Result of FASTA (omim) for
pFN21AE5001
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5001, 1049 aa
1>>>pF1KE5001 1049 - 1049 aa - 1049 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3637+/-0.000524; mu= 16.1897+/- 0.032
mean_var=128.1300+/-27.469, 0's: 0 Z-trim(109.4): 397 B-trim: 798 in 1/53
Lambda= 0.113305
statistics sampled from 17039 (17527) to 17039 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.536), E-opt: 0.2 (0.206), width: 16
Scan time: 12.370
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_057646 (OMIM: 300365) toll-like receptor 7 prec (1049) 6976 1153.6 0
NP_619542 (OMIM: 300366) toll-like receptor 8 isof (1041) 2470 417.1 2.6e-115
NP_057694 (OMIM: 300366) toll-like receptor 8 isof (1059) 2470 417.1 2.7e-115
XP_011543832 (OMIM: 300366) PREDICTED: toll-like r (1059) 2470 417.1 2.7e-115
XP_011543831 (OMIM: 300366) PREDICTED: toll-like r (1059) 2470 417.1 2.7e-115
NP_059138 (OMIM: 605474) toll-like receptor 9 prec (1032) 1241 216.2 7.9e-55
XP_005273299 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 628 115.9 1e-24
XP_006711567 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 628 115.9 1e-24
XP_006711568 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 628 115.9 1e-24
XP_005273298 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 628 115.9 1e-24
XP_011508239 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 628 115.9 1e-24
XP_016857697 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 628 115.9 1e-24
XP_005273300 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 628 115.9 1e-24
NP_003259 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) toll ( 858) 628 115.9 1e-24
XP_006711569 (OMIM: 601744,603031,608556,615557) P ( 858) 628 115.9 1e-24
NP_001305718 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-lik ( 784) 525 99.0 1.1e-19
XP_011530518 (OMIM: 246300,603028,607948) PREDICTE ( 784) 525 99.0 1.1e-19
XP_011530517 (OMIM: 246300,603028,607948) PREDICTE ( 784) 525 99.0 1.1e-19
XP_016864063 (OMIM: 246300,603028,607948) PREDICTE ( 784) 525 99.0 1.1e-19
XP_016864064 (OMIM: 246300,603028,607948) PREDICTE ( 784) 525 99.0 1.1e-19
NP_001305725 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-lik ( 784) 525 99.0 1.1e-19
XP_016864062 (OMIM: 246300,603028,607948) PREDICTE ( 784) 525 99.0 1.1e-19
NP_001305720 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-lik ( 784) 525 99.0 1.1e-19
NP_001305716 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-lik ( 784) 525 99.0 1.1e-19
XP_016864065 (OMIM: 246300,603028,607948) PREDICTE ( 784) 525 99.0 1.1e-19
NP_001305719 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-lik ( 784) 525 99.0 1.1e-19
NP_001305724 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-lik ( 784) 525 99.0 1.1e-19
NP_001305722 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-lik ( 784) 525 99.0 1.1e-19
NP_003255 (OMIM: 246300,603028,607948) toll-like r ( 784) 525 99.0 1.1e-19
XP_011511915 (OMIM: 605403) PREDICTED: toll-like r ( 796) 449 86.6 6.1e-16
XP_011511916 (OMIM: 605403) PREDICTED: toll-like r ( 796) 449 86.6 6.1e-16
NP_006059 (OMIM: 605403) toll-like receptor 6 prec ( 796) 449 86.6 6.1e-16
