Result of FASTA (omim) for
pFN21AE4452
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4452, 470 aa
1>>>pF1KE4452 470 - 470 aa - 470 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.7002+/-0.000592; mu= -6.1714+/- 0.036
mean_var=442.1931+/-94.134, 0's: 0 Z-trim(117.0): 171 B-trim: 425 in 1/58
Lambda= 0.060991
statistics sampled from 28370 (28542) to 28370 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.656), E-opt: 0.2 (0.335), width: 16
Scan time: 7.350
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001918 (OMIM: 125660,181400,601419,602067,60476 ( 470) 2947 274.2 5.3e-73
NP_003371 (OMIM: 116300,193060) vimentin [Homo sap ( 466) 1817 174.8 4.5e-43
XP_006717563 (OMIM: 116300,193060) PREDICTED: vime ( 466) 1817 174.8 4.5e-43
NP_006253 (OMIM: 105400,170710) peripherin [Homo s ( 470) 1664 161.3 5.1e-39
XP_005269082 (OMIM: 105400,170710) PREDICTED: peri ( 471) 1652 160.3 1.1e-38
NP_002046 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillary a ( 432) 1580 153.9 8.1e-37
NP_001124491 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillar ( 431) 1470 144.2 6.7e-34
XP_016879940 (OMIM: 137780,203450) PREDICTED: glia ( 472) 1470 144.3 7.1e-34
NP_001229305 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillar ( 438) 1458 143.2 1.4e-33
NP_116116 (OMIM: 605338) alpha-internexin [Homo sa ( 499) 1192 119.8 1.7e-26
NP_006149 (OMIM: 162280,607684,607734) neurofilame ( 543) 1150 116.2 2.3e-25
NP_005373 (OMIM: 162250) neurofilament medium poly ( 916) 1074 109.8 3.4e-23
XP_011528502 (OMIM: 105400,162230,616924) PREDICTE ( 924) 938 97.8 1.4e-19
NP_066554 (OMIM: 105400,162230,616924) neurofilame (1020) 938 97.8 1.4e-19
NP_002264 (OMIM: 148060) keratin, type II cytoskel ( 483) 831 88.1 6e-17
NP_001243222 (OMIM: 148060) keratin, type II cytos ( 483) 831 88.1 6e-17
NP_001243211 (OMIM: 148060) keratin, type II cytos ( 511) 831 88.1 6.3e-17
NP_004684 (OMIM: 609025,612318) keratin, type II c ( 551) 799 85.3 4.6e-16
NP_000415 (OMIM: 131760,131800,131900,131960,14804 ( 590) 784 84.0 1.2e-15
NP_149034 (OMIM: 602766) keratin, type II cuticula ( 600) 768 82.6 3.2e-15
XP_011536637 (OMIM: 602766) PREDICTED: keratin, ty ( 600) 768 82.6 3.2e-15
NP_775109 (OMIM: 612315,615735) keratin, type II c ( 564) 764 82.2 4e-15
NP_005546 (OMIM: 148042,615728) keratin, type II c ( 564) 759 81.8 5.4e-15
NP_005545 (OMIM: 148041,615726) keratin, type II c ( 564) 749 80.9 9.9e-15
NP_002263 (OMIM: 123940,193900) keratin, type II c ( 520) 746 80.6 1.1e-14
NP_056932 (OMIM: 616671) keratin, type II cytoskel ( 638) 746 80.7 1.3e-14
XP_011536627 (OMIM: 148059) PREDICTED: keratin, ty ( 445) 741 80.1 1.4e-14
NP_005547 (OMIM: 148059) keratin, type II cytoskel ( 469) 739 79.9 1.6e-14
NP_149022 (OMIM: 601078) keratin, type II cuticula ( 513) 732 79.4 2.6e-14
NP_006112 (OMIM: 113800,139350,144200,146590,60096 ( 644) 732 79.5 3.1e-14
