Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4441
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4441, 458 aa
1>>>pF1KE4441 458 - 458 aa - 458 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1347+/-0.00103; mu= 18.8675+/- 0.062
mean_var=68.1654+/-13.650, 0's: 0 Z-trim(103.4): 81 B-trim: 41 in 1/47
Lambda= 0.155343
statistics sampled from 7332 (7415) to 7332 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.594), E-opt: 0.2 (0.228), width: 16
Scan time: 1.950
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8 ( 458) 3044 691.6 4.5e-199
CCDS10304.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15 ( 468) 1809 414.8 9.5e-116
CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 529) 1423 328.3 1.2e-89
CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20 ( 627) 1399 323.0 5.5e-88
CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 494) 1303 301.4 1.4e-81
CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 489) 1291 298.7 8.7e-81
CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 505) 1291 298.7 8.9e-81
CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 457) 1265 292.9 4.7e-79
CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 514) 1254 290.4 2.8e-78
CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 ( 498) 1190 276.1 5.8e-74
CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1 ( 502) 1157 268.7 9.8e-72
CCDS56536.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 479) 1132 263.1 4.6e-70
CCDS33331.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 482) 1106 257.3 2.6e-68
CCDS7745.1 CHRNA10 gene_id:57053|Hs108|chr11 ( 450) 967 226.1 5.9e-59
CCDS10027.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 ( 502) 949 222.1 1.1e-57
CCDS53924.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 ( 531) 949 222.1 1.1e-57
CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4 ( 479) 884 207.5 2.5e-53
CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 484) 734 173.9 3.3e-43
CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 463) 726 172.1 1.1e-42
CCDS32184.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15 ( 412) 640 152.8 6.3e-37
CCDS8366.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 516) 622 148.8 1.2e-35
CCDS8364.1 HTR3B gene_id:9177|Hs108|chr11 ( 441) 605 144.9 1.5e-34
CCDS58868.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 456) 598 143.4 4.7e-34
CCDS3251.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 471) 598 143.4 4.8e-34
CCDS76786.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15 ( 160) 590 141.3 7e-34
CCDS11106.1 CHRNB1 gene_id:1140|Hs108|chr17 ( 501) 565 136.0 8.5e-32
CCDS33400.1 CHRNG gene_id:1146|Hs108|chr2 ( 517) 558 134.5 2.6e-31
CCDS58754.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 ( 502) 552 133.1 6.4e-31
CCDS2494.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 ( 517) 546 131.8 1.7e-30
CCDS3250.1 HTR3C gene_id:170572|Hs108|chr3 ( 447) 543 131.1 2.4e-30
CCDS58869.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 441) 514 124.5 2.1e-28
CCDS58870.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 456) 514 124.6 2.2e-28
CCDS11058.1 CHRNE gene_id:1145|Hs108|chr17 ( 493) 504 122.3 1.1e-27
CCDS58871.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 482) 421 103.7 4.3e-22
CCDS42008.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15 ( 321) 412 101.6 1.2e-21
CCDS4375.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5 ( 440) 333 84.0 3.4e-16
CCDS58392.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 ( 231) 315 79.8 3.4e-15
CCDS75368.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5 ( 289) 302 76.9 3e-14
CCDS10019.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 289 74.1 3.4e-13
CCDS4354.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 474) 288 73.9 4e-13
CCDS4355.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 512) 287 73.7 4.9e-13
CCDS3474.1 GABRB1 gene_id:2560|Hs108|chr4 ( 474) 284 73.0 7.4e-13
CCDS10018.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 283 72.8 8.6e-13
CCDS3796.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 497) 283 72.8 8.9e-13
