Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4447
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4447, 462 aa
1>>>pF1KE4447 462 - 462 aa - 462 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8715+/-0.00109; mu= 14.5890+/- 0.065
mean_var=69.0281+/-13.686, 0's: 0 Z-trim(102.9): 73 B-trim: 0 in 0/49
Lambda= 0.154369
statistics sampled from 7097 (7170) to 7097 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.577), E-opt: 0.2 (0.22), width: 16
Scan time: 2.060
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS45194.1 GABRA5 gene_id:2558|Hs108|chr15 ( 462) 3042 686.9 1.1e-197
CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 451) 2156 489.6 2.8e-138
CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5 ( 456) 2113 480.0 2.2e-135
CCDS14706.1 GABRA3 gene_id:2556|Hs108|chrX ( 492) 1922 437.5 1.5e-122
CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 511) 1861 423.9 1.9e-118
CCDS4356.1 GABRA6 gene_id:2559|Hs108|chr5 ( 453) 1575 360.2 2.5e-99
CCDS3473.1 GABRA4 gene_id:2557|Hs108|chr4 ( 554) 1570 359.1 6.5e-99
CCDS3470.1 GABRG1 gene_id:2565|Hs108|chr4 ( 465) 1249 287.6 1.8e-77
CCDS4358.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 467) 1229 283.2 4.1e-76
CCDS4359.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 475) 1224 282.0 8.9e-76
CCDS45195.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 ( 467) 1124 259.8 4.4e-69
CCDS14703.1 GABRE gene_id:2564|Hs108|chrX ( 506) 983 228.4 1.4e-59
CCDS14160.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 452) 953 221.7 1.3e-57
CCDS48085.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 452) 951 221.2 1.7e-57
CCDS43283.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4 ( 449) 937 218.1 1.5e-56
CCDS4320.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5 ( 449) 936 217.9 1.7e-56
CCDS54942.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5 ( 457) 921 214.6 1.8e-55
CCDS3822.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4 ( 464) 901 210.1 3.9e-54
CCDS10018.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 890 207.7 2.2e-53
CCDS10019.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 877 204.8 1.6e-52
CCDS3474.1 GABRB1 gene_id:2560|Hs108|chr4 ( 474) 865 202.1 1e-51
CCDS4354.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 474) 860 201.0 2.3e-51
CCDS4355.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 512) 860 201.0 2.4e-51
CCDS55371.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 363) 856 200.1 3.3e-51
CCDS36.1 GABRD gene_id:2563|Hs108|chr1 ( 452) 832 194.7 1.6e-49
CCDS59029.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 462) 831 194.5 1.9e-49
CCDS5019.2 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 479) 831 194.5 2e-49
CCDS43980.2 GLRA4 gene_id:441509|Hs108|chrX ( 417) 819 191.8 1.1e-48
CCDS54617.1 GABRR3 gene_id:200959|Hs108|chr3 ( 467) 819 191.8 1.2e-48
CCDS59028.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 392) 817 191.4 1.4e-48
CCDS4375.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5 ( 440) 815 190.9 2.2e-48
CCDS53921.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 402) 785 184.3 2.1e-46
CCDS14707.1 GABRQ gene_id:55879|Hs108|chrX ( 632) 781 183.4 5.8e-46
CCDS5020.3 GABRR2 gene_id:2570|Hs108|chr6 ( 465) 766 180.0 4.4e-45
CCDS53920.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 388) 760 178.7 9.5e-45
CCDS59251.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 ( 253) 661 156.6 2.8e-38
CCDS3796.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 497) 656 155.6 1.1e-37
CCDS47333.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 515) 599 142.9 7.6e-34
CCDS75368.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5 ( 289) 584 139.4 4.6e-33
CCDS54813.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 303) 536 128.8 7.9e-30
CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 ( 498) 310 78.5 1.8e-14
CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 494) 292 74.5 2.8e-13
CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1 ( 502) 281 72.0 1.6e-12
CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4 ( 479) 278 71.4 2.4e-12
CCDS7745.1 CHRNA10 gene_id:57053|Hs108|chr11 ( 450) 269 69.4 9e-12
CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 457) 263 68.0 2.3e-11
CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20 ( 627) 257 66.7 7.7e-11
>>CCDS45194.1 GABRA5 gene_id:2558|Hs108|chr15 (462 aa)
initn: 3042 init1: 3042 opt: 3042 Z-score: 3662.3 bits: 686.9 E(32554): 1.1e-197
Smith-Waterman score: 3042; 100.0% identity (100.0% similar) in 462 aa overlap (1-462:1-462)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MDNGMFSGFIMIKNLLLFCISMNLSSHFGFSQMPTSSVKDETNDNITIFTRILDGLLDGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 MDNGMFSGFIMIKNLLLFCISMNLSSHFGFSQMPTSSVKDETNDNITIFTRILDGLLDGY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 DNRLRPGLGERITQVRTDIYVTSFGPVSDTEMEYTIDVFFRQSWKDERLRFKGPMQRLPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 DNRLRPGLGERITQVRTDIYVTSFGPVSDTEMEYTIDVFFRQSWKDERLRFKGPMQRLPL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 NNLLASKIWTPDTFFHNGKKSIAHNMTTPNKLLRLEDDGTLLYTMRLTISAECPMQLEDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 NNLLASKIWTPDTFFHNGKKSIAHNMTTPNKLLRLEDDGTLLYTMRLTISAECPMQLEDF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 PMDAHACPLKFGSYAYPNSEVVYVWTNGSTKSVVVAEDGSRLNQYHLMGQTVGTENISTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 PMDAHACPLKFGSYAYPNSEVVYVWTNGSTKSVVVAEDGSRLNQYHLMGQTVGTENISTS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 TGEYTIMTAHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 TGEYTIMTAHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 TTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKKALEAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 TTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKKALEAA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 KIKKKREVILNKSTNAFTTGKMSHPPNIPKEQTPAGTSNTTSVSVKPSEEKTSESKKTYN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 KIKKKREVILNKSTNAFTTGKMSHPPNIPKEQTPAGTSNTTSVSVKPSEEKTSESKKTYN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KE4 SISKIDKMSRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVIKGAASPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 SISKIDKMSRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVIKGAASPK
430 440 450 460
>>CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 (451 aa)
initn: 2174 init1: 1875 opt: 2156 Z-score: 2596.0 bits: 489.6 E(32554): 2.8e-138
Smith-Waterman score: 2156; 76.5% identity (89.9% similar) in 425 aa overlap (39-461:32-451)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 FIMIKNLLLFCISMNLSSHFGFSQMPTSSVKDETNDNITIFTRILDGLLDGYDNRLRPGL
.::...:::::::::: :::::::::::::
CCDS34 KTKLNIYNMQFLLFVFLVWDPARLVLANIQEDEAKNNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 GERITQVRTDIYVTSFGPVSDTEMEYTIDVFFRQSWKDERLRFKGPMQRLPLNNLLASKI
:. ::.: :.::::::::::::.:::::::::::.::::::.:::::. : ::::.::::
CCDS34 GDSITEVFTNIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQKWKDERLKFKGPMNILRLNNLMASKI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 WTPDTFFHNGKKSIAHNMTTPNKLLRLEDDGTLLYTMRLTISAECPMQLEDFPMDAHACP
:::::::::::::.::::: ::::::..::::::::::::..:::::.:::::::::.::
CCDS34 WTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRIQDDGTLLYTMRLTVQAECPMHLEDFPMDAHSCP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 LKFGSYAYPNSEVVYVWTNGSTKSVVVAEDGSRLNQYHLMGQTVGTENISTSTGEYTIMT
:::::::: .:::.:.:: ... :: :: :::::::: :.::..: :.:..::::::.::
CCDS34 LKFGSYAYTTSEVTYIWTYNASDSVQVAPDGSRLNQYDLLGQSIGKETIKSSTGEYTVMT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 AHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 AHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISAR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 NSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKKALEAAKIKKKREV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.... : .: .
