Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE5064
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5064, 554 aa
1>>>pF1KE5064 554 - 554 aa - 554 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.5904+/-0.000928; mu= 8.2598+/- 0.056
mean_var=120.5081+/-24.163, 0's: 0 Z-trim(109.7): 68 B-trim: 51 in 2/48
Lambda= 0.116833
statistics sampled from 11029 (11097) to 11029 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.67), E-opt: 0.2 (0.341), width: 16
Scan time: 3.090
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3473.1 GABRA4 gene_id:2557|Hs108|chr4 ( 554) 3621 621.5 8.3e-178
CCDS4356.1 GABRA6 gene_id:2559|Hs108|chr5 ( 453) 1901 331.5 1.3e-90
CCDS14706.1 GABRA3 gene_id:2556|Hs108|chrX ( 492) 1653 289.7 5.3e-78
CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5 ( 456) 1611 282.6 6.8e-76
CCDS45194.1 GABRA5 gene_id:2558|Hs108|chr15 ( 462) 1570 275.7 8.2e-74
CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 451) 1561 274.2 2.3e-73
CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 511) 1561 274.2 2.6e-73
CCDS4358.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 467) 1237 219.6 6.5e-57
CCDS4359.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 475) 1234 219.1 9.4e-57
CCDS3470.1 GABRG1 gene_id:2565|Hs108|chr4 ( 465) 1225 217.6 2.6e-56
CCDS45195.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 ( 467) 1176 209.3 8.1e-54
CCDS14703.1 GABRE gene_id:2564|Hs108|chrX ( 506) 1027 184.2 3.2e-46
CCDS14160.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 452) 907 164.0 3.5e-40
CCDS43283.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4 ( 449) 906 163.8 3.9e-40
CCDS48085.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 452) 905 163.6 4.5e-40
CCDS3822.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4 ( 464) 899 162.6 9.2e-40
CCDS54942.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5 ( 457) 885 160.3 4.7e-39
CCDS4320.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5 ( 449) 876 158.8 1.3e-38
CCDS36.1 GABRD gene_id:2563|Hs108|chr1 ( 452) 861 156.2 7.6e-38
CCDS43980.2 GLRA4 gene_id:441509|Hs108|chrX ( 417) 858 155.7 1e-37
CCDS3474.1 GABRB1 gene_id:2560|Hs108|chr4 ( 474) 854 155.1 1.8e-37
CCDS10019.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 852 154.7 2.3e-37
CCDS10018.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 852 154.7 2.3e-37
CCDS4354.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 474) 849 154.2 3.2e-37
CCDS4355.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 512) 830 151.0 3.2e-36
CCDS5020.3 GABRR2 gene_id:2570|Hs108|chr6 ( 465) 815 148.5 1.7e-35
CCDS59029.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 462) 811 147.8 2.7e-35
CCDS5019.2 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 479) 811 147.8 2.8e-35
CCDS59028.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 392) 797 145.4 1.2e-34
CCDS4375.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5 ( 440) 797 145.4 1.3e-34
CCDS55371.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 363) 776 141.9 1.3e-33
CCDS54617.1 GABRR3 gene_id:200959|Hs108|chr3 ( 467) 773 141.4 2.3e-33
CCDS14707.1 GABRQ gene_id:55879|Hs108|chrX ( 632) 771 141.1 3.8e-33
CCDS53921.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 402) 734 134.8 1.9e-31
CCDS3796.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 497) 716 131.8 1.9e-30
CCDS53920.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 388) 713 131.3 2.1e-30
CCDS59251.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 ( 253) 663 122.8 5.1e-28
CCDS47333.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 515) 611 114.1 4.1e-25
CCDS75368.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5 ( 289) 599 112.0 1e-24
CCDS54813.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 303) 581 109.0 8.6e-24
>>CCDS3473.1 GABRA4 gene_id:2557|Hs108|chr4 (554 aa)
initn: 3621 init1: 3621 opt: 3621 Z-score: 3305.7 bits: 621.5 E(32554): 8.3e-178
