Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4301
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4301, 297 aa
1>>>pF1KE4301 297 - 297 aa - 297 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0278+/-0.000931; mu= 11.8352+/- 0.056
mean_var=73.0147+/-14.262, 0's: 0 Z-trim(105.5): 39 B-trim: 26 in 1/50
Lambda= 0.150096
statistics sampled from 8407 (8443) to 8407 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.634), E-opt: 0.2 (0.259), width: 16
Scan time: 2.130
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12263.1 CNN1 gene_id:1264|Hs108|chr19 ( 297) 2004 443.2 1.1e-124
CCDS77238.1 CNN1 gene_id:1264|Hs108|chr19 ( 247) 1665 369.7 1.2e-102
CCDS30775.1 CNN3 gene_id:1266|Hs108|chr1 ( 329) 1368 305.5 3.6e-83
CCDS12053.1 CNN2 gene_id:1265|Hs108|chr19 ( 309) 1217 272.8 2.3e-73
CCDS65592.1 CNN3 gene_id:1266|Hs108|chr1 ( 288) 1156 259.5 2.1e-69
CCDS12054.1 CNN2 gene_id:1265|Hs108|chr19 ( 270) 841 191.3 6.7e-49
CCDS65593.1 CNN3 gene_id:1266|Hs108|chr1 ( 283) 722 165.6 4e-41
CCDS77205.1 CNN2 gene_id:1265|Hs108|chr19 ( 330) 604 140.0 2.3e-33
CCDS77204.1 CNN2 gene_id:1265|Hs108|chr19 ( 298) 583 135.5 4.8e-32
CCDS1189.1 TAGLN2 gene_id:8407|Hs108|chr1 ( 199) 385 92.5 2.7e-19
CCDS60314.1 TAGLN2 gene_id:8407|Hs108|chr1 ( 220) 385 92.5 3e-19
CCDS33816.1 TAGLN3 gene_id:29114|Hs108|chr3 ( 199) 373 89.9 1.6e-18
>>CCDS12263.1 CNN1 gene_id:1264|Hs108|chr19 (297 aa)
initn: 2004 init1: 2004 opt: 2004 Z-score: 2351.8 bits: 443.2 E(32554): 1.1e-124
Smith-Waterman score: 2004; 100.0% identity (100.0% similar) in 297 aa overlap (1-297:1-297)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MSSAHFNRGPAYGLSAEVKNKLAQKYDHQREQELREWIEGVTGRRIGNNFMDGLKDGIIL
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CCDS12 MSSAHFNRGPAYGLSAEVKNKLAQKYDHQREQELREWIEGVTGRRIGNNFMDGLKDGIIL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 CEFINKLQPGSVKKINESTQNWHQLENIGNFIKAITKYGVKPHDIFEANDLFENTNHTQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 CEFINKLQPGSVKKINESTQNWHQLENIGNFIKAITKYGVKPHDIFEANDLFENTNHTQV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 QSTLLALASMAKTKGNKVNVGVKYAEKQERKFEPGKLREGRNIIGLQMGTNKFASQQGMT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 QSTLLALASMAKTKGNKVNVGVKYAEKQERKFEPGKLREGRNIIGLQMGTNKFASQQGMT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 AYGTRRHLYDPKLGTDQPLDQATISLQMGTNKGASQAGMTAPGTKRQIFEPGLGMEHCDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 AYGTRRHLYDPKLGTDQPLDQATISLQMGTNKGASQAGMTAPGTKRQIFEPGLGMEHCDT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290