NP_476429 (OMIM: 122100,148043) keratin, type II c ( 628) 725 78.9 4.6e-14
NP_000414 (OMIM: 146800,600194) keratin, type II c ( 639) 719 78.3 6.7e-14
NP_787028 (OMIM: 611160) keratin, type II cytoskel ( 535) 713 77.7 8.6e-14
XP_016874785 (OMIM: 158000,601928) PREDICTED: kera ( 486) 709 77.3 1e-13
NP_001307127 (OMIM: 158000,601928) keratin, type I ( 486) 709 77.3 1e-13
NP_778223 (OMIM: 194300,608248,613981,614929) kera ( 529) 709 77.4 1.1e-13
XP_005268923 (OMIM: 158000,601928) PREDICTED: kera ( 563) 709 77.4 1.1e-13
NP_002273 (OMIM: 158000,602765) keratin, type II c ( 493) 704 76.9 1.4e-13
NP_778253 (OMIM: 611158) keratin, type II cytoskel ( 578) 704 77.0 1.6e-13
NP_002272 (OMIM: 158000,602153) keratin, type II c ( 505) 698 76.4 2.1e-13
NP_258259 (OMIM: 608245,615896) keratin, type II c ( 523) 697 76.3 2.3e-13
NP_002274 (OMIM: 602032,602767) keratin, type II c ( 507) 695 76.1 2.5e-13
XP_016874238 (OMIM: 608245,615896) PREDICTED: kera ( 441) 688 75.4 3.5e-13
NP_705694 (OMIM: 148065,615785) keratin, type I cy ( 458) 686 75.3 4e-13
NP_778238 (OMIM: 608247) keratin, type II cytoskel ( 540) 685 75.3 4.8e-13
NP_001139697 (OMIM: 608246) keratin, type II cytos ( 511) 683 75.1 5.2e-13
NP_542785 (OMIM: 608246) keratin, type II cytoskel ( 511) 683 75.1 5.2e-13
NP_002265 (OMIM: 148065,615785) keratin, type I cy ( 420) 677 74.4 6.6e-13
XP_016874325 (OMIM: 608246) PREDICTED: keratin, ty ( 419) 675 74.3 7.5e-13
XP_016874323 (OMIM: 608246) PREDICTED: keratin, ty ( 442) 675 74.3 7.7e-13
>>NP_001918 (OMIM: 125660,181400,601419,602067,604765,61 (470 aa)
initn: 2947 init1: 2947 opt: 2947 Z-score: 1431.6 bits: 274.2 E(85289): 5.3e-73
Smith-Waterman score: 2947; 100.0% identity (100.0% similar) in 470 aa overlap (1-470:1-470)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MSQAYSSSQRVSSYRRTFGGAPGFPLGSPLSSPVFPRAGFGSKGSSSSVTSRVYQVSRTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MSQAYSSSQRVSSYRRTFGGAPGFPLGSPLSSPVFPRAGFGSKGSSSSVTSRVYQVSRTS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 GGAGGLGSLRASRLGTTRTPSSYGAGELLDFSLADAVNQEFLTTRTNEKVELQELNDRFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GGAGGLGSLRASRLGTTRTPSSYGAGELLDFSLADAVNQEFLTTRTNEKVELQELNDRFA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 NYIEKVRFLEQQNAALAAEVNRLKGREPTRVAELYEEELRELRRQVEVLTNQRARVDVER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NYIEKVRFLEQQNAALAAEVNRLKGREPTRVAELYEEELRELRRQVEVLTNQRARVDVER
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 DNLLDDLQRLKAKLQEEIQLKEEAENNLAAFRADVDAATLARIDLERRIESLNEEIAFLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DNLLDDLQRLKAKLQEEIQLKEEAENNLAAFRADVDAATLARIDLERRIESLNEEIAFLK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 KVHEEEIRELQAQLQEQQVQVEMDMSKPDLTAALRDIRAQYETIAAKNISEAEEWYKSKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KVHEEEIRELQAQLQEQQVQVEMDMSKPDLTAALRDIRAQYETIAAKNISEAEEWYKSKV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 