Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4259
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4259, 1038 aa
1>>>pF1KE4259 1038 - 1038 aa - 1038 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7329+/-0.00134; mu= 9.5413+/- 0.081
mean_var=125.4365+/-24.869, 0's: 0 Z-trim(103.7): 48 B-trim: 2 in 1/50
Lambda= 0.114515
statistics sampled from 7496 (7519) to 7496 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.571), E-opt: 0.2 (0.231), width: 16
Scan time: 3.910
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS31425.1 IPO7 gene_id:10527|Hs108|chr11 (1038) 6944 1159.8 0
CCDS8719.1 IPO8 gene_id:10526|Hs108|chr12 (1037) 4591 771.0 0
CCDS53773.1 IPO8 gene_id:10526|Hs108|chr12 ( 832) 3684 621.1 2.9e-177
CCDS13412.1 CSE1L gene_id:1434|Hs108|chr20 ( 971) 362 72.3 5.5e-12
>>CCDS31425.1 IPO7 gene_id:10527|Hs108|chr11 (1038 aa)
initn: 6944 init1: 6944 opt: 6944 Z-score: 6205.0 bits: 1159.8 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6944; 100.0% identity (100.0% similar) in 1038 aa overlap (1-1038:1-1038)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MDPNTIIEALRGTMDPALREAAERQLNEAHKSLNFVSTLLQITMSEQLDLPVRQAGVIYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 MDPNTIIEALRGTMDPALREAAERQLNEAHKSLNFVSTLLQITMSEQLDLPVRQAGVIYL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 KNMITQYWPDRETAPGDISPYTIPEEDRHCIRENIVEAIIHSPELIRVQLTTCIHHIIKH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 KNMITQYWPDRETAPGDISPYTIPEEDRHCIRENIVEAIIHSPELIRVQLTTCIHHIIKH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 DYPSRWTAIVDKIGFYLQSDNSACWLGILLCLYQLVKNYEYKKPEERSPLVAAMQHFLPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 DYPSRWTAIVDKIGFYLQSDNSACWLGILLCLYQLVKNYEYKKPEERSPLVAAMQHFLPV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 LKDRFIQLLSDQSDQSVLIQKQIFKIFYALVQYTLPLELINQQNLTEWIEILKTVVNRDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 LKDRFIQLLSDQSDQSVLIQKQIFKIFYALVQYTLPLELINQQNLTEWIEILKTVVNRDV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 PNETLQVEEDDRPELPWWKCKKWALHILARLFERYGSPGNVSKEYNEFAEVFLKAFAVGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 PNETLQVEEDDRPELPWWKCKKWALHILARLFERYGSPGNVSKEYNEFAEVFLKAFAVGV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 QQVLLKVLYQYKEKQYMAPRVLQQTLNYINQGVSHALTWKNLKPHIQGIIQDVIFPLMCY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 QQVLLKVLYQYKEKQYMAPRVLQQTLNYINQGVSHALTWKNLKPHIQGIIQDVIFPLMCY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 TDADEELWQEDPYEYIRMKFDVFEDFISPTTAAQTLLFTACSKRKEVLQKTMGFCYQILT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 TDADEELWQEDPYEYIRMKFDVFEDFISPTTAAQTLLFTACSKRKEVLQKTMGFCYQILT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 EPNADPRKKDGALHMIGSLAEILLKKKIYKDQMEYMLQNHVFPLFSSELGYMRARACWVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EPNADPRKKDGALHMIGSLAEILLKKKIYKDQMEYMLQNHVFPLFSSELGYMRARACWVL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 HYFCEVKFKSDQNLQTALELTRRCLIDDREMPVKVEAAIALQVLISNQEKAKEYITPFIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 HYFCEVKFKSDQNLQTALELTRRCLIDDREMPVKVEAAIALQVLISNQEKAKEYITPFIR
