Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE5519
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5519, 465 aa
1>>>pF1KE5519 465 - 465 aa - 465 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1135+/-0.00108; mu= 18.8100+/- 0.065
mean_var=66.7046+/-13.353, 0's: 0 Z-trim(102.9): 73 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.157035
statistics sampled from 7084 (7161) to 7084 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.572), E-opt: 0.2 (0.22), width: 16
Scan time: 2.770
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3470.1 GABRG1 gene_id:2565|Hs108|chr4 ( 465) 3145 721.9 3.5e-208
CCDS4358.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 467) 2362 544.5 8.8e-155
CCDS4359.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 475) 2343 540.2 1.8e-153
CCDS45195.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 ( 467) 1741 403.8 2e-112
CCDS45194.1 GABRA5 gene_id:2558|Hs108|chr15 ( 462) 1258 294.4 1.7e-79
CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5 ( 456) 1232 288.5 1e-77
CCDS14703.1 GABRE gene_id:2564|Hs108|chrX ( 506) 1229 287.8 1.7e-77
CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 451) 1225 286.9 3e-77
CCDS3473.1 GABRA4 gene_id:2557|Hs108|chr4 ( 554) 1225 286.9 3.5e-77
CCDS4356.1 GABRA6 gene_id:2559|Hs108|chr5 ( 453) 1219 285.5 7.7e-77
CCDS14706.1 GABRA3 gene_id:2556|Hs108|chrX ( 492) 1182 277.2 2.7e-74
CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 511) 1145 268.8 9.4e-72
CCDS59251.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 ( 253) 1118 262.5 3.7e-70
CCDS47333.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 515) 1017 239.8 5.1e-63
CCDS54942.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5 ( 457) 922 218.2 1.4e-56
CCDS3822.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4 ( 464) 917 217.1 3.1e-56
CCDS4320.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5 ( 449) 909 215.3 1.1e-55
CCDS59029.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 462) 904 214.2 2.4e-55
CCDS5019.2 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 479) 904 214.2 2.4e-55
CCDS4354.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 474) 896 212.4 8.5e-55
CCDS4355.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 512) 896 212.4 9e-55
CCDS14160.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 452) 894 211.9 1.1e-54
CCDS48085.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 452) 892 211.4 1.5e-54
CCDS59028.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 392) 891 211.2 1.6e-54
CCDS10018.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 889 210.8 2.5e-54
CCDS10019.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 889 210.8 2.5e-54
CCDS3474.1 GABRB1 gene_id:2560|Hs108|chr4 ( 474) 884 209.6 5.6e-54
CCDS4375.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5 ( 440) 870 206.4 4.7e-53
CCDS43283.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4 ( 449) 857 203.5 3.7e-52
CCDS36.1 GABRD gene_id:2563|Hs108|chr1 ( 452) 854 202.8 6e-52
CCDS43980.2 GLRA4 gene_id:441509|Hs108|chrX ( 417) 838 199.2 6.9e-51
CCDS54617.1 GABRR3 gene_id:200959|Hs108|chr3 ( 467) 824 196.0 6.8e-50
CCDS55371.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 363) 805 191.7 1.1e-48
CCDS5020.3 GABRR2 gene_id:2570|Hs108|chr6 ( 465) 790 188.3 1.4e-47
CCDS53921.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 402) 772 184.2 2.1e-46
CCDS14707.1 GABRQ gene_id:55879|Hs108|chrX ( 632) 772 184.3 3.1e-46
CCDS53920.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 388) 756 180.6 2.6e-45
CCDS3796.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 497) 701 168.2 1.8e-41
