Result of FASTA (omim) for
pFN21AE5321
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5321, 283 aa
1>>>pF1KE5321 283 - 283 aa - 283 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1312+/-0.000478; mu= 15.3346+/- 0.030
mean_var=56.1824+/-11.813, 0's: 0 Z-trim(107.2): 40 B-trim: 104 in 1/48
Lambda= 0.171109
statistics sampled from 15268 (15298) to 15268 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.535), E-opt: 0.2 (0.179), width: 16
Scan time: 5.850
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_005653 (OMIM: 610029) voltage-dependent anion-s ( 283) 1876 471.8 6.6e-133
NP_001129166 (OMIM: 610029) voltage-dependent anio ( 284) 1864 468.8 5.1e-132
XP_006716457 (OMIM: 610029) PREDICTED: voltage-dep ( 251) 1606 405.1 6.8e-113
NP_001311017 (OMIM: 193245) voltage-dependent anio ( 294) 1448 366.1 4.3e-101
NP_001171752 (OMIM: 193245) voltage-dependent anio ( 294) 1448 366.1 4.3e-101
NP_003366 (OMIM: 193245) voltage-dependent anion-s ( 294) 1448 366.1 4.3e-101
NP_001171712 (OMIM: 193245) voltage-dependent anio ( 309) 1448 366.1 4.5e-101
XP_016865311 (OMIM: 604492) PREDICTED: voltage-dep ( 283) 1318 334.0 1.9e-91
XP_005272132 (OMIM: 604492) PREDICTED: voltage-dep ( 283) 1318 334.0 1.9e-91
NP_003365 (OMIM: 604492) voltage-dependent anion-s ( 283) 1318 334.0 1.9e-91
XP_016865310 (OMIM: 604492) PREDICTED: voltage-dep ( 283) 1318 334.0 1.9e-91
XP_016865312 (OMIM: 604492) PREDICTED: voltage-dep ( 283) 1318 334.0 1.9e-91
NP_001311018 (OMIM: 193245) voltage-dependent anio ( 255) 1226 311.3 1.2e-84
NP_001311016 (OMIM: 193245) voltage-dependent anio ( 255) 1226 311.3 1.2e-84
NP_001311019 (OMIM: 193245) voltage-dependent anio ( 255) 1226 311.3 1.2e-84
>>NP_005653 (OMIM: 610029) voltage-dependent anion-selec (283 aa)
initn: 1876 init1: 1876 opt: 1876 Z-score: 2507.1 bits: 471.8 E(85289): 6.6e-133
Smith-Waterman score: 1876; 100.0% identity (100.0% similar) in 283 aa overlap (1-283:1-283)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MCNTPTYCDLGKAAKDVFNKGYGFGMVKIDLKTKSCSGVEFSTSGHAYTDTGKASGNLET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 MCNTPTYCDLGKAAKDVFNKGYGFGMVKIDLKTKSCSGVEFSTSGHAYTDTGKASGNLET
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 KYKVCNYGLTFTQKWNTDNTLGTEISWENKLAEGLKLTLDTIFVPNTGKKSGKLKASYKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 KYKVCNYGLTFTQKWNTDNTLGTEISWENKLAEGLKLTLDTIFVPNTGKKSGKLKASYKR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 DCFSVGSNVDIDFSGPTIYGWAVLAFEGWLAGYQMSFDTAKSKLSQNNFALGYKAADFQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 DCFSVGSNVDIDFSGPTIYGWAVLAFEGWLAGYQMSFDTAKSKLSQNNFALGYKAADFQL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 HTHVNDGTEFGGSIYQKVNEKIETSINLAWTAGSNNTRFGIAAKYMLDCRTSLSAKVNNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 HTHVNDGTEFGGSIYQKVNEKIETSINLAWTAGSNNTRFGIAAKYMLDCRTSLSAKVNNA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280
