Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4396
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4396, 417 aa
1>>>pF1KE4396 417 - 417 aa - 417 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1306+/-0.000826; mu= 13.6583+/- 0.050
mean_var=120.6123+/-25.907, 0's: 0 Z-trim(110.1): 115 B-trim: 2 in 1/52
Lambda= 0.116783
statistics sampled from 11195 (11342) to 11195 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.707), E-opt: 0.2 (0.348), width: 16
Scan time: 2.730
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12640.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19 ( 417) 2825 487.2 1.2e-137
CCDS46107.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19 ( 392) 2631 454.5 8.2e-128
CCDS46105.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19 ( 372) 2300 398.7 4.8e-111
CCDS46106.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19 ( 364) 2242 388.9 4.2e-108
CCDS12645.1 NECTIN2 gene_id:5819|Hs108|chr19 ( 479) 1008 181.1 2e-45
CCDS42576.1 NECTIN2 gene_id:5819|Hs108|chr19 ( 538) 1006 180.8 2.7e-45
CCDS8425.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11 ( 458) 657 122.0 1.2e-27
CCDS8426.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11 ( 517) 650 120.8 3e-27
CCDS8427.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11 ( 352) 615 114.8 1.3e-25
CCDS58843.1 NECTIN3 gene_id:25945|Hs108|chr3 ( 487) 546 103.3 5.4e-22
CCDS2957.1 NECTIN3 gene_id:25945|Hs108|chr3 ( 549) 532 101.0 3e-21
CCDS58842.1 NECTIN3 gene_id:25945|Hs108|chr3 ( 366) 520 98.8 9.1e-21
CCDS1216.1 NECTIN4 gene_id:81607|Hs108|chr1 ( 510) 474 91.2 2.5e-18
CCDS44251.1 CADM3 gene_id:57863|Hs108|chr1 ( 398) 349 70.0 4.5e-12
CCDS1182.1 CADM3 gene_id:57863|Hs108|chr1 ( 432) 349 70.0 4.8e-12
>>CCDS12640.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19 (417 aa)
initn: 2825 init1: 2825 opt: 2825 Z-score: 2584.4 bits: 487.2 E(32554): 1.2e-137
Smith-Waterman score: 2825; 100.0% identity (100.0% similar) in 417 aa overlap (1-417:1-417)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MARAMAAAWPLLLVALLVLSWPPPGTGDVVVQAPTQVPGFLGDSVTLPCYLQVPNMEVTH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MARAMAAAWPLLLVALLVLSWPPPGTGDVVVQAPTQVPGFLGDSVTLPCYLQVPNMEVTH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 VSQLTWARHGESGSMAVFHQTQGPSYSESKRLEFVAARLGAELRNASLRMFGLRVEDEGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 VSQLTWARHGESGSMAVFHQTQGPSYSESKRLEFVAARLGAELRNASLRMFGLRVEDEGN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 YTCLFVTFPQGSRSVDIWLRVLAKPQNTAEVQKVQLTGEPVPMARCVSTGGRPPAQITWH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 YTCLFVTFPQGSRSVDIWLRVLAKPQNTAEVQKVQLTGEPVPMARCVSTGGRPPAQITWH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 SDLGGMPNTSQVPGFLSGTVTVTSLWILVPSSQVDGKNVTCKVEHESFEKPQLLTVNLTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 SDLGGMPNTSQVPGFLSGTVTVTSLWILVPSSQVDGKNVTCKVEHESFEKPQLLTVNLTV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 YYPPEVSISGYDNNWYLGQNEATLTCDARSNPEPTGYNWSTTMGPLPPFAVAQGAQLLIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 YYPPEVSISGYDNNWYLGQNEATLTCDARSNPEPTGYNWSTTMGPLPPFAVAQGAQLLIR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 PVDKPINTTLICNVTNALGARQAELTVQVKEGPPSEHSGMSRNAIIFLVLGILVFLILLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 PVDKPINTTLICNVTNALGARQAELTVQVKEGPPSEHSGMSRNAIIFLVLGILVFLILLG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KE4 IGIYFYWSKCSREVLWHCHLCPSSTEHASASANGHVSYSAVSRENSSSQDPQTEGTR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 IGIYFYWSKCSREVLWHCHLCPSSTEHASASANGHVSYSAVSRENSSSQDPQTEGTR
