Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE5538
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5538, 365 aa
1>>>pF1KE5538 365 - 365 aa - 365 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7181+/-0.00103; mu= 14.2084+/- 0.062
mean_var=64.7995+/-13.246, 0's: 0 Z-trim(103.9): 65 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.159327
statistics sampled from 7569 (7636) to 7569 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.612), E-opt: 0.2 (0.235), width: 16
Scan time: 2.090
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS14703.1 GABRE gene_id:2564|Hs108|chrX ( 506) 2392 558.8 3.7e-159
CCDS45195.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 ( 467) 1234 292.6 4.6e-79
CCDS4358.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 467) 1226 290.8 1.6e-78
CCDS4359.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 475) 1226 290.8 1.7e-78
CCDS3470.1 GABRG1 gene_id:2565|Hs108|chr4 ( 465) 1215 288.2 9.4e-78
CCDS4356.1 GABRA6 gene_id:2559|Hs108|chr5 ( 453) 1029 245.5 6.8e-65
CCDS3473.1 GABRA4 gene_id:2557|Hs108|chr4 ( 554) 1022 243.9 2.5e-64
CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5 ( 456) 982 234.7 1.2e-61
CCDS14706.1 GABRA3 gene_id:2556|Hs108|chrX ( 492) 982 234.7 1.3e-61
CCDS45194.1 GABRA5 gene_id:2558|Hs108|chr15 ( 462) 979 234.0 2e-61
CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 451) 963 230.3 2.5e-60
CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 511) 963 230.3 2.8e-60
CCDS3474.1 GABRB1 gene_id:2560|Hs108|chr4 ( 474) 797 192.2 8e-49
CCDS36.1 GABRD gene_id:2563|Hs108|chr1 ( 452) 792 191.0 1.7e-48
CCDS59251.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 ( 253) 785 189.3 3.1e-48
CCDS4354.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 474) 785 189.4 5.4e-48
CCDS4355.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 512) 785 189.4 5.8e-48
CCDS10018.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 780 188.3 1.2e-47
CCDS43283.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4 ( 449) 771 186.2 4.8e-47
CCDS3822.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4 ( 464) 771 186.2 5e-47
CCDS10019.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 771 186.2 5e-47
CCDS4320.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5 ( 449) 767 185.3 9.1e-47
CCDS14160.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 452) 767 185.3 9.2e-47
CCDS48085.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 452) 767 185.3 9.2e-47
CCDS54942.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5 ( 457) 767 185.3 9.3e-47
CCDS43980.2 GLRA4 gene_id:441509|Hs108|chrX ( 417) 759 183.4 3e-46
CCDS5019.2 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 479) 756 182.7 5.6e-46
CCDS59029.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 462) 740 179.1 6.9e-45
CCDS14707.1 GABRQ gene_id:55879|Hs108|chrX ( 632) 737 178.4 1.5e-44
CCDS5020.3 GABRR2 gene_id:2570|Hs108|chr6 ( 465) 735 177.9 1.5e-44
CCDS59028.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 392) 727 176.0 4.7e-44
CCDS54617.1 GABRR3 gene_id:200959|Hs108|chr3 ( 467) 691 167.8 1.7e-41
CCDS53921.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 402) 682 165.7 6.3e-41
CCDS55371.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 363) 681 165.5 6.7e-41
CCDS4375.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5 ( 440) 680 165.3 9.4e-41
CCDS53920.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 388) 666 162.0 7.8e-40