pF1KE4 LNVSLQMGSNKGASQRGMTVYGLPRQVYDPKYCLTPEYPELGEPAHNHHAHNYYNSA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LNVSLQMGSNKGASQRGMTVYGLPRQVYDPKYCLTPEYPELGEPAHNHHAHNYYNSA
250 260 270 280 290
>>CCDS77238.1 CNN1 gene_id:1264|Hs108|chr19 (247 aa)
initn: 1665 init1: 1665 opt: 1665 Z-score: 1956.3 bits: 369.7 E(32554): 1.2e-102
Smith-Waterman score: 1665; 100.0% identity (100.0% similar) in 247 aa overlap (51-297:1-247)
30 40 50 60 70 80
pF1KE4 KLAQKYDHQREQELREWIEGVTGRRIGNNFMDGLKDGIILCEFINKLQPGSVKKINESTQ
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 MDGLKDGIILCEFINKLQPGSVKKINESTQ
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KE4 NWHQLENIGNFIKAITKYGVKPHDIFEANDLFENTNHTQVQSTLLALASMAKTKGNKVNV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 NWHQLENIGNFIKAITKYGVKPHDIFEANDLFENTNHTQVQSTLLALASMAKTKGNKVNV
40 50 60 70 80 90
150 160 170 180 190 200
pF1KE4 GVKYAEKQERKFEPGKLREGRNIIGLQMGTNKFASQQGMTAYGTRRHLYDPKLGTDQPLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 GVKYAEKQERKFEPGKLREGRNIIGLQMGTNKFASQQGMTAYGTRRHLYDPKLGTDQPLD
100 110 120 130 140 150
210 220 230 240 250 260
pF1KE4 QATISLQMGTNKGASQAGMTAPGTKRQIFEPGLGMEHCDTLNVSLQMGSNKGASQRGMTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 QATISLQMGTNKGASQAGMTAPGTKRQIFEPGLGMEHCDTLNVSLQMGSNKGASQRGMTV
160 170 180 190 200 210
270 280 290
pF1KE4 YGLPRQVYDPKYCLTPEYPELGEPAHNHHAHNYYNSA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 YGLPRQVYDPKYCLTPEYPELGEPAHNHHAHNYYNSA
220 230 240
>>CCDS30775.1 CNN3 gene_id:1266|Hs108|chr1 (329 aa)
initn: 1628 init1: 696 opt: 1368 Z-score: 1606.7 bits: 305.5 E(32554): 3.6e-83
Smith-Waterman score: 1368; 72.6% identity (88.1% similar) in 277 aa overlap (5-279:3-279)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MSSAHFNRGPAYGLSAEVKNKLAQKYDHQREQELREWIEGVTGRRIGNNFMDGLKDGIIL
:::.::.::::::::::.:.::::: :..::.::: ::: :: ::. ::::::::
CCDS30 MTHFNKGPSYGLSAEVKNKIASKYDHQAEEDLRNWIEEVTGMSIGPNFQLGLKDGIIL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 CEFINKLQPGSVKKINESTQNWHQLENIGNFIKAITKYGVKPHDIFEANDLFENTNHTQV
::.:::::::::::.:::. :: :::::::::::: ::.:::::::::::::: : :::
CCDS30 CELINKLQPGSVKKVNESSLNWPQLENIGNFIKAIQAYGMKPHDIFEANDLFENGNMTQV
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KE4 QSTLLALASMAKTKG--NKVNVGVKYAEKQERKFEPGKLREGRNIIGLQMGTNKFASQQG
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CCDS30 QTTLVALAGLAKTKGFHTTIDIGVKYAEKQTRRFDEGKLKAGQSVIGLQMGTNKCASQAG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 MTAYGTRRHLYDPKLGTDQPLDQATISLQMGTNKGASQAGMTAPGTKRQIFEPGLGMEHC
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CCDS30 MTAYGTRRHLYDPKMQTDKPFDQTTISLQMGTNKGASQAGMLAPGTRRDIYDQKLTLQPV
