Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4475
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4475, 494 aa
1>>>pF1KE4475 494 - 494 aa - 494 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2539+/-0.00103; mu= 18.6567+/- 0.062
mean_var=73.4332+/-14.845, 0's: 0 Z-trim(104.2): 78 B-trim: 0 in 0/49
Lambda= 0.149668
statistics sampled from 7680 (7758) to 7680 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.603), E-opt: 0.2 (0.238), width: 16
Scan time: 2.930
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 494) 3393 742.4 2.7e-214
CCDS56536.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 479) 2775 608.9 3.8e-174
CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 489) 1864 412.2 6.4e-115
CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 505) 1864 412.2 6.6e-115
CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20 ( 627) 1578 350.5 3e-96
CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 529) 1522 338.4 1.2e-92
CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1 ( 502) 1491 331.7 1.1e-90
CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 ( 498) 1460 325.0 1.2e-88
CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 514) 1394 310.7 2.4e-84
CCDS10304.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15 ( 468) 1324 295.6 7.8e-80
CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8 ( 458) 1303 291.1 1.8e-78
CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 457) 1272 284.4 1.8e-76
CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4 ( 479) 1137 255.2 1.1e-67
CCDS33331.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 482) 1117 250.9 2.3e-66
CCDS10027.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 ( 502) 1049 236.2 6.2e-62
CCDS53924.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 ( 531) 1040 234.3 2.5e-61
CCDS7745.1 CHRNA10 gene_id:57053|Hs108|chr11 ( 450) 997 225.0 1.4e-58
CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 463) 724 166.0 7.7e-41
CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 484) 724 166.1 8e-41
CCDS32184.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15 ( 412) 716 164.3 2.3e-40
CCDS58754.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 ( 502) 703 161.5 1.9e-39
CCDS2494.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 ( 517) 670 154.4 2.7e-37
CCDS8366.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 516) 639 147.7 2.8e-35
CCDS58868.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 456) 581 135.2 1.5e-31
CCDS3251.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 471) 581 135.2 1.5e-31
CCDS8364.1 HTR3B gene_id:9177|Hs108|chr11 ( 441) 564 131.5 1.9e-30
CCDS33400.1 CHRNG gene_id:1146|Hs108|chr2 ( 517) 563 131.3 2.5e-30
CCDS3250.1 HTR3C gene_id:170572|Hs108|chr3 ( 447) 553 129.1 9.8e-30
CCDS11058.1 CHRNE gene_id:1145|Hs108|chr17 ( 493) 545 127.4 3.5e-29
CCDS11106.1 CHRNB1 gene_id:1140|Hs108|chr17 ( 501) 526 123.3 6.1e-28
CCDS42008.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15 ( 321) 522 122.3 7.8e-28
CCDS58869.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 441) 496 116.8 4.9e-26
CCDS58870.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 456) 496 116.8 5e-26
CCDS58871.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 482) 404 97.0 5e-20
CCDS76786.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15 ( 160) 386 92.7 3.1e-19
CCDS3796.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 497) 333 81.6 2.1e-15
CCDS3473.1 GABRA4 gene_id:2557|Hs108|chr4 ( 554) 327 80.4 5.7e-15
CCDS58392.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 ( 231) 316 77.7 1.5e-14
CCDS3474.1 GABRB1 gene_id:2560|Hs108|chr4 ( 474) 319 78.6 1.7e-14
CCDS10019.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 318 78.4 1.9e-14
CCDS10018.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 318 78.4 1.9e-14
CCDS14706.1 GABRA3 gene_id:2556|Hs108|chrX ( 492) 317 78.2 2.3e-14
CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 451) 315 77.7 2.9e-14
CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 511) 315 77.8 3.2e-14
CCDS14160.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 452) 313 77.3 3.9e-14
CCDS4356.1 GABRA6 gene_id:2559|Hs108|chr5 ( 453) 313 77.3 3.9e-14