CCDS34 NSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKSVVNDKKKEKASVM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 ILNKSTNAFTTGKMSHPPNIPKEQ--TPAGTSNTTSVSVKPSEEKTSESKKTYNSISKID
: : ::.... .. ::. :. . . : :: : :.: .:.:::.::.::::
CCDS34 IQN---NAYAVAVANYAPNLSKDPVLSTISKSATTPEPNKKPENKPAEAKKTFNSVSKID
370 380 390 400 410
430 440 450 460
pF1KE4 KMSRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVIKGAASPK
.:::::::::::::::::::::::::::. ..::
CCDS34 RMSRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVL--GVSP
420 430 440 450
>>CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5 (456 aa)
initn: 2077 init1: 1831 opt: 2113 Z-score: 2544.2 bits: 480.0 E(32554): 2.2e-135
Smith-Waterman score: 2113; 73.5% identity (86.0% similar) in 442 aa overlap (24-461:18-454)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MDNGMFSGFIMIKNLLLFCISMNLSSHFGFSQMPTSSVKDETNDNITIFTRILDGLLDGY
::. : : . :..:: .:: :.:::::: :::::
CCDS43 MRKSPGLSDCLWAWILLLSTLTGRS-YGQPSLQDELKDNTTVFTRILDRLLDGY
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 DNRLRPGLGERITQVRTDIYVTSFGPVSDTEMEYTIDVFFRQSWKDERLRFKGPMQRLPL
:::::::::::.:.:.:::.::::::::: .::::::::::::::::::.::::: : :
CCDS43 DNRLRPGLGERVTEVKTDIFVTSFGPVSDHDMEYTIDVFFRQSWKDERLKFKGPMTVLRL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 NNLLASKIWTPDTFFHNGKKSIAHNMTTPNKLLRLEDDGTLLYTMRLTISAECPMQLEDF
:::.:::::::::::::::::.::::: ::::::. .:::::::::::. :::::.::::
CCDS43 NNLMASKIWTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRITEDGTLLYTMRLTVRAECPMHLEDF
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 PMDAHACPLKFGSYAYPNSEVVYVWTNGSTKSVVVAEDGSRLNQYHLMGQTVGTENISTS
:::::::::::::::: .:::: :: ..:::::::::::::: :.:::: . ...:
CCDS43 PMDAHACPLKFGSYAYTRAEVVYEWTREPARSVVVAEDGSRLNQYDLLGQTVDSGIVQSS
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 TGEYTIMTAHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTM
::::..::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 TGEYVVMTTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTM
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 TTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKKALEAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::...
CCDS43 TTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGYAWDGKSVVPE-
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410
pF1KE4 KIKKKREVILNKSTNAFTTGKMSHPPNI----PKEQTPAGTSNTTSVSVKPSEEKTSESK
: :: .. ...:. :... :. ::. : : : ... ::: : : : :
CCDS43 KPKKVKDPLIKKN-NTYAPTATSYTPNLARGDPGLATIAKSATIEPKEVKP-ETKPPEPK
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460
pF1KE4 KTYNSISKIDKMSRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVIKGAASPK
::.::.::::..:::.::.::: :::::::::::::: .: : .:
CCDS43 KTFNSVSKIDRLSRIAFPLLFGIFNLVYWATYLNREPQLK-APTPHQ
420 430 440 450
>>CCDS14706.1 GABRA3 gene_id:2556|Hs108|chrX (492 aa)
initn: 2123 init1: 1884 opt: 1922 Z-score: 2313.8 bits: 437.5 E(32554): 1.5e-122
Smith-Waterman score: 2121; 73.2% identity (88.0% similar) in 441 aa overlap (29-457:47-487)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MDNGMFSGFIMIKNLLLFCISMNLSSHFGFSQMPTSSVKDETNDNITIFTRILDGLLD
:.: . .. :...::::::::::: :::
CCDS14 LFLINILPGTTGQGESRRQEPGDFVKQDIGGLSPKHAPDIPDDSTDNITIFTRILDRLLD
20 30 40 50 60 70
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 GYDNRLRPGLGERITQVRTDIYVTSFGPVSDTEMEYTIDVFFRQSWKDERLRFKGPMQRL
:::::::::::. .:.:.::::::::::::::.:::::::::::.:.::::.: :::. :
