Result of FASTA (omim) for
pFN21AE5504
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5504, 420 aa
1>>>pF1KE5504 420 - 420 aa - 420 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6832+/-0.000311; mu= 15.0389+/- 0.019
mean_var=71.2715+/-14.628, 0's: 0 Z-trim(117.1): 24 B-trim: 150 in 1/48
Lambda= 0.151921
statistics sampled from 28726 (28750) to 28726 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.704), E-opt: 0.2 (0.337), width: 16
Scan time: 9.650
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_004842 (OMIM: 605631) napsin-A preproprotein [H ( 420) 2892 642.9 4.5e-184
XP_011525842 (OMIM: 605631) PREDICTED: napsin-A is ( 420) 2892 642.9 4.5e-184
XP_016883001 (OMIM: 605631) PREDICTED: napsin-A is ( 411) 2010 449.5 6.9e-126
NP_001901 (OMIM: 116890) cathepsin E isoform a pre ( 396) 1168 265.0 2.4e-70
XP_011507546 (OMIM: 116890) PREDICTED: cathepsin E ( 401) 1155 262.1 1.7e-69
NP_000528 (OMIM: 179820,267430,613092) renin prepr ( 406) 1048 238.7 2e-62
NP_055039 (OMIM: 169730) pepsin A-5 preproprotein ( 388) 997 227.5 4.5e-59
NP_001073275 (OMIM: 169710) pepsin A-3 preproprote ( 388) 993 226.6 8.3e-59
XP_016854970 (OMIM: 169720) PREDICTED: pepsin A-4 ( 388) 992 226.4 9.7e-59
NP_001073276 (OMIM: 169720) pepsin A-4 preproprote ( 388) 992 226.4 9.7e-59
NP_002621 (OMIM: 169740) gastricsin isoform 1 prep ( 388) 902 206.7 8.4e-53
NP_001900 (OMIM: 116840,610127) cathepsin D prepro ( 412) 901 206.5 1e-52
NP_683865 (OMIM: 116890) cathepsin E isoform b pre ( 363) 728 168.5 2.4e-41
XP_011507547 (OMIM: 116890) PREDICTED: cathepsin E ( 368) 715 165.7 1.7e-40
NP_001304260 (OMIM: 116890) cathepsin E isoform c ( 288) 653 152.1 1.7e-36
NP_001159896 (OMIM: 169740) gastricsin isoform 2 p ( 315) 537 126.7 8.5e-29
NP_620476 (OMIM: 605668) beta-secretase 2 isoform ( 468) 301 75.0 4.4e-13
NP_620477 (OMIM: 605668) beta-secretase 2 isoform ( 396) 298 74.3 6e-13
NP_036237 (OMIM: 605668) beta-secretase 2 isoform ( 518) 298 74.4 7.6e-13
NP_036236 (OMIM: 604252) beta-secretase 1 isoform ( 501) 255 64.9 5.1e-10
XP_016883803 (OMIM: 605668) PREDICTED: beta-secret ( 423) 234 60.3 1.1e-08
NP_620428 (OMIM: 604252) beta-secretase 1 isoform ( 476) 187 50.0 1.5e-05
NP_620429 (OMIM: 604252) beta-secretase 1 isoform ( 432) 169 46.1 0.00021
NP_620427 (OMIM: 604252) beta-secretase 1 isoform ( 457) 164 45.0 0.00047
>>NP_004842 (OMIM: 605631) napsin-A preproprotein [Homo (420 aa)
initn: 2892 init1: 2892 opt: 2892 Z-score: 3425.6 bits: 642.9 E(85289): 4.5e-184
Smith-Waterman score: 2892; 99.8% identity (99.8% similar) in 420 aa overlap (1-420:1-420)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MSPPPLLQPLLLLLPLLNVEPSGATLIRIPLHRVQPGRRTLNLLRGWREPAELPKLGAPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::