CCDS4358.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 467) 313 77.3 4e-14
CCDS4359.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 475) 313 77.3 4.1e-14
CCDS48085.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 452) 311 76.9 5.3e-14
CCDS54617.1 GABRR3 gene_id:200959|Hs108|chr3 ( 467) 310 76.7 6.3e-14
>>CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 (494 aa)
initn: 3393 init1: 3393 opt: 3393 Z-score: 3960.9 bits: 742.4 E(32554): 2.7e-214
Smith-Waterman score: 3393; 100.0% identity (100.0% similar) in 494 aa overlap (1-494:1-494)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MLTSKGQGFLHGGLCLWLCVFTPFFKGCVGCATEERLFHKLFSHYNQFIRPVENVSDPVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 MLTSKGQGFLHGGLCLWLCVFTPFFKGCVGCATEERLFHKLFSHYNQFIRPVENVSDPVT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 VHFEVAITQLANVDEVNQIMETNLWLRHIWNDYKLRWDPMEYDGIETLRVPADKIWKPDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 VHFEVAITQLANVDEVNQIMETNLWLRHIWNDYKLRWDPMEYDGIETLRVPADKIWKPDI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 VLYNNAVGDFQVEGKTKALLKYNGMITWTPPAIFKSSCPMDITFFPFDHQNCSLKFGSWT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 VLYNNAVGDFQVEGKTKALLKYNGMITWTPPAIFKSSCPMDITFFPFDHQNCSLKFGSWT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 YDKAEIDLLIIGSKVDMNDFWENSEWEIIDASGYKHDIKYNCCEEIYTDITYSFYIRRLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 YDKAEIDLLIIGSKVDMNDFWENSEWEIIDASGYKHDIKYNCCEEIYTDITYSFYIRRLP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 MFYTINLIIPCLFISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSLVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 MFYTINLIIPCLFISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSLVV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 PLVGEYLLFTMIFVTLSIVVTVFVLNIHYRTPTTHTMPRWVKTVFLKLLPQVLLMRWPLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 PLVGEYLLFTMIFVTLSIVVTVFVLNIHYRTPTTHTMPRWVKTVFLKLLPQVLLMRWPLD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 KTRGTGSDAVPRGLARRPAKGKLASHGEPRHLKECFHCHKSNELATSKRRLSHQPLQWVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 KTRGTGSDAVPRGLARRPAKGKLASHGEPRHLKECFHCHKSNELATSKRRLSHQPLQWVV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 ENSEHSPEVEDVINSVQFIAENMKSHNETKEVEDDWKYVAMVVDRVFLWVFIIVCVFGTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 ENSEHSPEVEDVINSVQFIAENMKSHNETKEVEDDWKYVAMVVDRVFLWVFIIVCVFGTA
430 440 450 460 470 480
490
pF1KE4 GLFLQPLLGNTGKS
::::::::::::::
CCDS61 GLFLQPLLGNTGKS
490
>>CCDS56536.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 (479 aa)
initn: 3274 init1: 2773 opt: 2775 Z-score: 3239.9 bits: 608.9 E(32554): 3.8e-174
Smith-Waterman score: 3248; 97.0% identity (97.0% similar) in 494 aa overlap (1-494:1-479)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MLTSKGQGFLHGGLCLWLCVFTPFFKGCVGCATEERLFHKLFSHYNQFIRPVENVSDPVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MLTSKGQGFLHGGLCLWLCVFTPFFKGCVGCATEERLFHKLFSHYNQFIRPVENVSDPVT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 VHFEVAITQLANVDEVNQIMETNLWLRHIWNDYKLRWDPMEYDGIETLRVPADKIWKPDI
::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 VHFEVAITQLANV---------------IWNDYKLRWDPMEYDGIETLRVPADKIWKPDI
70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 VLYNNAVGDFQVEGKTKALLKYNGMITWTPPAIFKSSCPMDITFFPFDHQNCSLKFGSWT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 VLYNNAVGDFQVEGKTKALLKYNGMITWTPPAIFKSSCPMDITFFPFDHQNCSLKFGSWT
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 YDKAEIDLLIIGSKVDMNDFWENSEWEIIDASGYKHDIKYNCCEEIYTDITYSFYIRRLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 YDKAEIDLLIIGSKVDMNDFWENSEWEIIDASGYKHDIKYNCCEEIYTDITYSFYIRRLP
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 MFYTINLIIPCLFISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSLVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MFYTINLIIPCLFISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSLVV
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 PLVGEYLLFTMIFVTLSIVVTVFVLNIHYRTPTTHTMPRWVKTVFLKLLPQVLLMRWPLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 PLVGEYLLFTMIFVTLSIVVTVFVLNIHYRTPTTHTMPRWVKTVFLKLLPQVLLMRWPLD
