Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4530
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4530, 592 aa
1>>>pF1KE4530 592 - 592 aa - 592 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.5785+/-0.00135; mu= -0.4935+/- 0.079
mean_var=264.8172+/-54.618, 0's: 0 Z-trim(106.7): 41 B-trim: 132 in 1/50
Lambda= 0.078814
statistics sampled from 9086 (9108) to 9086 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.628), E-opt: 0.2 (0.28), width: 16
Scan time: 3.670
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS718.1 GBP1 gene_id:2633|Hs108|chr1 ( 592) 3832 449.9 4.2e-126
CCDS717.2 GBP3 gene_id:2635|Hs108|chr1 ( 595) 3359 396.1 6.5e-110
CCDS719.1 GBP2 gene_id:2634|Hs108|chr1 ( 591) 3018 357.4 3e-98
CCDS722.1 GBP5 gene_id:115362|Hs108|chr1 ( 586) 2567 306.1 8.3e-83
CCDS721.1 GBP4 gene_id:115361|Hs108|chr1 ( 640) 2151 258.8 1.5e-68
CCDS720.1 GBP7 gene_id:388646|Hs108|chr1 ( 638) 2149 258.6 1.8e-68
CCDS723.1 GBP6 gene_id:163351|Hs108|chr1 ( 633) 2097 252.7 1.1e-66
>>CCDS718.1 GBP1 gene_id:2633|Hs108|chr1 (592 aa)
initn: 3832 init1: 3832 opt: 3832 Z-score: 2377.5 bits: 449.9 E(32554): 4.2e-126
Smith-Waterman score: 3832; 99.7% identity (100.0% similar) in 592 aa overlap (1-592:1-592)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MASEIHMTGPMCLIENTNGRLMANPEALKILSAITQPMVVVAIVGLYRTGKSYLMNKLAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 MASEIHMTGPMCLIENTNGRLMANPEALKILSAITQPMVVVAIVGLYRTGKSYLMNKLAG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 KKKGFSLGSTVQSHTKGIWMWCVPHPKKPGHILVLLDTEGLGDVEKGDNQNDSWIFALAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 KKKGFSLGSTVQSHTKGIWMWCVPHPKKPGHILVLLDTEGLGDVEKGDNQNDSWIFALAV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 LLSSTFVYNSIGTINQQAMDQLYYVTELTHRIRSKSSPDENENEVEDSADFVSFFPDFVW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 LLSSTFVYNSIGTINQQAMDQLYYVTELTHRIRSKSSPDENENEVEDSADFVSFFPDFVW
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 TLRDFSLDLEADGQPLTPDEYLTYSLKLKKGTSQKDETFNLPRLCIRKFFPKKKCFVFDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 TLRDFSLDLEADGQPLTPDEYLTYSLKLKKGTSQKDETFNLPRLCIRKFFPKKKCFVFDR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 PVHRRKLAQLEKLQDEELDPEFVQQVADFCSYIFSNSKTKTLSGGIQVNGPRLESLVLTY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 PVHRRKLAQLEKLQDEELDPEFVQQVADFCSYIFSNSKTKTLSGGIQVNGPRLESLVLTY
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 VNAISSGDLPCMENAVLALAQIENSAAVQKAIAHYEQQMGQKVQLPTESLQELLDLHRDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::
CCDS71 VNAISSGDLPCMENAVLALAQIENSAAVQKAIAHYEQQMGQKVQLPTETLQELLDLHRDS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 EREAIEVFIRSSFKDVDHLFQKELAAQLEKKRDDFCKQNQEASSDRCSGLLQVIFSPLEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::
CCDS71 EREAIEVFIRSSFKDVDHLFQKELAAQLEKKRDDFCKQNQEASSDRCSALLQVIFSPLEE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 EVKAGIYSKPGGYRLFVQKLQDLKKKYYEEPRKGIQAEEILQTYLKSKESMTDAILQTDQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 EVKAGIYSKPGGYRLFVQKLQDLKKKYYEEPRKGIQAEEILQTYLKSKESMTDAILQTDQ