NP_004 MSPPPLLQPLLLLLPLLNVEPSGATLIRIPLHRVQPGRRILNLLRGWREPAELPKLGAPS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 PGDKPIFVPLSNYRDVQYFGEIGLGTPPQNFTVAFDTGSSNLWVPSRRCHFFSVPCWLHH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PGDKPIFVPLSNYRDVQYFGEIGLGTPPQNFTVAFDTGSSNLWVPSRRCHFFSVPCWLHH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 RFDPKASSSFQANGTKFAIQYGTGRVDGILSEDKLTIGGIKGASVIFGEALWEPSLVFAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 RFDPKASSSFQANGTKFAIQYGTGRVDGILSEDKLTIGGIKGASVIFGEALWEPSLVFAF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 AHFDGILGLGFPILSVEGVRPPMDVLVEQGLLDKPVFSFYLNRDPEEPDGGELVLGGSDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 AHFDGILGLGFPILSVEGVRPPMDVLVEQGLLDKPVFSFYLNRDPEEPDGGELVLGGSDP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 AHYIPPLTFVPVTVPAYWQIHMERVKVGPGLTLCAKGCAAILDTGTSLITGPTEEIRALH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 AHYIPPLTFVPVTVPAYWQIHMERVKVGPGLTLCAKGCAAILDTGTSLITGPTEEIRALH
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 AAIGGIPLLAGEYIILCSEIPKLPAVSFLLGGVWFNLTAHDYVIQTTRNGVRLCLSGFQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 AAIGGIPLLAGEYIILCSEIPKLPAVSFLLGGVWFNLTAHDYVIQTTRNGVRLCLSGFQA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 LDVPPPAGPFWILGDVFLGTYVAVFDRGDMKSSARVGLARARTRGADLGWGETAQAQFPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LDVPPPAGPFWILGDVFLGTYVAVFDRGDMKSSARVGLARARTRGADLGWGETAQAQFPG
370 380 390 400 410 420
>>XP_011525842 (OMIM: 605631) PREDICTED: napsin-A isofor (420 aa)
initn: 2892 init1: 2892 opt: 2892 Z-score: 3425.6 bits: 642.9 E(85289): 4.5e-184
Smith-Waterman score: 2892; 99.8% identity (99.8% similar) in 420 aa overlap (1-420:1-420)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MSPPPLLQPLLLLLPLLNVEPSGATLIRIPLHRVQPGRRTLNLLRGWREPAELPKLGAPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::
XP_011 MSPPPLLQPLLLLLPLLNVEPSGATLIRIPLHRVQPGRRILNLLRGWREPAELPKLGAPS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 PGDKPIFVPLSNYRDVQYFGEIGLGTPPQNFTVAFDTGSSNLWVPSRRCHFFSVPCWLHH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PGDKPIFVPLSNYRDVQYFGEIGLGTPPQNFTVAFDTGSSNLWVPSRRCHFFSVPCWLHH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 RFDPKASSSFQANGTKFAIQYGTGRVDGILSEDKLTIGGIKGASVIFGEALWEPSLVFAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RFDPKASSSFQANGTKFAIQYGTGRVDGILSEDKLTIGGIKGASVIFGEALWEPSLVFAF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 AHFDGILGLGFPILSVEGVRPPMDVLVEQGLLDKPVFSFYLNRDPEEPDGGELVLGGSDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AHFDGILGLGFPILSVEGVRPPMDVLVEQGLLDKPVFSFYLNRDPEEPDGGELVLGGSDP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 AHYIPPLTFVPVTVPAYWQIHMERVKVGPGLTLCAKGCAAILDTGTSLITGPTEEIRALH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AHYIPPLTFVPVTVPAYWQIHMERVKVGPGLTLCAKGCAAILDTGTSLITGPTEEIRALH
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 AAIGGIPLLAGEYIILCSEIPKLPAVSFLLGGVWFNLTAHDYVIQTTRNGVRLCLSGFQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AAIGGIPLLAGEYIILCSEIPKLPAVSFLLGGVWFNLTAHDYVIQTTRNGVRLCLSGFQA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 LDVPPPAGPFWILGDVFLGTYVAVFDRGDMKSSARVGLARARTRGADLGWGETAQAQFPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LDVPPPAGPFWILGDVFLGTYVAVFDRGDMKSSARVGLARARTRGADLGWGETAQAQFPG
