Result of FASTA (omim) for
pFN21AE4494
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4494, 515 aa
1>>>pF1KE4494 515 - 515 aa - 515 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9096+/-0.000428; mu= 20.2760+/- 0.027
mean_var=64.6898+/-12.809, 0's: 0 Z-trim(109.1): 16 B-trim: 29 in 1/48
Lambda= 0.159462
statistics sampled from 17224 (17232) to 17224 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.567), E-opt: 0.2 (0.202), width: 16
Scan time: 8.620
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001035810 (OMIM: 134700,300908,305900,611162) g ( 515) 3486 811.4 0
NP_000393 (OMIM: 134700,300908,305900,611162) gluc ( 545) 3486 811.4 0
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NP_004276 (OMIM: 138090,604931) GDH/6PGL endoplasm ( 791) 669 163.5 2.1e-39
XP_016858354 (OMIM: 138090,604931) PREDICTED: GDH/ ( 791) 669 163.5 2.1e-39
XP_005263597 (OMIM: 138090,604931) PREDICTED: GDH/ ( 800) 669 163.5 2.1e-39
NP_001269516 (OMIM: 138090,604931) GDH/6PGL endopl ( 802) 669 163.5 2.2e-39
>>NP_001035810 (OMIM: 134700,300908,305900,611162) gluco (515 aa)
initn: 3486 init1: 3486 opt: 3486 Z-score: 4333.4 bits: 811.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 3486; 100.0% identity (100.0% similar) in 515 aa overlap (1-515:1-515)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MAEQVALSRTQVCGILREELFQGDAFHQSDTHIFIIMGASGDLAKKKIYPTIWWLFRDGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MAEQVALSRTQVCGILREELFQGDAFHQSDTHIFIIMGASGDLAKKKIYPTIWWLFRDGL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 LPENTFIVGYARSRLTVADIRKQSEPFFKATPEEKLKLEDFFARNSYVAGQYDDAASYQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LPENTFIVGYARSRLTVADIRKQSEPFFKATPEEKLKLEDFFARNSYVAGQYDDAASYQR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 LNSHMNALHLGSQANRLFYLALPPTVYEAVTKNIHESCMSQIGWNRIIVEKPFGRDLQSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LNSHMNALHLGSQANRLFYLALPPTVYEAVTKNIHESCMSQIGWNRIIVEKPFGRDLQSS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 DRLSNHISSLFREDQIYRIDHYLGKEMVQNLMVLRFANRIFGPIWNRDNIACVILTFKEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DRLSNHISSLFREDQIYRIDHYLGKEMVQNLMVLRFANRIFGPIWNRDNIACVILTFKEP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 FGTEGRGGYFDEFGIIRDVMQNHLLQMLCLVAMEKPASTNSDDVRDEKVKVLKCISEVQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FGTEGRGGYFDEFGIIRDVMQNHLLQMLCLVAMEKPASTNSDDVRDEKVKVLKCISEVQA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 NNVVLGQYVGNPDGEGEATKGYLDDPTVPRGSTTATFAAVVLYVENERWDGVPFILRCGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NNVVLGQYVGNPDGEGEATKGYLDDPTVPRGSTTATFAAVVLYVENERWDGVPFILRCGK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 ALNERKAEVRLQFHDVAGDIFHQQCKRNELVIRVQPNEAVYTKMMTKKPGMFFNPEESEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ALNERKAEVRLQFHDVAGDIFHQQCKRNELVIRVQPNEAVYTKMMTKKPGMFFNPEESEL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 DLTYGNRYKNVKLPDAYERLILDVFCGSQMHFVRSDELREAWRIFTPLLHQIELEKPKPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DLTYGNRYKNVKLPDAYERLILDVFCGSQMHFVRSDELREAWRIFTPLLHQIELEKPKPI
430 440 450 460 470 480
490 500 510
pF1KE4 PYIYGSRGPTEADELMKRVGFQYEGTYKWVNPHKL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PYIYGSRGPTEADELMKRVGFQYEGTYKWVNPHKL