CCDS54617.1 GABRR3 gene_id:200959|Hs108|chr3 ( 467) 280 72.1 1.4e-12
CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 451) 274 70.8 3.3e-12
CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 511) 274 70.8 3.7e-12
CCDS54813.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 303) 269 69.5 5.3e-12
CCDS36.1 GABRD gene_id:2563|Hs108|chr1 ( 452) 264 68.5 1.6e-11
CCDS3822.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4 ( 464) 263 68.3 1.9e-11
>>CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8 (458 aa)
initn: 3044 init1: 3044 opt: 3044 Z-score: 3687.5 bits: 691.6 E(32554): 4.5e-199
Smith-Waterman score: 3044; 100.0% identity (100.0% similar) in 458 aa overlap (1-458:1-458)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MLPDFMLVLIVLGIPSSATTGFNSIAENEDALLRHLFQGYQKWVRPVLHSNDTIKVYFGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 MLPDFMLVLIVLGIPSSATTGFNSIAENEDALLRHLFQGYQKWVRPVLHSNDTIKVYFGL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 KISQLVDVDEKNQLMTTNVWLKQEWTDHKLRWNPDDYGGIHSIKVPSESLWLPDIVLFEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 KISQLVDVDEKNQLMTTNVWLKQEWTDHKLRWNPDDYGGIHSIKVPSESLWLPDIVLFEN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 ADGRFEGSLMTKVIVKSNGTVVWTPPASYKSSCTMDVTFFPFDRQNCSMKFGSWTYDGTM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 ADGRFEGSLMTKVIVKSNGTVVWTPPASYKSSCTMDVTFFPFDRQNCSMKFGSWTYDGTM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 VDLILINENVDRKDFFDNGEWEILNAKGMKGNRRDGVYSYPFITYSFVLRRLPLFYTLFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 VDLILINENVDRKDFFDNGEWEILNAKGMKGNRRDGVYSYPFITYSFVLRRLPLFYTLFL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 IIPCLGLSFLTVLVFYLPSDEGEKLSLSTSVLVSLTVFLLVIEEIIPSSSKVIPLIGEYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 IIPCLGLSFLTVLVFYLPSDEGEKLSLSTSVLVSLTVFLLVIEEIIPSSSKVIPLIGEYL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 LFIMIFVTLSIIVTVFVINVHHRSSSTYHPMAPWVKRLFLQKLPKLLCMKDHVDRYSSPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 LFIMIFVTLSIIVTVFVINVHHRSSSTYHPMAPWVKRLFLQKLPKLLCMKDHVDRYSSPE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 KEESQPVVKGKVLEKKKQKQLSDGEKVLVAFLEKAADSIRYISRHVKKEHFISQVVQDWK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 KEESQPVVKGKVLEKKKQKQLSDGEKVLVAFLEKAADSIRYISRHVKKEHFISQVVQDWK
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KE4 FVAQVLDRIFLWLFLIVSVTGSVLIFTPALKMWLHSYH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 FVAQVLDRIFLWLFLIVSVTGSVLIFTPALKMWLHSYH
430 440 450
>>CCDS10304.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15 (468 aa)
initn: 2051 init1: 1221 opt: 1809 Z-score: 2191.5 bits: 414.8 E(32554): 9.5e-116
Smith-Waterman score: 2029; 67.6% identity (84.7% similar) in 444 aa overlap (13-453:28-454)
10 20 30 40
pF1KE4 MLPDFMLVLIVLGIPSSATTGFN---SIAENEDALLRHLFQGYQK
: ..: :.. :::..::.::. ::: :..
CCDS10 MAARGSGPRALRLLLLVQLVAGRCGLAGAAGGAQRGLSEPSSIAKHEDSLLKDLFQDYER
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE4 WVRPVLHSNDTIKVYFGLKISQLVDVDEKNQLMTTNVWLKQEWTDHKLRWNPDDYGGIHS
::::: : :: ::. ::: :::::::::::::::::::::::: : ::::::::::::.
CCDS10 WVRPVEHLNDKIKIKFGLAISQLVDVDEKNQLMTTNVWLKQEWIDVKLRWNPDDYGGIKV
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 IKVPSESLWLPDIVLFENADGRFEGSLMTKVIVKSNGTVVWTPPASYKSSCTMDVTFFPF
:.:::.:.: ::::::.::::::::. ::.... ::::.:::::.::::::.:::::::
CCDS10 IRVPSDSVWTPDIVLFDNADGRFEGT-STKTVIRYNGTVTWTPPANYKSSCTIDVTFFPF
130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 DRQNCSMKFGSWTYDGTMVDLILINENVDRKDFFDNGEWEILNAKGMKGNRRDGVYSYPF
: ::::::::::::::..::.:: ...::..::::::::::..: : :::: :. ::.
CCDS10 DLQNCSMKFGSWTYDGSQVDIILEDQDVDKRDFFDNGEWEIVSATGSKGNRTDSCCWYPY
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 ITYSFVLRRLPLFYTLFLIIPCLGLSFLTVLVFYLPSDEGEKLSLSTSVLVSLTVFLLVI
.:::::..::::::::::::::.::::::::::::::.::::. : ::::::::::::::
CCDS10 VTYSFVIKRLPLFYTLFLIIPCIGLSFLTVLVFYLPSNEGEKICLCTSVLVSLTVFLLVI
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 EEIIPSSSKVIPLIGEYLLFIMIFVTLSIIVTVFVINVHHRSSSTYHPMAPWVKRLFLQK
::::::::::::::::::.: ::::::::.::::.::.:::::::.. ::: :...::.
