Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4520
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4520, 557 aa
1>>>pF1KE4520 557 - 557 aa - 557 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4174+/-0.00143; mu= 12.7414+/- 0.085
mean_var=95.4975+/-19.299, 0's: 0 Z-trim(101.2): 151 B-trim: 116 in 2/47
Lambda= 0.131244
statistics sampled from 6255 (6423) to 6255 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.545), E-opt: 0.2 (0.197), width: 16
Scan time: 2.500
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7431.1 LGI1 gene_id:9211|Hs108|chr10 ( 557) 3734 718.3 5.8e-207
CCDS81490.1 LGI1 gene_id:9211|Hs108|chr10 ( 509) 2803 542.0 6.3e-154
CCDS3431.1 LGI2 gene_id:55203|Hs108|chr4 ( 545) 2125 413.7 2.9e-115
CCDS6025.1 LGI3 gene_id:203190|Hs108|chr8 ( 548) 2068 402.9 5.2e-112
CCDS76325.1 LGI1 gene_id:9211|Hs108|chr10 ( 291) 1878 366.8 2.1e-101
CCDS12444.1 LGI4 gene_id:163175|Hs108|chr19 ( 537) 1774 347.2 2.9e-95
CCDS4369.1 SLIT3 gene_id:6586|Hs108|chr5 (1523) 310 70.2 2e-11
CCDS64311.1 SLIT3 gene_id:6586|Hs108|chr5 (1530) 310 70.2 2e-11
CCDS75111.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4 (1521) 305 69.3 3.8e-11
CCDS75110.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4 (1525) 305 69.3 3.8e-11
CCDS3426.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4 (1529) 305 69.3 3.8e-11
CCDS5799.1 LRRC4 gene_id:64101|Hs108|chr7 ( 653) 295 67.2 6.9e-11
>>CCDS7431.1 LGI1 gene_id:9211|Hs108|chr10 (557 aa)
initn: 3734 init1: 3734 opt: 3734 Z-score: 3829.1 bits: 718.3 E(32554): 5.8e-207
Smith-Waterman score: 3734; 100.0% identity (100.0% similar) in 557 aa overlap (1-557:1-557)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MESERSKRMGNACIPLKRIAYFLCLLSALLLTEGKKPAKPKCPAVCTCTKDNALCENARS
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CCDS74 MESERSKRMGNACIPLKRIAYFLCLLSALLLTEGKKPAKPKCPAVCTCTKDNALCENARS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 IPRTVPPDVISLSFVRSGFTEISEGSFLFTPSLQLLLFTSNSFDVISDDAFIGLPHLEYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 IPRTVPPDVISLSFVRSGFTEISEGSFLFTPSLQLLLFTSNSFDVISDDAFIGLPHLEYL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 FIENNNIKSISRHTFRGLKSLIHLSLANNNLQTLPKDIFKGLDSLTNVDLRGNSFNCDCK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 FIENNNIKSISRHTFRGLKSLIHLSLANNNLQTLPKDIFKGLDSLTNVDLRGNSFNCDCK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 LKWLVEWLGHTNATVEDIYCEGPPEYKKRKINSLSSKDFDCIITEFAKSQDLPYQSLSID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 LKWLVEWLGHTNATVEDIYCEGPPEYKKRKINSLSSKDFDCIITEFAKSQDLPYQSLSID
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 TFSYLNDEYVVIAQPFTGKCIFLEWDHVEKTFRNYDNITGTSTVVCKPIVIETQLYVIVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 TFSYLNDEYVVIAQPFTGKCIFLEWDHVEKTFRNYDNITGTSTVVCKPIVIETQLYVIVA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 QLFGGSHIYKRDSFANKFIKIQDIEILKIRKPNDIETFKIENNWYFVVADSSKAGFTTIY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 QLFGGSHIYKRDSFANKFIKIQDIEILKIRKPNDIETFKIENNWYFVVADSSKAGFTTIY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 KWNGNGFYSHQSLHAWYRDTDVEYLEIVRTPQTLRTPHLILSSSSQRPVIYQWNKATQLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 KWNGNGFYSHQSLHAWYRDTDVEYLEIVRTPQTLRTPHLILSSSSQRPVIYQWNKATQLF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 TNQTDIPNMEDVYAVKHFSVKGDVYICLTRFIGDSKVMKWGGSSFQDIQRMPSRGSMVFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 TNQTDIPNMEDVYAVKHFSVKGDVYICLTRFIGDSKVMKWGGSSFQDIQRMPSRGSMVFQ
