Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4540
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4540, 622 aa
1>>>pF1KE4540 622 - 622 aa - 622 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2687+/-0.000862; mu= 19.4824+/- 0.052
mean_var=66.5069+/-13.346, 0's: 0 Z-trim(106.3): 18 B-trim: 4 in 1/48
Lambda= 0.157268
statistics sampled from 8915 (8922) to 8915 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.65), E-opt: 0.2 (0.274), width: 16
Scan time: 3.100
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13460.1 PCK1 gene_id:5105|Hs108|chr20 ( 622) 4296 983.9 0
CCDS9609.1 PCK2 gene_id:5106|Hs108|chr14 ( 640) 3189 732.7 3.5e-211
CCDS76660.1 PCK2 gene_id:5106|Hs108|chr14 ( 506) 2748 632.6 3.8e-181
CCDS41928.1 PCK2 gene_id:5106|Hs108|chr14 ( 441) 2024 468.3 9.6e-132
>>CCDS13460.1 PCK1 gene_id:5105|Hs108|chr20 (622 aa)
initn: 4296 init1: 4296 opt: 4296 Z-score: 5262.5 bits: 983.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4296; 99.7% identity (100.0% similar) in 622 aa overlap (1-622:1-622)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MPPQLQNGLNLSAKVVQGSLDSLPQAVREFLENNAELCQPDHIHICDGSEEENGRLLGQM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MPPQLQNGLNLSAKVVQGSLDSLPQAVREFLENNAELCQPDHIHICDGSEEENGRLLGQM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 EEEGILRRLKKYDNCWLALTDPRDVARIESKTVIVTQEQRDTVPIPKTGLSQLGRWMSEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 EEEGILRRLKKYDNCWLALTDPRDVARIESKTVIVTQEQRDTVPIPKTGLSQLGRWMSEE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 DFEKAFNARFPGCMKGRTMYVIPFSMGPLGSPLSKIGIELTDSPYVVASMRIMTRMGTPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DFEKAFNARFPGCMKGRTMYVIPFSMGPLGSPLSKIGIELTDSPYVVASMRIMTRMGTPV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 LEALGDGEFVKCLHSVGCPLPLQKPLVNNWPCNPELTLIAHLPDRREIISFGSGYGGNSL
:::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LEAVGDGEFVKCLHSVGCPLPLQKPLVNNWPCNPELTLIAHLPDRREIISFGSGYGGNSL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 LGKKCFALRMASRLAKEEGWLAEHMLVLGITNPEGEKKYLAAAFPSACGKTNLAMMNPSL
::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LGKKCFALRMASRLAKEEGWLAEHMLILGITNPEGEKKYLAAAFPSACGKTNLAMMNPSL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 PGWKVECVGDDIAWMKFDAQGHLRAINPENGFFGVAPGTSVKTNPNAIKTIQKNTIFTNV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PGWKVECVGDDIAWMKFDAQGHLRAINPENGFFGVAPGTSVKTNPNAIKTIQKNTIFTNV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 AETSDGGVYWEGIDEPLASGVTITSWKNKEWSSEDGEPCAHPNSRFCTPASQCPIIDAAW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 AETSDGGVYWEGIDEPLASGVTITSWKNKEWSSEDGEPCAHPNSRFCTPASQCPIIDAAW
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 ESPEGVPIEGIIFGGRRPAGVPLVYEALSWQHGVFVGAAMRSEATAAAEHKGKIIMHDPF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ESPEGVPIEGIIFGGRRPAGVPLVYEALSWQHGVFVGAAMRSEATAAAEHKGKIIMHDPF