pF1KE5 SLIGLGYTQTLRPGVKLTLSALIDGKNFSAGGHKVGLGFELEA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 SLIGLGYTQTLRPGVKLTLSALIDGKNFSAGGHKVGLGFELEA
250 260 270 280
>>NP_001129166 (OMIM: 610029) voltage-dependent anion-se (284 aa)
initn: 1603 init1: 1603 opt: 1864 Z-score: 2491.1 bits: 468.8 E(85289): 5.1e-132
Smith-Waterman score: 1864; 99.6% identity (99.6% similar) in 284 aa overlap (1-283:1-284)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MCNTPTYCDLGKAAKDVFNKGYGFGMVKIDLKTKSCSGV-EFSTSGHAYTDTGKASGNLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::
NP_001 MCNTPTYCDLGKAAKDVFNKGYGFGMVKIDLKTKSCSGVMEFSTSGHAYTDTGKASGNLE
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 TKYKVCNYGLTFTQKWNTDNTLGTEISWENKLAEGLKLTLDTIFVPNTGKKSGKLKASYK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TKYKVCNYGLTFTQKWNTDNTLGTEISWENKLAEGLKLTLDTIFVPNTGKKSGKLKASYK
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 RDCFSVGSNVDIDFSGPTIYGWAVLAFEGWLAGYQMSFDTAKSKLSQNNFALGYKAADFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RDCFSVGSNVDIDFSGPTIYGWAVLAFEGWLAGYQMSFDTAKSKLSQNNFALGYKAADFQ
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 LHTHVNDGTEFGGSIYQKVNEKIETSINLAWTAGSNNTRFGIAAKYMLDCRTSLSAKVNN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LHTHVNDGTEFGGSIYQKVNEKIETSINLAWTAGSNNTRFGIAAKYMLDCRTSLSAKVNN
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280
pF1KE5 ASLIGLGYTQTLRPGVKLTLSALIDGKNFSAGGHKVGLGFELEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ASLIGLGYTQTLRPGVKLTLSALIDGKNFSAGGHKVGLGFELEA
250 260 270 280
>>XP_006716457 (OMIM: 610029) PREDICTED: voltage-depende (251 aa)
initn: 1606 init1: 1606 opt: 1606 Z-score: 2147.7 bits: 405.1 E(85289): 6.8e-113
Smith-Waterman score: 1606; 98.4% identity (99.2% similar) in 249 aa overlap (35-283:3-251)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 PTYCDLGKAAKDVFNKGYGFGMVKIDLKTKSCSGVEFSTSGHAYTDTGKASGNLETKYKV
: . .:::::::::::::::::::::::::
XP_006 MSSTKDMEFSTSGHAYTDTGKASGNLETKYKV
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 CNYGLTFTQKWNTDNTLGTEISWENKLAEGLKLTLDTIFVPNTGKKSGKLKASYKRDCFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 CNYGLTFTQKWNTDNTLGTEISWENKLAEGLKLTLDTIFVPNTGKKSGKLKASYKRDCFS
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 VGSNVDIDFSGPTIYGWAVLAFEGWLAGYQMSFDTAKSKLSQNNFALGYKAADFQLHTHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 VGSNVDIDFSGPTIYGWAVLAFEGWLAGYQMSFDTAKSKLSQNNFALGYKAADFQLHTHV
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 NDGTEFGGSIYQKVNEKIETSINLAWTAGSNNTRFGIAAKYMLDCRTSLSAKVNNASLIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 NDGTEFGGSIYQKVNEKIETSINLAWTAGSNNTRFGIAAKYMLDCRTSLSAKVNNASLIG