SDLTQAANKNNDALRQAKQEMMEYRHQIQSYTCEIDALKGTNDSLMRQMRELEDRFASEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SDLTQAANKNNDALRQAKQEMMEYRHQIQSYTCEIDALKGTNDSLMRQMRELEDRFASEA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 SGYQDNIARLEEEIRHLKDEMARHLREYQDLLNVKMALDVEIATYRKLLEGEESRINLPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SGYQDNIARLEEEIRHLKDEMARHLREYQDLLNVKMALDVEIATYRKLLEGEESRINLPI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KE4 QTYSALNFRETSPEQRGSEVHTKKTVMIKTIETRDGEVVSEATQQQHEVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QTYSALNFRETSPEQRGSEVHTKKTVMIKTIETRDGEVVSEATQQQHEVL
430 440 450 460 470
>>NP_003371 (OMIM: 116300,193060) vimentin [Homo sapiens (466 aa)
initn: 1836 init1: 1653 opt: 1817 Z-score: 894.3 bits: 174.8 E(85289): 4.5e-43
Smith-Waterman score: 1817; 62.7% identity (84.7% similar) in 464 aa overlap (12-470:9-465)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MSQAYSSSQRVSSYRRTFGGAPGFPLGSPLSSPVFPRAGFGSKGSSSSVTSRVYQVSRTS
::::: ::: :: : : :. .. . :. : . . :
NP_003 MSTRSVSSSSYRRMFGG-PGTA-----SRPSSSRSYVTTSTRTYSLGSALRPSTSRS
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE4 GGAGGLGSLRASRLGTTRTPSSYGAGELL----DFSLADAVNQEFLTTRTNEKVELQELN
:.. :.. :.: ...: :: . .:: :::::::.: :: .:::::::::::::
NP_003 LYASSPGGVYATRSSAVRLRSSVPGVRLLQDSVDFSLADAINTEFKNTRTNEKVELQELN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 DRFANYIEKVRFLEQQNAALAAEVNRLKGREPTRVAELYEEELRELRRQVEVLTNQRARV
:::::::.::::::::: : ::...:::. .:...:::::.:::::::. :::..:::
NP_003 DRFANYIDKVRFLEQQNKILLAELEQLKGQGKSRLGDLYEEEMRELRRQVDQLTNDKARV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 DVERDNLLDDLQRLKAKLQEEIQLKEEAENNLAAFRADVDAATLARIDLERRIESLNEEI
.:::::: .:..::. :::::. .:::::.: .:: ::: :.:::.::::..:::.:::
NP_003 EVERDNLAEDIMRLREKLQEEMLQREEAENTLQSFRQDVDNASLARLDLERKVESLQEEI
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 AFLKKVHEEEIRELQAQLQEQQVQVEMDMSKPDLTAALRDIRAQYETIAAKNISEAEEWY
:::::.:::::.:::::.:::.::...:.:::::::::::.: :::..::::..::::::
NP_003 AFLKKLHEEEIQELQAQIQEQHVQIDVDVSKPDLTAALRDVRQQYESVAAKNLQEAEEWY
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 KSKVSDLTQAANKNNDALRQAKQEMMEYRHQIQSYTCEIDALKGTNDSLMRQMRELEDRF
::: .::..:::.::::::::::: :::.:.:: :::.:::::::.:: :::::.:. :
NP_003 KSKFADLSEAANRNNDALRQAKQESTEYRRQVQSLTCEVDALKGTNESLERQMREMEENF
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 ASEASGYQDNIARLEEEIRHLKDEMARHLREYQDLLNVKMALDVEIATYRKLLEGEESRI
: ::..:::.:.::..::...:.::::::::::::::::::::.::::::::::::::::
NP_003 AVEAANYQDTIGRLQDEIQNMKEEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESRI
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE4 NLPIQTYSALNFRETSPEQRG-SEVHTKKTVMIKTIETRDGEVVSEATQQQHEVL
.::. ..:.::.:::. .. ..:.:.:..:::.:::::.:..: :.:.:. :
NP_003 SLPLPNFSSLNLRETNLDSLPLVDTHSKRTLLIKTVETRDGQVINE-TSQHHDDLE
420 430 440 450 460
>>XP_006717563 (OMIM: 116300,193060) PREDICTED: vimentin (466 aa)
