Result of FASTA (omim) for
pFN21AE5066
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5066, 968 aa
1>>>pF1KE5066 968 - 968 aa - 968 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6250+/-0.000493; mu= 19.8554+/- 0.031
mean_var=79.4062+/-16.392, 0's: 0 Z-trim(108.7): 47 B-trim: 816 in 2/48
Lambda= 0.143929
statistics sampled from 16739 (16776) to 16739 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.538), E-opt: 0.2 (0.197), width: 16
Scan time: 11.730
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001596 (OMIM: 601065,613287,616339) alanine--tR ( 968) 6361 1331.7 0
NP_065796 (OMIM: 612035,614096,615889) alanine--tR ( 985) 2777 587.5 1.1e-166
XP_011513066 (OMIM: 612035,614096,615889) PREDICTE ( 955) 2703 572.1 4.7e-162
XP_016866601 (OMIM: 612035,614096,615889) PREDICTE ( 555) 1192 258.2 8.5e-68
XP_005249302 (OMIM: 612035,614096,615889) PREDICTE ( 888) 921 202.1 1.1e-50
>>NP_001596 (OMIM: 601065,613287,616339) alanine--tRNA l (968 aa)
initn: 6361 init1: 6361 opt: 6361 Z-score: 7135.4 bits: 1331.7 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6361; 100.0% identity (100.0% similar) in 968 aa overlap (1-968:1-968)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MDSTLTASEIRQRFIDFFKRNEHTYVHSSATIPLDDPTLLFANAGMNQFKPIFLNTIDPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MDSTLTASEIRQRFIDFFKRNEHTYVHSSATIPLDDPTLLFANAGMNQFKPIFLNTIDPS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 HPMAKLSRAANTQKCIRAGGKHNDLDDVGKDVYHHTFFEMLGSWSFGDYFKELACKMALE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HPMAKLSRAANTQKCIRAGGKHNDLDDVGKDVYHHTFFEMLGSWSFGDYFKELACKMALE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 LLTQEFGIPIERLYVTYFGGDEAAGLEADLECKQIWQNLGLDDTKILPGNMKDNFWEMGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LLTQEFGIPIERLYVTYFGGDEAAGLEADLECKQIWQNLGLDDTKILPGNMKDNFWEMGD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 TGPCGPCSEIHYDRIGGRDAAHLVNQDDPNVLEIWNLVFIQYNREADGILKPLPKKSIDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TGPCGPCSEIHYDRIGGRDAAHLVNQDDPNVLEIWNLVFIQYNREADGILKPLPKKSIDT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 GMGLERLVSVLQNKMSNYDTDLFVPYFEAIQKGTGARPYTGKVGAEDADGIDMAYRVLAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GMGLERLVSVLQNKMSNYDTDLFVPYFEAIQKGTGARPYTGKVGAEDADGIDMAYRVLAD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 HARTITVALADGGRPDNTGRGYVLRRILRRAVRYAHEKLNASRGFFATLVDVVVQSLGDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HARTITVALADGGRPDNTGRGYVLRRILRRAVRYAHEKLNASRGFFATLVDVVVQSLGDA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 FPELKKDPDMVKDIINEEEVQFLKTLSRGRRILDRKIQSLGDSKTIPGDTAWLLYDTYGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FPELKKDPDMVKDIINEEEVQFLKTLSRGRRILDRKIQSLGDSKTIPGDTAWLLYDTYGF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 PVDLTGLIAEEKGLVVDMDGFEEERKLAQLKSQGKGAGGEDLIMLDIYAIEELRARGLEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PVDLTGLIAEEKGLVVDMDGFEEERKLAQLKSQGKGAGGEDLIMLDIYAIEELRARGLEV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE5 TDDSPKYNYHLDSSGSYVFENTVATVMALRREKMFVEEVSTGQECGVVLDKTCFYAEQGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TDDSPKYNYHLDSSGSYVFENTVATVMALRREKMFVEEVSTGQECGVVLDKTCFYAEQGG
