Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4442
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4442, 459 aa
1>>>pF1KE4442 459 - 459 aa - 459 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.2681+/-0.000816; mu= 5.5073+/- 0.049
mean_var=203.1600+/-40.061, 0's: 0 Z-trim(115.1): 29 B-trim: 2 in 1/51
Lambda= 0.089982
statistics sampled from 15607 (15632) to 15607 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.801), E-opt: 0.2 (0.48), width: 16
Scan time: 3.620
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6585.1 CA9 gene_id:768|Hs108|chr9 ( 459) 3145 420.6 1.7e-117
CCDS947.1 CA14 gene_id:23632|Hs108|chr1 ( 337) 725 106.3 5.1e-23
CCDS10185.1 CA12 gene_id:771|Hs108|chr15 ( 354) 692 102.0 1e-21
CCDS30578.1 CA6 gene_id:765|Hs108|chr1 ( 308) 666 98.6 9.6e-21
CCDS57970.1 CA6 gene_id:765|Hs108|chr1 ( 313) 666 98.6 9.7e-21
CCDS10186.1 CA12 gene_id:771|Hs108|chr15 ( 343) 650 96.6 4.4e-20
CCDS10821.1 CA7 gene_id:766|Hs108|chr16 ( 264) 547 83.1 3.8e-16
CCDS57971.1 CA6 gene_id:765|Hs108|chr1 ( 248) 530 80.9 1.7e-15
CCDS6239.1 CA2 gene_id:760|Hs108|chr8 ( 260) 500 77.0 2.6e-14
CCDS6236.1 CA13 gene_id:377677|Hs108|chr8 ( 262) 494 76.2 4.5e-14
CCDS6237.1 CA1 gene_id:759|Hs108|chr8 ( 261) 483 74.8 1.2e-13
CCDS76767.1 CA12 gene_id:771|Hs108|chr15 ( 283) 482 74.7 1.4e-13
CCDS6174.1 CA8 gene_id:767|Hs108|chr8 ( 290) 475 73.8 2.7e-13
CCDS6238.1 CA3 gene_id:761|Hs108|chr8 ( 260) 456 71.3 1.4e-12
CCDS14171.1 CA5B gene_id:11238|Hs108|chrX ( 317) 457 71.5 1.4e-12
CCDS42173.1 CA7 gene_id:766|Hs108|chr16 ( 208) 453 70.8 1.5e-12
CCDS10965.1 CA5A gene_id:763|Hs108|chr16 ( 305) 441 69.4 5.9e-12
CCDS2895.1 PTPRG gene_id:5793|Hs108|chr3 (1445) 451 71.3 7.7e-12
>>CCDS6585.1 CA9 gene_id:768|Hs108|chr9 (459 aa)
initn: 3145 init1: 3145 opt: 3145 Z-score: 2222.8 bits: 420.6 E(32554): 1.7e-117
Smith-Waterman score: 3145; 99.8% identity (100.0% similar) in 459 aa overlap (1-459:1-459)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MAPLCPSPWLPLLIPAPAPGLTVQLLLSLLLLMPVHPQRLPRMQEDSPLGGGSSGEDDPL
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CCDS65 MAPLCPSPWLPLLIPAPAPGLTVQLLLSLLLLVPVHPQRLPRMQEDSPLGGGSSGEDDPL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 GEEDLPSEEDSPREEDPPGEEDLPGEEDLPGEEDLPEVKPKSEEEGSLKLEDLPTVEAPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 GEEDLPSEEDSPREEDPPGEEDLPGEEDLPGEEDLPEVKPKSEEEGSLKLEDLPTVEAPG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 DPQEPQNNAHRDKEGDDQSHWRYGGDPPWPRVSPACAGRFQSPVDIRPQLAAFCPALRPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 DPQEPQNNAHRDKEGDDQSHWRYGGDPPWPRVSPACAGRFQSPVDIRPQLAAFCPALRPL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 