Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE5422
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5422, 332 aa
1>>>pF1KE5422 332 - 332 aa - 332 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2991+/-0.00107; mu= 15.6094+/- 0.064
mean_var=62.2012+/-12.862, 0's: 0 Z-trim(102.1): 27 B-trim: 0 in 0/49
Lambda= 0.162620
statistics sampled from 6776 (6796) to 6776 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.579), E-opt: 0.2 (0.209), width: 16
Scan time: 2.490
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7840.1 LDHC gene_id:3948|Hs108|chr11 ( 332) 2144 512.0 2.7e-145
CCDS7839.1 LDHA gene_id:3939|Hs108|chr11 ( 332) 1745 418.4 4.1e-117
CCDS53609.1 LDHA gene_id:3939|Hs108|chr11 ( 361) 1745 418.4 4.4e-117
CCDS8691.1 LDHB gene_id:3945|Hs108|chr12 ( 334) 1584 380.6 9.7e-106
CCDS10171.1 LDHAL6B gene_id:92483|Hs108|chr15 ( 381) 1546 371.7 5.3e-103
CCDS7841.1 LDHAL6A gene_id:160287|Hs108|chr11 ( 332) 1532 368.4 4.6e-102
CCDS53611.1 LDHA gene_id:3939|Hs108|chr11 ( 241) 1247 301.5 4.6e-82
CCDS53610.1 LDHA gene_id:3939|Hs108|chr11 ( 274) 1206 291.9 4.1e-79
CCDS44549.1 LDHA gene_id:3939|Hs108|chr11 ( 274) 1091 264.9 5.4e-71
CCDS58122.1 UEVLD gene_id:55293|Hs108|chr11 ( 341) 487 123.2 3e-28
CCDS58123.1 UEVLD gene_id:55293|Hs108|chr11 ( 357) 487 123.2 3.1e-28
CCDS7843.1 UEVLD gene_id:55293|Hs108|chr11 ( 379) 487 123.2 3.2e-28
CCDS58124.1 UEVLD gene_id:55293|Hs108|chr11 ( 449) 487 123.3 3.8e-28
CCDS41624.1 UEVLD gene_id:55293|Hs108|chr11 ( 471) 487 123.3 3.9e-28
>>CCDS7840.1 LDHC gene_id:3948|Hs108|chr11 (332 aa)
initn: 2144 init1: 2144 opt: 2144 Z-score: 2721.9 bits: 512.0 E(32554): 2.7e-145
Smith-Waterman score: 2144; 100.0% identity (100.0% similar) in 332 aa overlap (1-332:1-332)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MSTVKEQLIEKLIEDDENSQCKITIVGTGAVGMACAISILLKDLADELALVDVALDKLKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 MSTVKEQLIEKLIEDDENSQCKITIVGTGAVGMACAISILLKDLADELALVDVALDKLKG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 EMMDLQHGSLFFSTSKITSGKDYSVSANSRIVIVTAGARQQEGETRLALVQRNVAIMKSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 EMMDLQHGSLFFSTSKITSGKDYSVSANSRIVIVTAGARQQEGETRLALVQRNVAIMKSI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 IPAIVHYSPDCKILVVSNPVDILTYIVWKISGLPVTRVIGSGCNLDSARFRYLIGEKLGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 IPAIVHYSPDCKILVVSNPVDILTYIVWKISGLPVTRVIGSGCNLDSARFRYLIGEKLGV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 HPTSCHGWIIGEHGDSSVPLWSGVNVAGVALKTLDPKLGTDSDKEHWKNIHKQVIQSAYE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 HPTSCHGWIIGEHGDSSVPLWSGVNVAGVALKTLDPKLGTDSDKEHWKNIHKQVIQSAYE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 IIKLKGYTSWAIGLSVMDLVGSILKNLRRVHPVSTMVKGLYGIKEELFLSIPCVLGRNGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 IIKLKGYTSWAIGLSVMDLVGSILKNLRRVHPVSTMVKGLYGIKEELFLSIPCVLGRNGV