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 PLQINNYQYAILGSDYSFTQVYNWDAEKAKFVKFQELNVQAPRSFTHVSINKRNFLFASS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 PLQINNYQYAILGSDYSFTQVYNWDAEKAKFVKFQELNVQAPRSFTHVSINKRNFLFASS
490 500 510 520 530 540
550
pF1KE4 FKGNTQIYKHVIVDLSA
:::::::::::::::::
CCDS74 FKGNTQIYKHVIVDLSA
550
>>CCDS81490.1 LGI1 gene_id:9211|Hs108|chr10 (509 aa)
initn: 2802 init1: 2802 opt: 2803 Z-score: 2877.0 bits: 542.0 E(32554): 6.3e-154
Smith-Waterman score: 3319; 91.4% identity (91.4% similar) in 557 aa overlap (1-557:1-509)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MESERSKRMGNACIPLKRIAYFLCLLSALLLTEGKKPAKPKCPAVCTCTKDNALCENARS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 MESERSKRMGNACIPLKRIAYFLCLLSALLLTEGKKPAKPKCPAVCTCTKDNALCENARS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 IPRTVPPDVISLSFVRSGFTEISEGSFLFTPSLQLLLFTSNSFDVISDDAFIGLPHLEYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 IPRTVPPDVISLSFVRSGFTEISEGSFLFTPSLQLL------------------------
70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 FIENNNIKSISRHTFRGLKSLIHLSLANNNLQTLPKDIFKGLDSLTNVDLRGNSFNCDCK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 ------------------------SLANNNLQTLPKDIFKGLDSLTNVDLRGNSFNCDCK
100 110 120 130
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 LKWLVEWLGHTNATVEDIYCEGPPEYKKRKINSLSSKDFDCIITEFAKSQDLPYQSLSID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 LKWLVEWLGHTNATVEDIYCEGPPEYKKRKINSLSSKDFDCIITEFAKSQDLPYQSLSID
140 150 160 170 180 190
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 TFSYLNDEYVVIAQPFTGKCIFLEWDHVEKTFRNYDNITGTSTVVCKPIVIETQLYVIVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 TFSYLNDEYVVIAQPFTGKCIFLEWDHVEKTFRNYDNITGTSTVVCKPIVIETQLYVIVA
200 210 220 230 240 250
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 QLFGGSHIYKRDSFANKFIKIQDIEILKIRKPNDIETFKIENNWYFVVADSSKAGFTTIY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 QLFGGSHIYKRDSFANKFIKIQDIEILKIRKPNDIETFKIENNWYFVVADSSKAGFTTIY
260 270 280 290 300 310
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 KWNGNGFYSHQSLHAWYRDTDVEYLEIVRTPQTLRTPHLILSSSSQRPVIYQWNKATQLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 KWNGNGFYSHQSLHAWYRDTDVEYLEIVRTPQTLRTPHLILSSSSQRPVIYQWNKATQLF
320 330 340 350 360 370
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 TNQTDIPNMEDVYAVKHFSVKGDVYICLTRFIGDSKVMKWGGSSFQDIQRMPSRGSMVFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 TNQTDIPNMEDVYAVKHFSVKGDVYICLTRFIGDSKVMKWGGSSFQDIQRMPSRGSMVFQ
380 390 400 410 420 430
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 PLQINNYQYAILGSDYSFTQVYNWDAEKAKFVKFQELNVQAPRSFTHVSINKRNFLFASS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 PLQINNYQYAILGSDYSFTQVYNWDAEKAKFVKFQELNVQAPRSFTHVSINKRNFLFASS
440 450 460 470 480 490
550
pF1KE4 FKGNTQIYKHVIVDLSA
:::::::::::::::::
CCDS81 FKGNTQIYKHVIVDLSA
500
>>CCDS3431.1 LGI2 gene_id:55203|Hs108|chr4 (545 aa)
initn: 2268 init1: 1484 opt: 2125 Z-score: 2182.8 bits: 413.7 E(32554): 2.9e-115
Smith-Waterman score: 2125; 55.9% identity (81.1% similar) in 540 aa overlap (19-556:11-544)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MESERSKRMGNACIPLKRIAYFLCLLSALLLTEGKKPAK--PKCPAVCTCTKDNALCENA
.. .: ::.: : . .. .:::.:.:::.. .: ..