CCDS47333.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 515) 635 154.9 1.4e-37
CCDS3796.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 497) 627 153.1 4.9e-37
CCDS75368.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5 ( 289) 526 129.8 2.9e-30
CCDS54813.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 303) 497 123.1 3.1e-28
CCDS3250.1 HTR3C gene_id:170572|Hs108|chr3 ( 447) 264 69.6 5.8e-12
CCDS58869.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 441) 261 68.9 9.2e-12
CCDS58870.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 456) 261 68.9 9.5e-12
CCDS58868.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 456) 260 68.7 1.1e-11
CCDS3251.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 471) 260 68.7 1.1e-11
CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 463) 258 68.3 1.6e-11
CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 484) 258 68.3 1.6e-11
>>CCDS14703.1 GABRE gene_id:2564|Hs108|chrX (506 aa)
initn: 2392 init1: 2392 opt: 2392 Z-score: 2970.9 bits: 558.8 E(32554): 3.7e-159
Smith-Waterman score: 2392; 99.2% identity (100.0% similar) in 365 aa overlap (1-365:1-365)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MLSKVLPVFLGILLILQSRVEGPQTESKNEASSRDVVYGPQPQPLENQLLSEETKSTETE
::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MLSKVLPVLLGILLILQSRVEGPQTESKNEASSRDVVYGPQPQPLENQLLSEETKSTETE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 TGSRVGKLPEASRILNTILSNYDHKLRPGIGEKPTVVTVEIAVNSLGPLSILDMEYTIDI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::
CCDS14 TGSRVGKLPEASRILNTILSNYDHKLRPGIGEKPTVVTVEISVNSLGPLSILDMEYTIDI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 IFSQTWYDERLCYNDTFESLVLNGNVVSQLWIPDTFFRNSKRTHEHEITMPNQMVRIYKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 IFSQTWYDERLCYNDTFESLVLNGNVVSQLWIPDTFFRNSKRTHEHEITMPNQMVRIYKD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 GKVLYTIRMTIDAGCSLHMLRFPMDSHSCPLSFSSFSYPENEMIYKWENFKLEINEKNSW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 GKVLYTIRMTIDAGCSLHMLRFPMDSHSCPLSFSSFSYPENEMIYKWENFKLEINEKNSW
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 KLFQFDFTGVSNKTEIITTPVGDFMVMTIFFNVSRRFGYVAFQNYVPSSVTTMLSWVSFW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 KLFQFDFTGVSNKTEIITTPVGDFMVMTIFFNVSRRFGYVAFQNYVPSSVTTMLSWVSFW
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 IKTESAPARTSLGITSVLTMTTLGTFSRKNFPRVSYITALDFYIAICFVFCFCALLEFAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 IKTESAPARTSLGITSVLTMTTLGTFSRKNFPRVSYITALDFYIAICFVFCFCALLEFAV
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 LNFLM
::::.
CCDS14 LNFLIYNQTKAHASPKLRHPRINSRAHARTRARSRACARQHQEAFVCQIVTTEGSDGEER
370 380 390 400 410 420
>>CCDS45195.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 (467 aa)
initn: 1232 init1: 1232 opt: 1234 Z-score: 1532.9 bits: 292.6 E(32554): 4.6e-79
Smith-Waterman score: 1234; 54.8% identity (86.2% similar) in 312 aa overlap (52-363:28-339)
30 40 50 60 70 80
pF1KE5 GPQTESKNEASSRDVVYGPQPQPLENQLLSEETKSTETETGSRVGKLPEASRILNTILSN
:...:.. . . .. ... ::: .: .
CCDS45 MAPKLLLLLCLFSGLHARSRKVEEDEYEDSSSNQKWVLAPKSQDTDVTLILNKLLRE
10 20 30 40 50
90 100 110 120 130 140
pF1KE5 YDHKLRPGIGEKPTVVTVEIAVNSLGPLSILDMEYTIDIIFSQTWYDERLCYNDTFESLV
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CCDS45 YDKKLRPDIGIKPTVIDVDIYVNSIGPVSSINMEYQIDIFFAQTWTDSRLRFNSTMKILT
60 70 80 90 100 110
150 160 170 180 190 200
pF1KE5 LNGNVVSQLWIPDTFFRNSKRTHEHEITMPNQMVRIYKDGKVLYTIRMTIDAGCSLHMLR
::.:.:. .:::::.::::: .. : :: :::..::..:::.:::.:.::.: :.:..