250 260 270 280 290 300
310 320 330
pF1KE5 SDVVKINLNSEEEALFKKSAETLWNIQKDLIF
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 SDVVKINLNSEEEALFKKSAETLWNIQKDLIF
310 320 330
>>CCDS7839.1 LDHA gene_id:3939|Hs108|chr11 (332 aa)
initn: 1723 init1: 1723 opt: 1745 Z-score: 2216.0 bits: 418.4 E(32554): 4.1e-117
Smith-Waterman score: 1745; 75.3% identity (94.3% similar) in 332 aa overlap (1-332:1-332)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MSTVKEQLIEKLIEDDENSQCKITIVGTGAVGMACAISILLKDLADELALVDVALDKLKG
:.:.:.::: .:...... : :::.::.::::::::::::.:::::::::::: :::::
CCDS78 MATLKDQLIYNLLKEEQTPQNKITVVGVGAVGMACAISILMKDLADELALVDVIEDKLKG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 EMMDLQHGSLFFSTSKITSGKDYSVSANSRIVIVTAGARQQEGETRLALVQRNVAIMKSI
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CCDS78 EMMDLQHGSLFLRTPKIVSGKDYNVTANSKLVIITAGARQQEGESRLNLVQRNVNIFKFI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 IPAIVHYSPDCKILVVSNPVDILTYIVWKISGLPVTRVIGSGCNLDSARFRYLIGEKLGV
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CCDS78 IPNVVKYSPNCKLLIVSNPVDILTYVAWKISGFPKNRVIGSGCNLDSARFRYLMGERLGV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 HPTSCHGWIIGEHGDSSVPLWSGVNVAGVALKTLDPKLGTDSDKEHWKNIHKQVIQSAYE
:: :::::..:::::::::.:::.:::::.:::: : ::::.:::.::..::::..::::
CCDS78 HPLSCHGWVLGEHGDSSVPVWSGMNVAGVSLKTLHPDLGTDKDKEQWKEVHKQVVESAYE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 IIKLKGYTSWAIGLSVMDLVGSILKNLRRVHPVSTMVKGLYGIKEELFLSIPCVLGRNGV
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CCDS78 VIKLKGYTSWAIGLSVADLAESIMKNLRRVHPVSTMIKGLYGIKDDVFLSVPCILGQNGI
250 260 270 280 290 300
310 320 330
pF1KE5 SDVVKINLNSEEEALFKKSAETLWNIQKDLIF
::.::..:.::::: .::::.:::.:::.: :
CCDS78 SDLVKVTLTSEEEARLKKSADTLWGIQKELQF
310 320 330
>>CCDS53609.1 LDHA gene_id:3939|Hs108|chr11 (361 aa)
initn: 1723 init1: 1723 opt: 1745 Z-score: 2215.4 bits: 418.4 E(32554): 4.4e-117
Smith-Waterman score: 1745; 75.3% identity (94.3% similar) in 332 aa overlap (1-332:30-361)
10 20 30
pF1KE5 MSTVKEQLIEKLIEDDENSQCKITIVGTGAV
:.:.:.::: .:...... : :::.::.:::
CCDS53 MGEPSGGYTYTQTSIFLFHAKIPFGSKSNMATLKDQLIYNLLKEEQTPQNKITVVGVGAV
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KE5 GMACAISILLKDLADELALVDVALDKLKGEMMDLQHGSLFFSTSKITSGKDYSVSANSRI
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CCDS53 GMACAISILMKDLADELALVDVIEDKLKGEMMDLQHGSLFLRTPKIVSGKDYNVTANSKL
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE5 VIVTAGARQQEGETRLALVQRNVAIMKSIIPAIVHYSPDCKILVVSNPVDILTYIVWKIS
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CCDS53 VIITAGARQQEGESRLNLVQRNVNIFKFIIPNVVKYSPNCKLLIVSNPVDILTYVAWKIS