CCDS14 GYDNRLRPGLGDAVTEVKTDIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQTWHDERLKFDGPMKIL
80 90 100 110 120 130
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 PLNNLLASKIWTPDTFFHNGKKSIAHNMTTPNKLLRLEDDGTLLYTMRLTISAECPMQLE
:::::::::::::::::::::::.::::::::::::: :.::::::::::: :::::.::
CCDS14 PLNNLLASKIWTPDTFFHNGKKSVAHNMTTPNKLLRLVDNGTLLYTMRLTIHAECPMHLE
140 150 160 170 180 190
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 DFPMDAHACPLKFGSYAYPNSEVVYVWTNGSTKSVVVAEDGSRLNQYHLMGQTVGTENIS
:::::.:::::::::::: ..:::: :: :..::: ::.:::::::: :.:..:::: :
CCDS14 DFPMDVHACPLKFGSYAYTTAEVVYSWTLGKNKSVEVAQDGSRLNQYDLLGHVVGTEIIR
200 210 220 230 240 250
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 TSTGEYTIMTAHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVL
.:::::..::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 SSTGEYVVMTTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVL
260 270 280 290 300 310
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 TMTTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKKALE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::.:::. :
CCDS14 TMTTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRSWAWEGKKVPE
320 330 340 350 360 370
360 370 380 390 400
pF1KE4 AAKIKKKREVI-LNKSTNAFTTGKMSHPPNIPKEQ---------TPAGTSNTTSV-SVKP
: ..::: . .:....:. ..: :. :. .:...:. : . : :
CCDS14 ALEMKKKTPAAPAKKTSTTFNIVGTTYPINLAKDTEFSTISKGAAPSASSTPTIIASPKA
380 390 400 410 420 430
410 420 430 440 450 460
pF1KE4 SEEKTSESK-KTYNSISKIDKMSRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVIKGAASPK
. . : .. :::::.::.::.:::.:::::. :::::::::.::: .:::
CCDS14 TYVQDSPTETKTYNSVSKVDKISRIIFPVLFAIFNLVYWATYVNRESAIKGMIRKQ
440 450 460 470 480 490
>>CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 (511 aa)
initn: 2147 init1: 1854 opt: 1861 Z-score: 2240.1 bits: 423.9 E(32554): 1.9e-118
Smith-Waterman score: 1916; 67.3% identity (80.0% similar) in 456 aa overlap (39-435:32-487)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 FIMIKNLLLFCISMNLSSHFGFSQMPTSSVKDETNDNITIFTRILDGLLDGYDNRLRPGL
.::...:::::::::: :::::::::::::
CCDS82 KTKLNIYNMQFLLFVFLVWDPARLVLANIQEDEAKNNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 GERITQVRTDIYVTSFGPVSDTEMEYTIDVFFRQSWKDERLRFKGPMQRLPLNNLLASKI
:. ::.: :.::::::::::::.:::::::::::.::::::.:::::. : ::::.::::
CCDS82 GDSITEVFTNIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQKWKDERLKFKGPMNILRLNNLMASKI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 WTPDTFFHNGKKSIAHNMTTPNKLLRLEDDGTLLYTMRLTISAECPMQLEDFPMDAHACP
:::::::::::::.::::: ::::::..::::::::::::..:::::.:::::::::.::
CCDS82 WTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRIQDDGTLLYTMRLTVQAECPMHLEDFPMDAHSCP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 LKFGSYAYPNSEVVYVWTNGSTKSVVVAEDGSRLNQYHLMGQTVGTENISTSTGEYTIMT
:::::::: .:::.:.:: ... :: :: :::::::: :.::..: :.:..::::::.::
CCDS82 LKFGSYAYTTSEVTYIWTYNASDSVQVAPDGSRLNQYDLLGQSIGKETIKSSTGEYTVMT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 AHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 AHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISAR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KE4 NSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGK----------KA--
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::
CCDS82 NSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKSVVNDKSPSIKAEG
310 320 330 340 350 360
360 370
pF1KE4 -----------LEAAKI----------------------------------KKKREVILN
:..::. .::... .
