Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4596
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4596, 1246 aa
1>>>pF1KE4596 1246 - 1246 aa - 1246 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0437+/-0.000958; mu= 14.4874+/- 0.057
mean_var=111.4428+/-22.555, 0's: 0 Z-trim(108.5): 14 B-trim: 539 in 1/50
Lambda= 0.121492
statistics sampled from 10259 (10271) to 10259 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.676), E-opt: 0.2 (0.316), width: 16
Scan time: 3.880
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4731.1 SKIV2L gene_id:6499|Hs108|chr6 (1246) 8251 1457.9 0
CCDS3967.1 SKIV2L2 gene_id:23517|Hs108|chr5 (1042) 813 154.2 1.6e-36
>>CCDS4731.1 SKIV2L gene_id:6499|Hs108|chr6 (1246 aa)
initn: 8251 init1: 8251 opt: 8251 Z-score: 7813.6 bits: 1457.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 8251; 99.8% identity (100.0% similar) in 1246 aa overlap (1-1246:1-1246)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MMETERLVLPPPDPLDLPLRAVELGCTGHWELLNLPGAPESSLPHGLPPCAPDLQQEAEQ
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CCDS47 MMETERLVLPPPDPLDLPLRAVELGCTGHWELLNLPGAPESSLPHGLPPCAPDLQQEAEQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 LFLSSPAWLPLHGVEHSARKWQRKTDPWSLLAVLGAPVPSDLQAQRHPTTGQILGYKEVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LFLSSPAWLPLHGVEHSARKWQRKTDPWSLLAVLGAPVPSDLQAQRHPTTGQILGYKEVL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 LENTNLSATTSLSLRRPPGPASQSLWGNPTRYPFWPGGMDEPTITDLNTREEAEEEIDFE
::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LENTNLSATTSLSLRRPPGPASQSLWGNPTQYPFWPGGMDEPTITDLNTREEAEEEIDFE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 KDLLTIPPGFKKGMDFAPKDCPTPAPGLLSLSCLLEPLDLGGGDEDENEAVGQPGGPRGD
:::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 KDLLTIPPGFKKGMDFAPKDCPTPAPGLLSLSCMLEPLDLGGGDEDENEAVGQPGGPRGD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 TVSASPCSAPLARASSLEDLVLKEASTAVSTPEAPEPPSQEQWAIPVDATSPVGDFYRLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TVSASPCSAPLARASSLEDLVLKEASTAVSTPEAPEPPSQEQWAIPVDATSPVGDFYRLI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 PQPAFQWAFEPDVFQKQAILHLERHDSVFVAAHTSAGKTVVAEYAIALAQKHMTRTIYTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PQPAFQWAFEPDVFQKQAILHLERHDSVFVAAHTSAGKTVVAEYAIALAQKHMTRTIYTS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 PIKALSNQKFRDFRNTFGDVGLLTGDVQLHPEASCLIMTTEILRSMLYSGSDVIRDLEWV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PIKALSNQKFRDFRNTFGDVGLLTGDVQLHPEASCLIMTTEILRSMLYSGSDVIRDLEWV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 IFDEVHYINDVERGVVWEEVLIMLPDHVSIILLSATVPNALEFADWIGRLKRRQIYVIST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 IFDEVHYINDVERGVVWEEVLIMLPDHVSIILLSATVPNALEFADWIGRLKRRQIYVIST
