Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4427
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4427, 444 aa
1>>>pF1KE4427 444 - 444 aa - 444 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2090+/- 0.001; mu= 17.8127+/- 0.060
mean_var=62.7961+/-12.685, 0's: 0 Z-trim(104.6): 25 B-trim: 153 in 1/48
Lambda= 0.161848
statistics sampled from 7970 (7988) to 7970 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.615), E-opt: 0.2 (0.245), width: 16
Scan time: 2.420
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8011.2 FADS1 gene_id:3992|Hs108|chr11 ( 501) 3127 739.0 2.4e-213
CCDS8012.1 FADS2 gene_id:9415|Hs108|chr11 ( 444) 1973 469.6 2.8e-132
CCDS60808.1 FADS2 gene_id:9415|Hs108|chr11 ( 413) 1748 417.0 1.7e-116
CCDS60807.1 FADS2 gene_id:9415|Hs108|chr11 ( 422) 1745 416.3 2.9e-116
CCDS8013.1 FADS3 gene_id:3995|Hs108|chr11 ( 445) 1670 398.8 5.7e-111
>>CCDS8011.2 FADS1 gene_id:3992|Hs108|chr11 (501 aa)
initn: 3127 init1: 3127 opt: 3127 Z-score: 3943.7 bits: 739.0 E(32554): 2.4e-213
Smith-Waterman score: 3127; 99.8% identity (99.8% similar) in 444 aa overlap (1-444:58-501)
10 20 30
pF1KE4 MAPDPVAAETAAQGPTPRYFTWDEVAQRSG
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 RQQIHSWSPRTPSTRLTAPAGPARGVARPAMAPDPVAAETAAQGPTPRYFTWDEVAQRSG
30 40 50 60 70 80
40 50 60 70 80 90
pF1KE4 CEERWLVIDRKVYNISEFTRRHPGGSRVISHYAGQDATDPFVAFHINKGLVKKYMNSLLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 CEERWLVIDRKVYNISEFTRRHPGGSRVISHYAGQDATDPFVAFHINKGLVKKYMNSLLI
90 100 110 120 130 140
100 110 120 130 140 150
pF1KE4 GELSPEQPSFEPTKNKELTDEFRELRATVERMGLMKANHVFFLLYLLHILLLDGAAWLTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 GELSPEQPSFEPTKNKELTDEFRELRATVERMGLMKANHVFFLLYLLHILLLDGAAWLTL
150 160 170 180 190 200
160 170 180 190 200 210
pF1KE4 WVFGTSFLPFLLCAVLLSAVQAQAGWLQHDFGHLSVFSTSKWNHLLHHFVIGHLKGAPAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 WVFGTSFLPFLLCAVLLSAVQAQAGWLQHDFGHLSVFSTSKWNHLLHHFVIGHLKGAPAS
210 220 230 240 250 260
220 230 240 250 260 270
pF1KE4 WWNHMHFQHHAKPNCFRKDPDINMHPFFFALGKILSVELGKQKKKYMPYNHQHKYFFLIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 WWNHMHFQHHAKPNCFRKDPDINMHPFFFALGKILSVELGKQKKKYMPYNHQHKYFFLIG
270 280 290 300 310 320
280 290 300 310 320 330
pF1KE4 PSALLPLYFQWYIFYFVIQRKKWVDLAWMITFYVRFFLTYVPLLGLKAFLGLFFIVRFLE
: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 PPALLPLYFQWYIFYFVIQRKKWVDLAWMITFYVRFFLTYVPLLGLKAFLGLFFIVRFLE
330 340 350 360 370 380
340 350 360 370 380 390
pF1KE4 SNWFVWVTQMNHIPMHIDHDRNMDWVSTQLQATCNVHKSAFNDWFSGHLNFQIEHHLFPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 SNWFVWVTQMNHIPMHIDHDRNMDWVSTQLQATCNVHKSAFNDWFSGHLNFQIEHHLFPT
390 400 410 420 430 440
400 410 420 430 440
pF1KE4 MPRHNYHKVAPLVQSLCAKHGIEYQSKPLLSAFADIIHSLKESGQLWLDAYLHQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 MPRHNYHKVAPLVQSLCAKHGIEYQSKPLLSAFADIIHSLKESGQLWLDAYLHQ
450 460 470 480 490 500
>>CCDS8012.1 FADS2 gene_id:9415|Hs108|chr11 (444 aa)
initn: 2017 init1: 1019 opt: 1973 Z-score: 2488.2 bits: 469.6 E(32554): 2.8e-132
Smith-Waterman score: 1973; 63.1% identity (83.8% similar) in 439 aa overlap (7-444:11-444)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MAPDPVAAETAAQGPTPRYFTWDEVAQRSGCEERWLVIDRKVYNISEFTRRHPGGS
::: .. :: :.:.:. ... .::::::::::::.... .::::.