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 AMRPFFGYNFGKYLAHWLSMAQHPAAKLPKIFHVNWFRKDKEGKFLWPGFGENSRVLEWM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 AMRPFFGYNFGKYLAHWLSMAQHPAAKLPKIFHVNWFRKDKEGKFLWPGFGENSRVLEWM
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE4 FNRIDGKASTKLTPIGYIPKEDALNLKGLGHINMMELFSISKEFWEKEVEDIEKYLEDQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 FNRIDGKASTKLTPIGYIPKEDALNLKGLGHINMMELFSISKEFWEKEVEDIEKYLEDQV
550 560 570 580 590 600
610 620
pF1KE4 NADLPCEIEREILALKQRISQM
::::::::::::::::::::::
CCDS13 NADLPCEIEREILALKQRISQM
610 620
>>CCDS9609.1 PCK2 gene_id:5106|Hs108|chr14 (640 aa)
initn: 3189 init1: 2782 opt: 3189 Z-score: 3904.9 bits: 732.7 E(32554): 3.5e-211
Smith-Waterman score: 3189; 71.6% identity (89.0% similar) in 610 aa overlap (14-622:31-640)
10 20 30 40
pF1KE4 MPPQLQNGLNLSAKVVQGSLDSLPQAVREFLENNAELCQPDHI
.:..:.: .:: ..:.:.:..:.::::. :
CCDS96 MAALYRPGLRLNWHGLSPLGWPSCRSIQTLRVLSGDLGQLPTGIRDFVEHSARLCQPEGI
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE4 HICDGSEEENGRLLGQMEEEGILRRLKKYDNCWLALTDPRDVARIESKTVIVTQEQRDTV
:::::.: :: : .:..:..:.: ::.::::: :::.::::.:::::::: :::::
CCDS96 HICDGTEAENTATLTLLEQQGLIRKLPKYNNCWLARTDPKDVARVESKTVIVTPSQRDTV
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 PIPKTGL-SQLGRWMSEEDFEKAFNARFPGCMKGRTMYVIPFSMGPLGSPLSKIGIELTD
:.: : .::: ::: ::..: . ::::::.::::::.::::::.:::::.::..:::
CCDS96 PLPPGGARGQLGNWMSPADFQRAVDERFPGCMQGRTMYVLPFSMGPVGSPLSRIGVQLTD
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 SPYVVASMRIMTRMGTPVLEALGDGEFVKCLHSVGCPLPLQKPLVNNWPCNPELTLIAHL
: :::::::::::.:::::.:::::.::::::::: :: : :..:::::: :::.:.
CCDS96 SAYVVASMRIMTRLGTPVLQALGDGDFVKCLHSVGQPLTGQGEPVSQWPCNPEKTLIGHV
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 PDRREIISFGSGYGGNSLLGKKCFALRMASRLAKEEGWLAEHMLVLGITNPEGEKKYLAA
::.::::::::::::::::::::::::.:::::..:::::::::.::::.: :.:.:.::
CCDS96 PDQREIISFGSGYGGNSLLGKKCFALRIASRLARDEGWLAEHMLILGITSPAGKKRYVAA
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 AFPSACGKTNLAMMNPSLPGWKVECVGDDIAWMKFDAQGHLRAINPENGFFGVAPGTSVK
:::::::::::::: :.::::::::::::::::.::..:.::::::::::::::::::.
CCDS96 AFPSACGKTNLAMMRPALPGWKVECVGDDIAWMRFDSEGRLRAINPENGFFGVAPGTSAT
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KE4 TNPNAIKTIQKNTIFTNVAETSDGGVYWEGIDEPLASGVTITSWKNKEWSSEDGEPCAHP
:::::. :::.:::::::::::::::::::::.:: :::.::: .: :. : ::::::
CCDS96 TNPNAMATIQSNTIFTNVAETSDGGVYWEGIDQPLPPGVTVTSWLGKPWKPGDKEPCAHP
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KE4 NSRFCTPASQCPIIDAAWESPEGVPIEGIIFGGRRPAGVPLVYEALSWQHGVFVGAAMRS
:::::.:: ::::.: :::.::::::..:::::::: ::::::::..:.::::::.::::
CCDS96 NSRFCAPARQCPIMDPAWEAPEGVPIDAIIFGGRRPKGVPLVYEAFNWRHGVFVGSAMRS
430 440 450 460 470 480
470 480 490 500 510 520
pF1KE4 EATAAAEHKGKIIMHDPFAMRPFFGYNFGKYLAHWLSMAQHPAAKLPKIFHVNWFRKDKE
:.:::::::::::::::::::::::::::.:: ::::: . .:.::.::::::::.:.