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE4 PVMQALLHIIRETENDDLTNVIQKMICEYSEEVTPIAVEMTQHLAMTFNQVIQTGPDEEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 PVMQALLHIIRETENDDLTNVIQKMICEYSEEVTPIAVEMTQHLAMTFNQVIQTGPDEEG
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE4 SDDKAVTAMGILNTIDTLLSVVEDHKEITQQLEGICLQVIGTVLQQHVLEFYEEIFSLAH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 SDDKAVTAMGILNTIDTLLSVVEDHKEITQQLEGICLQVIGTVLQQHVLEFYEEIFSLAH
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE4 SLTCQQVSPQMWQLLPLVFEVFQQDGFDYFTDMMPLLHNYVTVDTDTLLSDTKYLEMIYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 SLTCQQVSPQMWQLLPLVFEVFQQDGFDYFTDMMPLLHNYVTVDTDTLLSDTKYLEMIYS
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE4 MCKKVLTGVAGEDAECHAAKLLEVIILQCKGRGIDQCIPLFVEAALERLTREVKTSELRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 MCKKVLTGVAGEDAECHAAKLLEVIILQCKGRGIDQCIPLFVEAALERLTREVKTSELRT
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE4 MCLQVAIAALYYNPHLLLNTLENLRFPNNVEPVTNHFITQWLNDVDCFLGLHDRKMCVLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 MCLQVAIAALYYNPHLLLNTLENLRFPNNVEPVTNHFITQWLNDVDCFLGLHDRKMCVLG
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE4 LCALIDMEQIPQVLNQVSGQILPAFILLFNGLKRAYACHAEHENDSDDDDEAEDDDETEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 LCALIDMEQIPQVLNQVSGQILPAFILLFNGLKRAYACHAEHENDSDDDDEAEDDDETEE
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KE4 LGSDEDDIDEDGQEYLEILAKQAGEDGDDEDWEEDDAEETALEGYSTIIDDEDNPVDEYQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 LGSDEDDIDEDGQEYLEILAKQAGEDGDDEDWEEDDAEETALEGYSTIIDDEDNPVDEYQ
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KE4 IFKAIFQTIQNRNPVWYQALTHGLNEEQRKQLQDIATLADQRRAAHESKMIEKHGGYKFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 IFKAIFQTIQNRNPVWYQALTHGLNEEQRKQLQDIATLADQRRAAHESKMIEKHGGYKFS
970 980 990 1000 1010 1020
1030
pF1KE4 APVVPSSFNFGGPAPGMN
::::::::::::::::::
CCDS31 APVVPSSFNFGGPAPGMN
1030
>>CCDS8719.1 IPO8 gene_id:10526|Hs108|chr12 (1037 aa)
initn: 2777 init1: 2554 opt: 4591 Z-score: 4104.1 bits: 771.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4591; 64.5% identity (86.7% similar) in 1042 aa overlap (1-1038:1-1037)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MDPNTIIEALRGTMDPALREAAERQLNEAHKSLNFVSTLLQITMSEQLDLPVRQAGVIYL
:: : ::.::.::.:: :: ::: .::...: .::. .::.: .:.....:::::..:::
CCDS87 MDLNRIIQALKGTIDPKLRIAAENELNQSYKIINFAPSLLRIIVSDHVEFPVRQAAAIYL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KE4 KNMITQYWPDRETAPGD-ISPYTIPEEDRHCIRENIVEAIIHSPELIRVQLTTCIHHIIK
:::.:::::::: ::. : :..: :.::. ::.::::.::.::.:.::::: :.. :::
CCDS87 KNMVTQYWPDREPPPGEAIFPFNIHENDRQQIRDNIVEGIIRSPDLVRVQLTMCLRAIIK