370 380 390 400 410 420
>>XP_016883001 (OMIM: 605631) PREDICTED: napsin-A isofor (411 aa)
initn: 2002 init1: 2002 opt: 2010 Z-score: 2381.0 bits: 449.5 E(85289): 6.9e-126
Smith-Waterman score: 2781; 97.4% identity (97.6% similar) in 420 aa overlap (1-420:1-411)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MSPPPLLQPLLLLLPLLNVEPSGATLIRIPLHRVQPGRRTLNLLRGWREPAELPKLGAPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::
XP_016 MSPPPLLQPLLLLLPLLNVEPSGATLIRIPLHRVQPGRRILNLLRGWREPAELPKLGAPS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 PGDKPIFVPLSNYRDVQYFGEIGLGTPPQNFTVAFDTGSSNLWVPSRRCHFFSVPCWLHH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PGDKPIFVPLSNYRDVQYFGEIGLGTPPQNFTVAFDTGSSNLWVPSRRCHFFSVPC----
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 RFDPKASSSFQANGTKFAIQYGTGRVDGILSEDKLTIGGIKGASVIFGEALWEPSLVFAF
.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 -----SSSSFQANGTKFAIQYGTGRVDGILSEDKLTIGGIKGASVIFGEALWEPSLVFAF
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 AHFDGILGLGFPILSVEGVRPPMDVLVEQGLLDKPVFSFYLNRDPEEPDGGELVLGGSDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AHFDGILGLGFPILSVEGVRPPMDVLVEQGLLDKPVFSFYLNRDPEEPDGGELVLGGSDP
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 AHYIPPLTFVPVTVPAYWQIHMERVKVGPGLTLCAKGCAAILDTGTSLITGPTEEIRALH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AHYIPPLTFVPVTVPAYWQIHMERVKVGPGLTLCAKGCAAILDTGTSLITGPTEEIRALH
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 AAIGGIPLLAGEYIILCSEIPKLPAVSFLLGGVWFNLTAHDYVIQTTRNGVRLCLSGFQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AAIGGIPLLAGEYIILCSEIPKLPAVSFLLGGVWFNLTAHDYVIQTTRNGVRLCLSGFQA
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 LDVPPPAGPFWILGDVFLGTYVAVFDRGDMKSSARVGLARARTRGADLGWGETAQAQFPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LDVPPPAGPFWILGDVFLGTYVAVFDRGDMKSSARVGLARARTRGADLGWGETAQAQFPG
360 370 380 390 400 410
>>NP_001901 (OMIM: 116890) cathepsin E isoform a preprop (396 aa)
initn: 1165 init1: 640 opt: 1168 Z-score: 1383.9 bits: 265.0 E(85289): 2.4e-70
Smith-Waterman score: 1168; 45.1% identity (71.3% similar) in 397 aa overlap (10-401:5-394)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MSPPPLLQPLLLLLPLLNVEPSGATLIRIPLHRVQPGRRTL----NLLRGWREPA-ELPK
::::: ::.. . ..: :.::.: .. : .: . :. .. .
NP_001 MKTLLLLLLVLLELGEAQGSLHRVPLRRHPSLKKKLRARSQLSEFWKSHNLDMIQ
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 LGAPSPGDKPIFVPLSNYRDVQYFGEIGLGTPPQNFTVAFDTGSSNLWVPSRRCHFFSVP
. :. :: :: :..::: :..:.::::::: :::::::::::: : :
NP_001 FTESCSMDQSAKEPLINYLDMEYFGTISIGSPPQNFTVIFDTGSSNLWVPSVYCT--SPA
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 CWLHHRFDPKASSSFQANGTKFAIQYGTGRVDGILSEDKLTIGGIKGASVIFGEALWEPS
: : ::.:. ::... : .:.:::::: ..::.. :.... :. .. :::.. ::.