Smith-Waterman score: 3621; 100.0% identity (100.0% similar) in 554 aa overlap (1-554:1-554)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MVSAKKVPAIALSAGVSFALLRFLCLAVCLNESPGQNQKEEKLCTENFTRILDSLLDGYD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MVSAKKVPAIALSAGVSFALLRFLCLAVCLNESPGQNQKEEKLCTENFTRILDSLLDGYD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 NRLRPGFGGPVTEVKTDIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWIDKRLKYDGPIEILRLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 NRLRPGFGGPVTEVKTDIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWIDKRLKYDGPIEILRLN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 NMMVTKVWTPDTFFRNGKKSVSHNMTAPNKLFRIMRNGTILYTMRLTISAECPMRLVDFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 NMMVTKVWTPDTFFRNGKKSVSHNMTAPNKLFRIMRNGTILYTMRLTISAECPMRLVDFP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 MDGHACPLKFGSYAYPKSEMIYTWTKGPEKSVEVPKESSSLVQYDLIGQTVSSETIKSIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MDGHACPLKFGSYAYPKSEMIYTWTKGPEKSVEVPKESSSLVQYDLIGQTVSSETIKSIT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 GEYIVMTVYFHLRRKMGYFMIQTYIPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GEYIVMTVYFHLRRKMGYFMIQTYIPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 TLSISARHSLPKVSYATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNIQMEKAKRKTSKPPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TLSISARHSLPKVSYATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNIQMEKAKRKTSKPPQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 EVPAAPVQREKHPEAPLQNTNANLNMRKRTNALVHSESDVGNRTEVGNHSSKSSTVVQES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 EVPAAPVQREKHPEAPLQNTNANLNMRKRTNALVHSESDVGNRTEVGNHSSKSSTVVQES
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 SKGTPRSYLASSPNPFSRANAAETISAARALPSASPTSIRTGYMPRKASVGSASTRHVFG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SKGTPRSYLASSPNPFSRANAAETISAARALPSASPTSIRTGYMPRKASVGSASTRHVFG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE5 SRLQRIKTTVNTIGATGKLSATPPPSAPPPSGSGTSKIDKYARILFPVTFGAFNMVYWVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SRLQRIKTTVNTIGATGKLSATPPPSAPPPSGSGTSKIDKYARILFPVTFGAFNMVYWVV
490 500 510 520 530 540
550
pF1KE5 YLSKDTMEKSESLM
::::::::::::::
CCDS34 YLSKDTMEKSESLM
550
>>CCDS4356.1 GABRA6 gene_id:2559|Hs108|chr5 (453 aa)
initn: 2112 init1: 1888 opt: 1901 Z-score: 1740.3 bits: 331.5 E(32554): 1.3e-90
Smith-Waterman score: 1977; 63.0% identity (74.9% similar) in 533 aa overlap (21-553:5-452)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MVSAKKVPAIALSAGVSFALLRFLCLAVCLNESPGQNQKEEKLCTENFTRILDSLLDGYD
: .::. . :... :. . : .. .:: .::::.::.:::
CCDS43 MASSLPWLCIILWLENALGKLEVEGNFYSENVSRILDNLLEGYD
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 NRLRPGFGGPVTEVKTDIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWIDKRLKYDGPIEILRLN
::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::: :.:::. :: ::: ::
CCDS43 NRLRPGFGGAVTEVKTDIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWTDERLKFGGPTEILSLN
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 NMMVTKVWTPDTFFRNGKKSVSHNMTAPNKLFRIMRNGTILYTMRLTISAECPMRLVDFP
:.::.:.:::::::::::::..::::.::::::::.::::::::::::.:.::::::.::
CCDS43 NLMVSKIWTPDTFFRNGKKSIAHNMTTPNKLFRIMQNGTILYTMRLTINADCPMRLVNFP
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 MDGHACPLKFGSYAYPKSEMIYTWTKGPEKSVEVPKESSSLVQYDLIGQTVSSETIKSIT
:::::::::::::::::::.:::: ::: :::::.:::::.:::::::::::::::: :
CCDS43 MDGHACPLKFGSYAYPKSEIIYTWKKGPLYSVEVPEESSSLLQYDLIGQTVSSETIKSNT
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 GEYIVMTVYFHLRRKMGYFMIQTYIPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMT
:::..:::::::.::::::::: : :::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 GEYVIMTVYFHLQRKMGYFMIQIYTPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMT
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 TLSISARHSLPKVSYATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNIQMEKAKRKTSKPPQ
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.: .:::::.
CCDS43 TLSISARHSLPKVSYATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNLQTQKAKRKA-----
290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 EVPAAPVQREKHPEAPLQNTNANLNMRKRTNALVHSESDVGNRTEVGNHSSKSSTVVQES
. : :. .. ::. .. ..: .: : .: :
CCDS43 QFAAPPTVTISKATEPLE-----------AEIVLHPDSKY--------HLKKRIT-----
340 350 360 370
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 SKGTPRSYLASSPNPFSRANAAETISAARALPSASPTSIRTGYMPRKASVGSASTRHVFG
: . : ..:: :.:: . : :: : . : .
CCDS43 SLSLP---IVSS----SEANKVLT----RA-PILQSTPV---------------------
380 390 400
490 500 510 520 530 540
pF1KE5 SRLQRIKTTVNTIGATGKLSATPPPSAPPPSGSGTSKIDKYARILFPVTFGAFNMVYWVV
:::: . :. .::::::.:.::::::.:..::.:::::
CCDS43 ---------------------TPPPLS--PAFGGTSKIDQYSRILFPVAFAGFNLVYWVV
410 420 430
550
pF1KE5 YLSKDTMEKSESLM
:::::::: : :.
CCDS43 YLSKDTMEVSSSVE
440 450
>>CCDS14706.1 GABRA3 gene_id:2556|Hs108|chrX (492 aa)
initn: 1778 init1: 1599 opt: 1653 Z-score: 1513.8 bits: 289.7 E(32554): 5.3e-78
Smith-Waterman score: 1663; 62.9% identity (84.7% similar) in 399 aa overlap (48-445:67-455)
20 30 40 50 60 70
pF1KE5 FALLRFLCLAVCLNESPGQNQKEEKLCTENFTRILDSLLDGYDNRLRPGFGGPVTEVKTD
:::::: ::::::::::::.: :::::::
CCDS14 PGDFVKQDIGGLSPKHAPDIPDDSTDNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGDAVTEVKTD
40 50 60 70 80 90
80 90 100 110 120 130
pF1KE5 IYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWIDKRLKYDGPIEILRLNNMMVTKVWTPDTFFRNG
:::::::::::..::::.:::::::: :.:::.:::..:: :::....:.:::::::.::
CCDS14 IYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQTWHDERLKFDGPMKILPLNNLLASKIWTPDTFFHNG
100 110 120 130 140 150
140 150 160 170 180 190
pF1KE5 KKSVSHNMTAPNKLFRIMRNGTILYTMRLTISAECPMRLVDFPMDGHACPLKFGSYAYPK
::::.::::.::::.:.. :::.:::::::: :::::.: ::::: ::::::::::::
CCDS14 KKSVAHNMTTPNKLLRLVDNGTLLYTMRLTIHAECPMHLEDFPMDVHACPLKFGSYAYTT
160 170 180 190 200 210
200 210 220 230 240 250
pF1KE5 SEMIYTWTKGPEKSVEVPKESSSLVQYDLIGQTVSSETIKSITGEYIVMTVYFHLRRKMG
.:..:.:: : .::::: ...: : ::::.:..:..: :.: ::::.:::..:::.::.:
CCDS14 AEVVYSWTLGKNKSVEVAQDGSRLNQYDLLGHVVGTEIIRSSTGEYVVMTTHFHLKRKIG
220 230 240 250 260 270
260 270 280 290 300 310
pF1KE5 YFMIQTYIPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMTTLSISARHSLPKVSYAT
::.::::.::::::::::::::.:.::::::::::.::::::::::::::.:::::.:::
CCDS14 YFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYAT
280 290 300 310 320 330
320 330 340 350 360 370
pF1KE5 AMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNIQMEKAKRKTSKPPQEVPAAPVQREKHPEAPL
:::::::::.:::::::::::.::::: ::. . ..:: : ...: : ::
CCDS14 AMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFT-------KRSWAWEGKKVPEALEMKKKTPAAPA
340 350 360 370 380
380 390 400 410 420 430
pF1KE5 QNTNANLNMRKRTNAL-VHSESDVGNRTEVGNHSSKSSTVVQESSKGTPRSYLASSPNPF
..:....:. : . . .... .. .. . :..:. .. : :.: :. .::.
