Result of FASTA (omim) for
pFN21AE4474
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4474, 493 aa
1>>>pF1KE4474 493 - 493 aa - 493 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5461+/-0.000456; mu= 16.2489+/- 0.028
mean_var=65.9438+/-13.547, 0's: 0 Z-trim(109.7): 11 B-trim: 627 in 3/50
Lambda= 0.157938
statistics sampled from 17919 (17927) to 17919 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.577), E-opt: 0.2 (0.21), width: 16
Scan time: 9.230
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_003079 (OMIM: 602689) fascin [Homo sapiens] ( 493) 3306 762.7 0
NP_036550 (OMIM: 607643,607921) fascin-2 isoform 1 ( 492) 1914 445.6 1.6e-124
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NP_001070650 (OMIM: 607643,607921) fascin-2 isofor ( 516) 1539 360.1 8.5e-99
XP_011522889 (OMIM: 607643,607921) PREDICTED: fasc ( 516) 1539 360.1 8.5e-99
NP_065102 (OMIM: 615800) fascin-3 [Homo sapiens] ( 498) 656 158.9 3e-38
>>NP_003079 (OMIM: 602689) fascin [Homo sapiens] (493 aa)
initn: 3306 init1: 3306 opt: 3306 Z-score: 4070.9 bits: 762.7 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 3306; 100.0% identity (100.0% similar) in 493 aa overlap (1-493:1-493)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MTANGTAEAVQIQFGLINCGNKYLTAEAFGFKVNASASSLKKKQIWTLEQPPDEAGSAAV
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NP_003 MTANGTAEAVQIQFGLINCGNKYLTAEAFGFKVNASASSLKKKQIWTLEQPPDEAGSAAV
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 CLRSHLGRYLAADKDGNVTCEREVPGPDCRFLIVAHDDGRWSLQSEAHRRYFGGTEDRLS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 CFAQTVSPAEKWSVHIAMHPQVNIYSVTRKRYAHLSARPADEIAVDRDVPWGVDSLITLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 CFAQTVSPAEKWSVHIAMHPQVNIYSVTRKRYAHLSARPADEIAVDRDVPWGVDSLITLA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 FQDQRYSVQTADHRFLRHDGRLVARPEPATGYTLEFRSGKVAFRDCEGRYLAPSGPSGTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 FQDQRYSVQTADHRFLRHDGRLVARPEPATGYTLEFRSGKVAFRDCEGRYLAPSGPSGTL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KE4 GQLAASVETAGDSELFLMKLINRPIIVFRGEHGFIGCRKVTGTLDANRSSYDVFQLEFND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 GQLAASVETAGDSELFLMKLINRPIIVFRGEHGFIGCRKVTGTLDANRSSYDVFQLEFND
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430 440 450 460 470 480
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NP_003 GAYNIKDSTGKYWTVGSDSAVTSSGDTPVDFFFEFCDYNKVAIKVGGRYLKGDHAGVLKA
430 440 450 460 470 480
490
pF1KE4 SAETVDPASLWEY
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NP_003 SAETVDPASLWEY
490
>>NP_036550 (OMIM: 607643,607921) fascin-2 isoform 1 [Ho (492 aa)
initn: 1903 init1: 1170 opt: 1914 Z-score: 2356.8 bits: 445.6 E(85289): 1.6e-124
Smith-Waterman score: 1914; 56.2% identity (81.4% similar) in 495 aa overlap (1-493:1-492)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MTANGTAEAVQIQFGLINCGNKYLTAEAFGFKVNASASSLKKKQIWTLEQPPDEAGSAAV
