Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4410
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4410, 423 aa
1>>>pF1KE4410 423 - 423 aa - 423 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0352+/-0.00112; mu= 12.1718+/- 0.067
mean_var=59.2371+/-11.693, 0's: 0 Z-trim(101.0): 28 B-trim: 0 in 0/49
Lambda= 0.166639
statistics sampled from 6316 (6328) to 6316 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.557), E-opt: 0.2 (0.194), width: 16
Scan time: 2.790
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7978.1 TCN1 gene_id:6947|Hs108|chr11 ( 433) 2731 665.5 2.7e-191
CCDS7977.1 GIF gene_id:2694|Hs108|chr11 ( 417) 595 152.0 1e-36
CCDS13881.1 TCN2 gene_id:6948|Hs108|chr22 ( 427) 432 112.8 6.5e-25
CCDS54519.1 TCN2 gene_id:6948|Hs108|chr22 ( 400) 406 106.6 4.6e-23
>>CCDS7978.1 TCN1 gene_id:6947|Hs108|chr11 (433 aa)
initn: 2731 init1: 2731 opt: 2731 Z-score: 3547.7 bits: 665.5 E(32554): 2.7e-191
Smith-Waterman score: 2731; 100.0% identity (100.0% similar) in 423 aa overlap (1-423:1-423)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MRQSHQLPLVGLLLFSFIPSQLCEICEVSEENYIRLKPLLNTMIQSNYNRGTSAVNVVLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 MRQSHQLPLVGLLLFSFIPSQLCEICEVSEENYIRLKPLLNTMIQSNYNRGTSAVNVVLS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 LKLVGIQIQTLMQKMIQQIKYNVKSRLSDVSSGELALIILALGVCRNAEENLIYDYHLID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 LKLVGIQIQTLMQKMIQQIKYNVKSRLSDVSSGELALIILALGVCRNAEENLIYDYHLID
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 KLENKFQAEIENMEAHNGTPLTNYYQLSLDVLALCLFNGNYSTAEVVNHFTPENKNYYFG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 KLENKFQAEIENMEAHNGTPLTNYYQLSLDVLALCLFNGNYSTAEVVNHFTPENKNYYFG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 SQFSVDTGAMAVLALTCVKKSLINGQIKADEGSLKNISIYTKSLVEKILSEKKENGLIGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 SQFSVDTGAMAVLALTCVKKSLINGQIKADEGSLKNISIYTKSLVEKILSEKKENGLIGN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 TFSTGEAMQALFVSSDYYNENDWNCQQTLNTVLTEISQGAFSNPNAAAQVLPALMGKTFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 TFSTGEAMQALFVSSDYYNENDWNCQQTLNTVLTEISQGAFSNPNAAAQVLPALMGKTFL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 DINKDSSCVSASGNFNISADEPITVTPPDSQSYISVNYSVRINETYFTNVTVLNGSVFLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 DINKDSSCVSASGNFNISADEPITVTPPDSQSYISVNYSVRINETYFTNVTVLNGSVFLS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 VMEKAQKMNDTIFGFTMEERSWGPYITCIQGLCANNNDRTYWELLSGGEPLSQGAGSYVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 VMEKAQKMNDTIFGFTMEERSWGPYITCIQGLCANNNDRTYWELLSGGEPLSQGAGSYVV
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 RNG
:::
CCDS79 RNGENLEVRWSKY
430
>>CCDS7977.1 GIF gene_id:2694|Hs108|chr11 (417 aa)
initn: 505 init1: 179 opt: 595 Z-score: 772.7 bits: 152.0 E(32554): 1e-36
Smith-Waterman score: 631; 34.3% identity (61.4% similar) in 399 aa overlap (37-422:33-406)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 LPLVGLLLFSFIPSQLCEICEVSEENYIRLKPLLNTMIQSNYNRGTSAV----NVVLSLK
.::.: . : ::.. .......
CCDS79 WFALYLLSLLWATAGTSTQTQSSCSVPSAQEPLVNGIQVLMENSVTSSAYPNPSILIAMN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 LVGIQIQTLMQKMIQQIKYNVKSRLSDVSSGELALIILAL-GVCRNAEENLIYDYHLIDK
:.: .. . :. ..: .:.. :.:.: :.:: . ::. ... : .