CCDS96 ESTAAAEHKGKIIMHDPFAMRPFFGYNFGHYLEHWLSMEGRKGAQLPRIFHVNWFRRDEA
490 500 510 520 530 540
530 540 550 560 570 580
pF1KE4 GKFLWPGFGENSRVLEWMFNRIDGKASTKLTPIGYIPKEDALNLKGLGHINMMELFSISK
:.:::::::::.:::.:. :..:. :.. :::: .::: ::.:.:: :. .:::. :
CCDS96 GHFLWPGFGENARVLDWICRRLEGEDSARETPIGLVPKEGALDLSGLRAIDTTQLFSLPK
550 560 570 580 590 600
590 600 610 620
pF1KE4 EFWEKEVEDIEKYLEDQVNADLPCEIEREILALKQRISQM
.:::.::.::..:: .::: ::: :. :. ::..:. .:
CCDS96 DFWEQEVRDIRSYLTEQVNQDLPKEVLAELEALERRVHKM
610 620 630 640
>>CCDS76660.1 PCK2 gene_id:5106|Hs108|chr14 (506 aa)
initn: 2778 init1: 2748 opt: 2748 Z-score: 3365.6 bits: 632.6 E(32554): 3.8e-181
Smith-Waterman score: 2748; 74.3% identity (90.3% similar) in 506 aa overlap (117-622:1-506)
90 100 110 120 130 140
pF1KE4 RIESKTVIVTQEQRDTVPIPKTGLSQLGRWMSEEDFEKAFNARFPGCMKGRTMYVIPFSM
:: ::..: . ::::::.::::::.::::
CCDS76 MSPADFQRAVDERFPGCMQGRTMYVLPFSM
10 20 30
150 160 170 180 190 200
pF1KE4 GPLGSPLSKIGIELTDSPYVVASMRIMTRMGTPVLEALGDGEFVKCLHSVGCPLPLQKPL
::.:::::.::..:::: :::::::::::.:::::.:::::.::::::::: :: :
CCDS76 GPVGSPLSRIGVQLTDSAYVVASMRIMTRLGTPVLQALGDGDFVKCLHSVGQPLTGQGEP
40 50 60 70 80 90
210 220 230 240 250 260
pF1KE4 VNNWPCNPELTLIAHLPDRREIISFGSGYGGNSLLGKKCFALRMASRLAKEEGWLAEHML
:..:::::: :::.:.::.::::::::::::::::::::::::.:::::..:::::::::
CCDS76 VSQWPCNPEKTLIGHVPDQREIISFGSGYGGNSLLGKKCFALRIASRLARDEGWLAEHML
100 110 120 130 140 150
270 280 290 300 310 320
pF1KE4 VLGITNPEGEKKYLAAAFPSACGKTNLAMMNPSLPGWKVECVGDDIAWMKFDAQGHLRAI
.::::.: :.:.:.:::::::::::::::: :.::::::::::::::::.::..:.::::
CCDS76 ILGITSPAGKKRYVAAAFPSACGKTNLAMMRPALPGWKVECVGDDIAWMRFDSEGRLRAI
160 170 180 190 200 210
330 340 350 360 370 380
pF1KE4 NPENGFFGVAPGTSVKTNPNAIKTIQKNTIFTNVAETSDGGVYWEGIDEPLASGVTITSW
::::::::::::::. :::::. :::.:::::::::::::::::::::.:: :::.:::
CCDS76 NPENGFFGVAPGTSATTNPNAMATIQSNTIFTNVAETSDGGVYWEGIDQPLPPGVTVTSW
220 230 240 250 260 270
390 400 410 420 430 440
pF1KE4 KNKEWSSEDGEPCAHPNSRFCTPASQCPIIDAAWESPEGVPIEGIIFGGRRPAGVPLVYE
.: :. : :::::::::::.:: ::::.: :::.::::::..:::::::: :::::::
CCDS76 LGKPWKPGDKEPCAHPNSRFCAPARQCPIMDPAWEAPEGVPIDAIIFGGRRPKGVPLVYE
280 290 300 310 320 330
450 460 470 480 490 500
pF1KE4 ALSWQHGVFVGAAMRSEATAAAEHKGKIIMHDPFAMRPFFGYNFGKYLAHWLSMAQHPAA
:..:.::::::.:::::.:::::::::::::::::::::::::::.:: ::::: . .:
CCDS76 AFNWRHGVFVGSAMRSESTAAAEHKGKIIMHDPFAMRPFFGYNFGHYLEHWLSMEGRKGA
340 350 360 370 380 390
510 520 530 540 550 560
pF1KE4 KLPKIFHVNWFRKDKEGKFLWPGFGENSRVLEWMFNRIDGKASTKLTPIGYIPKEDALNL
.::.::::::::.:. :.:::::::::.:::.:. :..:. :.. :::: .::: ::.:
CCDS76 QLPRIFHVNWFRRDEAGHFLWPGFGENARVLDWICRRLEGEDSARETPIGLVPKEGALDL
400 410 420 430 440 450
570 580 590 600 610 620
pF1KE4 KGLGHINMMELFSISKEFWEKEVEDIEKYLEDQVNADLPCEIEREILALKQRISQM
.:: :. .:::. :.:::.::.::..:: .::: ::: :. :. ::..:. .:
CCDS76 SGLRAIDTTQLFSLPKDFWEQEVRDIRSYLTEQVNQDLPKEVLAELEALERRVHKM
460 470 480 490 500
>>CCDS41928.1 PCK2 gene_id:5106|Hs108|chr14 (441 aa)
initn: 2016 init1: 1609 opt: 2024 Z-score: 2478.7 bits: 468.3 E(32554): 9.6e-132
Smith-Waterman score: 2024; 72.4% identity (88.5% similar) in 392 aa overlap (14-402:31-422)
10 20 30 40
pF1KE4 MPPQLQNGLNLSAKVVQGSLDSLPQAVREFLENNAELCQPDHI
.:..:.: .:: ..:.:.:..:.::::. :
CCDS41 MAALYRPGLRLNWHGLSPLGWPSCRSIQTLRVLSGDLGQLPTGIRDFVEHSARLCQPEGI
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE4 HICDGSEEENGRLLGQMEEEGILRRLKKYDNCWLALTDPRDVARIESKTVIVTQEQRDTV
:::::.: :: : .:..:..:.: ::.::::: :::.::::.:::::::: :::::
CCDS41 HICDGTEAENTATLTLLEQQGLIRKLPKYNNCWLARTDPKDVARVESKTVIVTPSQRDTV
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 PIPKTGL-SQLGRWMSEEDFEKAFNARFPGCMKGRTMYVIPFSMGPLGSPLSKIGIELTD
:.: : .::: ::: ::..: . ::::::.::::::.::::::.:::::.::..:::
CCDS41 PLPPGGARGQLGNWMSPADFQRAVDERFPGCMQGRTMYVLPFSMGPVGSPLSRIGVQLTD
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 SPYVVASMRIMTRMGTPVLEALGDGEFVKCLHSVGCPLPLQKPLVNNWPCNPELTLIAHL
: :::::::::::.:::::.:::::.::::::::: :: : :..:::::: :::.:.
CCDS41 SAYVVASMRIMTRLGTPVLQALGDGDFVKCLHSVGQPLTGQGEPVSQWPCNPEKTLIGHV
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 PDRREIISFGSGYGGNSLLGKKCFALRMASRLAKEEGWLAEHMLVLGITNPEGEKKYLAA
::.::::::::::::::::::::::::.:::::..:::::::::.::::.: :.:.:.::
CCDS41 PDQREIISFGSGYGGNSLLGKKCFALRIASRLARDEGWLAEHMLILGITSPAGKKRYVAA
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 AFPSACGKTNLAMMNPSLPGWKVECVGDDIAWMKFDAQGHLRAINPENGFFGVAPGTSVK
:::::::::::::: :.::::::::::::::::.::..:.::::::::::::::::::.
CCDS41 AFPSACGKTNLAMMRPALPGWKVECVGDDIAWMRFDSEGRLRAINPENGFFGVAPGTSAT
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KE4 TNPNAIKTIQKNTIFTNVAETSDGGVYWEGIDEPLASGVTITSWKNKEWSSE--DGEPCA
:::::. :::.:::::::::::::::::::::.:: :::.::: .: :. :: :
CCDS41 TNPNAMATIQSNTIFTNVAETSDGGVYWEGIDQPLPPGVTVTSWLGKPWKPGMCGGEGVA
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KE4 HPNSRFCTPASQCPIIDAAWESPEGVPIEGIIFGGRRPAGVPLVYEALSWQHGVFVGAAM
.:
CCDS41 QPPGLSTLMVEKLSPQPPTIF
430 440
622 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 04:39:42 2016 done: Thu Nov 3 04:39:43 2016
Total Scan time: 3.100 Total Display time: 0.020
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]