ELLGFQLPPLPELRLRNNGHSVQLTLPPGLEMALGPGREYRALQLHLHWGAAGRPGSEHT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 ELLGFQLPPLPELRLRNNGHSVQLTLPPGLEMALGPGREYRALQLHLHWGAAGRPGSEHT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 VEGHRFPAEIHVVHLSTAFARVDEALGRPGGLAVLAAFLEEGPEENSAYEQLLSRLEEIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 VEGHRFPAEIHVVHLSTAFARVDEALGRPGGLAVLAAFLEEGPEENSAYEQLLSRLEEIA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 EEGSETQVPGLDISALLPSDFSRYFQYEGSLTTPPCAQGVIWTVFNQTVMLSAKQLHTLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 EEGSETQVPGLDISALLPSDFSRYFQYEGSLTTPPCAQGVIWTVFNQTVMLSAKQLHTLS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 DTLWGPGDSRLQLNFRATQPLNGRVIEASFPAGVDSSPRAAEPVQLNSCLAAGDILALVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 DTLWGPGDSRLQLNFRATQPLNGRVIEASFPAGVDSSPRAAEPVQLNSCLAAGDILALVF
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KE4 GLLFAVTSVAFLVQMRRQHRRGTKGGVSYRPAEVAETGA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 GLLFAVTSVAFLVQMRRQHRRGTKGGVSYRPAEVAETGA
430 440 450
>>CCDS947.1 CA14 gene_id:23632|Hs108|chr1 (337 aa)
initn: 696 init1: 314 opt: 725 Z-score: 526.7 bits: 106.3 E(32554): 5.1e-23
Smith-Waterman score: 729; 39.4% identity (66.4% similar) in 330 aa overlap (136-453:17-332)
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 GSLKLEDLPTVEAPGDPQEPQNNAHRDKEGDDQSHWRY-G--GDPPWPRVSPACAGRFQS
: .:: : : :. :: : :.. ::
CCDS94 MLFSALLLEVIWILAADGGQHWTYEGPHGQDHWPASYPECGNNAQS
10 20 30 40
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 PVDIRPQLAAFCPALRPLELLGFQLPPLPELRLRNNGHSVQLTLPPGLEMALGPGREYRA
:.::. . ..: : : :. :.. : : :.::::.:::.:: : .. : :.: :
CCDS94 PIDIQTDSVTFDPDLPALQPHGYDQPGTEPLDLHNNGHTVQLSLPSTLYLG-GLPRKYVA
50 60 70 80 90 100
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 LQLHLHWGAAGRPG-SEHTVEGHRFPAEIHVVHL-STAFARVDEALGRPGGLAVLAAFLE
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CCDS94 AQLHLHWGQKGSPGGSEHQINSEATFAELHIVHYDSDSYDSLSEAAERPQGLAVLGILIE
110 120 130 140 150 160
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 EGPEENSAYEQLLSRLEEIAEEGSETQVPGLDISALLPSDFSRYFQYEGSLTTPPCAQGV
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CCDS94 VGETKNIAYEHILSHLHEVRHKDQKTSVPPFNLRELLPKQLGQYFRYNGSLTTPPCYQSV
170 180 190 200 210 220
350 360 370 380 390
pF1KE4 IWTVFNQTVMLSAKQLHTLSDTLWGPGD--SRLQL-NFRATQPLNGRVIEASFPAGVDSS
.:::: . ..: .::. :. ::.. . :.: . :.:: :::: :.. :::
CCDS94 LWTVFYRRSQISMEQLEKLQGTLFSTEEEPSKLLVQNYRALQPLNQRMVFASF-------
230 240 250 260 270
400 410 420 430 440 450
pF1KE4 PRAAEPVQLNSCLAAGDILALVFGLLFA----VTSVAFLVQMRRQHRRGTKGGVSYRPAE
.: .: ..:..:.: :.: . . .: :... :..: .. .: . :.
