Result of FASTA (omim) for
pFN21AE4373
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4373, 391 aa
1>>>pF1KE4373 391 - 391 aa - 391 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.9311+/-0.000428; mu= 8.1306+/- 0.027
mean_var=551.5713+/-117.473, 0's: 0 Z-trim(124.5): 97 B-trim: 2647 in 1/57
Lambda= 0.054610
statistics sampled from 46333 (46450) to 46333 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.795), E-opt: 0.2 (0.545), width: 16
Scan time: 10.790
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_002130 (OMIM: 300199,300238) RNA-binding motif ( 391) 2756 231.2 3.2e-60
NP_055284 (OMIM: 605444) RNA-binding motif protein ( 392) 1940 166.9 7.3e-41
XP_011529740 (OMIM: 400006,415000) PREDICTED: RNA- ( 385) 1450 128.3 3e-29
NP_001307873 (OMIM: 400006,415000) RNA-binding mot ( 459) 1201 108.8 2.7e-23
XP_011529739 (OMIM: 400006,415000) PREDICTED: RNA- ( 422) 1198 108.5 3e-23
NP_005049 (OMIM: 400006,415000) RNA-binding motif ( 496) 1198 108.7 3.2e-23
XP_016885549 (OMIM: 400006,415000) PREDICTED: RNA- ( 435) 1001 93.0 1.4e-18
NP_001307874 (OMIM: 400006,415000) RNA-binding mot ( 356) 564 58.5 3e-08
NP_001158275 (OMIM: 300199,300238) RNA-binding mot ( 196) 468 50.5 4.2e-06
XP_011525970 (OMIM: 602649) PREDICTED: cold-induci ( 202) 422 46.9 5.3e-05
NP_001287744 (OMIM: 602649) cold-inducible RNA-bin ( 168) 412 45.9 8.4e-05
XP_016881726 (OMIM: 602649) PREDICTED: cold-induci ( 168) 412 45.9 8.4e-05
NP_001287758 (OMIM: 602649) cold-inducible RNA-bin ( 297) 417 46.7 8.4e-05
XP_006722700 (OMIM: 602649) PREDICTED: cold-induci ( 172) 412 45.9 8.5e-05
NP_001271 (OMIM: 602649) cold-inducible RNA-bindin ( 172) 412 45.9 8.5e-05
NP_006734 (OMIM: 300027) RNA-binding protein 3 [Ho ( 157) 355 41.4 0.0018
>>NP_002130 (OMIM: 300199,300238) RNA-binding motif prot (391 aa)
initn: 2756 init1: 2756 opt: 2756 Z-score: 1202.1 bits: 231.2 E(85289): 3.2e-60
Smith-Waterman score: 2756; 100.0% identity (100.0% similar) in 391 aa overlap (1-391:1-391)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
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NP_002 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFESGRRGPPPPPRSRGPPRGLRGGRGGSGGTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFESGRRGPPPPPRSRGPPRGLRGGRGGSGGTR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 GPPSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPPPKRSAPSGPVRSSSGMGGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 GPPSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPPPKRSAPSGPVRSSSGMGGR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 APVSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPPRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 APVSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPPRD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 YTYRDYGHSSSRDDYPSRGYSDRDGYGRDRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPPTRGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 YTYRDYGHSSSRDDYPSRGYSDRDGYGRDRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPPTRGP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 PPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSGRDRVGRQERGLPPSMERGYPPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 PPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSGRDRVGRQERGLPPSMERGYPPP
310 320 330 340 350 360
370 380 390
pF1KE4 RDSYSSSSRGAPRGGGRGGSRSDRGGGRSRY
:::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 RDSYSSSSRGAPRGGGRGGSRSDRGGGRSRY
370 380 390
>>NP_055284 (OMIM: 605444) RNA-binding motif protein, X- (392 aa)
initn: 1185 init1: 902 opt: 1940 Z-score: 854.6 bits: 166.9 E(85289): 7.3e-41
Smith-Waterman score: 1940; 73.5% identity (84.8% similar) in 396 aa overlap (1-391:1-392)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
:::::::::::::::: ::.:::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFESGRRGPPPPPRSRGPPRGLRGGRGGSGGTR
::: ::::::::::::::::: :::::.:::.::::::: :::: :: ::: :::.:: :
NP_055 DAKAAARDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPP-RSRGRPRFLRGTRGGGGGPR
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KE4 GPPSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPPPKRSAPSGPVRSSSG-MGG
