Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4264
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4264, 1069 aa
1>>>pF1KE4264 1069 - 1069 aa - 1069 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.5022+/-0.00144; mu= -2.7316+/- 0.085
mean_var=306.3632+/-65.400, 0's: 0 Z-trim(108.3): 93 B-trim: 246 in 2/48
Lambda= 0.073275
statistics sampled from 10072 (10143) to 10072 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.652), E-opt: 0.2 (0.312), width: 16
Scan time: 3.870
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6848.2 RABGAP1 gene_id:23637|Hs108|chr9 (1069) 6995 754.7 2.5e-217
CCDS1314.1 RABGAP1L gene_id:9910|Hs108|chr1 ( 815) 1830 208.6 4.7e-53
CCDS58046.1 RABGAP1L gene_id:9910|Hs108|chr1 ( 370) 1384 161.1 4e-39
CCDS81407.1 RABGAP1L gene_id:9910|Hs108|chr1 ( 308) 1137 135.0 2.5e-31
CCDS55662.1 RABGAP1L gene_id:9910|Hs108|chr1 ( 253) 993 119.7 8.3e-27
CCDS76179.1 EVI5 gene_id:7813|Hs108|chr1 ( 821) 904 110.7 1.4e-23
CCDS54209.1 EVI5L gene_id:115704|Hs108|chr19 ( 805) 895 109.7 2.6e-23
CCDS30774.1 EVI5 gene_id:7813|Hs108|chr1 ( 810) 890 109.2 3.8e-23
CCDS12188.1 EVI5L gene_id:115704|Hs108|chr19 ( 794) 872 107.3 1.4e-22
CCDS66563.1 TBC1D4 gene_id:9882|Hs108|chr13 (1235) 781 97.8 1.6e-19
CCDS66564.1 TBC1D4 gene_id:9882|Hs108|chr13 (1290) 781 97.8 1.6e-19
CCDS41901.1 TBC1D4 gene_id:9882|Hs108|chr13 (1298) 781 97.8 1.6e-19
CCDS33972.1 TBC1D1 gene_id:23216|Hs108|chr4 (1168) 732 92.6 5.4e-18
CCDS56227.1 TBC1D10A gene_id:83874|Hs108|chr22 ( 515) 502 68.0 6e-11
>>CCDS6848.2 RABGAP1 gene_id:23637|Hs108|chr9 (1069 aa)
initn: 6995 init1: 6995 opt: 6995 Z-score: 4015.2 bits: 754.7 E(32554): 2.5e-217
Smith-Waterman score: 6995; 100.0% identity (100.0% similar) in 1069 aa overlap (1-1069:1-1069)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MDDKASVGKISVSSDSVSTLNSEDFVLVSRQGDETPSTNNGSDDEKTGLKIVGNGSEQQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 MDDKASVGKISVSSDSVSTLNSEDFVLVSRQGDETPSTNNGSDDEKTGLKIVGNGSEQQL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 QKELADVLMDPPMDDQPGEKELVKRSQLDGEGDGPLSNQLSASSTINPVPLVGLQKPEMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 QKELADVLMDPPMDDQPGEKELVKRSQLDGEGDGPLSNQLSASSTINPVPLVGLQKPEMS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 LPVKPGQGDSEASSPFTPVADEDSVVFSKLTYLGCASVNAPRSEVEALRMMSILRSQCQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 LPVKPGQGDSEASSPFTPVADEDSVVFSKLTYLGCASVNAPRSEVEALRMMSILRSQCQI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 SLDVTLSVPNVSEGIVRLLDPQTNTEIANYPIYKILFCVRGHDGTPESDCFAFTESHYNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 SLDVTLSVPNVSEGIVRLLDPQTNTEIANYPIYKILFCVRGHDGTPESDCFAFTESHYNA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 ELFRIHVFRCEIQEAVSRILYSFATAFRRSAKQTPLSATAAPQTPDSDIFTFSVSLEIKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 ELFRIHVFRCEIQEAVSRILYSFATAFRRSAKQTPLSATAAPQTPDSDIFTFSVSLEIKE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 DDGKGYFSAVPKDKDRQCFKLRQGIDKKIVIYVQQTTNKELAIERCFGLLLSPGKDVRNS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 DDGKGYFSAVPKDKDRQCFKLRQGIDKKIVIYVQQTTNKELAIERCFGLLLSPGKDVRNS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 DMHLLDLESMGKSSDGKSYVITGSWNPKSPHFQVVNEETPKDKVLFMTTAVDLVITEVQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 