CCDS10 EEIIPSSSKVIPLIGEYLVFTMIFVTLSIMVTVFAINIHHRSSSTHNAMAPLVRKIFLHT
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KE4 LPKLLCMKDHVDRYSSPEKEESQPVVKGKVLEKKKQKQLSDGEKVLVAFLEKAADSIRYI
:::::::..::::: . .:::.. ..: : :: : ::::::
CCDS10 LPKLLCMRSHVDRYFT-QKEETES---------------GSGPKSSRNTLEAALDSIRYI
360 370 380 390 400
410 420 430 440 450
pF1KE4 SRHVKKEHFISQVVQDWKFVAQVLDRIFLWLFLIVSVTGSVLIFTPALKMWLHSYH
.::. ::. . .::.::::.::::::.::: ::.::..::. .:.:.. :
CCDS10 TRHIMKENDVREVVEDWKFIAQVLDRMFLWTFLFVSIVGSLGLFVPVIYKWANILIPVHI
410 420 430 440 450 460
CCDS10 GNANK
>>CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 (529 aa)
initn: 1579 init1: 860 opt: 1423 Z-score: 1723.2 bits: 328.3 E(32554): 1.2e-89
Smith-Waterman score: 1558; 52.4% identity (74.0% similar) in 477 aa overlap (15-446:46-520)
10 20 30 40
pF1KE4 MLPDFMLVLIVLGIPSSATTGFNSIAENEDALLRHLFQGYQKWV
:.. : .: .:.:: :..:::.::..:.
CCDS60 LWWLLLTPAGGEEAKRPPPRAPGDPLSSPSPTALPQG-GSHTETEDRLFKHLFRGYNRWA
20 30 40 50 60 70
50 60 70 80 90 100
pF1KE4 RPVLHSNDTIKVYFGLKISQLVDVDEKNQLMTTNVWLKQEWTDHKLRWNPDDYGGIHSIK
::: ...:.. : :::.:.::.:::::::.:::::::::::.:.:::::: :.:.: :..
CCDS60 RPVPNTSDVVIVRFGLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWLKQEWSDYKLRWNPTDFGNITSLR
80 90 100 110 120 130
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 VPSESLWLPDIVLFENADGRFEGSLMTKVIVKSNGTVVWTPPASYKSSCTMDVTFFPFDR
:::: .:.:::::..::::.: . :::. . :.::: :.::: :::::..::::::::.
CCDS60 VPSEMIWIPDIVLYNNADGEFAVTHMTKAHLFSTGTVHWVPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQ
140 150 160 170 180 190
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 QNCSMKFGSWTYDGTMVDLILINENVDRKDFFDNGEWEILNAKGMKGNRRDGVYS--YPF
:::.::::::::: . .:: ....:: ::....::: :.:: : .... . ::
CCDS60 QNCKMKFGSWTYDKAKIDLEQMEQTVDLKDYWESGEWAIVNATGTYNSKKYDCCAEIYPD
200 210 220 230 240 250
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 ITYSFVLRRLPLFYTLFLIIPCLGLSFLTVLVFYLPSDEGEKLSLSTSVLVSLTVFLLVI
.::.::.::::::::. :::::: .: ::::::::::: :::..: :::.:::::::.:
CCDS60 VTYAFVIRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSDCGEKITLCISVLLSLTVFLLLI
260 270 280 290 300 310
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 EEIIPSSSKVIPLIGEYLLFIMIFVTLSIIVTVFVINVHHRSSSTYHPMAPWVKRLFLQK
:::::.: ::::::::::: ::::::::..::::.:::::: :: : : ::. .:
CCDS60 TEIIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPST-HTMPHWVRGALLGC
320 330 340 350 360 370
350 360 370
pF1KE4 LPKLLCMKD--------HVDRYS-SP---------EKEESQPVVK--------GKVLEK-
.:. : :. : : . :: . :: . ::. :.: .
CCDS60 VPRWLLMNRPPPPVELCHPLRLKLSPSYHWLESNVDAEEREVVVEEEDRWACAGHVAPSV
380 390 400 410 420 430
380 390 400 410
pF1KE4 ----------------KKQKQLSDGEKVLVAFLEKAADSIRYISRHVKKEHFISQVVQDW
: . :..:: .: ..:: ....::. :...: :.: .::
CCDS60 GTLCSHGHLHSGASGPKAEALLQEGELLLSPHMQKALEGVHYIADHLRSEDADSSVKEDW
440 450 460 470 480 490
420 430 440 450
pF1KE4 KFVAQVLDRIFLWLFLIVSVTGSVLIFTPALKMWLHSYH
:.::.:.::::::::.:: :.. .:
CCDS60 KYVAMVIDRIFLWLFIIVCFLGTIGLFLPPFLAGMI
500 510 520
>>CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20 (627 aa)
initn: 1472 init1: 801 opt: 1399 Z-score: 1693.1 bits: 323.0 E(32554): 5.5e-88
Smith-Waterman score: 1399; 59.7% identity (81.0% similar) in 352 aa overlap (1-350:11-359)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MLPDFMLVLIVLGIPSSATTGFNSIAENEDALLRHLFQGYQKWVRPVLHS
.:: .:.:. :. :.. .. :. :. ::..::.::.:: ::: .