CCDS75368.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5 ( 289) 608 147.0 2.5e-35
CCDS54813.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 303) 549 133.6 2.7e-31
CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 529) 317 81.2 2.8e-15
CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 489) 310 79.6 8e-15
CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 505) 310 79.6 8.2e-15
CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 494) 297 76.7 6.2e-14
CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 ( 498) 295 76.2 8.6e-14
CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 514) 294 76.0 1e-13
CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 463) 293 75.7 1.1e-13
CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 484) 293 75.8 1.1e-13
CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20 ( 627) 287 74.5 3.6e-13
CCDS10027.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 ( 502) 283 73.5 5.7e-13
>>CCDS3470.1 GABRG1 gene_id:2565|Hs108|chr4 (465 aa)
initn: 3145 init1: 3145 opt: 3145 Z-score: 3851.0 bits: 721.9 E(32554): 3.5e-208
Smith-Waterman score: 3145; 99.8% identity (99.8% similar) in 465 aa overlap (1-465:1-465)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MGPLKAFLFSPFLLRSQSRGVRLVFLLLTLHLGNCVDKADDEDDEDLTVNKTWVLAPKIH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MGPLKAFLFSPFLLRSQSRGVRLVFLLLTLHLGNCVDKADDEDDEDLTVNKTWVLAPKIH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 EGDITQILNSLLQGYDNKLRPDIGVRPTVIETDVYVNSIGPVDPINMEYTIDIIFAQTWF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 EGDITQILNSLLQGYDNKLRPDIGVRPTVIETDVYVNSIGPVDPINMEYTIDIIFAQTWF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 DSRLKFNSTMKVLMLNSNMVGKIWIPDTFFRNSRKSDAHWITTPNRLLRIWNDGRVLYTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 DSRLKFNSTMKVLMLNSNMVGKIWIPDTFFRNSRKSDAHWITTPNRLLRIWNDGRVLYTL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 RLTINAECYLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPKNEIEYKWKKPSVEVADPKYWRLYQFAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 RLTINAECYLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPKNEIEYKWKKPSVEVADPKYWRLYQFAF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 VGLRNSTEITHTISGDYVIMTIFFDLSRRMGYFTIQTYIPCILTVVLSWVSFWINKDAVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 VGLRNSTEITHTISGDYVIMTIFFDLSRRMGYFTIQTYIPCILTVVLSWVSFWINKDAVP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 ARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVTAMDLFVSVCFIFVFAALMEYGTLHYFTSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVTAMDLFVSVCFIFVFAALMEYGTLHYFTSN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 QKGKTATKDRKLKNKASMTPGLHPGSTLIPMNNISVPQEDDYEYQCLEGKDCASFFCCFE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::
CCDS34 QKGKTATKDRKLKNKASMTPGLHPGSTLIPMNNISVPQEDDYGYQCLEGKDCASFFCCFE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KE5 DCRTGSWREGRIHIRIAKIDSYSRIFFPTAFALFNLVYWVGYLYL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 DCRTGSWREGRIHIRIAKIDSYSRIFFPTAFALFNLVYWVGYLYL
430 440 450 460
>>CCDS4358.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 (467 aa)
initn: 2271 init1: 2271 opt: 2362 Z-score: 2892.3 bits: 544.5 E(32554): 8.8e-155
Smith-Waterman score: 2362; 77.9% identity (90.5% similar) in 444 aa overlap (24-465:27-467)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MGPLKAFLFSPFLLRSQSRGVRLVFLLLTLHLGNCVDKADDEDDEDLTVNKTWVLAP
..:::.:. : .:.:: : :: . ::::::.:
CCDS43 MSSPNIWSTGSSVYSTPVFSQKMTVWILLLLSLYPGFTSQKSDD-DYEDYASNKTWVLTP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 KIHEGDITQILNSLLQGYDNKLRPDIGVRPTVIETDVYVNSIGPVDPINMEYTIDIIFAQ