XP_005262694 (OMIM: 605403) PREDICTED: toll-like r ( 796) 449 86.6 6.1e-16
XP_011511914 (OMIM: 605403) PREDICTED: toll-like r ( 796) 449 86.6 6.1e-16
NP_001182037 (OMIM: 606270) toll-like receptor 10 ( 797) 438 84.8 2.1e-15
XP_011512062 (OMIM: 606270) PREDICTED: toll-like r ( 797) 438 84.8 2.1e-15
NP_001182036 (OMIM: 606270) toll-like receptor 10 ( 811) 438 84.8 2.2e-15
NP_001182035 (OMIM: 606270) toll-like receptor 10 ( 811) 438 84.8 2.2e-15
XP_011512063 (OMIM: 606270) PREDICTED: toll-like r ( 811) 438 84.8 2.2e-15
NP_112218 (OMIM: 606270) toll-like receptor 10 iso ( 811) 438 84.8 2.2e-15
NP_001017388 (OMIM: 606270) toll-like receptor 10 ( 811) 438 84.8 2.2e-15
XP_011512064 (OMIM: 606270) PREDICTED: toll-like r ( 811) 438 84.8 2.2e-15
XP_011512046 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 406 79.6 7.9e-14
NP_003254 (OMIM: 601194,613223) toll-like receptor ( 786) 406 79.6 7.9e-14
XP_016864061 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 406 79.6 7.9e-14
XP_011512045 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 406 79.6 7.9e-14
XP_016864060 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 406 79.6 7.9e-14
XP_011512044 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 406 79.6 7.9e-14
XP_011512047 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 406 79.6 7.9e-14
XP_005262719 (OMIM: 601194,613223) PREDICTED: toll ( 786) 406 79.6 7.9e-14
>>NP_057646 (OMIM: 300365) toll-like receptor 7 precurso (1049 aa)
initn: 6976 init1: 6976 opt: 6976 Z-score: 6171.8 bits: 1153.6 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6976; 100.0% identity (100.0% similar) in 1049 aa overlap (1-1049:1-1049)
10 20 30 40 50 60
pF1KE5 MVFPMWTLKRQILILFNIILISKLLGARWFPKTLPCDVTLDVPKNHVIVDCTDKHLTEIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 MVFPMWTLKRQILILFNIILISKLLGARWFPKTLPCDVTLDVPKNHVIVDCTDKHLTEIP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE5 GGIPTNTTNLTLTINHIPDISPASFHRLDHLVEIDFRCNCVPIPLGSKNNMCIKRLQIKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 GGIPTNTTNLTLTINHIPDISPASFHRLDHLVEIDFRCNCVPIPLGSKNNMCIKRLQIKP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE5 RSFSGLTYLKSLYLDGNQLLEIPQGLPPSLQLLSLEANNIFSIRKENLTELANIEILYLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 RSFSGLTYLKSLYLDGNQLLEIPQGLPPSLQLLSLEANNIFSIRKENLTELANIEILYLG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE5 QNCYYRNPCYVSYSIEKDAFLNLTKLKVLSLKDNNVTAVPTVLPSTLTELYLYNNMIAKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 QNCYYRNPCYVSYSIEKDAFLNLTKLKVLSLKDNNVTAVPTVLPSTLTELYLYNNMIAKI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE5 QEDDFNNLNQLQILDLSGNCPRCYNAPFPCAPCKNNSPLQIPVNAFDALTELKVLRLHSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 QEDDFNNLNQLQILDLSGNCPRCYNAPFPCAPCKNNSPLQIPVNAFDALTELKVLRLHSN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE5 SLQHVPPRWFKNINKLQELDLSQNFLAKEIGDAKFLHFLPSLIQLDLSFNFELQVYRASM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 SLQHVPPRWFKNINKLQELDLSQNFLAKEIGDAKFLHFLPSLIQLDLSFNFELQVYRASM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE5 NLSQAFSSLKSLKILRIRGYVFKELKSFNLSPLHNLQNLEVLDLGTNFIKIANLSMFKQF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 NLSQAFSSLKSLKILRIRGYVFKELKSFNLSPLHNLQNLEVLDLGTNFIKIANLSMFKQF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE5 KRLKVIDLSVNKISPSGDSSEVGFCSNARTSVESYEPQVLEQLHYFRYDKYARSCRFKNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 KRLKVIDLSVNKISPSGDSSEVGFCSNARTSVESYEPQVLEQLHYFRYDKYARSCRFKNK