490 500 510
>>NP_000393 (OMIM: 134700,300908,305900,611162) glucose- (545 aa)
initn: 3486 init1: 3486 opt: 3486 Z-score: 4333.0 bits: 811.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 3486; 100.0% identity (100.0% similar) in 515 aa overlap (1-515:31-545)
10 20 30
pF1KE4 MAEQVALSRTQVCGILREELFQGDAFHQSD
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MGRRGSAPGNGRTLRGCERGGRRRRSADSVMAEQVALSRTQVCGILREELFQGDAFHQSD
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KE4 THIFIIMGASGDLAKKKIYPTIWWLFRDGLLPENTFIVGYARSRLTVADIRKQSEPFFKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 THIFIIMGASGDLAKKKIYPTIWWLFRDGLLPENTFIVGYARSRLTVADIRKQSEPFFKA
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE4 TPEEKLKLEDFFARNSYVAGQYDDAASYQRLNSHMNALHLGSQANRLFYLALPPTVYEAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 TPEEKLKLEDFFARNSYVAGQYDDAASYQRLNSHMNALHLGSQANRLFYLALPPTVYEAV
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KE4 TKNIHESCMSQIGWNRIIVEKPFGRDLQSSDRLSNHISSLFREDQIYRIDHYLGKEMVQN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 TKNIHESCMSQIGWNRIIVEKPFGRDLQSSDRLSNHISSLFREDQIYRIDHYLGKEMVQN
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KE4 LMVLRFANRIFGPIWNRDNIACVILTFKEPFGTEGRGGYFDEFGIIRDVMQNHLLQMLCL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LMVLRFANRIFGPIWNRDNIACVILTFKEPFGTEGRGGYFDEFGIIRDVMQNHLLQMLCL
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KE4 VAMEKPASTNSDDVRDEKVKVLKCISEVQANNVVLGQYVGNPDGEGEATKGYLDDPTVPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 VAMEKPASTNSDDVRDEKVKVLKCISEVQANNVVLGQYVGNPDGEGEATKGYLDDPTVPR
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KE4 GSTTATFAAVVLYVENERWDGVPFILRCGKALNERKAEVRLQFHDVAGDIFHQQCKRNEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GSTTATFAAVVLYVENERWDGVPFILRCGKALNERKAEVRLQFHDVAGDIFHQQCKRNEL
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KE4 VIRVQPNEAVYTKMMTKKPGMFFNPEESELDLTYGNRYKNVKLPDAYERLILDVFCGSQM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 VIRVQPNEAVYTKMMTKKPGMFFNPEESELDLTYGNRYKNVKLPDAYERLILDVFCGSQM
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KE4 HFVRSDELREAWRIFTPLLHQIELEKPKPIPYIYGSRGPTEADELMKRVGFQYEGTYKWV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 HFVRSDELREAWRIFTPLLHQIELEKPKPIPYIYGSRGPTEADELMKRVGFQYEGTYKWV
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 NPHKL
:::::
NP_000 NPHKL
>>XP_006711115 (OMIM: 138090,604931) PREDICTED: GDH/6PGL (791 aa)
initn: 650 init1: 193 opt: 669 Z-score: 828.3 bits: 163.5 E(85289): 2.1e-39
Smith-Waterman score: 785; 32.6% identity (62.4% similar) in 503 aa overlap (14-481:15-502)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MAEQVALSRTQVCGILREELFQGDAFHQSDTHIFIIMGASGDLAKKKIYPTIWWLFRDG
: :. . .:: : : .:..::.:::::: .. .. :. :
XP_006 MWNMLIVAMCLALLGCLQAQELQG---HVS----IILLGATGDLAKKYLWQGLFQLYLDE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 LLPENTFIV-GYARS------RLTVADIRKQSEPFFKATPEEKLKLEDFFARNSYVAGQY
..: : : . .: . ... : : .: . . .: : . : :
XP_006 AGRGHSFSFHGAALTAPKQGQELMAKALESLSCPK-DMAPSHCAEHKDQFLQLSQYR-QL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KE4 DDAASYQRLNSHMNAL--HLG-SQANRLFYLALPPTVYEAVTKNIHESCMSQIG-WNRII
: .:: ::. ..: : : .:.:.::...:: .:: ...::. :: : : :..