CCDS13 MELGGPGAPRLLPP-LLLLLGTGL-LRASSHVETRAHAEERLLKKLFSGYNKWSRPVANI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 NDTIKVYFGLKISQLVDVDEKNQLMTTNVWLKQEWTDHKLRWNPDDYGGIHSIKVPSESL
.:.. : :::.:.::.:::::::.::::::.:::: :.::::.: :: .. ::..::: .
CCDS13 SDVVLVRFGLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWVKQEWHDYKLRWDPADYENVTSIRIPSELI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 WLPDIVLFENADGRFEGSLMTKVIVKSNGTVVWTPPASYKSSCTMDVTFFPFDRQNCSMK
: :::::..:::: : . .::. . .: : ::::: :::::..::::::::.:::.::
CCDS13 WRPDIVLYNNADGDFAVTHLTKAHLFHDGRVQWTPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCTMK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KE4 FGSWTYDGTMVDLILINENVDRKDFFDNGEWEILNAKGMKGNRRDGVYS--YPFITYSFV
::::::: . .::. .. ::. ::...::: :..: : ..:. . :: :::.::
CCDS13 FGSWTYDKAKIDLVNMHSRVDQLDFWESGEWVIVDAVGTYNTRKYECCAEIYPDITYAFV
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 LRRLPLFYTLFLIIPCLGLSFLTVLVFYLPSDEGEKLSLSTSVLVSLTVFLLVIEEIIPS
.::::::::. :::::: .: ::::::::::. :::..: :::.:::::::.: :::::
CCDS13 IRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSECGEKITLCISVLLSLTVFLLLITEIIPS
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 SSKVIPLIGEYLLFIMIFVTLSIIVTVFVINVHHRSSSTYHPMAPWVKRLFLQKLPKLLC
.: ::::::::::: ::::::::..::::.:::::: : : : ::.:.::. .:.::
CCDS13 TSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPRT-HTMPTWVRRVFLDIVPRLLL
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KE4 MKDHVDRYSSPEKEESQPVVKGKVLEKKKQKQLSDGEKVLVAFLEKAADSIRYISRHVKK
::
CCDS13 MKRPSVVKDNCRRLIESMHKMASAPRFWPEPEGEPPATSGTQSLHPPSPSFCVPLDVPAE
360 370 380 390 400 410
>>CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 (494 aa)
initn: 1431 init1: 735 opt: 1303 Z-score: 1578.3 bits: 301.4 E(32554): 1.4e-81
Smith-Waterman score: 1403; 47.6% identity (75.0% similar) in 456 aa overlap (29-450:34-487)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MLPDFMLVLIVLGIPSSATTGFNSIAENEDALLRHLFQGYQKWVRPVLHSNDTIKVYF
:. :...::. :....::: . .: . :.:
CCDS61 SKGQGFLHGGLCLWLCVFTPFFKGCVGCATEERLFHKLFSHYNQFIRPVENVSDPVTVHF
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 GLKISQLVDVDEKNQLMTTNVWLKQEWTDHKLRWNPDDYGGIHSIKVPSESLWLPDIVLF
. :.::..::: ::.: ::.::.. :.:.::::.: .: ::....::....: :::::.
CCDS61 EVAITQLANVDEVNQIMETNLWLRHIWNDYKLRWDPMEYDGIETLRVPADKIWKPDIVLY
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 ENADGRFEGSLMTKVIVKSNGTVVWTPPASYKSSCTMDVTFFPFDRQNCSMKFGSWTYDG
.:: : :. ::...: :: ..::::: .:::: ::.::::::.::::.::::::::
CCDS61 NNAVGDFQVEGKTKALLKYNGMITWTPPAIFKSSCPMDITFFPFDHQNCSLKFGSWTYDK
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 TMVDLILINENVDRKDFFDNGEWEILNAKGMKGNRRDGVYS--YPFITYSFVLRRLPLFY
. .::..:. .:: .::..:.::::..:.:.: . . . : ::::: .::::.::
CCDS61 AEIDLLIIGSKVDMNDFWENSEWEIIDASGYKHDIKYNCCEEIYTDITYSFYIRRLPMFY
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 TLFLIIPCLGLSFLTVLVFYLPSDEGEKLSLSTSVLVSLTVFLLVIEEIIPSSSKVIPLI
:. :::::: .::::::::::::: :::..: :::.::::::::: : :::.: :.::.