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 VTRPVPLEHYLFTGNSSKTQGELFLLLDSRGAFHTKGYYAAVEAKKERMSKHAQTFGAKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VTRPVPLEHYLFTGNSSKTQGELFLLLDSRGAFHTKGYYAAVEAKKERMSKHAQTFGAKQ
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE4 PTHQGGPAQDRGVYLSLLASLRTRAQLPVVVFTFSRGRCDEQASGLTSLDLTTSSEKSEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PTHQGGPAQDRGVYLSLLASLRTRAQLPVVVFTFSRGRCDEQASGLTSLDLTTSSEKSEI
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE4 HLFLQRCLARLRGSDRQLPQVLHMSELLNRGLGVHHSGILPILKEIVEMLFSRGLVKVLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 HLFLQRCLARLRGSDRQLPQVLHMSELLNRGLGVHHSGILPILKEIVEMLFSRGLVKVLF
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE4 ATETFAMGVNMPARTVVFDSMRKHDGSTFRDLLPGEYVQMAGRAGRRGLDPTGTVILLCK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 ATETFAMGVNMPARTVVFDSMRKHDGSTFRDLLPGEYVQMAGRAGRRGLDPTGTVILLCK
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE4 GRVPEMADLHRMMMGKPSQLQSQFRLTYTMILNLLRVDALRVEDMMKRSFSEFPSRKDSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 GRVPEMADLHRMMMGKPSQLQSQFRLTYTMILNLLRVDALRVEDMMKRSFSEFPSRKDSK
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE4 AHEQALAELTKRLGALEEPDMTGQLVDLPEYYSWGEELTETQHMIQRRIMESVNGLKSLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 AHEQALAELTKRLGALEEPDMTGQLVDLPEYYSWGEELTETQHMIQRRIMESVNGLKSLS
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE4 AGRVVVVKNQEHHNALGVILQVSSNSTSRVFTTLVLCDKPLSQDPQDRGPATAEVPYPDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 AGRVVVVKNQEHHNALGVILQVSSNSTSRVFTTLVLCDKPLSQDPQDRGPATAEVPYPDD
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KE4 LVGFKLFLPEGPCDHTVVKLQPGDMAAITTKVLRVNGEKILEDFSKRQQPKFKKDPPLAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LVGFKLFLPEGPCDHTVVKLQPGDMAAITTKVLRVNGEKILEDFSKRQQPKFKKDPPLAA
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KE4 VTTAVQELLRLAQAHPAGPPTLDPVNDLQLKDMSVVEGGLRARKLEELIQGAQCVHSPRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VTTAVQELLRLAQAHPAGPPTLDPVNDLQLKDMSVVEGGLRARKLEELIQGAQCVHSPRF
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KE4 PAQYLKLRERMQIQKEMERLRFLLSDQSLLLLPEYHQRVEVLRTLGYVDEVGTVKLAGRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::
CCDS47 PAQYLKLRERMQIQKEMERLRFLLSDQSLLLLPEYHQRVEVLRTLGYVDEAGTVKLAGRV
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KE4 ACAMSSHELLLTELMFDNALSTLRPEEIAALLSGLVCQSPGDAGDQLPNTLKQGIERVRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 ACAMSSHELLLTELMFDNALSTLRPEEIAALLSGLVCQSPGDAGDQLPNTLKQGIERVRA
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KE4 VAKRIGEVQVACGLNQTVEEFVGELNFGLVEVVYEWARGMPFSELAGLSGTPEGLVVRCI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VAKRIGEVQVACGLNQTVEEFVGELNFGLVEVVYEWARGMPFSELAGLSGTPEGLVVRCI