XP_006 KTAEDYQALNKDIEAQLQHAGLREAGRIFYFSVPPFAYEDIARNINSSCRPGPGAWLRVV
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 VEKPFGRDLQSSDRLSNHISSLFREDQIYRIDHYLGKEMVQNLMVLRFANR-IFGPIWNR
.:::::.: :...:.......:.:...::.::::::. : ... .: :: . .:::
XP_006 LEKPFGHDHFSAQQLATELGTFFQEEEMYRVDHYLGKQAVAQILPFRDQNRKALDGLWNR
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 DNIACVILTFKEPFGTEGRGGYFDEFGIIRDVMQNHLLQMLCLVAMEKPASTNSDD-VRD
.. : . .:: .::: ....:.:.::::.:::: ..: ::::: : ...: . :
XP_006 HHVERVEIIMKETVDAEGRTSFYEEYGVIRDVLQNHLTEVLTLVAMELPHNVSSAEAVLR
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 EKVKVLKCISEVQANNVVLGQYVGNPDGEGEATKGYLDDPTVPRGSTTATFAAVVLYVEN
.:..:.. . .: ...:.::: .. .: .. :. : . : : :::::.....:
XP_006 HKLQVFQALRGLQRGSAVVGQY----QSYSEQVRRELQKPDSFH-SLTPTFAAVLVHIDN
300 310 320 330 340
350 360 370 380 390
pF1KE4 ERWDGVPFILRCGKALNERKAEVRLQFHDVAGDI--------FHQQCKRNELVIRVQPNE
::.:::::: ::::.:: . .:. :.. : . ..:: .::... ..
XP_006 LRWEGVPFILMSGKALDERVGYARILFKNQACCVQSEKHWAAAQSQCLPRQLVFHIGHGD
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440
pF1KE4 ----AVYTKMMTKKPGMFFNPEESE----LDLTYGN------RYKNVKLPDAYERLILDV
:: .. .:.. . .: : : : .:. :. :. ::. :. .
XP_006 LGSPAVLVSRNLFRPSLPSSWKEMEGPPGLRL-FGSPLSDYYAYSPVRERDAHSVLLSHI
410 420 430 440 450 460
450 460 470 480 490 500
pF1KE4 FCGSQMHFVRSDELREAWRIFTPLLHQIELEKPKPIPYIYGSRGPTEADELMKRVGFQYE
: : . :. ...: .: ..::::... . :. :
XP_006 FHGRKNFFITTENLLASWNFWTPLLESLAHKAPRLYPGGAENGRLLDFEFSSGRLFFSQQ
470 480 490 500 510 520
510
pF1KE4 GTYKWVNPHKL
XP_006 QPEQLVPGPGPAPMPSDFQVLRAKYRESPLVSAWSEELISKLANDIEATAVRAVRRFGQF
530 540 550 560 570 580
>>NP_004276 (OMIM: 138090,604931) GDH/6PGL endoplasmic b (791 aa)
initn: 650 init1: 193 opt: 669 Z-score: 828.3 bits: 163.5 E(85289): 2.1e-39
Smith-Waterman score: 785; 32.6% identity (62.4% similar) in 503 aa overlap (14-481:15-502)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MAEQVALSRTQVCGILREELFQGDAFHQSDTHIFIIMGASGDLAKKKIYPTIWWLFRDG
: :. . .:: : : .:..::.:::::: .. .. :. :
NP_004 MWNMLIVAMCLALLGCLQAQELQG---HVS----IILLGATGDLAKKYLWQGLFQLYLDE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 LLPENTFIV-GYARS------RLTVADIRKQSEPFFKATPEEKLKLEDFFARNSYVAGQY
..: : : . .: . ... : : .: . . .: : . : :
NP_004 AGRGHSFSFHGAALTAPKQGQELMAKALESLSCPK-DMAPSHCAEHKDQFLQLSQYR-QL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KE4 DDAASYQRLNSHMNAL--HLG-SQANRLFYLALPPTVYEAVTKNIHESCMSQIG-WNRII
: .:: ::. ..: : : .:.:.::...:: .:: ...::. :: : : :..
