Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE5023
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5023, 467 aa
1>>>pF1KE5023 467 - 467 aa - 467 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2500+/-0.000705; mu= 19.2894+/- 0.043
mean_var=80.7876+/-16.337, 0's: 0 Z-trim(111.2): 92 B-trim: 60 in 1/49
Lambda= 0.142693
statistics sampled from 12127 (12223) to 12127 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.724), E-opt: 0.2 (0.375), width: 16
Scan time: 2.710
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12019.1 KCNG2 gene_id:26251|Hs108|chr18 ( 466) 3116 650.8 8.5e-187
CCDS10945.1 KCNG4 gene_id:93107|Hs108|chr16 ( 519) 1681 355.5 7.8e-98
CCDS13436.1 KCNG1 gene_id:3755|Hs108|chr20 ( 513) 1286 274.1 2.3e-73
CCDS42674.1 KCNG3 gene_id:170850|Hs108|chr2 ( 425) 1149 245.9 6.3e-65
CCDS6209.1 KCNB2 gene_id:9312|Hs108|chr8 ( 911) 1113 238.7 1.9e-62
CCDS13418.1 KCNB1 gene_id:3745|Hs108|chr20 ( 858) 1084 232.7 1.1e-60
CCDS1676.1 KCNF1 gene_id:3754|Hs108|chr2 ( 494) 872 188.9 1e-47
CCDS6314.1 KCNV1 gene_id:27012|Hs108|chr8 ( 500) 855 185.4 1.2e-46
CCDS1692.1 KCNS3 gene_id:3790|Hs108|chr2 ( 491) 837 181.7 1.5e-45
CCDS1809.1 KCNG3 gene_id:170850|Hs108|chr2 ( 436) 733 160.2 3.8e-39
CCDS6447.1 KCNV2 gene_id:169522|Hs108|chr9 ( 545) 726 158.9 1.2e-38
CCDS6279.1 KCNS2 gene_id:3788|Hs108|chr8 ( 477) 625 138.0 2e-32
CCDS41629.1 KCNA4 gene_id:3739|Hs108|chr11 ( 653) 626 138.4 2.2e-32
CCDS13342.1 KCNS1 gene_id:3787|Hs108|chr20 ( 526) 609 134.8 2.1e-31
CCDS8535.1 KCNA1 gene_id:3736|Hs108|chr12 ( 495) 582 129.2 9.6e-30
CCDS12755.1 KCNA7 gene_id:3743|Hs108|chr19 ( 456) 581 129.0 1e-29
CCDS827.1 KCNA2 gene_id:3737|Hs108|chr1 ( 499) 578 128.4 1.7e-29
CCDS828.2 KCNA3 gene_id:3738|Hs108|chr1 ( 575) 565 125.8 1.2e-28
CCDS826.1 KCNA10 gene_id:3744|Hs108|chr1 ( 511) 543 121.2 2.6e-27
CCDS8536.1 KCNA5 gene_id:3741|Hs108|chr12 ( 613) 542 121.0 3.4e-27
CCDS8534.1 KCNA6 gene_id:3742|Hs108|chr12 ( 529) 536 119.8 7.2e-27
CCDS7827.1 KCNC1 gene_id:3746|Hs108|chr11 ( 511) 523 117.1 4.5e-26
CCDS44547.1 KCNC1 gene_id:3746|Hs108|chr11 ( 585) 515 115.5 1.5e-25
CCDS12793.1 KCNC3 gene_id:3748|Hs108|chr19 ( 757) 512 114.9 2.9e-25
CCDS9006.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 558) 510 114.4 3.1e-25
CCDS58255.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 583) 510 114.4 3.2e-25
CCDS9005.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 613) 510 114.5 3.3e-25
CCDS58257.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 618) 510 114.5 3.3e-25
CCDS58256.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 629) 510 114.5 3.3e-25
CCDS9007.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 638) 510 114.5 3.4e-25