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280
pF1KE5 LGYTQTLRPGVKLTLSALIDGKNFSAGGHKVGLGFELEA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 LGYTQTLRPGVKLTLSALIDGKNFSAGGHKVGLGFELEA
220 230 240 250
>>NP_001311017 (OMIM: 193245) voltage-dependent anion-se (294 aa)
initn: 1448 init1: 1448 opt: 1448 Z-score: 1935.9 bits: 366.1 E(85289): 4.3e-101
Smith-Waterman score: 1448; 73.5% identity (94.0% similar) in 283 aa overlap (1-283:12-294)
10 20 30 40
pF1KE5 MCNTPTYCDLGKAAKDVFNKGYGFGMVKIDLKTKSCSGVEFSTSGHAYT
:: :.: ::::::.:.::::.:::.::.:.:::::::::::::: . :
NP_001 MATHGQTCARPMCIPPSYADLGKAARDIFNKGFGFGLVKLDVKTKSCSGVEFSTSGSSNT
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE5 DTGKASGNLETKYKVCNYGLTFTQKWNTDNTLGTEISWENKLAEGLKLTLDTIFVPNTGK
::::..:.:::::: :.::::::.::::::::::::. :... .:::::.:: : :::::
NP_001 DTGKVTGTLETKYKWCEYGLTFTEKWNTDNTLGTEIAIEDQICQGLKLTFDTTFSPNTGK
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE5 KSGKLKASYKRDCFSVGSNVDIDFSGPTIYGWAVLAFEGWLAGYQMSFDTAKSKLSQNNF
::::.:.::::.:...: .::.::.::.:.: ::...:::::::::.::.:::::..:::
NP_001 KSGKIKSSYKRECINLGCDVDFDFAGPAIHGSAVFGYEGWLAGYQMTFDSAKSKLTRNNF
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE5 ALGYKAADFQLHTHVNDGTEFGGSIYQKVNEKIETSINLAWTAGSNNTRFGIAAKYMLDC
:.::...::::::.::::::::::::::: : ..::.:::::.:.: :::::::::.::
NP_001 AVGYRTGDFQLHTNVNDGTEFGGSIYQKVCEDLDTSVNLAWTSGTNCTRFGIAAKYQLDP
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KE5 RTSLSAKVNNASLIGLGYTQTLRPGVKLTLSALIDGKNFSAGGHKVGLGFELEA
.:.::::::.::::.:::::::::::::::::.:::...::::::::..::::
NP_001 TASISAKVNNSSLIGVGYTQTLRPGVKLTLSALVDGKSINAGGHKVGLALELEA
250 260 270 280 290
>>NP_001171752 (OMIM: 193245) voltage-dependent anion-se (294 aa)
initn: 1448 init1: 1448 opt: 1448 Z-score: 1935.9 bits: 366.1 E(85289): 4.3e-101
Smith-Waterman score: 1448; 73.5% identity (94.0% similar) in 283 aa overlap (1-283:12-294)
10 20 30 40
pF1KE5 MCNTPTYCDLGKAAKDVFNKGYGFGMVKIDLKTKSCSGVEFSTSGHAYT
:: :.: ::::::.:.::::.:::.::.:.:::::::::::::: . :
NP_001 MATHGQTCARPMCIPPSYADLGKAARDIFNKGFGFGLVKLDVKTKSCSGVEFSTSGSSNT
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE5 DTGKASGNLETKYKVCNYGLTFTQKWNTDNTLGTEISWENKLAEGLKLTLDTIFVPNTGK
::::..:.:::::: :.::::::.::::::::::::. :... .:::::.:: : :::::
NP_001 DTGKVTGTLETKYKWCEYGLTFTEKWNTDNTLGTEIAIEDQICQGLKLTFDTTFSPNTGK
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE5 KSGKLKASYKRDCFSVGSNVDIDFSGPTIYGWAVLAFEGWLAGYQMSFDTAKSKLSQNNF
::::.:.::::.:...: .::.::.::.:.: ::...:::::::::.::.:::::..:::
NP_001 KSGKIKSSYKRECINLGCDVDFDFAGPAIHGSAVFGYEGWLAGYQMTFDSAKSKLTRNNF
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE5 ALGYKAADFQLHTHVNDGTEFGGSIYQKVNEKIETSINLAWTAGSNNTRFGIAAKYMLDC
:.::...::::::.::::::::::::::: : ..::.:::::.:.: :::::::::.::