initn: 1836 init1: 1653 opt: 1817 Z-score: 894.3 bits: 174.8 E(85289): 4.5e-43
Smith-Waterman score: 1817; 62.7% identity (84.7% similar) in 464 aa overlap (12-470:9-465)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MSQAYSSSQRVSSYRRTFGGAPGFPLGSPLSSPVFPRAGFGSKGSSSSVTSRVYQVSRTS
::::: ::: :: : : :. .. . :. : . . :
XP_006 MSTRSVSSSSYRRMFGG-PGTA-----SRPSSSRSYVTTSTRTYSLGSALRPSTSRS
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE4 GGAGGLGSLRASRLGTTRTPSSYGAGELL----DFSLADAVNQEFLTTRTNEKVELQELN
:.. :.. :.: ...: :: . .:: :::::::.: :: .:::::::::::::
XP_006 LYASSPGGVYATRSSAVRLRSSVPGVRLLQDSVDFSLADAINTEFKNTRTNEKVELQELN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 DRFANYIEKVRFLEQQNAALAAEVNRLKGREPTRVAELYEEELRELRRQVEVLTNQRARV
:::::::.::::::::: : ::...:::. .:...:::::.:::::::. :::..:::
XP_006 DRFANYIDKVRFLEQQNKILLAELEQLKGQGKSRLGDLYEEEMRELRRQVDQLTNDKARV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 DVERDNLLDDLQRLKAKLQEEIQLKEEAENNLAAFRADVDAATLARIDLERRIESLNEEI
.:::::: .:..::. :::::. .:::::.: .:: ::: :.:::.::::..:::.:::
XP_006 EVERDNLAEDIMRLREKLQEEMLQREEAENTLQSFRQDVDNASLARLDLERKVESLQEEI
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 AFLKKVHEEEIRELQAQLQEQQVQVEMDMSKPDLTAALRDIRAQYETIAAKNISEAEEWY
:::::.:::::.:::::.:::.::...:.:::::::::::.: :::..::::..::::::
XP_006 AFLKKLHEEEIQELQAQIQEQHVQIDVDVSKPDLTAALRDVRQQYESVAAKNLQEAEEWY
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 KSKVSDLTQAANKNNDALRQAKQEMMEYRHQIQSYTCEIDALKGTNDSLMRQMRELEDRF
::: .::..:::.::::::::::: :::.:.:: :::.:::::::.:: :::::.:. :
XP_006 KSKFADLSEAANRNNDALRQAKQESTEYRRQVQSLTCEVDALKGTNESLERQMREMEENF
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 ASEASGYQDNIARLEEEIRHLKDEMARHLREYQDLLNVKMALDVEIATYRKLLEGEESRI
: ::..:::.:.::..::...:.::::::::::::::::::::.::::::::::::::::
XP_006 AVEAANYQDTIGRLQDEIQNMKEEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESRI
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE4 NLPIQTYSALNFRETSPEQRG-SEVHTKKTVMIKTIETRDGEVVSEATQQQHEVL
.::. ..:.::.:::. .. ..:.:.:..:::.:::::.:..: :.:.:. :
XP_006 SLPLPNFSSLNLRETNLDSLPLVDTHSKRTLLIKTVETRDGQVINE-TSQHHDDLE
420 430 440 450 460
>>NP_006253 (OMIM: 105400,170710) peripherin [Homo sapie (470 aa)
initn: 1683 init1: 821 opt: 1664 Z-score: 821.5 bits: 161.3 E(85289): 5.1e-39
Smith-Waterman score: 1687; 59.9% identity (82.7% similar) in 469 aa overlap (12-470:15-462)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MSQAYSSSQRVSSYRRTFGGAPGFPLGSPLSSPVFPRAGFGSKGSSSSVTSRVYQVS
.::::::: :.. :: : : .::: .: :
NP_006 MSHHPSGLRAGFSSTSYRRTFGPPPSL-------SP-----GAFSYSSSSRFSS-----S
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 RTSGGAGGLGSLRASRLGTTRTPSSYGAGELL-------DFSLADAVNQEFLTTRTNEKV
: :.:. .:.: ::. :.: . ::: :: :::.:.:.:::::.::.:::
NP_006 RLLGSASPSSSVR---LGSFRSPRA-GAGALLRLPSERLDFSMAEALNQEFLATRSNEKQ
50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 ELQELNDRFANYIEKVRFLEQQNAALAAEVNRLKGREPTRVAELYEEELRELRRQVEVLT