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NP_036 MPTNGLHQVLKIQFGLVNDTDRYLTAESFGFKVNASAPSLKRKQTWVLE--PDPGQGTAV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE4 CLRS-HLGRYLAADKDGNVTCEREVPGPDCRFLIVAHDDGRWSLQSEAHRRYFGGTEDRL
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NP_036 LLRSSHLGRYLSAEEDGRVACEAEQPGRDCRFLVLPQPDGRWVLRSEPHGRFFGGTEDQL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 SCFAQTVSPAEKWSVHIAMHPQVNIYSVTRKRYAHLSARPADEIAVDRDVPWGVDSLITL
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NP_036 SCFATAVSPAELWTVHLAIHPQAHLLSVSRRRYVHLCPRE-DEMAADGDKPWGVDALLTL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 AFQDQRYSVQTADHRFLRHDGRLVARPEPATGYTLEFRSGKVAFRDCEGRYLAPSGPSGT
:...:: ... : :.:: ::::: .::: . :::::..::.::.::.:.:::: ::.::
NP_036 IFRSRRYCLKSCDSRYLRSDGRLVWEPEPRACYTLEFKAGKLAFKDCDGHYLAPVGPAGT
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 LKAGKATKVGKDELFALEQSCAQVVLQAANERNVSTRQGMDLSANQDEETDQETFQLEID
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NP_036 LKAGRNTRPGKDELFDLEESHPQVVLVAANHRYVSVRQGVNVSANQDDELDHETFLMQID
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300 310 320 330 340 350
pF1KE4 RDTKKCAFRTHTGKYWTLTATGGVQSTASSKNASCYFDIEWRDRRITLRASNGKFVTSKK
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pF1KE4 NGQLAASVETAGDSELFLMKLINRPIIVFRGEHGFIGCRKVTGTLDANRSSYDVFQLEFN
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NP_036 NGQLAAISDFVGKDEEFTLKLINRPILVLRGLDGFVCHHRGSNQLDTNRSVYDVFHLSFS
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420 430 440 450 460 470
pF1KE4 DGAYNIKDSTGKYWTVGSDSAVTSSGDTPVDFFFEFCDYNKVAIKV-GGRYLKGDHAGVL
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NP_036 DGAYRIRGRDGGFWYTGSHGSVCSDGERAEDFVFEFRERGRLAIRARSGKYLRGGASGLL
420 430 440 450 460 470
480 490
pF1KE4 KASAETVDPASLWEY
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NP_036 RADADAPAGTALWEY
480 490
>>XP_011522892 (OMIM: 607643,607921) PREDICTED: fascin-2 (516 aa)
initn: 1415 init1: 870 opt: 1539 Z-score: 1894.7 bits: 360.1 E(85289): 8.5e-99
Smith-Waterman score: 1861; 53.6% identity (77.6% similar) in 519 aa overlap (1-493:1-516)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MTANGTAEAVQIQFGLINCGNKYLTAEAFGFKVNASASSLKKKQIWTLEQPPDEAGSAAV
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10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE4 CLRS-HLGRYLAADKDGNVTCEREVPGPDCRFLIVAHDDGRWSLQSEAHRRYFGGTEDRL
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pF1KE4 SCFAQTVSPAEKWSVHIAMHPQVNIYSVTRKRYAHLSARPADEIAVDRDVPWGVDSLITL
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XP_011 SCFATAVSPAELWTVHLAIHPQAHLLSVSRRRYVHLCPRE-DEMAADGDKPWGVDALLTL
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180 190 200 210 220 230
pF1KE4 AFQDQRYSVQTADHRFLRHDGRLVARPEPATGYTLEFRSGKVAFRDCEGRYLAPSGPSGT
:...:: ... : :.:: ::::: .::: . :::::..::.::.::.:.:::: ::.::
XP_011 IFRSRRYCLKSCDSRYLRSDGRLVWEPEPRACYTLEFKAGKLAFKDCDGHYLAPVGPAGT
