Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE5321
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5321, 283 aa
1>>>pF1KE5321 283 - 283 aa - 283 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3280+/-0.0011; mu= 13.8822+/- 0.066
mean_var=53.7562+/-10.850, 0's: 0 Z-trim(100.6): 29 B-trim: 0 in 0/47
Lambda= 0.174928
statistics sampled from 6168 (6175) to 6168 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.559), E-opt: 0.2 (0.19), width: 16
Scan time: 2.170
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6131.1 VDAC3 gene_id:7419|Hs108|chr8 ( 283) 1876 481.9 2.3e-136
CCDS47850.1 VDAC3 gene_id:7419|Hs108|chr8 ( 284) 1864 478.8 1.9e-135
CCDS7348.1 VDAC2 gene_id:7417|Hs108|chr10 ( 294) 1448 373.9 7.8e-104
CCDS53544.1 VDAC2 gene_id:7417|Hs108|chr10 ( 309) 1448 373.9 8.1e-104
CCDS4168.1 VDAC1 gene_id:7416|Hs108|chr5 ( 283) 1318 341.0 5.6e-94
>>CCDS6131.1 VDAC3 gene_id:7419|Hs108|chr8 (283 aa)
initn: 1876 init1: 1876 opt: 1876 Z-score: 2561.7 bits: 481.9 E(32554): 2.3e-136
Smith-Waterman score: 1876; 100.0% identity (100.0% similar) in 283 aa overlap (1-283:1-283)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MCNTPTYCDLGKAAKDVFNKGYGFGMVKIDLKTKSCSGVEFSTSGHAYTDTGKASGNLET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 MCNTPTYCDLGKAAKDVFNKGYGFGMVKIDLKTKSCSGVEFSTSGHAYTDTGKASGNLET
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 KYKVCNYGLTFTQKWNTDNTLGTEISWENKLAEGLKLTLDTIFVPNTGKKSGKLKASYKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 KYKVCNYGLTFTQKWNTDNTLGTEISWENKLAEGLKLTLDTIFVPNTGKKSGKLKASYKR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 DCFSVGSNVDIDFSGPTIYGWAVLAFEGWLAGYQMSFDTAKSKLSQNNFALGYKAADFQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 DCFSVGSNVDIDFSGPTIYGWAVLAFEGWLAGYQMSFDTAKSKLSQNNFALGYKAADFQL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 HTHVNDGTEFGGSIYQKVNEKIETSINLAWTAGSNNTRFGIAAKYMLDCRTSLSAKVNNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 HTHVNDGTEFGGSIYQKVNEKIETSINLAWTAGSNNTRFGIAAKYMLDCRTSLSAKVNNA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280
pF1KE5 SLIGLGYTQTLRPGVKLTLSALIDGKNFSAGGHKVGLGFELEA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 SLIGLGYTQTLRPGVKLTLSALIDGKNFSAGGHKVGLGFELEA
250 260 270 280
>>CCDS47850.1 VDAC3 gene_id:7419|Hs108|chr8 (284 aa)
initn: 1603 init1: 1603 opt: 1864 Z-score: 2545.3 bits: 478.8 E(32554): 1.9e-135
Smith-Waterman score: 1864; 99.6% identity (99.6% similar) in 284 aa overlap (1-283:1-284)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MCNTPTYCDLGKAAKDVFNKGYGFGMVKIDLKTKSCSGV-EFSTSGHAYTDTGKASGNLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::
CCDS47 MCNTPTYCDLGKAAKDVFNKGYGFGMVKIDLKTKSCSGVMEFSTSGHAYTDTGKASGNLE
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 TKYKVCNYGLTFTQKWNTDNTLGTEISWENKLAEGLKLTLDTIFVPNTGKKSGKLKASYK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TKYKVCNYGLTFTQKWNTDNTLGTEISWENKLAEGLKLTLDTIFVPNTGKKSGKLKASYK