CCDS61 TINLIIPCLFISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSLVVPLV
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 GEYLLFIMIFVTLSIIVTVFVINVHHRSSSTYHPMAPWVKRLFLQKLPKLLCMKDHVDRY
:::::: ::::::::.:::::.:.:.:. .: : : ::: .::. ::..: :. .:.
CCDS61 GEYLLFTMIFVTLSIVVTVFVLNIHYRTPTT-HTMPRWVKTVFLKLLPQVLLMRWPLDKT
310 320 330 340 350 360
360 370 380
pF1KE4 SS------PEKEESQPVVKGKV------------LEKKKQKQLSDGEKVLV---------
. :. .:. :::. .. .:...:. ... :
CCDS61 RGTGSDAVPRGLARRPA-KGKLASHGEPRHLKECFHCHKSNELATSKRRLSHQPLQWVVE
370 380 390 400 410 420
390 400 410 420 430 440
pF1KE4 -----AFLEKAADSIRYISRHVKKEHFISQVVQDWKFVAQVLDRIFLWLFLIVSVTGSVL
.: . .:...:....:... ..: .:::.::.:.::.:::.:.:: : :..
CCDS61 NSEHSPEVEDVINSVQFIAENMKSHNETKEVEDDWKYVAMVVDRVFLWVFIIVCVFGTAG
430 440 450 460 470 480
450
pF1KE4 IFTPALKMWLHSYH
.: :
CCDS61 LFLQPLLGNTGKS
490
>>CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 (489 aa)
initn: 1300 init1: 722 opt: 1291 Z-score: 1563.8 bits: 298.7 E(32554): 8.7e-81
Smith-Waterman score: 1291; 53.0% identity (77.9% similar) in 366 aa overlap (3-366:15-369)
10 20 30 40
pF1KE4 MLPDFMLVLIVLGIPSSATTGFNSIAENEDALLRHLFQGYQKWVRPVL
: ..:.:.. .: . .. : : :...::. :.. .:::
CCDS53 MGSGPLSLPLALSPPRLLLLLLLSLLPVARAS------EAEHRLFERLFEDYNEIIRPVA
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KE4 HSNDTIKVYFGLKISQLVDVDEKNQLMTTNVWLKQEWTDHKLRWNPDDYGGIHSIKVPSE
. .: . ..: ...:::: ::: ::.: ::.:::: :.:.::.:::.:::: . ..::..
CCDS53 NVSDPVIIHFEVSMSQLVKVDEVNQIMETNLWLKQIWNDYKLKWNPSDYGGAEFMRVPAQ
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 SLWLPDIVLFENADGRFEGSLMTKVIVKSNGTVVWTPPASYKSSCTMDVTFFPFDRQNCS
..: :::::..:: : :. . ::...: .: :.: ::: .:::: .:::.:::: :::.
CCDS53 KIWKPDIVLYNNAVGDFQVDDKTKALLKYTGEVTWIPPAIFKSSCKIDVTYFPFDYQNCT
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 MKFGSWTYDGTMVDLILINENVDRKDFFDNGEWEILNAKGMKGNRRDGVYS--YPFITYS
::::::.:: . .::.::. ... ::....::: :..: :.: . . . :: ::::
CCDS53 MKFGSWSYDKAKIDLVLIGSSMNLKDYWESGEWAIIKAPGYKHDIKYNCCEEIYPDITYS
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 FVLRRLPLFYTLFLIIPCLGLSFLTVLVFYLPSDEGEKLSLSTSVLVSLTVFLLVIEEII
. .::::::::. :::::: .::::::::::::: :::..: :::.::::::::: : :
CCDS53 LYIRRLPLFYTINLIIPCLLISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETI
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 PSSSKVIPLIGEYLLFIMIFVTLSIIVTVFVINVHHRSSSTYHPMAPWVKRLFLQKLPKL
::.: ::::::::::: ::::::::..::::.:::.:. .: : : ::: .::. ::..
CCDS53 PSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHYRTPTT-HTMPSWVKTVFLNLLPRV
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KE4 LCMKDHVDRYSSPEKEESQPVVKGKVLEKKKQKQLSDGEKVLVAFLEKAADSIRYISRHV
. : : .: : . ..:
CCDS53 MFMT----RPTSNEGNAQKPRPLYGAELSNLNCFSRAESKGCKEGYPCQDGMCGYCHHRR
360 370 380 390 400
>>CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 (505 aa)
initn: 1442 init1: 722 opt: 1291 Z-score: 1563.6 bits: 298.7 E(32554): 8.9e-81
Smith-Waterman score: 1380; 45.3% identity (71.7% similar) in 488 aa overlap (3-446:15-495)
10 20 30 40
pF1KE4 MLPDFMLVLIVLGIPSSATTGFNSIAENEDALLRHLFQGYQKWVRPVL
: ..:.:.. .: . .. : : :...::. :.. .:::
CCDS10 MGSGPLSLPLALSPPRLLLLLLLSLLPVARAS------EAEHRLFERLFEDYNEIIRPVA
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KE4 HSNDTIKVYFGLKISQLVDVDEKNQLMTTNVWLKQEWTDHKLRWNPDDYGGIHSIKVPSE
. .: . ..: ...:::: ::: ::.: ::.:::: :.:.::.:::.:::: . ..::..