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 TLTEKEKEIEVERVKAESAQASAKMLQEMQRKNEQMMEQKERSYQEHLKQLTEKMENDRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 TLTEKEKEIEVERVKAESAQASAKMLQEMQRKNEQMMEQKERSYQEHLKQLTEKMENDRV
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590
pF1KE4 QLLKEQERTLALKLQEQEQLLKEGFQKESRIMKNEIQDLQTKMRRRKACTIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS71 QLLKEQERTLALKLQEQEQLLKEGFQKESRIMKNEIQDLQTKMRRRKACTIS
550 560 570 580 590
>>CCDS717.2 GBP3 gene_id:2635|Hs108|chr1 (595 aa)
initn: 3508 init1: 2385 opt: 3359 Z-score: 2086.8 bits: 396.1 E(32554): 6.5e-110
Smith-Waterman score: 3359; 87.4% identity (95.4% similar) in 586 aa overlap (1-586:1-584)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MASEIHMTGPMCLIENTNGRLMANPEALKILSAITQPMVVVAIVGLYRTGKSYLMNKLAG
:: ::::::::::::::::.:.:::::::::::::::.::::::::::::::::::::::
CCDS71 MAPEIHMTGPMCLIENTNGELVANPEALKILSAITQPVVVVAIVGLYRTGKSYLMNKLAG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 KKKGFSLGSTVQSHTKGIWMWCVPHPKKPGHILVLLDTEGLGDVEKGDNQNDSWIFALAV
:.:::::::::.::::::::::::::::: : ::::::::::::.:::::::::::.:::
CCDS71 KNKGFSLGSTVKSHTKGIWMWCVPHPKKPEHTLVLLDTEGLGDVKKGDNQNDSWIFTLAV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 LLSSTFVYNSIGTINQQAMDQLYYVTELTHRIRSKSSPDENENEVEDSADFVSFFPDFVW
:::::.::::.::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::
CCDS71 LLSSTLVYNSMGTINQQAMDQLYYVTELTHRIRSKSSPDENENE--DSADFVSFFPDFVW
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 TLRDFSLDLEADGQPLTPDEYLTYSLKLKKGTSQKDETFNLPRLCIRKFFPKKKCFVFDR
:::::::::::::::::::::: ::::: .::::::..:::::::::::::::::::::
CCDS71 TLRDFSLDLEADGQPLTPDEYLEYSLKLTQGTSQKDKNFNLPRLCIRKFFPKKKCFVFDL
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 PVHRRKLAQLEKLQDEELDPEFVQQVADFCSYIFSNSKTKTLSGGIQVNGPRLESLVLTY
:.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::
CCDS71 PIHRRKLAQLEKLQDEELDPEFVQQVADFCSYIFSNSKTKTLSGGIKVNGPRLESLVLTY
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 VNAISSGDLPCMENAVLALAQIENSAAVQKAIAHYEQQMGQKVQLPTESLQELLDLHRDS
.:::: :::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::.:.::::::::: :
CCDS71 INAISRGDLPCMENAVLALAQIENSAAVQKAIAHYDQQMGQKVQLPAETLQELLDLHRVS
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 EREAIEVFIRSSFKDVDHLFQKELAAQLEKKRDDFCKQNQEASSDRCSGLLQVIFSPLEE
:::: ::....:::::::::::.:::::.:::::::::::::::::::.:::::::::::
CCDS71 EREATEVYMKNSFKDVDHLFQKKLAAQLDKKRDDFCKQNQEASSDRCSALLQVIFSPLEE
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 EVKAGIYSKPGGYRLFVQKLQDLKKKYYEEPRKGIQAEEILQTYLKSKESMTDAILQTDQ
::::::::::::: ::.::::::.::::::::::::::::::::::::::.:::::::::
CCDS71 EVKAGIYSKPGGYCLFIQKLQDLEKKYYEEPRKGIQAEEILQTYLKSKESVTDAILQTDQ
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 TLTEKEKEIEVERVKAESAQASAKMLQEMQRKNEQMMEQKERSYQEHLKQLTEKMENDRV
::::::::::: ::::::::::::..::: : .::::.::.:::::.:::::::: .:.