CCDS44193.1 KCNC4 gene_id:3749|Hs108|chr1 ( 626) 505 113.4 6.8e-25
CCDS821.1 KCNC4 gene_id:3749|Hs108|chr1 ( 635) 505 113.4 6.9e-25
CCDS14314.1 KCND1 gene_id:3750|Hs108|chrX ( 647) 472 106.7 7.7e-23
CCDS5776.1 KCND2 gene_id:3751|Hs108|chr7 ( 630) 428 97.6 4e-20
CCDS844.1 KCND3 gene_id:3752|Hs108|chr1 ( 636) 428 97.6 4.1e-20
CCDS843.1 KCND3 gene_id:3752|Hs108|chr1 ( 655) 428 97.6 4.2e-20
CCDS456.1 KCNQ4 gene_id:9132|Hs108|chr1 ( 695) 313 73.9 5.8e-13
CCDS13521.1 KCNQ2 gene_id:3785|Hs108|chr20 ( 393) 297 70.4 3.7e-12
CCDS46629.1 KCNQ2 gene_id:3785|Hs108|chr20 ( 841) 297 70.7 6.6e-12
CCDS13518.1 KCNQ2 gene_id:3785|Hs108|chr20 ( 844) 297 70.7 6.6e-12
CCDS13519.1 KCNQ2 gene_id:3785|Hs108|chr20 ( 854) 297 70.7 6.6e-12
CCDS13520.1 KCNQ2 gene_id:3785|Hs108|chr20 ( 872) 297 70.7 6.8e-12
>>CCDS12019.1 KCNG2 gene_id:26251|Hs108|chr18 (466 aa)
initn: 3052 init1: 3052 opt: 3116 Z-score: 3467.1 bits: 650.8 E(32554): 8.5e-187
Smith-Waterman score: 3116; 99.8% identity (99.8% similar) in 467 aa overlap (1-467:1-466)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MEPWPCSPGGGGGGTRARHVIINVGGCRVRLAWAALARCPLARLERLRACRGHDDLLRVC
::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MEPWPCSPGGGGG-TRARHVIINVGGCRVRLAWAALARCPLARLERLRACRGHDDLLRVC
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 DDYDVSRDEFFFDRSPCAFRAIVALLRAGKLRLLRGPCALAFRDELAYWGIDEARLERCC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 DDYDVSRDEFFFDRSPCAFRAIVALLRAGKLRLLRGPCALAFRDELAYWGIDEARLERCC
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 LRRLRRREEEAAEARAGPTERGAQGSPARALGPRGRLQRGRRRLRDVVDNPHSGLAGKLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LRRLRRREEEAAEARAGPTERGAQGSPARALGPRGRLQRGRRRLRDVVDNPHSGLAGKLF
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 ACVSVSFVAVTAVGLCLSTMPDIRAEEERGECSPKCRSLFVLETVCVAWFSFEFLLRSLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 ACVSVSFVAVTAVGLCLSTMPDIRAEEERGECSPKCRSLFVLETVCVAWFSFEFLLRSLQ
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 AESKCAFLRAPLNIIDILALLPFYVSLLLGLAAGPGGTKLLERAGLVLRLLRALRVLYVM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 AESKCAFLRAPLNIIDILALLPFYVSLLLGLAAGPGGTKLLERAGLVLRLLRALRVLYVM
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 RLARHSLGLRSLGLTMRRCAREFGLLLLFLCVAMALFAPLVHLAERELGARRDFSSVPAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 RLARHSLGLRSLGLTMRRCAREFGLLLLFLCVAMALFAPLVHLAERELGARRDFSSVPAS
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 YWWAVISMTTVGYGDMVPRSLPGQVVALSSILSGILLMAFPVTSIFHTFSRSYSELKEQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 YWWAVISMTTVGYGDMVPRSLPGQVVALSSILSGILLMAFPVTSIFHTFSRSYSELKEQQ