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 RDCFSVGSNVDIDFSGPTIYGWAVLAFEGWLAGYQMSFDTAKSKLSQNNFALGYKAADFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 RDCFSVGSNVDIDFSGPTIYGWAVLAFEGWLAGYQMSFDTAKSKLSQNNFALGYKAADFQ
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 LHTHVNDGTEFGGSIYQKVNEKIETSINLAWTAGSNNTRFGIAAKYMLDCRTSLSAKVNN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LHTHVNDGTEFGGSIYQKVNEKIETSINLAWTAGSNNTRFGIAAKYMLDCRTSLSAKVNN
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280
pF1KE5 ASLIGLGYTQTLRPGVKLTLSALIDGKNFSAGGHKVGLGFELEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 ASLIGLGYTQTLRPGVKLTLSALIDGKNFSAGGHKVGLGFELEA
250 260 270 280
>>CCDS7348.1 VDAC2 gene_id:7417|Hs108|chr10 (294 aa)
initn: 1448 init1: 1448 opt: 1448 Z-score: 1977.7 bits: 373.9 E(32554): 7.8e-104
Smith-Waterman score: 1448; 73.5% identity (94.0% similar) in 283 aa overlap (1-283:12-294)
10 20 30 40
pF1KE5 MCNTPTYCDLGKAAKDVFNKGYGFGMVKIDLKTKSCSGVEFSTSGHAYT
:: :.: ::::::.:.::::.:::.::.:.:::::::::::::: . :
CCDS73 MATHGQTCARPMCIPPSYADLGKAARDIFNKGFGFGLVKLDVKTKSCSGVEFSTSGSSNT
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE5 DTGKASGNLETKYKVCNYGLTFTQKWNTDNTLGTEISWENKLAEGLKLTLDTIFVPNTGK
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CCDS73 DTGKVTGTLETKYKWCEYGLTFTEKWNTDNTLGTEIAIEDQICQGLKLTFDTTFSPNTGK
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE5 KSGKLKASYKRDCFSVGSNVDIDFSGPTIYGWAVLAFEGWLAGYQMSFDTAKSKLSQNNF
::::.:.::::.:...: .::.::.::.:.: ::...:::::::::.::.:::::..:::
CCDS73 KSGKIKSSYKRECINLGCDVDFDFAGPAIHGSAVFGYEGWLAGYQMTFDSAKSKLTRNNF
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE5 ALGYKAADFQLHTHVNDGTEFGGSIYQKVNEKIETSINLAWTAGSNNTRFGIAAKYMLDC
:.::...::::::.::::::::::::::: : ..::.:::::.:.: :::::::::.::
CCDS73 AVGYRTGDFQLHTNVNDGTEFGGSIYQKVCEDLDTSVNLAWTSGTNCTRFGIAAKYQLDP
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KE5 RTSLSAKVNNASLIGLGYTQTLRPGVKLTLSALIDGKNFSAGGHKVGLGFELEA
.:.::::::.::::.:::::::::::::::::.:::...::::::::..::::
CCDS73 TASISAKVNNSSLIGVGYTQTLRPGVKLTLSALVDGKSINAGGHKVGLALELEA
250 260 270 280 290
>>CCDS53544.1 VDAC2 gene_id:7417|Hs108|chr10 (309 aa)
initn: 1448 init1: 1448 opt: 1448 Z-score: 1977.3 bits: 373.9 E(32554): 8.1e-104
Smith-Waterman score: 1448; 73.5% identity (94.0% similar) in 283 aa overlap (1-283:27-309)
10 20 30
pF1KE5 MCNTPTYCDLGKAAKDVFNKGYGFGMVKIDLKTK
:: :.: ::::::.:.::::.:::.::.:.:::
CCDS53 MSWCNELRLPALKQHSIGRGLESHITMCIPPSYADLGKAARDIFNKGFGFGLVKLDVKTK
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KE5 SCSGVEFSTSGHAYTDTGKASGNLETKYKVCNYGLTFTQKWNTDNTLGTEISWENKLAEG
::::::::::: . :::::..:.:::::: :.::::::.::::::::::::. :... .:
CCDS53 SCSGVEFSTSGSSNTDTGKVTGTLETKYKWCEYGLTFTEKWNTDNTLGTEIAIEDQICQG
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE5 LKLTLDTIFVPNTGKKSGKLKASYKRDCFSVGSNVDIDFSGPTIYGWAVLAFEGWLAGYQ
::::.:: : :::::::::.:.::::.:...: .::.::.::.:.: ::...::::::::
CCDS53 LKLTFDTTFSPNTGKKSGKIKSSYKRECINLGCDVDFDFAGPAIHGSAVFGYEGWLAGYQ
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KE5 MSFDTAKSKLSQNNFALGYKAADFQLHTHVNDGTEFGGSIYQKVNEKIETSINLAWTAGS
:.::.:::::..::::.::...::::::.::::::::::::::: : ..::.:::::.:.