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KE5 GLPVTRVIGSGCNLDSARFRYLIGEKLGVHPTSCHGWIIGEHGDSSVPLWSGVNVAGVAL
:.: .:::::::::::::::::.::.::::: :::::..:::::::::.:::.:::::.:
CCDS53 GFPKNRVIGSGCNLDSARFRYLMGERLGVHPLSCHGWVLGEHGDSSVPVWSGMNVAGVSL
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KE5 KTLDPKLGTDSDKEHWKNIHKQVIQSAYEIIKLKGYTSWAIGLSVMDLVGSILKNLRRVH
::: : ::::.:::.::..::::..::::.::::::::::::::: ::. ::.:::::::
CCDS53 KTLHPDLGTDKDKEQWKEVHKQVVESAYEVIKLKGYTSWAIGLSVADLAESIMKNLRRVH
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KE5 PVSTMVKGLYGIKEELFLSIPCVLGRNGVSDVVKINLNSEEEALFKKSAETLWNIQKDLI
:::::.:::::::...:::.::.::.::.::.::..:.::::: .::::.:::.:::.:
CCDS53 PVSTMIKGLYGIKDDVFLSVPCILGQNGISDLVKVTLTSEEEARLKKSADTLWGIQKELQ
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 F
:
CCDS53 F
>>CCDS8691.1 LDHB gene_id:3945|Hs108|chr12 (334 aa)
initn: 1554 init1: 1554 opt: 1584 Z-score: 2011.8 bits: 380.6 E(32554): 9.7e-106
Smith-Waterman score: 1584; 69.8% identity (90.9% similar) in 331 aa overlap (1-330:1-331)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MSTVKEQLIEKLIEDDEN-SQCKITIVGTGAVGMACAISILLKDLADELALVDVALDKLK
:.:.::.:: . :.. . . :::.::.: :::::::::: :.:::::::::: ::::
CCDS86 MATLKEKLIAPVAEEEATVPNNKITVVGVGQVGMACAISILGKSLADELALVDVLEDKLK
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 GEMMDLQHGSLFFSTSKITSGKDYSVSANSRIVIVTAGARQQEGETRLALVQRNVAIMKS
::::::::::::..: ::.. :::::.:::.::.::::.::::::.:: :::::: ..:
CCDS86 GEMMDLQHGSLFLQTPKIVADKDYSVTANSKIVVVTAGVRQQEGESRLNLVQRNVNVFKF
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 IIPAIVHYSPDCKILVVSNPVDILTYIVWKISGLPVTRVIGSGCNLDSARFRYLIGEKLG
::: ::.::::: :.:::::::::::..::.:::: :::::::::::::::::..::::
CCDS86 IIPQIVKYSPDCIIIVVSNPVDILTYVTWKLSGLPKHRVIGSGCNLDSARFRYLMAEKLG
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 VHPTSCHGWIIGEHGDSSVPLWSGVNVAGVALKTLDPKLGTDSDKEHWKNIHKQVIQSAY
.::.::::::.:::::::: .:::::::::.:. :.:..:::.:.:.::..::.:..:::
CCDS86 IHPSSCHGWILGEHGDSSVAVWSGVNVAGVSLQELNPEMGTDNDSENWKEVHKMVVESAY
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 EIIKLKGYTSWAIGLSVMDLVGSILKNLRRVHPVSTMVKGLYGIKEELFLSIPCVLGRNG
:.:::::::.::::::: ::. :.:::: :.:::::::::.:::..:.:::.::.:. :
CCDS86 EVIKLKGYTNWAIGLSVADLIESMLKNLSRIHPVSTMVKGMYGIENEVFLSLPCILNARG
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330
pF1KE5 VSDVVKINLNSEEEALFKKSAETLWNIQKDLIF
...:.. .:...: : .::::.:::.:::::
CCDS86 LTSVINQKLKDDEVAQLKKSADTLWDIQKDLKDL
310 320 330
>>CCDS10171.1 LDHAL6B gene_id:92483|Hs108|chr15 (381 aa)
initn: 1538 init1: 1538 opt: 1546 Z-score: 1962.7 bits: 371.7 E(32554): 5.3e-103
Smith-Waterman score: 1546; 67.6% identity (88.2% similar) in 330 aa overlap (1-330:50-379)
10 20 30
pF1KE5 MSTVKEQLIEKLIEDDENSQCKITIVGTGA
:.::: .:::.. . . :..:.:::.