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460
pF1KE5 QRAASPEPALQEDSTHSATATEDSSQGPDSAGLADDSADALWVRAGR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 QRAASPEPALQEDSTHSATATEDSSQGPDSAGLADDSADALWVRAGR
420 430 440 450 460
>>CCDS10945.1 KCNG4 gene_id:93107|Hs108|chr16 (519 aa)
initn: 1710 init1: 754 opt: 1681 Z-score: 1869.9 bits: 355.5 E(32554): 7.8e-98
Smith-Waterman score: 1681; 57.7% identity (78.8% similar) in 449 aa overlap (18-459:59-506)
10 20 30 40
pF1KE5 MEPWPCSPGGGGGGTRARHVIINVGGCRVRLAWAALARCPLARLERL
....::::: : : :..: : ::.:: .:
CCDS10 SPMETPSIKGLYYRRVRKVGALDASPVDLKKEILINVGGRRYLLPWSTLDRFPLSRLSKL
30 40 50 60 70 80
50 60 70 80 90 100
pF1KE5 RACRGHDDLLRVCDDYDVSRDEFFFDRSPCAFRAIVALLRAGKLRLLRGPCALAFRDELA
: ::........::::: . .:::::::: :: .::..: :::: ::. :::.:..:::
CCDS10 RLCRSYEEIVQLCDDYDEDSQEFFFDRSPSAFGVIVSFLAAGKLVLLQEMCALSFQEELA
90 100 110 120 130 140
110 120 130 140 150 160
pF1KE5 YWGIDEARLERCCLRRLRRREEEAAEARAGPTER--GAQGSPARALGPRGRLQRGRRRLR
::::.::.:::::::.: :. :: : : : : . .: :::
CCDS10 YWGIEEAHLERCCLRKLLRKLEELEELAKLHREDVLRQQRETRRPASHSSRWGLCMNRLR
150 160 170 180 190 200
170 180 190 200 210 220
pF1KE5 DVVDNPHSGLAGKLFACVSVSFVAVTAVGLCLSTMPDIRAEEERGECSPKCRSLFVLETV
..:.::.::: ::.:::.:. :::.:::.::.:::::.::::..:::: :: .:..::.
CCDS10 EMVENPQSGLPGKVFACLSILFVATTAVSLCVSTMPDLRAEEDQGECSRKCYYIFIVETI
210 220 230 240 250 260
230 240 250 260 270 280
pF1KE5 CVAWFSFEFLLRSLQAESKCAFLRAPLNIIDILALLPFYVSLLLGLAAG-----PGGTKL
::::::.:: :: .::..:: :...:::::::::. :.:::: .. :.:..
CCDS10 CVAWFSLEFCLRFVQAQDKCQFFQGPLNIIDILAISPYYVSLAVSEEPPEDGERPSGSSY
270 280 290 300 310 320
290 300 310 320 330 340
pF1KE5 LERAGLVLRLLRALRVLYVMRLARHSLGLRSLGLTMRRCAREFGLLLLFLCVAMALFAPL
::..:::::.:::::.:::::::::::::..::::.:::.:::::::::: ::..::.::
CCDS10 LEKVGLVLRVLRALRILYVMRLARHSLGLQTLGLTVRRCTREFGLLLLFLAVAITLFSPL
330 340 350 360 370 380
350 360 370 380 390 400
pF1KE5 VHLAERELGARRDFSSVPASYWWAVISMTTVGYGDMVPRSLPGQVVALSSILSGILLMAF
:..::.: : .:.:.:::::::.:::::::::::::::.:::.:::::::::::.:::
CCDS10 VYVAEKESGRVLEFTSIPASYWWAIISMTTVGYGDMVPRSVPGQMVALSSILSGILIMAF
390 400 410 420 430 440
410 420 430 440 450 460
pF1KE5 PVTSIFHTFSRSYSELKEQQQRAASPEPALQEDSTHSATATEDSSQGPDSAGLADDSADA
:.::::::::.:: :::..:.. . ::. . : : . . : .: :
CCDS10 PATSIFHTFSHSYLELKKEQEQLQARLRHLQNTGPASECELLDPHVASEHE-LMNDVNDL
450 460 470 480 490 500
pF1KE5 LWVRAGR
CCDS10 ILEGPALPIMHM
510
>>CCDS13436.1 KCNG1 gene_id:3755|Hs108|chr20 (513 aa)
initn: 1714 init1: 763 opt: 1286 Z-score: 1430.5 bits: 274.1 E(32554): 2.3e-73
Smith-Waterman score: 1728; 59.6% identity (80.6% similar) in 453 aa overlap (16-459:61-511)
10 20 30 40
pF1KE5 MEPWPCSPGGGGGGTRARHVIINVGGCRVRLAWAALARCPLARLE
: :..:::::: . : :..: . ::.::