CCDS94 ------IQAGSSYTTGEMLSLGVGILVGCLCLLLAVYFIARKIRKKRLENRKSVVFTSAQ
280 290 300 310 320 330
pF1KE4 VAETGA
CCDS94 ATTEA
>>CCDS10185.1 CA12 gene_id:771|Hs108|chr15 (354 aa)
initn: 510 init1: 444 opt: 692 Z-score: 503.3 bits: 102.0 E(32554): 1e-21
Smith-Waterman score: 692; 36.7% identity (63.6% similar) in 338 aa overlap (139-459:30-352)
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 KLEDLPTVEAPGDPQEPQNNAHRDKEGDDQSHWRY---GGDPPWPRVSPACAGRFQSPVD
:.: : :. : . :.:.: .:::.:
CCDS10 MPRRSLHAAAVLLLVILKEQPSSPAPVNGSKWTYFGPDGENSWSKKYPSCGGLLQSPID
10 20 30 40 50
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 IRPQLAAFCPALRPLELLGFQLPPLPELRLRNNGHSVQLTLPPGLEMALGPGREYRALQL
.. .. . .: :::. :..: .. : ::::::.:.:: ... : .: : ::
CCDS10 LHSDILQYDASLTPLEFQGYNLSANKQFLLTNNGHSVKLNLPSDMHIQ-GLQSRYSATQL
60 70 80 90 100 110
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 HLHWGAAGRP-GSEHTVEGHRFPAEIHVVHL-STAFARVDEALGRPGGLAVLAAFLEEGP
::::: . : :::::: :..: ::.:.:: : . .. : .. ::::::...: :
CCDS10 HLHWGNPNDPHGSEHTVSGQHFAAELHIVHYNSDLYPDASTASNKSEGLAVLAVLIEMGS
120 130 140 150 160 170
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 EENSAYEQLLSRLEEIAEEGSETQVPGLDISALLPSDFSRYFQYEGSLTTPPCAQGVIWT
: .:....:.:... .:.:. :::..: ::: ..:..:.:::::::: :.::
CCDS10 F-NPSYDKIFSHLQHVKYKGQEAFVPGFNIEELLPERTAEYYRYRGSLTTPPCNPTVLWT
180 190 200 210 220 230
350 360 370 380 390
pF1KE4 VFNQTVMLSAKQLHTLSDTLW-----GPGDSRLQLNFRATQPLNGRVIEASFPAGVDSSP
:: . :..: .:: .: .:. :. .. ::: .: .. :.. .::
CCDS10 VFRNPVQISQEQLLALETALYCTHMDDPSPREMINNFRQVQKFDERLVYTSFS-------
240 250 260 270 280 290
400 410 420 430 440 450
pF1KE4 RAAEPVQLNSCLAAGDILALVFGLLFA-------VTSVAFLVQMRRQHRRGTKGGVSYRP
:.. : ::: :.....: .: :. :.. . :.. ..: . :: :.:
CCDS10 ------QVQVCTAAGLSLGIILSLALAGILGICIVVVVSIWLFRRKSIKKGDNKGVIYKP
300 310 320 330 340
pF1KE4 AEVAETGA
: :: :
CCDS10 ATKMETEAHA
350
>>CCDS30578.1 CA6 gene_id:765|Hs108|chr1 (308 aa)
initn: 684 init1: 291 opt: 666 Z-score: 485.9 bits: 98.6 E(32554): 9.6e-21
Smith-Waterman score: 666; 39.6% identity (68.1% similar) in 260 aa overlap (139-391:21-279)
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 KLEDLPTVEAPGDPQEPQNNAHRDKEGDDQSHWRYG----GDPPWPRVSPACAGRFQSPV
: : :. . ::. :::.:. :::.
CCDS30 MRALVLLLSLFLLGGQAQHVSDWTYSEGALDEAHWPQHYPACGGQRQSPI
10 20 30 40 50
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 DIRPQLAAFCPALRPLELLGFQLPPLPELRLRNNGHSVQLTLPPGLEMALGPGREYRALQ
... . . :.:. :.. :.. :. . ::::.::..:: ..:... : : : :
CCDS30 NLQRTKVRYNPSLKGLNMTGYETQA-GEFPMVNNGHTVQISLPSTMRMTVADGTVYIAQQ
60 70 80 90 100
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 LHLHWGAAGRP--GSEHTVEGHRFPAEIHVVHLSTAFARVDEALGRPGGLAVLAAFLE-E
.:.:::.:. ::::::.: : :::.:: .. . : : : ::::::::.: .