CCDS10 NFLCLGMALCPRQATRIPLNGTWLFTPVSKMATVKSELIERFTSEKPVHHSKVSIIGTGS
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80 90
pF1KE5 VGMACAISILLKDLADELALVDVALDKLKGEMMDLQHGSLFFSTSKITSGKDYSVSANSR
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CCDS10 VGMACAISILLKGLSDELALVDLDEDKLKGETMDLQHGSPFTKMPNIVCSKDYFVTANSN
80 90 100 110 120 130
100 110 120 130 140 150
pF1KE5 IVIVTAGARQQEGETRLALVQRNVAIMKSIIPAIVHYSPDCKILVVSNPVDILTYIVWKI
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CCDS10 LVIITAGARQEKGETRLNLVQRNVAIFKLMISSIVQYSPHCKLIIVSNPVDILTYVAWKL
140 150 160 170 180 190
160 170 180 190 200 210
pF1KE5 SGLPVTRVIGSGCNLDSARFRYLIGEKLGVHPTSCHGWIIGEHGDSSVPLWSGVNVAGVA
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CCDS10 SAFPKNRIIGSGCNLDTARFRFLIGQKLGIHSESCHGWILGEHGDSSVPVWSGVNIAGVP
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260 270
pF1KE5 LKTLDPKLGTDSDKEHWKNIHKQVIQSAYEIIKLKGYTSWAIGLSVMDLVGSILKNLRRV
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CCDS10 LKDLNSDIGTDKDPEQWKNVHKEVTATAYEIIKMKGYTSWAIGLSVADLTESILKNLRRI
260 270 280 290 300 310
280 290 300 310 320 330
pF1KE5 HPVSTMVKGLYGIKEELFLSIPCVLGRNGVSDVVKINLNSEEEALFKKSAETLWNIQKDL
:::::..:::::: ::.::::::.::.::.....::.:. :::: .::::.:::.::. :
CCDS10 HPVSTIIKGLYGIDEEVFLSIPCILGENGITNLIKIKLTPEEEAHLKKSAKTLWEIQNKL
320 330 340 350 360 370
pF1KE5 IF
CCDS10 KL
380
>>CCDS7841.1 LDHAL6A gene_id:160287|Hs108|chr11 (332 aa)
initn: 1508 init1: 1508 opt: 1532 Z-score: 1945.9 bits: 368.4 E(32554): 4.6e-102
Smith-Waterman score: 1532; 66.7% identity (90.0% similar) in 330 aa overlap (1-330:1-330)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MSTVKEQLIEKLIEDDENSQCKITIVGTGAVGMACAISILLKDLADELALVDVALDKLKG
:.:.: .::... :.. . ::.:::::.::.::::::::: :.:::.:::: ::::
CCDS78 MATIKSELIKNFAEEEAIHHNKISIVGTGSVGVACAISILLKGLSDELVLVDVDEGKLKG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 EMMDLQHGSLFFSTSKITSGKDYSVSANSRIVIVTAGARQQEGETRLALVQRNVAIMKSI
: ::::::: :.. .:.:.::: :.::: .::.::::::..::::: ::::::.:.: .
CCDS78 ETMDLQHGSPFMKMPNIVSSKDYLVTANSNLVIITAGARQKKGETRLDLVQRNVSIFKLM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 IPAIVHYSPDCKILVVSNPVDILTYIVWKISGLPVTRVIGSGCNLDSARFRYLIGEKLGV
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CCDS78 IPNITQYSPHCKLLIVTNPVDILTYVAWKLSGFPKNRVIGSGCNLDSARFRYFIGQRLGI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 HPTSCHGWIIGEHGDSSVPLWSGVNVAGVALKTLDPKLGTDSDKEHWKNIHKQVIQSAYE
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CCDS78 HSESCHGLILGEHGDSSVPVWSGVNIAGVPLKDLNPDIGTDKDPEQWENVHKKVISSGYE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 IIKLKGYTSWAIGLSVMDLVGSILKNLRRVHPVSTMVKGLYGIKEELFLSIPCVLGRNGV
..:.::::::.:.::: ::. ::::::::::::::. ::::::.:..:::.::.::.::.