CCDS34 MALRRGGCGALGLLLLLLGAACLIPRSAQVRRLARCPATCSCTKESIICVGS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 RSIPRTVPPDVISLSFVRSGFTEISEGSFLFTPSLQLLLFTSNSFDVISDDAFIGLPHLE
.:: :: :. :::.: . :.::.. : :::::::..:::: .: :::: :: :::
CCDS34 SWVPRIVPGDISSLSLVNGTFSEIKDRMFSHLPSLQLLLLNSNSFTIIRDDAFAGLFHLE
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 YLFIENNNIKSISRHTFRGLKSLIHLSLANNNLQTLPKDIFKGLDSLTNVDLRGNSFNCD
:::::.:.:..:::..::::..: :::::::....::.:.:. :::: ..:::::.:.::
CCDS34 YLFIEGNKIETISRNAFRGLRDLTHLSLANNHIKALPRDVFSDLDSLIELDLRGNKFECD
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 CKLKWLVEWLGHTNATVEDIYCEGPPEYKKRKINSLSSKDFDCIITEFAKSQDLPYQSLS
:: ::: :: ::.:: :. : :::::...:.:...: :..: :.:. : :::::.:
CCDS34 CKAKWLYLWLKMTNSTVSDVLCIGPPEYQEKKLNDVTSFDYECTTTDFVVHQTLPYQSVS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 IDTFSYLNDEYVVIAQPFTGKCIFLEWDHVEKTFRNYDNITGTSTVVCKPIVIETQLYVI
.:::. :: ::.:::: .:. :::::.: .::.:::::: : : :: :.:. :..:.
CCDS34 VDTFNSKNDVYVAIAQPSMENCMVLEWDHIEMNFRSYDNITGQSIVGCKAILIDDQVFVV
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 VAQLFGGSHIYKRDSFANKFIKIQDIEILKIRKPNDIETFKIENNWYFVVADSSKAGFTT
:::::::::::: : .::.:.::::. .: :::::: :.:... .::.:::::::..:
CCDS34 VAQLFGGSHIYKYDESWTKFVKFQDIEVSRISKPNDIELFQIDDETFFVIADSSKAGLST
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 IYKWNGNGFYSHQSLHAWYRDTDVEYLEIVRTPQTLRTPHLILSSSSQRPVIYQWNKATQ
.::::..::::.:::: :.::::.:...: :::::: :: :.: ::::...
CCDS34 VYKWNSKGFYSYQSLHEWFRDTDAEFVDIDG------KSHLILSSRSQVPIILQWNKSSK
360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KE4 LFTNQTDIPNMEDVYAVKHFSVKGDVYICLTRFIGDSKVMKWGGSSFQDIQRMPSRGSMV
:. . :::::::: ::: : ... .:. ::::::::.::.:....: .:: .::::.:.
CCDS34 KFVPHGDIPNMEDVLAVKSFRMQNTLYLSLTRFIGDSRVMRWNSKQFVEIQALPSRGAMT
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KE4 FQPLQINNYQYAILGSDYSFTQVYNWDAEKAKFVKFQELNVQAPRSFTHVSINKRNFLFA
.::..... .: :::::.:.:.:.:: :: : ::.:. :::::::: :: ..:.:.::
CCDS34 LQPFSFKDNHYLALGSDYTFSQIYQWDKEKQLFKKFKEIYVQAPRSFTAVSTDRRDFFFA
470 480 490 500 510 520
540 550
pF1KE4 SSFKGNTQIYKHVIVDLSA
:::::.:.:..:.:::::
CCDS34 SSFKGKTKIFEHIIVDLSL
530 540
>>CCDS6025.1 LGI3 gene_id:203190|Hs108|chr8 (548 aa)
initn: 1503 init1: 1468 opt: 2068 Z-score: 2124.4 bits: 402.9 E(32554): 5.2e-112
Smith-Waterman score: 2068; 52.0% identity (81.5% similar) in 535 aa overlap (23-557:22-548)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MESERSKRMGNACIPLKRIAYFLCLLSALLLTEGKKPAKPKCPAVCTCTKDNALCENARS
.::. : .. . : : :: :.::.:.:.: ....