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 HDYPSRWTAIVDKIGFYLQSDNSACWLGILLCLYQLVKNYEYKKPEERSPLVAAMQHFLP
::.:..: ..:::: .::::..:: ::: :::::::::.::::: ::: ::. ::: :::
CCDS87 HDFPGHWPGVVDKIDYYLQSQSSASWLGSLLCLYQLVKTYEYKKAEEREPLIIAMQIFLP
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 VLKDRFIQLLSDQSDQSVLIQKQIFKIFYALVQYTLPLELINQQNLTEWIEILKTVVNRD
......::: :.: :::.::::.:::::::::.:::.:.:.:..: :.::..:...:
CCDS87 RIQQQIVQLLPDSSYYSVLLQKQILKIFYALVQYALPLQLVNNQTMTTWMEIFRTIIDRT
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 VPNETLQVEEDDRPELPWWKCKKWALHILARLFERYGSPGNVSKEYNEFAEVFLKAFAVG
:: :::...::::::: :::::::::::.:::::::::::::.::: ::.: :::..:::
CCDS87 VPPETLHIDEDDRPELVWWKCKKWALHIVARLFERYGSPGNVTKEYFEFSEFFLKTYAVG
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 VQQVLLKVLYQYKEKQYMAPRVLQQTLNYINQGVSHALTWKNLKPHIQGIIQDVIFPLMC
.::::::.: ::..:.:.:::::::..::.:::: :..:::..:::::.: .:::: .::
CCDS87 IQQVLLKILDQYRQKEYVAPRVLQQAFNYLNQGVVHSITWKQMKPHIQNISEDVIFSVMC
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 YTDADEELWQEDPYEYIRMKFDVFEDFISPTTAAQTLLFTACSKRKEVLQKTMGFCYQIL
: : ::::::::::::::::::.:::. ::::::::::.:: .:::::: : :.::::::
CCDS87 YKDEDEELWQEDPYEYIRMKFDIFEDYASPTTAAQTLLYTAAKKRKEVLPKMMAFCYQIL
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KE4 TEPNADPRKKDGALHMIGSLAEILLKKKIYKDQMEYMLQNHVFPLFSSELGYMRARACWV
:.:: ::::::::::.:::::::::::...::::: .::::::::. :.:::.:::.:::
CCDS87 TDPNFDPRKKDGALHVIGSLAEILLKKSLFKDQMELFLQNHVFPLLLSNLGYLRARSCWV
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KE4 LHYFCEVKFKSDQNLQTALELTRRCLIDDREMPVKVEAAIALQVLISNQEKAKEYITPFI
:: : .::... ::..:.::... ::.:.:::::::::.::: ::::: .::::. : .
CCDS87 LHAFSSLKFHNELNLRNAVELAKKSLIEDKEMPVKVEAALALQSLISNQIQAKEYMKPHV
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KE4 RPVMQALLHIIRETENDDLTNVIQKMICEYSEEVTPIAVEMTQHLAMTFNQVIQTGPDEE
::.:: ::::.:::::::.::::::::::::.::. :::.:::::: :..:.:. ::
CCDS87 RPIMQELLHIVRETENDDVTNVIQKMICEYSQEVASIAVDMTQHLAEIFGKVLQSDEYEE
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640 650
pF1KE4 GSDDKAVTAMGILNTIDTLLSVVEDHKEITQQLEGICLQVIGTVLQQHVLEFYEEIFSLA
.::.: :::::.::::.:.:::::::::::::.:::..: :::.::.::::::.:::
CCDS87 -VEDKTVMAMGILHTIDTILTVVEDHKEITQQLENICLRIIDLVLQKHVIEFYEEILSLA
610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KE4 HSLTCQQVSPQMWQLLPLVFEVFQQDGFDYFTDMMPLLHNYVTVDTDTLLSDTKYLEMIY
.::::...:::::::: ...:::::: :.::::::::::::::.:::::::..:.::...
CCDS87 YSLTCHSISPQMWQLLGILYEVFQQDCFEYFTDMMPLLHNYVTIDTDTLLSNAKHLEILF
660 670 680 690 700 710
720 730 740 750 760 770
pF1KE4 SMCKKVLTGVAGEDAECHAAKLLEVIILQCKGRGIDQCIPLFVEAALERLTREVKTSELR
.::.::: : :::::::::::::::::::::::::::::::::. .:::::: :::::::
CCDS87 TMCRKVLCGDAGEDAECHAAKLLEVIILQCKGRGIDQCIPLFVQLVLERLTRGVKTSELR
720 730 740 750 760 770
780 790 800 810 820 830
pF1KE4 TMCLQVAIAALYYNPHLLLNTLENLRFPNNVEPVTNHFITQWLNDVDCFLGLHDRKMCVL
::::::::::::::: :::.::: ...:.: :.: .::.::.::.::::: ::::::..
