Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE5420
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5420, 315 aa
1>>>pF1KE5420 315 - 315 aa - 315 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5900+/-0.000905; mu= 13.9682+/- 0.054
mean_var=68.6326+/-13.338, 0's: 0 Z-trim(105.6): 46 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.154814
statistics sampled from 8450 (8487) to 8450 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.632), E-opt: 0.2 (0.261), width: 16
Scan time: 2.150
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS10620.1 CACNG3 gene_id:10368|Hs108|chr16 ( 315) 2092 476.3 1.3e-134
CCDS13931.1 CACNG2 gene_id:10369|Hs108|chr22 ( 323) 1592 364.6 5.6e-101
CCDS11667.1 CACNG4 gene_id:27092|Hs108|chr17 ( 327) 1061 246.0 2.9e-65
CCDS33104.1 CACNG8 gene_id:59283|Hs108|chr19 ( 425) 761 179.1 5.3e-45
CCDS11665.1 CACNG5 gene_id:27091|Hs108|chr17 ( 275) 410 100.6 1.5e-21
CCDS12868.1 CACNG7 gene_id:59284|Hs108|chr19 ( 275) 374 92.6 3.8e-19
>>CCDS10620.1 CACNG3 gene_id:10368|Hs108|chr16 (315 aa)
initn: 2092 init1: 2092 opt: 2092 Z-score: 2530.0 bits: 476.3 E(32554): 1.3e-134
Smith-Waterman score: 2092; 100.0% identity (100.0% similar) in 315 aa overlap (1-315:1-315)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MRMCDRGIQMLITTVGAFAAFSLMTIAVGTDYWLYSRGVCRTKSTSDNETSRKNEEVMTH
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CCDS10 MRMCDRGIQMLITTVGAFAAFSLMTIAVGTDYWLYSRGVCRTKSTSDNETSRKNEEVMTH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 SGLWRTCCLEGAFRGVCKKIDHFPEDADYEQDTAEYLLRAVRASSVFPILSVTLLFFGGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SGLWRTCCLEGAFRGVCKKIDHFPEDADYEQDTAEYLLRAVRASSVFPILSVTLLFFGGL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 CVAASEFHRSRHNVILSAGIFFVSAGLSNIIGIIVYISANAGDPGQRDSKKSYSYGWSFY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 CVAASEFHRSRHNVILSAGIFFVSAGLSNIIGIIVYISANAGDPGQRDSKKSYSYGWSFY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 FGAFSFIIAEIVGVVAVHIYIEKHQQLRAKSHSEFLKKSTFARLPPYRYRFRRRSSSRST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 FGAFSFIIAEIVGVVAVHIYIEKHQQLRAKSHSEFLKKSTFARLPPYRYRFRRRSSSRST
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 EPRSRDLSPISKGFHTIPSTDISMFTLSRDPSKITMGTLLNSDRDHAFLQFHNSTPKEFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 EPRSRDLSPISKGFHTIPSTDISMFTLSRDPSKITMGTLLNSDRDHAFLQFHNSTPKEFK
250 260 270 280 290 300
310
pF1KE5 ESLHNNPANRRTTPV
:::::::::::::::
CCDS10 ESLHNNPANRRTTPV
310
>>CCDS13931.1 CACNG2 gene_id:10369|Hs108|chr22 (323 aa)
initn: 1322 init1: 1002 opt: 1592 Z-score: 1926.3 bits: 364.6 E(32554): 5.6e-101
Smith-Waterman score: 1592; 74.6% identity (90.7% similar) in 323 aa overlap (1-315:1-323)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MRMCDRGIQMLITTVGAFAAFSLMTIAVGTDYWLYSRGVCRTKSTSDNETSRKNEEVMTH
: . :::.:::.::::::::::::::::::::::::::::.:::.:.::::.::::::::
CCDS13 MGLFDRGVQMLLTTVGAFAAFSLMTIAVGTDYWLYSRGVCKTKSVSENETSKKNEEVMTH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 SGLWRTCCLEGAFRGVCKKIDHFPEDADYEQDTAEYLLRAVRASSVFPILSVTLLFFGGL
::::::::::: :.:.::.::::::::::: :::::.::::::::.:::::: :::.:::
CCDS13 SGLWRTCCLEGNFKGLCKQIDHFPEDADYEADTAEYFLRAVRASSIFPILSVILLFMGGL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KE5 CVAASEFHRSRHNVILSAGIFFVSAGLSNIIGIIVYISANAGDPGQRDSKK-SYSYGWSF
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CCDS13 CIAASEFYKTRHNIILSAGIFFVSAGLSNIIGIIVYISANAGDPSKSDSKKNSYSYGWSF
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 YFGAFSFIIAEIVGVVAVHIYIEKHQQLRAKSH-SEFLKKSTFARLPPYRYRFRRRS--S
::::.::::::.:::.:::..:..:.:::: .. ...:. :...:.: ::::..::: :
CCDS13 YFGALSFIIAEMVGVLAVHMFIDRHKQLRATARATDYLQASAITRIPSYRYRYQRRSRSS
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 SRSTEP-RSRDLSPIS-KGFHTIPSTDISMFTLSRDPSKI--TMGTLLNSDRDHAFLQFH
:::::: .::: ::.. :::.:.:::.:::.:::::: : : . :::::..::: :
CCDS13 SRSTEPSHSRDASPVGIKGFNTLPSTEISMYTLSRDPLKAATTPTATYNSDRDNSFLQVH
250 260 270 280 290 300
300 310
pF1KE5 NSTPKEFKESLHNNPANRRTTPV
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CCDS13 NCIQKENKDSLHSNTANRRTTPV
310 320
>>CCDS11667.1 CACNG4 gene_id:27092|Hs108|chr17 (327 aa)
initn: 1202 init1: 529 opt: 1061 Z-score: 1285.3 bits: 246.0 E(32554): 2.9e-65
Smith-Waterman score: 1221; 57.2% identity (81.7% similar) in 327 aa overlap (1-315:1-327)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MRMCDRGIQMLITTVGAFAAFSLMTIAVGTDYWLYSRG-VCRTKSTS--DNETSRKNEEV
: ::::.:::.::.:::::::::.::.:::::::: . .: . . :. :. .