:. :::.: :::.::.::::::::::::.::.:.::.::::::::. :::::::::.:::
CCDS43 KVPEGDVTVILNNLLEGYDNKLRPDIGVKPTLIHTDMYVNSIGPVNAINMEYTIDIFFAQ
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 TWFDSRLKFNSTMKVLMLNSNMVGKIWIPDTFFRNSRKSDAHWITTPNRLLRIWNDGRVL
::.: :::::::.::: :::::::::::::::::::.:.::::::::::.::::::::::
CCDS43 TWYDRRLKFNSTIKVLRLNSNMVGKIWIPDTFFRNSKKADAHWITTPNRMLRIWNDGRVL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 YTLRLTINAECYLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPKNEIEYKWKKPSVEVADPKYWRLYQ
:::::::.::: :::::::::::::::::::::::..:: :.::. ::::.: . :::::
CCDS43 YTLRLTIDAECQLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPREEIVYQWKRSSVEVGDTRSWRLYQ
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 FAFVGLRNSTEITHTISGDYVIMTIFFDLSRRMGYFTIQTYIPCILTVVLSWVSFWINKD
:.::::::.::...: :::::.:...:::::::::::::::::: : :::::::::::::
CCDS43 FSFVGLRNTTEVVKTTSGDYVVMSVYFDLSRRMGYFTIQTYIPCTLIVVLSWVSFWINKD
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 AVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVTAMDLFVSVCFIFVFAALMEYGTLHYF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::.::::::::
CCDS43 AVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVTAMDLFVSVCFIFVFSALVEYGTLHYF
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 TSNQKGKTATKDRKLKNKASMTPGLHPGSTLIPMNNISVPQEDD--YEYQCLEGKDCASF
.::.: . ::.: :: : : ..: :. : ::: . :: : : :.::.:::::::
CCDS43 VSNRK-PSKDKDKKKKNPAP-TIDIRPRSATIQMNNATHLQERDEEYGYECLDGKDCASF
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460
pF1KE5 FCCFEDCRTGSWREGRIHIRIAKIDSYSRIFFPTAFALFNLVYWVGYLYL
::::::::::.::.:::::::::.:::.:::::::: ::::::::.::::
CCDS43 FCCFEDCRTGAWRHGRIHIRIAKMDSYARIFFPTAFCLFNLVYWVSYLYL
420 430 440 450 460
>>CCDS4359.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 (475 aa)
initn: 2284 init1: 1870 opt: 2343 Z-score: 2868.9 bits: 540.2 E(32554): 1.8e-153
Smith-Waterman score: 2343; 76.8% identity (89.2% similar) in 452 aa overlap (24-465:27-475)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MGPLKAFLFSPFLLRSQSRGVRLVFLLLTLHLGNCVDKADDEDDEDLTVNKTWVLAP
..:::.:. : .:.:: : :: . ::::::.:
CCDS43 MSSPNIWSTGSSVYSTPVFSQKMTVWILLLLSLYPGFTSQKSDD-DYEDYASNKTWVLTP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 KIHEGDITQILNSLLQGYDNKLRPDIGVRPTVIETDVYVNSIGPVDPINMEYTIDIIFAQ
:. :::.: :::.::.::::::::::::.::.:.::.::::::::. :::::::::.:::
CCDS43 KVPEGDVTVILNNLLEGYDNKLRPDIGVKPTLIHTDMYVNSIGPVNAINMEYTIDIFFAQ
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 TWFDSRLKFNSTMKVLMLNSNMVGKIWIPDTFFRNSRKSDAHWITTPNRLLRIWNDGRVL
::.: :::::::.::: :::::::::::::::::::.:.::::::::::.::::::::::
CCDS43 TWYDRRLKFNSTIKVLRLNSNMVGKIWIPDTFFRNSKKADAHWITTPNRMLRIWNDGRVL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 YTLRLTINAECYLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPKNEIEYKWKKPSVEVADPKYWRLYQ
:::::::.::: :::::::::::::::::::::::..:: :.::. ::::.: . :::::
CCDS43 YTLRLTIDAECQLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPREEIVYQWKRSSVEVGDTRSWRLYQ
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 FAFVGLRNSTEITHTISGDYVIMTIFFDLSRRMGYFTIQTYIPCILTVVLSWVSFWINKD
:.::::::.::...: :::::.:...:::::::::::::::::: : :::::::::::::
CCDS43 FSFVGLRNTTEVVKTTSGDYVVMSVYFDLSRRMGYFTIQTYIPCTLIVVLSWVSFWINKD
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 AVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVTAMDLFVSVCFIFVFAALMEYGTLHYF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::.::::::::
CCDS43 AVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVTAMDLFVSVCFIFVFSALVEYGTLHYF
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400