CCDS60 MAGLRARGGPGPGLLALSALGFCLM--LQVSAKRPPKTPPCPPSCSCTRDTAFCVDSKA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 IPRTVPPDVISLSFVRSGFTEISEGSFLFTPSLQLLLFTSNSFDVISDDAFIGLPHLEYL
.::..: .::::..: ..:.::..:.: : ::.::..::.: .:.:.:: :: ::.::
CCDS60 VPRNLPSEVISLTLVNAAFSEIQDGAFSHLPLLQFLLLNSNKFTLIGDNAFTGLSHLQYL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 FIENNNIKSISRHTFRGLKSLIHLSLANNNLQTLPKDIFKGLDSLTNVDLRGNSFNCDCK
:::::.: ..:. :::::::: :::::::::::::.:::. :: :...::::::.:::::
CCDS60 FIENNDIWALSKFTFRGLKSLTHLSLANNNLQTLPRDIFRPLDILNDLDLRGNSLNCDCK
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 LKWLVEWLGHTNATVEDIYCEGPPEYKKRKINSLSSKDFDCIITEFAKSQDLPYQSLSID
.:::::::.:::.:: ::: .::.....:...: ..:::: :.:. : : . ..: .
CCDS60 VKWLVEWLAHTNTTVAPIYCASPPRFQEHKVQDLPLREFDCITTDFVLYQTLAFPAVSAE
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 TFSYLNDEYVVIAQPFTGKCIFLEWDHVEKTFRNYDNITGTSTVVCKPIVIETQLYVIVA
: : .: :...::: .. : .:.::.::. .:.:: : . :.: :::.:...::::.::
CCDS60 PFLYSSDLYLALAQPGVSACTILKWDYVERQLRDYDRIPAPSAVHCKPMVVDSQLYVVVA
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 QLFGGSHIYKRDSFANKFIKIQDIEILKIRKPNDIETFKIENNWYFVVADSSKAGFTTIY
::::::.::. : ...: ..:::. ..:::::.:.:.:...:::.:::::::: :..:
CCDS60 QLFGGSYIYHWDPNTTRFTRLQDIDPQRVRKPNDLEAFRIDGDWYFAVADSSKAGATSLY
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 KWNGNGFYSHQSLHAWYRDTDVEYLEIVRTPQTLRTPHLILSSSSQRPVIYQWNKATQLF
.:. :::::::.:: :.::::.:... :.::.::::: ::::::... . :
CCDS60 RWHQNGFYSHQALHPWHRDTDLEFVD------GEGKPRLIVSSSSQAPVIYQWSRTQKQF
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 TNQTDIPNMEDVYAVKHFSVKGDVYICLTRFIGDSKVMKWGGSSFQDIQRMPSRGSMVFQ
. : .. .. :. ::::: . : :.::.:.:::::...: :. :...: .:::::...:
CCDS60 VAQGEVTQVPDAQAVKHFRAGRDSYLCLSRYIGDSKILRWEGTRFSEVQALPSRGSLALQ
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 PLQINNYQYAILGSDYSFTQVYNWDAEKAKFVKFQELNVQAPRSFTHVSINKRNFLFASS
:. ... .: ::::.::::.:.:: . :::.:::: :::::.: .. . ..:.: :
CCDS60 PFLVGGRRYLALGSDFSFTQIYQWDEGRQKFVRFQELAVQAPRAFCYMPAGDAQLLLAPS
480 490 500 510 520 530
550
pF1KE4 FKGNTQIYKHVIVDLSA
:::.: .:.:..:::::
CCDS60 FKGQTLVYRHIVVDLSA
540
>>CCDS76325.1 LGI1 gene_id:9211|Hs108|chr10 (291 aa)
initn: 1878 init1: 1878 opt: 1878 Z-score: 1934.1 bits: 366.8 E(32554): 2.1e-101
Smith-Waterman score: 1878; 100.0% identity (100.0% similar) in 279 aa overlap (1-279:1-279)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MESERSKRMGNACIPLKRIAYFLCLLSALLLTEGKKPAKPKCPAVCTCTKDNALCENARS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 MESERSKRMGNACIPLKRIAYFLCLLSALLLTEGKKPAKPKCPAVCTCTKDNALCENARS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 IPRTVPPDVISLSFVRSGFTEISEGSFLFTPSLQLLLFTSNSFDVISDDAFIGLPHLEYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 IPRTVPPDVISLSFVRSGFTEISEGSFLFTPSLQLLLFTSNSFDVISDDAFIGLPHLEYL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 FIENNNIKSISRHTFRGLKSLIHLSLANNNLQTLPKDIFKGLDSLTNVDLRGNSFNCDCK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 FIENNNIKSISRHTFRGLKSLIHLSLANNNLQTLPKDIFKGLDSLTNVDLRGNSFNCDCK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 LKWLVEWLGHTNATVEDIYCEGPPEYKKRKINSLSSKDFDCIITEFAKSQDLPYQSLSID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 LKWLVEWLGHTNATVEDIYCEGPPEYKKRKINSLSSKDFDCIITEFAKSQDLPYQSLSID