DMHLLDLESMGKSSDGKSYVITGSWNPKSPHFQVVNEETPKDKVLFMTTAVDLVITEVQE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 PVRFLLETKVRVCSPNERLFWPFSKRSTTENFFLKLKQIKQRERKNNTDTLYEVVCLESE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 PVRFLLETKVRVCSPNERLFWPFSKRSTTENFFLKLKQIKQRERKNNTDTLYEVVCLESE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 SERERRKTTASPSVRLPQSGSQSSVIPSPPEDDEEEDNDEPLLSGSGDVSKECAEKILET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 SERERRKTTASPSVRLPQSGSQSSVIPSPPEDDEEEDNDEPLLSGSGDVSKECAEKILET
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE4 WGELLSKWHLNLNVRPKQLSSLVRNGVPEALRGEVWQLLAGCHNNDHLVEKYRILITKES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 WGELLSKWHLNLNVRPKQLSSLVRNGVPEALRGEVWQLLAGCHNNDHLVEKYRILITKES
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE4 PQDSAITRDINRTFPAHDYFKDTGGDGQDSLYKICKAYSVYDEEIGYCQGQSFLAAVLLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 PQDSAITRDINRTFPAHDYFKDTGGDGQDSLYKICKAYSVYDEEIGYCQGQSFLAAVLLL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE4 HMPEEQAFSVLVKIMFDYGLRELFKQNFEDLHCKFYQLERLMQEYIPDLYNHFLDISLEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 HMPEEQAFSVLVKIMFDYGLRELFKQNFEDLHCKFYQLERLMQEYIPDLYNHFLDISLEA
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE4 HMYASQWFLTLFTAKFPLYMVFHIIDLLLCEGISVIFNVALGLLKTSKDDLLLTDFEGAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 HMYASQWFLTLFTAKFPLYMVFHIIDLLLCEGISVIFNVALGLLKTSKDDLLLTDFEGAL
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE4 KFFRVQLPKRYRSEENAKKLMELACNMKISQKKLKKYEKEYHTMREQQAQQEDPIERFER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 KFFRVQLPKRYRSEENAKKLMELACNMKISQKKLKKYEKEYHTMREQQAQQEDPIERFER
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE4 ENRRLQEANMRLEQENDDLAHELVTSKIALRKDLDNAEEKADALNKELLMTKQKLIDAEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 ENRRLQEANMRLEQENDDLAHELVTSKIALRKDLDNAEEKADALNKELLMTKQKLIDAEE
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KE4 EKRRLEEESAQLKEMCRRELDKAESEIKKNSSIIGDYKQICSQLSERLEKQQTANKVEIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 EKRRLEEESAQLKEMCRRELDKAESEIKKNSSIIGDYKQICSQLSERLEKQQTANKVEIE
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KE4 KIRQKVDDCERCREFFNKEGRVKGISSTKEVLDEDTDEEKETLKNQLREMELELAQTKLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 KIRQKVDDCERCREFFNKEGRVKGISSTKEVLDEDTDEEKETLKNQLREMELELAQTKLQ
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060
pF1KE4 LVEAECKIQDLEHHLGLALNEVQAAKKTWFNRTLSSIKTATGVQGKETC
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 LVEAECKIQDLEHHLGLALNEVQAAKKTWFNRTLSSIKTATGVQGKETC
1030 1040 1050 1060
>>CCDS1314.1 RABGAP1L gene_id:9910|Hs108|chr1 (815 aa)
initn: 3416 init1: 1816 opt: 1830 Z-score: 1066.0 bits: 208.6 E(32554): 4.7e-53
Smith-Waterman score: 3498; 63.5% identity (83.3% similar) in 842 aa overlap (1-839:1-811)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MDDKASVGKISVSSDSVSTLNSEDFVLVSRQGDETPSTNNGSDDEKTGLKIVGNGSEQQL
:. .::. :.: :::::.:.:::.:::: . .:. :. . .:: ::::.::.:: :
CCDS13 MEVRASLQKVSGSSDSVATMNSEEFVLVPQYADD----NSTKHEEKPQLKIVSNGDEQ-L
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 QKELADVLMDPPMDDQPGEKELVKRSQLDGEGDGPLSNQLSASSTINPVPLVGLQKPEMS
.: . ..: : . .:. . :: : :...: : .. .: .:: ..