CCDS53 MTFDSAKSKLTRNNFAVGYRTGDFQLHTNVNDGTEFGGSIYQKVCEDLDTSVNLAWTSGT
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KE5 NNTRFGIAAKYMLDCRTSLSAKVNNASLIGLGYTQTLRPGVKLTLSALIDGKNFSAGGHK
: :::::::::.:: .:.::::::.::::.:::::::::::::::::.:::...:::::
CCDS53 NCTRFGIAAKYQLDPTASISAKVNNSSLIGVGYTQTLRPGVKLTLSALVDGKSINAGGHK
250 260 270 280 290 300
280
pF1KE5 VGLGFELEA
:::..::::
CCDS53 VGLALELEA
>>CCDS4168.1 VDAC1 gene_id:7416|Hs108|chr5 (283 aa)
initn: 1343 init1: 1316 opt: 1318 Z-score: 1800.6 bits: 341.0 E(32554): 5.6e-94
Smith-Waterman score: 1318; 67.5% identity (91.9% similar) in 283 aa overlap (1-283:1-283)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MCNTPTYCDLGKAAKDVFNKGYGFGMVKIDLKTKSCSGVEFSTSGHAYTDTGKASGNLET
: ::: ::::.:.:::.::::::..:.:::::: .:.::..:: : :.: :..:.:::
CCDS41 MAVPPTYADLGKSARDVFTKGYGFGLIKLDLKTKSENGLEFTSSGSANTETTKVTGSLET
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 KYKVCNYGLTFTQKWNTDNTLGTEISWENKLAEGLKLTLDTIFVPNTGKKSGKLKASYKR
::. .::::::.::::::::::::. :..::.:::::.:. : ::::::..:.:..:::
CCDS41 KYRWTEYGLTFTEKWNTDNTLGTEITVEDQLARGLKLTFDSSFSPNTGKKNAKIKTGYKR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 DCFSVGSNVDIDFSGPTIYGWAVLAFEGWLAGYQMSFDTAKSKLSQNNFALGYKAADFQL
. ...: ..:.:..::.: : ::..:::::::::.:.::::...:.:::.:::. .:::
CCDS41 EHINLGCDMDFDIAGPSIRGALVLGYEGWLAGYQMNFETAKSRVTQSNFAVGYKTDEFQL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 HTHVNDGTEFGGSIYQKVNEKIETSINLAWTAGSNNTRFGIAAKYMLDCRTSLSAKVNNA
::.::::::::::::::::.:.::..:::::::..::::::::::..: . .::::::.
CCDS41 HTNVNDGTEFGGSIYQKVNKKLETAVNLAWTAGNSNTRFGIAAKYQIDPDACFSAKVNNS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280
pF1KE5 SLIGLGYTQTLRPGVKLTLSALIDGKNFSAGGHKVGLGFELEA
:::::::::::.::.:::::::.:::: .:::::.:::.:..:
CCDS41 SLIGLGYTQTLKPGIKLTLSALLDGKNVNAGGHKLGLGLEFQA
250 260 270 280
283 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Mon Nov 7 23:46:25 2016 done: Mon Nov 7 23:46:26 2016
Total Scan time: 2.170 Total Display time: -0.010
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]