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NP_055 RSPSRGGPDDDGGYTADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARSSGGGMRG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 RAPVSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPPR
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NP_055 RALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDY---REPRGFAPSPG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 DYTYRDYGHSSSRDDYPSRGYSDRDGYG-RDRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPPTR
.::.::::::: ::: : :::::::::: :::::.:: : ::.:. .::::. :.: : :
NP_055 EYTHRDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRDRDYGDHLSRGSHREPFESYGELRGAAPGR
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 GPPPSYGGSSRYDDYSS-SRDGYGGSRDSYSSS--RSDLYSSGRDRVGRQERGLPPSMER
: ::::::..::..: . : :.:.:.::::::: ::: :: :: :::: .::: ::::
NP_055 GTPPSYGGGGRYEEYRGYSPDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGRHRVGRPDRGLSLSMER
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390
pF1KE4 GYPPPRDSYSSSSRGAPRGGGRGGSRSDRGGGRSRY
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NP_055 GCPPQRDSYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY
360 370 380 390
>>XP_011529740 (OMIM: 400006,415000) PREDICTED: RNA-bind (385 aa)
initn: 977 init1: 393 opt: 1450 Z-score: 646.0 bits: 128.3 E(85289): 3e-29
Smith-Waterman score: 1450; 59.0% identity (79.0% similar) in 395 aa overlap (1-391:1-385)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
:::::.:::::::::: ::::: :.:::::.: : ::::.::: :.:::::::.:::.::
XP_011 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE4 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFESG-RRGPPPPPRSRGPPRGLRGGRGGSGGT
:::.::.::::::: ::::::::: ::::.:: :: :: :.:.: .::..::. :::
XP_011 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 RGP-PSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPPPKRSAPSGPVRSSSGMG
:: ::. ::.:::::. ...:: ::: .:::::: ::::::::.::::. .::.: ::
XP_011 RGWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 GRAPVSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPP
...:.:. :..:: :::: . : :. .: : :::.:.:. ..:: ..:::::::
XP_011 SQGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG----NHPSCQETRDYAPPS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 RDYTYRDYGHSSSRDDYPSRGYSDRDGYGR--DRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPP
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XP_011 RGYAYRDNGHSN-RDEHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSHGAPP
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 TRGPPPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSGRDRVGRQERGLPPSMERG
.::: :::::. . ::..:: :: : .:::: .:.. :..: :... :::. :
XP_011 ARGPRMSYGGSTCHA-YSNTRDRYGRSWESYSSC-GDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLGRV
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390
pF1KE4 YPPPRDSYSSSSRGAPRGGGRGGSRSDRGGGRSRY
: ::.. .::: : : : :::..: . :::
XP_011 LPDPREACGSSSYVASIVDG-GESRSEKGDS-SRY
360 370 380
>>NP_001307873 (OMIM: 400006,415000) RNA-binding motif p (459 aa)
initn: 1123 init1: 393 opt: 1201 Z-score: 539.3 bits: 108.8 E(85289): 2.7e-23
Smith-Waterman score: 1265; 52.6% identity (68.8% similar) in 426 aa overlap (1-353:1-423)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
:::::.:::::::::: ::::: :.:::::.: : ::::.::: :.:::::::.:::.::
NP_001 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE4 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFESG-RRGPPPPPRSRGPPRGLRGGRGGSGGT
:::.::.::::::: ::::::::: ::::.:: :: :: :.:.: .::..::. :::
NP_001 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 RGP-PSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPPPKRSAPSGPVRSSSGMG
:: ::. ::.:::::. ...:: ::: .:::::: ::::::::.::::. .::.: ::
NP_001 RGWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210
pF1KE4 GRAPVSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYST----------------------
...:.:. :..:: :::: . : :. .: : :::.:
NP_001 SQGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYA
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250
pF1KE4 --------KDSYSSRDYP---SSRDTRDYAPPPRDYTYRDYGHS--------------SS
.: .::: : :::.::::::: : ..::::::: ::
NP_001 YRDNGHSNRDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNRRSS
240 250 260 270 280 290
260 270 280
pF1KE4 RD--------------DYP--------SRGYSDRDGYGR--DRDYSDHPSGGSYRDSYES
:. :: ::::: .::::. ::.:.: ::.::::. .