CCDS10 NVSDPVIIHFEVSMSQLVKVDEVNQIMETNLWLKQIWNDYKLKWNPSDYGGAEFMRVPAQ
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 SLWLPDIVLFENADGRFEGSLMTKVIVKSNGTVVWTPPASYKSSCTMDVTFFPFDRQNCS
..: :::::..:: : :. . ::...: .: :.: ::: .:::: .:::.:::: :::.
CCDS10 KIWKPDIVLYNNAVGDFQVDDKTKALLKYTGEVTWIPPAIFKSSCKIDVTYFPFDYQNCT
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 MKFGSWTYDGTMVDLILINENVDRKDFFDNGEWEILNAKGMKGNRRDGVYS--YPFITYS
::::::.:: . .::.::. ... ::....::: :..: :.: . . . :: ::::
CCDS10 MKFGSWSYDKAKIDLVLIGSSMNLKDYWESGEWAIIKAPGYKHDIKYNCCEEIYPDITYS
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 FVLRRLPLFYTLFLIIPCLGLSFLTVLVFYLPSDEGEKLSLSTSVLVSLTVFLLVIEEII
. .::::::::. :::::: .::::::::::::: :::..: :::.::::::::: : :
CCDS10 LYIRRLPLFYTINLIIPCLLISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETI
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 PSSSKVIPLIGEYLLFIMIFVTLSIIVTVFVINVHHRSSSTYHPMAPWVKRLFLQKLPKL
::.: ::::::::::: ::::::::..::::.:::.:. .: : : ::: .::. ::..
CCDS10 PSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHYRTPTT-HTMPSWVKTVFLNLLPRV
300 310 320 330 340 350
350 360 370
pF1KE4 LCMK--------------------DHVDRYSSPEKE---ESQPVVKG----------KV-
. : .... .: :.. :. : : :.
CCDS10 MFMTRPTSNEGNAQKPRPLYGAELSNLNCFSRAESKGCKEGYPCQDGMCGYCHHRRIKIS
360 370 380 390 400 410
380 390 400 410 420
pF1KE4 -----LEKKKQKQLSDGEKVLVAF---LEKAADSIRYISRHVKKEHFISQVVQDWKFVAQ
: ...... :. : :. ...: .:..::....: .. ... .:::.::.
CCDS10 NFSANLTRSSSSESVDAVLSLSALSPEIKEAIQSVKYIAENMKAQNEAKEIQDDWKYVAM
420 430 440 450 460 470
430 440 450
pF1KE4 VLDRIFLWLFLIVSVTGSVLIFTPALKMWLHSYH
:.::::::.: .: . :.. .:
CCDS10 VIDRIFLWVFTLVCILGTAGLFLQPLMAREDA
480 490 500
>>CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 (457 aa)
initn: 1255 init1: 674 opt: 1265 Z-score: 1532.8 bits: 292.9 E(32554): 4.7e-79
Smith-Waterman score: 1265; 43.9% identity (75.6% similar) in 442 aa overlap (16-450:11-450)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MLPDFMLVLIVLGIPSSATTGFNSIAENEDALLRHLFQGYQKWVRPVLHSNDTIKVYFGL
: ..:. .:.: :. .::. :.. :::: ....: ::
CCDS22 MEPWPLLLLFSLCSAGLVLGSEHETRLVAKLFKDYSSVVRPVEDHRQVVEVTVGL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 KISQLVDVDEKNQLMTTNVWLKQEWTDHKLRWNPDDYGGIHSIKVPSESLWLPDIVLFEN
.. ::..::: ::..:::: :::.:.:..:.::::::::...:..:::..: ::.::..:
CCDS22 QLIQLINVDEVNQIVTTNVRLKQQWVDYNLKWNPDDYGGVKKIHIPSEKIWRPDLVLYNN
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 ADGRFEGSLMTKVIVKSNGTVVWTPPASYKSSCTMDVTFFPFDRQNCSMKFGSWTYDGTM
::: : .:::... .: ..::::: .:: : . :: ::::.::::::.:.:::::..