CCDS13 EKAMEEILRDS--EKRPS-SLLV---------DCQSSSEISDHS-FGDIPASQTNKPSLQ
60 70 80 90 100
130 140 150 160 170
pF1KE4 LPVKPGQGDSEASSPFTP--VADEDSVVFSKLTYLGCASVNAPRSEVEALRMMSILRSQC
: . :.. . . : .: . .::::.:.::::::: .:..::.:::::: :. ..:.
CCDS13 LILDPSNTEISTPRPSSPGGLPEEDSVLFNKLTYLGCMKVSSPRNEVEALRAMATMKSSS
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 QISLDVTLSVPNVSEGIVRLLDPQTNTEIANYPIYKILFCVRGHDGTPESDCFAFTESHY
: . ::: :::: :: ::..: ..:.:::..::::.:::.:::::: ::.::::::: .
CCDS13 QYPFPVTLYVPNVPEGSVRIIDQSSNVEIASFPIYKVLFCARGHDGTTESNCFAFTESSH
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 NAELFRIHVFRCEIQEAVSRILYSFATAFRRSAKQTPLSATAAPQTPDSDIFTFSVSLEI
..: :.:::: :::.:::::::::: :::.::..:. .. :::::.::::::::.
CCDS13 GSEEFQIHVFSCEIKEAVSRILYSFCTAFKRSSRQVSDVKDSVIPTPDSDVFTFSVSLEV
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 KEDDGKGYFSAVPKDKDRQCFKLRQGIDKKIVIYVQQTTNKELAIERCFGLLLSPGKDVR
::::::: :: ::::.:. :::.:::.::.:: ::: .:::::::::::.:::::..:.
CCDS13 KEDDGKGNFSPVPKDRDKFYFKLKQGIEKKVVITVQQLSNKELAIERCFGMLLSPGRNVK
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 NSDMHLLDLESMGKSSDGKSYVITGSWNPKSPHFQVVNEETPKDKVLFMTTAVDLVITEV
::::::::.:::::: ::..::::: :::..: : ..:::::::: ..::.:::.:.:::
CCDS13 NSDMHLLDMESMGKSYDGRAYVITGMWNPNAPVFLALNEETPKDKQVYMTVAVDMVVTEV
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KE4 QEPVRFLLETKVRVCSPNERLFWPFSKRSTTENFFLKLKQIKQRERKNNTDTLYEVVCLE
::::::::: ::: ::: :: ::... ::.::..::: . . . : :..:::: :.
CCDS13 VEPVRFLLETVVRVYPANER-FWYFSRKTFTETFFMRLKQSEGKGHTNAGDAIYEVVSLQ
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KE4 SESERERRKTTASPSVRLPQSGSQSSVIPSPPEDDE-EEDNDEPLLSGSGDVSKECAEKI
::..:. : : ::. : :.::: ::..:. : ::.:::::.: :::
CCDS13 RESDKEEPVT--------PTSGGG----PMSPQDDEAEEESDNELSSGTGDVSKDCPEKI
470 480 490 500
540 550 560 570 580 590
pF1KE4 LETWGELLSKWHLNLNVRPKQLSSLVRNGVPEALRGEVWQLLAGCHNNDHLVEKYRILIT
: .:::::.::: ::..::: ::.::..:::::::.::::::::::.:. ....::::::
CCDS13 LYSWGELLGKWHSNLGARPKGLSTLVKSGVPEALRAEVWQLLAGCHDNQAMLDRYRILIT
510 520 530 540 550 560
600 610 620 630 640 650
pF1KE4 KESPQDSAITRDINRTFPAHDYFKDTGGDGQDSLYKICKAYSVYDEEIGYCQGQSFLAAV
:.: :.:.:::::.:::::::::::::::::.::::::::::::::.:::::::::::::
CCDS13 KDSAQESVITRDIHRTFPAHDYFKDTGGDGQESLYKICKAYSVYDEDIGYCQGQSFLAAV
570 580 590 600 610 620
660 670 680 690 700 710
pF1KE4 LLLHMPEEQAFSVLVKIMFDYGLRELFKQNFEDLHCKFYQLERLMQEYIPDLYNHFLDIS
::::::::::: ::::::.:::::.:...:::::::::::::::::: .:::..:: :..