CCDS13 QRQAIKGAFYRRAQRLRPQDEPRQGCQPEDRRRRIIINVGGIKYSLPWTTLDEFPLTRLG
40 50 60 70 80 90
50 60 70 80 90 100
pF1KE5 RLRACRGHDDLLRVCDDYDVSRDEFFFDRSPCAFRAIVALLRAGKLRLLRGPCALAFRDE
.:.:: . ::.: :::::::. .::::::.: :: .:...:::::::::: :::.:..:
CCDS13 QLKACTNFDDILNVCDDYDVTCNEFFFDRNPGAFGTILTFLRAGKLRLLREMCALSFQEE
100 110 120 130 140 150
110 120 130 140 150 160
pF1KE5 LAYWGIDEARLERCCLRRLRRREEEAAEARAGPTERGAQGSPAR-ALGP---RGRLQRGR
: :::: : .:. :: :: .. :: :: : : : .: . :: .::: :
CCDS13 LLYWGIAEDHLDGCCKRRYLQKIEEFAEMVEREEEDDALDSEGRDSEGPAEGEGRLGRCM
160 170 180 190 200 210
170 180 190 200 210 220
pF1KE5 RRLRDVVDNPHSGLAGKLFACVSVSFVAVTAVGLCLSTMPDIRAEEERGECSPKCRSLFV
:::::.:. ::::: ::.:::.:: ::.::::.: .::.:..: :::.:.:: :...:.
CCDS13 RRLRDMVERPHSGLPGKVFACLSVLFVTVTAVNLSVSTLPSLREEEEQGHCSQMCHNVFI
220 230 240 250 260 270
230 240 250 260 270
pF1KE5 LETVCVAWFSFEFLLRSLQAESKCAFLRAPLNIIDILALLPFYVSLLL-GLAAG---PG-
.:.:::.:::.::::: .:: :: ::::.::..::..:.::.:..::. : ::: ::
CCDS13 VESVCVGWFSLEFLLRLIQAPSKFAFLRSPLTLIDLVAILPYYITLLVDGAAAGRRKPGA
280 290 300 310 320 330
280 290 300 310 320 330
pF1KE5 GTKLLERAGLVLRLLRALRVLYVMRLARHSLGLRSLGLTMRRCAREFGLLLLFLCVAMAL
:.. :...:::::.:::::.:::::::::::::..:::: :::.:::::::::::::.::
CCDS13 GNSYLDKVGLVLRVLRALRILYVMRLARHSLGLQTLGLTARRCTREFGLLLLFLCVAIAL
340 350 360 370 380 390
340 350 360 370 380 390
pF1KE5 FAPLVHLAERELGARRDFSSVPASYWWAVISMTTVGYGDMVPRSLPGQVVALSSILSGIL
::::... : :.. .:.:.:: ::::::.::::::::::::: :::::::::::::::
CCDS13 FAPLLYVIENEMADSPEFTSIPACYWWAVITMTTVGYGDMVPRSTPGQVVALSSILSGIL
400 410 420 430 440 450
400 410 420 430 440 450
pF1KE5 LMAFPVTSIFHTFSRSYSELKEQQQRAASPEPALQEDSTHSATATEDSSQGPDSAGLADD
::::::::::::::::: :::..:.:. . . . . ....::. :: ..:
CCDS13 LMAFPVTSIFHTFSRSYLELKQEQERVMFRRAQFLIKTKSQLSVSQDSDILFGSA--SSD
460 470 480 490 500
460
pF1KE5 SADALWVRAGR
. :
CCDS13 TRDNN
510
>>CCDS42674.1 KCNG3 gene_id:170850|Hs108|chr2 (425 aa)
initn: 838 init1: 306 opt: 1149 Z-score: 1279.2 bits: 245.9 E(32554): 6.3e-65
Smith-Waterman score: 1149; 43.2% identity (71.7% similar) in 417 aa overlap (13-422:4-414)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MEPWPCSPGGGGGGTRARHVIINVGGCRVRLAWAALARCPLARLERLRACRGHDDLLRVC
: . : :..:::: : :. : :: :. ::..::.. :.:.::
CCDS42 MTFGRSGAASVVLNVGGARYSLSRELLKDFPLRRVSRLHGCRSERDVLEVC
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE5 DDYDVSRDEFFFDRSPCAFRAIVALLRA-GKLRLLRGPCALAFRDELAYWGIDEARLERC
:::: :.:.:::: :: :. .:. ::::. : :.: .:. :::.. :.:: :
CCDS42 DDYDRERNEYFFDRHSEAFGFILLYVRGHGKLRFAPRMCELSFYNEMIYWGLEGAHLEYC
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 CLRRLRRREEEAAEARAGPTERGAQG-SPARALGPRGR-LQRGRRRLRDVVDNPHSGLAG
: ::: : .. .. : :. : . :: : .. .: .:.: . ..: :.::.