NP_001 AVGYRTGDFQLHTNVNDGTEFGGSIYQKVCEDLDTSVNLAWTSGTNCTRFGIAAKYQLDP
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KE5 RTSLSAKVNNASLIGLGYTQTLRPGVKLTLSALIDGKNFSAGGHKVGLGFELEA
.:.::::::.::::.:::::::::::::::::.:::...::::::::..::::
NP_001 TASISAKVNNSSLIGVGYTQTLRPGVKLTLSALVDGKSINAGGHKVGLALELEA
250 260 270 280 290
>>NP_003366 (OMIM: 193245) voltage-dependent anion-selec (294 aa)
initn: 1448 init1: 1448 opt: 1448 Z-score: 1935.9 bits: 366.1 E(85289): 4.3e-101
Smith-Waterman score: 1448; 73.5% identity (94.0% similar) in 283 aa overlap (1-283:12-294)
10 20 30 40
pF1KE5 MCNTPTYCDLGKAAKDVFNKGYGFGMVKIDLKTKSCSGVEFSTSGHAYT
:: :.: ::::::.:.::::.:::.::.:.:::::::::::::: . :
NP_003 MATHGQTCARPMCIPPSYADLGKAARDIFNKGFGFGLVKLDVKTKSCSGVEFSTSGSSNT
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE5 DTGKASGNLETKYKVCNYGLTFTQKWNTDNTLGTEISWENKLAEGLKLTLDTIFVPNTGK
::::..:.:::::: :.::::::.::::::::::::. :... .:::::.:: : :::::
NP_003 DTGKVTGTLETKYKWCEYGLTFTEKWNTDNTLGTEIAIEDQICQGLKLTFDTTFSPNTGK
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE5 KSGKLKASYKRDCFSVGSNVDIDFSGPTIYGWAVLAFEGWLAGYQMSFDTAKSKLSQNNF
::::.:.::::.:...: .::.::.::.:.: ::...:::::::::.::.:::::..:::
NP_003 KSGKIKSSYKRECINLGCDVDFDFAGPAIHGSAVFGYEGWLAGYQMTFDSAKSKLTRNNF
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE5 ALGYKAADFQLHTHVNDGTEFGGSIYQKVNEKIETSINLAWTAGSNNTRFGIAAKYMLDC
:.::...::::::.::::::::::::::: : ..::.:::::.:.: :::::::::.::
NP_003 AVGYRTGDFQLHTNVNDGTEFGGSIYQKVCEDLDTSVNLAWTSGTNCTRFGIAAKYQLDP
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KE5 RTSLSAKVNNASLIGLGYTQTLRPGVKLTLSALIDGKNFSAGGHKVGLGFELEA
.:.::::::.::::.:::::::::::::::::.:::...::::::::..::::
NP_003 TASISAKVNNSSLIGVGYTQTLRPGVKLTLSALVDGKSINAGGHKVGLALELEA
250 260 270 280 290
>>NP_001171712 (OMIM: 193245) voltage-dependent anion-se (309 aa)
initn: 1448 init1: 1448 opt: 1448 Z-score: 1935.5 bits: 366.1 E(85289): 4.5e-101
Smith-Waterman score: 1448; 73.5% identity (94.0% similar) in 283 aa overlap (1-283:27-309)
10 20 30
pF1KE5 MCNTPTYCDLGKAAKDVFNKGYGFGMVKIDLKTK
:: :.: ::::::.:.::::.:::.::.:.:::
NP_001 MSWCNELRLPALKQHSIGRGLESHITMCIPPSYADLGKAARDIFNKGFGFGLVKLDVKTK
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KE5 SCSGVEFSTSGHAYTDTGKASGNLETKYKVCNYGLTFTQKWNTDNTLGTEISWENKLAEG
::::::::::: . :::::..:.:::::: :.::::::.::::::::::::. :... .:
NP_001 SCSGVEFSTSGSSNTDTGKVTGTLETKYKWCEYGLTFTEKWNTDNTLGTEIAIEDQICQG
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE5 LKLTLDTIFVPNTGKKSGKLKASYKRDCFSVGSNVDIDFSGPTIYGWAVLAFEGWLAGYQ
::::.:: : :::::::::.:.::::.:...: .::.::.::.:.: ::...::::::::
NP_001 LKLTFDTTFSPNTGKKSGKIKSSYKRECINLGCDVDFDFAGPAIHGSAVFGYEGWLAGYQ
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KE5 MSFDTAKSKLSQNNFALGYKAADFQLHTHVNDGTEFGGSIYQKVNEKIETSINLAWTAGS
:.::.:::::..::::.::...::::::.::::::::::::::: : ..::.:::::.:.