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE5 QIYDEGYLVKVDDSSEDKTEFTVKNAQVRGGYVLHIGTIYGDLKVGDQVWLFIDEPRRRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QIYDEGYLVKVDDSSEDKTEFTVKNAQVRGGYVLHIGTIYGDLKVGDQVWLFIDEPRRRP
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE5 IMSNHTATHILNFALRSVLGEADQKGSLVAPDRLRFDFTAKGAMSTQQIKKAEEIANEMI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IMSNHTATHILNFALRSVLGEADQKGSLVAPDRLRFDFTAKGAMSTQQIKKAEEIANEMI
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE5 EAAKAVYTQDCPLAAAKAIQGLRAVFDETYPDPVRVVSIGVPVSELLDDPSGPAGSLTSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EAAKAVYTQDCPLAAAKAIQGLRAVFDETYPDPVRVVSIGVPVSELLDDPSGPAGSLTSV
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE5 EFCGGTHLRNSSHAGAFVIVTEEAIAKGIRRIVAVTGAEAQKALRKAESLKKCLSVMEAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EFCGGTHLRNSSHAGAFVIVTEEAIAKGIRRIVAVTGAEAQKALRKAESLKKCLSVMEAK
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE5 VKAQTAPNKDVQREIADLGEALATAVIPQWQKDELRETLKSLKKVMDDLDRASKADVQKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VKAQTAPNKDVQREIADLGEALATAVIPQWQKDELRETLKSLKKVMDDLDRASKADVQKR
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE5 VLEKTKQFIDSNPNQPLVILEMESGASAKALNEALKLFKMHSPQTSAMLFTVDNEAGKIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VLEKTKQFIDSNPNQPLVILEMESGASAKALNEALKLFKMHSPQTSAMLFTVDNEAGKIT
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KE5 CLCQVPQNAANRGLKASEWVQQVSGLMDGKGGGKDVSAQATGKNVGCLQEALQLATSFAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CLCQVPQNAANRGLKASEWVQQVSGLMDGKGGGKDVSAQATGKNVGCLQEALQLATSFAQ
910 920 930 940 950 960
pF1KE5 LRLGDVKN
::::::::
NP_001 LRLGDVKN
>>NP_065796 (OMIM: 612035,614096,615889) alanine--tRNA l (985 aa)
initn: 1952 init1: 783 opt: 2777 Z-score: 3113.3 bits: 587.5 E(85289): 1.1e-166
Smith-Waterman score: 2777; 45.8% identity (72.3% similar) in 970 aa overlap (7-963:39-985)
10 20 30
pF1KE5 MDSTLTASEIRQRFIDFFK-RNEHTYVHSSATIPLD
:: .: :..::. :. : : :... :
NP_065 ARRLRRAIRRSPAWRGLSHRPLSSEPPAAKASAVRAAFLNFFRDRHGHRLVPSASVRPRG
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KE5 DPTLLFANAGMNQFKPIFLNTIDPSHPMAKLSRAANTQKCIRAGGKHNDLDDVGKDVYHH
::.:::.::::::::::::.:.:: :: . :.::.:::.::::.::::.:::.:. ::
NP_065 DPSLLFVNAGMNQFKPIFLGTVDPRSEMAGFRRVANSQKCVRAGGHHNDLEDVGRDLSHH
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE5 TFFEMLGSWSFG-DYFKELACKMALELLTQEFGIPIERLYVTYFGGDEAAGLEADLECKQ
:::::::.:.:: .:::: ::.:: ::::: .::: :::...:: :: :::. ::: ..
NP_065 TFFEMLGNWAFGGEYFKEEACNMAWELLTQVYGIPEERLWISYFDGDPKAGLDPDLETRD
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KE5 IWQNLGLDDTKILPGNMKDNFWEMGDTGPCGPCSEIHYDRIGGRDAAHLVNQDDPNVLEI
:: .::. ...: . ..::::::::::::::.::::: :: : :...:.
NP_065 IWLSLGVPASRVLSFGPQENFWEMGDTGPCGPCTEIHYDLAGGVGA--------PQLVEL
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KE5 WNLVFIQYNREADGILKPLPKKSIDTGMGLERLVSVLQNKMSNYDTDLFVPYFEAIQKGT
:::::.:.:::::: :.:::.. .::::::::::.:::.: :.:::::: : ..:::.:
NP_065 WNLVFMQHNREADGSLQPLPQRHVDTGMGLERLVAVLQGKHSTYDTDLFSPLLNAIQQGC
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KE5 GARPYTGKVGAEDADGIDMAYRVLADHARTITVALADGGRPDNTGRGYVLRRILRRAVRY
: :: :.::. : : ::::.::: ::..: ..:: : .: :::::::::::.