NP_001 CKTHSRFQPSQSSTYSQPGQSFSIQYGTGSLSGIIGADQVSVEGLTVVGQQFGESVTEPG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 LVFAFAHFDGILGLGFPILSVEGVRPPMDVLVEQGLLDKPVFSFYLNRDPEEPDGGELVL
.:. :.::::::::.: :.: :: : .: .. :.:.: :.:: :.. .:: :.::..
NP_001 QTFVDAEFDGILGLGYPSLAVGGVTPVFDNMMAQNLVDLPMFSVYMSSNPEGGAGSELIF
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 GGSDPAHYIPPLTFVPVTVPAYWQIHMERVKVGPGLTLCAKGCAAILDTGTSLITGPTEE
:: : .:. :..:::: ::::: .. ..:: . .:..:: ::.::::::::::...
NP_001 GGYDHSHFSGSLNWVPVTKQAYWQIALDNIQVGGTVMFCSEGCQAIVDTGTSLITGPSDK
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 IRALHAAIGGIPLLAGEYIILCSEIPKLPAVSFLLGGVWFNLTAHDYVIQTTRNGVRLCL
:. :. :::. :. ::: . :... .: :.: ..:: ..:. :.. .:...:
NP_001 IKQLQNAIGAAPV-DGEYAVECANLNVMPDVTFTINGVPYTLSPTAYTLLDFVDGMQFCS
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 SGFQALDVPPPAGPFWILGDVFLGTYVAVFDRGDMKSSARVGLARARTRGADLGWGETAQ
::::.::. :::::.:::::::. . .:::::. ::::: :
NP_001 SGFQGLDIHPPAGPLWILGDVFIRQFYSVFDRGN----NRVGLAPAVP
360 370 380 390
420
pF1KE5 AQFPG
>>XP_011507546 (OMIM: 116890) PREDICTED: cathepsin E iso (401 aa)
initn: 1132 init1: 500 opt: 1155 Z-score: 1368.4 bits: 262.1 E(85289): 1.7e-69
Smith-Waterman score: 1155; 44.8% identity (70.9% similar) in 402 aa overlap (10-401:5-399)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MSPPPLLQPLLLLLPLLNVEPSGATLIRIPLHRVQPGRRTL----NLLRGWREPA-ELPK
::::: ::.. . ..: :.::.: .. : .: . :. .. .
XP_011 MKTLLLLLLVLLELGEAQGSLHRVPLRRHPSLKKKLRARSQLSEFWKSHNLDMIQ
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 LGAPSPGDKPIFVPLSNYRDVQYFGEIGLGTPPQNFTVAFDTGSSNLWVPSRRCHFFSVP
. :. :: :: :..::: :..:.::::::: :::::::::::: : :
XP_011 FTESCSMDQSAKEPLINYLDMEYFGTISIGSPPQNFTVIFDTGSSNLWVPSVYCT--SPA
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 CWLHHRFDPKASSSFQANGTKFAIQYGTGRVDGILSEDKLTIGG--IKGASVI---FGEA
: : ::.:. ::... : .:.:::::: ..::.. :... . ..: .:. :::.