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240 250 260 270 280 290
pF1KE4 LKAGKATKVGKDELFALEQSCAQVVLQAANERNVSTRQGMDLSANQDEETDQETFQLEID
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300 310 320 330 340 350
pF1KE4 RDTKKCAFRTHTGKYWTLTATGGVQSTASSKNASCYFDIEWRDRRITLRASNGKFVTSKK
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360 370 380 390
pF1KE4 NGQLAA------------------------SVETAGDSELFLMKLINRPIIVFRGEHGFI
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400 410 420 430 440 450
pF1KE4 GCRKVTGTLDANRSSYDVFQLEFNDGAYNIKDSTGKYWTVGSDSAVTSSGDTPVDFFFEF
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460 470 480 490
pF1KE4 CDYNKVAIKV-GGRYLKGDHAGVLKASAETVDPASLWEY
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XP_011 RERGRLAIRARSGKYLRGGASGLLRADADAPAGTALWEY
480 490 500 510
>>NP_001070650 (OMIM: 607643,607921) fascin-2 isoform 2 (516 aa)
initn: 1415 init1: 870 opt: 1539 Z-score: 1894.7 bits: 360.1 E(85289): 8.5e-99
Smith-Waterman score: 1861; 53.6% identity (77.6% similar) in 519 aa overlap (1-493:1-516)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MTANGTAEAVQIQFGLINCGNKYLTAEAFGFKVNASASSLKKKQIWTLEQPPDEAGSAAV
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NP_001 MPTNGLHQVLKIQFGLVNDTDRYLTAESFGFKVNASAPSLKRKQTWVLE--PDPGQGTAV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE4 CLRS-HLGRYLAADKDGNVTCEREVPGPDCRFLIVAHDDGRWSLQSEAHRRYFGGTEDRL
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pF1KE4 SCFAQTVSPAEKWSVHIAMHPQVNIYSVTRKRYAHLSARPADEIAVDRDVPWGVDSLITL
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pF1KE4 AFQDQRYSVQTADHRFLRHDGRLVARPEPATGYTLEFRSGKVAFRDCEGRYLAPSGPSGT
:...:: ... : :.:: ::::: .::: . :::::..::.::.::.:.:::: ::.::
NP_001 IFRSRRYCLKSCDSRYLRSDGRLVWEPEPRACYTLEFKAGKLAFKDCDGHYLAPVGPAGT
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240 250 260 270 280 290
pF1KE4 LKAGKATKVGKDELFALEQSCAQVVLQAANERNVSTRQGMDLSANQDEETDQETFQLEID
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NP_001 LKAGRNTRPGKDELFDLEESHPQVVLVAANHRYVSVRQGVNVSANQDDELDHETFLMQID
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300 310 320 330 340 350
pF1KE4 RDTKKCAFRTHTGKYWTLTATGGVQSTASSKNASCYFDIEWRDRRITLRASNGKFVTSKK
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NP_001 QETKKCTFYSSTGGYWTLVTHGGIHATATQVSANTMFEMEWRGRRVALKASNGRYVCMKK
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390
pF1KE4 NGQLAA------------------------SVETAGDSELFLMKLINRPIIVFRGEHGFI
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pF1KE4 GCRKVTGTLDANRSSYDVFQLEFNDGAYNIKDSTGKYWTVGSDSAVTSSGDTPVDFFFEF
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460 470 480 490
pF1KE4 CDYNKVAIKV-GGRYLKGDHAGVLKASAETVDPASLWEY
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NP_001 RERGRLAIRARSGKYLRGGASGLLRADADAPAGTALWEY
480 490 500 510
>>XP_011522889 (OMIM: 607643,607921) PREDICTED: fascin-2 (516 aa)