CCDS30 MHFHWGGASSEISGSEHTVDGIRHVIEIHIVHYNSKYKSYDIAQDAPDGLAVLAAFVEVK
110 120 130 140 150 160
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 GPEENSAYEQLLSRLEEIAEEGSETQVPGLDISALLPSDFSRYFQYEGSLTTPPCAQGVI
. ::. : ...:.: .: :..: . :::.. .:: ....:. :.::::::::...:
CCDS30 NYPENTYYSNFISHLANIKYPGQRTTLTGLDVQDMLPRNLQHYYTYHGSLTTPPCTENVH
170 180 190 200 210 220
350 360 370 380 390 400
pF1KE4 WTVFNQTVMLSAKQLHTLSDTLWGPGDSRLQLNFRATQPLNGRVIEASFPAGVDSSPRAA
: :. . : :: :. : ..: .. .. ..: ::::: ::.:..::
CCDS30 WFVLADFVKLSRTQVWKLENSLLDHRNKTIHNDYRRTQPLNHRVVESNFPNQEYTLGSEF
230 240 250 260 270 280
410 420 430 440 450
pF1KE4 EPVQLNSCLAAGDILALVFGLLFAVTSVAFLVQMRRQHRRGTKGGVSYRPAEVAETGA
CCDS30 QFYLHKIEEILDYLRRALN
290 300
>>CCDS57970.1 CA6 gene_id:765|Hs108|chr1 (313 aa)
initn: 684 init1: 291 opt: 666 Z-score: 485.8 bits: 98.6 E(32554): 9.7e-21
Smith-Waterman score: 673; 37.6% identity (65.8% similar) in 295 aa overlap (139-417:21-313)
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 KLEDLPTVEAPGDPQEPQNNAHRDKEGDDQSHWRYG----GDPPWPRVSPACAGRFQSPV
: : :. . ::. :::.:. :::.
CCDS57 MRALVLLLSLFLLGGQAQHVSDWTYSEGALDEAHWPQHYPACGGQRQSPI
10 20 30 40 50
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 DIRPQLAAFCPALRPLELLGFQLPPLPELRLRNNGHSVQLTLPPGLEMALGPGREYRALQ
... . . :.:. :.. :.. :. . ::::.::..:: ..:... : : : :
CCDS57 NLQRTKVRYNPSLKGLNMTGYETQA-GEFPMVNNGHTVQISLPSTMRMTVADGTVYIAQQ
60 70 80 90 100
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 LHLHWGAAGRP--GSEHTVEGHRFPAEIHVVHLSTAFARVDEALGRPGGLAVLAAFLE-E
.:.:::.:. ::::::.: : :::.:: .. . : : : ::::::::.: .
CCDS57 MHFHWGGASSEISGSEHTVDGIRHVIEIHIVHYNSKYKSYDIAQDAPDGLAVLAAFVEVK
110 120 130 140 150 160
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 GPEENSAYEQLLSRLEEIAEEGSETQVPGLDISALLPSDFSRYFQYEGSLTTPPCAQGVI
. ::. : ...:.: .: :..: . :::.. .:: ....:. :.::::::::...:
CCDS57 NYPENTYYSNFISHLANIKYPGQRTTLTGLDVQDMLPRNLQHYYTYHGSLTTPPCTENVH
170 180 190 200 210 220
350 360 370 380 390
pF1KE4 WTVFNQTVMLSAKQLHTLSDTLWGPGDSRLQLNFRATQPLNGRVIEASFPA---------
: :. . : :: :. : ..: .. .. ..: ::::: ::.:..::
CCDS57 WFVLADFVKLSRTQVWKLENSLLDHRNKTIHNDYRRTQPLNHRVVESNFPNQGKGHGGHR
230 240 250 260 270 280
400 410 420 430 440 450
pF1KE4 GVDSSPRAAEPVQLNSCLAAGDILALVFGLLFAVTSVAFLVQMRRQHRRGTKGGVSYRPA
: ...::. .:.. :: :.. :
CCDS57 GRSQNPRV-QPTSTRHPLALGSLEA
290 300 310
>>CCDS10186.1 CA12 gene_id:771|Hs108|chr15 (343 aa)
initn: 576 init1: 414 opt: 650 Z-score: 474.0 bits: 96.6 E(32554): 4.4e-20
Smith-Waterman score: 680; 37.2% identity (63.7% similar) in 331 aa overlap (139-459:30-341)
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 KLEDLPTVEAPGDPQEPQNNAHRDKEGDDQSHWRY---GGDPPWPRVSPACAGRFQSPVD
:.: : :. : . :.:.: .:::.:
CCDS10 MPRRSLHAAAVLLLVILKEQPSSPAPVNGSKWTYFGPDGENSWSKKYPSCGGLLQSPID
10 20 30 40 50
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 IRPQLAAFCPALRPLELLGFQLPPLPELRLRNNGHSVQLTLPPGLEMALGPGREYRALQL
.. .. . .: :::. :..: .. : ::::::.:.:: ... : .: : ::
CCDS10 LHSDILQYDASLTPLEFQGYNLSANKQFLLTNNGHSVKLNLPSDMHIQ-GLQSRYSATQL
60 70 80 90 100 110
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 HLHWGAAGRP-GSEHTVEGHRFPAEIHVVHL-STAFARVDEALGRPGGLAVLAAFLEEGP
::::: . : :::::: :..: ::.:.:: : . .. : .. ::::::...: :
CCDS10 HLHWGNPNDPHGSEHTVSGQHFAAELHIVHYNSDLYPDASTASNKSEGLAVLAVLIEMGS
120 130 140 150 160 170
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 EENSAYEQLLSRLEEIAEEGSETQVPGLDISALLPSDFSRYFQYEGSLTTPPCAQGVIWT
: .:....:.:... .:.:. :::..: ::: ..:..:.:::::::: :.::
CCDS10 F-NPSYDKIFSHLQHVKYKGQEAFVPGFNIEELLPERTAEYYRYRGSLTTPPCNPTVLWT
180 190 200 210 220 230
350 360 370 380 390
pF1KE4 VFNQTVMLSAKQLHTLSDTLW-----GPGDSRLQLNFRATQPLNGRVIEASFPAGVDSSP
:: . :..: .:: .: .:. :. .. ::: .: .. :.. .:: :. :
CCDS10 VFRNPVQISQEQLLALETALYCTHMDDPSPREMINNFRQVQKFDERLVYTSFSQGIILS-
240 250 260 270 280 290
400 410 420 430 440 450
pF1KE4 RAAEPVQLNSCLAAGDILALVFGLLFAVTSVAFLVQMRRQHRRGTKGGVSYRPAEVAETG
:: :: ..:. ..:. .: . :.. ..: . :: :.:: ::
CCDS10 -----------LA----LAGILGICIVVVVSIWLFR-RKSIKKGDNKGVIYKPATKMETE
300 310 320 330 340
pF1KE4 A
:
CCDS10 AHA
>>CCDS10821.1 CA7 gene_id:766|Hs108|chr16 (264 aa)
initn: 506 init1: 169 opt: 547 Z-score: 403.3 bits: 83.1 E(32554): 3.8e-16
Smith-Waterman score: 547; 37.3% identity (64.3% similar) in 263 aa overlap (141-392:7-264)
120 130 140 150 160
pF1KE4 EDLPTVEAPGDPQEPQNNAHRDKEGDDQSHWRYGGDP-P--WPRVSPACAGRFQSPVDIR
: :: : : : .. : : :::..:
CCDS10 MTGHHGWGYGQDDGPSHWHKLYPIAQGDRQSPINII
10 20 30
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 PQLAAFCPALRPLELLGFQLPPLPELRLRNNGHSVQLTLPPGLEMAL---GPGR-EYRAL
. :.. :.:.:::: . : . :::::::. . . . .. :: . ::
CCDS10 SSQAVYSPSLQPLEL---SYEACMSLSITNNGHSVQVDFNDSDDRTVVTGGPLEGPYRLK
40 50 60 70 80 90
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 QLHLHWGAAGRPGSEHTVEGHRFPAEIHVVHLSTA-FARVDEALGRPGGLAVLAAFLEEG
:.:.::: ::::::.:. ::.:.:.:: .. .. :: . : ::::...::: :
CCDS10 QFHFHWGKKHDVGSEHTVDGKSFPSELHLVHWNAKKYSTFGEAASAPDGLAVVGVFLETG
100 110 120 130 140 150
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 PEENSAYEQLLSRLEEIAEEGSETQVPGLDISALLPSDFSRYFQYEGSLTTPPCAQGVIW
.:. ....: . : . .:...: .. . :::.. .:. : ::::::: ...: :
CCDS10 -DEHPSMNRLTDALYMVRFKGTKAQFSCFNPKCLLPAS-RHYWTYPGSLTTPPLSESVTW
160 170 180 190 200 210
350 360 370 380 390
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CCDS62 MSRLSWGYREHNGPIHWKEFFPIADGDQQSPIEIK
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]