CCDS14 KKTSTTFNIVGTTYPINLAKDTEFSTISKGAAPSASSTPTIIASPKAT---YVQDSPTET
390 400 410 420 430 440
440 450 460 470 480 490
pF1KE5 SRANAAETISAARALPSASPTSIRTGYMPRKASVGSASTRHVFGSRLQRIKTTVNTIGAT
. :.. .
CCDS14 KTYNSVSKVDKISRIIFPVLFAIFNLVYWATYVNRESAIKGMIRKQ
450 460 470 480 490
>>CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5 (456 aa)
initn: 1709 init1: 1584 opt: 1611 Z-score: 1476.1 bits: 282.6 E(32554): 6.8e-76
Smith-Waterman score: 1611; 66.6% identity (84.8% similar) in 368 aa overlap (13-376:4-370)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MVSAKKVPAIALSAGVSFALLRF-LCLAVCLNESPGQN--QKEEKLCTENFTRILDSLLD
: :.: : . : :.. ..: :: : : : : :::::: :::
CCDS43 MRKSPGLSDCLWAWILLLSTLTGRSYGQPSLQDELKDNTTVFTRILDRLLD
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 GYDNRLRPGFGGPVTEVKTDIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWIDKRLKYDGPIEIL
:::::::::.: ::::::::.::::::::: .::::.::::::.: :.:::. ::. .:
CCDS43 GYDNRLRPGLGERVTEVKTDIFVTSFGPVSDHDMEYTIDVFFRQSWKDERLKFKGPMTVL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 RLNNMMVTKVWTPDTFFRNGKKSVSHNMTAPNKLFRIMRNGTILYTMRLTISAECPMRLV
::::.:..:.:::::::.::::::.:::: ::::.:: ..::.:::::::. :::::.:
CCDS43 RLNNLMASKIWTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRITEDGTLLYTMRLTVRAECPMHLE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 DFPMDGHACPLKFGSYAYPKSEMIYTWTKGPEKSVEVPKESSSLVQYDLIGQTVSSETIK
:::::.:::::::::::: ..:..: ::. : .:: : ...: : ::::.::::.: ..
CCDS43 DFPMDAHACPLKFGSYAYTRAEVVYEWTREPARSVVVAEDGSRLNQYDLLGQTVDSGIVQ
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 SITGEYIVMTVYFHLRRKMGYFMIQTYIPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVL
: ::::.:::..:::.::.:::.::::.::::::::::::::.:.::::::::::.::::
CCDS43 SSTGEYVVMTTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 TMTTLSISARHSLPKVSYATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNIQME-KAKRKTS
::::::::::.:::::.::::::::::::.:::::::::::.:::::. . .: .