CCDS71 ILTEKEKEIEVECVKAESAQASAKMVEEMQIKYQQMMEEKEKSYQEHVKQLTEKMERERA
480 490 500 510 520 530
550 560 570 580 590
pF1KE4 QLLKEQERTLALKLQEQEQLLKEGFQKESRIMKNEIQDLQTKMRRRKACTIS
:::.:::.::. ::::: ..::: : :: ..:::: :: ....
CCDS71 QLLEEQEKTLTSKLQEQARVLKERCQGESTQLQNEIQKLQKTLKKKTKRYMSHKLKI
540 550 560 570 580 590
>>CCDS719.1 GBP2 gene_id:2634|Hs108|chr1 (591 aa)
initn: 3071 init1: 2115 opt: 3018 Z-score: 1877.3 bits: 357.4 E(32554): 3e-98
Smith-Waterman score: 3018; 75.7% identity (93.6% similar) in 592 aa overlap (1-591:1-590)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MASEIHMTGPMCLIENTNGRLMANPEALKILSAITQPMVVVAIVGLYRTGKSYLMNKLAG
:: ::.. ::: ::.::.:.:..::::::::::::::.::::::::::::::::::::::
CCDS71 MAPEINLPGPMSLIDNTKGQLVVNPEALKILSAITQPVVVVAIVGLYRTGKSYLMNKLAG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 KKKGFSLGSTVQSHTKGIWMWCVPHPKKPGHILVLLDTEGLGDVEKGDNQNDSWIFALAV
::.::::::::.::::::::::::::::: : :::::::::::.:::::.:::::::::.
CCDS71 KKNGFSLGSTVKSHTKGIWMWCVPHPKKPEHTLVLLDTEGLGDIEKGDNENDSWIFALAI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 LLSSTFVYNSIGTINQQAMDQLYYVTELTHRIRSKSSPDENENEVEDSADFVSFFPDFVW
::::::::::.:::::::::::.:::::: ::...::: ..: :.:::::::::: :::
CCDS71 LLSSTFVYNSMGTINQQAMDQLHYVTELTDRIKANSSP--GNNSVDDSADFVSFFPAFVW
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 TLRDFSLDLEADGQPLTPDEYLTYSLKLKKGTSQKDETFNLPRLCIRKFFPKKKCFVFDR
:::::.:.::.::.:.: :.:: ::::.:::..:...:: :::::::::::.::::::
CCDS71 TLRDFTLELEVDGEPITADDYLELSLKLRKGTDKKSKSFNDPRLCIRKFFPKRKCFVFDW
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 PVHRRKLAQLEKLQDEELDPEFVQQVADFCSYIFSNSKTKTLSGGIQVNGPRLESLVLTY
:. .. ::.::.:..:::.:.:..:::.:::::.:.:..::::::: :::::::::::::
CCDS71 PAPKKYLAHLEQLKEEELNPDFIEQVAEFCSYILSHSNVKTLSGGIPVNGPRLESLVLTY
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 VNAISSGDLPCMENAVLALAQIENSAAVQKAIAHYEQQMGQKVQLPTESLQELLDLHRDS
::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::.:::::::::::
CCDS71 VNAISSGDLPCMENAVLALAQIENSAAVEKAIAHYEQQMGQKVQLPTETLQELLDLHRDS
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 EREAIEVFIRSSFKDVDHLFQKELAAQLEKKRDDFCKQNQEASSDRCSGLLQVIFSPLEE
::::::::...::::::..::..:.:::: .::::::::..:::: : .::: ::.::::
CCDS71 EREAIEVFMKNSFKDVDQMFQRKLGAQLEARRDDFCKQNSKASSDCCMALLQDIFGPLEE
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 EVKAGIYSKPGGYRLFVQKLQDLKKKYYEEPRKGIQAEEILQTYLKSKESMTDAILQTDQ
.:: : .:::::::::.::::.::.:::. :::::::.:.:. ::.:::...::.:::::
CCDS71 DVKQGTFSKPGGYRLFTQKLQELKNKYYQVPRKGIQAKEVLKKYLESKEDVADALLQTDQ
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 TLTEKEKEIEVERVKAESAQASAKMLQEMQRKNEQMMEQKERSYQEHLKQLTEKMENDRV
.:.:::: :::::.:::::.:. :::.:.:.:::.::::::.:::::.:::::::: ::.