CCDS45 LNSNMVGLIWIPDTIFRNSKTAEAHWITTPNQLLRIWNDGKILYTLRLTINAECQLQLHN
120 130 140 150 160 170
210 220 230 240 250 260
pF1KE5 FPMDSHSCPLSFSSFSYPENEMIYKWENFKLEINEKNSWKLFQFDFTGVSNKTEIITTPV
:::: ::::: :::..::..::::.:.. ..: ...::.:.:::: :. : :::.:: .
CCDS45 FPMDEHSCPLIFSSYGYPKEEMIYRWRKNSVEAADQKSWRLYQFDFMGLRNTTEIVTTSA
180 190 200 210 220 230
270 280 290 300 310 320
pF1KE5 GDFMVMTIFFNVSRRFGYVAFQNYVPSSVTTMLSWVSFWIKTESAPARTSLGITSVLTMT
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CCDS45 GDYVVMTIYFELSRRMGYFTIQTYIPCILTVVLSWVSFWIKKDATPARTALGITTVLTMT
240 250 260 270 280 290
330 340 350 360
pF1KE5 TLGTFSRKNFPRVSYITALDFYIAICFVFCFCALLEFAVLNFLM
::.:..::..:::::.::.:.....::.: : ::.:.:.::.
CCDS45 TLSTIARKSLPRVSYVTAMDLFVTVCFLFVFAALMEYATLNYYSSCRKPTTTKKTTSLLH
300 310 320 330 340 350
CCDS45 PDSSRWIPERISLQAPSNYSLLDMRPPPTAMITLNNSVYWQEFEDTCVYECLDGKDCQSF
360 370 380 390 400 410
>>CCDS4358.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 (467 aa)
initn: 1218 init1: 1218 opt: 1226 Z-score: 1523.0 bits: 290.8 E(32554): 1.6e-78
Smith-Waterman score: 1226; 53.5% identity (88.0% similar) in 301 aa overlap (67-365:60-360)
40 50 60 70 80 90
pF1KE5 VYGPQPQPLENQLLSEETKSTETETGSRVGKLPEA--SRILNTILSNYDHKLRPGIGEKP
:.::. . :::..: .::.:::: :: ::
CCDS43 LLSLYPGFTSQKSDDDYEDYASNKTWVLTPKVPEGDVTVILNNLLEGYDNKLRPDIGVKP
30 40 50 60 70 80
100 110 120 130 140 150
pF1KE5 TVVTVEIAVNSLGPLSILDMEYTIDIIFSQTWYDERLCYNDTFESLVLNGNVVSQLWIPD
:.. ... :::.::.. ..:::::::.:.:::::.:: .:.:.. : ::.:.:...::::
CCDS43 TLIHTDMYVNSIGPVNAINMEYTIDIFFAQTWYDRRLKFNSTIKVLRLNSNMVGKIWIPD
90 100 110 120 130 140
160 170 180 190 200 210
pF1KE5 TFFRNSKRTHEHEITMPNQMVRIYKDGKVLYTIRMTIDAGCSLHMLRFPMDSHSCPLSFS
:::::::.. : :: ::.:.::..::.::::.:.:::: :.:.. :::: ::::: ::
CCDS43 TFFRNSKKADAHWITTPNRMLRIWNDGRVLYTLRLTIDAECQLQLHNFPMDEHSCPLEFS
150 160 170 180 190 200
220 230 240 250 260 270
pF1KE5 SFSYPENEMIYKWENFKLEINEKNSWKLFQFDFTGVSNKTEIITTPVGDFMVMTIFFNVS
:..::..:..:.:. ..:... ::.:.::.:.:. : ::.. : ::..::...:..:
CCDS43 SYGYPREEIVYQWKRSSVEVGDTRSWRLYQFSFVGLRNTTEVVKTTSGDYVVMSVYFDLS
210 220 230 240 250 260
280 290 300 310 320 330
pF1KE5 RRFGYVAFQNYVPSSVTTMLSWVSFWIKTESAPARTSLGITSVLTMTTLGTFSRKNFPRV
::.:: ..:.:.: .. ..::::::::. ...:::::::::.:::::::.:..::..:.:
CCDS43 RRMGYFTIQTYIPCTLIVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKV
270 280 290 300 310 320
340 350 360
pF1KE5 SYITALDFYIAICFVFCFCALLEFAVLNFLM
::.::.:.....::.: : ::.:...:....