pF1KE5 TSNQKGKTATKDRKLKN--------KASMTPGLHPGSTLIPMNNISVPQEDD--YEYQCL
.::.: . ::.: :: :: : ..: :. : ::: . :: : : :.::
CCDS43 VSNRK-PSKDKDKKKKNPLLRMFSFKAP-TIDIRPRSATIQMNNATHLQERDEEYGYECL
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KE5 EGKDCASFFCCFEDCRTGSWREGRIHIRIAKIDSYSRIFFPTAFALFNLVYWVGYLYL
.:::::::::::::::::.::.:::::::::.:::.:::::::: ::::::::.::::
CCDS43 DGKDCASFFCCFEDCRTGAWRHGRIHIRIAKMDSYARIFFPTAFCLFNLVYWVSYLYL
420 430 440 450 460 470
>>CCDS45195.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 (467 aa)
initn: 2103 init1: 1727 opt: 1741 Z-score: 2132.0 bits: 403.8 E(32554): 2e-112
Smith-Waterman score: 2104; 67.8% identity (84.7% similar) in 463 aa overlap (24-465:5-467)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MGPLKAFLFSPFLLRSQSRGVRLVFLLLTLHLG-NCVDKADDEDD-EDLTVNKTWVLAPK
..::: : : . .. .::. :: . :. ::::::
CCDS45 MAPKLLLLLCLFSGLHARSRKVEEDEYEDSSSNQKWVLAPK
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 IHEGDITQILNSLLQGYDNKLRPDIGVRPTVIETDVYVNSIGPVDPINMEYTIDIIFAQT
.. :.: :::.::. ::.:::::::..::::..:.::::::::. ::::: :::.::::
CCDS45 SQDTDVTLILNKLLREYDKKLRPDIGIKPTVIDVDIYVNSIGPVSSINMEYQIDIFFAQT
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 WFDSRLKFNSTMKVLMLNSNMVGKIWIPDTFFRNSRKSDAHWITTPNRLLRIWNDGRVLY
: ::::.::::::.: ::::::: ::::::.::::. ..::::::::.::::::::..::
CCDS45 WTDSRLRFNSTMKILTLNSNMVGLIWIPDTIFRNSKTAEAHWITTPNQLLRIWNDGKILY
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 TLRLTINAECYLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPKNEIEYKWKKPSVEVADPKYWRLYQF
:::::::::: ::::::::::::::: ::::::::.:. :.:.: :::.:: : ::::::
CCDS45 TLRLTINAECQLQLHNFPMDEHSCPLIFSSYGYPKEEMIYRWRKNSVEAADQKSWRLYQF
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 AFVGLRNSTEITHTISGDYVIMTIFFDLSRRMGYFTIQTYIPCILTVVLSWVSFWINKDA
:.::::.:::. : .::::.:::.:.:::::::::::::::::::::::::::::.:::
CCDS45 DFMGLRNTTEIVTTSAGDYVVMTIYFELSRRMGYFTIQTYIPCILTVVLSWVSFWIKKDA
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 VPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVTAMDLFVSVCFIFVFAALMEYGTLHYFT
.::::.:::::::::::::::::::::.:::::::::::.:::.:::::::::.::.:..
CCDS45 TPARTALGITTVLTMTTLSTIARKSLPRVSYVTAMDLFVTVCFLFVFAALMEYATLNYYS
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390
pF1KE5 SNQKGKTATK---------DRKLKNKASM-TPGLH-------PGSTLIPMNNISVPQE--
: .: :. : .: . .. :. .:. . : ...: .:: ::
CCDS45 SCRKPTTTKKTTSLLHPDSSRWIPERISLQAPSNYSLLDMRPPPTAMITLNNSVYWQEFE
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440 450
pF1KE5 DDYEYQCLEGKDCASFFCCFEDCRTGSWREGRIHIRIAKIDSYSRIFFPTAFALFNLVYW
: :.::.:::: :::::.:.:..::::.::::: : ..:::::.::::.: :::::::
CCDS45 DTCVYECLDGKDCQSFFCCYEECKSGSWRKGRIHIDILELDSYSRVFFPTSFLLFNLVYW
410 420 430 440 450 460
460
pF1KE5 VGYLYL
::::::
CCDS45 VGYLYL
>>CCDS45194.1 GABRA5 gene_id:2558|Hs108|chr15 (462 aa)
initn: 1260 init1: 650 opt: 1258 Z-score: 1540.7 bits: 294.4 E(32554): 1.7e-79
Smith-Waterman score: 1258; 49.1% identity (75.6% similar) in 405 aa overlap (65-463:50-449)
40 50 60 70 80 90
pF1KE5 CVDKADDEDDEDLTVNKTWVLAPKIHEGDITQILNSLLQGYDNKLRPDIGVRPTVIETDV
:.::..::.::::.::: .: : : ..::.
CCDS45 ISMNLSSHFGFSQMPTSSVKDETNDNITIFTRILDGLLDGYDNRLRPGLGERITQVRTDI
20 30 40 50 60 70
100 110 120 130 140 150
pF1KE5 YVNSIGPVDPINMEYTIDIIFAQTWFDSRLKFNSTMKVLMLNSNMVGKIWIPDTFFRNSR
::.:.:::. .::::::..: :.: : ::.:.. :. : ::. ...::: :::::.:..
CCDS45 YVTSFGPVSDTEMEYTIDVFFRQSWKDERLRFKGPMQRLPLNNLLASKIWTPDTFFHNGK
80 90 100 110 120 130
160 170 180 190 200 210
pF1KE5 KSDAHWITTPNRLLRIWNDGRVLYTLRLTINAECYLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPKN
:: :: .::::.:::. .:: .:::.::::.::: .::..:::: :.:::.:.::.::..