CCDS43 TMTTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGYAWDGKSVVP
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 KPPQEVPAAPVQREKHPEAPLQNTNANLNMRKRTNALVHSESDVGNRTEVGNHSSKSSTV
. :..: :. .... ::
CCDS43 EKPKKVKD-PLIKKNNTYAPTATSYTPNLARGDPGLATIAKSATIEPKEVKPETKPPEPK
360 370 380 390 400 410
>>CCDS45194.1 GABRA5 gene_id:2558|Hs108|chr15 (462 aa)
initn: 1704 init1: 1569 opt: 1570 Z-score: 1438.6 bits: 275.7 E(32554): 8.2e-74
Smith-Waterman score: 1575; 59.7% identity (81.5% similar) in 417 aa overlap (21-427:15-415)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MVSAKKVPAIALSAGVSFALLRFLCLAVCLNESPGQNQ------KEEKLCTEN---FTRI
: ..:... :. : .: :.: ..: ::::
CCDS45 MDNGMFSGFIMIKNLLLFCISMNLSSHFGFSQMPTSSVKDE--TNDNITIFTRI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 LDSLLDGYDNRLRPGFGGPVTEVKTDIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWIDKRLKYD
::.::::::::::::.: .:.:.:::::::::::::.:::::.::::::.: :.::..
CCDS45 LDGLLDGYDNRLRPGLGERITQVRTDIYVTSFGPVSDTEMEYTIDVFFRQSWKDERLRFK
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 GPIEILRLNNMMVTKVWTPDTFFRNGKKSVSHNMTAPNKLFRIMRNGTILYTMRLTISAE
::.. : :::....:.:::::::.:::::..::::.::::.:. .::.:::::::::::
CCDS45 GPMQRLPLNNLLASKIWTPDTFFHNGKKSIAHNMTTPNKLLRLEDDGTLLYTMRLTISAE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 CPMRLVDFPMDGHACPLKFGSYAYPKSEMIYTWTKGPEKSVEVPKESSSLVQYDLIGQTV
:::.: :::::.:::::::::::::.::..:.::.: ::: : ...: : :: :.::::
CCDS45 CPMQLEDFPMDAHACPLKFGSYAYPNSEVVYVWTNGSTKSVVVAEDGSRLNQYHLMGQTV
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 SSETIKSITGEYIVMTVYFHLRRKMGYFMIQTYIPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVF
..:.:.. :::: .::..:::.::.:::.::::.::::::::::::::.:.:::::::::
CCDS45 GTENISTSTGEYTIMTAHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVF
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 GITTVLTMTTLSISARHSLPKVSYATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNIQMEKA
:.::::::::::::::.:::::.::::::::::::.:::::::::::.:::::.
CCDS45 GVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWD
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 KRKTSKPPQEVPAAPVQREKHPEAPL-QNTNANLNMRKRTNALVHSESDVGNRTEVGNHS
.:. . :: ..... :. : ..::: :. . : . ..: .:. :
CCDS45 GKKA------LEAAKIKKKR--EVILNKSTNAF-----TTGKMSHPPNIPKEQTPAGT-S
360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KE5 SKSSTVVQESSKGTPRSYLASSPNPFSRANAAETISAARALPSASPTSIRTGYMPRKASV
. .:. :. : . : .:
CCDS45 NTTSVSVKPSEEKTSESKKTYNSISKIDKMSRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVIKGA
400 410 420 430 440 450
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10 20 30 40 50 60
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. : : :::::: ::::::::::::.
CCDS34 KTKLNIYNMQFLLFVFLVWDPARLVLANIQEDEAKNNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 GGPVTEVKTDIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWIDKRLKYDGPIEILRLNNMMVTKV
: .::: :.:::::::::::..::::.:::::: : :.:::. ::..::::::.:..:.