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 KTRGTGSDAVPRGLARRPAKGKLASHGEPRHLKECFHCHKSNELATSKRRLSHQPLQWVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 KTRGTGSDAVPRGLARRPAKGKLASHGEPRHLKECFHCHKSNELATSKRRLSHQPLQWVV
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 ENSEHSPEVEDVINSVQFIAENMKSHNETKEVEDDWKYVAMVVDRVFLWVFIIVCVFGTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 ENSEHSPEVEDVINSVQFIAENMKSHNETKEVEDDWKYVAMVVDRVFLWVFIIVCVFGTA
410 420 430 440 450 460
490
pF1KE4 GLFLQPLLGNTGKS
::::::::::::::
CCDS56 GLFLQPLLGNTGKS
470
>>CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 (489 aa)
initn: 1964 init1: 1826 opt: 1864 Z-score: 2176.6 bits: 412.2 E(32554): 6.4e-115
Smith-Waterman score: 1961; 67.3% identity (84.3% similar) in 434 aa overlap (34-451:35-463)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 SKGQGFLHGGLCLWLCVFTPFFKGCVGCATEERLFHKLFSHYNQFIRPVENVSDPVTVHF
:.:::..:: ::..:::: :::::: .::
CCDS53 PLSLPLALSPPRLLLLLLLSLLPVARASEAEHRLFERLFEDYNEIIRPVANVSDPVIIHF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 EVAITQLANVDEVNQIMETNLWLRHIWNDYKLRWDPMEYDGIETLRVPADKIWKPDIVLY
::...::..::::::::::::::..:::::::.:.: .: : : .::::.::::::::::
CCDS53 EVSMSQLVKVDEVNQIMETNLWLKQIWNDYKLKWNPSDYGGAEFMRVPAQKIWKPDIVLY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 NNAVGDFQVEGKTKALLKYNGMITWTPPAIFKSSCPMDITFFPFDHQNCSLKFGSWTYDK
:::::::::. ::::::::.: .:: ::::::::: .:.:.::::.:::..:::::.:::
CCDS53 NNAVGDFQVDDKTKALLKYTGEVTWIPPAIFKSSCKIDVTYFPFDYQNCTMKFGSWSYDK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 AEIDLLIIGSKVDMNDFWENSEWEIIDASGYKHDIKYNCCEEIYTDITYSFYIRRLPMFY
:.:::..:::.....:.::..:: :: : ::::::::::::::: :::::.::::::.::
CCDS53 AKIDLVLIGSSMNLKDYWESGEWAIIKAPGYKHDIKYNCCEEIYPDITYSLYIRRLPLFY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 TINLIIPCLFISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSLVVPLV
:::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::.
CCDS53 TINLIIPCLLISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSLVIPLI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 GEYLLFTMIFVTLSIVVTVFVLNIHYRTPTTHTMPRWVKTVFLKLLPQVLLMRWPLDKTR
::::::::::::::::.::::::.::::::::::: :::::::.:::.:..: : :
CCDS53 GEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHYRTPTTHTMPSWVKTVFLNLLPRVMFMTRP---TS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400
pF1KE4 GTGSDAVPRGL-----------ARRPAKGKLASHGEPRHLKECFHCHK-----SNELATS
. :. :: : .: .:: ..: : . : .::. :: :.
CCDS53 NEGNAQKPRPLYGAELSNLNCFSRAESKG--CKEGYPCQDGMCGYCHHRRIKISNFSANL
370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KE4 KRRLSHQPLQWVVENSEHSPEVEDVINSVQFIAENMKSHNETKEVEDDWKYVAMVVDRVF
: : . .. :. : :::....:.::..::::::..::.::
CCDS53 TRSSSSESVDAVLSLSALSPEIKEAIQSVKYIAENMKAQNEAKEEQKAQEIQQLKRKEKS
420 430 440 450 460 470
470 480 490
pF1KE4 LWVFIIVCVFGTAGLFLQPLLGNTGKS
CCDS53 TETSDQEPGL
480
>>CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 (505 aa)
initn: 2175 init1: 1832 opt: 1864 Z-score: 2176.4 bits: 412.2 E(32554): 6.6e-115
Smith-Waterman score: 2191; 67.9% identity (85.4% similar) in 471 aa overlap (34-488:35-500)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 SKGQGFLHGGLCLWLCVFTPFFKGCVGCATEERLFHKLFSHYNQFIRPVENVSDPVTVHF
:.:::..:: ::..:::: :::::: .::
CCDS10 PLSLPLALSPPRLLLLLLLSLLPVARASEAEHRLFERLFEDYNEIIRPVANVSDPVIIHF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 EVAITQLANVDEVNQIMETNLWLRHIWNDYKLRWDPMEYDGIETLRVPADKIWKPDIVLY
::...::..::::::::::::::..:::::::.:.: .: : : .::::.::::::::::
CCDS10 EVSMSQLVKVDEVNQIMETNLWLKQIWNDYKLKWNPSDYGGAEFMRVPAQKIWKPDIVLY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 NNAVGDFQVEGKTKALLKYNGMITWTPPAIFKSSCPMDITFFPFDHQNCSLKFGSWTYDK
:::::::::. ::::::::.: .:: ::::::::: .:.:.::::.:::..:::::.:::
CCDS10 NNAVGDFQVDDKTKALLKYTGEVTWIPPAIFKSSCKIDVTYFPFDYQNCTMKFGSWSYDK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 AEIDLLIIGSKVDMNDFWENSEWEIIDASGYKHDIKYNCCEEIYTDITYSFYIRRLPMFY
:.:::..:::.....:.::..:: :: : ::::::::::::::: :::::.::::::.::
CCDS10 AKIDLVLIGSSMNLKDYWESGEWAIIKAPGYKHDIKYNCCEEIYPDITYSLYIRRLPLFY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 TINLIIPCLFISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSLVVPLV
:::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::.