CCDS87 TMCLQVAIAALYYNPDLLLHTLERIQLPHNPGPITVQFINQWMNDTDCFLGHHDRKMCII
780 790 800 810 820 830
840 850 860 870 880 890
pF1KE4 GLCALIDMEQIPQVLNQVSGQILPAFILLFNGLKRAYACHAEHENDSDDDDEAE--DDDE
:: :..... : ... : :::.:....:: :::.. : ... . .: ..:: : .:
CCDS87 GLSILLELQNRPPAVDAVVGQIVPSILFLFLGLKQV--CATRQLVNREDRSKAEKADMEE
840 850 860 870 880 890
900 910 920 930 940 950
pF1KE4 TEELGSDEDDIDEDGQEYLEILAKQAGEDGDDEDWEEDDAEETALEGYSTIIDDEDNPVD
.::..:::.. . .: . .. :. .:.::.:. :::::::.:: .: :: ::
CCDS87 NEEISSDEEETNVTAQAMQSNNGRGEDEEEEDDDWDEEVLEETALEGFSTPLD-LDNSVD
900 910 920 930 940 950
960 970 980 990 1000 1010
pF1KE4 EYQIFKAIFQTIQNRNPVWYQALTHGLNEEQRKQLQDIATLADQRRAAHESKM-IEKHGG
:::.: . :.:.:. .::: : :.:.:: ::.. :::..::.. :.: ::..::
CCDS87 EYQFFTQALITVQSRDAAWYQLLMAPLSEDQRTALQEVYTLAEHRRTVAEAKKKIEQQGG
960 970 980 990 1000 1010
1020 1030
pF1KE4 YKFSAPVVPSSFNFGGPAPGMN
. : : :.:::: .:. :
CCDS87 FTFENKGVLSAFNFG-TVPSNN
1020 1030
>>CCDS53773.1 IPO8 gene_id:10526|Hs108|chr12 (832 aa)
initn: 2183 init1: 1960 opt: 3684 Z-score: 3295.8 bits: 621.1 E(32554): 2.9e-177
Smith-Waterman score: 3684; 64.9% identity (86.6% similar) in 829 aa overlap (213-1038:9-832)
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 DRFIQLLSDQSDQSVLIQKQIFKIFYALVQYTLPLELINQQNLTEWIEILKTVVNRDVPN
:.:::.:.:.:..: :.::..:...: ::
CCDS53 MESLTLKGYALPLQLVNNQTMTTWMEIFRTIIDRTVPP
10 20 30
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 ETLQVEEDDRPELPWWKCKKWALHILARLFERYGSPGNVSKEYNEFAEVFLKAFAVGVQQ
:::...::::::: :::::::::::.:::::::::::::.::: ::.: :::..:::.::
CCDS53 ETLHIDEDDRPELVWWKCKKWALHIVARLFERYGSPGNVTKEYFEFSEFFLKTYAVGIQQ
40 50 60 70 80 90
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 VLLKVLYQYKEKQYMAPRVLQQTLNYINQGVSHALTWKNLKPHIQGIIQDVIFPLMCYTD
::::.: ::..:.:.:::::::..::.:::: :..:::..:::::.: .:::: .::: :
CCDS53 VLLKILDQYRQKEYVAPRVLQQAFNYLNQGVVHSITWKQMKPHIQNISEDVIFSVMCYKD
100 110 120 130 140 150
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 ADEELWQEDPYEYIRMKFDVFEDFISPTTAAQTLLFTACSKRKEVLQKTMGFCYQILTEP
::::::::::::::::::.:::. ::::::::::.:: .:::::: : :.:::::::.:
CCDS53 EDEELWQEDPYEYIRMKFDIFEDYASPTTAAQTLLYTAAKKRKEVLPKMMAFCYQILTDP
160 170 180 190 200 210
430 440 450 460 470 480
pF1KE4 NADPRKKDGALHMIGSLAEILLKKKIYKDQMEYMLQNHVFPLFSSELGYMRARACWVLHY
: ::::::::::.:::::::::::...::::: .::::::::. :.:::.:::.:::::
CCDS53 NFDPRKKDGALHVIGSLAEILLKKSLFKDQMELFLQNHVFPLLLSNLGYLRARSCWVLHA
220 230 240 250 260 270
490 500 510 520 530 540
pF1KE4 FCEVKFKSDQNLQTALELTRRCLIDDREMPVKVEAAIALQVLISNQEKAKEYITPFIRPV
: .::... ::..:.::... ::.:.:::::::::.::: ::::: .::::. : .::.