NP_001 RETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQR
300 310 320 330 340 350
290 300 310 320 330 340
pF1KE4 YGNSRSAPPTRGPPPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSGRDRVGRQER
::.:..:::.::: :::::. . ::..:: :: : .:::: .:.. :..: :...
NP_001 YGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHA-YSNTRDRYGRSWESYSSC-GDFHYCDREHVCRKDQ
360 370 380 390 400 410
350 360 370 380 390
pF1KE4 GLPPSMERGYPPPRDSYSSSSRGAPRGGGRGGSRSDRGGGRSRY
:::.
NP_001 RNPPSLGRVLPDPREACGSSSYVASIVDGGESRSEKGDSSRY
420 430 440 450
>>XP_011529739 (OMIM: 400006,415000) PREDICTED: RNA-bind (422 aa)
initn: 794 init1: 393 opt: 1198 Z-score: 538.4 bits: 108.5 E(85289): 3e-23
Smith-Waterman score: 1213; 52.9% identity (71.0% similar) in 393 aa overlap (1-386:1-374)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
:::::.:::::::::: ::::: :.:::::.: : ::::.::: :.:::::::.:::.::
XP_011 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE4 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFESG-RRGPPPPPRSRGPPRGLRGGRGGSGGT
:::.::.::::::: ::::::::: ::::.:: :: :: :.:.: .::..::. :::
XP_011 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 RGP-PSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPPPKRSAPSGPVRSSSGMG
:: ::. ::.:::::. ...:: ::: .:::::: ::::::::.::::. .::.: ::
XP_011 RGWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 GRAPVSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPP
...:.:. :..:: :::: . : :. .: : :::.:.:. ..:: ..:::::::
XP_011 SQGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG----NHPSCQETRDYAPPS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 RDYTYRDYGHSSSRDDYPSRGYSDRDGYGRDRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPP-T
: :.::: :::. ::.. :::: .. . . :::. : .::: ::.:: .
XP_011 RGYAYRDNGHSN-RDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRD----YGHSRRDESYS
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 RGPPPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSGRDRVGRQERGLPPSME-RG
:: . .: . .:. :.: :: : : . :: : :. : : : :
XP_011 RGYR-NRRSSRETREYAPPSRGHG-YRDYGHSRRHESYSRGY-------RNHPSSRETRD
300 310 320 330 340
360 370 380 390
pF1KE4 YPPPRDSYSSSSRGAP---RGGGRGGSRSDRGGGRSRY
: ::. .:. . : . ..:: : : :
XP_011 YAPPHRDYAYRDYGHSSWDEHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYATLF
350 360 370 380 390 400
XP_011 QKTVHITAEITWTGPKRGGGG
410 420
>>NP_005049 (OMIM: 400006,415000) RNA-binding motif prot (496 aa)
initn: 1146 init1: 393 opt: 1198 Z-score: 537.8 bits: 108.7 E(85289): 3.2e-23
Smith-Waterman score: 1213; 52.9% identity (71.0% similar) in 393 aa overlap (1-386:1-374)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
:::::.:::::::::: ::::: :.:::::.: : ::::.::: :.:::::::.:::.::
NP_005 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE4 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFESG-RRGPPPPPRSRGPPRGLRGGRGGSGGT
:::.::.::::::: ::::::::: ::::.:: :: :: :.:.: .::..::. :::
NP_005 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 RGP-PSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPPPKRSAPSGPVRSSSGMG
:: ::. ::.:::::. ...:: ::: .:::::: ::::::::.::::. .::.: ::
NP_005 RGWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 GRAPVSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPP
...:.:. :..:: :::: . : :. .: : :::.:.:. ..:: ..:::::::
NP_005 SQGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG----NHPSCQETRDYAPPS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 RDYTYRDYGHSSSRDDYPSRGYSDRDGYGRDRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPP-T
: :.::: :::. ::.. :::: .. . . :::. : .::: ::.:: .