CCDS42 CQRRLDDRMSDTYTFYSAD-EPGVLGRDEARPGGAEAAPSRRWLERMRRTFEEPTSSLAA
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 KLFACVSVSFVAVTAVGLCLSTMPDIR-AEEERGECSPKCRSLFVLETVCVAWFSFEFLL
...: ::: :: :. : :: ::.:: : : . . . : ..:..:..::. : ..
CCDS42 QILASVSVVFVIVSMVVLCASTLPDWRNAAADNRSLDDRSR---IIEAICIGWFTAECIV
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 RSLQAESKCAFLRAPLNIIDILALLPFYVSLLLGLAAGPGGTKLLERAGLVLRLLRALRV
: . ...:: :.. ::::::.::. :.:.:.:. . .: .. :.:::..::.:: .:.
CCDS42 RFIVSKNKCEFVKRPLNIIDLLAITPYYISVLMTVFTGENSQ--LQRAGVTLRVLRMMRI
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 LYVMRLARHSLGLRSLGLTMRRCAREFGLLLLFLCVAMALFAPLVHLAERELG---ARRD
..:..:::: .::..::::..:: ::. .::.:.:::::.:. : .: :. : . .:
CCDS42 FWVIKLARHFIGLQTLGLTLKRCYREMVMLLVFICVAMAIFSALSQLLEHGLDLETSNKD
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 FSSVPASYWWAVISMTTVGYGDMVPRSLPGQVVALSSILSGILLMAFPVTSIFHTFSRSY
:.:.::. ::..::::::::::: : ..::.... ..:::.:.:.:.: :.:.: . :
CCDS42 FTSIPAACWWVIISMTTVGYGDMYPITVPGRILGGVCVVSGIVLLALPITFIYHSFVQCY
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460
pF1KE5 SELKEQQQRAASPEPALQEDSTHSATATEDSSQGPDSAGLADDSADALWVRAGR
::: .. :
CCDS42 HELKFRSARYSRSLSTEFLN
410 420
>>CCDS6209.1 KCNB2 gene_id:9312|Hs108|chr8 (911 aa)
initn: 941 init1: 398 opt: 1113 Z-score: 1234.7 bits: 238.7 E(32554): 1.9e-62
Smith-Waterman score: 1113; 40.6% identity (74.2% similar) in 419 aa overlap (15-431:32-441)
10 20 30 40
pF1KE5 MEPWPCSPGGGGGGTRARHVIINVGGCRVRLAWAALARCPLARL
: .:.: ::::: .. : .: : : .::
CCDS62 AEKAPPGLNRKTSRSTLSLPPEPVDIIRSKTCSRRVKINVGGLNHEVLWRTLDRLPRTRL
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE5 ERLRACRGHDDLLRVCDDYDVSRDEFFFDRSPCAFRAIVALLRAGKLRLLRGPCALAFRD
.:: : :..::.:::::.....:.:::: : :: .:. . :.:::.... :::.: .
CCDS62 GKLRDCNTHESLLEVCDDYNLNENEYFFDRHPGAFTSILNFYRTGKLHMMEEMCALSFGQ
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE5 ELAYWGIDEARLERCCLRRLRRREEEAAEA--RAGPTERGAQGSPARALGPRGRLQRGRR
:: :::::: :: :: : ....:. : : . : : .: . :.
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.: :....:.:..:.:..: ::. :.......: :.:.:... .: :. . . :.: .
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. :....: .:.: ...::::: ::.:::.:.:: :.:::.::: ... .:. ::
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: ..::. :.: : .:..: . . ::.
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:....:.:..:.:..: .:. :.......: :.:.:.... .: :. : .: .:.:
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CCDS18 YHSFVQCYHELKFRSARYSRSLSTEFLN
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