CCDS53 FSSLKFHNELNLRNAVELAKKSLIEDKEMPVKVEAALALQSLISNQIQAKEYMKPHVRPI
280 290 300 310 320 330
550 560 570 580 590 600
pF1KE4 MQALLHIIRETENDDLTNVIQKMICEYSEEVTPIAVEMTQHLAMTFNQVIQTGPDEEGSD
:: ::::.:::::::.::::::::::::.::. :::.:::::: :..:.:. :: .
CCDS53 MQELLHIVRETENDDVTNVIQKMICEYSQEVASIAVDMTQHLAEIFGKVLQSDEYEE-VE
340 350 360 370 380 390
610 620 630 640 650 660
pF1KE4 DKAVTAMGILNTIDTLLSVVEDHKEITQQLEGICLQVIGTVLQQHVLEFYEEIFSLAHSL
::.: :::::.::::.:.:::::::::::::.:::..: :::.::.::::::.:::.::
CCDS53 DKTVMAMGILHTIDTILTVVEDHKEITQQLENICLRIIDLVLQKHVIEFYEEILSLAYSL
400 410 420 430 440 450
670 680 690 700 710 720
pF1KE4 TCQQVSPQMWQLLPLVFEVFQQDGFDYFTDMMPLLHNYVTVDTDTLLSDTKYLEMIYSMC
::...:::::::: ...:::::: :.::::::::::::::.:::::::..:.::....::
CCDS53 TCHSISPQMWQLLGILYEVFQQDCFEYFTDMMPLLHNYVTIDTDTLLSNAKHLEILFTMC
460 470 480 490 500 510
730 740 750 760 770 780
pF1KE4 KKVLTGVAGEDAECHAAKLLEVIILQCKGRGIDQCIPLFVEAALERLTREVKTSELRTMC
.::: : :::::::::::::::::::::::::::::::::. .:::::: ::::::::::
CCDS53 RKVLCGDAGEDAECHAAKLLEVIILQCKGRGIDQCIPLFVQLVLERLTRGVKTSELRTMC
520 530 540 550 560 570
790 800 810 820 830 840
pF1KE4 LQVAIAALYYNPHLLLNTLENLRFPNNVEPVTNHFITQWLNDVDCFLGLHDRKMCVLGLC
:::::::::::: :::.::: ...:.: :.: .::.::.::.::::: ::::::..::
CCDS53 LQVAIAALYYNPDLLLHTLERIQLPHNPGPITVQFINQWMNDTDCFLGHHDRKMCIIGLS
580 590 600 610 620 630
850 860 870 880 890 900
pF1KE4 ALIDMEQIPQVLNQVSGQILPAFILLFNGLKRAYACHAEHENDSDDDDEAE--DDDETEE
:..... : ... : :::.:....:: :::.. : ... . .: ..:: : .:.::
CCDS53 ILLELQNRPPAVDAVVGQIVPSILFLFLGLKQV--CATRQLVNREDRSKAEKADMEENEE
640 650 660 670 680 690
910 920 930 940 950 960
pF1KE4 LGSDEDDIDEDGQEYLEILAKQAGEDGDDEDWEEDDAEETALEGYSTIIDDEDNPVDEYQ
..:::.. . .: . .. :. .:.::.:. :::::::.:: .: :: :::::
CCDS53 ISSDEEETNVTAQAMQSNNGRGEDEEEEDDDWDEEVLEETALEGFSTPLD-LDNSVDEYQ
700 710 720 730 740 750
970 980 990 1000 1010
pF1KE4 IFKAIFQTIQNRNPVWYQALTHGLNEEQRKQLQDIATLADQRRAAHESKM-IEKHGGYKF
.: . :.:.:. .::: : :.:.:: ::.. :::..::.. :.: ::..::. :
CCDS53 FFTQALITVQSRDAAWYQLLMAPLSEDQRTALQEVYTLAEHRRTVAEAKKKIEQQGGFTF
760 770 780 790 800 810
1020 1030
pF1KE4 SAPVVPSSFNFGGPAPGMN
: :.:::: .:. :
CCDS53 ENKGVLSAFNFG-TVPSNN
820 830
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