NP_004 KTAEDYQALNKDIEAQLQHAGLREAGRIFYFSVPPFAYEDIARNINSSCRPGPGAWLRVV
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 VEKPFGRDLQSSDRLSNHISSLFREDQIYRIDHYLGKEMVQNLMVLRFANR-IFGPIWNR
.:::::.: :...:.......:.:...::.::::::. : ... .: :: . .:::
NP_004 LEKPFGHDHFSAQQLATELGTFFQEEEMYRVDHYLGKQAVAQILPFRDQNRKALDGLWNR
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 DNIACVILTFKEPFGTEGRGGYFDEFGIIRDVMQNHLLQMLCLVAMEKPASTNSDD-VRD
.. : . .:: .::: ....:.:.::::.:::: ..: ::::: : ...: . :
NP_004 HHVERVEIIMKETVDAEGRTSFYEEYGVIRDVLQNHLTEVLTLVAMELPHNVSSAEAVLR
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 EKVKVLKCISEVQANNVVLGQYVGNPDGEGEATKGYLDDPTVPRGSTTATFAAVVLYVEN
.:..:.. . .: ...:.::: .. .: .. :. : . : : :::::.....:
NP_004 HKLQVFQALRGLQRGSAVVGQY----QSYSEQVRRELQKPDSFH-SLTPTFAAVLVHIDN
300 310 320 330 340
350 360 370 380 390
pF1KE4 ERWDGVPFILRCGKALNERKAEVRLQFHDVAGDI--------FHQQCKRNELVIRVQPNE
::.:::::: ::::.:: . .:. :.. : . ..:: .::... ..
NP_004 LRWEGVPFILMSGKALDERVGYARILFKNQACCVQSEKHWAAAQSQCLPRQLVFHIGHGD
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440
pF1KE4 ----AVYTKMMTKKPGMFFNPEESE----LDLTYGN------RYKNVKLPDAYERLILDV
:: .. .:.. . .: : : : .:. :. :. ::. :. .
NP_004 LGSPAVLVSRNLFRPSLPSSWKEMEGPPGLRL-FGSPLSDYYAYSPVRERDAHSVLLSHI
410 420 430 440 450 460
450 460 470 480 490 500
pF1KE4 FCGSQMHFVRSDELREAWRIFTPLLHQIELEKPKPIPYIYGSRGPTEADELMKRVGFQYE
: : . :. ...: .: ..::::... . :. :
NP_004 FHGRKNFFITTENLLASWNFWTPLLESLAHKAPRLYPGGAENGRLLDFEFSSGRLFFSQQ
470 480 490 500 510 520
510
pF1KE4 GTYKWVNPHKL
NP_004 QPEQLVPGPGPAPMPSDFQVLRAKYRESPLVSAWSEELISKLANDIEATAVRAVRRFGQF
530 540 550 560 570 580
>>XP_016858354 (OMIM: 138090,604931) PREDICTED: GDH/6PGL (791 aa)
initn: 650 init1: 193 opt: 669 Z-score: 828.3 bits: 163.5 E(85289): 2.1e-39
Smith-Waterman score: 785; 32.6% identity (62.4% similar) in 503 aa overlap (14-481:15-502)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MAEQVALSRTQVCGILREELFQGDAFHQSDTHIFIIMGASGDLAKKKIYPTIWWLFRDG
: :. . .:: : : .:..::.:::::: .. .. :. :
XP_016 MWNMLIVAMCLALLGCLQAQELQG---HVS----IILLGATGDLAKKYLWQGLFQLYLDE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 LLPENTFIV-GYARS------RLTVADIRKQSEPFFKATPEEKLKLEDFFARNSYVAGQY
..: : : . .: . ... : : .: . . .: : . : :
XP_016 AGRGHSFSFHGAALTAPKQGQELMAKALESLSCPK-DMAPSHCAEHKDQFLQLSQYR-QL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KE4 DDAASYQRLNSHMNAL--HLG-SQANRLFYLALPPTVYEAVTKNIHESCMSQIG-WNRII
: .:: ::. ..: : : .:.:.::...:: .:: ...::. :: : : :..