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE5 EASFMSVNESCYKYGQTLDLSKNSIFFVKSSDFQHLSFLKCLNLSGNLISQTLNGSEFQP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 EASFMSVNESCYKYGQTLDLSKNSIFFVKSSDFQHLSFLKCLNLSGNLISQTLNGSEFQP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE5 LAELRYLDFSNNRLDLLHSTAFEELHKLEVLDISSNSHYFQSEGITHMLNFTKNLKVLQK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 LAELRYLDFSNNRLDLLHSTAFEELHKLEVLDISSNSHYFQSEGITHMLNFTKNLKVLQK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE5 LMMNDNDISSSTSRTMESESLRTLEFRGNHLDVLWREGDNRYLQLFKNLLKLEELDISKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 LMMNDNDISSSTSRTMESESLRTLEFRGNHLDVLWREGDNRYLQLFKNLLKLEELDISKN
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE5 SLSFLPSGVFDGMPPNLKNLSLAKNGLKSFSWKKLQCLKNLETLDLSHNQLTTVPERLSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 SLSFLPSGVFDGMPPNLKNLSLAKNGLKSFSWKKLQCLKNLETLDLSHNQLTTVPERLSN
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE5 CSRSLKNLILKNNQIRSLTKYFLQDAFQLRYLDLSSNKIQMIQKTSFPENVLNNLKMLLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 CSRSLKNLILKNNQIRSLTKYFLQDAFQLRYLDLSSNKIQMIQKTSFPENVLNNLKMLLL
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE5 HHNRFLCTCDAVWFVWWVNHTEVTIPYLATDVTCVGPGAHKGQSVISLDLYTCELDLTNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 HHNRFLCTCDAVWFVWWVNHTEVTIPYLATDVTCVGPGAHKGQSVISLDLYTCELDLTNL
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE5 ILFSLSISVSLFLMVMMTASHLYFWDVWYIYHFCKAKIKGYQRLISPDCCYDAFIVYDTK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 ILFSLSISVSLFLMVMMTASHLYFWDVWYIYHFCKAKIKGYQRLISPDCCYDAFIVYDTK
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KE5 DPAVTEWVLAELVAKLEDPREKHFNLCLEERDWLPGQPVLENLSQSIQLSKKTVFVMTDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 DPAVTEWVLAELVAKLEDPREKHFNLCLEERDWLPGQPVLENLSQSIQLSKKTVFVMTDK
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KE5 YAKTENFKIAFYLSHQRLMDEKVDVIILIFLEKPFQKSKFLQLRKRLCGSSVLEWPTNPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 YAKTENFKIAFYLSHQRLMDEKVDVIILIFLEKPFQKSKFLQLRKRLCGSSVLEWPTNPQ
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040
pF1KE5 AHPYFWQCLKNALATDNHVAYSQVFKETV
:::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 AHPYFWQCLKNALATDNHVAYSQVFKETV
1030 1040
>>NP_619542 (OMIM: 300366) toll-like receptor 8 isoform (1041 aa)
initn: 2619 init1: 1331 opt: 2470 Z-score: 2191.1 bits: 417.1 E(85289): 2.6e-115
Smith-Waterman score: 2766; 42.5% identity (72.1% similar) in 1051 aa overlap (5-1049:4-1038)
10 20 30 40 50
pF1KE5 MVFPMWTLKRQILILFNIILIS-KLLGARWFPKTLPCDVTLDVPKNHVIVDCTDKHLTEI
:. . .. .: .: : .: . . : .. ::: . .. ::..:....: :.
NP_619 MENMFLQSSMLTCIFLLISGSCELCAEENFSRSYPCDEKKQ--NDSVIAECSNRRLQEV
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE5 PGGIPTNTTNLTLTINHIPDISPASFHRLDHLVEIDFRCNCVPIPLGSKNNMCIKR--LQ
: . .:.: :. : : :. ::. :..:..:.. : : ...: :. :.