CCDS34 GDSITEVFTNIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQKWKDERLKFKGPMNILRLNNLMASKI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 WTPDTFFRNGKKSVSHNMTAPNKLFRIMRNGTILYTMRLTISAECPMRLVDFPMDGHACP
:::::::.::::::.:::: ::::.::. .::.:::::::..:::::.: :::::.:.::
CCDS34 WTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRIQDDGTLLYTMRLTVQAECPMHLEDFPMDAHSCP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 LKFGSYAYPKSEMIYTWTKGPEKSVEVPKESSSLVQYDLIGQTVSSETIKSITGEYIVMT
:::::::: ::. : :: . ::.: ..: : ::::.::....::::: :::: :::
CCDS34 LKFGSYAYTTSEVTYIWTYNASDSVQVAPDGSRLNQYDLLGQSIGKETIKSSTGEYTVMT
190 200 210 220 230 240
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pF1KE5 VYFHLRRKMGYFMIQTYIPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMTTLSISAR
..:::.::.:::.::::.::::::::::::::.:.::::::::::.::::::::::::::
CCDS34 AHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISAR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 HSLPKVSYATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNIQMEKAKRKTSKPPQEVPAAPV
.:::::.::::::::::::.:::::::::::.:::::
CCDS34 NSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKSVVNDKKKEKASVM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 QREKHPEAPLQNTNANLNMRKRTNALVHSESDVGNRTEVGNHSSKSSTVVQESSKGTPRS
CCDS34 IQNNAYAVAVANYAPNLSKDPVLSTISKSATTPEPNKKPENKPAEAKKTFNSVSKIDRMS
370 380 390 400 410 420
>>CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 (511 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KE5 PAIALSAGVSFALLRFLCLAVCLNESPGQNQKEEKLCTENFTRILDSLLDGYDNRLRPGF
. : : :::::: ::::::::::::.
CCDS82 KTKLNIYNMQFLLFVFLVWDPARLVLANIQEDEAKNNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 GGPVTEVKTDIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWIDKRLKYDGPIEILRLNNMMVTKV
: .::: :.:::::::::::..::::.:::::: : :.:::. ::..::::::.:..:.
CCDS82 GDSITEVFTNIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQKWKDERLKFKGPMNILRLNNLMASKI
70 80 90 100 110 120
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pF1KE5 WTPDTFFRNGKKSVSHNMTAPNKLFRIMRNGTILYTMRLTISAECPMRLVDFPMDGHACP
:::::::.::::::.:::: ::::.::. .::.:::::::..:::::.: :::::.:.::
CCDS82 WTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRIQDDGTLLYTMRLTVQAECPMHLEDFPMDAHSCP
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pF1KE5 LKFGSYAYPKSEMIYTWTKGPEKSVEVPKESSSLVQYDLIGQTVSSETIKSITGEYIVMT
:::::::: ::. : :: . ::.: ..: : ::::.::....::::: :::: :::
CCDS82 LKFGSYAYTTSEVTYIWTYNASDSVQVAPDGSRLNQYDLLGQSIGKETIKSSTGEYTVMT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 VYFHLRRKMGYFMIQTYIPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMTTLSISAR
..:::.::.:::.::::.::::::::::::::.:.::::::::::.::::::::::::::
CCDS82 AHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISAR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 HSLPKVSYATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNIQMEKAKRKTSKPPQEVPAAPV
.:::::.::::::::::::.:::::::::::.::::: :: . . :
CCDS82 NSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFT-------KRGWAWDGKSVVN---
310 320 330 340 350
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pF1KE5 QREKHPEAPLQNTNANLNMRKRTNALVHSESDVGNRTEVGNHSSKSSTVVQESSKGTPRS
.: : .. . . : : :.... . . .. . . : . ::..
CCDS82 --DKSPSIKAEGITLTYNSVK---AILQGAKLIWSKYIAFSWPS----LFQEKT----LE
360 370 380 390
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 YLASSPNPFSRANAAETISAARALPSASPTSIRTGYMPRKASVGSASTRHVFGSRLQRIK
:: . . .. .... .:. . . . . ..: : . : :.