CCDS43 SYVTAMDLFVSVCFIFVFSALVEYGTLHYFVSNRKPSKDKDKKKKNPAPTIDIRPRSATI
330 340 350 360 370 380
CCDS43 QMNNATHLQERDEEYGYECLDGKDCASFFCCFEDCRTGAWRHGRIHIRIAKMDSYARIFF
390 400 410 420 430 440
>>CCDS4359.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 (475 aa)
initn: 1218 init1: 1218 opt: 1226 Z-score: 1522.9 bits: 290.8 E(32554): 1.7e-78
Smith-Waterman score: 1226; 53.5% identity (88.0% similar) in 301 aa overlap (67-365:60-360)
40 50 60 70 80 90
pF1KE5 VYGPQPQPLENQLLSEETKSTETETGSRVGKLPEA--SRILNTILSNYDHKLRPGIGEKP
:.::. . :::..: .::.:::: :: ::
CCDS43 LLSLYPGFTSQKSDDDYEDYASNKTWVLTPKVPEGDVTVILNNLLEGYDNKLRPDIGVKP
30 40 50 60 70 80
100 110 120 130 140 150
pF1KE5 TVVTVEIAVNSLGPLSILDMEYTIDIIFSQTWYDERLCYNDTFESLVLNGNVVSQLWIPD
:.. ... :::.::.. ..:::::::.:.:::::.:: .:.:.. : ::.:.:...::::
CCDS43 TLIHTDMYVNSIGPVNAINMEYTIDIFFAQTWYDRRLKFNSTIKVLRLNSNMVGKIWIPD
90 100 110 120 130 140
160 170 180 190 200 210
pF1KE5 TFFRNSKRTHEHEITMPNQMVRIYKDGKVLYTIRMTIDAGCSLHMLRFPMDSHSCPLSFS
:::::::.. : :: ::.:.::..::.::::.:.:::: :.:.. :::: ::::: ::
CCDS43 TFFRNSKKADAHWITTPNRMLRIWNDGRVLYTLRLTIDAECQLQLHNFPMDEHSCPLEFS
150 160 170 180 190 200
220 230 240 250 260 270
pF1KE5 SFSYPENEMIYKWENFKLEINEKNSWKLFQFDFTGVSNKTEIITTPVGDFMVMTIFFNVS
:..::..:..:.:. ..:... ::.:.::.:.:. : ::.. : ::..::...:..:
CCDS43 SYGYPREEIVYQWKRSSVEVGDTRSWRLYQFSFVGLRNTTEVVKTTSGDYVVMSVYFDLS
210 220 230 240 250 260
280 290 300 310 320 330
pF1KE5 RRFGYVAFQNYVPSSVTTMLSWVSFWIKTESAPARTSLGITSVLTMTTLGTFSRKNFPRV
::.:: ..:.:.: .. ..::::::::. ...:::::::::.:::::::.:..::..:.:
CCDS43 RRMGYFTIQTYIPCTLIVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKV
270 280 290 300 310 320
340 350 360
pF1KE5 SYITALDFYIAICFVFCFCALLEFAVLNFLM
::.::.:.....::.: : ::.:...:....