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240
pF1KE4 QRLAEMCRSLRGAARLVGEPVLGAKMETAATLLRRDIVFAASLYTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 QRLAEMCRSLRGAARLVGEPVLGAKMETAATLLRRDIVFAASLYTQ
1210 1220 1230 1240
>>CCDS3967.1 SKIV2L2 gene_id:23517|Hs108|chr5 (1042 aa)
initn: 1798 init1: 770 opt: 813 Z-score: 769.0 bits: 154.2 E(32554): 1.6e-36
Smith-Waterman score: 1980; 36.4% identity (65.4% similar) in 1013 aa overlap (250-1244:80-1041)
220 230 240 250 260 270
pF1KE4 LGGGDEDENEAVGQPGGPRGDTVSASPCSAPLARASSLEDLVLKE--ASTAVSTPEAPEP
: . : ::: : . . :.. :. :
CCDS39 GKLQSESTNNGKNKRDVDFEGTDEPIFGKKPRIEESITEDLSLADLMPRVKVQSVETVEG
50 60 70 80 90 100
280 290 300 310 320 330
pF1KE4 PSQEQWAIPVDATSPVGDFYRLIP---QPAFQWAFEPDVFQKQAILHLERHDSVFVAAHT
..: :.:.. :. : : . : .. : :.::..:: .. ..::.:.:::
CCDS39 CTHEV-ALPAEE-----DYLPLKPRVGKAAKEYPFILDAFQREAIQCVDNNQSVLVSAHT
110 120 130 140 150 160
340 350 360 370 380 390
pF1KE4 SAGKTVVAEYAIALAQKHMTRTIYTSPIKALSNQKFRDFRNTFGDVGLLTGDVQLHPEAS
:::::: :::::::: .. :.:.:::::::::::.:.. . : ::::.:::: ..: ::
CCDS39 SAGKTVCAEYAIALALREKQRVIFTSPIKALSNQKYREMYEEFQDVGLMTGDVTINPTAS
170 180 190 200 210 220
400 410 420 430 440 450
pF1KE4 CLIMTTEILRSMLYSGSDVIRDLEWVIFDEVHYINDVERGVVWEEVLIMLPDHVSIILLS
::.::::::::::: ::.:.:.. ::::::.::. : ::::::::..:.:::.: ..::
CCDS39 CLVMTTEILRSMLYRGSEVMREVAWVIFDEIHYMRDSERGVVWEETIILLPDNVHYVFLS
230 240 250 260 270 280
460 470 480 490 500 510
pF1KE4 ATVPNALEFADWIGRLKRRQIYVISTVTRPVPLEHYLFTGNSSKTQGELFLLLDSRGAFH
::.::: .::.:: .:... .:: : ::.::.::.: .... : : :..: : :.
CCDS39 ATIPNARQFAEWICHLHKQPCHVIYTDYRPTPLQHYIFPAGGD---G-LHLVVDENGDFR
290 300 310 320 330
520 530 540 550 560 570
pF1KE4 TKGYYAAVEAKKERMSKHAQTFGAKQPTHQGGPAQDRGVYLSLLASLRTRAQLPVVVFTF
.. .:... .. .. . : ..:: .:. ... . : ::..:.:
CCDS39 EDNFNTAMQVLRDA----GDLAKGDQKGRKGGTKGPSNVF-KIVKMIMERNFQPVIIFSF
340 350 360 370 380 390
580 590 600 610 620 630
pF1KE4 SRGRCDEQASGLTSLDLTTSSEKSEIHLFLQRCLARLRGSDRQLPQVLHMSELLNRGLGV
:. :. : .:.::..:. ::. .. .. . : :..:::: :. ::.::.:.
CCDS39 SKKDCEAYALQMTKLDFNTDEEKKMVEEVFSNAIDCLSDEDKKLPQVEHVLPLLKRGIGI
400 410 420 430 440 450
640 650 660 670 680 690
pF1KE4 HHSGILPILKEIVEMLFSRGLVKVLFATETFAMGVNMPARTVVFDSMRKHDGSTFRDLLP
::.:.:::::: .:.:::.::.:.::::::::::.:::::::.: . :: ::. :: .
CCDS39 HHGGLLPILKETIEILFSEGLIKALFATETFAMGINMPARTVLFTNARKFDGKDFRWISS
460 470 480 490 500 510
700 710 720 730 740 750
pF1KE4 GEYVQMAGRAGRRGLDPTGTVILLCKGRV-PEMADLHRMMMGKPSQLQSQFRLTYTMILN
:::.::.:::::::.: : :::. .. : .. .... :. . :.: :.:::.:.::
CCDS39 GEYIQMSGRAGRRGMDDRGIVILMVDEKMSPTIG--KQLLKGSADPLNSAFHLTYNMVLN
520 530 540 550 560 570
760 770 780 790 800 810
pF1KE4 LLRVDALRVEDMMKRSFSEFPSRKDSKAHEQALAELTKRLGALEEPDMTGQLVDLPEYYS
::::. . : :...:: .: . . . . . .. . . :. . .. ::.