CCDS79 LAGAYNLKAQKLLTYQL---MSSDNNDLTIGQLGLTIMALTSSCRDPGDKVSI---LQRQ
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 LENKFQAEIENMEAHNGTPLTNYYQLSLDVLALCLFNGNYSTAEVVNHFTPENKNYYFGS
.:: . : :: . .: :: .:::: :.. . .: : .:
CCDS79 MEN-WAPSSPNAEA------SAFYGPSLAILALCQKNSEATLPIAVRFAKTLLAN---SS
120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 QFSVDTGAMAVLALTCVKKSLINGQIKADEGSLKNISIYTKSLVEKILSEKKENGLIGNT
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CCDS79 PFNVDTGAMATLALTCMYNKIPVG---SEEGYRSLFGQVLKDIVEKISMKIKDNGIIGDI
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 FSTGEAMQALFVSSDYYNENDWNCQQTLNTVLTEISQGAFSNPNAAAQVLPALMGKTFLD
.::: ::::: :. . ....:::..: . .:.::.:: : :: . ::.::.: :::.::
CCDS79 YSTGLAMQALSVTPEP-SKKEWNCKKTTDMILNEIKQGKFHNPMSIAQILPSLKGKTYLD
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350
pF1KE4 INKDSSCVSASGNFNISADEPITVTP-PDSQSYISVNYSV----RINETYFT---NVTVL
. . :. : . ... : . : : : : :.: :.. : : :. ::.:
CCDS79 VPQ----VTCSPDHEVQPTLPSNPGPGPTSASNITVIYTINNQLRGVELLFNETINVSVK
290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 NGSVFLSVMEKAQKMNDTIFGFTMEERSWGPYITCIQGLCANNNDRTYWELLSGGEPLSQ
.:::.: :.:.::. : .: : ::: .. :... : : .:::..::: ::..
CCDS79 SGSVLLVVLEEAQRKNP-MFKFETTMTSWGLVVSSINNIAENVNHKTYWQFLSGVTPLNE
340 350 360 370 380 390
420
pF1KE4 GAGSYVVRNG
:...:. :
CCDS79 GVADYIPFNHEHITANFTQY
400 410
>>CCDS13881.1 TCN2 gene_id:6948|Hs108|chr22 (427 aa)
initn: 342 init1: 134 opt: 432 Z-score: 560.8 bits: 112.8 E(32554): 6.5e-25
Smith-Waterman score: 464; 29.1% identity (58.2% similar) in 440 aa overlap (10-423:4-417)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MRQSHQLPLVGLLLFSF-IPSQLCEICEVSEENYIRLKPLLNTMIQSNYNRGTSAVN--V
.: .:: . . . : :.::. : . .. : . .. . .: .
CCDS13 MRHLGAFLFLLGVLGALTEMCEIPEMDSHLVEKLGQHLLPWMDRLSLEHLNPSI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KE4 VLSLKLVGIQIQTLMQKMIQQIKYNVKSRL---------SDV----SSGELALIILALGV
..:.: ..: : . .....: . .. : .: : :.::: .:::
CCDS13 YVGLRLSSLQAGTKEDLYLHSLKLGYQQCLLGSAFSEDDGDCQGKPSMGQLALYLLAL--
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150
pF1KE4 CRNAEENLIYDYHLIDKLENKFQAEIENMEA-----HNGTPLTNYYQLSLDVLALCLFNG
:. ... : :.: .... .:. . :.: : :.::: .: .::::: .
CCDS13 --RANCEFVRG-HKGDRLVSQLKWFLEDEKRAIGHDHKGHPHTSYYQYGLGILALCLHQK
120 130 140 150 160
160 170 180 190 200 210
pF1KE4 NYSTAEVVNHFTPENKNYYFGSQFSVDTGAMAVLALTCVKKSLINGQIKADEGSLKNISI
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CCDS13 RVHDS-VVDKLLYAVEPFHQG-HHSVDTAAMAGLAFTCLKRSNFN------PGRRQRITM
170 180 190 200 210 220
220 230 240 250 260 270
pF1KE4 YTKSLVEKILSEKKENGLIGNTFSTGEAMQALFVSSDYYNENDWNCQQTLNTVLTEISQG
... :.::. . .: .::..:: :.: :..: : : .. ..:. ...:
CCDS13 AIRTVREEILKAQTPEGHFGNVYSTPLALQFLMTSPMRGAELGTACLKARVALLASLQDG
230 240 250 260 270 280
280 290 300 310 320 330
pF1KE4 AFSNPNAAAQVLPALMGKTFLD-INKDSSCVSASGNFNISADEPITVTPPDSQSYISVNY
::.: .:.::.: ::..: : : :.. . :: . : :..: :::.