:::::::::::.:::::::::::::: .:... .:.::.:. .: ..:::::::..:.:
NP_006 ELQELNDRFANFIEKVRFLEQQNAALRGELSQARGQEPARADQLCQQELRELRRELELLG
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 NQRARVDVERDNLLDDLQRLKAKLQEEIQLKEEAENNLAAFRADVDAATLARIDLERRIE
.: ::.::::.: .:: :: .:.:: . .:.::.::. :: ::: :::.:..:::.::
NP_006 RERDRVQVERDGLAEDLAALKQRLEEETRKREDAEHNLVLFRKDVDDATLSRLELERKIE
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280
pF1KE4 SLNEEIAFLKKVHEEEIRELQAQLQEQQVQ-VEMDMS-KPDLTAALRDIRAQYETIAAKN
:: .:: ::::.::::.:.::.... :::: ::.. . ::.:::::::::::::.:::::
NP_006 SLMDEIEFLKKLHEEELRDLQVSVESQQVQQVEVEATVKPELTAALRDIRAQYESIAAKN
220 230 240 250 260 270
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 ISEAEEWYKSKVSDLTQAANKNNDALRQAKQEMMEYRHQIQSYTCEIDALKGTNDSLMRQ
..::::::::: .::..:::.:..::::::::: : :.:::: :::.:.:.:::..:.::
NP_006 LQEAEEWYKSKYADLSDAANRNHEALRQAKQEMNESRRQIQSLTCEVDGLRGTNEALLRQ
280 290 300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KE4 MRELEDRFASEASGYQDNIARLEEEIRHLKDEMARHLREYQDLLNVKMALDVEIATYRKL
.::::..:: ::.::: . ::::::.:.::.::::::::::.:::::::::.::::::::
NP_006 LRELEEQFALEAGGYQAGAARLEEELRQLKEEMARHLREYQELLNVKMALDIEIATYRKL
340 350 360 370 380 390
410 420 430 440 450 460
pF1KE4 LEGEESRINLPIQTYSALNFRETSPE-QRGSEVHTKKTVMIKTIETRDGEVVSEATQQQH
::::::::..:......::.. : :: . .. :..:::.:::::::.::::.:. ..:.
NP_006 LEGEESRISVPVHSFASLNIKTTVPEVEPPQDSHSRKTVLIKTIETRNGEVVTESQKEQR
400 410 420 430 440 450
470
pF1KE4 EVL
:
NP_006 SELDKSSAHSY
460 470
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10 20 30 40 50
pF1KE4 MSQAYSSSQRVSSYRRTFGGAPGFPLGSPLSSPVFPRAGFGSKGSSSSVTSRVYQVS
.::::::: :.. :: : : .::: .: :
XP_005 MSHHPSGLRAGFSSTSYRRTFGPPPSL-------SP-----GAFSYSSSSRFSS-----S
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 RTSGGAGGLGSLRASRLGTTRTPSSYGAGELL-------DFSLADAVNQEFLTTRTNEKV
: :.:. .:.: ::. :.: . ::: :: :::.:.:.:::::.::.:::
XP_005 RLLGSASPSSSVR---LGSFRSPRA-GAGALLRLPSERLDFSMAEALNQEFLATRSNEKQ
50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 ELQELNDRFANYIEKVRFLEQQNAALAAEVNRLKGREPTRVAELYEEELRELRRQVEVLT
:::::::::::.:::::::::::::: .:... .:.::.:. .: ..:::::::..:.:
XP_005 ELQELNDRFANFIEKVRFLEQQNAALRGELSQARGQEPARADQLCQQELRELRRELELLG
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pF1KE4 NQRARVDVERDNLLDDLQRLKAKLQEEIQLKEEAENNLAAFRADVDAATLARIDLERRIE
.: ::.::::.: .:: :: .:.:: . .:.::.::. :: ::: :::.:..:::.::
XP_005 RERDRVQVERDGLAEDLAALKQRLEEETRKREDAEHNLVLFRKDVDDATLSRLELERKIE
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:: .:: ::::.::::.:.::.... :::: ::.. . ::.:::::::::::::.:::::
XP_005 SLMDEIEFLKKLHEEELRDLQVSVESQQVQQVEVEATVKPELTAALRDIRAQYESIAAKN
220 230 240 250 260 270
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pF1KE4 ISEAEEWYKSKVSDLTQAANKNNDALRQAKQEMMEYRHQIQSYTCEIDALKGTNDSLMRQ
..::::::::: .::..:::.:..::::::::: : :.:::: :::.:.:.:::..:.::
XP_005 LQEAEEWYKSKYADLSDAANRNHEALRQAKQEMNESRRQIQSLTCEVDGLRGTNEALLRQ