NP_065 RAPPYLGRVGVADEGRTDTAYRVVADHIRTLSVCISDGVFPGMSGPPLVLRRILRRAVRF
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KE5 AHEKLNASRGFFATLVDVVVQSLGDAFPELKKDPDMVKDIINEEEVQFLKTLSRGRRILD
. : :.: ::...:: :::..::::.:::... .. ....:.:. :: .: :::::.:
NP_065 SMEILKAPPGFLGSLVPVVVETLGDAYPELQRNSAQIANLVSEDEAAFLASLERGRRIID
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KE5 RKIQSLGDSKTIPGDTAWLLY--DTYGFPVDLTGLIAEEKGLVVDMDGFEEERKLAQLKS
: ...:: : .:...:: : :.:.:.. :. ::::. .: :.: .::: ..
NP_065 RTLRTLGPSDMFPAEVAWSLSLCGDLGLPLDMVELMLEEKGVQLDSAGLE---RLAQEEA
430 440 450 460 470
460 470 480 490 500
pF1KE5 QGKGAGGEDL----IMLDIYAIEELRARGLEVTDDSPKYNYHLDSSGSYVFENTVATVMA
: .. .: . . ::..:. ::. .:. ::::::::: : :::: : . : :.
NP_065 QHRARQAEPVQKQGLWLDVHALGELQRQGVPPTDDSPKYNYSLRPSGSYEFGTCEAQVLQ
480 490 500 510 520 530
510 520 530 540 550 560
pF1KE5 LRREK-MFVEEVSTGQECGVVLDKTCFYAEQGGQIYDEGYLVKVDDSSEDKTEFTVKNAQ
: : : :. ::.::..::.: :::::::: :.::::. .... . : : ::
NP_065 LYTEDGTAVASVGKGQRCGLLLDRTNFYAEQGGQASDRGYLVR---AGQEDVLFPVARAQ
540 550 560 570 580 590
570 580 590 600 610 620
pF1KE5 VRGGYVLHIGTIYGDLKVGDQVWLFIDEPRRRPIMSNHTATHILNFALRSVLGEA-DQKG
: ::..:: .. :..:::: : .:: : :..:::::.::.:::..:: . .:.:
NP_065 VCGGFILHEAVAPECLRLGDQVQLHVDEAWRLGCMAKHTATHLLNWALRQTLGPGTEQQG
600 610 620 630 640 650
630 640 650 660 670 680
pF1KE5 SLVAPDRLRFDFTAKGAMSTQQIKKAEEIANEMIEAAKAVYTQDCPLAAAKAIQGLRAVF
: . :..::.: :.. .. .:.. .:. ..: . .::: .. ::: . . :::..
NP_065 SHLNPEQLRLDVTTQTPLTPEQLRAVENTVQEAVGQDEAVYMEEVPLALTAQVPGLRSL-
660 670 680 690 700 710
690 700 710 720 730 740
pF1KE5 DETYPDPVRVVSIGVPVSELLDDPSGPAGSLTSVEFCGGTHLRNSSHAGAFVIVTEEAIA
::.:::::::::.::::.. :: :.. :. ::::.: :::: .. .: .::. .. ..
NP_065 DEVYPDPVRVVSVGVPVAHALD-PASQAALQTSVELCCGTHLLRTGAVGDLVIIGDRQLS
720 730 740 750 760 770
750 760 770 780 790 800
pF1KE5 KGIRRIVAVTGAEAQKALRKAESLKKCLSVMEAKVKAQTAPNKDVQREIADLG---EALA
:: :..:::: .::.: . ..:: . ... ... . .. : :.: ::.
