :: : :: . :.:: :::::::..::::: .:::::::::::: ::.:::::::
CCDS43 MGYFTIQTYIPCTLIVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSY
280 290 300 310 320 330
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 ATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYF-TNLQTQKAKRKAQFAAPPTVTISKATEPLEA
.:::: :..::: ::::::.:.....:: .: . .: : : . ::. : .: :
CCDS43 VTAMDLFVSVCFIFVFSALVEYGTLHYFVSNRKPSKDKDKKKKNPAPTIDI----RPRSA
340 350 360 370 380
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 EIVLHPDSKYHLKKRITSLSLPIVSSSEANKVLTRAPILQSTPVTPPPLSPAFGGTSKID
: . .. ::..: . ..... . . ... . . .:.:
CCDS43 TIQM--NNATHLQERDEEYGYECLDGKDCASFFC---CFEDCRTGAWRHGRIHIRIAKMD
390 400 410 420 430 440
420 430 440 450
pF1KE5 QYSRILFPVAFAGFNLVYWVVYLSKDTMEVSSSVE
.:.::.::.:: ::::::: ::
CCDS43 SYARIFFPTAFCLFNLVYWVSYLYL
450 460
>>CCDS3470.1 GABRG1 gene_id:2565|Hs108|chr4 (465 aa)
initn: 1299 init1: 684 opt: 1219 Z-score: 1405.1 bits: 269.3 E(32554): 6.1e-72
Smith-Waterman score: 1282; 50.0% identity (73.7% similar) in 418 aa overlap (31-441:63-463)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MASSLPWLCIILWLENALGKLEVEGNFYSENVSRILDNLLEGYDNRLRPGFGGAVTEVKT
....::..::.::::.::: .: : ..:
CCDS34 GNCVDKADDEDDEDLTVNKTWVLAPKIHEGDITQILNSLLQGYDNKLRPDIGVRPTVIET
40 50 60 70 80 90
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 DIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWTDERLKFGGPTEILSLNNLMVSKIWTPDTFFRN
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CCDS34 DVYVNSIGPVDPINMEYTIDIIFAQTWFDSRLKFNSTMKVLMLNSNMVGKIWIPDTFFRN
100 110 120 130 140 150
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 GKKSIAHNMTTPNKLFRIMQNGTILYTMRLTINADCPMRLVNFPMDGHACPLKFGSYAYP
..:: :: .::::.:.:: ..: .:::.::::::.: ..: ::::: :.:::.:.::.::
CCDS34 SRKSDAHWITTPNRLLRIWNDGRVLYTLRLTINAECYLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYP
160 170 180 190 200 210
190 200 210 220 230
pF1KE5 KSEIIYTWKKGPLYSVEVPEESS-SLLQYDLIGQTVSSETIKSNTGEYVIMTVYFHLQRK
:.:: : ::: : :::: . . : :. ..: :.: .. .:.:::::..: :.:.
CCDS34 KNEIEYKWKK-P--SVEVADPKYWRLYQFAFVGLRNSTEITHTISGDYVIMTIFFDLSRR
220 230 240 250 260
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 MGYFMIQIYTPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMTTLSISARHSLPKVSY
:::: :: : :::.::.:: :::::::..::::: .:::::::::::: ::.:::::::
CCDS34 MGYFTIQTYIPCILTVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSY
270 280 290 300 310 320
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 ATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNLQTQK-AKRKAQFAAPPTVTISKATEPLEA
.:::: :..::: :::.::.:.....:::. : : : . .. ..: .
CCDS34 VTAMDLFVSVCFIFVFAALMEYGTLHYFTSNQKGKTATKDRKLKNKASMTPG--------
330 340 350 360 370 380
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 EIVLHPDSKYHLKKRITSLSLPIVSSS-----EANKVLTRAPILQSTPVTPPPLSPAFGG
::: : ....:.: .. :.. . ... . .
CCDS34 ---LHPGSTL---IPMNNISVPQEDDYGYQCLEGKDCASFFCCFEDCRTGSWREGRIHIR
390 400 410 420 430
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pF1KE5 TSKIDQYSRILFPVAFAGFNLVYWVVYLSKDTMEVSSSVE
.:::.::::.::.::: ::::::: ::
CCDS34 IAKIDSYSRIFFPTAFALFNLVYWVGYLYL
440 450 460
453 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Tue Nov 8 01:57:14 2016 done: Tue Nov 8 01:57:15 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]