CCDS10 TINLIIPCLLISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSLVIPLI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 GEYLLFTMIFVTLSIVVTVFVLNIHYRTPTTHTMPRWVKTVFLKLLPQVLLMRWPLDKTR
::::::::::::::::.::::::.::::::::::: :::::::.:::.:..: : :
CCDS10 GEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHYRTPTTHTMPSWVKTVFLNLLPRVMFMTRP---TS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400
pF1KE4 GTGSDAVPRGL-----------ARRPAKGKLASHGEPRHLKECFHCHK-----SNELATS
. :. :: : .: .:: ..: : . : .::. :: :.
CCDS10 NEGNAQKPRPLYGAELSNLNCFSRAESKG--CKEGYPCQDGMCGYCHHRRIKISNFSANL
370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KE4 KRRLSHQPLQWVVENSEHSPEVEDVINSVQFIAENMKSHNETKEVEDDWKYVAMVVDRVF
: : . .. :. : :::....:.::..::::::..::.::..:::::::::.::.:
CCDS10 TRSSSSESVDAVLSLSALSPEIKEAIQSVKYIAENMKAQNEAKEIQDDWKYVAMVIDRIF
420 430 440 450 460 470
470 480 490
pF1KE4 LWVFIIVCVFGTAGLFLQPLLGNTGKS
:::: .::..::::::::::.
CCDS10 LWVFTLVCILGTAGLFLQPLMAREDA
480 490 500
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Smith-Waterman score: 1578; 67.7% identity (87.1% similar) in 325 aa overlap (34-358:37-361)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 SKGQGFLHGGLCLWLCVFTPFFKGCVGCATEERLFHKLFSHYNQFIRPVENVSDPVTVHF
::::..:::: ::.. ::: :.:: : :.:
CCDS13 GAPRLLPPLLLLLGTGLLRASSHVETRAHAEERLLKKLFSGYNKWSRPVANISDVVLVRF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 EVAITQLANVDEVNQIMETNLWLRHIWNDYKLRWDPMEYDGIETLRVPADKIWKPDIVLY
..:.:: .::: ::.: ::.:... :.:::::::: .:... ..:.:.. ::.::::::
CCDS13 GLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWVKQEWHDYKLRWDPADYENVTSIRIPSELIWRPDIVLY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 NNAVGDFQVEGKTKALLKYNGMITWTPPAIFKSSCPMDITFFPFDHQNCSLKFGSWTYDK
::: ::: : ::: : ..: . ::::::.:::: .:.::::::.:::..:::::::::
CCDS13 NNADGDFAVTHLTKAHLFHDGRVQWTPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCTMKFGSWTYDK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 AEIDLLIIGSKVDMNDFWENSEWEIIDASGYKHDIKYNCCEEIYTDITYSFYIRRLPMFY
:.:::. . :.::. ::::..:: :.:: : . ::.:: ::: ::::.: :::::.::
CCDS13 AKIDLVNMHSRVDQLDFWESGEWVIVDAVGTYNTRKYECCAEIYPDITYAFVIRRLPLFY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 TINLIIPCLFISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSLVVPLV
:::::::::.:: ::::::::::.::::.:::::::::::::::.::: :::::::.::.