CCDS45 KSIAHNMTTPNKLLRLEDDGTLLYTMRLTISAECPMQLEDFPMDAHACPLKFGSYAYPNS
140 150 160 170 180 190
220 230 240 250 260 270
pF1KE5 EIEYKWKK---PSVEVADPKYWRLYQFAFVGLRNSTEITHTISGDYVIMTIFFDLSRRMG
:. : : . :: ::. :: :. ..: .:: : .:.:.::: : :.:..:
CCDS45 EVVYVWTNGSTKSVVVAEDGS-RLNQYHLMGQTVGTENISTSTGEYTIMTAHFHLKRKIG
200 210 220 230 240 250
280 290 300 310 320 330
pF1KE5 YFTIQTYIPCILTVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVT
::.::::.:::.::.:: ::::.:...::::: .:.:::::::::: ::.:::::.:.:
CCDS45 YFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYAT
260 270 280 290 300 310
340 350 360 370 380
pF1KE5 AMDLFVSVCFIFVFAALMEYGTLHYFTSN---QKGKTATKDRKLKNKASMTPGLHPGSTL
::: :..::. :::.::.:..:..:::. :: : . :.:.: . :. ...
CCDS45 AMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKKALEAAKIKKKREVI--LNKSTNA
320 330 340 350 360 370
390 400 410 420 430 440
pF1KE5 IPMNNISVPQEDDYEYQCLEGKDCASFFCCFEDCRTGSWREGRIHIRIAKIDSYSRIFFP
. ...: : . : .. .: . .:. . . . :.:::..::: ::
CCDS45 FTTGKMSHPPNIPKEQTPAGTSNTTSVSVKPSEEKTSESK--KTYNSISKIDKMSRIVFP
380 390 400 410 420 430
450 460
pF1KE5 TAFALFNLVYWVGYLYL
. :. ::::::. ::
CCDS45 VLFGTFNLVYWATYLNREPVIKGAASPK
440 450 460
>>CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5 (456 aa)
initn: 1224 init1: 643 opt: 1232 Z-score: 1508.9 bits: 288.5 E(32554): 1e-77
Smith-Waterman score: 1232; 47.9% identity (73.6% similar) in 405 aa overlap (65-463:43-443)
40 50 60 70 80 90
pF1KE5 CVDKADDEDDEDLTVNKTWVLAPKIHEGDITQILNSLLQGYDNKLRPDIGVRPTVIETDV
:.::. ::.::::.::: .: : : ..::.
CCDS43 AWILLLSTLTGRSYGQPSLQDELKDNTTVFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGERVTEVKTDI
20 30 40 50 60 70
100 110 120 130 140 150
pF1KE5 YVNSIGPVDPINMEYTIDIIFAQTWFDSRLKFNSTMKVLMLNSNMVGKIWIPDTFFRNSR
.:.:.:::. .::::::..: :.: : ::::.. : :: ::. :..::: :::::.:..
CCDS43 FVTSFGPVSDHDMEYTIDVFFRQSWKDERLKFKGPMTVLRLNNLMASKIWTPDTFFHNGK
80 90 100 110 120 130
160 170 180 190 200 210
pF1KE5 KSDAHWITTPNRLLRIWNDGRVLYTLRLTINAECYLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPKN
:: :: .: ::.:::: .:: .:::.:::. ::: ..:..:::: :.:::.:.::.: .
CCDS43 KSVAHNMTMPNKLLRITEDGTLLYTMRLTVRAECPMHLEDFPMDAHACPLKFGSYAYTRA
140 150 160 170 180 190
220 230 240 250 260 270
pF1KE5 EIEYKW-KKP--SVEVADPKYWRLYQFAFVGLRNSTEITHTISGDYVIMTIFFDLSRRMG
:. :.: ..: :: ::. :: :. ..: .. :... .:.::.:: : :.:..:
CCDS43 EVVYEWTREPARSVVVAEDGS-RLNQYDLLGQTVDSGIVQSSTGEYVVMTTHFHLKRKIG
200 210 220 230 240 250
280 290 300 310 320 330
pF1KE5 YFTIQTYIPCILTVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVT
::.::::.:::.::.:: ::::.:...::::: .:.:::::::::: ::.:::::.:.:
CCDS43 YFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYAT
260 270 280 290 300 310
340 350 360 370 380
pF1KE5 AMDLFVSVCFIFVFAALMEYGTLHYFTSN---QKGKTATKDRKLKNKASMTPGLHPGSTL
::: :..::. :::.::.:..:..:::. ::... .. : : : .. ..:
CCDS43 AMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGYAWDGKSVVPEKPKKVK---DPLIKKNNTY
320 330 340 350 360
390 400 410 420 430 440
pF1KE5 IPMNNISVPQEDDYEYQCLEGKDCASFFCCFEDCRTGSWREGRIHIRIAKIDSYSRIFFP
: . .:. . :.. .: . . ..::: ::: ::
CCDS43 APTATSYTPNLARGDPGLATIAKSATIEPKEVKPETKPPEPKKTFNSVSKIDRLSRIAFP
370 380 390 400 410 420
450 460
pF1KE5 TAFALFNLVYWVGYLYL
:..::::::. ::
CCDS43 LLFGIFNLVYWATYLNREPQLKAPTPHQ
430 440 450
>>CCDS14703.1 GABRE gene_id:2564|Hs108|chrX (506 aa)
initn: 1392 init1: 1227 opt: 1229 Z-score: 1504.6 bits: 287.8 E(32554): 1.7e-77
Smith-Waterman score: 1335; 45.1% identity (76.2% similar) in 432 aa overlap (63-460:70-501)
40 50 60 70 80 90
pF1KE5 GNCVDKADDEDDEDLTVNKTWVLAPKIHEGDITQILNSLLQGYDNKLRPDIGVRPTVIET
. ..:::..:..::.:::: :: .:::. .