CCDS82 ITLTYNSVKAILQGAKLIWSKYIAFSWPSLFQEKTLEYLEKWMDCLTFKQSSKKEKASVM
370 380 390 400 410 420
380 390 400 410 420
pF1KE4 KSTNAFTTGKMSHPPNIPKEQ--TPAGTSNTTSVSVKPSEEKTSESKKTYNSISKIDKMS
..::.... .. ::. :. . . : :: : :.: .:.:::.::.::::.::
CCDS82 IQNNAYAVAVANYAPNLSKDPVLSTISKSATTPEPNKKPENKPAEAKKTFNSVSKIDRMS
430 440 450 460 470 480
430 440 450 460
pF1KE4 RIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVIKGAASPK
::::::
CCDS82 RIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVLGVSP
490 500 510
>>CCDS4356.1 GABRA6 gene_id:2559|Hs108|chr5 (453 aa)
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Smith-Waterman score: 1680; 57.8% identity (80.9% similar) in 455 aa overlap (11-452:1-444)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MDNGMFSGFIMIKNLLLFCISMNLSSHFGFSQMPTSSVKDETNDNITIFTRILDGLLDGY
: ..: .:: . : . .: .. . . . ..:.. ::::.::.::
CCDS43 MASSLPWLCIILWLENALG--KLEVEG--NFYSENVS---RILDNLLEGY
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 DNRLRPGLGERITQVRTDIYVTSFGPVSDTEMEYTIDVFFRQSWKDERLRFKGPMQRLPL
:::::::.: .:.:.:::::::::::::.:::::.::::::.: ::::.: :: . : :
CCDS43 DNRLRPGFGGAVTEVKTDIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWTDERLKFGGPTEILSL
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 NNLLASKIWTPDTFFHNGKKSIAHNMTTPNKLLRLEDDGTLLYTMRLTISAECPMQLEDF
:::..::::::::::.::::::::::::::::.:. ..::.::::::::.:.:::.: .:
CCDS43 NNLMVSKIWTPDTFFRNGKKSIAHNMTTPNKLFRIMQNGTILYTMRLTINADCPMRLVNF
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 PMDAHACPLKFGSYAYPNSEVVYVWTNGSTKSVVVAEDGSRLNQYHLMGQTVGTENISTS
:::.:::::::::::::.::..:.: .: :: : :..: : :: :.::::..:.:...
CCDS43 PMDGHACPLKFGSYAYPKSEIIYTWKKGPLYSVEVPEESSSLLQYDLIGQTVSSETIKSN
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 TGEYTIMTAHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTM
::::.:::..:::.::.:::.:: : ::::::::::::::.:.::::::::::.::::::
CCDS43 TGEYVIMTVYFHLQRKMGYFMIQIYTPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTM
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 TTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKKALEAA
::::::::.:::::.::::::::::::.:::::::::::.:::::. . .:: . :
CCDS43 TTLSISARHSLPKVSYATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTN----LQTQKAKRKA
290 300 310 320 330
370 380 390 400 410
pF1KE4 KIKKKREVILNKSTNAFTTGKMSHPPN-------IPKEQTPAGTSNTTS--VSVKPSEEK
.. : ..:.:. . . . :: . : . . : .:. .. .. : ..
CCDS43 QFAAPPTVTISKATEPLEAEIVLHPDSKYHLKKRITSLSLPIVSSSEANKVLTRAPILQS
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460
pF1KE4 TSES----KKTYNSISKIDKMSRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVIKGAASPK
: . . .... ::::..:::.::: :. ::::::..::...
CCDS43 TPVTPPPLSPAFGGTSKIDQYSRILFPVAFAGFNLVYWVVYLSKDTMEVSSSVE
400 410 420 430 440 450
>>CCDS3473.1 GABRA4 gene_id:2557|Hs108|chr4 (554 aa)
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Smith-Waterman score: 1575; 59.7% identity (81.5% similar) in 417 aa overlap (15-415:21-427)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MDNGMFSGFIMIKNLLLFCISMNLSSHFGFSQMPTSSVKDET--NDNITIFTRI
: ..:... :. : .: :.: ..: ::::
CCDS34 MVSAKKVPAIALSAGVSFALLRFLCLAVCLNESPGQNQ------KEEKLCTEN---FTRI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 LDGLLDGYDNRLRPGLGERITQVRTDIYVTSFGPVSDTEMEYTIDVFFRQSWKDERLRFK
::.::::::::::::.: .:.:.:::::::::::::.:::::.::::::.: :.::..