XP_016 KTAEDYQALNKDIEAQLQHAGLREAGRIFYFSVPPFAYEDIARNINSSCRPGPGAWLRVV
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 VEKPFGRDLQSSDRLSNHISSLFREDQIYRIDHYLGKEMVQNLMVLRFANR-IFGPIWNR
.:::::.: :...:.......:.:...::.::::::. : ... .: :: . .:::
XP_016 LEKPFGHDHFSAQQLATELGTFFQEEEMYRVDHYLGKQAVAQILPFRDQNRKALDGLWNR
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 DNIACVILTFKEPFGTEGRGGYFDEFGIIRDVMQNHLLQMLCLVAMEKPASTNSDD-VRD
.. : . .:: .::: ....:.:.::::.:::: ..: ::::: : ...: . :
XP_016 HHVERVEIIMKETVDAEGRTSFYEEYGVIRDVLQNHLTEVLTLVAMELPHNVSSAEAVLR
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 EKVKVLKCISEVQANNVVLGQYVGNPDGEGEATKGYLDDPTVPRGSTTATFAAVVLYVEN
.:..:.. . .: ...:.::: .. .: .. :. : . : : :::::.....:
XP_016 HKLQVFQALRGLQRGSAVVGQY----QSYSEQVRRELQKPDSFH-SLTPTFAAVLVHIDN
300 310 320 330 340
350 360 370 380 390
pF1KE4 ERWDGVPFILRCGKALNERKAEVRLQFHDVAGDI--------FHQQCKRNELVIRVQPNE
::.:::::: ::::.:: . .:. :.. : . ..:: .::... ..
XP_016 LRWEGVPFILMSGKALDERVGYARILFKNQACCVQSEKHWAAAQSQCLPRQLVFHIGHGD
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440
pF1KE4 ----AVYTKMMTKKPGMFFNPEESE----LDLTYGN------RYKNVKLPDAYERLILDV
:: .. .:.. . .: : : : .:. :. :. ::. :. .
XP_016 LGSPAVLVSRNLFRPSLPSSWKEMEGPPGLRL-FGSPLSDYYAYSPVRERDAHSVLLSHI
410 420 430 440 450 460
450 460 470 480 490 500
pF1KE4 FCGSQMHFVRSDELREAWRIFTPLLHQIELEKPKPIPYIYGSRGPTEADELMKRVGFQYE
: : . :. ...: .: ..::::... . :. :
XP_016 FHGRKNFFITTENLLASWNFWTPLLESLAHKAPRLYPGGAENGRLLDFEFSSGRLFFSQQ
470 480 490 500 510 520
510
pF1KE4 GTYKWVNPHKL
XP_016 QPEQLVPGPGPAPMPSDFQVLRAKYRESPLVSAWSEELISKLANDIEATAVRAVRRFGQF
530 540 550 560 570 580
>>XP_005263597 (OMIM: 138090,604931) PREDICTED: GDH/6PGL (800 aa)
initn: 650 init1: 193 opt: 669 Z-score: 828.2 bits: 163.5 E(85289): 2.1e-39
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10 20 30 40 50
pF1KE4 MAEQVALSRTQVCGILREELFQGDAFHQSDTHIFIIMGASGDLAKKKIYP
: :. . .:: : : .:..::.:::::: ..
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.. :. : ..: : : . .: . ... : : .: . . .: :
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>>NP_001269516 (OMIM: 138090,604931) GDH/6PGL endoplasmi (802 aa)
initn: 650 init1: 193 opt: 669 Z-score: 828.2 bits: 163.5 E(85289): 2.2e-39
Smith-Waterman score: 785; 32.6% identity (62.4% similar) in 503 aa overlap (14-481:26-513)
10 20 30 40
pF1KE4 MAEQVALSRTQVCGILREELFQGDAFHQSDTHIFIIMGASGDLAKKKI
: :. . .:: : : .:..::.:::::: .
NP_001 MLAEPFNWHPGMWNMLIVAMCLALLGCLQAQELQG---HVS----IILLGATGDLAKKYL
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pF1KE4 YPTIWWLFRDGLLPENTFIV-GYARS------RLTVADIRKQSEPFFKATPEEKLKLEDF
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pF1KE4 MSQIG-WNRIIVEKPFGRDLQSSDRLSNHISSLFREDQIYRIDHYLGKEMVQNLMVLRFA
: : :...:::::.: :...:.......:.:...::.::::::. : ... .:
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]