CCDS14 PQPQPLENQLLSEETKSTETETGSRVGKLPEASRILNTILSNYDHKLRPGIGEKPTVVTV
40 50 60 70 80 90
100 110 120 130 140 150
pF1KE5 DVYVNSIGPVDPINMEYTIDIIFAQTWFDSRLKFNSTMKVLMLNSNMVGKIWIPDTFFRN
.. :::.::.. ..:::::::::.:::.: :: .:.:.. :.::.:.:...:::::::::
CCDS14 EISVNSLGPLSILDMEYTIDIIFSQTWYDERLCYNDTFESLVLNGNVVSQLWIPDTFFRN
100 110 120 130 140 150
160 170 180 190 200 210
pF1KE5 SRKSDAHWITTPNRLLRIWNDGRVLYTLRLTINAECYLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYP
:... : :: ::...::..::.::::.:.::.: : :.. :::: ::::: :::..::
CCDS14 SKRTHEHEITMPNQMVRIYKDGKVLYTIRMTIDAGCSLHMLRFPMDSHSCPLSFSSFSYP
160 170 180 190 200 210
220 230 240 250 260 270
pF1KE5 KNEIEYKWKKPSVEVADPKYWRLYQFAFVGLRNSTEITHTISGDYVIMTIFFDLSRRMGY
.::. :::.. ..:. . . :.:.:: :.:. :.::: : ::...:::::..:::.::
CCDS14 ENEMIYKWENFKLEINEKNSWKLFQFDFTGVSNKTEIITTPVGDFMVMTIFFNVSRRFGY
220 230 240 250 260 270
280 290 300 310 320 330
pF1KE5 FTIQTYIPCILTVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVTA
..:.:.: .:..::::::::. ...:::::::::.:::::::.:..::..:.:::.::
CCDS14 VAFQNYVPSSVTTMLSWVSFWIKTESAPARTSLGITSVLTMTTLGTFSRKNFPRVSYITA
280 290 300 310 320 330
340 350 360 370
pF1KE5 MDLFVSVCFIFVFAALMEYGTLHYFTSNQ-KGKTATKDR--KLKNKASM-----------
.:.....::.: : ::.:...:... :: :.... : : .....:
CCDS14 LDFYIAICFVFCFCALLEFAVLNFLIYNQTKAHASPKLRHPRINSRAHARTRARSRACAR
340 350 360 370 380 390
380 390 400 410
pF1KE5 ------------TPGL----HPG-STLIPMNNISV--PQEDDYEYQCLEG-KDCASFFCC
: : .:. :. : . : :. . : : : ..::
CCDS14 QHQEAFVCQIVTTEGSDGEERPSCSAQQPPSPGSPEGPRSLCSKLACCEWCKRFKKYFCM
400 410 420 430 440 450
420 430 440 450 460
pF1KE5 FEDCRTGSWREGRIHIRIAKIDSYSRIFFPTAFALFNLVYWVGYLYL
::. ..:..::. :.. ..:.:::. ::..: .::..::.
CCDS14 VPDCEGSTWQQGRLCIHVYRLDNYSRVVFPVTFFFFNVLYWLVCLNL
460 470 480 490 500
>>CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 (451 aa)
initn: 1125 init1: 631 opt: 1225 Z-score: 1500.4 bits: 286.9 E(32554): 3e-77
Smith-Waterman score: 1225; 47.4% identity (73.8% similar) in 405 aa overlap (65-463:43-441)
40 50 60 70 80 90
pF1KE5 CVDKADDEDDEDLTVNKTWVLAPKIHEGDITQILNSLLQGYDNKLRPDIGVRPTVIETDV
:.::. ::.::::.::: .: : . :..
CCDS34 LLFVFLVWDPARLVLANIQEDEAKNNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGDSITEVFTNI
20 30 40 50 60 70
100 110 120 130 140 150
pF1KE5 YVNSIGPVDPINMEYTIDIIFAQTWFDSRLKFNSTMKVLMLNSNMVGKIWIPDTFFRNSR
::.:.:::. .::::::..: : : : ::::.. :..: ::. :..::: :::::.:..