CCDS22 ADGDFAIVKFTKVLLQYTGHITWTPPAIFKSYCEIIVTHFPFDEQNCSMKLGTWTYDGSV
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KE4 VDLILINENVDRKDFFDNGEWEILNAKGMKGN-RRDGVYSYPF--ITYSFVLRRLPLFYT
: . ... : ..:...::: : ...: : . . . :. ::: ::..::::..
CCDS22 VAINPESDQPDLSNFMESGEWVIKESRGWKHSVTYSCCPDTPYLDITYHFVMQRLPLYFI
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 LFLIIPCLGLSFLTVLVFYLPSDEGEKLSLSTSVLVSLTVFLLVIEEIIPSSSKVIPLIG
. .::::: .:::: ::::::.: :::..:: :::.::::::::: :.:::.:...::::
CCDS22 VNVIIPCLLFSFLTGLVFYLPTDSGEKMTLSISVLLSLTVFLLVIVELIPSTSSAVPLIG
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 EYLLFIMIFVTLSIIVTVFVINVHHRSSSTYHPMAPWVKRLFLQKLPKLL---CMKDHVD
.:.:: :.:: :::.::.:::.:::: :: : : ::...:.. .:... :: . .
CCDS22 KYMLFTMVFVIASIIITVIVINTHHRSPST-HVMPNWVRKVFIDTIPNIMFFSTMK-RPS
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 RYSSPEKEESQPVVKGKVLEKKKQKQLS-DGEKVLVAFLEKAADSIRYISRHVKKEHFIS
: .. .: .. . . . : .. . . ...: ..:.::.. .:... .
CCDS22 REKQDKKIFTEDIDISDISGKPGPPPMGFHSPLIKHPEVKSAIEGIKYIAETMKSDQESN
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450
pF1KE4 QVVQDWKFVAQVLDRIFLWLFLIVSVTGSVLIFTPALKMWLHSYH
... .::.::.:.:.:.: .:..: . :.. .:. :
CCDS22 NAAAEWKYVAMVMDHILLGVFMLVCIIGTLAVFAGRLIELNQQG
420 430 440 450
>>CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 (514 aa)
initn: 1517 init1: 703 opt: 1254 Z-score: 1518.7 bits: 290.4 E(32554): 2.8e-78
Smith-Waterman score: 1462; 50.7% identity (71.3% similar) in 477 aa overlap (15-446:46-505)
10 20 30 40
pF1KE4 MLPDFMLVLIVLGIPSSATTGFNSIAENEDALLRHLFQGYQKWV
:.. : .: .:.:: :..:::.::..:.
CCDS64 LWWLLLTPAGGEEAKRPPPRAPGDPLSSPSPTALPQG-GSHTETEDRLFKHLFRGYNRWA
20 30 40 50 60 70
50 60 70 80 90 100
pF1KE4 RPVLHSNDTIKVYFGLKISQLVDVDEKNQLMTTNVWLKQEWTDHKLRWNPDDYGGIHSIK
::: ...: ::::::.:::::::::::.:.:::::: :.:.: :..
CCDS64 RPVPNTSD---------------VDEKNQMMTTNVWLKQEWSDYKLRWNPTDFGNITSLR
80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 VPSESLWLPDIVLFENADGRFEGSLMTKVIVKSNGTVVWTPPASYKSSCTMDVTFFPFDR
:::: .:.:::::..::::.: . :::. . :.::: :.::: :::::..::::::::.
CCDS64 VPSEMIWIPDIVLYNNADGEFAVTHMTKAHLFSTGTVHWVPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQ
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 QNCSMKFGSWTYDGTMVDLILINENVDRKDFFDNGEWEILNAKGMKGNRRDGVYS--YPF
:::.::::::::: . .:: ....:: ::....::: :.:: : .... . ::
CCDS64 QNCKMKFGSWTYDKAKIDLEQMEQTVDLKDYWESGEWAIVNATGTYNSKKYDCCAEIYPD
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 ITYSFVLRRLPLFYTLFLIIPCLGLSFLTVLVFYLPSDEGEKLSLSTSVLVSLTVFLLVI
.::.::.::::::::. :::::: .: ::::::::::: :::..: :::.:::::::.:
CCDS64 VTYAFVIRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSDCGEKITLCISVLLSLTVFLLLI
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 EEIIPSSSKVIPLIGEYLLFIMIFVTLSIIVTVFVINVHHRSSSTYHPMAPWVKRLFLQK
:::::.: ::::::::::: ::::::::..::::.:::::: :: : : ::. .:
CCDS64 TEIIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPST-HTMPHWVRGALLGC
300 310 320 330 340 350
350 360 370
pF1KE4 LPKLLCMKD--------HVDRYS-SP---------EKEESQPVVK--------GKVLEK-
.:. : :. : : . :: . :: . ::. :.: .