NP_005 RGYAYRDNGHSN-RDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRD----YGHSRRDESYS
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 RGPPPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSGRDRVGRQERGLPPSME-RG
:: . .: . .:. :.: :: : : . :: : :. : : : :
NP_005 RGYR-NRRSSRETREYAPPSRGHG-YRDYGHSRRHESYSRGY-------RNHPSSRETRD
300 310 320 330 340
360 370 380 390
pF1KE4 YPPPRDSYSSSSRGAP---RGGGRGGSRSDRGGGRSRY
: ::. .:. . : . ..:: : : :
NP_005 YAPPHRDYAYRDYGHSSWDEHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSH
350 360 370 380 390 400
NP_005 GAPPARGPRMSYGGSTCHAYSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLG
410 420 430 440 450 460
>>XP_016885549 (OMIM: 400006,415000) PREDICTED: RNA-bind (435 aa)
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Smith-Waterman score: 1065; 49.7% identity (66.6% similar) in 386 aa overlap (41-353:17-399)
20 30 40 50 60 70
pF1KE4 FIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPADAKDAARDMN
::: :.:::::::.:::.:::::.::.:::
XP_016 MRRCLKQYLGNMVPYQKDR-TSKSRGFAFITFENPADAKNAAKDMN
10 20 30 40
80 90 100 110 120
pF1KE4 GKSLDGKAIKVEQATKPSFESG-RRGPPPPPRSRGPPRGLRGGRGGSGGTRGP-PSRGGH
:::: ::::::::: ::::.:: :: :: :.:.: .::..::. ::::: ::. ::
XP_016 GKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGTRGWLPSHEGH
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 MDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPPPKRSAPSGPVRSSSGMGGRAPVSRGRD
.:::::. ...:: ::: .:::::: ::::::::.::::. .::.: ::...:.:. :.
XP_016 LDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMGSQGPMSQRRE
110 120 130 140 150 160
190 200 210
pF1KE4 SYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYST------------------------------KD
.:: :::: . : :. .: : :::.: .:
XP_016 NYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYAYRDNGHSNRD
170 180 190 200 210 220
220 230 240 250
pF1KE4 SYSSRDYP---SSRDTRDYAPPPRDYTYRDYGHS--------------SSRD--------
.::: : :::.::::::: : ..::::::: :::.
XP_016 EHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNRRSSRETREYAPPS
230 240 250 260 270 280
260 270 280 290
pF1KE4 ------DYP--------SRGYSDRDGYGR--DRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPPT
:: ::::: .::::. ::.:.: ::.::::. . ::.:..:::.
XP_016 RGHGYRDYGHSRRHESYSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSHGAPPA
290 300 310 320 330 340
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 RGPPPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSGRDRVGRQERGLPPSMERGY
::: :::::. . ::..:: :: : .:::: .:.. :..: :... :::.
XP_016 RGPRMSYGGSTCHA-YSNTRDRYGRSWESYSSC-GDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLGRVL
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360 370 380 390
pF1KE4 PPPRDSYSSSSRGAPRGGGRGGSRSDRGGGRSRY
XP_016 PDPREACGSSSYVASIVDGGESRSEKGDSSRY
410 420 430
>>NP_001307874 (OMIM: 400006,415000) RNA-binding motif p (356 aa)
initn: 788 init1: 318 opt: 564 Z-score: 269.1 bits: 58.5 E(85289): 3e-08
Smith-Waterman score: 579; 42.9% identity (62.3% similar) in 252 aa overlap (140-386:1-234)
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 RGGRGGSGGTRGPPSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPPPKRSAPSG
:: ::: .:::::: ::::::::.::::.