XP_011 CKTHSRFQPSQSSTYSQPGQSFSIQYGTGSLSGIIGADQVSAFSYQVEGLTVVGQQFGES
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 LWEPSLVFAFAHFDGILGLGFPILSVEGVRPPMDVLVEQGLLDKPVFSFYLNRDPEEPDG
. ::. .:. :.::::::::.: :.: :: : .: .. :.:.: :.:: :.. .:: :
XP_011 VTEPGQTFVDAEFDGILGLGYPSLAVGGVTPVFDNMMAQNLVDLPMFSVYMSSNPEGGAG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 GELVLGGSDPAHYIPPLTFVPVTVPAYWQIHMERVKVGPGLTLCAKGCAAILDTGTSLIT
.::..:: : .:. :..:::: ::::: .. ..:: . .:..:: ::.::::::::
XP_011 SELIFGGYDHSHFSGSLNWVPVTKQAYWQIALDNIQVGGTVMFCSEGCQAIVDTGTSLIT
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 GPTEEIRALHAAIGGIPLLAGEYIILCSEIPKLPAVSFLLGGVWFNLTAHDYVIQTTRNG
::...:. :. :::. :. ::: . :... .: :.: ..:: ..:. :.. .:
XP_011 GPSDKIKQLQNAIGAAPV-DGEYAVECANLNVMPDVTFTINGVPYTLSPTAYTLLDFVDG
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 VRLCLSGFQALDVPPPAGPFWILGDVFLGTYVAVFDRGDMKSSARVGLARARTRGADLGW
...: ::::.::. :::::.:::::::. . .:::::. ::::: :
XP_011 MQFCSSGFQGLDIHPPAGPLWILGDVFIRQFYSVFDRGN----NRVGLAPAVP
360 370 380 390 400
420
pF1KE5 GETAQAQFPG
>>NP_000528 (OMIM: 179820,267430,613092) renin prepropro (406 aa)
initn: 470 init1: 470 opt: 1048 Z-score: 1241.6 bits: 238.7 E(85289): 2e-62
Smith-Waterman score: 1048; 42.9% identity (68.6% similar) in 382 aa overlap (26-402:36-406)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MSPPPLLQPLLLLLPLLNVEPSGATLIRIPLHRVQPGRRTLNLLR-G--WREPAE
: :.: : . .: ... : : : .: .
NP_000 RMPRWGLLLLLWGSCTFGLPTDTTTFKRIFLKRMPSIRESLKERGVDMARLGPEWSQPMK
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 LPKLGAPSPGDKPIFVPLSNYRDVQYFGEIGLGTPPQNFTVAFDTGSSNLWVPSRRCHFF
:: . . : :.:: :.::.::::.:::::.: :.:::::::.:::: .: .
NP_000 RLTLGNTTSS-----VILTNYMDTQYYGEIGIGTPPQTFKVVFDTGSSNVWVPSSKCSRL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 SVPCWLHHRFDPKASSSFQANGTKFAIQYGTGRVDGILSEDKLTIGGIKGASVIFGEALW
. : :. :: . :::.. :::.....:.:: :.:.::.: .:.::: .. .:::.
NP_000 YTACVYHKLFDASDSSSYKHNGTELTLRYSTGTVSGFLSQDIITVGGIT-VTQMFGEVTE
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 EPSLVFAFAHFDGILGLGFPILSVEGVRPPMDVLVEQGLLDKPVFSFYLNRDPEEPD--G
:.: : .:.:::..:.:: .. : : .: .. ::.: . ::::: ::: :. . :
NP_000 MPALPFMLAEFDGVVGMGFIEQAIGRVTPIFDNIISQGVLKEDVFSFYYNRDSENSQSLG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 GELVLGGSDPAHYIPPLTFVPVTVPAYWQIHMERVKVGPGLTLCAKGCAAILDTGTSLIT
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pF1KE5 LWEPSLVFAFAHFDGILGLGFPILSVEGVRPPMDVLVEQGLLDKPVFSFYLNRDPEEPDG
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170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 GELVLGGSDPAHYIPPLTFVPVTVPAYWQIHMERVKVGPGLTLCAKGCAAILDTGTSLIT
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NP_001 SVVIFGGIDSSYYTGSLNWVPVTVEGYWQITVDSITMNGEAIACAEGCQAIVDTGTSLLT
230 240 250 260 270 280
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pF1KE5 GPTEEIRALHAAIGGIPLLAGEYIILCSEIPKLPAVSFLLGGVWFNLTAHDYVIQTTRNG
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NP_001 GPTSPIANIQSDIGASENSDGDMVVSCSAISSLPDIVFTINGVQYPVPPSAYILQSEGS-
290 300 310 320 330 340
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pF1KE5 GETAQAQFPG
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60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]