CCDS11 MVRCDRGLQMLLTTAGAFAAFSLMAIAIGTDYWLYSSAHICNGTNLTMDDGPPPRRARGD
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 MTHSGLWRTCCLEGAFRGVCKKIDHFPEDADYEQDTAEYLLRAVRASSVFPILSVTLLFF
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CCDS11 LTHSGLWRVCCIEGIYKGHCFRINHFPEDNDYDHDSSEYLLRIVRASSVFPILSTILLLL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 GGLCVAASEFHRSRHNVILSAGIFFVSAGLSNIIGIIVYISANAGDPGQR---DSKKSYS
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CCDS11 GGLCIGAGRIYSRKNNIVLSAGILFVAAGLSNIIGIIVYISSNTGDPSDKRDEDKKNHYN
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 YGWSFYFGAFSFIIAEIVGVVAVHIYIEKHQQLRAKSHSEFLKKST---FARLPPYRYRF
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CCDS11 YGWSFYFGALSFIVAETVGVLAVNIYIEKNKELRFKTKREFLKASSSSPYARMPSYRYRR
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280
pF1KE5 RR-RSSSRSTEPR-SRDLSPIS-KGFHTIPSTDISMFTLSRDPSKITMGTLLNSDRDHAF
:: :::::::: :::.::.. : .:: ..::.::::.: :.: .. . :.. .:
CCDS11 RRSRSSSRSTEASPSRDVSPMGLKITGAIPMGELSMYTLSREPLKVTTAASYSPDQEASF
250 260 270 280 290 300
290 300 310
pF1KE5 LQFHNSTPKEFKESLHNNPANRRTTPV
:: :. ...::..: . :::::::
CCDS11 LQVHDFFQQDLKEGFHVSMLNRRTTPV
310 320
>>CCDS33104.1 CACNG8 gene_id:59283|Hs108|chr19 (425 aa)
initn: 926 init1: 562 opt: 761 Z-score: 921.4 bits: 179.1 E(32554): 5.3e-45
Smith-Waterman score: 1100; 58.5% identity (80.1% similar) in 301 aa overlap (4-273:15-315)
10 20 30 40
pF1KE5 MRMCDRGIQMLITTVGAFAAFSLMTIAVGTDYWLYSRG-VCRTKSTS--
:..:.:.:.:::::::::.:::::..::::::.:. .: : . .
CCDS33 MESLKRWNEERGLWCEKGVQVLLTTVGAFAAFGLMTIAISTDYWLYTRALICNTTNLTAG
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90
pF1KE5 -DNETS---------RKNEEVMTHSGLWRTCCLEGAFRGVCKKIDHFPEDADYEQDTAEY
:. : .:. .::::::: ::::: :::: ::.:::::.::..:.:::
CCDS33 GDDGTPHRGGGGASEKKDPGGLTHSGLWRICCLEGLKRGVCVKINHFPEDTDYDHDSAEY
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE5 LLRAVRASSVFPILSVTLLFFGGLCVAASEFHRSRHNVILSAGIFFVSAGLSNIIGIIVY
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CCDS33 LLRVVRASSIFPILSAILLLLGGVCVAASRVYKSKRNIILGAGILFVAAGLSNIIGVIVY
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KE5 ISANAGDPG-QRDSKKS--YSYGWSFYFGAFSFIIAEIVGVVAVHIYIEKHQQLRAKSHS
::::::.:: .:: .:. ::::::::::..:::.::..::.::.::::. .. . .:.:
CCDS33 ISANAGEPGPKRDEEKKNHYSYGWSFYFGGLSFILAEVIGVLAVNIYIERSREAHCQSRS
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250
pF1KE5 EFLKK------------STFARLPPYRYRFRRRS--SSRSTEPR-SRDLSPISKGFHTIP
..:: :.. ::: ::.:.:::: ::::.:: ::: :: . : .