370 380 390 400 410
>>CCDS46107.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19 (392 aa)
initn: 2698 init1: 2631 opt: 2631 Z-score: 2408.1 bits: 454.5 E(32554): 8.2e-128
Smith-Waterman score: 2631; 99.2% identity (99.5% similar) in 389 aa overlap (1-389:1-389)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MARAMAAAWPLLLVALLVLSWPPPGTGDVVVQAPTQVPGFLGDSVTLPCYLQVPNMEVTH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 MARAMAAAWPLLLVALLVLSWPPPGTGDVVVQAPTQVPGFLGDSVTLPCYLQVPNMEVTH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 VSQLTWARHGESGSMAVFHQTQGPSYSESKRLEFVAARLGAELRNASLRMFGLRVEDEGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 VSQLTWARHGESGSMAVFHQTQGPSYSESKRLEFVAARLGAELRNASLRMFGLRVEDEGN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 YTCLFVTFPQGSRSVDIWLRVLAKPQNTAEVQKVQLTGEPVPMARCVSTGGRPPAQITWH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 YTCLFVTFPQGSRSVDIWLRVLAKPQNTAEVQKVQLTGEPVPMARCVSTGGRPPAQITWH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 SDLGGMPNTSQVPGFLSGTVTVTSLWILVPSSQVDGKNVTCKVEHESFEKPQLLTVNLTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 SDLGGMPNTSQVPGFLSGTVTVTSLWILVPSSQVDGKNVTCKVEHESFEKPQLLTVNLTV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 YYPPEVSISGYDNNWYLGQNEATLTCDARSNPEPTGYNWSTTMGPLPPFAVAQGAQLLIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 YYPPEVSISGYDNNWYLGQNEATLTCDARSNPEPTGYNWSTTMGPLPPFAVAQGAQLLIR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 PVDKPINTTLICNVTNALGARQAELTVQVKEGPPSEHSGMSRNAIIFLVLGILVFLILLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 PVDKPINTTLICNVTNALGARQAELTVQVKEGPPSEHSGMSRNAIIFLVLGILVFLILLG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KE4 IGIYFYWSKCSREVLWHCHLCPSSTEHASASANGHVSYSAVSRENSSSQDPQTEGTR
:::::::::::::::::::::::: .: :
CCDS46 IGIYFYWSKCSREVLWHCHLCPSSEHHQSCRN
370 380 390
>>CCDS46105.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19 (372 aa)
initn: 2300 init1: 2300 opt: 2300 Z-score: 2107.0 bits: 398.7 E(32554): 4.8e-111
Smith-Waterman score: 2407; 89.2% identity (89.2% similar) in 417 aa overlap (1-417:1-372)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MARAMAAAWPLLLVALLVLSWPPPGTGDVVVQAPTQVPGFLGDSVTLPCYLQVPNMEVTH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 MARAMAAAWPLLLVALLVLSWPPPGTGDVVVQAPTQVPGFLGDSVTLPCYLQVPNMEVTH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 VSQLTWARHGESGSMAVFHQTQGPSYSESKRLEFVAARLGAELRNASLRMFGLRVEDEGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 VSQLTWARHGESGSMAVFHQTQGPSYSESKRLEFVAARLGAELRNASLRMFGLRVEDEGN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 YTCLFVTFPQGSRSVDIWLRVLAKPQNTAEVQKVQLTGEPVPMARCVSTGGRPPAQITWH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 YTCLFVTFPQGSRSVDIWLRVLAKPQNTAEVQKVQLTGEPVPMARCVSTGGRPPAQITWH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 SDLGGMPNTSQVPGFLSGTVTVTSLWILVPSSQVDGKNVTCKVEHESFEKPQLLTVNLTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 SDLGGMPNTSQVPGFLSGTVTVTSLWILVPSSQVDGKNVTCKVEHESFEKPQLLTVNLTV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 YYPPEVSISGYDNNWYLGQNEATLTCDARSNPEPTGYNWSTTMGPLPPFAVAQGAQLLIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 YYPPEVSISGYDNNWYLGQNEATLTCDARSNPEPTGYNWSTTMGPLPPFAVAQGAQLLIR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 PVDKPINTTLICNVTNALGARQAELTVQVKEGPPSEHSGMSRNAIIFLVLGILVFLILLG
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 PVDKPINTTLICNVTNALGARQAELTVQVKEGPPSEHSG---------------------
310 320 330
370 380 390 400 410
pF1KE4 IGIYFYWSKCSREVLWHCHLCPSSTEHASASANGHVSYSAVSRENSSSQDPQTEGTR
:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 ------------------------TEHASASANGHVSYSAVSRENSSSQDPQTEGTR
340 350 360 370
>>CCDS46106.1 PVR gene_id:5817|Hs108|chr19 (364 aa)
initn: 2425 init1: 2232 opt: 2242 Z-score: 2054.3 bits: 388.9 E(32554): 4.2e-108
Smith-Waterman score: 2323; 87.1% identity (87.3% similar) in 417 aa overlap (1-417:1-364)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MARAMAAAWPLLLVALLVLSWPPPGTGDVVVQAPTQVPGFLGDSVTLPCYLQVPNMEVTH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 MARAMAAAWPLLLVALLVLSWPPPGTGDVVVQAPTQVPGFLGDSVTLPCYLQVPNMEVTH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 VSQLTWARHGESGSMAVFHQTQGPSYSESKRLEFVAARLGAELRNASLRMFGLRVEDEGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 VSQLTWARHGESGSMAVFHQTQGPSYSESKRLEFVAARLGAELRNASLRMFGLRVEDEGN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 YTCLFVTFPQGSRSVDIWLRVLAKPQNTAEVQKVQLTGEPVPMARCVSTGGRPPAQITWH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 YTCLFVTFPQGSRSVDIWLRVLAKPQNTAEVQKVQLTGEPVPMARCVSTGGRPPAQITWH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 SDLGGMPNTSQVPGFLSGTVTVTSLWILVPSSQVDGKNVTCKVEHESFEKPQLLTVNLTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 SDLGGMPNTSQVPGFLSGTVTVTSLWILVPSSQVDGKNVTCKVEHESFEKPQLLTVNLTV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 YYPPEVSISGYDNNWYLGQNEATLTCDARSNPEPTGYNWSTTMGPLPPFAVAQGAQLLIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 YYPPEVSISGYDNNWYLGQNEATLTCDARSNPEPTGYNWSTTMGPLPPFAVAQGAQLLIR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 PVDKPINTTLICNVTNALGARQAELTVQVKEGPPSEHSGMSRNAIIFLVLGILVFLILLG
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 PVDKPINTTLICNVTNALGARQAELTVQVK------------------------------
310 320 330
370 380 390 400 410
pF1KE4 IGIYFYWSKCSREVLWHCHLCPSSTEHASASANGHVSYSAVSRENSSSQDPQTEGTR
.:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 -----------------------GTEHASASANGHVSYSAVSRENSSSQDPQTEGTR
340 350 360
>>CCDS12645.1 NECTIN2 gene_id:5819|Hs108|chr19 (479 aa)
initn: 1120 init1: 956 opt: 1008 Z-score: 929.2 bits: 181.1 E(32554): 2e-45
Smith-Waterman score: 1135; 49.6% identity (72.3% similar) in 379 aa overlap (9-372:19-389)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MARAMAAAWPLLLVALLVLSWPPPGTGDVVVQAPTQVPGFLGDSVTLPCY
:::::. :: :. :: ::. .: : :: .: :::.
CCDS12 MARAAALLPSRSPPTPLLWPLLLLLLL-----ETGAQDVRVQVLPEVRGQLGGTVELPCH
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KE4 LQVPNMEVTHVSQLTWARHGESGS---MAVFHQTQGPSYSE----SKRLEFVAARLG---
: .: . ..: .:: : .. .:.:: .:::. :.:: ::.:. .
CCDS12 L-LPPVPGLYISLVTWQRPDAPANHQNVAAFHPKMGPSFPSPKPGSERLSFVSAKQSTGQ
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150
pF1KE4 ---AELRNASLRMFGLRVEDEGNYTCLFVTFPQGSRSVDIWLRVLAKPQNTAEVQKVQLT
:::..:.: . :: ::::::::: :.:::.:: ::::.:::.: ::.::: ..
CCDS12 DTEAELQDATLALHGLTVEDEGNYTCEFATFPKGSVRGMTWLRVIAKPKNQAEAQKVTFS
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KE4 GEPVPMARCVSTGGRPPAQITWHSDLGGMPNTSQVPGFLSGTVTVTSLWILVPSSQVDGK
.:. .: :.: :::::.:.: :.: . .:: : :.::::::: . ::::...::
CCDS12 QDPTTVALCISKEGRPPARISWLSSLDWEAKETQVSGTLAGTVTVTSRFTLVPSGRADGV
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KE4 NVTCKVEHESFEKPQLLTVNLTVYYPPEVSISGYDNNWYLGQNEATLTCDARSNPEPTGY
.:::::::::::.: :. :.:.: :::::::::::.:::::...:::.::.:::::::::
CCDS12 TVTCKVEHESFEEPALIPVTLSVRYPPEVSISGYDDNWYLGRTDATLSCDVRSNPEPTGY
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KE4 NWSTTMGPLPPFAVAQGAQLLIRPVDKPINTTLICNVTNALGARQAELTVQVKEGPPSEH
.:::: : .: :::::.::.:. ::. .:::..:.::::.: .:: .. :.: : .