CCDS78 MVKMKGYTSWGISLSVADLTESILKNLRRVHPVSTLSKGLYGINEDIFLSVPCILGENGI
250 260 270 280 290 300
310 320 330
pF1KE5 SDVVKINLNSEEEALFKKSAETLWNIQKDLIF
.:..:..:. :::: ..:::::::.:::.:
CCDS78 TDLIKVKLTLEEEACLQKSAETLWEIQKELKL
310 320 330
>>CCDS53611.1 LDHA gene_id:3939|Hs108|chr11 (241 aa)
initn: 1225 init1: 1225 opt: 1247 Z-score: 1586.7 bits: 301.5 E(32554): 4.6e-82
Smith-Waterman score: 1247; 74.1% identity (93.3% similar) in 239 aa overlap (1-239:1-239)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MSTVKEQLIEKLIEDDENSQCKITIVGTGAVGMACAISILLKDLADELALVDVALDKLKG
:.:.:.::: .:...... : :::.::.::::::::::::.:::::::::::: :::::
CCDS53 MATLKDQLIYNLLKEEQTPQNKITVVGVGAVGMACAISILMKDLADELALVDVIEDKLKG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 EMMDLQHGSLFFSTSKITSGKDYSVSANSRIVIVTAGARQQEGETRLALVQRNVAIMKSI
:::::::::::. : ::.:::::.:.:::..::.::::::::::.:: :::::: :.: :
CCDS53 EMMDLQHGSLFLRTPKIVSGKDYNVTANSKLVIITAGARQQEGESRLNLVQRNVNIFKFI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 IPAIVHYSPDCKILVVSNPVDILTYIVWKISGLPVTRVIGSGCNLDSARFRYLIGEKLGV
:: .:.:::.::.:.::::::::::..:::::.: .:::::::::::::::::.::.:::
CCDS53 IPNVVKYSPNCKLLIVSNPVDILTYVAWKISGFPKNRVIGSGCNLDSARFRYLMGERLGV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 HPTSCHGWIIGEHGDSSVPLWSGVNVAGVALKTLDPKLGTDSDKEHWKNIHKQVIQSAYE
:: :::::..:::::::::.:::.:::::.:::: : ::::.:::.::..::::.. ..
CCDS53 HPLSCHGWVLGEHGDSSVPVWSGMNVAGVSLKTLHPDLGTDKDKEQWKEVHKQVVERVFT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 IIKLKGYTSWAIGLSVMDLVGSILKNLRRVHPVSTMVKGLYGIKEELFLSIPCVLGRNGV
CCDS53 E
>>CCDS53610.1 LDHA gene_id:3939|Hs108|chr11 (274 aa)
initn: 1206 init1: 1206 opt: 1206 Z-score: 1533.9 bits: 291.9 E(32554): 4.1e-79
Smith-Waterman score: 1206; 75.9% identity (93.4% similar) in 228 aa overlap (1-228:1-228)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MSTVKEQLIEKLIEDDENSQCKITIVGTGAVGMACAISILLKDLADELALVDVALDKLKG
:.:.:.::: .:...... : :::.::.::::::::::::.:::::::::::: :::::
CCDS53 MATLKDQLIYNLLKEEQTPQNKITVVGVGAVGMACAISILMKDLADELALVDVIEDKLKG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
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:: .:.:::.::.:.::::::::::..:::::.: .:::::::::::::::::.::.:::
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250 260 270
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:.:.:.::: .:...... : :::.::.::::::::::::.:::::::::::: :::::
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::::::..:::::.: .:::::::::::::::::.::.:::
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:: :::::..:::::::::.:::.:::::.:::: : ::::.:::.::..::::..::::
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::.::..:.::::: .::::.:::.:::.: :
CCDS44 SDLVKVTLTSEEEARLKKSADTLWGIQKELQF
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:::.:: : .:.::...: : .::.:.:.
CCDS58 DLLAYIAKITEGVSDTNSKSWANHENKTVNKITVVGGGELGIACTLAISAKGIADRLVLL
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:.. . :: :::. .:. .. .:: :.::.:..:: :... ... : .::
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:: ......::. ::: .::.:.::.:.::..::.: .:..:::: :::::: :..
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]