CCDS34 YVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQKWKDERLKFKGPMNILRLNNLMASKIWTPDTFFHNGK
80 90 100 110 120 130
160 170 180 190 200 210
pF1KE5 KSDAHWITTPNRLLRIWNDGRVLYTLRLTINAECYLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPKN
:: :: .: ::.:::: .:: .:::.:::..::: ..:..:::: :::::.:.::.: .
CCDS34 KSVAHNMTMPNKLLRIQDDGTLLYTMRLTVQAECPMHLEDFPMDAHSCPLKFGSYAYTTS
140 150 160 170 180 190
220 230 240 250 260 270
pF1KE5 EIEYKWK---KPSVEVADPKYWRLYQFAFVGLRNSTEITHTISGDYVIMTIFFDLSRRMG
:. : : . ::.:: : :: :. ..: . : .. .:.:..:: : :.:..:
CCDS34 EVTYIWTYNASDSVQVA-PDGSRLNQYDLLGQSIGKETIKSSTGEYTVMTAHFHLKRKIG
200 210 220 230 240 250
280 290 300 310 320 330
pF1KE5 YFTIQTYIPCILTVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVT
::.::::.:::.::.:: ::::.:...::::: .:.:::::::::: ::.:::::.:.:
CCDS34 YFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYAT
260 270 280 290 300 310
340 350 360 370 380
pF1KE5 AMDLFVSVCFIFVFAALMEYGTLHYFTSN---QKGKTATKDRKLKNKASMTPGLHPGSTL
::: :..::. :::.::.:..:..:::. ::....:.: :.:::. .. ..
CCDS34 AMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKSVVNDKK-KEKASVM--IQNNAYA
320 330 340 350 360
390 400 410 420 430 440
pF1KE5 IPMNNISVPQEDDYEYQCLEGKDCASFFCCFEDCRTGSWREGRIHIRIAKIDSYSRIFFP
. . : . : . . . . . . . . . ..::: .::: ::
CCDS34 VAVANYAPNLSKDPVLSTISKSATTPEPNKKPENKPAEAK--KTFNSVSKIDRMSRIVFP
370 380 390 400 410 420
450 460
pF1KE5 TAFALFNLVYWVGYLYL
. :. ::::::. ::
CCDS34 VLFGTFNLVYWATYLNREPVLGVSP
430 440 450
>>CCDS3473.1 GABRA4 gene_id:2557|Hs108|chr4 (554 aa)
initn: 1304 init1: 652 opt: 1225 Z-score: 1499.1 bits: 286.9 E(32554): 3.5e-77
Smith-Waterman score: 1230; 49.7% identity (75.9% similar) in 378 aa overlap (18-393:13-379)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MGPLKAFLFSPFLLRSQSRGVRLVFLLLTLHLGNCVDKADDEDDEDLTVNKTWVLAPKIH
: :: .. :: : :. :.... ..... :.
CCDS34 MVSAKKVPAIALSAGVSFA-LLRFLCLAVCLNESPGQNQKE----------EKLC
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 EGDITQILNSLLQGYDNKLRPDIGVRPTVIETDVYVNSIGPVDPINMEYTIDIIFAQTWF
..:.::.:::.::::.::: .: : ..::.::.:.:::. ..::::.:..: :::.
CCDS34 TENFTRILDSLLDGYDNRLRPGFGGPVTEVKTDIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWI
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 DSRLKFNSTMKVLMLNSNMVGKIWIPDTFFRNSRKSDAHWITTPNRLLRIWNDGRVLYTL
:.:::... ...: ::. :: :.: :::::::..:: .: .:.::.:.:: .: .:::.
CCDS34 DKRLKYDGPIEILRLNNMMVTKVWTPDTFFRNGKKSVSHNMTAPNKLFRIMRNGTILYTM
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230
pF1KE5 RLTINAECYLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPKNEIEYKWKK-PSVEVADPKYWR-LYQF
::::.::: ..: .:::: :.:::.:.::.:::.:. : : : : : :: : :.
CCDS34 RLTISAECPMRLVDFPMDGHACPLKFGSYAYPKSEMIYTWTKGPEKSVEVPKESSSLVQY
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 AFVGLRNSTEITHTISGDYVIMTIFFDLSRRMGYFTIQTYIPCILTVVLSWVSFWINKDA
..: :.: ..:.:.:..::..: : :.:::: ::::::::.::.:: :::::::..