CCDS33 DLLKAGGGAGGSGGSGPSAILRLPSYRFRYRRRSRSSSRSSEPSPSRDASPGGPGGPGFA
250 260 270 280 290 300
260 270 280 290 300 310
pF1KE5 STDISMFTLSRDPSKITMGTLLNSDRDHAFLQFHNSTPKEFKESLHNNPANRRTTPV
::::::.::::::::
CCDS33 STDISMYTLSRDPSKGSVAAGLAGAGGGGGGAVGAFGGAAGGAGGGGGGGGGAGAERDRG
310 320 330 340 350 360
>>CCDS11665.1 CACNG5 gene_id:27091|Hs108|chr17 (275 aa)
initn: 390 init1: 141 opt: 410 Z-score: 500.6 bits: 100.6 E(32554): 1.5e-21
Smith-Waterman score: 410; 32.4% identity (69.0% similar) in 210 aa overlap (1-204:1-204)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MRMCDRGIQMLITTVGAFAAFSLMTIAVGTDYWLY-SRGVCRTKSTSDNETSRKNEEVMT
: : : :...: : ...:. :::.:::::: .:: . .:.... ..
CCDS11 MSACGRKALTLLSSVFAVCGLGLLGIAVSTDYWLYLEEGVI----VPQNQSTEI--KMSL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 HSGLWRTCCLEGAFRGVCKKIDH-FPEDADYEQDTAEYLLRAVRASSVFPILSVTLLFFG
::::::.: : : :: : :.. .: ... .... .:. .:... ::..:. ..:.:
CCDS11 HSGLWRVCFLAGEERGRCFTIEYVMPMNTQLTSESTVNVLKMIRSATPFPLVSLFFMFIG
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 GLCVAASEFHRSRHNVILSAGIFFVSAGLSNIIGIIVYISANAGDPGQR--DSKK--SYS
. .... : . . .::::. .::: ..:...:::. . .: :.. .:.
CCDS11 FILNNIGHIRPHRTILAFVSGIFFILSGLSLVVGLVLYISSINDEMLNRTKDAETYFNYK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 YGWSFYFGAFSFIIAEIVGVVAVHIYIEKHQQLRAKSHSEFLKKSTFARLPPYRYRFRRR
::::: :.:.::...: .::..:.......
CCDS11 YGWSFAFAAISFLLTESAGVMSVYLFMKRYTAEDMYRPHPGFYRPRLSNCSDYSGQFLHP
180 190 200 210 220 230
>>CCDS12868.1 CACNG7 gene_id:59284|Hs108|chr19 (275 aa)
initn: 331 init1: 147 opt: 374 Z-score: 457.2 bits: 92.6 E(32554): 3.8e-19
Smith-Waterman score: 374; 30.4% identity (64.7% similar) in 224 aa overlap (1-217:1-218)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MRMCD-RGIQMLITTVGAFAAFSLMTIAVGTDYWLYSRGVCRTKSTSDNETSRKNEEVMT
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CCDS12 MSHCSSRALTLLSSVFGA-CGLLLVGIAVSTDYWLYME---EGTVLPQNQTTE--VKMAL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 HSGLWRTCCLEGAFRGVCKKIDHFPE-DADYEQDTAEYLLRAVRASSVFPILSVTLLFFG
:.::::.: . : .: : ..: : . . ...: .:..::... ::..:. :.: .
CCDS12 HAGLWRVCFFAGREKGRCVASEYFLEPEINLVTENTENILKTVRTATPFPMVSLFLVFTA
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 GLCVAASEFHRSRHNVILSAGIFFVSAGLSNIIGIIVYISANAGDPGQRDSKKS----YS
. .... .: . . .::::. .::: ..:...:::. . .: :.. :
CCDS12 FVISNIGHIRPQRTILAFVSGIFFILSGLSLVVGLVLYISSINDEVMNRPSSSEQYFHYR
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 YGWSFYFGAFSFIIAEIVGVVAVHIYIEKHQQLRA-KSHSEFLKKSTFARLPPYRYRFRR
::::: :.: ::.. : .::..:... ... . . . : : .
CCDS12 YGWSFAFAASSFLLKEGAGVMSVYLFTKRYAEEEMYRPHPAFYRPRLSDCSDYSGQFLQP
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 RSSSRSTEPRSRDLSPISKGFHTIPSTDISMFTLSRDPSKITMGTLLNSDRDHAFLQFHN
CCDS12 EAWRRGRSPSDISSDVSIQMTQNYPPAIKYPDHLHISTSPC
240 250 260 270
315 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Tue Nov 8 00:35:09 2016 done: Tue Nov 8 00:35:09 2016
Total Scan time: 2.150 Total Display time: 0.010
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]