CCDS13 TINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSECGEKITLCISVLLSLTVFLLLITEIIPSTSLVIPLI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 GEYLLFTMIFVTLSIVVTVFVLNIHYRTPTTHTMPRWVKTVFLKLLPQVLLMRWPLDKTR
::::::::::::::::.::::::.:.:.: ::::: ::. ::: ..:..:::. :
CCDS13 GEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPRTHTMPTWVRRVFLDIVPRLLLMKRPSVVKD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 GTGSDAVPRGLARRPAKGKLASHGEPRHLKECFHCHKSNELATSKRRLSHQPLQWVVENS
CCDS13 NCRRLIESMHKMASAPRFWPEPEGEPPATSGTQSLHPPSPSFCVPLDVPAEPGPSCKSPS
370 380 390 400 410 420
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Smith-Waterman score: 1733; 53.9% identity (76.0% similar) in 484 aa overlap (22-488:47-525)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MLTSKGQGFLHGGLCLWLCVFTPFFKGCVGCATEERLFHKLFSHYNQFIRP
: . .: ::.:::..:: ::.. ::
CCDS60 WWLLLTPAGGEEAKRPPPRAPGDPLSSPSPTALPQGGSHTETEDRLFKHLFRGYNRWARP
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60 70 80 90 100 110
pF1KE4 VENVSDPVTVHFEVAITQLANVDEVNQIMETNLWLRHIWNDYKLRWDPMEYDGIETLRVP
: :.:: : :.: ..:.:: .::: ::.: ::.::.. :.::::::.: .. .: .::::
CCDS60 VPNTSDVVIVRFGLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWLKQEWSDYKLRWNPTDFGNITSLRVP
80 90 100 110 120 130
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 ADKIWKPDIVLYNNAVGDFQVEGKTKALLKYNGMITWTPPAIFKSSCPMDITFFPFDHQN
.. :: ::::::::: :.: : ::: : .: . :.::::.:::: .:.::::::.::
CCDS60 SEMIWIPDIVLYNNADGEFAVTHMTKAHLFSTGTVHWVPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQN
140 150 160 170 180 190
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 CSLKFGSWTYDKAEIDLLIIGSKVDMNDFWENSEWEIIDASGYKHDIKYNCCEEIYTDIT
:..::::::::::.::: . . ::..:.::..:: :..:.: .. ::.:: ::: :.:
CCDS60 CKMKFGSWTYDKAKIDLEQMEQTVDLKDYWESGEWAIVNATGTYNSKKYDCCAEIYPDVT
200 210 220 230 240 250
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 YSFYIRRLPMFYTINLIIPCLFISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITE
:.: :::::.:::::::::::.:: :::::::::::::::.:::::::::::::::.:::
CCDS60 YAFVIRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSDCGEKITLCISVLLSLTVFLLLITE
260 270 280 290 300 310
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 TIPSTSLVVPLVGEYLLFTMIFVTLSIVVTVFVLNIHYRTPTTHTMPRWVKTVFLKLLPQ
:::::::.::.::::::::::::::::.::::::.:.:.:.:::::.::. ..: .:.
CCDS60 IIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPSTHTMPHWVRGALLGCVPR
320 330 340 350 360 370
360 370 380 390
pF1KE4 VLLMRWP-------------LDKTRG---TGSDAVPRGLA-RRPAKGKLASHGEPRHLKE
::: : :. . .. :: : .. .. . :.: :
CCDS60 WLLMNRPPPPVELCHPLRLKLSPSYHWLESNVDAEEREVVVEEEDRWACAGHVAPSVGTL
380 390 400 410 420 430
400 410 420 430 440 450
pF1KE4 CFHCHKSNELATSKRRLSHQPLQWVVENSEHSPEVEDVINSVQFIAENMKSHNETKEVED
: : : . . : . : . .. ::... ....:..::....:.. . :..
CCDS60 CSHGHLHSGASGPKAEALLQEGELLL-----SPHMQKALEGVHYIADHLRSEDADSSVKE
440 450 460 470 480 490
460 470 480 490
pF1KE4 DWKYVAMVVDRVFLWVFIIVCVFGTAGLFLQPLLGNTGKS
::::::::.::.:::.::::: .:: :::: :.:
CCDS60 DWKYVAMVIDRIFLWLFIIVCFLGTIGLFLPPFLAGMI
500 510 520
>>CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1 (502 aa)
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Smith-Waterman score: 1491; 48.1% identity (75.4% similar) in 468 aa overlap (27-490:22-485)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MLTSKGQGFLHGGLCLWLCVFTPFFKGCVGCATEERLFHKLF--SHYNQFIRPVENVSDP
: : ::::: ..:. :.::..:::. : :.