CCDS43 SYVTAMDLFVSVCFIFVFSALVEYGTLHYFVSNRKPSKDKDKKKKNPLLRMFSFKAPTID
330 340 350 360 370 380
CCDS43 IRPRSATIQMNNATHLQERDEEYGYECLDGKDCASFFCCFEDCRTGAWRHGRIHIRIAKM
390 400 410 420 430 440
>>CCDS3470.1 GABRG1 gene_id:2565|Hs108|chr4 (465 aa)
initn: 1234 init1: 1211 opt: 1215 Z-score: 1509.4 bits: 288.2 E(32554): 9.4e-78
Smith-Waterman score: 1215; 54.2% identity (87.8% similar) in 295 aa overlap (70-364:63-357)
40 50 60 70 80 90
pF1KE5 PQPQPLENQLLSEETKSTETETGSRVGKLPEASRILNTILSNYDHKLRPGIGEKPTVVTV
. ..:::..:..::.:::: :: .:::. .
CCDS34 GNCVDKADDEDDEDLTVNKTWVLAPKIHEGDITQILNSLLQGYDNKLRPDIGVRPTVIET
40 50 60 70 80 90
100 110 120 130 140 150
pF1KE5 EIAVNSLGPLSILDMEYTIDIIFSQTWYDERLCYNDTFESLVLNGNVVSQLWIPDTFFRN
.. :::.::.. ..:::::::::.:::.: :: .:.:.. :.::.:.:...:::::::::
CCDS34 DVYVNSIGPVDPINMEYTIDIIFAQTWFDSRLKFNSTMKVLMLNSNMVGKIWIPDTFFRN
100 110 120 130 140 150
160 170 180 190 200 210
pF1KE5 SKRTHEHEITMPNQMVRIYKDGKVLYTIRMTIDAGCSLHMLRFPMDSHSCPLSFSSFSYP
:... : :: ::...::..::.::::.:.::.: : :.. :::: ::::: :::..::
CCDS34 SRKSDAHWITTPNRLLRIWNDGRVLYTLRLTINAECYLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYP
160 170 180 190 200 210
220 230 240 250 260 270
pF1KE5 ENEMIYKWENFKLEINEKNSWKLFQFDFTGVSNKTEIITTPVGDFMVMTIFFNVSRRFGY
.::. :::.. ..:. . . :.:.:: :.:. :.::: : ::...:::::..:::.::
CCDS34 KNEIEYKWKKPSVEVADPKYWRLYQFAFVGLRNSTEITHTISGDYVIMTIFFDLSRRMGY
220 230 240 250 260 270
280 290 300 310 320 330
pF1KE5 VAFQNYVPSSVTTMLSWVSFWIKTESAPARTSLGITSVLTMTTLGTFSRKNFPRVSYITA
..:.:.: .:..::::::::. ...:::::::::.:::::::.:..::..:.:::.::
CCDS34 FTIQTYIPCILTVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVTA
280 290 300 310 320 330
340 350 360
pF1KE5 LDFYIAICFVFCFCALLEFAVLNFLM
.:.....::.: : ::.:...:...
CCDS34 MDLFVSVCFIFVFAALMEYGTLHYFTSNQKGKTATKDRKLKNKASMTPGLHPGSTLIPMN
340 350 360 370 380 390
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CCDS34 KSVSHNMTAPNKLFRIMRNGTILYTMRLTISAECPMRLVDFPMDGHACPLKFGSYAYPKS
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CCDS34 FMIQTYIPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMTTLSISARHSLPKVSYATA
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CCDS34 MDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNIQMEKAKRKTSKPPQEVPAAPVQREKHPEAPLQ
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>>CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5 (456 aa)
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CCDS43 AWILLLSTLTGRSYGQPSLQDELKDNTTVFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGERVTEVKTDI
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CCDS43 FVTSFGPVSDHDMEYTIDVFFRQSWKDERLKFKGPMTVLRLNNLMASKIWTPDTFFHNGK
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CCDS43 KSVAHNMTMPNKLLRITEDGTLLYTMRLTVRAECPMHLEDFPMDAHACPLKFGSYAYTRA
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CCDS43 FVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYATA
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CCDS14 YFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYAT
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CCDS45 NRLRPGLGERITQVRTDIYVTSFGPVSDTEMEYTIDVFFRQSWKDERLRFKGPMQRLPLN
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CCDS45 GEYTIMTAHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMT
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]