CCDS64 VPRWLLMNRPPPPVELCHPLRLKLSPSYHWLESNVDAEEREVVVEEEDRWACAGHVAPSV
360 370 380 390 400 410
380 390 400 410
pF1KE4 ----------------KKQKQLSDGEKVLVAFLEKAADSIRYISRHVKKEHFISQVVQDW
: . :..:: .: ..:: ....::. :...: :.: .::
CCDS64 GTLCSHGHLHSGASGPKAEALLQEGELLLSPHMQKALEGVHYIADHLRSEDADSSVKEDW
420 430 440 450 460 470
420 430 440 450
pF1KE4 KFVAQVLDRIFLWLFLIVSVTGSVLIFTPALKMWLHSYH
:.::.:.::::::::.:: :.. .:
CCDS64 KYVAMVIDRIFLWLFIIVCFLGTIGLFLPPFLAGMI
480 490 500 510
>>CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 (498 aa)
initn: 1229 init1: 667 opt: 1190 Z-score: 1441.4 bits: 276.1 E(32554): 5.8e-74
Smith-Waterman score: 1294; 43.0% identity (71.7% similar) in 467 aa overlap (21-450:19-482)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MLPDFMLVLIVLGIPSSATTGFNSIAENEDALLRHLFQG--YQKWVRPVLHSNDTIKVYF
: .:. :. :. :.. :.. .::. :.. :.. .
CCDS10 MRRAPSLVLFFLVALCGRGNCRVANAEEKLMDDLLNKTRYNNLIRPATSSSQLISIKL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 GLKISQLVDVDEKNQLMTTNVWLKQEWTDHKLRWNPDDYGGIHSIKVPSESLWLPDIVLF
:...::..:.:..:.:::::::::::::..: :: . : :.. ...:.. .:::::::.
CCDS10 QLSLAQLISVNEREQIMTTNVWLKQEWTDYRLTWNSSRYEGVNILRIPAKRIWLPDIVLY
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 ENADGRFEGSLMTKVIVKSNGTVVWTPPASYKSSCTMDVTFFPFDRQNCSMKFGSWTYDG
.:::: .: :..:..::.:::.:.: ::: :::.: ..: .::::.:::..:: :::::
CCDS10 NNADGTYEVSVYTNLIVRSNGSVLWLPPAIYKSACKIEVKYFPFDQQNCTLKFRSWTYDH
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 TMVDLILINENVDRKDFFDNGEWEILNAKGMKG-NRRDGVYSYPFITYSFVLRRLPLFYT
: .:..:.. ... :: .:::.:. : . : .: :: .::.:...: :::::
CCDS10 TEIDMVLMTPTASMDDFTPSGEWDIVALPGRRTVNPQDP--SYVDVTYDFIIKRKPLFYT
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 LFLIIPCLGLSFLTVLVFYLPSDEGEKLSLSTSVLVSLTVFLLVIEEIIPSSSKVIPLIG
. :::::. ..:..:::::::: :::..: :::..:: :::.: .:.: .: .::::
CCDS10 INLIIPCVLTTLLAILVFYLPSDCGEKMTLCISVLLALTFFLLLISKIVPPTSLDVPLIG
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 EYLLFIMIFVTLSIIVTVFVINVHHRSSSTYHPMAPWVKRLFLQKLPKLLCMK----DHV
.::.: :..::.::...: :.:::::: :: : ::::::: ::.::: .: :: :
CCDS10 KYLMFTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPST-HTMAPWVKRCFLHKLPTFLFMKRPGPDSS
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390
pF1KE4 DRYSSPEKEE--SQPVVK----------GKVL-----EKKKQKQLSDGEKVLVA--F---
. : .. ..: . :. . . .:. . . : . :
CCDS10 PARAFPPSKSCVTKPEATATSTSPSNFYGNSMYFVNPASAASKSPAGSTPVAIPRDFWLR
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440
pF1KE4 --------LEKAADSIRYISRHVKKEHFISQVVQDWKFVAQVLDRIFLWLFLIVSVTGSV
...: ... .:..:.:.. ..::.:::.::.:.::.:::.:..: : :.:
CCDS10 SSGRFRQDVQEALEGVSFIAQHMKNDDEDQSVVEDWKYVAMVVDRLFLWVFMFVCVLGTV
420 430 440 450 460 470
450
pF1KE4 LIFTPALKMWLHSYH
.: : :
CCDS10 GLFLPPLFQTHAASEGPYAAQRD
480 490
458 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 00:37:20 2016 done: Sun Nov 6 00:37:21 2016
Total Scan time: 1.950 Total Display time: 0.070
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]