CCDS80 MGKGGNQGEGAAEREVSVPT---FSWEEIQKHNLRTDRWLVIDRKVYNITKWSIQHPGGQ
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 RVISHYAGQDATDPFVAFHINKGLVKKYMNSLLIGELSPEQPSFEPTKNKELTDEFRELR
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CCDS80 RVIGHYAGEDATDAFRAFHPDLEFVGKFLKPLLIGELAPEEPSQDHGKNSKITEDFRALR
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 ATVERMGLMKANHVFFLLYLLHILLLDGAAWLTLWVFGTSFLPFLLCAVLLSAVQAQAGW
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CCDS80 KTAEDMNLFKTNHVFFLLLLAHIIALESIAWFTVFYFGNGWIPTLITAFVLATSQAQAGW
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 LQHDFGHLSVFSTSKWNHLLHHFVIGHLKGAPASWWNHMHFQHHAKPNCFRKDPDINMHP
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CCDS80 LQHDYGHLSVYRKPKWNHLVHKFVIGHLKGASANWWNHRHFQHHAKPNIFHKDPDVNML-
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 FFFALGKILSVELGKQKKKYMPYNHQHKYFFLIGPSALLPLYFQWYIFYFVIQRKKWVDL
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CCDS80 HVFVLGEWQPIEYGKKKLKYLPYNHQHEYFFLIGPPLLIPMYFQYQIIMTMIVHKNWVDL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 AWMITFYVRFFLTYVPLLG-LKAFLGLFFIVRFLESNWFVWVTQMNHIPMHIDHDRNMDW
:: ...:.:::.::.:. : : :.: : :: :::::.::::::::::: :.::.. ::
CCDS80 AWAVSYYIRFFITYIPFYGILGALLFLNFI-RFLESHWFVWVTQMNHIVMEIDQEAYRDW
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 VSTQLQATCNVHKSAFNDWFSGHLNFQIEHHLFPTMPRHNYHKVAPLVQSLCAKHGIEYQ
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CCDS80 FSSQLTATCNVEQSFFNDWFSGHLNFQIEHHLFPTMPRHNLHKIAPLVKSLCAKHGIEYQ
360 370 380 390 400 410
420 430 440
pF1KE4 SKPLLSAFADIIHSLKESGQLWLDAYLHQ
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CCDS80 EKPLLRALLDIIRSLKKSGKLWLDAYLHK
420 430 440
>>CCDS60808.1 FADS2 gene_id:9415|Hs108|chr11 (413 aa)
initn: 1849 init1: 1019 opt: 1748 Z-score: 2204.7 bits: 417.0 E(32554): 1.7e-116
Smith-Waterman score: 1748; 61.4% identity (81.4% similar) in 409 aa overlap (40-444:9-413)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 TAAQGPTPRYFTWDEVAQRSGCEERWLVIDRKVYNISEFTRRHPGGSRVISHYA--GQDA
:.: .. .: : . : :: . ..
CCDS60 MTREPPGCRRVNSLMLYTLRSITSHRS-SHPERWATSS
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 TDPFVAFHINKGLVKKYMNSLLIGELSPEQPSFEPTKNKELTDEFRELRATVERMGLMKA
: : ::: . .: :... ::::::.::.:: . ::...:..:: :: :.: :.:.:.