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pF1KE4 MRELEDRFASEASGYQDNIARLEEEIRHLKDEMARHLREYQDLLNVKMALDVEIATYRKL
.::::..:: ::.::: . ::::::.:.::.::::::::::.:::::::::.::::::::
XP_005 LRELEEQFALEAGGYQAGAARLEEELRQLKEEMARHLREYQELLNVKMALDIEIATYRKL
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pF1KE4 LEGEESRINLPIQTYSALNFRETSPE-QRGSEVHTKKTVMIKTIETRDGE-VVSEATQQQ
::::::::..:......::.. : :: . .. :..:::.:::::::.:: ::.:. ..:
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470
pF1KE4 HEVL
. :
XP_005 RSELDKSSAHSY
460 470
>>NP_002046 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillary acidi (432 aa)
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Smith-Waterman score: 1580; 58.0% identity (84.1% similar) in 429 aa overlap (47-470:7-432)
20 30 40 50 60 70
pF1KE4 TFGGAPGFPLGSPLSSPVFPRAGFGSKGSSSSVTSRVYQVSRTSGGAGGLGSLR----AS
.:.. : : :: .:::. : ..
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::. .: : . .::::: :.: : ::..:..:..:::::::.:::::::::::
NP_002 RLSLARMPPPLPTR--VDFSLAGALNAGFKETRASERAEMMELNDRFASYIEKVRFLEQQ
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pF1KE4 NAALAAEVNRLKGREPTRVAELYEEELRELRRQVEVLTNQRARVDVERDNLLDDLQRLKA
: :::::.:.:...:::..:..:. :::::: ... :: . ::..:::::: .:: ..
NP_002 NKALAAELNQLRAKEPTKLADVYQAELRELRLRLDQLTANSARLEVERDNLAQDLATVRQ
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pF1KE4 KLQEEIQLKEEAENNLAAFRADVDAATLARIDLERRIESLNEEIAFLKKVHEEEIRELQA
:::.: .:. ::::::::.: ..: :::::.::::.::::.::: ::.:.::::.::::
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pF1KE4 QLQEQQVQVEMDMSKPDLTAALRDIRAQYETIAAKNISEAEEWYKSKVSDLTQAANKNND
:: .:::.::.:..::::::::..::.:::..:..:. ::::::.:: .:::.:: .: .
NP_002 QLARQQVHVELDVAKPDLTAALKEIRTQYEAMASSNMHEAEEWYRSKFADLTDAAARNAE
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pF1KE4 ALRQAKQEMMEYRHQIQSYTCEIDALKGTNDSLMRQMRELEDRFASEASGYQDNIARLEE
:::::.: .::.:.:: ::....:.:::.:: ::::: :.: . ::..::. .:::::
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: . :::::::::.:::::::::.:::.:::::::::::::.::..:.::.: :..::::
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pF1KE4 PEQRG-SEVHTKKTVMIKTIETRDGEVVSEATQQQHEVL
. .. :: : :.....::.: :::::..:. :....:.
NP_002 LDTKSVSEGHLKRNIVVKTVEMRDGEVIKESKQEHKDVM
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>>NP_001124491 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillary ac (431 aa)
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Smith-Waterman score: 1470; 57.8% identity (82.3% similar) in 412 aa overlap (47-454:7-413)
20 30 40 50 60 70
pF1KE4 TFGGAPGFPLGSPLSSPVFPRAGFGSKGSSSSVTSRVYQVSRTSGGAGGLGSLR----AS
.:.. : : :: .:::. : ..
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::. .: : . .::::: :.: : ::..:..:..:::::::.:::::::::::
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pF1KE4 NAALAAEVNRLKGREPTRVAELYEEELRELRRQVEVLTNQRARVDVERDNLLDDLQRLKA
: :::::.:.:...:::..:..:. :::::: ... :: . ::..:::::: .:: ..