CCDS82 YLEKWMDCLTFKQSSKKEKASVMIQNNAYAVAVANYAP------NLSKDPVL--------
400 410 420 430 440
490 500 510 520 530 540
pF1KE5 TTVNTIGATGKLSATPP--PSAPPPSGSGTSKIDKYARILFPVTFGAFNMVYWVVYLSKD
.:.. ..: . . : :. . ...::::...::.::: ::.::.:::..::...
CCDS82 STISKSATTPEPNKKPENKPAEAKKTFNSVSKIDRMSRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNRE
450 460 470 480 490 500
550
pF1KE5 TMEKSESLM
CCDS82 PVLGVSP
510
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pF1KE5 SFALLRFLCLAVCLNESPGQNQKEEKLCTENFTRILDSLLDGYDNRLRPGFGGPVTEVKT
. : ::..::.::::.::: .: : ..:
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80 90 100 110 120 130
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:.::.:.:::. ..::::.:.:: ::: :.:::... :..::::. :: :.: :::::::
CCDS43 DMYVNSIGPVNAINMEYTIDIFFAQTWYDRRLKFNSTIKVLRLNSNMVGKIWIPDTFFRN
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140 150 160 170 180 190
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.::. .: .:.::...:: .: .:::.::::.::: ..: .:::: :.:::.:.::.::
CCDS43 SKKADAHWITTPNRMLRIWNDGRVLYTLRLTIDAECQLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYP
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200 210 220 230 240 250
pF1KE5 KSEMIYTWTKGPEKSVEVPKESS-SLVQYDLIGQTVSSETIKSITGEYIVMTVYFHLRRK
. :..: : .. :::: : : :....: ..:..:. .:.:.::.::: : :.
CCDS43 REEIVYQWKRS---SVEVGDTRSWRLYQFSFVGLRNTTEVVKTTSGDYVVMSVYFDLSRR
220 230 240 250 260 270
260 270 280 290 300 310
pF1KE5 MGYFMIQTYIPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMTTLSISARHSLPKVSY
:::: ::::::: . :.:: :::::::..::::: .:::::::::::: ::.:::::::
CCDS43 MGYFTIQTYIPCTLIVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSY
280 290 300 310 320 330
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pF1KE5 ATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYF-TNIQMEKAKRKTSKPPQEVPAAPVQREKHPE
.:::: :..::: ::::::.:.....:: .: . : : : .: : ::. .
CCDS43 VTAMDLFVSVCFIFVFSALVEYGTLHYFVSNRKPSKDKDKKKKNP-----APTIDIRPRS
340 350 360 370 380
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pF1KE5 APLQNTNANLNMRKRTNALVHSESDVGNRTEVGNHSSKSSTVVQESSKGTPRSYLASSPN
: .: .::. ....:
CCDS43 ATIQMNNAT-HLQERDEEYGYECLDGKDCASFFCCFEDCRTGAWRHGRIHIRIAKMDSYA
390 400 410 420 430 440
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pF1KE5 SFALLRFLCLAVCLNESPGQNQKEEKLCTENFTRILDSLLDGYDNRLRPGFGGPVTEVKT
. : ::..::.::::.::: .: : ..:
CCDS43 PGFTSQKSDDDYEDYASNKTWVLTPKVPEGDVTVILNNLLEGYDNKLRPDIGVKPTLIHT
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80 90 100 110 120 130
pF1KE5 DIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWIDKRLKYDGPIEILRLNNMMVTKVWTPDTFFRN
:.::.:.:::. ..::::.:.:: ::: :.:::... :..::::. :: :.: :::::::
CCDS43 DMYVNSIGPVNAINMEYTIDIFFAQTWYDRRLKFNSTIKVLRLNSNMVGKIWIPDTFFRN
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140 150 160 170 180 190
pF1KE5 GKKSVSHNMTAPNKLFRIMRNGTILYTMRLTISAECPMRLVDFPMDGHACPLKFGSYAYP
.::. .: .:.::...:: .: .:::.::::.::: ..: .:::: :.:::.:.::.::
CCDS43 SKKADAHWITTPNRMLRIWNDGRVLYTLRLTIDAECQLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYP
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pF1KE5 KSEMIYTWTKGPEKSVEVPKESS-SLVQYDLIGQTVSSETIKSITGEYIVMTVYFHLRRK
. :..: : .. :::: : : :....: ..:..:. .:.:.::.::: : :.