NP_001 MTFDSAKSKLTRNNFAVGYRTGDFQLHTNVNDGTEFGGSIYQKVCEDLDTSVNLAWTSGT
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KE5 NNTRFGIAAKYMLDCRTSLSAKVNNASLIGLGYTQTLRPGVKLTLSALIDGKNFSAGGHK
: :::::::::.:: .:.::::::.::::.:::::::::::::::::.:::...:::::
NP_001 NCTRFGIAAKYQLDPTASISAKVNNSSLIGVGYTQTLRPGVKLTLSALVDGKSINAGGHK
250 260 270 280 290 300
280
pF1KE5 VGLGFELEA
:::..::::
NP_001 VGLALELEA
>>XP_016865311 (OMIM: 604492) PREDICTED: voltage-depende (283 aa)
initn: 1343 init1: 1316 opt: 1318 Z-score: 1762.7 bits: 334.0 E(85289): 1.9e-91
Smith-Waterman score: 1318; 67.5% identity (91.9% similar) in 283 aa overlap (1-283:1-283)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MCNTPTYCDLGKAAKDVFNKGYGFGMVKIDLKTKSCSGVEFSTSGHAYTDTGKASGNLET
: ::: ::::.:.:::.::::::..:.:::::: .:.::..:: : :.: :..:.:::
XP_016 MAVPPTYADLGKSARDVFTKGYGFGLIKLDLKTKSENGLEFTSSGSANTETTKVTGSLET
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 KYKVCNYGLTFTQKWNTDNTLGTEISWENKLAEGLKLTLDTIFVPNTGKKSGKLKASYKR
::. .::::::.::::::::::::. :..::.:::::.:. : ::::::..:.:..:::
XP_016 KYRWTEYGLTFTEKWNTDNTLGTEITVEDQLARGLKLTFDSSFSPNTGKKNAKIKTGYKR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 DCFSVGSNVDIDFSGPTIYGWAVLAFEGWLAGYQMSFDTAKSKLSQNNFALGYKAADFQL
. ...: ..:.:..::.: : ::..:::::::::.:.::::...:.:::.:::. .:::
XP_016 EHINLGCDMDFDIAGPSIRGALVLGYEGWLAGYQMNFETAKSRVTQSNFAVGYKTDEFQL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 HTHVNDGTEFGGSIYQKVNEKIETSINLAWTAGSNNTRFGIAAKYMLDCRTSLSAKVNNA
::.::::::::::::::::.:.::..:::::::..::::::::::..: . .::::::.
XP_016 HTNVNDGTEFGGSIYQKVNKKLETAVNLAWTAGNSNTRFGIAAKYQIDPDACFSAKVNNS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280
pF1KE5 SLIGLGYTQTLRPGVKLTLSALIDGKNFSAGGHKVGLGFELEA
:::::::::::.::.:::::::.:::: .:::::.:::.:..:
XP_016 SLIGLGYTQTLKPGIKLTLSALLDGKNVNAGGHKLGLGLEFQA
250 260 270 280
>>XP_005272132 (OMIM: 604492) PREDICTED: voltage-depende (283 aa)
initn: 1343 init1: 1316 opt: 1318 Z-score: 1762.7 bits: 334.0 E(85289): 1.9e-91
Smith-Waterman score: 1318; 67.5% identity (91.9% similar) in 283 aa overlap (1-283:1-283)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MCNTPTYCDLGKAAKDVFNKGYGFGMVKIDLKTKSCSGVEFSTSGHAYTDTGKASGNLET
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>>NP_003365 (OMIM: 604492) voltage-dependent anion-selec (283 aa)
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283 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]