Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4307
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4307, 312 aa
1>>>pF1KE4307 312 - 312 aa - 312 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5513+/-0.000751; mu= 14.9064+/- 0.045
mean_var=70.3678+/-14.217, 0's: 0 Z-trim(109.1): 26 B-trim: 214 in 1/52
Lambda= 0.152893
statistics sampled from 10661 (10686) to 10661 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.712), E-opt: 0.2 (0.328), width: 16
Scan time: 2.670
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS11624.1 CA4 gene_id:762|Hs108|chr17 ( 312) 2102 472.3 2e-133
CCDS10186.1 CA12 gene_id:771|Hs108|chr15 ( 343) 518 123.0 3.3e-28
CCDS10185.1 CA12 gene_id:771|Hs108|chr15 ( 354) 502 119.4 4e-27
CCDS947.1 CA14 gene_id:23632|Hs108|chr1 ( 337) 495 117.9 1.1e-26
CCDS30578.1 CA6 gene_id:765|Hs108|chr1 ( 308) 490 116.8 2.2e-26
CCDS57970.1 CA6 gene_id:765|Hs108|chr1 ( 313) 490 116.8 2.2e-26
CCDS10821.1 CA7 gene_id:766|Hs108|chr16 ( 264) 468 111.9 5.6e-25
CCDS2895.1 PTPRG gene_id:5793|Hs108|chr3 (1445) 464 111.4 4.4e-24
CCDS6239.1 CA2 gene_id:760|Hs108|chr8 ( 260) 451 108.1 7.4e-24
CCDS6238.1 CA3 gene_id:761|Hs108|chr8 ( 260) 427 102.8 2.9e-22
CCDS76767.1 CA12 gene_id:771|Hs108|chr15 ( 283) 424 102.2 5e-22
CCDS6236.1 CA13 gene_id:377677|Hs108|chr8 ( 262) 418 100.9 1.2e-21
CCDS14171.1 CA5B gene_id:11238|Hs108|chrX ( 317) 408 98.7 6.3e-21
CCDS6174.1 CA8 gene_id:767|Hs108|chr8 ( 290) 398 96.5 2.7e-20
CCDS42173.1 CA7 gene_id:766|Hs108|chr16 ( 208) 391 94.8 5.9e-20
CCDS6585.1 CA9 gene_id:768|Hs108|chr9 ( 459) 394 95.7 7.3e-20
CCDS10965.1 CA5A gene_id:763|Hs108|chr16 ( 305) 390 94.7 9.6e-20
CCDS56505.1 PTPRZ1 gene_id:5803|Hs108|chr7 (1448) 391 95.3 3.1e-19
CCDS6237.1 CA1 gene_id:759|Hs108|chr8 ( 261) 380 92.5 3.9e-19
CCDS34740.1 PTPRZ1 gene_id:5803|Hs108|chr7 (2315) 391 95.4 4.6e-19
CCDS57971.1 CA6 gene_id:765|Hs108|chr1 ( 248) 374 91.1 9.3e-19
CCDS32684.1 CA10 gene_id:56934|Hs108|chr17 ( 328) 346 85.0 8.5e-17
CCDS12729.1 CA11 gene_id:770|Hs108|chr19 ( 328) 279 70.2 2.4e-12
>>CCDS11624.1 CA4 gene_id:762|Hs108|chr17 (312 aa)
initn: 2102 init1: 2102 opt: 2102 Z-score: 2508.7 bits: 472.3 E(32554): 2e-133
Smith-Waterman score: 2102; 100.0% identity (100.0% similar) in 312 aa overlap (1-312:1-312)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MRMLLALLALSAARPSASAESHWCYEVQAESSNYPCLVPVKWGGNCQKDRQSPINIVTTK