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:::.: .:. ::::::::.: ..: :::::.::::.::::.::: ::.:.::::.::::
NP_001 KLQDETNLRLEAENNLAAYRQEADEATLARLDLERKIESLEEEIRFLRKIHEEEVRELQE
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pF1KE4 QLQEQQVQVEMDMSKPDLTAALRDIRAQYETIAAKNISEAEEWYKSKVSDLTQAANKNND
:: .:::.::.:..::::::::..::.:::..:..:. ::::::.:: .:::.:: .: .
NP_001 QLARQQVHVELDVAKPDLTAALKEIRTQYEAMASSNMHEAEEWYRSKFADLTDAAARNAE
220 230 240 250 260 270
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pF1KE4 ALRQAKQEMMEYRHQIQSYTCEIDALKGTNDSLMRQMRELEDRFASEASGYQDNIARLEE
:::::.: .::.:.:: ::....:.:::.:: ::::: :.: . ::..::. .:::::
NP_001 LLRQAKHEANDYRRQLQSLTCDLESLRGTNESLERQMREQEERHVREAASYQEALARLEE
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: . :::::::::.:::::::::.:::.:::::::::::::.::..:.::.: :..: .
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pF1KE4 PEQRGSEVHTKKTVMIKTIETRDGEVVSEATQQQHEVL
. : : : : : ..:.. :
NP_001 STKDG-ENH-KVTRYLKSLTIRVIPIQAHQIVNGTPPARG
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>>XP_016879940 (OMIM: 137780,203450) PREDICTED: glial fi (472 aa)
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Smith-Waterman score: 1470; 57.8% identity (82.3% similar) in 412 aa overlap (47-454:7-413)
20 30 40 50 60 70
pF1KE4 TFGGAPGFPLGSPLSSPVFPRAGFGSKGSSSSVTSRVYQVSRTSGGAGGLGSLR----AS
.:.. : : :: .:::. : ..
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::. .: : . .::::: :.: : ::..:..:..:::::::.:::::::::::
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: :::::.:.:...:::..:..:. :::::: ... :: . ::..:::::: .:: ..
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:::.: .:. ::::::::.: ..: :::::.::::.::::.::: ::.:.::::.::::
XP_016 KLQDETNLRLEAENNLAAYRQEADEATLARLDLERKIESLEEEIRFLRKIHEEEVRELQE
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:: .:::.::.:..::::::::..::.:::..:..:. ::::::.:: .:::.:: .: .
XP_016 QLARQQVHVELDVAKPDLTAALKEIRTQYEAMASSNMHEAEEWYRSKFADLTDAAARNAE
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pF1KE4 ALRQAKQEMMEYRHQIQSYTCEIDALKGTNDSLMRQMRELEDRFASEASGYQDNIARLEE
:::::.: .::.:.:: ::....:.:::.:: ::::: :.: . ::..::. .:::::
XP_016 LLRQAKHEANDYRRQLQSLTCDLESLRGTNESLERQMREQEERHVREAASYQEALARLEE
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: . :::::::::.:::::::::.:::.:::::::::::::.::..:.::.: :..: .
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pF1KE4 PEQRGSEVHTKKTVMIKTIETRDGEVVSEATQQQHEVL
. : : : : : ..:.. :
XP_016 STKDG-ENH-KVTRYLKSLTIRVIPIQAHQIVNGTPPARETSLDTKSVSEGHLKRNIVVK
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>>NP_001229305 (OMIM: 137780,203450) glial fibrillary ac (438 aa)
initn: 1534 init1: 1438 opt: 1458 Z-score: 723.9 bits: 143.2 E(85289): 1.4e-33
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NP_001 MERRRITSAARRSY-VSSGEMMVGGLAPGRRLGPGT
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NP_001 RLSLARMPPPLPT--RVDFSLAGALNAGFKETRASERAEMMELNDRFASYIEKVRFLEQQ
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pF1KE4 NAALAAEVNRLKGREPTRVAELYEEELRELRRQVEVLTNQRARVDVERDNLLDDLQRLKA
: :::::.:.:...:::..:..:. :::::: ... :: . ::..:::::: .:: ..