CCDS10 MARRCGPVALLLGFGLLRLCSGVWGTDTEERLVEHLLDPSRYNKLIRPATNGSEL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 VTVHFEVAITQLANVDEVNQIMETNLWLRHIWNDYKLRWDPMEYDGIETLRVPADKIWKP
:::.. :...:: .: : .::: ::.:: . :.::.: : : :.:... .:.:. .:: :
CCDS10 VTVQLMVSLAQLISVHEREQIMTTNVWLTQEWEDYRLTWKPEEFDNMKKVRLPSKHIWLP
60 70 80 90 100 110
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pF1KE4 DIVLYNNAVGDFQVEGKTKALLKYNGMITWTPPAIFKSSCPMDITFFPFDHQNCSLKFGS
:.:::::: : ..: ..:...:.: : : ::::.::.: ... ::::.:::..:: :
CCDS10 DVVLYNNADGMYEVSFYSNAVVSYDGSIFWLPPAIYKSACKIEVKHFPFDQQNCTMKFRS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 WTYDKAEIDLLIIGSKVDMNDFWENSEWEIIDASGYKHDIKYNCCEEIYTDITYSFYIRR
::::..::::.. . ....:: ..::.:. : ... : . :.::::.: :::
CCDS10 WTYDRTEIDLVLKSEVASLDDFTPSGEWDIVALPGRRNE---NPDDSTYVDITYDFIIRR
180 190 200 210 220 230
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pF1KE4 LPMFYTINLIIPCLFISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSL
:.::::::::::..:. :..::::::::::::.::::::::.::::::.:.. .: :::
CCDS10 KPLFYTINLIIPCVLITSLAILVFYLPSDCGEKMTLCISVLLALTVFLLLISKIVPPTSL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 VVPLVGEYLLFTMIFVTLSIVVTVFVLNIHYRTPTTHTMPRWVKTVFLKLLPQVLLMRWP
:::::.::.:::..::.:::..: :::.:.:.:::::: :::.:::. :: .:.:. :
CCDS10 DVPLVGKYLMFTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPTTHTMAPWVKVVFLEKLPALLFMQQP
300 310 320 330 340 350
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pF1KE4 LDKTRGTGSDAVPRGLARRPAKGKLASHGEPRHLK-ECFHCHKSNELATSKRRLSHQPLQ
. . . : .: . : : . : . :: . : . .. :.
CCDS10 RHHC-ARQRLRLRRRQREREGAGALFFREAPGADSCTCFVNRASVQGLAGAFGAEPAPVA
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE4 WVVENSEHSPE-VEDVINSVQFIAENMKSHNETKEVEDDWKYVAMVVDRVFLWVFIIVCV
...: .......:.:::..:.:... . : .::::::::.::.:::.:..:::
CCDS10 GPGRSGEPCGCGLREAVDGVRFIADHMRSEDDDQSVSEDWKYVAMVIDRLFLWIFVFVCV
420 430 440 450 460 470
480 490
pF1KE4 FGTAGLFLQPLLGNTGKS
::: :.:::::. :
CCDS10 FGTIGMFLQPLFQNYTTTTFLHSDHSAPSSK
480 490 500
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10 20 30 40 50
pF1KE4 MLTSKGQGFLHGGLCLWLCVFTPFFKGCVGCATEERLFHKLF--SHYNQFIRPVENVSDP
: .::.:. :. ..::..:::. . :.