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CCDS11 MRMLLALLALSAARPSASAESHWCYEVQAESSNYPCLVPVKWGGNCQKDRQSPINIVTTK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 AKVDKKLGRFFFSGYDKKQTWTVQNNGHSVMMLLENKASISGGGLPAPYQAKQLHLHWSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 AKVDKKLGRFFFSGYDKKQTWTVQNNGHSVMMLLENKASISGGGLPAPYQAKQLHLHWSD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 LPYKGSEHSLDGEHFAMEMHIVHEKEKGTSRNVKEAQDPEDEIAVLAFLVEAGTQVNEGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LPYKGSEHSLDGEHFAMEMHIVHEKEKGTSRNVKEAQDPEDEIAVLAFLVEAGTQVNEGF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 QPLVEALSNIPKPEMSTTMAESSLLDLLPKEEKLRHYFRYLGSLTTPTCDEKVVWTVFRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 QPLVEALSNIPKPEMSTTMAESSLLDLLPKEEKLRHYFRYLGSLTTPTCDEKVVWTVFRE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 PIQLHREQILAFSQKLYYDKEQTVSMKDNVRPLQQLGQRTVIKSGAPGRPLPWALPALLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PIQLHREQILAFSQKLYYDKEQTVSMKDNVRPLQQLGQRTVIKSGAPGRPLPWALPALLG
250 260 270 280 290 300
310
pF1KE4 PMLACLLAGFLR
::::::::::::
CCDS11 PMLACLLAGFLR
310
>>CCDS10186.1 CA12 gene_id:771|Hs108|chr15 (343 aa)
initn: 287 init1: 191 opt: 518 Z-score: 619.8 bits: 123.0 E(32554): 3.3e-28
Smith-Waterman score: 518; 32.6% identity (60.1% similar) in 316 aa overlap (3-311:12-315)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MRMLLALLALSAARPSASAESHWCYEVQAESSNYPCLVPVKWGGNCQKDRQ
.::..: . . :. :.: : ... : .: :
CCDS10 MPRRSLHAAAVLLLVILKEQPSSPAPVNGSKWTYFGPDGENSWSKKYP-----SCGGLLQ
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KE4 SPINIVTTKAKVDKKLGRFFFSGYD--KKQTWTVQNNGHSVMMLLENKASISGGGLPAPY
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CCDS10 SPIDLHSDILQYDASLTPLEFQGYNLSANKQFLLTNNGHSVKLNLPSDMHIQG--LQSRY
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 QAKQLHLHWSDLPY--KGSEHSLDGEHFAMEMHIVHEKEKGTSRNVKEAQDPEDEIAVLA
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CCDS10 SATQLHLHWGN-PNDPHGSEHTVSGQHFAAELHIVHYN-SDLYPDASTASNKSEGLAVLA
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 FLVEAGTQVNEGFQPLVEALSNIPKPEMSTTMAESSLLDLLPKEEKLRHYFRYLGSLTTP
:.: :. : ... . :... . . . .. .::: :. .:.:: ::::::
CCDS10 VLIEMGS-FNPSYDKIFSHLQHVKYKGQEAFVPGFNIEELLP--ERTAEYYRYRGSLTTP
180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 TCDEKVVWTVFREPIQLHREQILAFSQKLY---YDKEQTVSMKDNVRPLQQLGQRTVIKS
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CCDS10 PCNPTVLWTVFRNPVQISQEQLLALETALYCTHMDDPSPREMINNFRQVQKFDERLVYTS
230 240 250 260 270 280
290 300 310
pF1KE4 GAPGRPLPWALPALLGPMLACLLAGFLR
. : : :: ..:: .. ... .:
CCDS10 FSQGIILSLALAGILGICIVVVVSIWLFRRKSIKKGDNKGVIYKPATKMETEAHA
290 300 310 320 330 340
>>CCDS10185.1 CA12 gene_id:771|Hs108|chr15 (354 aa)
initn: 394 init1: 191 opt: 502 Z-score: 600.5 bits: 119.4 E(32554): 4e-27
Smith-Waterman score: 502; 32.9% identity (59.5% similar) in 316 aa overlap (3-311:12-314)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MRMLLALLALSAARPSASAESHWCYEVQAESSNYPCLVPVKWGGNCQKDRQ