NP_065 KGTTRLLAVTGEQAQQARELGQSLAQEVKAATERLSLGSRDVAEALRLSKDIGRLIEAVE
780 790 800 810 820 830
810 820 830 840 850 860
pF1KE5 TAVIPQWQKDELRETLKSLKKVMDDLDRASKADVQKRVLEKTKQFIDSNPNQPLVILEME
:::.::::. :: :.: :.. . : . .. .::..... . . ::.. .
NP_065 TAVMPQWQRRELLATVKMLQRRANTAIRKLQMG---QAAKKTQELLERHSKGPLIV-DTV
840 850 860 870 880
870 880 890 900 910 920
pF1KE5 SGASAKALNEALKLFKMHSPQTSAMLFTVDNEAGKITCLCQVPQNAANRGLKASEWVQQV
:. : ..: .... . ..:.::..:.. . ::. : ::: :.: . : :. :
NP_065 SAESLSVLVKVVRQLCEQAPSTSVLLLS-PQPMGKVLCACQVAQGAMPT-FTAEAWALAV
890 900 910 920 930 940
930 940 950 960
pF1KE5 SGLMDGKGGGKDVSAQATGKNVGCLQEALQLATSFAQLRLGDVKN
. : ::. :. : ::.::... :. ::..: ..: .:
NP_065 CSHMGGKAWGSRVVAQGTGSTTD-LEAALSIAQTYALSQL
950 960 970 980
>>XP_011513066 (OMIM: 612035,614096,615889) PREDICTED: a (955 aa)
initn: 1947 init1: 783 opt: 2703 Z-score: 3030.4 bits: 572.1 E(85289): 4.7e-162
Smith-Waterman score: 2703; 46.1% identity (72.6% similar) in 928 aa overlap (7-919:39-945)
10 20 30
pF1KE5 MDSTLTASEIRQRFIDFFK-RNEHTYVHSSATIPLD
:: .: :..::. :. : : :... :
XP_011 ARRLRRAIRRSPAWRGLSHRPLSSEPPAAKASAVRAAFLNFFRDRHGHRLVPSASVRPRG
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KE5 DPTLLFANAGMNQFKPIFLNTIDPSHPMAKLSRAANTQKCIRAGGKHNDLDDVGKDVYHH
::.:::.::::::::::::.:.:: :: . :.::.:::.::::.::::.:::.:. ::
XP_011 DPSLLFVNAGMNQFKPIFLGTVDPRSEMAGFRRVANSQKCVRAGGHHNDLEDVGRDLSHH
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE5 TFFEMLGSWSFG-DYFKELACKMALELLTQEFGIPIERLYVTYFGGDEAAGLEADLECKQ
:::::::.:.:: .:::: ::.:: ::::: .::: :::...:: :: :::. ::: ..
XP_011 TFFEMLGNWAFGGEYFKEEACNMAWELLTQVYGIPEERLWISYFDGDPKAGLDPDLETRD
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KE5 IWQNLGLDDTKILPGNMKDNFWEMGDTGPCGPCSEIHYDRIGGRDAAHLVNQDDPNVLEI
:: .::. ...: . ..::::::::::::::.::::: :: : :...:.
XP_011 IWLSLGVPASRVLSFGPQENFWEMGDTGPCGPCTEIHYDLAGGVGA--------PQLVEL
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KE5 WNLVFIQYNREADGILKPLPKKSIDTGMGLERLVSVLQNKMSNYDTDLFVPYFEAIQKGT
:::::.:.:::::: :.:::.. .::::::::::.:::.: :.:::::: : ..:::.:
XP_011 WNLVFMQHNREADGSLQPLPQRHVDTGMGLERLVAVLQGKHSTYDTDLFSPLLNAIQQGC
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KE5 GARPYTGKVGAEDADGIDMAYRVLADHARTITVALADGGRPDNTGRGYVLRRILRRAVRY
: :: :.::. : : ::::.::: ::..: ..:: : .: :::::::::::.