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 TFSYLNDEYVVIAQPFTGKCIFLEWDHVEKTFRNYDNITGTSTVVCKPIVIETQLYVIVA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 TFSYLNDEYVVIAQPFTGKCIFLEWDHVEKTFRNYDNITVLREIHRFTNMS
250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 QLFGGSHIYKRDSFANKFIKIQDIEILKIRKPNDIETFKIENNWYFVVADSSKAGFTTIY
>>CCDS12444.1 LGI4 gene_id:163175|Hs108|chr19 (537 aa)
initn: 1909 init1: 1208 opt: 1774 Z-score: 1823.7 bits: 347.2 E(32554): 2.9e-95
Smith-Waterman score: 1774; 48.6% identity (75.7% similar) in 539 aa overlap (22-557:7-537)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MESERSKRMGNACIPLKRIAYFLCLLSALLLTEGKKPAKPKCPAVCTCTKDNALCENARS
.: ::.. .. . .: : ::: :.:.::.::::.. .
CCDS12 MGGAGILLLLLAGAGVVVAWRPPKGKCPLRCSCSKDSALCEGSPD
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 IPRTVPPDVISLSFVRSGFTEISEGSFLFTPSLQLLLFTSNSFDVISDDAFIGLPHLEYL
.: . : ..:::.::.: :... :::: :::.:::::::::.:: :::: :: ::.::
CCDS12 LPVSFSPTLLSLSLVRTGVTQLKAGSFLRIPSLHLLLFTSNSFSVIEDDAFAGLSHLQYL
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 FIENNNIKSISRHTFRGLKSLIHLSLANNNLQTLPKDIFKGLDSLTNVDLRGNSFNCDCK
:::.:.: :::....:::.:: :::::::.:.:::. .:.:::.::.:::::: :.:::.
CCDS12 FIEDNEIGSISKNALRGLRSLTHLSLANNHLETLPRFLFRGLDTLTHVDLRGNPFQCDCR
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 LKWLVEWLGHTNATVEDIYCEGPPEYKKRKINSLSSKDFDCIITEFAKSQDLPYQSLSID
. ::..:. .::.: : :: .. ... :. : : : :.. : . ..::..
CCDS12 VLWLLQWMPTVNASVGTGACAGPASLSHMQLHHLDPKTFKCRAIELSWFQTVGESALSVE
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 TFSYLNDEYVVIAQPFTGKCIFLEWDHVEKTFRNYDNITGTSTVVCKPIVIETQLYVIVA
::: .. ..:.::::.:.:..: ::. . :: ... ..:.: :::.:. .:.:..:
CCDS12 PFSYQGEPHIVLAQPFAGRCLILSWDYSLQRFRPEEELPAASVVSCKPLVLGPSLFVLAA
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 QLFGGSHIYKRDSFANKFIKIQDIEILKIRKPNDIETFKIENNWYFVVADSSKAGFTTIY
.:.:::... : : . .. : . .. .::: : . .:.. :::::.:::: ::.
CCDS12 RLWGGSQLWARPSPGLRLAPTQTLAPRRLLRPNDAELLWLEGQPCFVVADASKAGSTTLL
290 300 310 320 330 340
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pF1KE4 KWNGNGFYSHQSLHAWYRDTDVEYLEIVRTPQTLRTPHLILSSSSQRPVIYQWNKATQLF
.: ::: :::::::.::::.: ::. : ::.:.:.:::::...:. . :
CCDS12 CRDGPGFYPHQSLHAWHRDTDAEALELDGRP------HLLLASASQRPVLFHWTGGR--F
350 360 370 380 390
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pF1KE4 TNQTDIPNMEDVYAVKHFSVKGDVYICLTRFIGDSKVMKWGGSSFQDIQRMPSRGSMVFQ
.::::. :::::..::.. :::..::::.:::: ::.: :: :. .:..::::. :::
CCDS12 ERRTDIPEAEDVYATRHFQAGGDVFLCLTRYIGDSMVMRWDGSMFRLLQQLPSRGAHVFQ
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pF1KE4 PLQINNYQYAILGSDYSFTQVYNWDAEKAKFVKFQELN---VQAPRSFTHVSINKRNFLF
:: : : ::::::..:.:: . .:. . .:::. . :::.:.:... : :::
CCDS12 PLLIARDQLAILGSDFAFSQVLRLEPDKGLLEPLQELGPPALVAPRAFAHITMAGRRFLF
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540 550
pF1KE4 ASSFKGNTQIYKHVIVDLSA
:. ::: ::::.: .::::
CCDS12 AACFKGPTQIYQHHEIDLSA
520 530
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::.. .: : : . :.. .:.