.::..: . . :. :.: : ... : .: :
CCDS10 MPRRSLHAAAVLLLVILKEQPSSPAPVNGSKWTYFGPDGENSWSKKYP-----SCGGLLQ
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KE4 SPINIVTTKAKVDKKLGRFFFSGYD--KKQTWTVQNNGHSVMMLLENKASISGGGLPAPY
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CCDS10 SPIDLHSDILQYDASLTPLEFQGYNLSANKQFLLTNNGHSVKLNLPSDMHIQG--LQSRY
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KE4 QAKQLHLHWSDLPY--KGSEHSLDGEHFAMEMHIVHEKEKGTSRNVKEAQDPEDEIAVLA
.: ::::::.. : .::::...:.::: :.:::: . . ... :.. . .::::
CCDS10 SATQLHLHWGN-PNDPHGSEHTVSGQHFAAELHIVHYN-SDLYPDASTASNKSEGLAVLA
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE4 FLVEAGTQVNEGFQPLVEALSNIPKPEMSTTMAESSLLDLLPKEEKLRHYFRYLGSLTTP
:.: :. : ... . :... . . . .. .::: :. .:.:: ::::::
CCDS10 VLIEMGS-FNPSYDKIFSHLQHVKYKGQEAFVPGFNIEELLP--ERTAEYYRYRGSLTTP
180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KE4 TCDEKVVWTVFREPIQLHREQILAFSQKLY---YDKEQTVSMKDNVRPLQQLGQRTVIKS
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CCDS10 PCNPTVLWTVFRNPVQISQEQLLALETALYCTHMDDPSPREMINNFRQVQKFDERLVYTS
230 240 250 260 270 280
290 300 310
pF1KE4 GAPGRPLPWALPALLGPMLACLLAGFLR
. . . : :: .:. :::.:
CCDS10 FSQVQ-VCTAAGLSLGIILSLALAGILGICIVVVVSIWLFRRKSIKKGDNKGVIYKPATK
290 300 310 320 330 340
>>CCDS947.1 CA14 gene_id:23632|Hs108|chr1 (337 aa)
initn: 355 init1: 213 opt: 495 Z-score: 592.5 bits: 117.9 E(32554): 1.1e-26
Smith-Waterman score: 495; 34.0% identity (61.7% similar) in 303 aa overlap (16-307:15-305)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MRMLLALLALSAARPSASAESHWCYEVQAESSNYPCLVPVKWGGNCQKDRQSPINIVTTK
.:.. .:: :: ....: : .: .. ::::.: : .
CCDS94 MLFSALLLEVIWILAADGGQHWTYEGPHGQDHWPASYP-----ECGNNAQSPIDIQTDS
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE4 AKVDKKLGRFFFSGYDKKQT--WTVQNNGHSVMMLLENKASISGGGLPAPYQAKQLHLHW
. : : . :::. : ..::::.:.. : ... :::: : : ::::::
CCDS94 VTFDPDLPALQPHGYDQPGTEPLDLHNNGHTVQLSLP--STLYLGGLPRKYVAAQLHLHW
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 SDLPYKG-SEHSLDGEHFAMEMHIVHEKEKGTSRNVKEAQDPEDEIAVLAFLVEAGTQVN
.. : :::....: :.:::: .. . ...:: . . .:::..:.:.: :
CCDS94 GQKGSPGGSEHQINSEATFAELHIVHY-DSDSYDSLSEAAERPQGLAVLGILIEVGETKN
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 EGFQPLVEALSNIPKPEMSTTMAESSLLDLLPKEEKLRHYFRYLGSLTTPTCDEKVVWTV
... .. : .. . ...:.. .: .:::: .: .:::: :::::: : ..:.:::
CCDS94 IAYEHILSHLHEVRHKDQKTSVPPFNLRELLPK--QLGQYFRYNGSLTTPPCYQSVLWTV
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280
pF1KE4 FREPIQLHREQILAFSQKLYYDKEQTVSMK-DNVRPLQQLGQRTV----IKSGAP---GR
: . :. ::. .. :. .:. .. .: : :: :.:: : :..:. :.