CCDS13 LLLHMPEEQAFCVLVKIMYDYGLRDLYRNNFEDLHCKFYQLERLMQEQLPDLHSHFSDLN
630 640 650 660 670 680
720 730 740 750 760 770
pF1KE4 LEAHMYASQWFLTLFTAKFPLYMVFHIIDLLLCEGISVIFNVALGLLKTSKDDLLLTDFE
::::::::::::::::::::: :::::::::::::...::.:::.::::::.::: .:::
CCDS13 LEAHMYASQWFLTLFTAKFPLCMVFHIIDLLLCEGLNIIFHVALALLKTSKEDLLQADFE
690 700 710 720 730 740
780 790 800 810 820 830
pF1KE4 GALKFFRVQLPKRYRSEENAKKLMELACNMKISQKKLKKYEKEYHTMREQQAQQEDPIER
:::::::::::::::.::::..::: :::.:. ::::::::::.::::.: :::::..:
CCDS13 GALKFFRVQLPKRYRAEENARRLMEQACNIKVPTKKLKKYEKEYQTMRESQLQQEDPMDR
750 760 770 780 790 800
840 850 860 870 880 890
pF1KE4 FERENRRLQEANMRLEQENDDLAHELVTSKIALRKDLDNAEEKADALNKELLMTKQKLID
..
CCDS13 YKFVYL
810
>>CCDS58046.1 RABGAP1L gene_id:9910|Hs108|chr1 (370 aa)
initn: 1448 init1: 1384 opt: 1384 Z-score: 815.9 bits: 161.1 E(32554): 4e-39
Smith-Waterman score: 1384; 69.5% identity (91.1% similar) in 302 aa overlap (763-1064:54-355)
740 750 760 770 780 790
pF1KE4 TAKFPLYMVFHIIDLLLCEGISVIFNVALGLLKTSKDDLLLTDFEGALKFFRVQLPKRYR
:: :::.::: .::::::::::::::::::
CCDS58 MHDERSKLVNEYACRVLELLGMGHRLFVPRLLATSKEDLLQADFEGALKFFRVQLPKRYR
30 40 50 60 70 80
800 810 820 830 840 850
pF1KE4 SEENAKKLMELACNMKISQKKLKKYEKEYHTMREQQAQQEDPIERFERENRRLQEANMRL
.::::..::: :::.:. ::::::::::.::::.: :::::..:..:::::::::.:::
CCDS58 AEENARRLMEQACNIKVPTKKLKKYEKEYQTMRESQLQQEDPMDRYKRENRRLQEASMRL
90 100 110 120 130 140
860 870 880 890 900 910
pF1KE4 EQENDDLAHELVTSKIALRKDLDNAEEKADALNKELLMTKQKLIDAEEEKRRLEEESAQL
:::::::::::::::::::.:::.::.:::.::::::.:::.:...:::::. :::.:::
CCDS58 EQENDDLAHELVTSKIALRNDLDQAEDKADVLNKELLLTKQRLVETEEEKRKQEEETAQL
150 160 170 180 190 200
920 930 940 950 960 970
pF1KE4 KEMCRRELDKAESEIKKNSSIIGDYKQICSQLSERLEKQQTANKVEIEKIRQKVDDCERC
::. :..:.::: ::::...::..::::::::: ::::::.:.: :.: .. :. :..:
CCDS58 KEVFRKQLEKAEYEIKKTTAIIAEYKQICSQLSTRLEKQQAASKEELEVVKGKMMACKHC
210 220 230 240 250 260
980 990 1000 1010 1020 1030
pF1KE4 REFFNKEGRVKGISSTKEVLDEDTDEEKETLKNQLREMELELAQTKLQLVEAECKIQDLE
..:.::: .: .. .: .::.::..::.:::::::::::::::::::.::::.::
CCDS58 SDIFSKEGALKLAATGREDQGIETDDEKDSLKKQLREMELELAQTKLQLVEAKCKIQELE
270 280 290 300 310 320
1040 1050 1060
pF1KE4 HHLGLALNEVQAAKKTWFNRTLSSIKTATGVQGKETC
:. : .::.::::..::..::.:::::::.:
CCDS58 HQRGALMNEIQAAKNSWFSKTLNSIKTATGTQPLQPAPVTQPPKEST
330 340 350 360 370
>>CCDS81407.1 RABGAP1L gene_id:9910|Hs108|chr1 (308 aa)
initn: 1164 init1: 1135 opt: 1137 Z-score: 675.9 bits: 135.0 E(32554): 2.5e-31
Smith-Waterman score: 1137; 67.6% identity (90.6% similar) in 256 aa overlap (809-1064:38-293)
780 790 800 810 820 830
pF1KE4 ALKFFRVQLPKRYRSEENAKKLMELACNMKISQKKLKKYEKEYHTMREQQAQQEDPIERF
. ::::::::::.::::.: :::::..:.