CCDS34 LDSLLDGYDNRLRPGFGGPVTEVKTDIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWIDKRLKYD
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 GPMQRLPLNNLLASKIWTPDTFFHNGKKSIAHNMTTPNKLLRLEDDGTLLYTMRLTISAE
::.. : :::....:.:::::::.:::::..::::.::::.:. .::.:::::::::::
CCDS34 GPIEILRLNNMMVTKVWTPDTFFRNGKKSVSHNMTAPNKLFRIMRNGTILYTMRLTISAE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 CPMQLEDFPMDAHACPLKFGSYAYPNSEVVYVWTNGSTKSVVVAEDGSRLNQYHLMGQTV
:::.: :::::.:::::::::::::.::..:.::.: ::: : ...: : :: :.::::
CCDS34 CPMRLVDFPMDGHACPLKFGSYAYPKSEMIYTWTKGPEKSVEVPKESSSLVQYDLIGQTV
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 GTENISTSTGEYTIMTAHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVF
..:.:.. :::: .::..:::.::.:::.::::.::::::::::::::.:.:::::::::
CCDS34 SSETIKSITGEYIVMTVYFHLRRKMGYFMIQTYIPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVF
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 GVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWD
:.::::::::::::::.:::::.::::::::::::.:::::::::::.:::::.
CCDS34 GITTVLTMTTLSISARHSLPKVSYATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNIQMEKA
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390
pF1KE4 GKKA------LEAAKIKKKR--EVILNKSTNAFT-----TGKMSHPPNIPKEQTPAGT-S
.:. . :: ..... :. : ..::: :. . : . ..: .:. :
CCDS34 KRKTSKPPQEVPAAPVQREKHPEAPL-QNTNANLNMRKRTNALVHSESDVGNRTEVGNHS
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KE4 NTTSVSVKPSEEKTSESKKTYNSISKIDKMSRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVIKGA
. .:. :. : . : .:
CCDS34 SKSSTVVQESSKGTPRSYLASSPNPFSRANAAETISAARALPSASPTSIRTGYMPRKASV
420 430 440 450 460 470
>>CCDS3470.1 GABRG1 gene_id:2565|Hs108|chr4 (465 aa)
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Smith-Waterman score: 1250; 49.4% identity (74.5% similar) in 411 aa overlap (50-449:65-463)
20 30 40 50 60 70
pF1KE4 ISMNLSSHFGFSQMPTSSVKDETNDNITIFTRILDGLLDGYDNRLRPGLGERITQVRTDI
:.::..::.::::.::: .: : : ..::.
CCDS34 CVDKADDEDDEDLTVNKTWVLAPKIHEGDITQILNSLLQGYDNKLRPDIGVRPTVIETDV
40 50 60 70 80 90
80 90 100 110 120 130
pF1KE4 YVTSFGPVSDTEMEYTIDVFFRQSWKDERLRFKGPMQRLPLNNLLASKIWTPDTFFHNGK
::.:.:::. .::::::..: :.: : ::.:.. :. : ::. ...::: :::::.:..
CCDS34 YVNSIGPVDPINMEYTIDIIFAQTWFDSRLKFNSTMKVLMLNSNMVGKIWIPDTFFRNSR
100 110 120 130 140 150
140 150 160 170 180 190
pF1KE4 KSIAHNMTTPNKLLRLEDDGTLLYTMRLTISAECPMQLEDFPMDAHACPLKFGSYAYPNS
:: :: .::::.:::. .:: .:::.::::.::: .::..:::: :.:::.:.::.::..