XP_011 RAPPYLGRVGVADEGRTDTAYRVVADHIRTLSVCISDGIFPGMSGPPLVLRRILRRAVRF
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KE5 AHEKLNASRGFFATLVDVVVQSLGDAFPELKKDPDMVKDIINEEEVQFLKTLSRGRRILD
. : :.: ::...:: :::..::::.:::... .. ....:.:. :: .: :::::.:
XP_011 SMEILKAPPGFLGSLVPVVVETLGDAYPELQRNSAQIANLVSEDEAAFLASLERGRRIID
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KE5 RKIQSLGDSKTIPGDTAWLLY--DTYGFPVDLTGLIAEEKGLVVDMDGFEEERKLAQLKS
: ...:: : .:...:: : :.:.:.. :. ::::. .: :.: .::: ..
XP_011 RTLRTLGPSDMFPAEVAWSLSLCGDLGLPLDMVELMLEEKGVQLDSAGLE---RLAQEEA
430 440 450 460 470
460 470 480 490 500
pF1KE5 QGKGAGGEDL----IMLDIYAIEELRARGLEVTDDSPKYNYHLDSSGSYVFENTVATVMA
: .. .: . . ::..:. ::. .:. ::::::::: : :::: : . : :.
XP_011 QHRARQAEPVQKQGLWLDVHALGELQRQGVPPTDDSPKYNYSLRPSGSYEFGTCEAQVLQ
480 490 500 510 520 530
510 520 530 540 550 560
pF1KE5 LRREK-MFVEEVSTGQECGVVLDKTCFYAEQGGQIYDEGYLVKVDDSSEDKTEFTVKNAQ
: : : :. ::.::..::.: :::::::: :.::::. .... . : : ::
XP_011 LYTEDGTAVASVGKGQRCGLLLDRTNFYAEQGGQASDRGYLVR---AGQEDVLFPVARAQ
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570 580 590 600 610 620
pF1KE5 VRGGYVLHIGTIYGDLKVGDQVWLFIDEPRRRPIMSNHTATHILNFALRSVLGEA-DQKG
: ::..:: .. :..:::: : .:: : :..:::::.::.:::..:: . .:.:
XP_011 VCGGFILHEAVAPECLRLGDQVQLHVDEAWRLGCMAKHTATHLLNWALRQTLGPGTEQQG
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630 640 650 660 670 680
pF1KE5 SLVAPDRLRFDFTAKGAMSTQQIKKAEEIANEMIEAAKAVYTQDCPLAAAKAIQGLRAVF
: . :..::.: :.. .. .:.. .:. ..: . .::: .. ::: . . :::..
XP_011 SHLNPEQLRLDVTTQTPLTPEQLRAVENTVQEAVGQDEAVYMEEVPLALTAQVPGLRSL-
660 670 680 690 700 710
690 700 710 720 730 740
pF1KE5 DETYPDPVRVVSIGVPVSELLDDPSGPAGSLTSVEFCGGTHLRNSSHAGAFVIVTEEAIA
::.:::::::::.::::.. :: :.. :. ::::.: :::: .. .: .::. .. ..
XP_011 DEVYPDPVRVVSVGVPVAHALD-PASQAALQTSVELCCGTHLLRTGAVGDLVIIGDRQLS
720 730 740 750 760 770
750 760 770 780 790 800
pF1KE5 KGIRRIVAVTGAEAQKALRKAESLKKCLSVMEAKVKAQTAPNKDVQREIADLG---EALA
:: :..:::: .::.: . ..:: . ... ... . .. : :.: ::.
XP_011 KGTTRLLAVTGEQAQQARELGQSLAQEVKAATERLSLGSRDVAEALRLSKDIGRLIEAVE
780 790 800 810 820 830
810 820 830 840 850 860
pF1KE5 TAVIPQWQKDELRETLKSLKKVMDDLDRASKADVQKRVLEKTKQFIDSNPNQPLVILEME
:::.::::. :: :.: :.. . : . .. .::..... . . ::.. .
XP_011 TAVMPQWQRRELLATVKMLQRRANTAIRKLQMG---QAAKKTQELLERHSKGPLIV-DTV
840 850 860 870 880
870 880 890 900 910 920
pF1KE5 SGASAKALNEALKLFKMHSPQTSAMLFTVDNEAGKITCLCQVPQN--AANRGLKASEWVQ
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XP_011 SAESLSVLVKVVRQLCEQAPSTSVLLLS-PQPMGKVLCACQVAQEIWGPNHILSRQGWKR
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