CCDS81 MVAYDAHVFSQLHDEDFLTSLVAISKPRSMVPTKKLKKYEKEYQTMRESQLQQEDPMDRY
10 20 30 40 50 60
840 850 860 870 880 890
pF1KE4 ERENRRLQEANMRLEQENDDLAHELVTSKIALRKDLDNAEEKADALNKELLMTKQKLIDA
.:::::::::.::::::::::::::::::::::.:::.::.:::.::::::.:::.:...
CCDS81 KRENRRLQEASMRLEQENDDLAHELVTSKIALRNDLDQAEDKADVLNKELLLTKQRLVET
70 80 90 100 110 120
900 910 920 930 940 950
pF1KE4 EEEKRRLEEESAQLKEMCRRELDKAESEIKKNSSIIGDYKQICSQLSERLEKQQTANKVE
:::::. :::.:::::. :..:.::: ::::...::..::::::::: ::::::.:.: :
CCDS81 EEEKRKQEEETAQLKEVFRKQLEKAEYEIKKTTAIIAEYKQICSQLSTRLEKQQAASKEE
130 140 150 160 170 180
960 970 980 990 1000 1010
pF1KE4 IEKIRQKVDDCERCREFFNKEGRVKGISSTKEVLDEDTDEEKETLKNQLREMELELAQTK
.: .. :. :..: ..:.::: .: .. .: .::.::..::.:::::::::::::
CCDS81 LEVVKGKMMACKHCSDIFSKEGALKLAATGREDQGIETDDEKDSLKKQLREMELELAQTK
190 200 210 220 230 240
1020 1030 1040 1050 1060
pF1KE4 LQLVEAECKIQDLEHHLGLALNEVQAAKKTWFNRTLSSIKTATGVQGKETC
::::::.::::.:::. : .::.::::..::..::.:::::::.:
CCDS81 LQLVEAKCKIQELEHQRGALMNEIQAAKNSWFSKTLNSIKTATGTQPLQPAPVTQPPKES
250 260 270 280 290 300
CCDS81 T
>>CCDS55662.1 RABGAP1L gene_id:9910|Hs108|chr1 (253 aa)
initn: 1022 init1: 993 opt: 993 Z-score: 594.8 bits: 119.7 E(32554): 8.3e-27
Smith-Waterman score: 993; 67.7% identity (90.7% similar) in 226 aa overlap (839-1064:13-238)
810 820 830 840 850 860
pF1KE4 ISQKKLKKYEKEYHTMREQQAQQEDPIERFERENRRLQEANMRLEQENDDLAHELVTSKI
::::::::::.:::::::::::::::::::
CCDS55 MIENSSWSMTFEERENRRLQEASMRLEQENDDLAHELVTSKI
10 20 30 40
870 880 890 900 910 920
pF1KE4 ALRKDLDNAEEKADALNKELLMTKQKLIDAEEEKRRLEEESAQLKEMCRRELDKAESEIK
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CCDS66 YDLGFRKQYRPDMMSLQIQMYQLSRLLHDYHRDLYNHLEENEISPSLYAAPWFLTLFASQ
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CCDS66 FSLGFVARVFDIIFLQGTEVIFKVALSLL-SSQETLIMECESFENIVEFLKNTLPDMNTS
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