CCDS34 KSDAHWITTPNRLLRIWNDGRVLYTLRLTINAECYLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPKN
160 170 180 190 200 210
200 210 220 230 240 250
pF1KE4 EVVYVWTNGSTKSVVVAEDGS-RLNQYHLMGQTVGTENISTSTGEYTIMTAHFHLKRKIG
:. : : . :: ::. :: :. ..: .:: : .:.:.::: : :.:..:
CCDS34 EIEYKW---KKPSVEVADPKYWRLYQFAFVGLRNSTEITHTISGDYVIMTIFFDLSRRMG
220 230 240 250 260 270
260 270 280 290 300 310
pF1KE4 YFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYAT
::.::::.:::.::.:: ::::.:...::::: .:.:::::::::: ::.:::::.:.:
CCDS34 YFTIQTYIPCILTVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVT
280 290 300 310 320 330
320 330 340 350 360 370
pF1KE4 AMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKKALEAAKIKKKREVILNKSTNAFT
::: :..::. :::.::.:..:..:::. :: : . :.:.: . : ..
CCDS34 AMDLFVSVCFIFVFAALMEYGTLHYFTS---NQKGKTATKDRKLKNKASM-----TPGLH
340 350 360 370 380
380 390 400 410 420
pF1KE4 TGKMSHPPN---IPKE-----QTPAGTSNTTSVSVKPSEEKTSESK--KTYNSISKIDKM
:. : : .:.: : : .. .: . .:. . . . :.:::..
CCDS34 PGSTLIPMNNISVPQEDDYGYQCLEG-KDCASFFCCFEDCRTGSWREGRIHIRIAKIDSY
390 400 410 420 430 440
430 440 450 460
pF1KE4 SRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVIKGAASPK
::: ::. :. ::::::. ::
CCDS34 SRIFFPTAFALFNLVYWVGYLYL
450 460
>>CCDS4358.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 (467 aa)
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Smith-Waterman score: 1229; 47.0% identity (74.3% similar) in 404 aa overlap (50-449:67-465)
20 30 40 50 60 70
pF1KE4 ISMNLSSHFGFSQMPTSSVKDETNDNITIFTRILDGLLDGYDNRLRPGLGERITQVRTDI
: ::..::.::::.::: .: . : ..::.
CCDS43 FTSQKSDDDYEDYASNKTWVLTPKVPEGDVTVILNNLLEGYDNKLRPDIGVKPTLIHTDM
40 50 60 70 80 90
80 90 100 110 120 130
pF1KE4 YVTSFGPVSDTEMEYTIDVFFRQSWKDERLRFKGPMQRLPLNNLLASKIWTPDTFFHNGK
::.:.:::. .::::::.:: :.: :.::.:.. .. : ::. ...::: :::::.:.:
CCDS43 YVNSIGPVNAINMEYTIDIFFAQTWYDRRLKFNSTIKVLRLNSNMVGKIWIPDTFFRNSK
100 110 120 130 140 150
140 150 160 170 180 190
pF1KE4 KSIAHNMTTPNKLLRLEDDGTLLYTMRLTISAECPMQLEDFPMDAHACPLKFGSYAYPNS
:. :: .::::..::. .:: .:::.::::.::: .::..:::: :.:::.:.::.::
CCDS43 KADAHWITTPNRMLRIWNDGRVLYTLRLTIDAECQLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPRE
160 170 180 190 200 210
200 210 220 230 240 250
pF1KE4 EVVYVWTNGSTKSVVVAEDGS-RLNQYHLMGQTVGTENISTSTGEYTIMTAHFHLKRKIG
:.:: : . .:: :.. : :: :. ..: :: ..:..:.:..:...: :.:..:
CCDS43 EIVYQW---KRSSVEVGDTRSWRLYQFSFVGLRNTTEVVKTTSGDYVVMSVYFDLSRRMG
220 230 240 250 260 270
260 270 280 290 300 310
pF1KE4 YFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYAT
::.::::.:: . :.:: ::::.:...::::: .:.:::::::::: ::.:::::.:.:
CCDS43 YFTIQTYIPCTLIVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVT
280 290 300 310 320 330
320 330 340 350 360 370
pF1KE4 AMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFT---KRGWAWDGKKALEAAKIKKKREVILNKSTN
::: :..::. ::::::.:..:..::. : . : :: : : . . . .:
CCDS43 AMDLFVSVCFIFVFSALVEYGTLHYFVSNRKPSKDKDKKKKNPAPTIDIRPRSATIQMNN
340 350 360 370 380 390
380 390 400 410 420 430
pF1KE4 AFTTGKMSHPPNIPKEQTPAGTSNTTSVSVKPSEEKTSESKKTYNSISKIDKMSRIVFPV
: : . . . : . . . . . . . . :.:.:...:: ::.