CCDS13 AFQNALMISQLLPVLNHKTYIDLIFPD--CLAPRVML-----EPAAETIPQTQEIISVTL
290 300 310 320 330
340 350 360 370 380 390
pF1KE4 SV-RINETYFTNVTVLNGSVFLSVMEKAQKMNDTIFGFTMEERSW--GPYITCIQGLCAN
.: . : ...:: ::. .:..::.... :::.: .. :::.: ..: :.
CCDS13 QVLSLLPPYRQSISVLAGSTVEDVLKKAHELG----GFTYETQASLSGPYLTSVMGKAAG
340 350 360 370 380 390
400 410 420
pF1KE4 NNDRTYWELLSG-GEPLSQGAGSYVVRNG
.: .:.:: . :: :: ..: ..:
CCDS13 --EREFWQLLRDPNTPLLQGIADYRPKDGETIELRLVSW
400 410 420
>>CCDS54519.1 TCN2 gene_id:6948|Hs108|chr22 (400 aa)
initn: 346 init1: 134 opt: 406 Z-score: 527.5 bits: 106.6 E(32554): 4.6e-23
Smith-Waterman score: 442; 28.4% identity (57.1% similar) in 422 aa overlap (10-423:4-390)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MRQSHQLPLVGLLLFSF-IPSQLCEICEVSEENYIRLKPLLNTMIQSNYNRGTSAVN--V
.: .:: . . . : :.::. : . .. : . .. . .: .
CCDS54 MRHLGAFLFLLGVLGALTEMCEIPEMDSHLVEKLGQHLLPWMDRLSLEHLNPSI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 VLSLKLVGIQIQTLMQKMIQQIKYNVKSRLSDVSSGELALIILALGVCRNAEENLIYDYH
..:.: ..: : . .....: . .. : . .: : :..
CCDS54 YVGLRLSSLQAGTKEDLYLHSLKLGYQQCLLGSAFSEDD------GDCQGKPS-------
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 LIDKLENKFQAEIENMEAHNGTPLTNYYQLSLDVLALCLFNGNYSTAEVVNHFTPENKNY
. .: . : : . :.: : :.::: .: .::::: . . ::... . .
CCDS54 -MGQLALYLLALRANWHDHKGHPHTSYYQYGLGILALCLHQKRVHDS-VVDKLLYAVEPF
110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 YFGSQFSVDTGAMAVLALTCVKKSLINGQIKADEGSLKNISIYTKSLVEKILSEKKENGL
. : . ::::.::: ::.::.:.: .: : . :.. ... :.::. . .:
CCDS54 HQG-HHSVDTAAMAGLAFTCLKRSNFN------PGRRQRITMAIRTVREEILKAQTPEGH
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 IGNTFSTGEAMQALFVSSDYYNENDWNCQQTLNTVLTEISQGAFSNPNAAAQVLPALMGK
.::..:: :.: :..: : : .. ..:. ...:::.: .:.::.: :
CCDS54 FGNVYSTPLALQFLMTSPMRGAELGTACLKARVALLASLQDGAFQNALMISQLLPVLNHK
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 TFLD-INKDSSCVSASGNFNISADEPITVTPPDSQSYISVNYSV-RINETYFTNVTVLNG
:..: : : :.. . :: . : :..: :::. .: . : ...:: :
CCDS54 TYIDLIFPD--CLAPRVML-----EPAAETIPQTQEIISVTLQVLSLLPPYRQSISVLAG
280 290 300 310 320
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 SVFLSVMEKAQKMNDTIFGFTMEERSW--GPYITCIQGLCANNNDRTYWELLSG-GEPLS
:. .:..::.... :::.: .. :::.: ..: :. .: .:.:: . ::
CCDS54 STVEDVLKKAHELG----GFTYETQASLSGPYLTSVMGKAAG--EREFWQLLRDPNTPLL
330 340 350 360 370
420
pF1KE4 QGAGSYVVRNG
:: ..: ..:
CCDS54 QGIADYRPKDGETIELRLVSW
380 390 400
423 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 01:18:05 2016 done: Sun Nov 6 01:18:05 2016
Total Scan time: 2.790 Total Display time: 0.020
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]