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 DTLNVSLQMGSNKGASQRGMTVYGLPRQVYDPKYCLTPEYPELGEPAHNHHAHNYYNSA
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CCDS30 DNSTISLQMGTNKVASQKGMSVYGLGRQVYDPKYCAAPTEPVIHNGSQGTGTNGSEISDS
240 250 260 270 280 290
CCDS30 DYQAEYPDEYHGEYQDDYPRDYQYSDQGIDY
300 310 320
>>CCDS12053.1 CNN2 gene_id:1265|Hs108|chr19 (309 aa)
initn: 1401 init1: 636 opt: 1217 Z-score: 1430.5 bits: 272.8 E(32554): 2.3e-73
Smith-Waterman score: 1217; 65.8% identity (85.8% similar) in 275 aa overlap (1-273:1-274)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MSSAHFNRGPAYGLSAEVKNKLAQKYDHQREQELREWIEGVTGRRIGNNFMDGLKDGIIL
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CCDS12 MSSTQFNKGPSYGLSAEVKNRLLSKYDPQKEAELRTWIEGLTGLSIGPDFQKGLKDGTIL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 CEFINKLQPGSVKKINESTQNWHQLENIGNFIKAITKYGVKPHDIFEANDLFENTNHTQV
: ..:::::::: :::.: ::::::::..:::::...::..: :.::::::::. : :::
CCDS12 CTLMNKLQPGSVPKINRSMQNWHQLENLSNFIKAMVSYGMNPVDLFEANDLFESGNMTQV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KE4 QSTLLALASMAKTKG--NKVNVGVKYAEKQERKFEPGKLREGRNIIGLQMGTNKFASQQG
: .:::::. ::::: . :..::::.:::::.:. . .. :. .::::::::: :::.:
CCDS12 QVSLLALAGKAKTKGLQSGVDIGVKYSEKQERNFDDATMKAGQCVIGLQMGTNKCASQSG
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 MTAYGTRRHLYDPKLGTDQPLDQATISLQMGTNKGASQAGMTAPGTKRQIFEPGLGMEHC
:::::::::::::: :.:..:::::::::: :::.:::::::.:.:.. :: ..:
CCDS12 MTAYGTRRHLYDPKNHILPPMDHSTISLQMGTNKCASQVGMTAPGTRRHIYDTKLGTDKC
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 DTLNVSLQMGSNKGASQRGMTVYGLPRQVYDPKYCLTPEYPELGEPAHNHHAHNYYNSA
:. ..::::: ..::.: :. :.:: ::.::::::
CCDS12 DNSSMSLQMGYTQGANQSGQ-VFGLGRQIYDPKYCPQGTVADGAPSGTGDCPDPGEVPEY
250 260 270 280 290
CCDS12 PPYYQEEAGY
300
>>CCDS65592.1 CNN3 gene_id:1266|Hs108|chr1 (288 aa)
initn: 1416 init1: 690 opt: 1156 Z-score: 1359.6 bits: 259.5 E(32554): 2.1e-69
Smith-Waterman score: 1156; 72.5% identity (87.7% similar) in 236 aa overlap (46-279:3-238)
20 30 40 50 60 70
pF1KE4 AEVKNKLAQKYDHQREQELREWIEGVTGRRIGNNFMDGLKDGIILCEFINKLQPGSVKKI
:: ::. ::::::::::.:::::::::::.
CCDS65 MSIGPNFQLGLKDGIILCELINKLQPGSVKKV
10 20 30
80 90 100 110 120 130
pF1KE4 NESTQNWHQLENIGNFIKAITKYGVKPHDIFEANDLFENTNHTQVQSTLLALASMAKTKG
:::. :: :::::::::::: ::.:::::::::::::: : ::::.::.:::..:::::
CCDS65 NESSLNWPQLENIGNFIKAIQAYGMKPHDIFEANDLFENGNMTQVQTTLVALAGLAKTKG
40 50 60 70 80 90
140 150 160 170 180 190
pF1KE4 --NKVNVGVKYAEKQERKFEPGKLREGRNIIGLQMGTNKFASQQGMTAYGTRRHLYDPKL
. ...:::::::: :.:. :::. :...::::::::: ::: :::::::::::::::.