CCDS94 FYRRSQISMEQLEKLQGTLFSTEEEPSKLLVQNYRALQPLNQRMVFASFIQAGSSYTTGE
230 240 250 260 270 280
290 300 310
pF1KE4 PLPWALPALLGPMLACLLAGFLR
: .. :.: . :::
CCDS94 MLSLGVGILVGCL--CLLLAVYFIARKIRKKRLENRKSVVFTSAQATTEA
290 300 310 320 330
>>CCDS30578.1 CA6 gene_id:765|Hs108|chr1 (308 aa)
initn: 282 init1: 126 opt: 490 Z-score: 587.1 bits: 116.8 E(32554): 2.2e-26
Smith-Waterman score: 490; 33.1% identity (62.8% similar) in 296 aa overlap (1-289:1-281)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MRMLLALLALSAARPSASAESHWCYEVQA-ESSNYPCLVPVKWGGNCQKDRQSPINIVTT
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CCDS30 MRALVLLLSLFLLGGQAQHVSDWTYSEGALDEAHWPQHYPA-----CGGQRQSPINLQRT
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 KAKVDKKLGRFFFSGYDKKQ-TWTVQNNGHSVMMLLEN--KASISGGGLPAPYQAKQLHL
:.. . .: . ..::. . . . ::::.:.. : . . ... : . : :.:.:.
CCDS30 KVRYNPSLKGLNMTGYETQAGEFPMVNNGHTVQISLPSTMRMTVADGTV---YIAQQMHF
60 70 80 90 100 110
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pF1KE4 HW--SDLPYKGSEHSLDGEHFAMEMHIVHEKEKGTSRNVKEAQDPEDEIAVLAFLVEAGT
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CCDS30 HWGGASSEISGSEHTVDGIRHVIEIHIVHYNSKYKSYDI--AQDAPDGLAVLAAFVEVKN
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 QV-NEGFQPLVEALSNIPKPEMSTTMAESSLLDLLPKEEKLRHYFRYLGSLTTPTCDEKV
: .. .. :.:: : . ::.. .. :.::.. :.::. : :::::: : :.:
CCDS30 YPENTYYSNFISHLANIKYPGQRTTLTGLDVQDMLPRN--LQHYYTYHGSLTTPPCTENV
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 VWTVFREPIQLHREQILAFSQKLYYDKEQTVSMKDNVRPLQQLGQRTVIKSGAPGRPLPW
: :. . ..: : :. . ..: ...:. ... : : :..: :..:. :..
CCDS30 HWFVLADFVKLSRTQVWKLENSLLDHRNKTI--HNDYRRTQPLNHR-VVESNFPNQEYTL
230 240 250 260 270 280
300 310
pF1KE4 ALPALLGPMLACLLAGFLR
CCDS30 GSEFQFYLHKIEEILDYLRRALN
290 300
>>CCDS57970.1 CA6 gene_id:765|Hs108|chr1 (313 aa)
initn: 282 init1: 126 opt: 490 Z-score: 587.0 bits: 116.8 E(32554): 2.2e-26
Smith-Waterman score: 490; 33.1% identity (62.8% similar) in 296 aa overlap (1-289:1-281)
10 20 30 40 50
pF1KE4 MRMLLALLALSAARPSASAESHWCYEVQA-ESSNYPCLVPVKWGGNCQKDRQSPINIVTT
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CCDS57 MRALVLLLSLFLLGGQAQHVSDWTYSEGALDEAHWPQHYPA-----CGGQRQSPINLQRT
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE4 KAKVDKKLGRFFFSGYDKKQ-TWTVQNNGHSVMMLLEN--KASISGGGLPAPYQAKQLHL
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CCDS57 KVRYNPSLKGLNMTGYETQAGEFPMVNNGHTVQISLPSTMRMTVADGTV---YIAQQMHF
60 70 80 90 100 110
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pF1KE4 HW--SDLPYKGSEHSLDGEHFAMEMHIVHEKEKGTSRNVKEAQDPEDEIAVLAFLVEAGT
:: .. .::::..:: . ..:.:::: . : : .. ::: : .:::: .::. .