CCDS71 SLSEKEKAIEVERIKAESAEAAKKMLEEIQKKNEEMMEQKEKSYQEHVKQLTEKMERDRA
480 490 500 510 520 530
550 560 570 580 590
pF1KE4 QLLKEQERTLALKLQEQEQLLKEGFQKESRIMKNEIQDLQTKMRR-RKACTIS
::. :::.::::::::::.::::::..::. ....: :.: . . . :.:
CCDS71 QLMAEQEKTLALKLQEQERLLKEGFENESKRLQKDIWDIQMRSKSLEPICNIL
540 550 560 570 580 590
>>CCDS722.1 GBP5 gene_id:115362|Hs108|chr1 (586 aa)
initn: 2588 init1: 1743 opt: 2567 Z-score: 1600.2 bits: 306.1 E(32554): 8.3e-83
Smith-Waterman score: 2567; 66.7% identity (84.4% similar) in 591 aa overlap (1-591:1-585)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MASEIHMTGPMCLIENTNGRLMANPEALKILSAITQPMVVVAIVGLYRTGKSYLMNKLAG
:: ::::. ::::::: : .: .: :::.::::::::.::::::::::::::::::::::
CCDS72 MALEIHMSDPMCLIENFNEQLKVNQEALEILSAITQPVVVVAIVGLYRTGKSYLMNKLAG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 KKKGFSLGSTVQSHTKGIWMWCVPHPKKPGHILVLLDTEGLGDVEKGDNQNDSWIFALAV
:.::::..:::::::::::.::::::. :.: ::::::::::::::.::.:: :::::.
CCDS72 KNKGFSVASTVQSHTKGIWIWCVPHPNWPNHTLVLLDTEGLGDVEKADNKNDIQIFALAL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 LLSSTFVYNSIGTINQQAMDQLYYVTELTHRIRSKSSPDENENEVEDSADFVSFFPDFVW
:::::::::... :.: :.: :. ::::: .....::: .. ::: :: .:::::.::
CCDS72 LLSSTFVYNTVNKIDQGAIDLLHNVTELTDLLKARNSPDLDR--VEDPADSASFFPDLVW
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 TLRDFSLDLEADGQPLTPDEYLTYSLKLKKGTSQKDETFNLPRLCIRKFFPKKKCFVFDR
::::: : :: ::: .:::::: ::. :.:..:. ..::::::::.:::::::::.::
CCDS72 TLRDFCLGLEIDGQLVTPDEYLENSLRPKQGSDQRVQNFNLPRLCIQKFFPKKKCFIFDL
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 PVHRRKLAQLEKLQDEELDPEFVQQVADFCSYIFSNSKTKTLSGGIQVNGPRLESLVLTY
:.:..:::::: : :.::.:::::::..:::::::.: :::: :::.::: ::..:::::
CCDS72 PAHQKKLAQLETLPDDELEPEFVQQVTEFCSYIFSHSMTKTLPGGIMVNGSRLKNLVLTY
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 VNAISSGDLPCMENAVLALAQIENSAAVQKAIAHYEQQMGQKVQLPTESLQELLDLHRDS
:::::::::::.::::::::: :::::::::::::.:::::::::: :.::::::::: :
CCDS72 VNAISSGDLPCIENAVLALAQRENSAAVQKAIAHYDQQMGQKVQLPMETLQELLDLHRTS
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 EREAIEVFIRSSFKDVDHLFQKELAAQLEKKRDDFCKQNQEASSDRCSGLLQVIFSPLEE
::::::::...::::::. ::::: . :. :..:.::.: ::::: ::.::. ::.::::
CCDS72 EREAIEVFMKNSFKDVDQSFQKELETLLDAKQNDICKRNLEASSDYCSALLKDIFGPLEE
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 EVKAGIYSKPGGYRLFVQKLQDLKKKYYEEPRKGIQAEEILQTYLKSKESMTDAILQTDQ
:: ::::::::. ::.:: ..:: :::.::::::::::.:: :::::::.. :::::::
CCDS72 AVKQGIYSKPGGHNLFIQKTEELKAKYYREPRKGIQAEEVLQKYLKSKESVSHAILQTDQ
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 TLTEKEKEIEVERVKAESAQASAKMLQEMQRKNEQMMEQKERSYQEHLKQLTEKMENDRV
.::: ::. . .::::. .: :. : .::.:::::...:: .::...: :: .