NP_001 MSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSA
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pF1KE4 PVRSSSGMGGRAPVSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSR
.::.: ::...:.:. :..:: :::: . : :. .: : :::.:.:. ..:: .
NP_001 VARSNSWMGSQGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG----NHPSCQ
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pF1KE4 DTRDYAPPPRDYTYRDYGHSSSRDDYPSRGYSDRDGYGRDRDYSDHPSGGSYRDSYESYG
.::::::: : :.::: :::. ::.. :::: .. . . :::. : .::: ::
NP_001 ETRDYAPPSRGYAYRDNGHSN-RDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRD----YG
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290 300 310 320 330 340
pF1KE4 NSRSAPP-TRGPPPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSGRDRVGRQERG
.:: .:: . .: . .:. :.: :: : : . :: : :.
NP_001 HSRRDESYSRGYR-NRRSSRETREYAPPSRGHG-YRDYGHSRRHESYSRGY-------RN
150 160 170 180 190
350 360 370 380 390
pF1KE4 LPPSME-RGYPPPRDSYSSSSRGAP---RGGGRGGSRSDRGGGRSRY
: : : : : ::. .:. . : . ..:: : : :
NP_001 HPSSRETRDYAPPHRDYAYRDYGHSSWDEHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRD
200 210 220 230 240 250
NP_001 ALQRYGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHAYSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRK
260 270 280 290 300 310
>>NP_001158275 (OMIM: 300199,300238) RNA-binding motif p (196 aa)
initn: 464 init1: 464 opt: 468 Z-score: 230.5 bits: 50.5 E(85289): 4.2e-06
Smith-Waterman score: 468; 81.2% identity (84.4% similar) in 96 aa overlap (1-96:1-92)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFESGRRGPPPPPRSRGPPRGLRGGRGGSGGTR
:::::::::::: : .::. . : : :
NP_001 DAKDAARDMNGKLL----YHVEEIVMEVHLEGNRCPLVEMFICPQEMMGILLKTAIQAEI
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 GPPSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPPPKRSAPSGPVRSSSGMGGR
NP_001 TQVLVILEIMHHHHEIILTVIMVIPVHVMTIHQEDIAIEMDMVVIVTIQIIQVEVPTEIH
120 130 140 150 160 170
>>XP_011525970 (OMIM: 602649) PREDICTED: cold-inducible (202 aa)
initn: 452 init1: 368 opt: 422 Z-score: 210.8 bits: 46.9 E(85289): 5.3e-05
Smith-Waterman score: 422; 45.3% identity (64.7% similar) in 190 aa overlap (4-187:2-187)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
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XP_011 MASDEGKLFVGGLSFDTNEQSLEQVFSKYGQISEVVVVKDRETQRSRGFGFVTFENID
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE4 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFESGRRGPPPPPRSRGPPRGLRG-GRGGS--G
::::: :::::.::. :.:.:: : : . .: .:: :: :: ::: : :
XP_011 DAKDAMMAMNGKSVDGRQIRVDQAGKSSDNRSRGYRGGSAGGRGFFRGGRGRGRGFSRGG
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: :: . . .:::. . .. :::. . : ::.: . : : : .
XP_011 GDRGYGGNRFESRSGGYGGSRDYYSSRSQ---SGGYSDRSSGGSYRDSYDSYEAGQRAEA
120 130 140 150 160 170
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pF1KE4 SGMGGRAPVSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDY
:. :: : . .:
XP_011 RGIPGR-PQTASRLASSAVASRVLSILC
180 190 200
391 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 02:00:20 2016 done: Sun Nov 6 02:00:21 2016
Total Scan time: 10.790 Total Display time: 0.030
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]