CCDS39 LLRVEEINPEYMLEKSFYQFQHYRAIPGVVEKVKNSEEQYNKIVIPNEESVVI----YYK
580 590 600 610 620
820 830 840 850 860
pF1KE4 WGEELTETQHMIQRRIMESVNGLKSLSAGRVVVVKNQEHHNALGVILQVSSNSTSR----
..:.. . :.. : . : :. ::.: :::. . ::... :..:. .
CCDS39 IRQQLAKLGKEIEEYIHKPKYCLPFLQPGRLVKVKNEGDDFGWGVVVNFSKKSNVKPNSG
630 640 650 660 670 680
870 880 890 900 910 920
pF1KE4 ------VFTTLVLCDKPLSQDPQDRGPATAEVPYPDDLVGFKLFLPEGPCDHTVVKLQPG
: .:. :.: .. .. . .:. ::. : .: ..:.:
CCDS39 ELDPLYVVEVLLRCSK---ESLKNSATEAAKPAKPDEK-GEMQVVP------VLVHL---
690 700 710 720 730
930 940 950 960 970 980
pF1KE4 DMAAITTKVLRVNGEKILEDFSKRQQPKFKKDPPLAAVTTAVQELLRLAQAHPAGPPTLD
..::.. .:. : :. ..:: .: ..::. . : : : ::
CCDS39 -LSAISS--VRLYIPKDLRPVDNRQ-----------SVLKSIQEV---QKRFPDGIPLLD
740 750 760 770
990 1000 1010 1020 1030 1040
pF1KE4 PVNDLQLKDMSVVEGGLRARKLEELIQGAQCVHSPRFPAQYLKLRERMQIQKEMERL-RF
:..:. ..:... . ... .:. . . ..: . . : ... :: ... :
CCDS39 PIDDMGIQDQGLKKVIQKVEAFEHRMYSHPLHNDPNLETVYTLCEKKAQIAIDIKSAKRE
780 790 800 810 820 830
1050 1060 1070 1080 1090 1100
pF1KE4 LLSDQSLLLLPEYHQRVEVLRTLGYVDEVGTVKLAGRVACAMSS-HELLLTELMFDNALS
: . ...: . : . : .::: ::.. .... ::::: .:: ::::::.::.. ..
CCDS39 LKKARTVLQMDELKCRKRVLRRLGFATSSDVIEMKGRVACEISSADELLLTEMMFNGLFN
840 850 860 870 880 890
1110 1120 1130 1140 1150 1160
pF1KE4 TLRPEEIAALLSGLVCQSPGDAGDQLPNTLKQGIERVRAVAKRIGEVQVACGLNQTVEEF
: :. .:::: .: : .. .: . : ..... ::::..:.. :. : .
CCDS39 DLSAEQATALLSCFVFQENSSEMPKLTEQLAGPLRQMQECAKRIAKVSAEAKLEIDEETY
900 910 920 930 940 950
1170 1180 1190 1200 1210 1220
pF1KE4 VGELNFGLVEVVYEWARGMPFSELAGLSGTPEGLVVRCIQRLAEMCRSLRGAARLVGEPV
.. .. :..::: :: : :... .. . :: ..::..:: :. :.. ::. .:.
CCDS39 LSSFKPHLMDVVYTWATGATFAHICKMTDVFEGSIIRCMRRLEELLRQMCQAAKAIGNTE
960 970 980 990 1000 1010
1230 1240
pF1KE4 LGAKMETAATLLRRDIVFAASLYTQ
: :. . : ..::::::::::
CCDS39 LENKFAEGITKIKRDIVFAASLYL
1020 1030 1040
1246 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Mon Nov 7 15:10:56 2016 done: Mon Nov 7 15:10:57 2016
Total Scan time: 3.880 Total Display time: 0.050
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]