CCDS72 ALTETEKKKKEAQVKAEAEKAEAQRLAAIQRQNEQMMQERERLHQEQVRQ----MEIAKQ
480 490 500 510 520 530
550 560 570 580 590
pF1KE4 QLLKEQERTLALKLQEQEQLLKEGFQKESRIMKNEIQDLQTKMRRRKACTIS
. : ::.. ..::: :. :: ..: . .:.: : . :..
CCDS72 NWLAEQQKMQEQQMQEQAAQLSTTFQAQNRSLLSELQHAQRTVNNDDPCVLL
540 550 560 570 580
>>CCDS721.1 GBP4 gene_id:115361|Hs108|chr1 (640 aa)
initn: 1800 init1: 1033 opt: 2151 Z-score: 1344.0 bits: 258.8 E(32554): 1.5e-68
Smith-Waterman score: 2151; 55.1% identity (82.1% similar) in 586 aa overlap (3-587:18-601)
10 20 30 40
pF1KE4 MASEIHMTGPMCLIENTNGRLMANPEALKILSAITQPMVVVAIVG
:: : .:.::.:: . .: .: .::.::. :.::.:::::::
CCDS72 MGERTLHAAVPTPGYPESESIMMAPICLVENQEEQLTVNSKALEILDKISQPVVVVAIVG
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE4 LYRTGKSYLMNKLAGKKKGFSLGSTVQSHTKGIWMWCVPHPKKPGHILVLLDTEGLGDVE
:::::::::::.::::..:: :::::::.::::::::::: .::.: :::::::::::::
CCDS72 LYRTGKSYLMNRLAGKRNGFPLGSTVQSETKGIWMWCVPHLSKPNHTLVLLDTEGLGDVE
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 KGDNQNDSWIFALAVLLSSTFVYNSIGTINQQAMDQLYYVTELTHRIRSKSSPDENENEV
:.. .::::::::::::::.:::::..:::.::..::.:::::.. ::.:: : .:.
CCDS72 KSNPKNDSWIFALAVLLSSSFVYNSVSTINHQALEQLHYVTELAELIRAKSCP--RPDEA
130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 EDSADFVSFFPDFVWTLRDFSLDLEADGQPLTPDEYLTYSLKLKKGTSQKDETFNLPRLC
:::..:.::::::.::.:::.:.:. ::.:.: :::: .::: : . : .. :.:: :
CCDS72 EDSSEFASFFPDFIWTVRDFTLELKLDGNPITEDEYLENALKLIPGKNPKIQNSNMPREC
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 IRKFFPKKKCFVFDRPVHRRK-LAQLEKLQDEELDPEFVQQVADFCSYIFSNSKTKTLSG
::.:: :.::::::::.. .. : ..... .:.:. .:..: .::::::...:::::
CCDS72 IRHFFRKRKCFVFDRPTNDKQYLNHMDEVPEENLERHFLMQSDNFCSYIFTHAKTKTLRE
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 GIQVNGPRLESLVLTYVNAISSGDLPCMENAVLALAQIENSAAVQKAIAHYEQQMGQKVQ
:: :.: :: .::.:::.::.:: .::.:::: ::::.:: ::::.: :: :::.:...
CCDS72 GIIVTGKRLGTLVVTYVDAINSGAVPCLENAVTALAQLENPAAVQRAADHYSQQMAQQLR
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KE4 LPTESLQELLDLHRDSEREAIEVFIRSSFKDVDHLFQKELAAQLEKKRDDFCKQNQEASS
:::..::::::.: ::::: ::.. :::: .: :::.:. .:::. :: ::.:::.
CCDS72 LPTDTLQELLDVHAACEREAIAVFMEHSFKDENHEFQKKLVDTIEKKKGDFVLQNEEASA
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KE4 DRCSGLLQVIFSPLEEEVKAGIYSKPGGYRLFVQKLQDLKKKYYEEPRKGIQAEEILQTY
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]