CCDS12 DWSTTSGTFPTSAVAQGSQLVIHAVDSLFNTTFVCTVTNAVGMGRAEQVIFVRETPRA--
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KE4 SGMSRNAIIFLVLG--ILVFLILLGIGIYFYWSKCSREVLWHCHLCPSSTEHASASANGH
: . . ... ..: .::.:.: : .. : . :
CCDS12 SPRDVGPLVWGAVGGTLLVLLLLAGGSLAFILLRVRRRRKSPGGAGGGASGDGGFYDPKA
360 370 380 390 400 410
400 410
pF1KE4 VSYSAVSRENSSSQDPQTEGTR
CCDS12 QVLGNGDPVFWTPVVPGPMEPDGKDEEEEEEEEKAEKGLMLPPPPALEDDMESQLDGSLI
420 430 440 450 460 470
>>CCDS42576.1 NECTIN2 gene_id:5819|Hs108|chr19 (538 aa)
initn: 1152 init1: 964 opt: 1006 Z-score: 926.7 bits: 180.8 E(32554): 2.7e-45
Smith-Waterman score: 1133; 50.0% identity (72.8% similar) in 368 aa overlap (9-363:19-379)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MARAMAAAWPLLLVALLVLSWPPPGTGDVVVQAPTQVPGFLGDSVTLPCY
:::::. :: :. :: ::. .: : :: .: :::.
CCDS42 MARAAALLPSRSPPTPLLWPLLLLLLL-----ETGAQDVRVQVLPEVRGQLGGTVELPCH
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KE4 LQVPNMEVTHVSQLTWARHGESGS---MAVFHQTQGPSYSE----SKRLEFVAARLG---
: .: . ..: .:: : .. .:.:: .:::. :.:: ::.:. .
CCDS42 L-LPPVPGLYISLVTWQRPDAPANHQNVAAFHPKMGPSFPSPKPGSERLSFVSAKQSTGQ
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150
pF1KE4 ---AELRNASLRMFGLRVEDEGNYTCLFVTFPQGSRSVDIWLRVLAKPQNTAEVQKVQLT
:::..:.: . :: ::::::::: :.:::.:: ::::.:::.: ::.::: ..
CCDS42 DTEAELQDATLALHGLTVEDEGNYTCEFATFPKGSVRGMTWLRVIAKPKNQAEAQKVTFS
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KE4 GEPVPMARCVSTGGRPPAQITWHSDLGGMPNTSQVPGFLSGTVTVTSLWILVPSSQVDGK
.:. .: :.: :::::.:.: :.: . .:: : :.::::::: . ::::...::
CCDS42 QDPTTVALCISKEGRPPARISWLSSLDWEAKETQVSGTLAGTVTVTSRFTLVPSGRADGV
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KE4 NVTCKVEHESFEKPQLLTVNLTVYYPPEVSISGYDNNWYLGQNEATLTCDARSNPEPTGY
.:::::::::::.: :. :.:.: :::::::::::.:::::...:::.::.:::::::::
CCDS42 TVTCKVEHESFEEPALIPVTLSVRYPPEVSISGYDDNWYLGRTDATLSCDVRSNPEPTGY
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KE4 NWSTTMGPLPPFAVAQGAQLLIRPVDKPINTTLICNVTNALGARQAELTVQVKEGPPSEH
.:::: : .: :::::.::.:. ::. .:::..:.::::.: .:: .. :.: : .
CCDS42 DWSTTSGTFPTSAVAQGSQLVIHAVDSLFNTTFVCTVTNAVGMGRAEQVIFVRETPNTAG
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KE4 SGMSRNAIIFLVLGILVFLILLGIGIYFYWSKCSREVLWHCHLCPSSTEHASASANGHVS
.: . ..:: ... .. . . ::
CCDS42 AGAT-GGIIGGIIAAIIATAVAATGILICRQQRKEQTLQGAEEDEDLEGPPSYKPPTPKA
360 370 380 390 400 410
>>CCDS8425.1 NECTIN1 gene_id:5818|Hs108|chr11 (458 aa)
initn: 477 init1: 183 opt: 657 Z-score: 609.8 bits: 122.0 E(32554): 1.2e-27
Smith-Waterman score: 657; 32.6% identity (64.2% similar) in 380 aa overlap (1-369:6-372)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MARAMAAAWPLLLVALLVLSWPPPGTGDVVVQAPTQVPGFLGDSVTLPCYLQVPN
.: : . : : :: . .. ::. . :::. .. ::.: .:.: : . :
CCDS84 MARMGLAGAAGRWWGL---ALGLTAFFLPGVHSQVVQVNDSMYGFIGTDVVLHCSFANP-
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 MEVTHVSQLTWAR--HGESGSMAVFHQTQGPSY--SESKRLEFVAARLGAELRNASLRMF
. ....:.:: . .: . ..:... ..: : .:.:: : . ....:.
CCDS84 LPSVKITQVTWQKSTNGSKQNVAIYNPSMGVSVLAPYRERVEF----LRPSFTDGTIRLS
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KE4 GLRVEDEGNYTCLFVTFPQGSRSVDIWLRVLAKPQNTAEVQKVQLTG-----EPVPMARC
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CCDS84 RMF
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