CCDS65 FHTTIDIGVKYAEKQTRRFDEGKLKAGQSVIGLQMGTNKCASQAGMTAYGTRRHLYDPKM
100 110 120 130 140 150
200 210 220 230 240 250
pF1KE4 GTDQPLDQATISLQMGTNKGASQAGMTAPGTKRQIFEPGLGMEHCDTLNVSLQMGSNKGA
::.:.::.::::::::::::::::: ::::.:.:.. : .. :. ..:::::.:: :
CCDS65 QTDKPFDQTTISLQMGTNKGASQAGMLAPGTRRDIYDQKLTLQPVDNSTISLQMGTNKVA
160 170 180 190 200 210
260 270 280 290
pF1KE4 SQRGMTVYGLPRQVYDPKYCLTPEYPELGEPAHNHHAHNYYNSA
::.::.:::: ::::::::: .: :
CCDS65 SQKGMSVYGLGRQVYDPKYCAAPTEPVIHNGSQGTGTNGSEISDSDYQAEYPDEYHGEYQ
220 230 240 250 260 270
>>CCDS12054.1 CNN2 gene_id:1265|Hs108|chr19 (270 aa)
initn: 1289 init1: 604 opt: 841 Z-score: 991.4 bits: 191.3 E(32554): 6.7e-49
Smith-Waterman score: 1004; 59.3% identity (75.1% similar) in 273 aa overlap (1-273:1-235)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MSSAHFNRGPAYGLSAEVKNKLAQKYDHQREQELREWIEGVTGRRIGNNFMDGLKDGIIL
:::..::.::.:::::::::.: .::: :.: ::: ::::.:: :: .:. ::::: ::
CCDS12 MSSTQFNKGPSYGLSAEVKNRLLSKYDPQKEAELRTWIEGLTGLSIGPDFQKGLKDGTIL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 CEFINKLQPGSVKKINESTQNWHQLENIGNFIKAITKYGVKPHDIFEANDLFENTNHTQV
: ..:::::::: :::.: ::::::::..:::::...::..: :.::::::::. : :::
CCDS12 CTLMNKLQPGSVPKINRSMQNWHQLENLSNFIKAMVSYGMNPVDLFEANDLFESGNMTQV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 QSTLLALASMAKTKGNKVNVGVKYAEKQERKFEPGKLREGRNIIGLQMGTNKFASQQGMT
: .::::: :: ::::: :::.:::
CCDS12 QVSLLALA--------------------------GK-----------MGTNKCASQSGMT
130 140
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 AYGTRRHLYDPKLGTDQPLDQATISLQMGTNKGASQAGMTAPGTKRQIFEPGLGMEHCDT
:::::::::::: :.:..:::::::::: :::.:::::::.:.:.. :: ..::.
CCDS12 AYGTRRHLYDPKNHILPPMDHSTISLQMGTNKCASQVGMTAPGTRRHIYDTKLGTDKCDN
150 160 170 180 190 200
250 260 270 280 290
pF1KE4 LNVSLQMGSNKGASQRGMTVYGLPRQVYDPKYCLTPEYPELGEPAHNHHAHNYYNSA
..::::: ..::.: :. :.:: ::.::::::
CCDS12 SSMSLQMGYTQGANQSGQ-VFGLGRQIYDPKYCPQGTVADGAPSGTGDCPDPGEVPEYPP
210 220 230 240 250 260
CCDS12 YYQEEAGY
270
>>CCDS65593.1 CNN3 gene_id:1266|Hs108|chr1 (283 aa)
initn: 1368 init1: 680 opt: 722 Z-score: 851.8 bits: 165.6 E(32554): 4e-41
Smith-Waterman score: 1026; 59.2% identity (72.9% similar) in 277 aa overlap (5-279:3-233)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MSSAHFNRGPAYGLSAEVKNKLAQKYDHQREQELREWIEGVTGRRIGNNFMDGLKDGIIL
:::.::.::::::::::.:.::::: :..::.::: ::: :: ::. ::::::::
CCDS65 MTHFNKGPSYGLSAEVKNKIASKYDHQAEEDLRNWIEEVTGMSIGPNFQLGLKDGIIL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 CEFINKLQPGSVKKINESTQNWHQLENIGNFIKAITKYGVKPHDIFEANDLFENTNHTQV
::.:::::::::::.:::. :: :
CCDS65 CELINKLQPGSVKKVNESSLNWPQ------------------------------------
60 70 80
130 140 150 160 170
pF1KE4 QSTLLALASMAKTKG--NKVNVGVKYAEKQERKFEPGKLREGRNIIGLQMGTNKFASQQG
::::: . ...:::::::: :.:. :::. :...::::::::: ::: :
CCDS65 ----------AKTKGFHTTIDIGVKYAEKQTRRFDEGKLKAGQSVIGLQMGTNKCASQAG
90 100 110 120 130
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 MTAYGTRRHLYDPKLGTDQPLDQATISLQMGTNKGASQAGMTAPGTKRQIFEPGLGMEHC
::::::::::::::. ::.:.::.::::::::::::::::: ::::.:.:.. : ..