NP_619 PQTVGKYVTELDLSDNFITHITNESFQGLQNLTKINLNHN--PNVQHQNGNPGIQSNGLN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE5 IKPRSFSGLTYLKSLYLDGNQLLEIPQGLPPSLQLLSLEANNIFSIRKENLTELANIEIL
: .: .: :. : :. ::: .::.::: :: ::: :::..: ::....: :.. :
NP_619 ITDGAFLNLKNLRELLLEDNQLPQIPSGLPESLTELSLIQNNIYNITKEGISRLINLKNL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE5 YLGQNCYYRNPCYVSYSIEKDAFLNLTKLKVLSLKDNNVTAVPTVLPSTLTELYLYNNMI
::. :::. . : . .:: .: .::.:..:::. :... :: :::.: .:.: :..:
NP_619 YLAWNCYFNKVCEKT-NIEDGVFETLTNLELLSLSFNSLSHVPPKLPSSLRKLFLSNTQI
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE5 AKIQEDDFNNLNQLQILDLSGNCPRCYNAPFPCAPCKNNSPLQIPVNAFDALTELKVLRL
:.:.::..: .: .::::::::::.::::::.:: ... ..: ::. ::.:. : :
NP_619 KYISEEDFKGLINLTLLDLSGNCPRCFNAPFPCVPCDGGASINIDRFAFQNLTQLRYLNL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE5 HSNSLQHVPPRWFKNINKLQELDLSQNFLAKEIGDAKFLHFLPSLIQLDLSFNFELQVYR
:.::... ::::. .:. ::: :.:. ::... :: .:: : ::::::. :
NP_619 SSTSLRKINAAWFKNMPHLKVLDLEFNYLVGEIASGAFLTMLPRLEILDLSFNYIKGSYP
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 ASMNLSQAFSSLKSLKILRIRGYVFKELKSFNLSPLHNLQNLEVLDLGTNFIKIANLSMF
.:.:. ::.: ::. :..:::::.::. ...:: .: :: ...:: :::: ....:
NP_619 QHINISRNFSKLLSLRALHLRGYVFQELREDDFQPLMQLPNLSTINLGINFIKQIDFKLF
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE5 KQFKRLKVIDLSVNKISPSGDSSEVGFCSNARTSVESYEPQVLEQLHY-FRYDKYARSCR
..:. :..: :: :.::: ... .. ... :.. .. .. :..: .. .
NP_619 QNFSNLEIIYLSENRISPLVKDTRQSYANSS-----SFQRHIRKRRSTDFEFDPHSNFYH
420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KE5 FKNKEASFMSVNESCYKYGQTLDLSKNSIFFVKSSDFQHLSFLKCLNLSGNLISQTLNGS
: .. .: ::..:::: :::::. ..:..: . :::::.: .:.:.:.
NP_619 FTRPL-----IKPQCAAYGKALDLSLNSIFFIGPNQFENLPDIACLNLSANSNAQVLSGT
470 480 490 500 510 520
540 550 560 570 580 590
pF1KE5 EFQPLAELRYLDFSNNRLDLLHSTAFEELHKLEVLDISSNSHYFQSEGITHMLNFTKNLK
::. . ...:::..:::::. ...:. :: :::::.: :::::. :.:: :.: .:.
NP_619 EFSAIPHVKYLDLTNNRLDFDNASALTELSDLEVLDLSYNSHYFRIAGVTHHLEFIQNFT
530 540 550 560 570 580
600 610 620 630 640 650
pF1KE5 VLQKLMMNDNDISSSTSR-TMESESLRTLEFRGNHLDVLWREGDNRYLQLFKNLLKLEEL
:. : .. :.: . :.. ..::.:: : : ::.::.:: . ::::...::.: .: .:
NP_619 NLKVLNLSHNNIYTLTDKYNLESKSLVELVFSGNRLDILWNDDDNRYISIFKGLKNLTRL
590 600 610 620 630 640
660 670 680 690 700 710
pF1KE5 DISKNSLSFLPSGVFDGMPPNLKNLSLAKNGLKSFSWKKLQCLKNLETLDLSHNQLTTVP
:.: : :. .:. .: ..: .: .: . : :: :.: :: . :: ::: :.: .
NP_619 DLSLNRLKHIPNEAFLNLPASLTELHINDNMLKFFNWTLLQQFPRLELLDLRGNKLLFLT
650 660 670 680 690 700
720 730 740 750 760 770
pF1KE5 ERLSNCSRSLKNLILKNNQIRSLTKYFLQDAFQLRYLDLSSNKIQMIQKTSFPENVLNNL
. ::. . ::..:.:..:.: : . ::... .:..:::::: .. :.:... .. ..:
NP_619 DSLSDFTSSLRTLLLSHNRISHLPSGFLSEVSSLKHLDLSSNLLKTINKSALETKTTTKL
710 720 730 740 750 760
780 790 800 810 820 830
pF1KE5 KMLLLHHNRFLCTCDAVWFVWWVN-HTEVTIPYLATDVTCVGPGAHKGQSVISLDLYTCE
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