CCDS34 DLIGQTVSSETIKSITGEYIVMTVYFHLRRKMGYFMIQTYIPCIMTVILSQVSFWINKES
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 VPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVTAMDLFVSVCFIFVFAALMEYGTLHYFT
::::: .:::::::::::: ::.:::::::.:::: :..::: :::.::.:.....:::
CCDS34 VPARTVFGITTVLTMTTLSISARHSLPKVSYATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFT
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 SNQKGKTATKDRKLKNKASMTPGLHPGSTLIPMNNISVPQEDDYEYQCLEGKDCASFFCC
. : :. : : ... .: . :..:
CCDS34 NIQMEKAKRKTSKPPQEVPAAPVQREKHPEAPLQNTNANLNMRKRTNALVHSESDVGNRT
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460
pF1KE5 FEDCRTGSWREGRIHIRIAKIDSYSRIFFPTAFALFNLVYWVGYLYL
CCDS34 EVGNHSSKSSTVVQESSKGTPRSYLASSPNPFSRANAAETISAARALPSASPTSIRTGYM
410 420 430 440 450 460
>>CCDS4356.1 GABRA6 gene_id:2559|Hs108|chr5 (453 aa)
initn: 1299 init1: 684 opt: 1219 Z-score: 1493.0 bits: 285.5 E(32554): 7.7e-77
Smith-Waterman score: 1284; 50.2% identity (74.2% similar) in 418 aa overlap (63-463:31-441)
40 50 60 70 80 90
pF1KE5 GNCVDKADDEDDEDLTVNKTWVLAPKIHEGDITQILNSLLQGYDNKLRPDIGVRPTVIET
....::..::.::::.::: .: : ..:
CCDS43 MASSLPWLCIILWLENALGKLEVEGNFYSENVSRILDNLLEGYDNRLRPGFGGAVTEVKT
10 20 30 40 50 60
100 110 120 130 140 150
pF1KE5 DVYVNSIGPVDPINMEYTIDIIFAQTWFDSRLKFNSTMKVLMLNSNMVGKIWIPDTFFRN
:.::.:.:::. ..::::.:..: ::: : ::::.. ..: ::. ::.::: :::::::
CCDS43 DIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWTDERLKFGGPTEILSLNNLMVSKIWTPDTFFRN
70 80 90 100 110 120
160 170 180 190 200 210
pF1KE5 SRKSDAHWITTPNRLLRIWNDGRVLYTLRLTINAECYLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYP
..:: :: .::::.:.:: ..: .:::.::::::.: ..: ::::: :.:::.:.::.::
CCDS43 GKKSIAHNMTTPNKLFRIMQNGTILYTMRLTINADCPMRLVNFPMDGHACPLKFGSYAYP
130 140 150 160 170 180
220 230 240 250 260
pF1KE5 KNEIEYKWKK-P--SVEVADPKYWRLYQFAFVGLRNSTEITHTISGDYVIMTIFFDLSRR
:.:: : ::: : :::: . . : :. ..: :.: .. .:.:::::..: :.:.
CCDS43 KSEIIYTWKKGPLYSVEVPEESS-SLLQYDLIGQTVSSETIKSNTGEYVIMTVYFHLQRK
190 200 210 220 230
270 280 290 300 310 320
pF1KE5 MGYFTIQTYIPCILTVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSY
:::: :: : :::.::.:: :::::::..::::: .:::::::::::: ::.:::::::
CCDS43 MGYFMIQIYTPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMTTLSISARHSLPKVSY
240 250 260 270 280 290
330 340 350 360 370 380
pF1KE5 VTAMDLFVSVCFIFVFAALMEYGTLHYFTSNQKGKTATKDRKLKNKASMTPG--------
.:::: :..::: :::.::.:.....:::. : : : . .. ..: .
CCDS43 ATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNLQTQK-AKRKAQFAAPPTVTISKATEPLEA
300 310 320 330 340 350
390 400 410 420 430
pF1KE5 ---LHPGSTL---IPMNNISVPQEDDYEYQCLEGKDCASFFCCFEDCRTGSWREGRIHIR
::: : ....:.: .. : . . . : . ... . .
CCDS43 EIVLHPDSKYHLKKRITSLSLPIVSSSEANKVLTR--API---LQSTPVTPPPLSPAFGG
360 370 380 390 400 410
440 450 460
pF1KE5 IAKIDSYSRIFFPTAFALFNLVYWVGYLYL
.:::.::::.::.::: ::::::: ::
CCDS43 TSKIDQYSRILFPVAFAGFNLVYWVVYLSKDTMEVSSSVE
420 430 440 450
465 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Tue Nov 8 01:25:41 2016 done: Tue Nov 8 01:25:42 2016
Total Scan time: 2.770 Total Display time: 0.090
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]