CCDS43 REEIVYQWKRS---SVEVGDTRSWRLYQFSFVGLRNTTEVVKTTSGDYVVMSVYFDLSRR
220 230 240 250 260 270
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pF1KE5 MGYFMIQTYIPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMTTLSISARHSLPKVSY
:::: ::::::: . :.:: :::::::..::::: .:::::::::::: ::.:::::::
CCDS43 MGYFTIQTYIPCTLIVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSY
280 290 300 310 320 330
320 330 340 350 360 370
pF1KE5 ATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNIQMEKAKRKTSKPPQEVPAAPVQRE---KH
.:::: :..::: ::::::.:.....::.. .:: :: .. :. : :
CCDS43 VTAMDLFVSVCFIFVFSALVEYGTLHYFVS------NRKPSKDKDKKKKNPLLRMFSFKA
340 350 360 370 380
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pF1KE5 PEAPLQNTNANLNMRKRTNALVHSESDVGNRTEVGNHSSKSSTVVQESSKGTPRSYLASS
: .. .:...: . :.
CCDS43 PTIDIRPRSATIQMNNATHLQERDEEYGYECLDGKDCASFFCCFEDCRTGAWRHGRIHIR
390 400 410 420 430 440
>>CCDS3470.1 GABRG1 gene_id:2565|Hs108|chr4 (465 aa)
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10 20 30 40
pF1KE5 MVSAKKVPAIALSAGVSFA-LLRFLCLAVCLNESPGQNQKE----------EKLC
: :: .. :: : :. :.... ..... :.
CCDS34 MGPLKAFLFSPFLLRSQSRGVRLVFLLLTLHLGNCVDKADDEDDEDLTVNKTWVLAPKIH
10 20 30 40 50 60
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pF1KE5 TENFTRILDSLLDGYDNRLRPGFGGPVTEVKTDIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWI
..:.::.:::.::::.::: .: : ..::.::.:.:::. ..::::.:..: :::.
CCDS34 EGDITQILNSLLQGYDNKLRPDIGVRPTVIETDVYVNSIGPVDPINMEYTIDIIFAQTWF
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CCDS34 DSRLKFNSTMKVLMLNSNMVGKIWIPDTFFRNSRKSDAHWITTPNRLLRIWNDGRVLYTL
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CCDS34 RLTINAECYLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPKNEIEYKWKK-PSVEVADPKYWR-LYQF
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CCDS34 AFVGLRNSTEITHTISGDYVIMTIFFDLSRRMGYFTIQTYIPCILTVVLSWVSFWINKDA
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CCDS34 VPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVTAMDLFVSVCFIFVFAALMEYGTLHYFT
300 310 320 330 340 350
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pF1KE5 NIQMEKAKRKTSKPPQEVPAAPVQREKHPEAPLQNTNANLNMRKRTNALVHSESDVGNRT
. : :. : : ... .: . :..:
CCDS34 SNQKGKTATKDRKLKNKASMTPGLHPGSTLIPMNNISVPQEDDYGYQCLEGKDCASFFCC
360 370 380 390 400 410
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pF1KE5 EVGNHSSKSSTVVQESSKGTPRSYLASSPNPFSRANAAETISAARALPSASPTSIRTGYM
CCDS34 FEDCRTGSWREGRIHIRIAKIDSYSRIFFPTAFALFNLVYWVGYLYL
420 430 440 450 460
554 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Tue Nov 8 04:41:08 2016 done: Tue Nov 8 04:41:09 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]