CCDS43 A--THLQERDEEYGYECLDGKDCASFFCCFEDCRTGAWRHGRIHIRIAKMDSYARIFFPT
400 410 420 430 440 450
440 450 460
pF1KE4 LFGTFNLVYWATYLNREPVIKGAASPK
: ::::::..::
CCDS43 AFCLFNLVYWVSYLYL
460
>>CCDS4359.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 (475 aa)
initn: 1285 init1: 659 opt: 1224 Z-score: 1473.9 bits: 282.0 E(32554): 8.9e-76
Smith-Waterman score: 1224; 46.4% identity (75.2% similar) in 412 aa overlap (50-449:67-473)
20 30 40 50 60 70
pF1KE4 ISMNLSSHFGFSQMPTSSVKDETNDNITIFTRILDGLLDGYDNRLRPGLGERITQVRTDI
: ::..::.::::.::: .: . : ..::.
CCDS43 FTSQKSDDDYEDYASNKTWVLTPKVPEGDVTVILNNLLEGYDNKLRPDIGVKPTLIHTDM
40 50 60 70 80 90
80 90 100 110 120 130
pF1KE4 YVTSFGPVSDTEMEYTIDVFFRQSWKDERLRFKGPMQRLPLNNLLASKIWTPDTFFHNGK
::.:.:::. .::::::.:: :.: :.::.:.. .. : ::. ...::: :::::.:.:
CCDS43 YVNSIGPVNAINMEYTIDIFFAQTWYDRRLKFNSTIKVLRLNSNMVGKIWIPDTFFRNSK
100 110 120 130 140 150
140 150 160 170 180 190
pF1KE4 KSIAHNMTTPNKLLRLEDDGTLLYTMRLTISAECPMQLEDFPMDAHACPLKFGSYAYPNS
:. :: .::::..::. .:: .:::.::::.::: .::..:::: :.:::.:.::.::
CCDS43 KADAHWITTPNRMLRIWNDGRVLYTLRLTIDAECQLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPRE
160 170 180 190 200 210
200 210 220 230 240 250
pF1KE4 EVVYVWTNGSTKSVVVAEDGS-RLNQYHLMGQTVGTENISTSTGEYTIMTAHFHLKRKIG
:.:: : . .:: :.. : :: :. ..: :: ..:..:.:..:...: :.:..:
CCDS43 EIVYQW---KRSSVEVGDTRSWRLYQFSFVGLRNTTEVVKTTSGDYVVMSVYFDLSRRMG
220 230 240 250 260 270
260 270 280 290 300 310
pF1KE4 YFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYAT
::.::::.:: . :.:: ::::.:...::::: .:.:::::::::: ::.:::::.:.:
CCDS43 YFTIQTYIPCTLIVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVT
280 290 300 310 320 330
320 330 340 350 360 370
pF1KE4 AMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYF-TKRGWAWDGKKALEAAKIKK---KREVILNKST
::: :..::. ::::::.:..:..:: ..: . : : . .. : .: .
CCDS43 AMDLFVSVCFIFVFSALVEYGTLHYFVSNRKPSKDKDKKKKNPLLRMFSFKAPTIDIRPR
340 350 360 370 380 390
380 390 400 410 420
pF1KE4 NAFTTGKMSHPPNIPKEQTPAGT-----SNTTSVSVKPSEEKTSESK--KTYNSISKIDK
.: : .:.. .. ... : .. .: . .:. . . . :.:.:.
CCDS43 SA--TIQMNNATHLQERDEEYGYECLDGKDCASFFCCFEDCRTGAWRHGRIHIRIAKMDS
400 410 420 430 440 450
430 440 450 460
pF1KE4 MSRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVIKGAASPK
..:: ::. : ::::::..::
CCDS43 YARIFFPTAFCLFNLVYWVSYLYL
460 470
462 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 01:04:27 2016 done: Sun Nov 6 01:04:27 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]