CCDS60 QDAFRAFHPDLEFVGKFLKPLLIGELAPEEPSQDHGKNSKITEDFRALRKTAEDMNLFKT
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 NHVFFLLYLLHILLLDGAAWLTLWVFGTSFLPFLLCAVLLSAVQAQAGWLQHDFGHLSVF
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CCDS60 NHVFFLLLLAHIIALESIAWFTVFYFGNGWIPTLITAFVLATSQAQAGWLQHDYGHLSVY
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 STSKWNHLLHHFVIGHLKGAPASWWNHMHFQHHAKPNCFRKDPDINM-HPFFFALGKILS
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CCDS60 RKPKWNHLVHKFVIGHLKGASANWWNHRHFQHHAKPNIFHKDPDVNMLH--VFVLGEWQP
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 VELGKQKKKYMPYNHQHKYFFLIGPSALLPLYFQWYIFYFVIQRKKWVDLAWMITFYVRF
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CCDS60 IEYGKKKLKYLPYNHQHEYFFLIGPPLLIPMYFQYQIIMTMIVHKNWVDLAWAVSYYIRF
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 FLTYVPLLG-LKAFLGLFFIVRFLESNWFVWVTQMNHIPMHIDHDRNMDWVSTQLQATCN
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CCDS60 FITYIPFYGILGALLFLNFI-RFLESHWFVWVTQMNHIVMEIDQEAYRDWFSSQLTATCN
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 VHKSAFNDWFSGHLNFQIEHHLFPTMPRHNYHKVAPLVQSLCAKHGIEYQSKPLLSAFAD
:..: ::::::::::::::::::::::::: ::.::::.::::::::::: :::: :. :
CCDS60 VEQSFFNDWFSGHLNFQIEHHLFPTMPRHNLHKIAPLVKSLCAKHGIEYQEKPLLRALLD
340 350 360 370 380 390
430 440
pF1KE4 IIHSLKESGQLWLDAYLHQ
::.:::.::.::::::::.
CCDS60 IIRSLKKSGKLWLDAYLHK
400 410
>>CCDS60807.1 FADS2 gene_id:9415|Hs108|chr11 (422 aa)
initn: 1825 init1: 1019 opt: 1745 Z-score: 2200.8 bits: 416.3 E(32554): 2.9e-116
Smith-Waterman score: 1745; 62.9% identity (83.1% similar) in 396 aa overlap (52-444:35-422)
30 40 50 60 70 80
pF1KE4 WDEVAQRSGCEERWLVIDRKVYNISEFTRRHPGGSRVISH-YAGQDATDPFVAFHINKGL
::... .: .::. : : ::: . .
CCDS60 EAGPFVCVCVLLASIPTPQTPLLQASLPPFHPASA---GHPITGQQ--DAFRAFHPDLEF
10 20 30 40 50
90 100 110 120 130 140
pF1KE4 VKKYMNSLLIGELSPEQPSFEPTKNKELTDEFRELRATVERMGLMKANHVFFLLYLLHIL
: :... ::::::.::.:: . ::...:..:: :: :.: :.:.:.::::::: : ::.
CCDS60 VGKFLKPLLIGELAPEEPSQDHGKNSKITEDFRALRKTAEDMNLFKTNHVFFLLLLAHII
60 70 80 90 100 110
150 160 170 180 190 200
pF1KE4 LLDGAAWLTLWVFGTSFLPFLLCAVLLSAVQAQAGWLQHDFGHLSVFSTSKWNHLLHHFV
:.. ::.:.. ::....: :. : .:.. ::::::::::.:::::. :::::.:.::
CCDS60 ALESIAWFTVFYFGNGWIPTLITAFVLATSQAQAGWLQHDYGHLSVYRKPKWNHLVHKFV
120 130 140 150 160 170
210 220 230 240 250
pF1KE4 IGHLKGAPASWWNHMHFQHHAKPNCFRKDPDINM-HPFFFALGKILSVELGKQKKKYMPY
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CCDS60 IGHLKGASANWWNHRHFQHHAKPNIFHKDPDVNMLH--VFVLGEWQPIEYGKKKLKYLPY
180 190 200 210 220 230
260 270 280 290 300 310
pF1KE4 NHQHKYFFLIGPSALLPLYFQWYIFYFVIQRKKWVDLAWMITFYVRFFLTYVPLLG-LKA
::::.::::::: :.:.:::. :.. .: .:.:::::: ...:.:::.::.:. : : :
CCDS60 NHQHEYFFLIGPPLLIPMYFQYQIIMTMIVHKNWVDLAWAVSYYIRFFITYIPFYGILGA
240 250 260 270 280 290
320 330 340 350 360 370
pF1KE4 FLGLFFIVRFLESNWFVWVTQMNHIPMHIDHDRNMDWVSTQLQATCNVHKSAFNDWFSGH
.: : :: :::::.::::::::::: :.::.. :: :.:: :::::..: ::::::::
CCDS60 LLFLNFI-RFLESHWFVWVTQMNHIVMEIDQEAYRDWFSSQLTATCNVEQSFFNDWFSGH
300 310 320 330 340 350
380 390 400 410 420 430
pF1KE4 LNFQIEHHLFPTMPRHNYHKVAPLVQSLCAKHGIEYQSKPLLSAFADIIHSLKESGQLWL
::::::::::::::::: ::.::::.::::::::::: :::: :. :::.:::.::.:::
CCDS60 LNFQIEHHLFPTMPRHNLHKIAPLVKSLCAKHGIEYQEKPLLRALLDIIRSLKKSGKLWL
360 370 380 390 400 410
440
pF1KE4 DAYLHQ
:::::.