initn: 1415 init1: 870 opt: 1539 Z-score: 1894.7 bits: 360.1 E(85289): 8.5e-99
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10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MTANGTAEAVQIQFGLINCGNKYLTAEAFGFKVNASASSLKKKQIWTLEQPPDEAGSAAV
: .:: ....:::::.: ..:::::.::::::::: :::.:: :.:: :: . ..::
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pF1KE4 CLRS-HLGRYLAADKDGNVTCEREVPGPDCRFLIVAHDDGRWSLQSEAHRRYFGGTEDRL
::: ::::::.:..:: :.:: : :: :::::.. . :::: :.:: : :.::::::.:
XP_011 LLRSSHLGRYLSAEEDGRVACEAEQPGRDCRFLVLPQPDGRWVLRSEPHGRFFGGTEDQL
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pF1KE4 SCFAQTVSPAEKWSVHIAMHPQVNIYSVTRKRYAHLSARPADEIAVDRDVPWGVDSLITL
:::: .::::: :.::.:.:::... ::.:.::.:: : ::.:.: : :::::.:.::
XP_011 SCFATAVSPAELWTVHLAIHPQAHLLSVSRRRYVHLCPRE-DEMAADGDKPWGVDALLTL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 AFQDQRYSVQTADHRFLRHDGRLVARPEPATGYTLEFRSGKVAFRDCEGRYLAPSGPSGT
:...:: ... : :.:: ::::: .::: . :::::..::.::.::.:.:::: ::.::
XP_011 IFRSRRYCLKSCDSRYLRSDGRLVWEPEPRACYTLEFKAGKLAFKDCDGHYLAPVGPAGT
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 LKAGKATKVGKDELFALEQSCAQVVLQAANERNVSTRQGMDLSANQDEETDQETFQLEID
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XP_011 LKAGRNTRPGKDELFDLEESHPQVVLVAANHRYVSVRQGVNVSANQDDELDHETFLMQID
240 250 260 270 280 290
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pF1KE4 RDTKKCAFRTHTGKYWTLTATGGVQSTASSKNASCYFDIEWRDRRITLRASNGKFVTSKK
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XP_011 QETKKCTFYSSTGGYWTLVTHGGIHATATQVSANTMFEMEWRGRRVALKASNGRYVCMKK
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390
pF1KE4 NGQLAA------------------------SVETAGDSELFLMKLINRPIIVFRGEHGFI
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XP_011 NGQLAAISDFVGPPPRPAWTGKVAGGAAQQTLSPPGKDEEFTLKLINRPILVLRGLDGFV
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KE4 GCRKVTGTLDANRSSYDVFQLEFNDGAYNIKDSTGKYWTVGSDSAVTSSGDTPVDFFFEF
.. .. ::.::: ::::.: :.:::: :. : .: .:: ..: :.:. :: :::
XP_011 CHHRGSNQLDTNRSVYDVFHLSFSDGAYRIRGRDGGFWYTGSHGSVCSDGERAEDFVFEF
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490
pF1KE4 CDYNKVAIKV-GGRYLKGDHAGVLKASAETVDPASLWEY
. ...::.. .:.::.: .:.:.:.:.. ..::::
XP_011 RERGRLAIRARSGKYLRGGASGLLRADADAPAGTALWEY
480 490 500 510
>>NP_065102 (OMIM: 615800) fascin-3 [Homo sapiens] (498 aa)
initn: 319 init1: 224 opt: 656 Z-score: 807.6 bits: 158.9 E(85289): 3e-38
Smith-Waterman score: 656; 27.8% identity (57.8% similar) in 490 aa overlap (8-493:12-498)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MTANGTAEAVQIQFGLINCGNKYLTAEAFGFKVNASASSLKKKQIWTLEQPPDEAG
.: ... :::. .. ::: :: :.:.:.:: ..: : . ..
NP_065 MDETEWIHRHPKAEDLRVGLISWAGTYLTFEACKNTVTATAKSLGRRQTWEILVSNEHET
10 20 30 40 50 60
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pF1KE4 SAAVCLRSHLGRYLAADKDGNVTCEREVPGPDCRFLIVAHDDGRWSLQSEAHRRYFGGTE
.:.: :.: : :: . ::.: : . ::. : ...:.:: ::. ..
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