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:: ::: . . : : :..:: .: :: : . . .: . : : : : :. .
CCDS43 CPEQCTCMETVVRCSNKGLRALPRGMPKDVTELYLEGNHLTAVPRELSALR--HLTLIDL
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pF1KE4 TSNSFDVISDDAFIGLPHLEYLFIENNNIKSISRHTFRGLKSLIHLSLANNNLQTLPKDI
..::...... .: .. :: :.. : .. : :.: ::.:: :.: .:.....:.
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:. : ::... : : ..:::.:.:: ::. :. . . : .: . : . . .
CCDS43 FNDLTSLSHLALGTNPLHCDCSLRWLSEWVKAGYKEPGIA--RCSSPEPMADRLLLTTPT
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. :.:
CCDS43 HRFQCKGPVDINIVAKCNACLSSPCKNNGTCTQDPVELYRCACPYSYKGKDCTVPINTCI
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>>CCDS64311.1 SLIT3 gene_id:6586|Hs108|chr5 (1530 aa)
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10 20 30 40
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::.. .: : : . :.. .:.
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:: ::: . . : : :..:: .: :: : . . .: . : : : : :. .
CCDS64 CPEQCTCMETVVRCSNKGLRALPRGMPKDVTELYLEGNHLTAVPRELSAL--RHLTLIDL
730 740 750 760 770 780
100 110 120 130 140 150
pF1KE4 TSNSFDVISDDAFIGLPHLEYLFIENNNIKSISRHTFRGLKSLIHLSLANNNLQTLPKDI
..::...... .: .. :: :.. : .. : :.: ::.:: :.: .:.....:.
CCDS64 SNNSISMLTNYTFSNMSHLSTLILSYNRLRCIPVHAFNGLRSLRVLTLHGNDISSVPEGS
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160 170 180 190 200 210
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CCDS64 FNDLTSLSHLALGTNPLHCDCSLRWLSEWVKAGYKEPGI--ARCSSPEPMADRLLLTTPT
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. :.: . :
CCDS64 HRFQCKVLWFCCPGPVDINIVAKCNACLSSPCKNNGTCTQDPVELYRCACPYSYKGKDCT
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.::. ::: . : : . .:. .: :
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: : . . :: . . . : :. ...: ....:...: .. .: :.. : ..
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: .:: ::::: ::: .:.....:. :. :..:... . .: . :::...:: .:.
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: :: :. . . . :: : :
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CCDS75 SDPVDFYRCTCPYGFKGQDCDVPIHACISNPCKHGGTCHLKEGEEDGFWCICADGFEGEN
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>>CCDS75110.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4 (1525 aa)
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.::. ::: . : : . .:. .: :
CCDS75 FLKEIPIQDVAIQDFTCDDGNDDNSCSPLSRCPTECTCLDTVVRCSNKGLKVLPKGIPRD
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CCDS75 VTELYLDGNQFTLVPK-ELSNYKHLTLIDLSNNRISTLSNQSFSNMTQLLTLILSYNRLR
760 770 780 790 800 810
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pF1KE4 SISRHTFRGLKSLIHLSLANNNLQTLPKDIFKGLDSLTNVDLRGNSFNCDCKLKWLVEWL
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CCDS75 CIPPRTFDGLKSLRLLSLHGNDISVVPEGAFNDLSALSHLAIGANPLYCDCNMQWLSDWV
820 830 840 850 860 870
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pF1KE4 GHTNATVEDIYCEGPPEYKKRKINSLSSKDFDCIITEFAKSQDLPYQSLSIDTFSYLNDE
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CCDS75 KSEYKEPGIARCAGPGEMADKLLLTTPSKKFTCQGPVDVNILAKCNPCLSNPCKNDGTCN
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]