CCDS60 DAYLHK
420
>>CCDS8013.1 FADS3 gene_id:3995|Hs108|chr11 (445 aa)
initn: 1708 init1: 911 opt: 1670 Z-score: 2105.8 bits: 398.8 E(32554): 5.7e-111
Smith-Waterman score: 1670; 52.3% identity (78.1% similar) in 442 aa overlap (3-444:7-445)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MAPDPVAAETAAQGPTPRYFTWDEVAQRSGCEERWLVIDRKVYNISEFTRRHPGGS
: : . . .: : : :... .. ..::::.:.::.::....::::::
CCDS80 MGGVGEPGPREGPAQPGAPLPT-FCWEQIRAHDQPGDKWLVIERRVYDISRWAQRHPGGS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 RVISHYAGQDATDPFVAFHINKGLVKKYMNSLLIGELSPEQPSFEPTKNKELTDEFRELR
:.:.:....:::: : ::: . ..:.:... ::::::.::.:: . : .:...:: :.
CCDS80 RLIGHHGAEDATDAFRAFHQDLNFVRKFLQPLLIGELAPEEPSQDGPLNAQLVEDFRALH
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 ATVERMGLMKANHVFFLLYLLHILLLDGAAWLTLWVFGTSFLPFLLCAVLLSAVQAQAGW
..: : :. :. .:: . : ::: .. ::: ....: ...: : : .:. :::.
CCDS80 QAAEDMKLFDASPTFFAFLLGHILAMEVLAWLLIYLLGPGWVPSALAAFILAISQAQSWC
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 LQHDFGHLSVFSTSKWNHLLHHFVIGHLKGAPASWWNHMHFQHHAKPNCFRKDPDINMHP
::::.:: :.:. : :::. ..::.:.::: : ::: ::::::::: :.::::... :
CCDS80 LQHDLGHASIFKKSWWNHVAQKFVMGQLKGFSAHWWNFRHFQHHAKPNIFHKDPDVTVAP
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 FFFALGKILSVELGKQKKKYMPYNHQHKYFFLIGPSALLPLYFQWYIFYFVIQRKKWVDL
:. ::. ::: ::.:..:.:::.:: ::::::: : . :. . ... .:.::
CCDS80 VFL-LGES-SVEYGKKKRRYLPYNQQHLYFFLIGPPLLTLVNFEVENLAYMLVCMQWADL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 AWMITFYVRFFLTYVPLLGLKAFLGLFFIVRFLESNWFVWVTQMNHIPMHIDHDRNMDWV
: .::.::::.:.:. :. . : .: :: :::.::::.::::::: .: :... :::
CCDS80 LWAASFYARFFLSYLPFYGVPGVLLFFVAVRVLESHWFVWITQMNHIPKEIGHEKHRDWV
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 STQLQATCNVHKSAFNDWFSGHLNFQIEHHLFPTMPRHNYHKVAPLVQSLCAKHGIEYQS
:.:: :::::. : :..:::::::::::::::: :::::: .:::::.:::::::. :.
CCDS80 SSQLAATCNVEPSLFTNWFSGHLNFQIEHHLFPRMPRHNYSRVAPLVKSLCAKHGLSYEV
360 370 380 390 400 410
420 430 440
pF1KE4 KPLLSAFADIIHSLKESGQLWLDAYLHQ
::.:.:..::..:::.::..::::::::
CCDS80 KPFLTALVDIVRSLKKSGDIWLDAYLHQ
420 430 440
444 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 00:40:58 2016 done: Sun Nov 6 00:40:59 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]