CCDS57 HWGGASSEISGSEHTVDGIRHVIEIHIVHYNSKYKSYDI--AQDAPDGLAVLAAFVEVKN
120 130 140 150 160 170
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pF1KE4 QV-NEGFQPLVEALSNIPKPEMSTTMAESSLLDLLPKEEKLRHYFRYLGSLTTPTCDEKV
: .. .. :.:: : . ::.. .. :.::.. :.::. : :::::: : :.:
CCDS57 YPENTYYSNFISHLANIKYPGQRTTLTGLDVQDMLPRN--LQHYYTYHGSLTTPPCTENV
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 VWTVFREPIQLHREQILAFSQKLYYDKEQTVSMKDNVRPLQQLGQRTVIKSGAPGRPLPW
: :. . ..: : :. . ..: ...:. ... : : :..: :..:. :..
CCDS57 HWFVLADFVKLSRTQVWKLENSLLDHRNKTI--HNDYRRTQPLNHR-VVESNFPNQGKGH
230 240 250 260 270 280
300 310
pF1KE4 ALPALLGPMLACLLAGFLR
CCDS57 GGHRGRSQNPRVQPTSTRHPLALGSLEA
290 300 310
>>CCDS10821.1 CA7 gene_id:766|Hs108|chr16 (264 aa)
initn: 391 init1: 191 opt: 468 Z-score: 561.9 bits: 111.9 E(32554): 5.6e-25
Smith-Waterman score: 468; 34.6% identity (63.2% similar) in 269 aa overlap (23-284:7-261)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MRMLLALLALSAARPSASAESHWCYEVQAESSNYPCLVPVKWGGNCQKDRQSPINIVTTK
: : . :.. : :. : ::::::::....
CCDS10 MTGHHGWGYGQDDGPSHWHKLYPIAQG-----DRQSPINIISSQ
10 20 30
70 80 90 100 110
pF1KE4 AKVDKKLGRFFFSGYDKKQTWTVQNNGHSVMMLL---ENKASISGGGLPAPYQAKQLHLH
: . .: . .: :. .. .. ::::::.. . .... ..:: : .::. ::.:.:
CCDS10 AVYSPSLQPLELS-YEACMSLSITNNGHSVQVDFNDSDDRTVVTGGPLEGPYRLKQFHFH
40 50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 WSDLPYKGSEHSLDGEHFAMEMHIVHEKEKGTSRNVKEAQDPEDEIAVLAFLVEAGTQVN
:. ::::..::. : :.:.:: . : : . :: . : .::.. ..:.: . .
CCDS10 WGKKHDVGSEHTVDGKSFPSELHLVHWNAKKYS-TFGEAASAPDGLAVVGVFLETGDE-H
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 EGFQPLVEALSNIPKPEMSTTMAESSLLD---LLPKEEKLRHYFRYLGSLTTPTCDEKVV
... :..:: . ... : :. : .. ::: :::. : :::::: .:.:.
CCDS10 PSMNRLTDALYMV---RFKGTKAQFSCFNPKCLLPAS---RHYWTYPGSLTTPPLSESVT
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 WTVFREPIQLHREQILAFSQKLYYDKE-QTVSMKDNVRPLQQLGQRTVIKSGAPGRPLPW
: :.:::: . ..:. : . :. ... . . : .: :: : : :.: :
CCDS10 WIVLREPICISERQMGKFRSLLFTSEDDERIHMVNNFRPPQPLKGRVVKASFRA
220 230 240 250 260
300 310
pF1KE4 ALPALLGPMLACLLAGFLR
>>CCDS2895.1 PTPRG gene_id:5793|Hs108|chr3 (1445 aa)
initn: 265 init1: 152 opt: 464 Z-score: 545.9 bits: 111.4 E(32554): 4.4e-24
Smith-Waterman score: 464; 31.0% identity (65.2% similar) in 287 aa overlap (9-284:46-320)
10 20 30
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