CCDS10 MRRAPSLVLFFLVALCGRGNCRVANAEEKLMDDLLNKTRYNNLIRPATSSSQL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 VTVHFEVAITQLANVDEVNQIMETNLWLRHIWNDYKLRWDPMEYDGIETLRVPADKIWKP
..........:: .:.: .::: ::.::.. :.::.: :. .:.:.. ::.:: .:: :
CCDS10 ISIKLQLSLAQLISVNEREQIMTTNVWLKQEWTDYRLTWNSSRYEGVNILRIPAKRIWLP
60 70 80 90 100 110
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pF1KE4 DIVLYNNAVGDFQVEGKTKALLKYNGMITWTPPAIFKSSCPMDITFFPFDHQNCSLKFGS
:::::::: : ..: :. ... :: . : ::::.::.: ... .::::.:::.::: :
CCDS10 DIVLYNNADGTYEVSVYTNLIVRSNGSVLWLPPAIYKSACKIEVKYFPFDQQNCTLKFRS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 WTYDKAEIDLLIIGSKVDMNDFWENSEWEIIDASGYKHDIKYNCCEEIYTDITYSFYIRR
::::..:::.... ..:.:: ..::.:. : . : . :.:.::.: :.:
CCDS10 WTYDHTEIDMVLMTPTASMDDFTPSGEWDIVALPGRR---TVNPQDPSYVDVTYDFIIKR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 LPMFYTINLIIPCLFISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSL
:.::::::::::.. ..:..::::::::::::.::::::::.:: :::.:.. .: :::
CCDS10 KPLFYTINLIIPCVLTTLLAILVFYLPSDCGEKMTLCISVLLALTFFLLLISKIVPPTSL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 VVPLVGEYLLFTMIFVTLSIVVTVFVLNIHYRTPTTHTMPRWVKTVFLKLLPQVLLMRWP
:::.:.::.:::..::.:::..: :::.:.:.:.:::: ::: ::. :: :.:. :
CCDS10 DVPLIGKYLMFTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPSTHTMAPWVKRCFLHKLPTFLFMKRP
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 LDKTRGTGSDAVPRGLARRPAKGKL------ASHGEPRHLKECFHCHKSNELATSKRRLS
: :. : . : :.:. . :. : .. . :.:: .
CCDS10 -------GPDSSP-ARAFPPSKSCVTKPEATATSTSPSNFYGNSMYFVNPASAASKSPAG
360 370 380 390 400
420 430 440 450 460
pF1KE4 HQPLQ-----WVVENSEHSPEVEDVINSVQFIAENMKSHNETKEVEDDWKYVAMVVDRVF
:. :. ... .:......:.:::..::. .: . : .:::::::::::.:
CCDS10 STPVAIPRDFWLRSSGRFRQDVQEALEGVSFIAQHMKNDDEDQSVVEDWKYVAMVVDRLF
410 420 430 440 450 460
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pF1KE4 LWVFIIVCVFGTAGLFLQPLLGNTGKS
::::..:::.::.:::: ::.
CCDS10 LWVFMFVCVLGTVGLFLPPLFQTHAASEGPYAAQRD
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10 20 30 40 50
pF1KE4 MLTSKGQGFLHGGLCLWLCVFTPFFKGCVGCATEERLFHKLFSHYNQFIRP
: . .: ::.:::..:: ::.. ::
CCDS64 WWLLLTPAGGEEAKRPPPRAPGDPLSSPSPTALPQGGSHTETEDRLFKHLFRGYNRWARP
20 30 40 50 60 70
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 VENVSDPVTVHFEVAITQLANVDEVNQIMETNLWLRHIWNDYKLRWDPMEYDGIETLRVP
: :.:: ::: ::.: ::.::.. :.::::::.: .. .: .::::
CCDS64 VPNTSD---------------VDEKNQMMTTNVWLKQEWSDYKLRWNPTDFGNITSLRVP
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120 130 140 150 160 170
pF1KE4 ADKIWKPDIVLYNNAVGDFQVEGKTKALLKYNGMITWTPPAIFKSSCPMDITFFPFDHQN
.. :: ::::::::: :.: : ::: : .: . :.::::.:::: .:.::::::.::
CCDS64 SEMIWIPDIVLYNNADGEFAVTHMTKAHLFSTGTVHWVPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQN
130 140 150 160 170 180
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pF1KE4 CSLKFGSWTYDKAEIDLLIIGSKVDMNDFWENSEWEIIDASGYKHDIKYNCCEEIYTDIT
:..::::::::::.::: . . ::..:.::..:: :..:.: .. ::.:: ::: :.:
CCDS64 CKMKFGSWTYDKAKIDLEQMEQTVDLKDYWESGEWAIVNATGTYNSKKYDCCAEIYPDVT
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CCDS64 YAFVIRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSDCGEKITLCISVLLSLTVFLLLITE
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pF1KE4 TIPSTSLVVPLVGEYLLFTMIFVTLSIVVTVFVLNIHYRTPTTHTMPRWVKTVFLKLLPQ
:::::::.::.::::::::::::::::.::::::.:.:.:.:::::.::. ..: .:.