CCDS65 MTAYGTRRHLYDPKMQTDKPFDQTTISLQMGTNKGASQAGMLAPGTRRDIYDQKLTLQPV
140 150 160 170 180 190
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 DTLNVSLQMGSNKGASQRGMTVYGLPRQVYDPKYCLTPEYPELGEPAHNHHAHNYYNSA
:. ..:::::.:: :::.::.:::: ::::::::: .: :
CCDS65 DNSTISLQMGTNKVASQKGMSVYGLGRQVYDPKYCAAPTEPVIHNGSQGTGTNGSEISDS
200 210 220 230 240 250
CCDS65 DYQAEYPDEYHGEYQDDYPRDYQYSDQGIDY
260 270 280
>>CCDS77205.1 CNN2 gene_id:1265|Hs108|chr19 (330 aa)
initn: 1350 init1: 604 opt: 604 Z-score: 712.6 bits: 140.0 E(32554): 2.3e-33
Smith-Waterman score: 1169; 61.1% identity (80.1% similar) in 296 aa overlap (1-273:1-295)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MSSAHFNRGPAYGLSAEVKNKLAQKYDHQREQELREWIEGVTGRRIGNNFMDGLKDGIIL
:::..::.::.:::::::::.: .::: :.: ::: ::::.:: :: .:. ::::: ::
CCDS77 MSSTQFNKGPSYGLSAEVKNRLLSKYDPQKEAELRTWIEGLTGLSIGPDFQKGLKDGTIL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 CEFINKLQPGSVKKINESTQNWHQLENIGNFIKAITKYGVKPHDIFEANDLFENTNHTQV
: ..:::::::: :::.: ::::::::..:::::...::..: :.::::::::. : :::
CCDS77 CTLMNKLQPGSVPKINRSMQNWHQLENLSNFIKAMVSYGMNPVDLFEANDLFESGNMTQV
70 80 90 100 110 120
130 140 150
pF1KE4 QSTLLALA---------------------SMAKTKG--NKVNVGVKYAEKQERKFEPGKL
: .::::: ..::::: . :..::::.:::::.:. . .
CCDS77 QVSLLALAGKGLDLGSLAALCWYSRPLSLTQAKTKGLQSGVDIGVKYSEKQERNFDDATM
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KE4 REGRNIIGLQMGTNKFASQQGMTAYGTRRHLYDPKLGTDQPLDQATISLQMGTNKGASQA
. :. .::::::::: :::.::::::::::::::: :.:..:::::::::: :::.
CCDS77 KAGQCVIGLQMGTNKCASQSGMTAYGTRRHLYDPKNHILPPMDHSTISLQMGTNKCASQV
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KE4 GMTAPGTKRQIFEPGLGMEHCDTLNVSLQMGSNKGASQRGMTVYGLPRQVYDPKYCLTPE
:::::::.:.:.. :: ..::. ..::::: ..::.: :. :.:: ::.::::::
CCDS77 GMTAPGTRRHIYDTKLGTDKCDNSSMSLQMGYTQGANQSGQ-VFGLGRQIYDPKYCPQGT
250 260 270 280 290
280 290
pF1KE4 YPELGEPAHNHHAHNYYNSA
CCDS77 VADGAPSGTGDCPDPGEVPEYPPYYQEEAGY
300 310 320 330
>>CCDS77204.1 CNN2 gene_id:1265|Hs108|chr19 (298 aa)
initn: 1365 init1: 571 opt: 583 Z-score: 688.8 bits: 135.5 E(32554): 4.8e-32
Smith-Waterman score: 1150; 63.3% identity (82.5% similar) in 275 aa overlap (1-273:1-263)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MSSAHFNRGPAYGLSAEVKNKLAQKYDHQREQELREWIEGVTGRRIGNNFMDGLKDGIIL
:::..::.::.:::::::::.: .::: :.: ::: ::::.:: :: .:. ::::: ::
CCDS77 MSSTQFNKGPSYGLSAEVKNRLLSKYDPQKEAELRTWIEGLTGLSIGPDFQKGLKDGTIL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 CEFINKLQPGSVKKINESTQNWHQLENIGNFIKAITKYGVKPHDIFEANDLFENTNHTQV
: ..:::::::: :::.: ::::::::..:::::...::..: :.::::::::. : ::
CCDS77 CTLMNKLQPGSVPKINRSMQNWHQLENLSNFIKAMVSYGMNPVDLFEANDLFESGNMTQ-
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