NP_001 NKALAAELNQLRAKEPTKLADVYQAELRELRLRLDQLTANSARLEVERDNLAQDLATVRQ
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:::.: .:. ::::::::.: ..: :::::.::::.::::.::: ::.:.::::.::::
NP_001 KLQDETNLRLEAENNLAAYRQEADEATLARLDLERKIESLEEEIRFLRKIHEEEVRELQE
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:: .:::.::.:..::::::::..::.:::..:..:. ::::::.:: .:::.:: .: .
NP_001 QLARQQVHVELDVAKPDLTAALKEIRTQYEAMASSNMHEAEEWYRSKFADLTDAAARNAE
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:::::.: .::.:.:: ::....:.:::.:: ::::: :.: . ::..::. .:::::
NP_001 LLRQAKHEANDYRRQLQSLTCDLESLRGTNESLERQMREQEERHVREAASYQEALARLEE
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: . :::::::::.:::::::::.:::.:::::::::::::.::..:.::.: :..:
NP_001 EGQSLKDEMARHLQEYQDLLNVKLALDIEIATYRKLLEGEENRITIPVQTFSNLQIRGQY
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pF1KE4 PEQRGSEVHTKKTVMIKTIETRDGEVVSEATQQQHEVL
NP_001 SRASWEGHWSPAPSSRACRLLQTGTEDQGKGIQLSLGAFVTLQRS
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>>NP_116116 (OMIM: 605338) alpha-internexin [Homo sapien (499 aa)
initn: 1070 init1: 657 opt: 1192 Z-score: 596.7 bits: 119.8 E(85289): 1.7e-26
Smith-Waterman score: 1211; 50.2% identity (77.0% similar) in 422 aa overlap (12-427:13-418)
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::::..:: :: ::. . .: :. :.: : : . .
NP_116 MSFGSEHYLCSSSSYRKVFGD------GSRLSARLSGAGGAGGFRSQSLSRSNVASSAAC
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pF1KE4 SGGAG-GLGSLRASRLGTTRTPSSYGAGELLDFSLADAVNQEFLTTRTNEKVELQELNDR
:.... ::: :. : :.: : ::.: : : ..:. ::::: .:: ::::
NP_116 SSASSLGLG------LAYRRPPASDG----LDLSQAAARTNEYKIIRTNEKEQLQGLNDR
60 70 80 90 100
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pF1KE4 FANYIEKVRFLEQQNAALAAEVNRLKGR--EPTRVAELYEEELRELRRQVEVLTNQRARV
:: .::::. :: :: :: ::. :. : ::.::.::...:::.:: :.: .. :...
NP_116 FAVFIEKVHQLETQNRALEAELAALRQRHAEPSRVGELFQRELRDLRAQLEEASSARSQA
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pF1KE4 DVERDNLLDDLQRLKAKLQEEIQLKEEAENNLAAFRADVDAATLARIDLERRIESLNEEI
.:::.: ...:::.:. .:: . .: :: : : . :::.:::::.:::...::: .:.
NP_116 LLERDGLAEEVQRLRARCEEESRGREGAERALKAQQRDVDGATLARLDLEKKVESLLDEL
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pF1KE4 AFLKKVHEEEIRELQAQLQEQ-QVQVEMDMS--KPDLTAALRDIRAQYETIAAKNISEAE
::...::.::. :: : :: . :. .:.:.. :::::.:::.::::::..::::.. ::
NP_116 AFVRQVHDEEVAELLATLQASSQAAAEVDVTVAKPDLTSALREIRAQYESLAAKNLQSAE
230 240 250 260 270 280
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:::::: ..:.. : ....:.: ...:. :::.:.:. : ::..:.:.:.:: ::. :::
NP_116 EWYKSKFANLNEQAARSTEAIRASREEIHEYRRQLQARTIEIEGLRGANESLERQILELE
290 300 310 320 330 340
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pF1KE4 DRFASEASGYQDNIARLEEEIRHLKDEMARHLREYQDLLNVKMALDVEIATYRKLLEGEE
.: ..:..::::.:..::...:. :.::::::::::::::::::::.:::.:::::::::
NP_116 ERHSAEVAGYQDSIGQLENDLRNTKSEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEE
350 360 370 380 390 400
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.:.. . :.::
NP_116 TRFSTSGLSISGLNPLPNPSYLLPPRILSATTSKVSSTGLSLKKEEEEEEASKVASKKTS
410 420 430 440 450 460
470 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
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