CCDS64 IIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPSTHTMPHWVRGALLGCVPR
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390
pF1KE4 VLLMRWP-------------LDKTRG---TGSDAVPRGLA-RRPAKGKLASHGEPRHLKE
::: : :. . .. :: : .. .. . :.: :
CCDS64 WLLMNRPPPPVELCHPLRLKLSPSYHWLESNVDAEEREVVVEEEDRWACAGHVAPSVGTL
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KE4 CFHCHKSNELATSKRRLSHQPLQWVVENSEHSPEVEDVINSVQFIAENMKSHNETKEVED
: : : . . : . : . .. ::... ....:..::....:.. . :..
CCDS64 CSHGHLHSGASGPKAEALLQEGELLL-----SPHMQKALEGVHYIADHLRSEDADSSVKE
430 440 450 460 470
460 470 480 490
pF1KE4 DWKYVAMVVDRVFLWVFIIVCVFGTAGLFLQPLLGNTGKS
::::::::.::.:::.::::: .:: :::: :.:
CCDS64 DWKYVAMVIDRIFLWLFIIVCFLGTIGLFLPPFLAGMI
480 490 500 510
>>CCDS10304.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15 (468 aa)
initn: 1440 init1: 517 opt: 1324 Z-score: 1546.8 bits: 295.6 E(32554): 7.8e-80
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10 20 30 40 50 60
pF1KE4 SKGQGFLHGGLCLWLCVFTPFFKGCVGCATEERLFHKLFSHYNQFIRPVENVSDPVTVHF
:. :.. ::. :....::::...: . ..:
CCDS10 VQLVAGRCGLAGAAGGAQRGLSEPSSIAKHEDSLLKDLFQDYERWVRPVEHLNDKIKIKF
20 30 40 50 60 70
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 EVAITQLANVDEVNQIMETNLWLRHIWNDYKLRWDPMEYDGIETLRVPADKIWKPDIVLY
.::.::..::: ::.: ::.::.. : : ::::.: .: ::...:::.:..: :::::.
CCDS10 GLAISQLVDVDEKNQLMTTNVWLKQEWIDVKLRWNPDDYGGIKVIRVPSDSVWTPDIVLF
80 90 100 110 120 130
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 NNAVGDFQVEG-KTKALLKYNGMITWTPPAIFKSSCPMDITFFPFDHQNCSLKFGSWTYD
.:: : : :: .::....::: .:::::: .:::: .:.:::::: ::::.::::::::
CCDS10 DNADGRF--EGTSTKTVIRYNGTVTWTPPANYKSSCTIDVTFFPFDLQNCSMKFGSWTYD
140 150 160 170 180 190
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 KAEIDLLIIGSKVDMNDFWENSEWEIIDASGYKHDIKYNCCEEIYTDITYSFYIRRLPMF
...:... . :: ::..:.::::..:.: : . .:: : .:::: :.:::.:
CCDS10 GSQVDIILEDQDVDKRDFFDNGEWEIVSATGSKGNRTDSCCW--YPYVTYSFVIKRLPLF
200 210 220 230 240 250
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 YTINLIIPCLFISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSLVVPL
::. :::::. .::::::::::::. :::. :: :::.::::::::: : :::.: :.::
CCDS10 YTLFLIIPCIGLSFLTVLVFYLPSNEGEKICLCTSVLVSLTVFLLVIEEIIPSSSKVIPL
260 270 280 290 300 310
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 VGEYLLFTMIFVTLSIVVTVFVLNIHYRTPTTHT-MPRWVKTVFLKLLPQVLLMRWPLDK
.::::.::::::::::.::::..:::.:. .::. : :. .::. ::..: :: .:.
CCDS10 IGEYLVFTMIFVTLSIMVTVFAINIHHRSSSTHNAMAPLVRKIFLHTLPKLLCMRSHVDR
320 330 340 350 360 370
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 TRGTGSDAVPRGLARRPAKGKLASHGEPRHLKECFHCHKSNELATSKRRLSHQPLQWVVE
. .: . . : . :.. :
CCDS10 ----------------------------------YFTQKEETESGSGPKSSRNTL-----
380 390
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 NSEHSPEVEDVINSVQFIAENMKSHNETKEVEDDWKYVAMVVDRVFLWVFIIVCVFGTAG
: ...:...:.... ..:...:: .:::..:.:.::.:::.:..: . :. :
CCDS10 --------EAALDSIRYITRHIMKENDVREVVEDWKFIAQVLDRMFLWTFLFVSIVGSLG
400 410 420 430 440
490
pF1KE4 LFLQPLLGNTGKS
::. :..
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